3HT7A

2-ethylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ht7A00
1D9WA 1QTBA 1L69A 123LA 200LA 254LA 1C6KA 4EKRA 110LA 1L76A 1C6CA 1XJTA 2HULA 166LA 3SB5A 149LA 1P6YA 4S0WA 129LA 1QUHA 1QSQA 146LA 2B6TA 3HT6A 1L14A 3SBAA 4EKSA 4OO9A 161LA 1CX6A 242LA 1LYHA 3HH4A 102LA 190LA 1L83A 1T6HA 1KY0A 139LA 140LA 2NTGA 1K28A 158LA 3SBBC 1G0JA 1QT3A 150LA 104LA 1QTZA 1CU3A 1L45A 221LA 1DYEA 1L42A 3HDEA 3HWLA 3SB8A 3HTFA 260LA 246LA 3GUJA 3SN6R 223LA 3GUMA 3VW7A 1P36A 3C7ZA 2O7AA 241LA 3F8VA 1C6EA 2HUMA 1L91A 2OU9A 145LA 225LA 1L48A 113LA 1L97A 1QT8A 2NTHA 1SX7A 1QUDA 125LA 1LGWA 1P46A 1DYDA 168LA 3G3XA 2RB1X 178LA 175LA 1L40A 1CTWA 1D3JA 4PJZA 3NY9A 127LA 1L79A 1C6IA 1L72A 189LA 1DYGA 1PQJA 196LA 1L86A 2RB2X 1L36A 3CDVA 169LA 1LYIA 261LA 229LA 2ANVA 1ZYTA 3DMZA 1DYFA 3DN8A 1LI3A 1SSWA 2ANXA 4ARQB 3HUAA 192LA 3SB6A 4EXMA 4EJ4A 217LA 162LA 176LA 1C6TA 4YX7C 137LA 3C8SA 3SB7A 3C83A 1KY1A 1C6BA 1L49A 255LA 3F9LA 3DN6A 3HU8A 2B74A 4ARLA 1L63A 3L64A 2RBSA 6LZMA 214LA 4ARQA 2B72A 1L34A 1L59A 2B75A 144LA 1L23A 147LA 2OTZX 177LA 1L09A 1KW7A 1OVJA 198LA 1JTMA 4EKPA 180LA 1L01A 2OU0X 1L46A 1PQDA 1L98A 2B6ZA 201LA 4I7PA 1DYBA 2Q9EA 4LDOA 1PQOA 4W53A 226LA 3C8RA 3V2WA 4LDLA 1L0JA 1G06A 3HT9A 1L87A 1P7SA 1D3FA 128LA 4GRVA 3LZMA 3DN1A 1L62A 172LA 1C63A 1L94A 155LA 1SX2A 4DKLA 236LA 3HT7A 253LA 1L02A 160LA 1DYCA 1L12A 1L54A 1L28A 159LA 231LA 4W57A 1L50A 3C82A 3HT8A 2F32A 1L82A 2B6WA 3HH6A 4ZPUA 1L0KA 4W58A 183LA 1C6MA 243LA 1G0MA 1C67A 1CX7A 235LA 1C6PA 1G0KA 3NY8A 170LA 2OU8A 187LA 3GUPA 1QUOA 120LA 1KS3A 1L41A 219LA 3GUOA 1L18A 148LE 1L47A 257LA 191LA 1G0QA 1L07A 1OWYA 1L73A 1P2LA 1L61A 3HUQA 3DMVA 1LW9A 3CDRA 3HH3A 1QTDA 1C6GA 2HUKA 3DKEX 224LA 215LA 1P37A 2O4WA 1LYJA 4ARJA 151LA 213LA 3HTGA 2OE9X 3EMLA 1L66A 1G0LA 262LA 2A4TA 1CVKA 1L65A 4PK0A 2LCBA 1L25A 4IAPA 1L05A 1OV7A 1C62A 234LA 1LYGA 163LA 3GUIA 1L81A 1LYEA 1P5CA 212LA 1LI6A 1P2RA 1LLHA 239LA 165LA 1CU5A 174LA 143LA 1LI2A 1CU6A 1LYDA 1L08A 1L71A 3OE6A 3C8QA 1KW5A 114LA 1L44A 1OVHA 109LA 238LA 1QT7A 4I7NA 