3HT6A

2-methylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ht6A00
138LA 1L64A 2F47A 1L06A 1C6PA 1CV1A 1L87A 3HDEA 141LA 1L63A 1XJUA 2OEAX 3QAKA 4W51A 1G0PA 219LA 1XJTA 3GUNA 3ODUA 1L95A 236LA 1C6FA 4E97A 1LGXA 131LA 1ZURA 1LGUA 3DN3A 229LA 2OE9X 1G06A 1CV6A 1L02A 256LA 3C7YA 175LA 1LYGA 1QUDA 1D2WA 1PQKA 2A4TA 2Q9DA 1LYFA 1L27A 1OVHA 1CV0A 1P3NA 130LA 1I6SA 1L67A 1G0LA 3V2YA 1C68A 4LDEA 232LA 3DMXA 231LA 183LA 3SBBC 4EKRA 1L79A 1L77A 1P46A 4PJZA 2O4WA 1L03A 5LZMA 1QTBA 3FA0A 167LA 1L10A 1LI3A 149LA 1OWZA 1QT8A 1L50A 164LA 3OE0A 191LA 3HT9A 235LA 1L04A 1L88A 148LE 1L53A 1CV4A 1L92A 1C61A 1QT7A 1L60A 3GUOA 1L89A 1EPYA 4I7RA 1L26A 1L84A 3SB7A 1LWGA 3HH3A 3SB9A 2O7AA 1L36A 107LA 1JTMA 1G07A 1C62A 3DMZA 1XEPA 186LA 127LA 1C6HA 1L80A 166LA 195LA 1CU0A 1L15A 4ZPUA 3UONA 3CDRA 2LZMA 227LA 4W59A 3NY8A 1OV7A 1JQUA 3G3WA 1L52A 4K5YA 1L97A 1PQJA 3NY9A 1L47A 1L69A 4W55A 7LZMA 1L83A 1QSBA 1L94A 223LA 200LA 1DYEA 221LA 2CUUA 1L38A 3K2RA 3DKEX 1L08A 165LA 182LA 1CU6A 2B6XA 109LA 1OV5A 2B73A 162LA 114LA 241LA 247LA 1P37A 1L65A 214LA 1L35A 1P2LA 237LA 2IGCA 3FADA 2ANXA 1C66A 3F9LA 1L61A 1L25A 2RH1A 2B6TA 209LA 205LA 155LA 1G0KA 1SX2A 3PBLA 243LA 1L0JA 2OTYX 4GBRB 1P36A 1C6CA 2QB0B 1SSYA 210LA 2RBSA 1TLAA 1C6QA 3HH4A 1P6YA 4ARMB 4I7JA 4DAJA 139LA 1LWKA 3OE9A 246LA 198LA 128LA 4W56A 1L72A 3DMVA 1OYUA 1CU3A 1P7SA 144LA 1L37A 3V2WA 226LA 2NTGA 1C6DA 3C80A 3C7WA 1L22A 1T97A 1LW9A 220LA 1L56A 4I7TA 1JTNA 1C6EA 1L59A 4PK0A 239LA 3C82A 1L86A 140LA 1SX7A 163LA 1P64A 3DNAA 115LA 169LA 1P5CA 1QSQA 150LA 3CDOA 4OO9A 2L78A 2OE7X 2B72A 3HH6A 4ARQA 1D2YA 244LA 3C8RA 3HUQA 4I7NA 1LGWA 1L14A 1L62A 1CUQA 1L33A 3JR6A 258LA 262LA 2RAZX 3C83A 147LA 2B75A 176LA 1L17A 1L66A 110LA 1G0QA 189LA 4YX7C 3OE8A 1NHBA 1P2RA 2HULA 1L0KA 1L44A 2OU0X 3SB5A 2RBOA 3CDVA 1L32A 1OVKA 1G0JA 2Z6BA 129LA 1QUGA 3HDFA 3HTGA 2Q9EA 3DN4A 1L51A 192LA 5I14A 2NTHA 4I7OA 125LA 1SSWA 3SN6R 1C67A 2RBRA 4EPFA 122LA 3G3VA 1C6KA 1L00A 1C6NA 1DYCA 170LA 1L73A 1L34A 145LA 3HUKA 1C69A 1DYFA 1LI6A 211LA 4I7MA 255LA 1ZYTA 1G0MA 