3HT9A

2-methoxyphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ht9A00
4I7MA 198LA 253LA 3DMZA 234LA 148LE 3HT9A 4DJHA 3SB6A 3SBAA 1P37A 1PQMA 3C83A 2F32A 4I7KA 165LA 155LA 1L0JA 4EKRA 1C6JA 1L77A 2OU9A 1L73A 1QS9A 4W58A 1QUHA 2OE4X 4LDLA 1L82A 173LA 2B6YA 2LC9A 1SWZA 3GULA 3C81A 1L49A 1L87A 125LA 4EKQA 1L94A 1G0GA 2RB2X 3SN6R 3SB8A 1OV7A 1L03A 239LA 2RB1X 1C6CA 146LA 1DYCA 2OTZX 1LGXA 174LA 1L74A 4DAJA 1JTNA 237LA 189LA 171LA 1PQDA 1QT5A 3HT7A 1LW9A 1C6KA 2B6WA 3HDEA 3HUQA 1CX6A 2HUMA 2NTHA 1L11A 227LA 3DN4A 129LA 1B6IA 1OV5A 1CU6A 2OU8A 1C6TA 1CVKA 110LA 196LA 4EJ4A 232LA 2OE9X 5LZMA 183LA 1L25A 216LA 2F2QA 212LA 1DYAA 3DMXA 3NY8A 261LA 3DN2A 225LA 1QUDA 4W59A 1C6AA 1P2RA 243LA 2B6ZA 1QTCA 1CV1A 1OVHA 126LA 1JQUA 1T6HA 3D4SA 241LA 1CV0A 201LA 1P36A 2F47A 4ARPA 230LA 1PQOA 2OU0X 140LA 3G3XA 246LA 4GBRB 249LA 1L07A 1CU2A 1L54A 206LA 1L99A 1L83A 2HULA 4OO9A 1L23A 139LA 1LI6A 137LA 3HU8A 107LA 188LA 119LA 3C82A 2ANVA 2RBOA 113LA 1C68A 1P7SA 3CDQA 3FA0A 1LWGA 2RBNA 1C6IA 3DN1A 3GUJA 1KNIA 1L84A 2LCBA 177LA 1L37A 1G1VA 3V2WA 1L09A 3PBLA 1CX7A 3EMLA 160LA 1I6SA 1L36A 228LA 1G0MA 1T8AA 1QT4A 150LA 4EKPA 1L39A 238LA 205LA 4W55A 1L22A 1CU3A 1CTWA 3DN8A 190LA 3LZMA 1CV5A 3FI5A 3OE6A 3HH6A 1L60A 1JTMA 1LLHA 176LA 4I7RA 1D3JA 1G0JA 2B75A 262LA 103LA 3GUOA 1LI3A 220LA 180LA 1QTDA 1QT8A 3HH4A 4LDOA 226LA 2CUUA 1D2YA 1L24A 108LA 222LA 5I14A 1L71A 233LA 4I7SA 259LA 1C67A 1WTHA 1KW7A 192LA 221LA 167LA 1L43A 4W57A 4LZMA 4IAPA 4I7TA 1K28A 4W56A 1CV6A 1CUQA 1TLAA 168LA 1L92A 1OWYA 3HTDA 161LA 213LA 1L04A 3C8RA 1CU0A 1NHBA 231LA 3F8VA 4GRVA 1L93A 164LA 1P5CA 1G07A 3L64A 170LA 1G0PA 184LA 4ARQA 1PQIA 2ANXA 2B6TA 1QUGA 3CDOA 3HH5A 3OE8A 4ZPUA 1C62A 3ODUA 4E97A 1C65A 2RBSA 2IGCA 1CV4A 1PQJA 3HH3A 138LA 2RBQA 175LA 1QSBA 1D3FA 199LA 1ZURA 229LA 3SB7A 3DN0A 1L28A 187LA 1L66A 1L45A 3CDTA 2O4WA 1SX7A 1L51A 1L55A 1C6HA 256LA 166LA 1OVKA 1L01A 3GUMA 3HUAA 1G06A 218LA 1L29A 4LDEA 3L2XA 1PQKA 235LA 236LA 1C6EA 3DKEX 145LA 3CDRA 3OE9A 247LA 1L21A 2B70A 1T8GA 1L91A 1L61A 1P56A 244LA 4I7PA 