3HH6A

New azaborine compounds bind to the t4 lysozyme l99a cavity -ethylbenzene as control
Total Genus 61
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKN
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TIV3 (54-57)TIV1 (27-30)TI1 (20-23)AH8 (137-141)S2 (25-28)S3 (31-32)AH3 (60-80)TI2 (107-110)TIV4 (108-111)TI3 (109-112)TIV5 (110-113)TIV6 (111-114)AH6 (115-123)AH7 (126-134)AH9 (143-155)AH4 (83-90)AH2 (39-50)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Boron mimetics: 1,2-dihydro-1,2-azaborines bind inside a nonpolar cavity of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hh6A00
234LA 256LA 2L78A 1L34A 161LA 146LA 1L59A 1L42A 1QS9A 2B75A 1L54A 1C61A 1CV1A 199LA 1L61A 3HH6A 3SB7A 111LA 1JQUA 4YX7C 2B70A 4LDEA 1QT4A 6LZMA 5I14A 3CDVA 1L14A 1QUOA 192LA 195LA 4IAPA 175LA 3C81A 2OE4X 3OE6A 213LA 1SWZA 1C6EA 110LA 2CUUA 3QAKA 1QT6A 1LGWA 1OVHA 4ZPUA 167LA 1QT5A 1L26A 3G3WA 1DYCA 1L37A 1L17A 1QT8A 232LA 2HUKA 3C8SA 1DYGA 125LA 1L80A 1L03A 137LA 1L05A 2O4WA 1ZYTA 1L00A 1LYHA 1SSWA 1L94A 244LA 1L74A 219LA 4DKLA 2RBRA 2OTYX 1G07A 1L18A 1L67A 2OE7X 184LA 1CUQA 1L32A 1LI3A 3L2XA 1L85A 145LA 3EMLA 1T8FA 3V2WA 1QS5A 1L89A 1CV5A 128LA 1CX7A 241LA 3SN6R 3RUNA 1C68A 127LA 3L64A 182LA 3SB8A 2RBOA 2ANXA 1T97A 1CTWA 3CDOA 1L46A 1K28A 172LA 4S0WA 1L72A 143LA 7LZMA 122LA 1OYUA 1OV5A 1OWZA 1L92A 4DAJA 1SWYA 1DYFA 3HH5A 3HT7A 3K2RA 1L35A 251LA 4W57A 1QTBA 1P7SA 225LA 1T8AA 109LA 1L55A 1L62A 4PK0A 2A4TA 126LA 115LA 1G0PA 3SB6A 149LA 2B6YA 3HH4A 3OE0A 1KS3A 227LA 3GUJA 3HT6A 4OO9A 1L06A 1DYAA 1L91A 1XEPA 1G0QA 123LA 4I7JA 1C6TA 231LA 3NY9A 1QUGA 1OVJA 2NTHA 198LA 177LA 3G3XA 1WTHA 1LLHA 129LA 1CV6A 1L20A 1C60A 3HT8A 218LA 2B7XA 1L66A 3ODUA 4EKPA 108LA 1L24A 1L39A 1L25A 1P37A 1LYEA 238LA 1C6CA 1L02A 1C6QA 1PQDA 1L36A 112LA 1L0JA 1SSYA 1L28A 1ZWNA 2B73A 1LYDA 1P5CA 148LE 1C66A 4GBRB 1T6HA 1LWKA 3D4SA 1LYGA 1L40A 2OE9X 4I7RA 2RB2X 2IGCA 4W51A 2OU8A 1CU3A 170LA 163LA 187LA 1G0MA 2B74A 3HH3A 4ARPA 2RH1A 1L49A 1L88A 1L21A 220LA 152LA 1C6GA 4EPIA 1LYIA 214LA 2RBSA 1SX2A 3UONA 228LA 1KY0A 189LA 258LA 4GRVA 223LA 1L47A 1PQKA 3GUNA 1L63A 2B6TA 104LA 2RBQA 3DMZA 1G06A 3C7WA 1QUHA 1L86A 1L96A 3DMXA 201LA 