3HTBA

2-propylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htbA00
221LA 2QARC 257LA 1L45A 1L87A 1OYUA 185LA 1C69A 1C6LA 1P7SA 217LA 3NYAA 1JTMA 4DJHA 4GBRB 1ZWNA 3C83A 3C8RA 1L85A 1C63A 3DN2A 2B70A 2RH1A 1T8GA 177LA 1L34A 195LA 199LA 2OU8A 1PQIA 1QTVA 1C6IA 1L79A 4W59A 2OU9A 1L52A 219LA 2F2QA 227LA 2RAYX 1L27A 2ANXA 7LZMA 1LGXA 4YXCA 1QUGA 1I6SA 4I7QA 1L56A 3CDRA 1L15A 1L59A 1L54A 3HH5A 103LA 3C80A 1L00A 3C81A 118LA 1L17A 3FA0A 1L04A 1L37A 242LA 187LA 236LA 3GULA 1C6JA 4ARQB 1QS9A 3DMVA 140LA 1C6KA 1DYBA 201LA 156LA 1L61A 1L09A 2CUUA 1C64A 4E97A 4W57A 1G06A 1OWZA 1L39A 3HUKA 1DYDA 3OE8A 167LA 173LA 1PQJA 2OE7X 4EKPA 1QSQA 2B74A 171LA 1G1VA 233LA 1QTHA 2OTYX 1L68A 3HUQA 1LYEA 1LYHA 1D2YA 1EPYA 1G0KA 4I7SA 4DAJA 2RBNA 209LA 1KS3A 1L71A 1OVHA 1QUOA 1G0MA 109LA 1L12A 1L25A 228LA 1QT7A 1OWYA 184LA 210LA 2B7XA 1L46A 1DYFA 237LA 4LDEA 4EKRA 3SBBC 1L0JA 1P6YA 4K5YA 1L65A 2QB0B 2O7AA 226LA 158LA 1C61A 1ZYTA 1L53A 1QTZA 120LA 3C7YA 1L93A 1XJTA 4AQNA 1LI3A 155LA 1QTDA 4I7PA 1T8FA 252LA 1L18A 138LA 1L69A 211LA 3OE9A 197LA 1P2RA 3HTGA 1LI2A 1L35A 1L08A 4W58A 2B6XA 2B73A 2B6WA 1QT4A 206LA 205LA 1L10A 1PQMA 1CX6A 3DN4A 3GUJA 1L89A 222LA 142LA 3SB8A 1D9WA 1QSBA 1QUDA 1ZURA 1C6PA 1QTBA 220LA 1L90A 1P36A 157LA 3HT7A 1D3MA 1SSYA 4W51A 4W56A 1NHBA 2B72A 1L30A 261LA 4ARJA 215LA 4LZMA 3HU9A 3CDQA 3F9LA 1C67A 3C8SA 1L01A 2Z6BA 1L29A 4W53A 4EPFA 137LA 2LCBA 4LDOA 3HDEA 4YX7C 2B75A 254LA 1L38A 1L74A 3HT8A 4I7OA 1C6DA 1PQOA 2ANVA 1C62A 3G3XA 1XEPA 243LA 214LA 1C6HA 1D2WA 225LA 1KNIA 3L64A 110LA 1CUPA 1CV0A 1L48A 3DN3A 1DYGA 189LA 2O79A 3CDTA 1T97A 1P37A 2Q9EA 1L92A 3DN8A 216LA 249LA 1C60A 1SX2A 3V2WA 149LA 1G0PA 3HT9A 1G0GA 1P64A 3F8VA 1B6IA 1P46A 244LA 1TLAA 1KW5A 1QT8A 6LZMA 1L57A 2RB0X 102LA 1PQKA 224LA 1L36A 1QT5A 1LLHA 1QUHA 2LC9A 2RB1X 1C6GA 4I7NA 4W52A 3HU8A 1CV1A 3G3WA 3HDFA 2B6YA 2HUKA 4W55A 1G0LA 240LA 1G1WA 3DN0A 1LWGA 4PK0A 169LA 231LA 1L67A 2O4WA 3FADA 3EMLA 1QTCA 183LA 1C6FA 1DYCA 1QS5A 1CTWA 1C6CA 4ZPUA 1XJUA 1SWZA 128LA 4LDLA 163LA 1L98A 107LA 241LA 3ODUA 1CV3A 