4EXMA 4W52A 1L69A 1DYEA 3GUNA 4I7LA 1L58A 1L72A 2OEAX 4AQNA 1C6LA 2RAZX 144LA 130LA 115LA 4W53A 1ZWNA 2Q9DA 4EKSA 1OYUA 1DYGA 2RBRA 147LA 1L56A 3DMVA 1DYFA 3RZEA 224LA 1L63A 1LWKA 4ARMA 1L81A 1LYHA 1C66A 172LA 1L02A 1SSWA 1L52A 131LA 1L19A 1C6BA 4YXAC 1LYIA 1LYJA 1L86A 1KW5A 3HT8A 219LA 1L13A 2QARC 1L59A 260LA 3HTBA 6LZMA 118LA 1LYGA 1G0QA 178LA 1L32A 1L89A 4W51A 3DN6A 3SB9A 1D2WA 3CDVA 3C7YA 3FADA 3C7ZA 185LA 4YX7C 1L10A 158LA 1G0KA 3PDSA 1C6GA 142LA 4W54A 211LA 1L26A 1D9WA 1LYDA 3HTGA 3HDFA 1L53A 3HU9A 4I7QA 1L64A 4K5YA 1P46A 4I7OA 1L50A 1L47A 1L20A 2LZMA 1LYFA 2QB0B 2Z6BA 1ZYTA 151LA 252LA 1L33A 2Q9EA 169LA 1D3MA 1LGUA 3V2YA 102LA 1C6QA 122LA 195LA 4ARLA 250LA 1QTHA 210LA 217LA 1QT6A 1QTZA 2B6XA 141LA 3NYAA 3UONA 1L06A 1L96A 248LA 4ARJA 257LA 1L12A 123LA 4EPFA 1L48A 3F9LA 1C64A 2NTGA 1L0KA 143LA 1L95A 200LA 1XJTA 1CU5A 258LA 152LA 2O79A 3DN3A 4PJZA 2OTYX 4EPIA 3GUIA 1EPYA 1G0LA 1L76A 1L18A 1C6NA 1L38A 1CUPA 1C60A 1CV3A 1DYDA 4ARQB 1L68A 112LA 1QTBA 3G3VA 3SBBC 1QT3A 1QT7A 1L00A 1OVJA 4DKLA 1L05A 1L16A 1QSQA 1QUOA 7LZMA 181LA 1C6MA 255LA 1L44A 1L98A 1XJUA 254LA 2B74A 2B72A 2B7XA 1XEPA 1L75A 3QAKA 1KS3A 3C80A 2RB0X 1T8FA 1LGWA 1L80A 2OE7X 1SSYA 162LA 1L40A 3RUNA 1L27A 223LA 1L97A 245LA 3GUKA 1L14A 1C63A 2L78A 127LA 3DNAA 120LA 1P2LA 2RBPA 114LA 3K2RA 159LA 163LA 3VW7A 1L34A 3SB5A 251LA 1KY0A 1L46A 1L90A 1C69A 2RH1A 191LA 1P3NA 4I7JA 3C7WA 1OWZA 128LA 1L79A 149LA 109LA 1L08A 4ARMB 1T97A 1LPYA 197LA 1L17A 1L65A 3NY9A 4S0WA 3C8SA 104LA 1QS5A 1C6FA 1C6DA 1SX2A 1L57A 1D3NA 2O7AA 3HT6A 1QTVA 1C6PA 1L67A 2RAYX 3OE0A 3HTFA 3JR6A 1LYEA 1L30A 2B73A 1L41A 3GUPA 240LA 209LA 1L85A 4I7NA 3C8QA 4YXCA 1L42A 1LI2A 1DYBA 182LA 215LA 157LA 186LA 2A4TA 3HUKA 1C61A 1L15A 1L35A 1L62A 1P6YA 3HWLA 1L88A 4PK0A 1KY1A 242LA 1L70A 3G3WA 111LA 1P64A 2HUKA 156LA 1SWYA 214LA 1G1WA 1L31A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZYCA 3M18B 4I7MA 2ZQ3A 1LJ4A 4NGKA 5B05A 148LE 3HT9A 1PQMA 4GCBA 1JISA 5ILCA 2Z2FA 1LZAA 1QTKA 155LA 4NEBA 1QUHA 4FJRA 2B6YA 173LA 1ZVHL 1HSXA 1SWZA 4ANRA 