2RBRA 4W51A 4I7TA 3NYAA 1L00A 4W52A 1CUQA 1QTCA 118LA 1T8AA 3ODUA 1DYAA 108LA 1SSYA 4EPFA 186LA 1L30A 1L88A 1L17A 220LA 1L74A 1D2WA 1L56A 164LA 1JTNA 252LA 167LA 1QTHA 119LA 1L04A 3QAKA 1D2YA 251LA 216LA 3DN3A 4AQNA 1C6DA 1L13A 209LA 3HTBA 3K2RA 2B70A 230LA 4I7JA 4YXCA 1C6LA 1JQUA 1L35A 233LA 1L38A 1CV4A 2RB0X 3DN4A 1C6HA 1T8FA 1WTHA 3FA0A 1CV0A 1OVKA 248LA 1LWKA 184LA 218LA 256LA 1C61A 1C68A 1P3NA 111LA 1XEPA 1L80A 1LGXA 188LA 1OYUA 1L84A 206LA 112LA 3OE8A 1G1VA 1OV5A 1L10A 2B73A 1QT6A 2Z6BA 4EKQA 244LA 1L24A 1CV1A 1T8GA 1L21A 240LA 130LA 1QSBA 1I6SA 1QS5A 1SWYA 2RAYX 3HDFA 4I7QA 3GUKA 3UONA 4DJHA 3HH5A 3FI5A 1L15A 3G3WA 3PBLA 182LA 126LA 1OWZA 227LA 1L37A 1QT4A 1L99A 1CV5A 2OTYX 1QS9A 1L90A 1L68A 3GULA 4ARPA 1EPYA 1L06A 2B6YA 199LA 2RBOA 249LA 3DN0A 142LA 3RZEA 1QTVA 1L19A 1L57A 171LA 1C6FA 2L78A 1L95A 1QT5A 3SB9A 1ZWNA 232LA 4EPIA 1L52A 1L77A 1G0PA 1L55A 3HUKA 2RBQA 3RUNA 1C69A 1L53A 4I7OA 1CUPA 1B6IA 3D4SA 4DAJA 1C60A 131LA 258LA 3C7YA 1CV6A 2IGCA 138LA 2CUUA 195LA 4YXAC 1L89A 122LA 4I7SA 115LA 1LPYA 2LC9A 1ZURA 1CV3A 222LA 141LA 3DNAA 156LA 1G07A 1L96A 1L16A 1L67A 3PDSA 1G1WA 3DN2A 1L85A 1C6JA 2QB0B 4I7KA 1L29A 1L58A 3CDTA 3G3VA 211LA 173LA 1L26A 1L93A 1PQMA 2B6XA 210LA 3C80A 4ARMB 152LA 1L31A 1CU0A 1CU2A 2O79A 4W55A 181LA 1C6AA 1L70A 1C66A 250LA 3HU9A 1LWGA 3L2XA 1NHBA 245LA 1L03A 107LA 1L20A 3C7WA 2OEAX 1D3MA 2RBPA 4E97A 1L33A 4LZMA 4LDEA 3C81A 1G0GA 2RAZX 1L92A 3HTDA 4GBRB 1L39A 4I7LA 4ARMA 1T97A 2OE4X 4W56A 247LA 1TLAA 1L22A 197LA 1D3NA 1P64A 1L60A 1L11A 4W54A 1L75A 3V2YA 1C6NA 1LGUA 1PQKA 103LA 1PQIA 157LA 1C6QA 7LZMA 1QUGA 1L51A 1P56A 228LA 2B7XA 2RH1A 2QARC 5LZMA 3CDOA 3CDQA 2Q9DA 2F2QA 2RBNA 1L64A 1C65A 237LA 3OE9A 4K5YA 259LA 1C64A 1SWZA 5I14A 1LYFA 1L32A 1KNIA 3OE0A 2F47A 4I7RA 1XJUA 2LZMA 1L27A 2OE7X 3GUNA 1L43A 3DMXA 4W59A 4I7MA 185LA 205LA 3JR6A 3FADA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ETAA 1L69A 123LA 1DI4A 1NQIA 3AJNA 5I4WA 4BADA 1NBYC 1B7LA 1XJTA 2HULA 1P6YA 1QSQA 2W1MA 146LA 3A3QA 1WQNA 4H8XA 1AT6A 1MLCE 4CHXA 