3HTDA

(z)-thiophene-2-carboxaldoxime in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htdA00
4GRVA 130LA 1L77A 4W55A 1LYGA 1XJTA 1C6MA 238LA 3SB5A 1D3FA 225LA 1P7SA 3PDSA 1L22A 3OE8A 260LA 4ARPA 3C7WA 249LA 1QT3A 3HDEA 157LA 3C7ZA 155LA 1L33A 3HT6A 254LA 1DYDA 4LDEA 251LA 3SB7A 4I7TA 178LA 3DNAA 1G1VA 1SWYA 187LA 2F2QA 1L84A 3DN0A 1CU0A 2RB1X 1LI6A 4LDOA 3ODUA 1SSYA 199LA 3HU9A 1L87A 217LA 2OU8A 3C7YA 3HT9A 3L2XA 1T97A 1L95A 1D2YA 1G0KA 1G0PA 2B73A 4DJHA 1L0KA 1DYCA 1L13A 3V2YA 1C63A 1L57A 108LA 4I7OA 232LA 3VW7A 2OEAX 3F9LA 1L39A 200LA 3NY8A 220LA 236LA 1OV5A 3DN6A 3C81A 2B6TA 3HH3A 1DYFA 182LA 2B7XA 3GUOA 2B6ZA 1L12A 3DN2A 145LA 1QTZA 1L76A 1L05A 1L01A 1L62A 3HUQA 127LA 1KW5A 1CU2A 2RB0X 1L43A 2Q9EA 175LA 102LA 1QS5A 126LA 4LDLA 3DN3A 1QT7A 1PQJA 219LA 1L69A 3RZEA 3L64A 138LA 1LYHA 1QT6A 172LA 230LA 4OO9A 227LA 1G0MA 1L92A 1B6IA 112LA 1L56A 3NY9A 1L47A 1SSWA 2NTGA 3HTFA 161LA 148LE 3GUNA 180LA 1C60A 1L41A 2LCBA 3GULA 2OTZX 2OTYX 255LA 1SX7A 1L63A 173LA 1C65A 1LYJA 2QB0B 1LI3A 1L27A 185LA 3HT7A 205LA 1C6IA 2F47A 4PJZA 129LA 166LA 1G0JA 2A4TA 3HTDA 1KW7A 252LA 240LA 1L42A 1L32A 151LA 164LA 162LA 1L06A 1G0QA 1P56A 1QUHA 189LA 3C8QA 3DN4A 1P36A 1L04A 3OE9A 1C6JA 1L53A 1L45A 103LA 3CDVA 1L08A 1OWZA 3G3WA 3OE6A 3LZMA 1L81A 3SB8A 2F32A 110LA 1OVKA 262LA 3HT8A 1CV1A 1CUPA 2B75A 1QT8A 1L07A 1PQOA 6LZMA 1LYDA 4I7NA 1L93A 221LA 3SBBC 1DYAA 3GUKA 1P2RA 2ANXA 1L31A 231LA 2Q9DA 1L44A 111LA 1T8AA 1L34A 212LA 2HULA 239LA 3D4SA 1K28A 2RBOA 1QTBA 3C8SA 3DN8A 1L60A 1L97A 1OVJA 223LA 1C6AA 140LA 120LA 1L0JA 1L30A 1C67A 3DMZA 104LA 3HWLA 2RB2X 1L88A 1D9WA 1L66A 1L83A 4W54A 1C6HA 107LA 3JR6A 229LA 1QTDA 2RAYX 2HUMA 245LA 1D2WA 4DAJA 4E97A 3DMVA 1L90A 1LLHA 1QTVA 191LA 139LA 2OE7X 196LA 1L35A 3GUPA 1L98A 244LA 1L21A 1C6FA 1L71A 1L68A 1QSBA 144LA 1XJUA 141LA 226LA 3G3VA 3FI5A 4W57A 2RBRA 259LA 1L17A 1QTCA 1L51A 3HDFA 1L61A 3SB6A 3DMXA 3SN6R 4GBRB 165LA 4W51A 159LA 3CDQA 4AQNA 3OE0A 195LA 4EPFA 5LZMA 3C80A 1L89A 210LA 261LA 1G07A 1LYFA 209LA 228LA 1L55A 183LA 3NYAA 4EJ4A 2CUUA 3V2WA 3G3XA 1NHBA 1L10A 241LA 3DN1A 1L19A 1L36A 4W59A 1L37A 3C83A 125LA 1C64A 1C69A 1L15A 5I14A 2B6XA 3FA0A 1L24A 4ARQB 158LA 1SWZA 258LA 1C6EA 1LW9A 1C6GA 1L49A 