3HT8A

5-chloro-2-methylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ht8A00
1C6CA 1L46A 178LA 1C63A 1C68A 258LA 108LA 1C64A 1D3FA 3HTDA 3G3WA 3GUIA 110LA 1L86A 1T8AA 2LC9A 111LA 4DKLA 222LA 2OE9X 3GULA 3JR6A 3V2WA 4YX7C 1T6HA 103LA 2OEAX 3SB7A 131LA 150LA 185LA 1L29A 3CDQA 3HUQA 126LA 1G1VA 1P5CA 4EXMA 3HH3A 166LA 1L01A 4I7LA 3UONA 247LA 146LA 1LYJA 249LA 1P36A 167LA 2OU9A 4W53A 1EPYA 195LA 3CDVA 2RBRA 1L04A 1QUHA 1OWZA 1G1WA 1L81A 1C6NA 2F47A 4W51A 1OVHA 177LA 1L21A 3HDEA 2RB2X 1L93A 1KW5A 1DYDA 1L16A 1L10A 2B6TA 188LA 1C60A 1L79A 1D9WA 1CU6A 1LWKA 160LA 2O7AA 2ANXA 3RZEA 1L30A 4EKRA 1OVJA 1DYGA 1L50A 3C7WA 4I7MA 2IGCA 2QARC 3NYAA 3SB5A 158LA 1L17A 4ARPA 1LI3A 1LWGA 196LA 3NY8A 1L41A 1CV5A 156LA 1LGUA 3OE9A 212LA 125LA 1TLAA 1P64A 1C62A 183LA 4EJ4A 1PQIA 1L64A 5I14A 129LA 1QT5A 218LA 1ZURA 4ZPUA 1LLHA 1L05A 1C66A 3PDSA 2ANVA 3C7YA 2B6ZA 2LCBA 2RAYX 148LE 1G0KA 1P3NA 1KY1A 1L60A 1L76A 1C6TA 1L39A 1QT6A 3HH4A 1ZWNA 225LA 4ARLA 1P2RA 1C6PA 4EKQA 236LA 253LA 3K2RA 184LA 1QTVA 3C7ZA 198LA 1CU2A 210LA 2L78A 1L22A 102LA 1L02A 1KY0A 1DYCA 1WTHA 1G0GA 4YXAC 1ZYTA 7LZMA 1L62A 231LA 2O79A 1JTMA 1T97A 1L19A 1L0KA 1L37A 1OVKA 1L59A 175LA 1L48A 2Q9EA 176LA 115LA 2RH1A 189LA 2RBQA 1L65A 3HTFA 140LA 1L23A 261LA 3RUNA 1L03A 1CV1A 1L51A 1JTNA 122LA 1DYFA 2B6YA 1C6FA 149LA 2RBPA 1CX6A 181LA 1G07A 162LA 3FI5A 4W52A 200LA 1CVKA 1QTCA 3HT6A 4W59A 3VW7A 4I7NA 2NTHA 4I7JA 1L70A 1L80A 3DN4A 1L40A 4GBRB 1QT3A 1L28A 1LGXA 1L49A 1L89A 199LA 4I7SA 3C8RA 1CTWA 1OYUA 141LA 1SX7A 257LA 2OTZX 229LA 232LA 4EKPA 3C82A 1P46A 1NHBA 1L69A 1L20A 1QTDA 1CUQA 151LA 3V2YA 109LA 1L91A 1P37A 2B7XA 170LA 1QT4A 1LYIA 1CX7A 1L13A 1P6YA 1T8GA 1QSQA 2B6WA 1C6AA 3GUKA 4EPFA 1P56A 213LA 215LA 1L58A 239LA 2RBOA 219LA 1C6LA 2B74A 1L84A 1CV6A 3DMZA 1C6IA 1QSBA 1QT8A 228LA 3SBAA 1C67A 3SBBC 1L94A 1L25A 4EKSA 240LA 2B73A 234LA 1C65A 1LYFA 3DN0A 3SB8A 2F32A 3C80A 211LA 4S0WA 3NY9A 1LYGA 246LA 143LA 1QTBA 251LA 1L53A 1LI2A 2OE7X 1PQJA 152LA 157LA 1L00A 4K5YA 4ARMA 1B6IA 1C6MA 1L72A 205LA 161LA 1L74A 2Z6BA 1L97A 