3HDFA

Crystal structure of truncated endolysin r21 from phage 21
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
DGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETMRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREICLWGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage p21
publication title Regulation of a muralytic enzyme by dynamic membrane topology.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 45
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hdfA00
3G3WA 1D2WA 1L42A 1QUDA 1C6GA 215LA 1C6MA 3D4SA 3SBAA 2B6WA 3LZMA 130LA 1C6HA 1L54A 2ANXA 2RB2X 1L00A 1L48A 1L39A 1L82A 1CUQA 261LA 3HTFA 4EXMA 4K5YA 1CTWA 1C6JA 1KY1A 4W52A 252LA 1LYEA 1G0MA 1L10A 2OTZX 1ZURA 2O79A 1L05A 1C6QA 1L37A 221LA 3GUJA 240LA 2Z6BA 3JR6A 178LA 1C6IA 1L09A 1L18A 1L31A 2B72A 2F2QA 1L24A 2QB0B 1L93A 1CV4A 1QTVA 249LA 1LWKA 239LA 4ARMB 182LA 1L46A 4I7OA 168LA 143LA 3HH4A 4LZMA 1ZWNA 3L2XA 1KW5A 227LA 1C6EA 1CU5A 212LA 1C6LA 1D3MA 118LA 4DAJA 3HT7A 4EKPA 1PQKA 1L27A 4DKLA 201LA 1QUGA 1KW7A 251LA 4LDLA 196LA 1L77A 3EMLA 4S0WA 1XJTA 3UONA 4W59A 1D2YA 1SWZA 3HT6A 1DYEA 1L95A 1L22A 3HT9A 2F47A 2QARC 1T6HA 1L47A 2RB1X 2OE4X 186LA 1OWYA 3DMZA 1D3NA 3CDRA 195LA 256LA 224LA 4LDOA 3OE9A 185LA 1QT7A 4W55A 1L80A 3HU9A 1DYAA 1EPYA 1L90A 241LA 188LA 3DKEX 4EPFA 1L26A 1G0GA 177LA 220LA 1L29A 1L88A 1L68A 1L04A 3QAKA 1C6PA 2B6TA 120LA 1QTHA 5I14A 1LLHA 1C67A 1G1WA 1L85A 1CUPA 115LA 3DMXA 1C6NA 226LA 1SX7A 2B6XA 1C61A 1G0LA 1L20A 1B6IA 3C8QA 108LA 1SX2A 1L01A 1L23A 1OVHA 4W54A 187LA 190LA 258LA 209LA 1L38A 1CU0A 213LA 4YXAC 3PBLA 174LA 1CV1A 1L45A 3HWLA 1L62A 1C6TA 223LA 2B74A 3SBBC 157LA 2O7AA 4ARPA 3NY8A 222LA 4AQNA 1L60A 4I7PA 1NHBA 1D3FA 1LGUA 1P46A 1L34A 131LA 1G1VA 3HH6A 1L73A 148LE 244LA 1LYFA 2OU8A 4EKQA 4GBRB 1LYJA 3GUPA 3G3VA 1L84A 1OV5A 4PJZA 4EKRA 189LA 1T97A 172LA 2RAYX 1C63A 205LA 1G07A 3SB9A 126LA 1L66A 3HDFA 230LA 3SB5A 3RZEA 3V2YA 1C6FA 151LA 225LA 1DYDA 170LA 4I7QA 1QUOA 141LA 1SWYA 110LA 125LA 3FI5A 1P64A 3GUOA 4ZPUA 2RBOA 1LGXA 1JTMA 1C69A 1LGWA 3V2WA 3GULA 158LA 1OVKA 228LA 1L92A 1C6KA 1L30A 1LYDA 1L57A 113LA 1L51A 173LA 3DN8A 216LA 2LZMA 