1L82A 1P2LA 1QUOA 1P6YA 1L99A 4ARQA 1LI2A 1CV6A 128LA 2OE4X 1L65A 237LA 3HUAA 1G0GA 222LA 4YXCA 123LA 4I7LA 156LA 181LA 4PK0A 1L23A 2LZMA 4W56A 1QSQA 4ARMB 1L00A 2QARC 115LA 4I7RA 1L52A 174LA 4EXMA 147LA 1C6CA 1CV3A 113LA 3CDTA 4ARMA 4ARLA 1XEPA 1L40A 1KNIA 1L20A 2OU0X 1L86A 4I7KA 190LA 1C6KA 2RBQA 4I7JA 4EKQA 3C8RA 1L73A 257LA 1C6BA 1DYEA 1P3NA 1QT4A 1G0LA 1L38A 167LA 1T8GA 152LA 1L85A 143LA 1L79A 233LA 4I7MA 214LA 4LZMA 3K2RA 1L64A 3HH5A 1L59A 4IAPA 3HH4A 1L70A 1L25A 1ZYTA 1CVKA 246LA 1PQMA 1CU6A 1OYUA 1PQDA 1SX2A 4EKPA 1LPYA 2NTHA 1OV7A 250LA 3GUMA 1L54A 2Z6BA 3FADA 2LC9A 1L18A 1CX6A 206LA 1KY1A 1L67A 3SBAA 1P37A 1KY0A 2O79A 3GUIA 3CDRA 1C6QA 1QTHA 1C61A 3HTBA 1CX7A 1CV0A 4EKRA 1LGWA 213LA 1L50A 1L09A 1L03A 3UONA 4EKSA 2ANVA 1QUDA 1L28A 1KS3A 3GUJA 256LA 1LGXA 3PBLA 1L72A 1OVHA 1PQIA 184LA 1P5CA 1OWYA 1D3JA 2O4WA 1PQKA 3HH6A 1JQUA 1L75A 1L14A 4YX7C 1C66A 163LA 1G1WA 4YXAC 2HUKA 4ZPUA 198LA 1L96A 1I6SA 248LA 2B72A 2L78A 4K5YA 1CUQA 1CTWA 1P64A 1LWGA 1LYIA 1CV5A 4W52A 1D3NA 1CU3A 3HU8A 1DYBA 1C6DA 1DYGA 1LYEA 2O7AA 1WTHA 122LA 1L29A 1L48A 3C82A 3CDOA 1D3MA 186LA 1C6NA 2RAZX 1QUGA 4I7PA 7LZMA 2B6WA 2IGCA 1T6HA 1C62A 188LA 4I7SA 234LA 176LA 177LA 1L80A 201LA 170LA 247LA 109LA 2RH1A 3QAKA 4EPIA 142LA 1L94A 216LA 150LA 211LA 192LA 215LA 119LA 1QT5A 1ZURA 242LA 235LA 1L11A 1L26A 3SB9A 2B74A 1CU5A 2RBPA 1P46A 4W53A 171LA 4I7QA 2B6YA 2OU9A 1C68A 4W58A 218LA 1ZWNA 146LA 1QS9A 243LA 1T8FA 3DKEX 4ARJA 1LWKA 2OE9X 1L16A 4S0WA 224LA 149LA 1L58A 1TLAA 253LA 3EMLA 1JTMA 3F8VA 168LA 1L46A 3HTGA 160LA 1L74A 1C6PA 3RUNA 1LGUA 1C6TA 1L02A 169LA 1CV4A 1EPYA 1JTNA 1C6LA 3HUKA 1L91A 2RBNA 131LA 2RBSA 118LA 1G06A 2B70A 137LA 197LA 4DKLA 114LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
154LA 130LA 5FELA 3WXUA 1BHZA 1UIDA 4AXTA 1P7SA 1TBYA 1QIOA 2DBTA 3M3UA 3A93A 1GB7A 3RU5A 3HDEA 155LA 3HT6A 2AUBA 1BWJA 1SWYA 3CSRA 5DN5A 1IX0A 3AZ5A 4N9RA 1BWIA 1GE4A 2OU8A 3HT9A 3W3EA 5E9RA 4W94A 1D2YA 1BB5A 4BAFA 1LZ8A 4XYYA 1XGUC 4NGZA 1L0KA 1DXJA 3V2YA 1L57A 5KKIA 1GHLA 3VW7A 4WO6A 3F9LA 3A91A 1NBYC 4NGJA 1HNLA 4H8XA 1AKIA 1C7PA 5LA5A 1DYFA 182LA 5KXRA 1WTMA 3ATOA 2B6ZA 1LZGA 1L12A 4Z3MA 4QY9A 5KJ9A 1L76A 127LA 1IOQA 1CU2A 2Q9EA 175LA 3IJVA 4PRUA 