3T6UA 2YDGA 1B7QA 1LYHA 3HH4A 102LA 2BQLA 1LKSA 2NTGA 4OOOA 5IHGA 1QT3A 1YAMA 104LA 4NGYA 3WUMA 1L45A 1LHLA 2BQKA 3HWLA 2F4GA 3B0OA 1VFBC 260LA 1LSMA 2WARA 1P2CC 194LA 2DBTA 3RU5A 3F8VA 3TXGA 1LJKA 1L91A 1GXXA 2IFFY 5LYTA 2LYMA 1QDTA 3A93A 3TXDA 4B49A 1QT8A 1HFZA 4ETCA 1DYDA 3QY4A 168LA 3G3XA 2RB1X 4WO9A 1CKHA 1EL1A 1D3JA 4PJZA 127LA 1L79A 4NHQA 1LJHA 1B9OA 4H94A 196LA 2RB2X 3CDVA 4H9EA 229LA 1ZYTA 3DMZA 3W6EA 1IWTA 1HEWA 4NGLA 1LI3A 3TMXA 4ARQB 1LZ4A 192LA 3TXKA 1LMNA 3SB6A 5HLLA 1BGIA 4YX7C 2Z19A 3C8SA 1UBZA 1C6BA 1KY1A 3FI7A 5KXPA 4DQJA 2B74A 4NHTA 4ARLA 4H9HA 4R6CA 3TXIA 5LYZA 1L59A 1L23A 177LA 1KW7A 2IHLA 1YAQA 1JTMA 1AM7A 1L01A 2OU0X 4N1EI 1FN5A 2B6ZA 1BB7A 1DYBA 1L0JA 1G06A 4LYBA 5I54A 1YANA 1L87A 1P7SA 3LYMA 3DN1A 172LA 1C63A 1LSFA 3LYZA 5KXSA 1DQJC 1QDRA 1LHJA 4DKLA 4NGOA 1L02A 5F9UA 160LA 1DYCA 1IOSA 4WLXA 4W57A 1LJNA 1ZV5L 4ETDA 4DD2A 2F32A 3MGWA 183LA 1G0MA 3WUAA 4IASA 1LTMA 3WW6A 3NY8A 4LFPA 3HBHA 4KL7A 1KS3A 219LA 2HEEA 257LA 191LA 5FHWA 2BQBA 3RNXA 1L07A 1P2LA 4H9FA 1L61A 4N8ZA 4X3BA 2HUKA 1OUFA 2YBIA 151LA 1LZDA 3HTGA 3W6BA 2OE9X 3WU7A 1L66A 262LA 5HNCA 4LYCA 1IP7A 1LSCA 4OWHA 1L65A 3W6AA 1IWWA 2DQIY 2BQMA 1GF0A 4IAPA 1L05A 1IP2A 1C62A 163LA 1LYYA 4OW1A 1JTTL 3RT5X 4Z41A 212LA 2D4IA 1P2RA 2YSSC 165LA 1CU5A 2MEEA 2HU3A 1LYDA 1REYA 3K3TA 3A90A 1XEIA 3CT0A 1LSDA 4TWSA 109LA 1C43A 2CWIA 5E9RA 1QTCA 1GE0A 3TMUA 108LA 1WTNA 132LA 1L30A 1IO5A 1GWDA 4LT2A 1L88A 4YF2A 4WM1A 1QTHA 2VB1A 3OK0A 1OP9B 1ZVYB 1D2YA 3WU9A 4IJ4A 1L13A 209LA 3HTBA 1GF5A 230LA 4YXCA 154LA 5D5CA 1L38A 2LHMA 1C6HA 1T8FA 1WTHA 2EIZC 3N9EA 248LA 2MEDA 4XN6A 1LJIA 218LA 3W6DA 1LMPA 1C68A 4H93A 4NGZA 4CFPA 1LGXA 188LA 1L84A 1D9UA 1OV5A 2Z6BA 1FKVA 244LA 5DLAA 1L21A 1QSBA 1I6SA 2RAYX 3HH5A 3FI5A 4XJDA 1OWZA 227LA 1IP1A 1QT4A 4NWHA 3WL2A 1AKIA 1BB4A 1L90A 3GULA 4ARPA 1L06A 1IR8A 1JITA 1LSEA 199LA 1LYSA 4B1AA 3DN0A 1L19A 1QT5A 3SB9A 1ZWNA 4EPIA 3LHMA 4YEOA 5KY1A 1L55A 3HUKA 3EXDA 4W96A 1OUJA 4I7OA 1B6IA 1NMMA 1FDLY 3D4SA 4DAJA 1C60A 1A2YC 3BKHA 131LA 258LA 3C7YA 1CV6A 1LJEA 1ZVHL 