2RBNA 1C6MA 4ARPA 3GUJA 3HT8A 1KW7A 1DYGA 1L90A 181LA 3HTFA 1L40A 3GULA 4I7KA 3G3XA 3HWLA 1PQOA 3DN1A 1L75A 2HUMA 168LA 1WTHA 253LA 3VW7A 1L74A 196LA 1QT5A 224LA 2OE4X 245LA 3L2XA 4AQNA 1KNIA 2LCBA 3GUPA 1DYAA 112LA 2ANVA 152LA 108LA 1QT6A 3HU9A 1G0GA 1KY1A 3HUAA 1L28A 3SB6A 1LYIA 4YXAC 3L64A 4W54A 1L18A 261LA 2B6ZA 3CDQA 254LA 218LA 1SWYA 1LYEA 1L98A 1LPYA 1C63A 1L29A 3C8SA 206LA 1T8AA 2B6WA 228LA 1C65A 1LYDA 1QTHA 199LA 1L21A 156LA 2B70A 197LA 177LA 1L91A 1QTZA 201LA 2OTZX 4DKLA 137LA 1D3FA 171LA 3C8QA 178LA 4S0WA 4EKPA 1L07A 3GUIA 4YXCA 4LDLA 2RAYX 160LA 1L05A 3EMLA 1L46A 260LA 1L11A 1PQMA 172LA 2OU9A 1CX7A 4LZMA 157LA 4EPIA 4IAPA 1C6AA 104LA 1QTCA 1QT3A 1C6GA 1D9WA 1L96A 180LA 1L57A 248LA 119LA 1C6JA 4EKSA 4EXMA 4I7PA 2OU8A 4I7QA 1CX6A 1ZWNA 249LA 1K28A 1L54A 3OE6A 3DN8A 159LA 234LA 212LA 151LA 142LA 190LA 3HTDA 2O79A 2QARC 3DN0A 6LZMA 103LA 1L68A 1SWZA 257LA 4GRVA 4W52A 4EKQA 1LYHA 1KW5A 1L24A 1G1WA 1QUOA 2RB0X 1QS9A 4ARLA 188LA 187LA 1D3MA 4ARQB 1DYBA 2B7XA 174LA 1QTDA 4I7LA 4LDOA 1LYJA 1L58A 1LLHA 1L49A 233LA 2LC9A 185LA 158LA 1DYDA 2HUKA 259LA 4EJ4A 240LA 1C64A 1L81A 4W58A 215LA 213LA 2RB2X 1OVJA 4ARJA 1PQDA 1CU5A 3LZMA 120LA 1L13A 1B6IA 1G1VA 3RUNA 216LA 1PQIA 3C7ZA 1L93A 1L12A 2F2QA 238LA 3RZEA 1CVKA 1L85A 3HU8A 123LA 1QT4A 3FI5A 3HT6A 1QS5A 1L01A 230LA 3SBAA 2B74A 1CUPA 3DN2A 1L76A 3SB8A 1C60A 126LA 242LA 250LA 3F8VA 3GUKA 2RBPA 1L55A 111LA 184LA 1L45A 3D4SA 143LA 1CV5A 1OWYA 3HH5A 1L30A 1L39A 1L99A 113LA 1KS3A 1T6HA 3CDTA 161LA 1C6LA 252LA 1L09A 4ARMA 3HT7A 1L16A 1L71A 173LA 1QUHA 1CTWA 1L41A 3GUMA 3C81A 4I7SA 2RB1X 118LA 4DJHA 102LA 1T8FA 1L82A 1CU2A 1QTVA 2RBQA 1CV3A 1KY0A 1L42A 3PDSA 4W57A 2B6YA 1L20A 3DN6A 1L23A 4W53A 3NYAA 1C6IA 1L48A 1P56A 1D3NA 251LA 222LA 1L43A 1D3JA 1L31A 1T8GA 146LA 1LI2A 3HTBA 2F32A 1L19A 217LA 1C6BA 1L70A 225LA 1C6TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
