3GXKA

The crystal structure of g-type lysozyme from atlantic cod (gadus morhua l.) in complex with nag oligomers sheds new light on substrate binding and the catalytic mechanism. native structure to 1.9
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
YGDITQVETSGASSKTSRQDKLEYDGVRASHTMAQTDAGRMEKYKSFINNVAKKHVVDPAVIAAIISRESRAGNVIFNTTPPGWGDNYNGFGLMQVDKRYHEPRGAWNSEEHIDQATGILVNFIQLIQKKFPSWSTEQQLKGAIAAYNTGDGRVESYESVDSRTTGKDYSNDVVARAQWYKKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of g-type lysozyme from Atlantic cod shed new light on substrate binding and the catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Goose-type lysozyme 1
molecule tags Hydrolase
source organism Gadus morhua
total genus 74
structure length 185
sequence length 185
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gxkA00
1DI5A 1LHLA 5FSTA 4GN5C 1IY3A 3A96A 4NGWA 3M3UA 2HEBA 2DQEY 5LVGA 2DQCY 1IR7A 1NF5A 1JPOA 4RW2A 3WW5A 1JSEA 1OUBA 1WQMA 1YKZX 1LZ4A 4BAPA 1W6ZA 3B6LA 2BQLA 2H9KA 1DI3A 1OUJA 3N9AA 1UIBA 1LZ6A 3ULRA 1LZAA 4OWBA 3BKVA 2LZTA 2YBMA 8LYZA 1LSGA 4W94A 5D5CA 1GFTA 1GFKA 1D0LA 1J1XY 1JUGA 1LZBA 5KXMA 2ZYPA 4H93A 5L3IA 2CJLA 1GFGA 3P64A 1DZBX 2FYDA 5B1GA 1FLUA 1IC5Y 4N1EI 2LHMA 3W6EA 1D9UA 1GB8A 3WVYA 1XGPC 4CFPA 1IP2A 1DPXA 1TDYA 1YILA 1QSWA 3LN2A 1VEDA 2BAAA 1C7PA 1LZTA 2CDSA 3HBDA 4HTNA 2BQMA 1GBXA 4OWCA 1MELL 1LMOA 1ZMYL 3HBHA 5C6JA 4PGJB 1TBYA 5DN4A 2DQHY 3A91A 4WL6A 3QNGA 194LA 4Z46A 2Z37A 4XENA 1LMNA 2YBIA 1JJ0A 2LYZA 4LYBA 4XJDA 3RNXA 5HQ1A 1UA6Y 3CQLA 3CSRA 1B7QA 1CJ6A 2A7FA 5LYZA 1IWTA 4WM1A 5D5FA 1DPWA 1G7MC 1TAYA 5IELA 4NGIA 1YL1X 4TTDA 1HFYA 1JKBA 1IO5A 1KIQC 1UIHA 1AT6A 5KXSA 1LZEA 1IIZA 3B0IA 4NEBA 1GF5A 1LSEA 1GBYA 5KKJA 5KXLA 5LYTA 3HBEX 1T3PA 3ATNA 4MCKA 4DD0A 4CJ2A 1BB3A 2BQFA 4DDAA 2HEAA 4YF2A 1HEMA 4HV1A 1RJCB 3CSQA 1B7SA 4H9IA 2AUBA 2MEGA 1YANA 2YBHA 2Z2FA 5FHWA 4WM3A 5E4PA 3WXTA 1C46A 1FDLY 1B7RA 3P65A 3CSZA 1JJ3A 2DQGY 3LYOA 4GCDA 5HMJA 4NSHA 1HNLA 3WVXA 1TEWA 5HNLA 2LYMA 3WH1A 2N5ZA 2DQIY 3AW7A 3CT1A 2BQJA 5KXXA 1GFUA 4HPIA 3A6CY 4PHIA 4XJGA 1HEPA 2BQBA 4P2EA 3LHMA 3TMUA 4N0JA 5I4WA 1ZVHL 4XYYA 1FLYA 1V7TA 3AZ6A 