2OEAX 1L70A 2F2QA 1P2LA 257LA 1LI2A 2QB0B 1CV4A 1D9WA 2Q9DA 1L52A 1XJUA 1L95A 236LA 3C7ZA 1L13A 1L09A 3SB9A 3JR6A 1P56A 1C6PA 3C82A 1L31A 248LA 2F32A 2LZMA 1L07A 5LZMA 1KY1A 1L30A 1L43A 215LA 3DN3A 120LA 4EPFA 3HUQA 1L29A 1C6JA 196LA 107LA 1P6YA 1TLAA 4K5YA 166LA 2B6ZA 3GUIA 2OU0X 3HTFA 4ARQB 3CDQA 3HT9A 1QTCA 3SBAA 1CU5A 155LA 1DYBA 221LA 1JTMA 1T8GA 2LCBA 3NY8A 1L58A 103LA 1C6DA 235LA 186LA 1C63A 249LA 1L57A 1L38A 3RZEA 1XJTA 164LA 1C62A 1L23A 1L56A 1LPYA 3FADA 151LA 3DMVA 4ARMB 1L60A 1D3JA 4DJHA 3HU9A 4I7NA 4EXMA 1LGUA 147LA 246LA 262LA 255LA 1SX7A 4EKSA 2O79A 181LA 1L71A 1L79A 1L04A 1P64A 1QT3A 190LA 4E97A 1QUDA 212LA 243LA 239LA 1C6IA 1C69A 253LA 1L64A 2NTGA 142LA 1CX6A 4PJZA 1L12A 1L19A 4LDOA 1D3MA 2ANVA 178LA 1CU0A 3DN2A 2B6XA 261LA 1L75A 1OWYA 1L41A 3GUMA 3HTBA 1EPYA 4I7LA 130LA 1KNIA 1L0KA 140LA 2RBPA 1NHBA 1L99A 3F8VA 3V2YA 240LA 2B6WA 4LZMA 4ARJA 1CV3A 3C80A 144LA 1C6AA 1L33A 4ARQA 245LA 3CDRA 3CDTA 1L15A 1L83A 2F47A 3C8QA 1D3FA 206LA 185LA 200LA 3PBLA 259LA 3HU8A 3VW7A 1PQOA 1L97A 4W55A 1C65A 3HUKA 4I7OA 1L53A 1I6SA 1L69A 2RAZX 2OTZX 1LYJA 3GUKA 176LA 1L90A 3C83A 1P36A 4ARMA 113LA 1LGXA 174LA 1PQJA 3OE9A 4I7SA 4EKQA 1L77A 3DN1A 2RAYX 1LW9A 3HDEA 118LA 3DN0A 162LA 3HWLA 1L93A 2Q9EA 138LA 160LA 1L81A 3SB5A 3HTDA 4LDLA 2Z6BA 1CU2A 4I7QA 3F9LA 233LA 1CVKA 1L87A 1B6IA 250LA 2RB1X 210LA 159LA 168LA 3HDFA 2LC9A 114LA 1JTNA 3G3VA 230LA 2O7AA 4I7TA 1L27A 1ZURA 131LA 1QTDA 1G0LA 237LA 252LA 2RBNA 119LA 1C6MA 1L11A 1C6LA 1L01A 226LA 2OU9A 158LA 3DN8A 3C7YA 1QSBA 247LA 1LWGA 1QSQA 3DKEX 1L82A 1L51A 3FI5A 1C64A 1G0JA 3GUPA 1CUPA 1L45A 1QTVA 260LA 1C6HA 3LZMA 1P46A 3C8RA 4W52A 3DNAA 139LA 1L76A 1L84A 3FA0A 4W54A 102LA 1C6FA 2HUMA 3PDSA 3DN6A 3OE8A 1QTHA 4W56A 1L73A 217LA 150LA 169LA 157LA 1P2RA 4AQNA 188LA 1C6NA 4I7PA 1CV0A 1L50A 3HUAA 4EJ4A 1L08A 1L68A 1PQMA 3SBBC 1OV7A 1PQIA 197LA 242LA 2B72A 3GULA 1L44A 4YXCA 3HTGA 222LA 3DN4A 1D2WA 1D2YA 1LI6A 180LA 2QARC 1QT7A 1D3NA 1L48A 4W58A 1P3NA 1C6KA 1G0GA 1G1WA 3NYAA 1L16A 1KW7A 229LA 1L65A 1L10A 1QTZA 1DYDA 1LYFA 4ARLA 1G0KA 2HULA 1CU6A 216LA 183LA 211LA 224LA 209LA 191LA 1L98A 1OVKA 165LA 1C6BA 4I7MA 173LA 2RB0X 156LA 4W59A 4I7KA 254LA 1DYEA 171LA 