138LA 1L64A 4OOOA 1L06A 1CV1A 4H9HA 1CKHA 1B7PA 2XTHA 219LA 5IELA 2DQIY 1L95A 2BQIA 1PS5A 1LGXA 1ZURA 229LA 4C5FA 2OE9X 2F2NA 5AMYA 175LA 1D2WA 1LSCA 1LYYA 2Q9DA 3WPLA 1GBOA 1B7MA 1IOSA 130LA 1I6SA 1G0LA 3CQLA 1B7LA 1C68A 232LA 231LA 4EKRA 1B7NA 1LYOA 4YOPA 3AZ7A 1QTBA 3FA0A 167LA 1LI3A 3AGIA 149LA 1LJFA 1OWZA 1QT8A 1GXXA 4DWXA 2B5ZA 1L88A 1F0WA 3W6FA 4DT3A 3EBAB 1EQEA 1L53A 4NGZA 1C61A 1BWIA 1LHKA 1L89A 1L84A 5KXKA 1LWGA 1L36A 4X3BA 1C62A 4B4EA 3DMZA 1UA6Y 1LKRA 186LA 127LA 1SQ2L 4EMNA 5LYTA 4ZPUA 1BWJA 1IWWA 227LA 4WO6A 1UC0A 1PQJA 1JISA 1L47A 5LVJA 1CJ9A 1B5UA 2LZTA 221LA 5F16A 4G4BA 2B6XA 109LA 1OV5A 2B73A 5B59A 1P37A 214LA 4H90A 1P2LA 3FADA 2ANXA 1C66A 3HBDA 209LA 205LA 4TSBA 4WLDA 1LZNA 1L0JA 2OTYX 5KXTA 4H92A 5F14A 2IFFY 2IHLA 1RJCB 5LIOA 4CJ2A 2CWIA 3HH4A 139LA 1F10A 1GF9A 4H9EA 3A93A 4ETDA 1I1ZA 3OE9A 128LA 4NHTA 4QDNA 1G7IC 1OYUA 1CU3A 2FYDA 2HEDA 3WH1A 3RW8A 2BQCA 1IO5A 4FJRA 1JSEA 1C6DA 1UIDA 1LW9A 1L56A 4I7TA 2RSCA 4XJIA 3WMKA 1H87A 3ULRA 1C6EA 1JKDA 4PK0A 4PPOA 1UACY 5HMJA 140LA 1SX7A 1P64A 1QUSA 1TEWA 115LA 169LA 1OUFA 4PJ2C 150LA 2BQMA 2OE7X 2B72A 5EBHA 4ARQA 1D2YA 244LA 3C8RA 3B0OA 3WU8A 3M18B 1L14A 1L62A 3JR6A 4OWCA 1J1OY 1G0QA 4HPEA 189LA 1P2RA 133LA 1L44A 2D91A 3RZ4A 2OU0X 4GLVA 1DKJA 2ZYCA 1G0JA 2DQAA 2Z6BA 129LA 1QUGA 1VDTA 4N5RA 1IORA 2Z2EA 3DN4A 1AT5A 192LA 3T6UA 1CKCA 2RBRA 3G3BB 1L00A 3CB7A 1YANA 4B4IA 5LA5A 145LA 3HUKA 1DYFA 3A6BY 1F6SA 5APFA 1LSYA 255LA 1ZYTA 2RBNA 1GF4A 1C6MA 4I7KA 3ATNA 4GLAA 1LSZA 3HWLA 3DN1A 1L75A 1WTHA 4NFVA 3VW7A 1JKCA 4W96A 245LA 2LCBA 3GUPA 3IJUA 112LA 2ANVA 5LYMA 3A3QA 4NHQA 3K3TA 4LYCA 1GDWA 1KY1A 5FHWA 1LYIA 1LMTA 1IY4A 4YXAC 1L18A 4H93A 1FLWA 5FDJA 254LA 5DLAA 1SWYA 5LVGA 4I8SA 4YF2A 3G3AB 2W1XA 2Z39A 2EKSC 1QTHA 2XBRA 1GWDA 1L21A 1L91A 1QTZA 4DKLA 1D3FA 4NHPA 3GUIA 1IR8A 4LDLA 1GFVA 160LA 1L05A 1LMOA 1PQMA 172LA 4LZMA 1CX7A 157LA 104LA 1QTCA 5B1GA 1BB6A 4QEQA 2MEBA 180LA 1C6JA 1HHLA 1BVKC 153LA 4I7QA 3WPKA 1L54A 3OE6A 1ZV5L 159LA 4LT3A 4XN6A 1WTMA 5HLLA 4ANRA 1YILA 1VATA 3HFMY 1SWZA 257LA 4WM1A 1L24A 4R0FA 2RB0X 1GE3A 1XEJA 2BAAA 1LJKA 1GXV2 3LHMA 4NGLA 3GXRA 1JUGA 2B7XA 174LA 4PRUA 3RU5A 6LYTA 1LYJA 1OUGA 1LSAA 3SP3A 1REXA 5M1YA 5J7CA 1DZBX 1DYDA 4QY9A 3WPJA 