1JQUA 169LA 3CDOA 2Q9DA 1L58A 1OVJA 2RB0X 102LA 2O4WA 1SSWA 4OO9A 4W56A 237LA 1QS9A 1C64A 1I6SA 1L0JA 2HUKA 3GUMA 175LA 122LA 1QS5A 104LA 1L74A 6LZMA 152LA 146LA 1L76A 1L83A 3HDEA 3CDTA 1CV5A 2IGCA 4YX7C 255LA 1KNIA 235LA 260LA 3HT8A 214LA 1L02A 1WTHA 234LA 257LA 3DN0A 3OE8A 3FA0A 167LA 159LA 1LYHA 107LA 1L96A 1P7SA 1L67A 2B6ZA 2HULA 171LA 1LYIA 2A4TA 2OE7X 232LA 1L32A 1C62A 138LA 1P2LA 1CV0A 3C8SA 1LI3A 4W53A 238LA 1L91A 1L44A 1XJUA 4I7SA 4EKSA 1L43A 109LA 1P36A 1ZYTA 1DYFA 1L11A 4PK0A 1JTNA 1T8FA 3CDQA 4ARLA 1L36A 1LPYA 2Q9EA 1L35A 1CU6A 4I7RA 3HUQA 123LA 2L78A 128LA 1CV6A 5LZMA 1TLAA 3C7WA 199LA 1D9WA 3PDSA 1QUHA 3NY9A 1G06A 3SB8A 2HUMA 1L79A 1L75A 1L19A 3GUIA 163LA 1L40A 2OEAX 4I7NA 3HTBA 1DYCA 140LA 1L08A 3HH5A 2B70A 3C7YA 149LA 164LA 1CU3A 1L21A 3C82A 2OTYX 3HUAA 3CDVA 144LA 3F9LA 2RBQA 1C6CA 3C83A 181LA 211LA 4W51A 1P5CA 2CUUA 1L15A 2RH1A 1C65A 1G0JA 1L49A 147LA 231LA 1KY0A 3OE0A 1G0KA 1L69A 1CU2A 2B75A 184LA 3DMVA 3DN4A 200LA 192LA 1QT6A 1L61A 145LA 3OE6A 4DJHA 4EPIA 3SB6A 259LA 1DYGA 2RBRA 2B7XA 1L03A 1K28A 4I7LA 1P37A 2ANVA 243LA 3DN2A 4W58A 3DN3A 242LA 1QTZA 1G0PA 248LA 3SB7A 3HTGA 1QSBA 198LA 165LA 162LA 3VW7A 4IAPA 245LA 4ARQA 139LA 3HH3A 246LA 210LA 1PQIA 2B6YA 254LA 1QSQA 2F32A 3SN6R 1L25A 1QTDA 1CX7A 3DNAA 1PQMA 3HTDA 219LA 1L06A 3C80A 1P56A 1PQJA 183LA 161LA 3DN6A 1LWGA 112LA 1OWZA 1C6DA 3GUKA 3HU8A 3F8VA 119LA 3L64A 4I7KA 1L50A 3NYAA 1XEPA 1CX6A 1L70A 1CV3A 1L12A 129LA 2OE9X 1C6AA 2RBPA 160LA 3G3XA 1L65A 206LA 4LDEA 1QT3A 1SSYA 1L13A 253LA 155LA 3FADA 1L33A 2OU9A 1L16A 1L81A 2OU0X 2NTHA 2LCBA 229LA 1L94A 150LA 1L28A 1L71A 3DN1A 103LA 1T8AA 4I7TA 197LA 236LA 3C7ZA 217LA 4YXCA 1L97A 1T8GA 4EJ4A 137LA 1C66A 1L98A 1L17A 1OYUA 1C6BA 1L87A 1OV7A 1LI6A 1PQDA 1L0KA 262LA 127LA 4I7JA 4W57A 7LZMA 1QT8A 1G0QA 1L53A 1C68A 1L41A 1L89A 1LYGA 166LA 114LA 250LA 2RBSA 2RBNA 1L55A 4ARMA 180LA 3GUNA 1P3NA 1L72A 1CVKA 142LA 1QT4A 1L07A 1KS3A 1C60A 4ARQB 2B73A 2RAZX 1LW9A 1QT5A 3HUKA 1L52A 3ODUA 4I7MA 218LA 4ARJA 1L86A 1P2RA 176LA 1DYBA 1L99A 191LA 3C81A 1L64A 233LA 2LC9A 3K2RA 4E97A 3RUNA 3C8RA 156LA 4GRVA 1L59A 2NTGA 1L63A 247LA 1LI2A 1P6YA 1D3JA 111LA 