2Z37A 4EKQA 1L94A 1FBIX 1G0GA 2H5ZA 1C6CA 1DYCA 2OTZX 3TMXA 4XN6A 1BWHA 4DAJA 1J1OY 171LA 1IORA 1C6KA 1WVVA 2B6WA 1NBYC 3HDEA 3HUQA 5F9XA 2NTHA 3DN4A 1B7MA 1CU6A 1C6TA 3WYHA 196LA 1AT6A 4J0LA 4NHTA 232LA 2OE9X 4QEQA 4M4OA 3WL2A 183LA 216LA 2XQOA 2GV0A 2LYZA 1HNLA 4RLNA 1DYAA 2DQEY 1GFHA 3NY8A 4LGKA 5DN5A 1KXWA 1EQ5A 3DN2A 1LHKA 1UIFA 3AGHA 1QUDA 4DT3A 243LA 1B0DA 3VWOA 1QTCA 1XFPL 1HEOA 1OVHA 4WLDA 1JQUA 2NWDX 1T6HA 1CJ7A 241LA 1TBYA 2F30A 3AZ6A 2MEHA 2Z39A 4Z41A 4YM8A 1GE2A 249LA 1L54A 206LA 1PZYA 2F4GA 4ZEEA 139LA 1L23A 3HU8A 2YBLA 4NGWA 107LA 1IR7A 3C82A 2ANVA 5A3ZA 2RBOA 1VFBC 3FA0A 1G7HC 1OUCA 1C6IA 177LA 3V2WA 1G1VA 3EO5A 1LSMA 1JTPL 2MEEA 4OWEA 4H91A 1UIEA 1CNSA 4TSBA 1G7LC 4TX7A 3E3DA 1F6RA 5HMJA 1T8AA 4TSCA 4RW2A 1L39A 205LA 2FYCA 2BQHA 4W55A 1LJJA 3CT1A 3DN8A 190LA 1IP3A 3HH6A 4LYBA 2CWIA 5I53A 1LLHA 4I7RA 5LAGA 5HNCA 1OUGA 4ETBA 1G0JA 1XGRC 4NHPA 3WPKA 2G4NA 2B75A 4N8ZA 103LA 220LA 1QT8A 1GF5A 3AJNA 2CUUA 1GB9A 1L24A 5C6LA 1GBSA 222LA 1L71A 1FDLY 1REXA 4I7SA 1XEJA 3B0IA 3N9CA 1LSBA 1KW7A 4BADA 4W57A 4LZMA 4H9FA 1LJNA 4W56A 1K28A 4C3WA 2HECA 1WQPA 1NQIA 168LA 3K3TA 1D0MA 161LA 9LYZA 4GLAA 5C6IA 1NHBA 4M6DA 3F8VA 1BB3A 1L93A 1P5CA 1GWDA 1IC5Y 4HJYA 2ANXA 2B6TA 4E97A 1C65A 2RBSA 4HTNA 175LA 4X3BA 4HSFA 1LSFA 5KKIA 4MCKA 3CSQA 1GB0A 256LA 5E9RA 1BVXA 4OOTA 3L2XA 3TXGA 1H87A 1C6EA 3DKEX 145LA 2Q0MX 4EMNA 247LA 1L91A 1L69A 1G7JC 4AQNA 3A92A 2ZQ4A 3CB7A 1GFTA 2Q9DA 1GF6A 147LA 1L56A 3DMVA 1B9OA 3RZEA 1GD6A 3BKVA 3WPJA 1L81A 1UUZC 1L19A 1C6BA 2D4IA 1LHIA 1GBZA 4OWAA 3EBAB 3HTBA 1L59A 4DQ7A 3ULRA 118LA 1W6ZA 2ZNWY 1L89A 4W51A 3DN6A 1REMA 3TXJA 3C7ZA 3N9AA 2MEGA 1G0KA 3AZ4A 2C8OA 2HEEA 1LOZA 4LYOA 1L26A 4CFPA 1LYDA 5LIOA 4LYCA 4I7QA 4LT3A 4K5YA 4I7OA 1L50A 2LHMA 1L20A 2QB0B 1LYFA 4ETEA 1WQRA 1LZYA 1D0KA 1HEQA 2Z6BA 1LZGA 1LZ1A 4ZFPA 1LGUA 5APFA 102LA 2IHLA 4NGYA 3A3RX 1LYYA 1PS5A 4ARLA 250LA 1QDTA 3AZ7A 1D6QA 1LZ4A 1ZMYL 1QTHA 217LA 1GFVA 5LVJA 1LSNA 1QTZA 1L06A 1LJ3A 3TXKA 1AKIA 1P2CC 123LA 4ETDA 3A6BY 4NFVA 1LKRA 3F9LA 1C64A 4GN5C 4NHQA 3N9EA 4TTDA 2BQMA 