239LA 4EXMA 1L41A 230LA 113LA 3SB7A 1L31A 223LA 258LA 2RBSA 1D3NA 1LYDA 152LA 3DMZA 1L0KA 3DN1A 3GUNA 122LA 1L58A 3SB5A 2RB2X 1L13A 1WTHA 3SB9A 3CDVA 127LA 168LA 4EPIA 3HTBA 1KW7A 1L43A 1C6BA 1CU6A 150LA 192LA 1SSWA 1CV6A 1G0JA 1L02A 126LA 1L24A 1D3JA 1L88A 4OO9A 1LYFA 2RBQA 4IAPA 4I7LA 188LA 1L77A 104LA 129LA 1T8AA 2OE4X 3D4SA 1CV4A 1CVKA 119LA 1LYJA 1L20A 1L28A 256LA 2RBRA 181LA 3NY8A 141LA 3OE0A 1L06A 4ARMA 165LA 3PBLA 1LI6A 3DKEX 112LA 196LA 1CU5A 1P56A 2A4TA 162LA 1L76A 111LA 4YXAC 3QAKA 2RAZX 143LA 4I7JA 3DN6A 2OTZX 1SX7A 151LA 131LA 2RBOA 1L33A 3C82A 1LPYA 2RBPA 1L47A 1LYIA 234LA 1OV5A 2L78A 3K2RA 1L60A 3C7WA 1P3NA 1L32A 1L03A 1PQDA 3LZMA 1D3FA 218LA 1L40A 115LA 1C65A 3UONA 3DNAA 238LA 3HWLA 1LWKA 3OE6A 3SB6A 2OU0X 3FI5A 1LW9A 1CU2A 3GUKA 145LA 3CDOA 1L51A 4S0WA 1P5CA 1JTNA 1C6QA 1OV7A 248LA 3GUIA 3HH6A 161LA 3V2YA 144LA 198LA 186LA 2F47A 3DMXA 5I14A 1L50A 3G3VA 1KY1A 1CV5A 1L96A 3L2XA 229LA 3HH3A 178LA 174LA 1OVJA 4ARQA 235LA 1L99A 1OVKA 1L14A 2IGCA 4I7KA 108LA 4EJ4A 1SWYA 4W54A 3JR6A 4GRVA 1L62A 4PJZA 1L44A 3GUOA 1LYGA 1L64A 1L83A 200LA 3GUMA 1C6MA 1C66A 4ARPA 125LA 4I7MA 139LA 1JQUA 1L72A 147LA 1L70A 123LA 250LA 213LA 3VW7A 3HTDA 3HTFA 1G0QA 262LA 3HH4A 3GUPA 1L82A 212LA 1CX7A 1L86A 1C6TA 3SN6R 245LA 1CU3A 130LA 1CUQA 253LA 1L84A 175LA 232LA 1L97A 4DKLA 2HUMA 1L94A 1L95A 247LA 1L49A 180LA 182LA 1L42A 2B6ZA 1C6AA 1L19A 1L07A 1L16A 191LA 1L81A 251LA 1L91A 1QT3A 1DYEA 2Q9DA 1L55A 166LA 3PDSA 4I7TA 255LA 1LGWA 260LA 4EKQA 1T6HA 3C8QA 2OE9X 1L05A 2F32A 1P2LA 3RZEA 2B6TA 4ARLA 1L80A 2NTHA 160LA 5LZMA 176LA 1L26A 1CU0A 146LA 3NY9A 1L66A 3RUNA 4I7RA 1L11A 1G07A 190LA 4ARMB 4EKSA 148LE 1L21A 2HULA 3HUAA 2OEAX 1K28A 1L23A 114LA 172LA 1C6NA 3C7ZA 1C6EA 1L63A 3SBAA 1L75A 3HT6A 1LGUA 2NTGA 2LZMA 1DYAA 170LA 1QT6A 246LA 164LA 1C68A 1KY0A 1L22A 1L73A 159LA 259LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBBA 2QARC 1L87A 1C69A 1P7SA 3NYAA 4WOAA 3B0OA 1L85A 4B4JA 2B70A 4NWEA 195LA 2OU8A 1B5ZA 4NIJA 1L79A 4NG1A 1L52A 1B0DA 2LYOA 4NSGA 4DD1A 227LA 4ANRA 1AT6A 