4NGVA 4GLVA 1GB2A 4OOTA 2YBNA 2D6BA 1G7LC 1LOZA 1CV3A 1HENA 3TXEA 1G07A 1L96A 2HEBA 3M3UA 1BVKC 4G4BA 4OWCA 2W1XA 4XJGA 2H5ZA 152LA 134LA 1G7HC 1L31A 3TXFA 3A96A 4XJBA 4W55A 3VWOA 4HPIA 1IIZA 107LA 5JENB 2OEAX 1D3MA 3B72A 1GE3A 4WM5A 3C81A 4WM3A 1L39A 1T97A 1YAPA 3OJPA 1C6NA 4Z46A 1LGUA 1PQKA 1B5UA 1REXA 1WTMA 1AT5A 1QUGA 228LA 2QARC 5ILFA 2Q9DA 4NFVA 1LZ6A 1C65A 1C7PA 2Z39A 1SWZA 3ATOA 135LA 1LSAA 4H1PA 1LSYA 2XTHA 1BVXA 3OE0A 3LN2A 1IP4A 2BQNA 3DMXA 4W59A 4I7MA 1TCYA 4ZEEA 5I4YA 1D9WA 1B7NA 4WM4A 110LA 4MCKA 1CKCA 1QUSA 1TAYA 1LSBA 149LA 2B6TA 1GE4A 2N5ZA 1B2KA 1JJ1A 1YL1X 1CX6A 1HHLA 1KXYA 3WVXA 1RJCB 1HNLA 139LA 1UA6Y 1UC0A 1HFYA 1G0JA 2H9JA 221LA 1AZFA 4NGIA 1L42A 1GEZA 1GF9A 3HTFA 2YBJA 1KXXA 3WU8A 246LA 5L3IA 223LA 4HTNA 1C6EA 2HUMA 2OU9A 5KXWA 4N9RA 4WL7A 1L97A 5C6IA 2NTHA 1SX7A 1QUDA 2YBMA 1GFKA 178LA 1LZBA 2BQGA 4N0JA 2I26L 3NY9A 4BAFA 2XJWA 1F0WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ETA A;  1L69 A;  123L A;  1DI4 A;  1NQI A;  3AJN A;  5I4W A;  4BAD A;  1NBY C;  1B7L A;  1XJT A;  2HUL A;  1P6Y A;  1QSQ A;  2W1M A;  146L A;  3A3Q A;  1WQN A;  4H8X A;  1AT6 A;  1MLC E;  4CHX A;  3T6U A;  2YDG A;  1B7Q A;  1LYH A;  3HH4 A;  102L A;  2BQL A;  1LKS A;  2NTG A;  4OOO A;  5IHG A;  1QT3 A;  1YAM A;  104L A;  4NGY A;  3WUM A;  1L45 A;  1LHL A;  2BQK A;  3HWL A;  2F4G A;  3B0O A;  1VFB C;  260L A;  1LSM A;  2WAR A;  1P2C C;  194L A;  2DBT A;  3RU5 A;  3F8V A;  3TXG A;  1LJK A;  1L91 A;  1GXX A;  2IFF Y;  5LYT A;  2LYM A;  1QDT A;  3A93 A;  3TXD A;  4B49 A;  1QT8 A;  1HFZ A;  4ETC A;  1DYD A;  3QY4 A;  168L A;  3G3X A;  2RB1 X;  4WO9 A;  1CKH A;  1EL1 A;  1D3J A;  4PJZ A;  127L A;  1L79 A;  4NHQ A;  1LJH A;  1B9O A;  4H94 A;  196L A;  2RB2 X;  3CDV A;  4H9E A;  229L A;  1ZYT A;  3DMZ A;  3W6E A;  1IWT A;  1HEW A;  4NGL A;  1LI3 A;  3TMX A;  4ARQ B;  1LZ4 A;  192L A;  3TXK A;  1LMN A;  3SB6 A;  5HLL A;  1BGI A;  4YX7 C;  2Z19 A;  3C8S A;  1UBZ A;  1C6B A;  1KY1 A;  3FI7 A;  5KXP A; 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