1L22A 4W53A 141LA 1KW5A 1G1VA 3GUOA 4YXAC 205LA 4EKRA 1C67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QDRA 4LYMA 5IDDA 1L54A 1CV1A 199LA 1L61A 3HH6A 111LA 1JQUA 3CSRA 4NHIA 4YX7C 3A92A 192LA 4IAPA 3AZ4A 4WM6A 1DQJC 4X3BA 1BQLY 1C6EA 4XYYA 1LSYA 4LFXA 1GEVA 5HNCA 2BQLA 2HU3A 137LA 4XJGA 1JJ0A 4DC4A 4ETEA 1L94A 4NEBA 1LZEA 4WLTA 2G4PA 2LYZA 8LYZA 4WM5A 1L32A 1LI3A 3L2XA 3CT1A 2Y8PA 1AM7A 4YEOA 3V2WA 1KIPC 1XGUC 3A3QA 3SN6R 2YSSC 1C68A 127LA 3A96A 1CTWA 4OOTA 1L46A 3D3DA 1K28A 1B7QA 3LYOA 1BB3A 1JPOA 143LA 1YKXX 122LA 1OYUA 4TWSA 1OWZA 1SWYA 1XEJA 1L35A 251LA 4W57A 1QTBA 1P7SA 225LA 4AXTA 1B7PA 5L3IA 1G0PA 3SB6A 1V7SA 4J7VA 5LINA 4WG1A 227LA 2HUBA 3GUJA 4NGKA 4N1CC 1L91A 1YAQA 4AGAA 2H5ZA 1C6TA 4HTNA 3W6BA 5LYMA 2NTHA 177LA 3TMVA 1WTHA 1LLHA 4NIJA 3CB7A 4ETDA 2BPUA 3RNXA 1IWXA 1L66A 4EKPA 5II3A 4H90A 1L39A 1HEMA 1L02A 1OUGA 4I8SA 1LHJA 2B73A 3EXDA 5F9XA 1P5CA 4H9BA 6LYTA 1LSPA 4GBRB 1T6HA 1JHLA 2BQIA 4I7RA 2RB2X 1WTMA 187LA 2W1MA 4ARPA 1CJ6A 2RH1A 1L49A 1L21A 220LA 2RBSA 4NGOA 1SX2A 1KY0A 258LA 4GRVA 2BQCA 1D0MA 1FBIX 3GUNA 3A95A 4QDNA 2W1YA 4GN3A 2B6TA 1VDPA 1QUSA 1QUHA 1L96A 4N1EI 3DMXA 5F14A 2OEAX 2BQMA 4KT3A 2Q9DA 1ZVYB 3W6DA 1L13A 2DBTA 2MEEA 3A93A 4TSCA 1L31A 2F32A 2PC2A 4B0DA 1L07A 3TMUA 1L30A 1FLQA 5F16A 4EPFA 1C6JA 196LA 5LAFA 1TLAA 166LA 2B6ZA 3GUIA 4EOFA 1QTCA 2HEDA 4UWVA 1LZYA 1C08C 221LA 249LA 1XEKA 3LZ2A 2BQEA 4DD7A 1PS5A 5FSTA 1JKAA 3DMVA 4ARMB 3A67Y 1GEZA 4ZFPA 2N5ZA 4I7NA 1GF9A 1LGUA 4OOOA 1E8LA 147LA 1GBWA 4EKSA 1LCNA 181LA 1L71A 2Z39A 3WVXA 1B7OA 1QT3A 243LA 4J0LA 1C69A 4J1AA 253LA 1LMNA 7LYZA 1IR8A 4II8A 4PJZA 5LAGA 3TXKA 4RW1A 5I4XA 3TXJA 2BQBA 4WLYA 4ZEEA 178LA 1FKQA 5I53A 1B5VA 1L0KA 2BQAA 2RBPA 1GD6A 3GXRA 2ZILA 240LA 4DD0A 3P4ZA 3C80A 144LA 1UBZA 2BQFA 5KXLA 1W08A 5KXKA 1UIHA 2XQOA 1D3FA 259LA 1PQOA 1L97A 1C65A 3ZVQB 1L69A 4RLMA 1BWJA 3EMSA 1L90A 1VDQA 4EKQA 1LZ4A 4H94A 1IOCA 1DKJA 2RSCA 1LSDA 1OUFA 4HJZA 1GF8A 1LW9A 3WU8A 162LA 3HWLA 2Q9EA 3ATNA 1D0KA 3RW8A 3SB5A 2XJWA 3HTDA 5KXTA 5KXOA 1OUJA 1HNLA 1LMCA 4LYTA 3F9LA 233LA 1KXXA 1BVXA 3HDFA 1LJHA 2LC9A 2EQLA 4BADA 4NWEA 230LA 4ET9A 1HEPA 1L27A 1QUTA 4DWXA 5FHWA 4L41A 119LA 1GHLA 2OU9A 4ETAA 1LZAA 3CT5A 1LZ9A 