1L26A 144LA 1L61A 242LA 3D4SA 155LA 1XJUA 254LA 2RB0X 191LA 1L82A 1C69A 174LA 2A4TA 3HH6A 1L14A 245LA 3DN2A 216LA 256LA 112LA 1K28A 1L92A 3GUMA 1LW9A 209LA 1G06A 3HDFA 3CDTA 119LA 3QAKA 3FA0A 1LYHA 168LA 223LA 2HULA 2B72A 1CUPA 104LA 4I7KA 190LA 1SSWA 173LA 182LA 2B75A 114LA 1L98A 2B6XA 1QS9A 3G3XA 2OTYX 107LA 3C8QA 259LA 4I7TA 1L66A 3DNAA 1CV0A 2OU0X 260LA 206LA 1L83A 1C6EA 1G0PA 1I6SA 3HT9A 1L88A 4I7PA 237LA 1C6JA 3F9LA 1JQUA 4LDEA 220LA 3CDRA 4ARQA 2QB0B 1QUOA 2HUMA 1D3JA 1C61A 1DYBA 3DKEX 4DJHA 2F2QA 1QUDA 4GRVA 163LA 1L42A 1L52A 3EMLA 3HT8A 169LA 1G0MA 1DYEA 4I7QA 1DYAA 3PBLA 1L54A 1L55A 1D3MA 2RBNA 1LGWA 1PQMA 1L36A 3GUOA 1LYEA 2RBSA 2O4WA 255LA 5LZMA 159LA 1C6BA 4W54A 3HUKA 1L73A 1C6HA 192LA 3HH5A 3OE8A 3GUNA 1D3NA 138LA 171LA 1PQDA 1QTHA 1L57A 1G0LA 233LA 1C6QA 172LA 4W58A 1L71A 2RAZX 3DMVA 4PJZA 187LA 4OO9A 227LA 1L68A 4W55A 186LA 1D2WA 3ODUA 4ARJA 1L32A 3SB9A 235LA 3C83A 4PK0A 1LYDA 128LA 1L12A 3HTBA 1CU5A 3OE6A 1D2YA 1QT7A 1L85A 6LZMA 1L15A 1L24A 1L44A 1L18A 1L75A 1PQKA 164LA 252LA 3L2XA 165LA 2NTGA 1SSYA 3HTGA 1T8FA 1L06A 4LDOA 226LA 1G0QA 1SWYA 2B70A 145LA 3DN1A 1L07A 3C8SA 3DMXA 243LA 1L09A 1C6KA 113LA 1L45A 4AQNA 180LA 1L96A 1L0JA 1P7SA 4IAPA 3HUAA 2HUKA 217LA 238LA 221LA 197LA 1QS5A 1CV4A 2LZMA 142LA 1CU0A 3L64A 4I7OA 2CUUA 1L38A 244LA 3DN6A 250LA 123LA 2OE4X 3HWLA 4ARMB 4YXCA 3FADA 1QTZA 1L56A 1LI6A 1L43A 1OV7A 4DAJA 4E97A 230LA 1CU3A 1L95A 3G3VA 4LDLA 1L99A 147LA 1L63A 1L67A 130LA 120LA 1XEPA 1G0JA 1KS3A 1L08A 1L47A 1L11A 1PQOA 3HU9A 3DN3A 248LA 1OV5A 1SWZA 2Q9DA 1L77A 214LA 3HU8A 139LA 3HT7A 4W56A 3LZMA 3OE0A 1XJTA 241LA 127LA 3GUPA 2OU8A 3CDOA 1SX2A 1L35A 1L33A 1L90A 137LA 1CV3A 1P2LA 1L31A 1C6GA 3GUJA 3SB6A 1OWYA 4EPIA 1QUGA 4W57A 1LPYA 1L87A 1KNIA 4I7RA 2RB1X 1C6DA 118LA 4ARQB 201LA 3SN6R 3C81A 224LA 3F8VA 1L27A 262LA 3DN8A 1KW7A 1L34A 4LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A3RX 3TXFA 108LA 1UUZC 3GUIA 1LSBA 1B5UA 3AGHA 3JR6A 1QSAA 4MR1A 3TMUA 3WU8A 4XJFA 1L29A 1NF5A 4BAPA 2MEBA 3WXTA 1BVXA 4ETEA 4I7LA 3UONA 5HMJA 4XN6A 4ZIXA 