1GB5A 4O34A 1REZA 3LYZA 3A95A 3RT5X 1WQNA 4J1AA 4L41A 4G4BA 1B7LA 3GXKA 3B0KA 3CT0A 1LZGA 4NHSA 5KXNA 4ETEA 1GFEA 1SLYA 4J1BA 1D0KA 4XN6A 5KXPA 4C3WA 2YDGA 1FBIX 1QQYA 4GCEA 2EIZC 4CGEA 1LZ1A 2W1MA 3AZ4A 4XJBA 1GBZA 1B5WA 1XEJA 4NGVA 1EQ4A 1SQ2L 1KXWA 1A2YC 1C43A 4DC4A 1J1PY 2DQDY 1JKCA 1LJJA 5F9UA 4Z3MA 4LZTA 1GF4A 1LSCA 1IP5A 4H9EA 4IASA 4WOAA 1UBZA 3A67Y 1HMLA 2HU1A 3K3TA 5FELA 1BB7A 4AGAA 1VATA 1QUSA 3P4ZA 3P66A 1IY4A 4IJ4A 4ETDA 1BWJA 1H87A 1NBYC 1OUAA 3LYTA 4NGYA 3OK0A 1IOTA 3WU7A 1WQQA 3AZ5A 4H1PA 2HEEA 1B0DA 4GN3A 1JTPL 3CB7A 1YAPA 4OOTA 5C6IA 1VDQA 4DD2A 2BPUA 1JISA 4WM6A 1G7JC 3T6UA 1HSXA 5IDDA 2XBSA 1H6MA 4H9BA 3AW6A 1GHLA 1NHEA 1OP9B 1YQVY 1CKGA 4CHXA 4X3BA 1IP7A 2ZNXY 2Z12A 5E9RA 1UICA 4NHQA 4QDNA 3RW8A 1CKHA 3A34A 5DLAA 5IHGA 1NMMA 3GXRA 4GN4A 1RCMA 1VFBC 4ETCA 1GXV2 3B72A 1F0WA 1LZ9A 1EL1A 5HNCA 1KIRC 3TXBA 4RW1A 1GBWA 4G4HA 3BKHA 1IC4Y 2YBLA 4KXIA 3A90A 4OW1A 5KXZA 4DDBA 1AKIA 4HTQA 1RE2A 1UIAA 2CWIA 3J6KA 4HPEA 5ILCA 1IP6A 1MLCE 3AZ7A 2W1XA 4NG1A 1GPQC 1DKJA 4LT0A 1PS5A 4D9ZA 1C10A 1DKKA 4KT3A 2BQKA 6LYTA 2NWDX 3VWOA 2BQOA 3W3EA 4ETAA 1IP4A 4A7DA 1LSZA 4IATA 4BADA 2Z18A 4DD3A 5A3EA 2MEFA 4WL7A 1BQLY 3WPJA 1UIGA 3MGWA 1G7IC 4LYOA 1YIKA 5I54A 4XADA 1IP1A 2HTXA 3TXHA 5J7CA 4QY9A 1GBOA 4HTKA 4B1AA 1VDPA 4AXTA 5KXKA 1JKAA 2D6BA 2Q0MX 4GLAA 207LA 5LA8A 1HF4A 3ZVQB 1B5UA 1GXXA 3WUAA 5LA5A 1LJGA 4ANRA 1HHLA 1QTKA 4DWXA 4OWAA 3FE0A 1GAZA 3WULA 4XJFA 4Z41A 1IR9A 1N4FA 1LSPA 2MEHA 4B49A 4H9CA 1GE2A 2G4PA 3AYQA 1YL0X 1F6SA 132LA 1LZ5A 1OQMA 4NIJA 2C8OA 3W6CA 4NGJA 1FKVA 2BQEA 4NFVA 1B9OA 1GEVA 2ZILA 1LPIA 1BGIA 2BQAA 4HJYA 2BQCA 1JTOL 1QDRA 1JITA 1T6VL 4GLVA 4H9FA 5I4XA 4NGLA 5T3FA 1EQ5A 4ET8A 4ET9A 4DDCA 4YEOA 4E3UA 1YROA 1B5YA 1GFVA 4HV2A 5F16A 1UC0A 5HLLA 1KIPC 4H8XA 1GFAA 4LYMA 1O23A 1FLQA 1IX0A 1XEKA 2BQHA 4ML7A 1AZFA 4WM5A 1G7LC 1CJ7A 4NSIA 1XSFA 4WLTA 1OUFA 3TXJA 5DN5A 3IWRA 2EKSC 1LJEA 3F6ZA 5EBHA 3P68A 1CKCA 1IWYA 1JSFA 4N8ZA 1Z55A 4TSBA 1GBSA 1WTMA 3N9EA 4YENA 3IJUA 1LMTA 1W08A 5B07A 5I53A 1LJFA 1IEEA 2W1LA 5APDA 1B7PA 2BQNA 5ILFA 1CNSA 1GB3A 1QTEA 2DQAA 5KXWA 3A93A 2YSSC 1YKYX 4H91A 5APFA 3AGIA 3T36A 3TMWA 1IVMA 2H5ZA 