4I7QA 1L56A 3CDRA 1L15A 1LJEA 1IWYA 1BB4A 3HH5A 1NDGC 2HU1A 2YBHA 3FA0A 1L04A 242LA 236LA 187LA 3GULA 1LZ8A 201LA 1SQ2L 4NFVA 3TXGA 3LYZA 1UA6Y 1GB7A 1V7TA 4NWHA 3HUKA 1GE1A 2BQAA 1JUGA 167LA 4H93A 4PRUA 4DD0A 1GAZA 233LA 2ZQ3A 3HUQA 1GE3A 2C8PA 2YSSC 4XN6A 1KS3A 4RW2A 1BHZA 153LA 1C10A 1GE0A 1OWYA 4TSBA 184LA 237LA 6LYTA 1JISA 1P6YA 1GB8A 5ILFA 1JTOL 1L65A 3A3QA 4NHPA 2QB0B 1C61A 5HLLA 2ZQ4A 4H91A 3J6KA 4NSHA 4KPMA 1YIKA 4KXIA 1L69A 138LA 211LA 3OE9A 3HTGA 2Z12A 1CJ6A 1L35A 1JTTL 5D5FA 2F2NA 4YF2A 1D0KA 5C6LA 1B5YA 4EMNA 4H8XA 1LSNA 3F6ZA 1KXYA 2XTHA 1L89A 1GFJA 2BQIA 1REZA 4TX7A 1LJGA 4AXTA 3P64A 1LJ4A 1MLCE 1C6PA 1UIDA 1INUA 1GB5A 2BQHA 4HV1A 4W51A 2B72A 2HTXA 1L30A 4G49A 4ARJA 1GEVA 1HFZA 1C67A 1B9OA 4H8YA 4NGIA 4OW1A 3IJVA 4QY9A 4EPFA 1FLYA 5HNCA 1L74A 3CT5A 3D3DA 4I7OA 1C6DA 1YAPA 1IO5A 4NGZA 3TXIA 1LPIA 1D2WA 1LJNA 3M3UA 110LA 1QTKA 1DYGA 189LA 2O79A 3CDTA 2Q9EA 1GD6A 2BQBA 249LA 3CB7A 1HEPA 1IOQA 4XJFA 1G0PA 2N5ZA 134LA 1IIZA 1L57A 1LOZA 1DI3A 1IWZA 2Y8PA 4I7NA 4W52A 1HSWA 5LXWA 2D4IA 3ZEKA 1CV1A 2B6YA 4W55A 4KT3A 1G0LA 4LT2A 1XGTC 1LZSA 4XJDA 3KAMA 1HFYA 1LJFA 107LA 1GE4A 1HNLA 3WPKA 1CV3A 4EXMA 1L41A 4HTQA 223LA 4DQ5A 1OQMA 1WVVA 3W6FA 1LMTA 3B0IA 1VEDA 3EBAB 1L58A 3SB5A 1LAAA 2H9KA 1NDMC 4ETCA 2YBIA 1CU6A 2ZWBA 2LZ2A 192LA 3P65A 1CV6A 1G0JA 2HUBA 4G4CA 1DI4A 4OO9A 4L41A 3A6CY 1NBYC 2G4QA 3A93A 1B7NA 104LA 2OE4X 3D4SA 1CVKA 3A34A 256LA 1HERA 1KIPC 3OE0A 4IJ4A 1L06A 1IR7A 2Z37A 1CKCA 4YENA 4R6CA 2DBTA 2Z2EA 1YILA 4YXAC 3QAKA 2MEAA 1I56A 1HHLA 1SX7A 151LA 2B5ZA 2MEHA 1DQJC 3RU5A 4H9BA 4WM5A 4DD7A 1RI8B 1YANA 3TXBA 1GBXA 1VDTA 1L32A 1PQDA 3FE0A 4NHQA 1B7LA 1H87A 4HTKA 2EKSC 3UONA 1HFXA 1WQPA 1REXA 3N9CA 3WH1A 1C46A 1CU2A 1B7OA 1D6QA 3CDOA 1NHEA 2BAAA 1C6QA 4YEOA 3LZ2A 2BQEA 5I53A 198LA 5LYZA 186LA 1GFEA 3WW6A 1CJ7A 2EIZC 229LA 178LA 4N9RA 2AUBA 1OVKA 1BVXA 3AB6A 4ETDA 4GRVA 1D9UA 5K7OA 1LSCA 1OUCA 3GUOA 1LYGA 3GUMA 1GF3A 2G4NA 4OOOA 3AGIA 1DPWA 4NGJA 4I7MA 2BQCA 1JQUA 1F6RA 4KL7A 2MEIA 1UBZA 4WM1A 1LJJA 1B5XA 1BB3A 213LA 5FCPA 1JIYA 3HTFA 1G0QA 1JKAA 262LA 