4QEQA 1F0WA 1L04A 1IC5Y 1C6NA 2F47A 3OJPA 2DQCY 1LJJA 1CJ9A 1L16A 1L10A 1DI4A 4LYMA 1D9WA 4OWEA 160LA 1V7TA 4WOAA 2ANXA 3RZEA 1L30A 5HNLA 4EKRA 1DYGA 1L50A 4I7MA 4NWEA 4XJDA 4CJ2A 1L17A 1LWGA 1QUTA 3NY8A 2CGIA 2W1XA 3LYTA 212LA 1TLAA 4FJRA 1LZAA 2XBRA 1PQIA 129LA 3CB7A 4NGVA 218LA 2DQIY 5B59A 1L05A 3PDSA 1HEOA 1RI8B 2D4KA 2LCBA 1G0KA 4DDBA 1L60A 3ZEKA 1L76A 1KXWA 1QT6A 3HH4A 1GWDA 3EO5A 1NBYC 1LMQA 1C6PA 4HJYA 2Y8PA 1FN5A 3K2RA 5B07A 1GF7A 5B1FA 5IELA 4H9BA 3RZ4A 2L78A 1KY0A 7LZMA 3RT5X 3WVXA 2HU3A 1T97A 4BS7A 5ILCA 1L0KA 1G7MC 1OVKA 1GE2A 3N9AA 1L59A 2MEDA 1GFKA 2I6ZA 3HTFA 1IY3A 5LAGA 1FKQA 5AMYA 4NHSA 2YDGA 1INUA 3ZVQA 5LVJA 4HV1A 7LYZA 4WO6A 1CX6A 181LA 1G07A 4N1EI 3T36A 4HV2A 2F2NA 3VW7A 3ATOA 5E9RA 4I7JA 1L70A 2MEFA 1HEMA 4GBRB 1QT3A 1B7OA 3A96A 2BQLA 1EL1A 1IC4Y 1BWHA 3WUAA 1L89A 199LA 1CTWA 1C10A 2B5ZA 2OTZX 3TXKA 3BKHA 3W6FA 1ZVYB 1DKKA 1LZYA 3A94A 3IJVA 3V2YA 1P37A 4R6CA 5F9XA 1L13A 4WG7A 1QSQA 4HP0A 1IOSA 1P56A 213LA 2ZYPA 3DMZA 1C6IA 1QSBA 1QT8A 228LA 3SBAA 1JPOA 1C67A 1LJ4A 1REYA 1CJ8A 2DBTA 1LYFA 4N1CC 2F32A 3C80A 211LA 4S0WA 2LZTA 3NY9A 1QTBA 1L53A 5LVKA 1LI2A 4NGJA 152LA 3A67Y 4MCKA 1L00A 4K5YA 1DPXA 1LSEA 5I53A 2BQCA 2BQEA 1GFUA 2Z6BA 1IY4A 1NHEA 2RB0X 4UWNA 1E8LA 2PC2A 153LA 1BVKC 1NKHA 154LA 216LA 3WVYA 1K28A 1L92A 1LW9A 1G06A 1IP4A 4LYBA 3CDTA 2LHMA 2B72A 4H93A 1LZBA 1V7SA 2ZNXY 3WXUA 1GE3A 182LA 4RLNA 1UACY 2B75A 2MEIA 1QDTA 2B6XA 1AZFA 1IP5A 4DDAA 1IR9A 259LA 2ZWBA 4I7TA 1L66A 1YAPA 4LFPA 2OU0X 260LA 4M4OA 1L83A 1C6EA 3HT9A 1LZGA 4II8A 1JISA 1UIDA 220LA 1G7JC 1J1XY 134LA 3AW6A 1QUOA 5HLLA 2F2QA 4NEBA 163LA 3RU5A 3EMLA 3ZVQB 4I7QA 1C08C 4ETCA 1IWWA 3G3BB 2RBSA 3K3TA 4LT1A 4DD3A 4H1PA 3GUNA 1GBXA 1D3NA 4ML7A 1XGRC 5KXPA 4RLMA 1REZA 1LJNA 4TTDA 1PQDA 1QTHA 4WM4A 1G0LA 1IC7Y 4NSIA 2MEGA 3WMKA 1HERA 2BLYA 4EOFA 4OO9A 227LA 4W55A 1OUGA 5B06A 3ODUA 4ARJA 1L32A 3FE0A 4LYTA 1LYDA 3HTBA 1CU5A 3TMVA 3TMXA 1GFJA 1QT7A 1L85A 4ANRA 2H5ZA 1HEQA 1L75A 2NTGA 132LA 226LA 2B70A 4LYZA 145LA 3DN1A 4B1AA 3DMXA 1QTKA 243LA 1L09A 1C6KA 113LA 4H92A 4H9AA 4HJVA 