3TXEA 3ATOA 1LSFA 2MEAA 4LFXA 1HERA 4GCBA 5KY1A 2YBJA 1A4VA 1HEOA 5LXWA 1DXJA 3B0OA 4NWEA 1GEZA 1GB0A 7LYZA 4B4IA 193LA 3RZ4A 3TXDA 1IORA 2MEEA 1IWXA 1YKXX 4OOOA 4XJHA 1LYZA 4M4OA 1ZV5L 4H94A 1GF0A 1HMKA 2Z19A 4WM4A 1VAUA 4DD1A 1IWWA 1IC7Y 4WLYA 5II3A 1OUGA 1UIDA 2DKVA 1NBZC 2F4AA 4BS7A 2EPEA 1GB9A 1WQPA 4M6DA 3AJNA 1LMAA 4OWHA 2BQGA 2HU3A 2HEDA 1CKDA 5F81A 208LA 3W6AA 4LT2A 3WPKA 1GE4A 1GFRA 1JEFA 3CT5A 3D9AC 1HC0A 4NHPA 1LSDA 4G49A 5F14A 4W96A 4I8SA 4LGKA 1BB5A 134LA 1B7NA 1D6PA 4LFPA 1LYOA 1XGQC 5KJ9A 5LYMA 4NGKA 5APCA 2Z38A 2BQDA 4WG7A 3W6FA 1GF9A 3A92A 4HSFA 5KXRA 1IP3A 1JJ1A 3QE8A 4G9SA 5APEA 1UUZC 2IHLA 3A6BY 4RLNA 4WLXA 1FKQA 4R0FA 1CJ9A 1JWRA 2WARA 1GFHA 2BLYA 4KPMA 4LYCA 2YVBA 2D4IA 1HFZA 1GF6A 4G4CA 1LSAA 4BAFA 2RSCA 2F4GA 1CJ8A 1IWVA 4HJZA 1C45A 1LZSA 4YEMA 4NSJA 3WU9A 4UWVA 133LA 1NKHA 1IOCA 1ZVYB 4WM2A 1LYSA 3G3BB 1IOSA 4UWUA 3SP3A 1GB7A 2XJWA 1ALCA 1LZNA 1AM7A 3WUNA 5LIOA 1LZ8A 1XEIA 1OUDA 4WG1A 3W6DA 4TSCA 4YM8A 1BHZA 1YAMA 2G4QA 4GCCA 3TMXA 2HEFA 4YOPA 3EMSA 2D4JA 2A7DA 3LYMA 4ZIXA 5KKIA 1CKFA 1TCYA 2DQFC 2Z39A 1OUEA 4DD7A 1C08C 2D91A 1REXA 2ZNWY 3AGHA 1XFPL 4R6CA 5I5QA 1LKRA 2MECA 4H8YA 4NHIA 1GFJA 1NWGA 4N9RA 4B4EA 1D0MA 1F6RA 1LAAA 1OUCA 2MEIA 4N5RA 1GAYA 4II8A 4LT1A 1GDXA 4GCFA 5JENB 1E8LA 3EBAB 5F9XA 1GE1A 3WMKA 1LOZA 4FDYA 4N1CC 2Z2EA 1EQEA 4TUNA 3N9CA 5LVJA 4U3XB 4MSTA 1LMPA 2B5ZA 5LVKA 3TXFA 4PPOA 1YAQA 1F10A 1IWZA 5I4YA 3FI7A 3WUMA 1GF7A 4HP0A 2W1YA 1JKDA 3TXKA 1WTNA 1GWDA 1G7HC 1HFXA 3TXGA 3A8ZA 4I0CA 1HEQA 2FBBA 1I1ZA 4KL7A 3RU5A 1LHMA 1B7OA 4J0LA 2I6ZA 4WO9A 5LVHA 4NGOA 1DI4A 4H92A 4B0DA 1LMQA 3M18B 1LZDA 2FYCA 3AGGG 5AMYA 2MEBA 1LSMA 2G4NA 5A3ZA 3LZ2A 2CGIA 1HEWA 1WQOA 6LYZA 1LKSA 154LA 1P2CC 5B59A 4TX7A 1LTMA 1VDSA 2ZYCA 2PC2A 1RFPA 1I56A 2X0AA 4RLMA 1NQIA 4NY5A 4EOFA 4NGZA 1LJ3A 5KXTA 1NDGC 3D3DA 1UCOA 5HMVA 1LJHA 3W6BA 1B5VA 5B1FA 3WU8A 3EXDA 4H8ZA 4DD9A 5KXOA 1INUA 3A3RX 1LSBA 2ZQ3A 1LZYA 1PZYA 4DT3A 1D6QA 3ZVQA 1LHKA 1LZRA 4PRUA 4QEQA 1XGTC 4H9AA 1BVKC 4H9HA 2DBTA 1REYA 2ZWBA 4B4JA 4ZFPA 4ZEEA 4EMNA 1DQJC 1V7SA 2C8PA 3OJPA 5LAGA 2Y8PA 3ZEKA 2XBRA 3AB6A 1GE0A 3KAMA 3WXUA 1GDWA 1LHJA 4C5FA 2MEDA 4PJ2C 