1G7LC 1L82A 245LA 1GF0A 130LA 1L84A 1WQMA 175LA 5B1FA 1LHLA 3CT0A 5HMJA 247LA 1HENA 1L42A 4CFOA 1LTMA 1AM7A 2FYDA 3HBEX 4WMGA 1L55A 166LA 1LZ9A 2D4JA 4IATA 2EQLA 5HMVA 4ETBA 1P2LA 2BLXA 2B6TA 5LZMA 4PGJB 3TMVA 1L26A 1WTNA 1CU0A 1XEIA 3A91A 1L66A 3RUNA 4I7RA 1L11A 148LE 1HEQA 1YL1X 4GLVA 3AYQA 5ILCA 1C6NA 3G3BB 2C8OA 193LA 4GLAA 5LVJA 3SBAA 4CFPA 2Z2FA 4UWVA 3ZVQA 1GBZA 5LYTA 2NTGA 1IWWA 1FBIX 4O34A 5LVHA 5KY1A 1QT6A 1RJCB 1L22A 259LA 1L45A 1IOSA 1GBYA 1I1ZA 185LA 1B7MA 1W08A 217LA 1P2CC 5I4WA 1JTMA 4DJHA 1ZWNA 1B5UA 3C83A 1C43A 2F4GA 2RH1A 1GFRA 1T8GA 1C08C 1L34A 199LA 4II8A 1WTMA 1PQIA 1LZGA 1QTVA 3WU7A 1C6IA 3HBHA 1FKVA 1QSWA 219LA 2LZTA 4GCBA 4XADA 2RAYX 1L27A 2ANXA 3P66A 3QNGA 1GFVA 1QUGA 2HU3A 1YKZX 1L59A 208LA 1QUSA 1GF7A 3C80A 1GF4A 2FYCA 1QS9A 140LA 3N9AA 1LZ6A 1QIOA 5DN5A 5KXZA 5LA8A 1UIEA 4CJ2A 1C64A 2DQGY 1IP4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FBB A;  2QAR C;  1L87 A;  1C69 A;  1P7S A;  3NYA A;  4WOA A;  3B0O A;  1L85 A;  4B4J A;  2B70 A;  4NWE A;  195L A;  2OU8 A;  1B5Z A;  4NIJ A;  1L79 A;  4NG1 A;  1L52 A;  1B0D A;  2LYO A;  4NSG A;  4DD1 A;  227L A;  4ANR A;  1AT6 A;  4I7Q A;  1L56 A;  3CDR A;  1L15 A;  1LJE A;  1IWY A;  1BB4 A;  3HH5 A;  1NDG C;  2HU1 A;  2YBH A;  3FA0 A;  1L04 A;  242L A;  236L A;  187L A;  3GUL A;  1LZ8 A;  201L A;  1SQ2 L;  4NFV A;  3TXG A;  3LYZ A;  1UA6 Y;  1GB7 A;  1V7T A;  4NWH A;  3HUK A;  1GE1 A;  2BQA A;  1JUG A;  167L A;  4H93 A;  4PRU A;  4DD0 A;  1GAZ A;  233L A;  2ZQ3 A;  3HUQ A;  1GE3 A;  2C8P A;  2YSS C;  4XN6 A;  1KS3 A;  4RW2 A;  1BHZ A;  153L A;  1C10 A;  1GE0 A;  1OWY A;  4TSB A;  184L A;  237L A;  6LYT A;  1JIS A;  1P6Y A;  1GB8 A;  5ILF A;  1JTO L;  1L65 A;  3A3Q A;  4NHP A;  2QB0 B;  1C61 A;  5HLL A;  2ZQ4 A;  4H91 A;  3J6K A;  4NSH A;  4KPM A;  1YIK A;  4KXI A;  1L69 A;  138L A;  211L A;  3OE9 A;  3HTG A;  2Z12 A;  1CJ6 A;  1L35 A;  1JTT L;  5D5F A;  2F2N A;  4YF2 A;  1D0K A;  5C6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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