1GB7A 3A90A 1C64A 213LA 2Z12A 4B4JA 1LHLA 4QGZA 120LA 1L13A 1G1VA 2BQGA 4OWAA 5B07A 1LZSA 5KXZA 1AKIA 4IASA 2FBBA 1QSWA 2LHMA 4WM4A 3HU8A 3MGWA 1QT4A 3RNXA 4DYGA 207LA 3M3UA 1NDGC 2W1MA 2BQBA 1CJ6A 1L76A 2BQOA 1C60A 3GUKA 1B5WA 4N0JA 2Z37A 3AJNA 111LA 3B72A 1L99A 2BQHA 1T6HA 3CDTA 4DD3A 4ARMA 3HT7A 1L16A 2HEFA 5E9RA 2G4QA 173LA 4HSFA 1QUHA 4UWUA 3TXJA 4PRQA 1JPOA 4W57A 1CV3A 3TXDA 3PDSA 3ATOA 1EQ4A 4OWHA 1EL1A 4N9RA 3NYAA 1C6IA 1LJJA 1L43A 1O23A 1D3JA 3FI7A 2BQNA 146LA 1GB2A 1H6MA 4NEBA 4M4OA 3QY4A 4GN4A 1D6PA 1C6PA 1NQIA 1LZ8A 2MEIA 2OEAX 1PZYA 4P2EA 1G0PA 1XGPC 4LYTA 1GE4A 1LSNA 1C6FA 236LA 1G06A 1L02A 4DD2A 1QUDA 1GFEA 5LXWA 3TXHA 1LYFA 5KXPA 4AGAA 1CV0A 1LZTA 2FYCA 1LCNA 3V2YA 4WLXA 1IWVA 3WUAA 3SBBC 3DMXA 4ZFPA 2CGIA 5KXXA 1L77A 2O4WA 4DQ7A 1KXWA 2HTXA 1CKGA 2DQJY 1B5ZA 3HT9A 4H9BA 235LA 1GFJA 4NGWA 2D4KA 4EOFA 4KPMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 138L A;  1L64 A;  4OOO A;  1L06 A;  1CV1 A;  4H9H A;  1CKH A;  1B7P A;  2XTH A;  219L A;  5IEL A;  2DQI Y;  1L95 A;  2BQI A;  1PS5 A;  1LGX A;  1ZUR A;  229L A;  4C5F A;  2OE9 X;  2F2N A;  5AMY A;  175L A;  1D2W A;  1LSC A;  1LYY A;  2Q9D A;  3WPL A;  1GBO A;  1B7M A;  1IOS A;  130L A;  1I6S A;  1G0L A;  3CQL A;  1B7L A;  1C68 A;  232L A;  231L A;  4EKR A;  1B7N A;  1LYO A;  4YOP A;  3AZ7 A;  1QTB A;  3FA0 A;  167L A;  1LI3 A;  3AGI A;  149L A;  1LJF A;  1OWZ A;  1QT8 A;  1GXX A;  4DWX A;  2B5Z A;  1L88 A;  1F0W A;  3W6F A;  4DT3 A;  3EBA B;  1EQE A;  1L53 A;  4NGZ A;  1C61 A;  1BWI A;  1LHK A;  1L89 A;  1L84 A;  5KXK A;  1LWG A;  1L36 A;  4X3B A;  1C62 A;  4B4E A;  3DMZ A;  1UA6 Y;  1LKR A;  186L A;  127L A;  1SQ2 L;  4EMN A;  5LYT A;  4ZPU A;  1BWJ A;  1IWW A;  227L A;  4WO6 A;  1UC0 A;  1PQJ A;  1JIS A;  1L47 A;  5LVJ A;  1CJ9 A;  1B5U A;  2LZT A;  221L A;  5F16 A;  4G4B A;  2B6X A;  109L A;  1OV5 A;  2B73 A;  5B59 A;  1P37 A;  214L A;  4H90 A;  1P2L A;  3FAD A;  2ANX A;  1C66 A;  3HBD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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