1PQOA 1QTCA 1QTBA 1L14A 1L56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A3EA 3W3EA 1L42A 1QUDA 1C6GA 2BQMA 3LZMA 1LMOA 2RB2X 2H9JA 4Z46A 3HTFA 5AMYA 1IWWA 1C6JA 1KY1A 4ETBA 1LZRA 1UBZA 2YBHA 5I53A 1HELA 1L37A 4DDCA 5KXWA 1FLWA 2D4IA 4RLMA 1OUDA 1L09A 1LAAA 3B0OA 2F2QA 1L24A 2AUBA 1CV4A 1QTVA 1I1ZA 4G4CA 1IP7A 182LA 1V7SA 1IP2A 3AW7A 212LA 2RSCA 4H94A 4RLNA 3AZ7A 1H6MA 1XEKA 1G7LC 1UICA 3ZEKA 1H87A 3HT7A 1PQKA 5LYZA 1WQQA 2EQLA 3A34A 4NY5A 2LYMA 251LA 1KXWA 196LA 1GF3A 1UIBA 3UONA 4GLAA 4DQ5A 2YBMA 4I0CA 2YBLA 1SWZA 4H8YA 3HT9A 1GB8A 5KXLA 1HSXA 1IP6A 1IR8A 3A94A 1OWYA 3M3UA 4LDOA 1BB6A 1J1PY 5B06A 1DPWA 1JIYA 1EPYA 1TCYA 5LXWA 1LSDA 241LA 188LA 3IJVA 1L26A 3WXUA 3N9CA 1GFHA 1L88A 3CT5A 5I14A 3LYTA 1D9UA 1EQ5A 3DMXA 1GBSA 4MSTA 1RE2A 1B6IA 2BQCA 4NGWA 4LYMA 1SX2A 1JUGA 4ZEEA 1HERA 1CKFA 174LA 1G7HC 3HWLA 1YILA 3LHMA 1C6TA 3SBBC 5LAGA 3A6BY 4KPMA 5F9XA 4WL6A 4QY9A 1IR9A 3ATNA 4OW1A 1L34A 1SQ2L 1L73A 1JJ0A 4EKQA 1GB6A 3RU5A 3GUPA 4DT3A 3TMUA 1YANA 1LZ9A 5L3HA 1LZGA 1LSZA 2MEBA 4IATA 1L66A 1TAYA 3P66A 2ZQ4A 3RZEA 3V2YA 1C6FA 1MLCE 3OK0A 225LA 1SWYA 5JENB 110LA 1P64A 3GUOA 4H8ZA 134LA 4N1CC 4DD9A 1IWXA 1LGWA 1OVKA 1L92A 2HECA 1C6KA 3LN2A 1LYDA 1L57A 4NGOA 4GLVA 1JQUA 1WQOA 3CDOA 4NIJA 5I54A 2O4WA 3KAMA 4TUNA 4W56A 1LKRA 132LA 1L0JA 1B0DA 3AJNA 3TMXA 4HJVA 175LA 122LA 3G3AB 3D3DA 1CKHA 1B7LA 2IGCA 6LYZA 1OQMA 4XJDA 1HEPA 255LA 3HT8A 214LA 5D5CA 5KXSA 3OE8A 4HSFA 1CJ7A 159LA 1B7RA 1LYHA 3BKHA 1L96A 1IC4Y 1D0LA 1KIQC 1LYIA 2A4TA 4OWHA 1L32A 5KXTA 1IC5Y 1HSWA 3C8SA 4QEQA 4LT3A 4W53A 3MGWA 1L91A 1L44A 1XJUA 1REMA 4D9ZA 1ZYTA 1BWJA 3CDQA 5KXZA 1L35A 1CU6A 1ZVHL 3HUQA 1PZYA 4H90A 2F4AA 3PDSA 1D9WA 4C5FA 1G06A 1GF0A 5KXRA 1ZMYL 1GE4A 2OEAX 3W6BA 3WMKA 2FBBA 1HFYA 164LA 1CU3A 1L21A 3HBDA 1XGTC 144LA 1QUSA 4X3BA 3RT5X 3C83A 181LA 4W51A 4CFOA 1L15A 1GE0A 4AGAA 1JJ3A 1CU2A 1UIDA 192LA 1B5WA 1ZVYB 5HNLA 2EPEA 145LA 1GFUA 1WVVA 1IWYA 3SB6A 259LA 3WPKA 1K28A 4H91A 1P37A 2ANVA 4AXTA 3W6DA 2VB1A 3CT0A 4W58A 4GCCA 5APFA 2BQNA 3SB7A 4EMNA 2MEFA 1PQIA 1IO5A 2X0AA 1L25A 1CX7A 1GF5A 219LA 1P56A 154LA 183LA 2Z12A 4HV1A 1JEFA 3HU8A 1C6DA 3L64A 4I7KA 1XEPA 4BAPA 1CV3A 2RBPA 