1NQIA 2W1MA 1P7SA 4IAPA 1P2CC 1HNLA 4NHTA 1LYZA 238LA 1CV4A 1G7IC 3J4GA 3TXDA 2LZMA 2MEEA 4OWHA 250LA 4TX7A 2OE4X 4XJIA 1QTZA 1A4VA 1OV7A 3AGIA 230LA 1CU3A 1YANA 1L95A 1UCOA 147LA 1BGIA 1FDLY 1RE2A 2F30A 1LSDA 4TWSA 1LMOA 1KS3A 1L08A 1L11A 1PQOA 2HU1A 4RW1A 1FLUA 1GEZA 1YAQA 2F4GA 2Q9DA 1LHIA 214LA 139LA 1LJ3A 1GXXA 4W56A 4DDCA 1QDRA 1L33A 1L90A 1L31A 5KXRA 5C6JA 3GUJA 1LYOA 3FI7A 1L87A 1VAUA 1KNIA 1LYYA 1LSGA 1H87A 1YAMA 1TDYA 2Z12A 1IP3A 2FBDA 3DN8A 3EMSA 1KW7A 1L34A 1GBOA 1BB6A 1L46A 1C63A 1GFAA 1HHLA 1D3FA 3AGGG 4YEOA 110LA 4DKLA 111LA 4C5FA 2H9KA 103LA 150LA 4GLAA 2YVBA 3A6CY 126LA 4EXMA 1CKCA 1GFGA 166LA 247LA 1D0MA 3KAMA 1LYJA 1Z55A 195LA 2RBRA 4Z98A 1XFPL 4HTNA 2D4JA 1GFEA 177LA 3LHMA 3D3DA 3HDEA 1L93A 1YKYX 188LA 1C60A 1UIEA 2EPEA 1LWKA 1LSAA 1LZNA 1W08A 2QARC 3NYAA 3SB5A 4N5RA 2Z2EA 1C43A 1LZEA 1DPWA 1LMNA 4NGKA 1L41A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A3R X;  3TXF A;  108L A;  1UUZ C;  3GUI A;  1LSB A;  1B5U A;  3AGH A;  3JR6 A;  1QSA A;  4MR1 A;  3TMU A;  3WU8 A;  4XJF A;  1L29 A;  1NF5 A;  4BAP A;  2MEB A;  3WXT A;  1BVX A;  4ETE A;  4I7L A;  3UON A;  5HMJ A;  4XN6 A;  4ZIX A;  4QEQ A;  1F0W A;  1L04 A;  1IC5 Y;  1C6N A;  2F47 A;  3OJP A;  2DQC Y;  1LJJ A;  1CJ9 A;  1L16 A;  1L10 A;  1DI4 A;  4LYM A;  1D9W A;  4OWE A;  160L A;  1V7T A;  4WOA A;  2ANX A;  3RZE A;  1L30 A;  5HNL A;  4EKR A;  1DYG A;  1L50 A;  4I7M A;  4NWE A;  4XJD A;  4CJ2 A;  1L17 A;  1LWG A;  1QUT A;  3NY8 A;  2CGI A;  2W1X A;  3LYT A;  212L A;  1TLA A;  4FJR A;  1LZA A;  2XBR A;  1PQI A;  129L A;  3CB7 A;  4NGV A;  218L A;  2DQI Y;  5B59 A;  1L05 A;  3PDS A;  1HEO A;  1RI8 B;  2D4K A;  2LCB A;  1G0K A;  4DDB A;  1L60 A;  3ZEK A;  1L76 A;  1KXW A;  1QT6 A;  3HH4 A;  1GWD A;  3EO5 A;  1NBY C;  1LMQ A;  1C6P A;  4HJY A;  2Y8P A;  1FN5 A;  3K2R A;  5B07 A;  1GF7 A;  5B1F A;  5IEL A;  4H9B A;  3RZ4 A;  2L78 A;  1KY0 A;  7LZM A;  3RT5 X;  3WVX A;  2HU3 A;  1T97 A;  4BS7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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