5B05A 1WVVA 4XJIA 1QUTA 4TWSA 1JIYA 1LCNA 2F2NA 1JHLA 1HELA 2IFFY 5KXYA 1OUIA 1GB6A 1YAOA 1XGUC 135LA 1GF3A 4RDSA 3E3DA 4WO6A 1GE3A 3J4GA 1WQRA 3TXIA 2BQIA 5DL9A 1B5XA 4H90A 4UWNA 2HECA 1BB4A 1JTTL 4J7VA 5M1YA 1LYYA 9LYZA 2HUBA 5B06A 4OWEA 2I26L 1BVXA 2VB1A 4MR1A 4ETBA 1B5ZA 1QSAA 2GV0A 1FLWA 1KXXA 1IR8A 1LSNA 5DM9A 1HENA 1LHHA 5LVIA 1UIEA 4LT3A 5FCPA 3WL2A 1GB2A 2BLXA 1QIOA 1IWUA 1UACY 4LYTA 1KXYA 5FEKA 2FBDA 3A3QA 3G3AB 4FJRA 1LHIA 1LJ4A 4QGZA 4WLDA 5L9JA 1FN5A 4WMGA 1XGRC 1WVUA 3WW6A 1B2KA 1QDTA 4LYZA 3LZTA 4NHTA 5K7OA 3WPLA 1I20A 2DQJY 1HSWA 2ZQ4A 153LA 4NG8A 1LMCA 1GF8A 5LAFA 3TMVA 3HFMY 4CFOA 5FDJA 1LJKA 1AT5A 2ZIKA 1OUHA 1LSYA 2D4KA 2H9JA 1BB6A 1BWIA 2EQLA 2LZ2A 4DYGA 1LZCA 2I25L 1J1OY 5L3HA 2LYOA 3WYHA 1LJIA 2ZIJA 1UIFA 2YBNA 1RI8B 4HJVA 1BWHA 1GD6A 1LJNA 1B7MA 4NWHA 1NDMC 5LINA 4Z98A 3QY4A 3IJVA 3EO5A 1VDTA 5C6LA 3A94A 4NSGA 1REMA 4PRQA 1IOQA 2XTHA 2F30A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CV5A 1DI5A 4GN5C 3A96A 4ARQA 1JPOA 4RW2A 1JSEA 245LA 1CX7A 4BAPA 3B6LA 2BQLA 4OWBA 1L94A 2YBMA 5D5CA 1D0LA 1LZBA 4W58A 1L22A 2ZYPA 102LA 224LA 1IC5Y 3W6EA 1L56A 3WVYA 1DPXA 1L86A 3LN2A 1C7PA 1CU5A 158LA 1TBYA 5DN4A 1SX7A 2YBIA 2LYZA 1UA6Y 3CQLA 2A7FA 5D5FA 1L02A 1G7MC 1TAYA 239LA 5IELA 1JKBA 1IO5A 1KIQC 5KXSA 1LZEA 1GF5A 5KXLA 1L08A 4CJ2A 244LA 1OV5A 189LA 4H9IA 3CSZA 1JJ3A 2DQGY 5HMJA 2LYMA 2DQIY 144LA 1L60A 3TMUA 4N0JA 5I4WA 1ZVHL 4O34A 3LYZA 4J1AA 5KXNA 4ETEA 1GFEA 1SLYA 1D0KA 5KXPA 1L92A 2EIZC 1C69A 4XJBA 1B5WA 1EQ4A 1KXWA 4GRVA 1A2YC 1L49A 1DYFA 234LA 1GF4A 1L40A 4WOAA 1UBZA 3A67Y 1HMLA 3K3TA 4AGAA 1VATA 238LA 4IJ4A 1H87A 1OUAA 262LA 1IOTA 3WU7A 1L28A 1C6CA 109LA 1QSQA 1L46A 1TLAA 1VDQA 4WM6A 2HUKA 1PQJA 1LW9A 4H9BA 2ZNXY 257LA 1L25A 1L80A 3A34A 225LA 4ETCA 174LA 3DN1A 4RW1A 4LDEA 5KXZA 220LA 256LA 3F9LA 1AKIA 1D2YA 3J6KA 140LA 5ILCA 1IP6A 1C6FA 1L14A 1L97A 3AZ7A 4LT0A 1D3FA 1PS5A 1DKKA 1L65A 2B74A 4ETAA 1IP4A 4DD3A 5A3EA 1BQLY 3WPJA 1L05A 4XADA 1IP1A 2HTXA 4QY9A 4HTKA 1PQIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DI5 A;  1LHL A;  5FST A;  4GN5 C;  1IY3 A;  3A96 A;  4NGW A;  3M3U A;  2HEB A;  2DQE Y;  5LVG A;  