5DLAA 5HQ1A 2BQOA 4NGYA 4WM4A 4LT2A 253LA 4YEMA 1LSFA 5C6LA 3FADA 1WQMA 1L81A 1NWGA 5KXKA 4WM1A 1L71A 4XJIA 4H8XA 4YM8A 1LSPA 1L98A 1OYUA 3CB7A 3A90A 1GFGA 7LZMA 1QT8A 4NGIA 1G0QA 1C68A 114LA 250LA 4NHPA 4ARMA 180LA 1YQVY 1DZBX 1QTKA 1CVKA 2F30A 1IWTA 1HEWA 2Q0MX 3WH1A 2B73A 1QT5A 218LA 4GCBA 4B4EA 4TWSA 4GN3A 1XEIA 4E97A 1NKHA 3AGHA 3CQLA 2ZYCA 1D3JA 2BQAA 1QTCA 1LJFA 1LSAA 5LYTA 1L14A 1FLYA 1D2WA 4DD0A 1C6MA 3D4SA 1LZ5A 1L48A 1L82A 1CUQA 3WW5A 3FE0A 2MEGA 1GFKA 5HMJA 4UWUA 4Z98A 4W96A 5APCA 1ZURA 2O79A 221LA 4H93A 2DQHY 3P4ZA 3B0KA 3JR6A 178LA 1L18A 1L31A 1LZNA 2QB0B 1CKDA 1L93A 4DC4A 3EXDA 5L9JA 4ARMB 5LVGA 1OUAA 4I7OA 1BB5A 143LA 3HH4A 133LA 4LZMA 5I5QA 5KXXA 1C6EA 1CU5A 4WM2A 1I56A 4EKPA 201LA 1UIFA 1FKVA 1WTNA 1L77A 4DYGA 3EMLA 4S0WA 1D6PA 1DI5A 2Z38A 4W59A 1D2YA 1C7PA 1DYEA 1L95A 1L22A 2G4NA 1BWHA 4FDYA 1IOTA 2RB1X 3AGGG 4XYYA 4RDSA 5K7OA 1BVKC 4HJYA 1D3NA 4B4JA 1C08C 3OE9A 5KKIA 1BHZA 1QT7A 4W55A 3M18B 3A95A 1HFZA 1L90A 3HFMY 3HBHA 3DKEX 1B7QA 4EPFA 1OUGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5A3E A;  3W3E A;  1L42 A;  1QUD A;  1C6G A;  2BQM A;  3LZM A;  1LMO A;  2RB2 X;  2H9J A;  4Z46 A;  3HTF A;  5AMY A;  1IWW A;  1C6J A;  1KY1 A;  4ETB A;  1LZR A;  1UBZ A;  2YBH A;  5I53 A;  1HEL A;  1L37 A;  4DDC A;  5KXW A;  1FLW A;  2D4I A;  4RLM A;  1OUD A;  1L09 A;  1LAA A;  3B0O A;  2F2Q A;  1L24 A;  2AUB A;  1CV4 A;  1QTV A;  1I1Z A;  4G4C A;  1IP7 A;  182L A;  1V7S A;  1IP2 A;  3AW7 A;  212L A;  2RSC A;  4H94 A;  4RLN A;  3AZ7 A;  1H6M A;  1XEK A;  1G7L C;  1UIC A;  3ZEK A;  1H87 A;  3HT7 A;  1PQK A;  5LYZ A;  1WQQ A;  2EQL A;  3A34 A;  4NY5 A;  2LYM A;  251L A;  1KXW A;  196L A;  1GF3 A;  1UIB A;  3UON A;  4GLA A;  4DQ5 A;  2YBM A;  4I0C A;  2YBL A;  1SWZ A;  4H8Y A;  3HT9 A;  1GB8 A;  5KXL A;  1HSX A;  1IP6 A;  1IR8 A;  3A94 A;  1OWY A;  3M3U A;  4LDO A;  1BB6 A;  1J1P Y;  5B06 A;  1DPW A;  1JIY A;  1EPY A;  1TCY A;  5LXW A;  1LSD A;  241L A;  188L A;  3IJV A;  1L26 A;  3WXU A;  3N9C A;  1GFH A;  1L88 A;  3CT5 A;  5I14 A;  3LYT A;  1D9U A;  1EQ5 A;  3DMX A;  1GBS A;  4MST A;  1RE2 A; 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