1KXYA 4ETAA 1EPYA 3RNXA 1L38A 1LJKA 1QSWA 2DQCY 1LZ9A 4H93A 1L68A 1QT7A 4DKLA 4II8A 1L05A 1UC0A 3GXRA 1QSQA 1IOQA 1L98A 1A2YC 5LVGA 2B72A 2B7XA 3AGIA 1FLQA 3QAKA 1XEKA 1BQLY 1NBZC 2RB0X 3RU5A 162LA 2DQFC 4H92A 1L27A 223LA 1GFEA 3GUKA 2W1LA 5APEA 2L78A 3DNAA 1P2LA 4HP0A 2Y8PA 3W3EA 2XTHA 163LA 1LZ6A 3WXTA 2BQEA 1LYZA 3P64A 2VB1A 1LMCA 1UIGA 1GF4A 1OUFA 1LMTA 1HELA 1LZNA 4CFOA 4ARMB 1T97A 1LPYA 3WULA 197LA 4NSJA 104LA 3B72A 3P68A 5DN4A 1QTVA 5L3HA 3HTFA 1LJEA 1B5YA 2D91A 2MEAA 4LFXA 4WLXA 2C8PA 2MECA 240LA 209LA 1L85A 4YXCA 3C8QA 4NHIA 3J4GA 3LYTA 2DQIY 1LSPA 1GBOA 1LHLA 1L35A 3P66A 3HWLA 1GE1A 1L70A 156LA 1B7LA 3BKHA 1BWJA 1QTEA 214LA 4H8YA 1LCNA 5LVKA 4H90A 2ZWBA 2F4AA 3SBAA 3C83A 1JTTL 1LSGA 1IIZA 1WQMA 1C6JA 1L77A 1DQJC 1L73A 2OU9A 3A93A 3G3AB 4W58A 5DLAA 2DQHY 4RLMA 3GULA 2ZIKA 3C81A 1L49A 4WM6A 125LA 3LZTA 3WW5A 4GN4A 1QUTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZYC A;  3M18 B;  4I7M A;  2ZQ3 A;  1LJ4 A;  4NGK A;  5B05 A;  148L E;  3HT9 A;  1PQM A;  4GCB A;  1JIS A;  5ILC A;  2Z2F A;  1LZA A;  1QTK A;  155L A;  4NEB A;  1QUH A;  4FJR A;  2B6Y A;  173L A;  1ZVH L;  1HSX A;  1SWZ A;  4ANR A;  2Z37 A;  4EKQ A;  1L94 A;  1FBI X;  1G0G A;  2H5Z A;  1C6C A;  1DYC A;  2OTZ X;  3TMX A;  4XN6 A;  1BWH A;  4DAJ A;  1J1O Y;  171L A;  1IOR A;  1C6K A;  1WVV A;  2B6W A;  1NBY C;  3HDE A;  3HUQ A;  5F9X A;  2NTH A;  3DN4 A;  1B7M A;  1CU6 A;  1C6T A;  3WYH A;  196L A;  1AT6 A;  4J0L A;  4NHT A;  232L A;  2OE9 X;  4QEQ A;  4M4O A;  3WL2 A;  183L A;  216L A;  2XQO A;  2GV0 A;  2LYZ A;  1HNL A;  4RLN A;  1DYA A;  2DQE Y;  1GFH A;  3NY8 A;  4LGK A;  5DN5 A;  1KXW A;  1EQ5 A;  3DN2 A;  1LHK A;  1UIF A;  3AGH A;  1QUD A;  4DT3 A;  243L A;  1B0D A;  3VWO A;  1QTC A;  1XFP L;  1HEO A;  1OVH A;  4WLD A;  1JQU A;  2NWD X;  1T6H A;  1CJ7 A;  241L A;  1TBY A;  2F30 A;  3AZ6 A;  2MEH A;  2Z39 A;  4Z41 A;  4YM8 A;  1GE2 A;  249L A;  1L54 A;  206L A;  1PZY A;  2F4G A;  4ZEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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