2DQC Y;  1IR7 A;  1NF5 A;  1JPO A;  4RW2 A;  3WW5 A;  1JSE A;  1OUB A;  1WQM A;  1YKZ X;  1LZ4 A;  4BAP A;  1W6Z A;  3B6L A;  2BQL A;  2H9K A;  1DI3 A;  1OUJ A;  3N9A A;  1UIB A;  1LZ6 A;  3ULR A;  1LZA A;  4OWB A;  3BKV A;  2LZT A;  2YBM A;  8LYZ A;  1LSG A;  4W94 A;  5D5C A;  1GFT A;  1GFK A;  1D0L A;  1J1X Y;  1JUG A;  1LZB A;  5KXM A;  2ZYP A;  4H93 A;  5L3I A;  2CJL A;  1GFG A;  3P64 A;  1DZB X;  2FYD A;  5B1G A;  1FLU A;  1IC5 Y;  4N1E I;  2LHM A;  3W6E A;  1D9U A;  1GB8 A;  3WVY A;  1XGP C;  4CFP A;  1IP2 A;  1DPX A;  1TDY A;  1YIL A;  1QSW A;  3LN2 A;  1VED A;  2BAA A;  1C7P A;  1LZT A;  2CDS A;  3HBD A;  4HTN A;  2BQM A;  1GBX A;  4OWC A;  1MEL L;  1LMO A;  1ZMY L;  3HBH A;  5C6J A;  4PGJ B;  1TBY A;  5DN4 A;  2DQH Y;  3A91 A;  4WL6 A;  3QNG A;  194L A;  4Z46 A;  2Z37 A;  4XEN A;  1LMN A;  2YBI A;  1JJ0 A;  2LYZ A;  4LYB A;  4XJD A;  3RNX A;  5HQ1 A;  1UA6 Y;  3CQL A;  3CSR A;  1B7Q A; 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 2MED A;  4PJ2 C;  5B05 A;  1WVV A;  4XJI A;  1QUT A;  4TWS A;  1JIY A;  1LCN A;  2F2N A;  1JHL A;  1HEL A;  2IFF Y;  5KXY A;  1OUI A;  1GB6 A;  1YAO A;  1XGU C;  135L A;  1GF3 A;  4RDS A;  3E3D A;  4WO6 A;  1GE3 A;  3J4G A;  1WQR A;  3TXI A;  2BQI A;  5DL9 A;  1B5X A;  4H90 A;  4UWN A;  2HEC A;  1BB4 A;  1JTT L;  4J7V A;  5M1Y A;  1LYY A;  9LYZ A;  2HUB A;  5B06 A;  4OWE A;  2I26 L;  1BVX A;  2VB1 A;  4MR1 A;  4ETB A;  1B5Z A;  1QSA A;  2GV0 A;  1FLW A;  1KXX A;  1IR8 A;  1LSN A;  5DM9 A;  1HEN A;  1LHH A;  5LVI A;  1UIE A;  4LT3 A;  5FCP A;  3WL2 A;  1GB2 A;  2BLX A;  1QIO A;  1IWU A;  1UAC Y;  4LYT A;  1KXY A;  5FEK A;  2FBD A;  3A3Q A;  3G3A B;  4FJR A;  1LHI A;  1LJ4 A;  4QGZ A;  4WLD A;  5L9J A;  1FN5 A;  4WMG A;  1XGR C;  1WVU A;  3WW6 A;  1B2K A;  1QDT A;  4LYZ A;  3LZT A;  4NHT A;  5K7O A;  3WPL A;  1I20 A;  2DQJ Y;  1HSW A;  2ZQ4 A;  153L A;  4NG8 A;  1LMC A;  1GF8 A;  5LAF A;  3TMV A;  3HFM Y;  4CFO A;  5FDJ A;  1LJK A;  1AT5 A;  2ZIK A;  1OUH A;  1LSY A;  2D4K A;  2H9J A;  1BB6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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