1QSAA 1LYSA 2MEBA 4RW2A 1OUEA 5HQ1A 3FI5A 1LZ8A 3FE0A 1CUPA 2HEFA 1C6HA 4W52A 4CFOA 3D9AC 1JIYA 1WQRA 1B0DA 5B1GA 4W54A 3N9EA 1UIFA 1GBXA 3DN6A 3N9CA 1L73A 1JWRA 2BQHA 217LA 1GB6A 4I7PA 4C5FA 3SBBC 1OV7A 1PQIA 1W6ZA 4WMGA 4DQ5A 5DL9A 1LPIA 1LTMA 3DN4A 2FYDA 1XEIA 180LA 2QARC 1B9OA 4H9AA 1QT7A 1TDYA 4NY5A 2X0AA 1L10A 1CU6A 4ETBA 4WO9A 4MR1A 165LA 4FJRA 1OUHA 1LZSA 1C6BA 3BKHA 3ZEKA 134LA 5J7CA 1HF4A 254LA 171LA 1I20A 5APCA 3A3RX 4EKRA 4GCCA 146LA 3WULA 1QS9A 2LYMA 1LSNA 2DQAA 5L3HA 1C61A 3SB7A 1JISA 4H8XA 4WL6A 2B70A 1IP1A 1LAAA 213LA 3EBAB 3QAKA 1QT6A 1OVHA 1HEQA 5KXSA 167LA 4WM4A 4LGKA 3TXFA 1DYCA 3HFMY 4CHXA 1L17A 1F10A 1QT8A 3C8SA 3QY4A 2EPEA 1L80A 1L00A 4CGEA 5ILFA 1SSWA 1HSXA 219LA 3TXEA 1WQPA 3A34A 4PHIA 4DKLA 1LZNA 1EQ5A 1G07A 3WW5A 1L67A 3B0OA 1UIGA 3EO5A 184LA 5DM9A 3W6EA 1L85A 4GN5C 3QE8A 5KXMA 1CV5A 128LA 3RUNA 5APFA 1B7RA 3L64A 3CDOA 1T3PA 172LA 2Z18A 1QSWA 3AGHA 1L92A 1IOTA 1DYFA 1J1XY 3A6CY 3HH5A 1LZBA 1LSFA 3W6CA 1T8AA 1WQQA 1YAPA 1L55A 1L62A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QDR A;  4LYM A;  5IDD A;  1L54 A;  1CV1 A;  199L A;  1L61 A;  3HH6 A;  111L A;  1JQU A;  3CSR A;  4NHI A;  4YX7 C;  3A92 A;  192L A;  4IAP A;  3AZ4 A;  4WM6 A;  1DQJ C;  4X3B A;  1BQL Y;  1C6E A;  4XYY A;  1LSY A;  4LFX A;  1GEV A;  5HNC A;  2BQL A;  2HU3 A;  137L A;  4XJG A;  1JJ0 A;  4DC4 A;  4ETE A;  1L94 A;  4NEB A;  1LZE A;  4WLT A;  2G4P A;  2LYZ A;  8LYZ A;  4WM5 A;  1L32 A;  1LI3 A;  3L2X A;  3CT1 A;  2Y8P A;  1AM7 A;  4YEO A;  3V2W A;  1KIP C;  1XGU C;  3A3Q A;  3SN6 R;  2YSS C;  1C68 A;  127L A;  3A96 A;  1CTW A;  4OOT A;  1L46 A;  3D3D A;  1K28 A;  1B7Q A;  3LYO A;  1BB3 A;  1JPO A;  143L A;  1YKX X;  122L A;  1OYU A;  4TWS A;  1OWZ A;  1SWY A;  1XEJ A;  1L35 A;  251L A;  4W57 A;  1QTB A;  1P7S A;  225L A;  4AXT A;  1B7P A;  5L3I A;  1G0P A;  3SB6 A;  1V7S A;  4J7V A;  5LIN A;  4WG1 A;  227L A;  2HUB A;  3GUJ A;  4NGK A;  4N1C C;  1L91 A;  1YAQ A;  4AGA A;  2H5Z A;  1C6T A;  4HTN A;  3W6B A;  5LYM A;  2NTH A;  177L A;  3TMV A;  1WTH A;  1LLH A;  4NIJ A;  3CB7 A;  4ETD A;  2BPU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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