3AZ7A 3WVXA 126LA 4LDLA 1VAUA 1B7OA 219LA 7LYZA 3RZEA 1IC5Y 4NY5A 230LA 1LSNA 5HNLA 1L92A 112LA 4HPIA 3CB7A 1LJ4A 1L47A 1LSPA 3HTFA 5FHWA 161LA 3GUNA 4HJYA 2OTYX 1GB5A 1C65A 2H9JA 2QB0B 5T3FA 1GDWA 1NMMA 4PJZA 129LA 4HP0A 1KW7A 2BAAA 1YROA 240LA 2BQKA 1L06A 3EXDA 5DN4A 1PS5A 1QUHA 189LA 2G4QA 1L04A 1JITA 2MEDA 1GF4A 4IJ4A 2DQEY 4RW2A 1LSAA 3G3WA 3OE6A 3WUNA 1L81A 5LINA 1I20A 1REYA 3RT5X 110LA 2XTHA 4LT3A 5LA8A 1PQOA 1LSGA 1REMA 4UWVA 1GPQC 1P2RA 1IWWA 1JWRA 3A34A 4NEBA 4XJGA 4WOAA 1L31A 231LA 1LKRA 1YQVY 1T8AA 1KIRC 5LVGA 4PJ2C 2G4PA 239LA 5B1GA 3W6BA 1IP2A 3HBHA 1IORA 1UIBA 1OUJA 1L88A 1VDQA 1L66A 2D91A 1QTDA 1LZ5A 5KXLA 4HV1A 1DI5A 4DAJA 5KXXA 3DMVA 1YL0X 2MEHA 1FKVA 1PZYA 2CGIA 5B1FA 1H6MA 2Z2FA 1L35A 2ZNWY 5KXWA 2BQMA 4MCKA 244LA 4TTDA 1XJUA 226LA 4NGVA 4WO9A 2IHLA 3FI5A 4W57A 1L17A 3A3QA 1L51A 1UICA 5KXPA 1L61A 3AGIA 3CDQA 1ALCA 1TAYA 4AQNA 1LJJA 5LXWA 195LA 1GEVA 1D6PA 4J7VA 2XJWA 1LYFA 209LA 183LA 1NHBA 241LA 1L19A 1I1ZA 4GCDA 1L15A 4PRQA 2BQEA 4RLMA 4ARQB 4H9FA 1VFBC 4G9SA 1G7LC 1GBSA 1C6GA 1L49A 4Z46A 4ET9A 1LAAA 1P6YA 4ARQA 3HFMY 1CV6A 2LHMA 128LA 4I8SA 3LZTA 3T6UA 1L65A 3HUAA 1G0GA 3BKHA 1GE0A 1VEDA 2LZMA 4W56A 1QSQA 4UWNA 4NSGA 1GE1A 3WVYA 1L52A 174LA 2ZILA 4EXMA 4H9IA 1GXV2 113LA 1WQNA 1IEEA 1XEPA 5F14A 1L20A 2MEAA 1REZA 3N9EA 257LA 5M1YA 2BLYA 1DYEA 1L38A 2X0AA 5FDJA 152LA 1D0KA 4OOOA 1DQJC 214LA 3K2RA 4C5FA 1L64A 5KXMA 1LSFA 3HH4A 1L70A 1LMOA 1LSYA 246LA 1SX2A 5KXSA 2NTHA 1GFEA 1OV7A 3GUMA 3TXJA 1L18A 1CX6A 3VWOA 1TDYA 1LSEA 1P37A 1C6QA 1C61A 5APFA 3HTBA 4EKRA 4IATA 1LGWA 213LA 1L03A 3UONA 2ANVA 1L28A 3GUJA 1IY3A 3PBLA 1OVHA 4MSTA 1P5CA 1CJ7A 1GB8A 1G7IC 1A4VA 1QTKA 3G3AB 3A8ZA 1L14A 5J7CA 1LZCA 1IOSA 1AZFA 2H9KA 1IR9A 2L78A 4K5YA 1WQQA 5C6LA 1XGPC 1LWGA 4NWHA 1JKBA 3A3RX 1GAZA 1GB2A 4TX7A 4DDBA 1D0MA 1NBZC 1L29A 1DKJA 186LA 1QUGA 2B6WA 1T6VL 1LHJA 2XBRA 2D4KA 176LA 5I4WA 4NHQA 3W6FA 1VATA 2RH1A 1B7RA 4M4OA 150LA 211LA 4GLAA 215LA 5F9UA 1IR7A 1XEJA 1GFAA 1LYYA 4TSCA 4DDAA 1HENA 2B74A 2G4NA 4FDYA 4II8A 171LA 2OU9A 4W58A 218LA 5HMVA 1ZWNA 1QS9A 3DKEX 2Z2EA 1B0DA 1EQ5A 1TLAA 3EO5A 1L46A 160LA 1LJEA 1L74A 1C6TA 2BQAA 3LYTA 1LHKA 2D4JA 1C43A 5L9JA 4PPOA 2W1XA 4H9EA 3J4GA 3B0IA 4ETBA 4MR1A 5DL9A 1CJ9A 3E3DA 1GDXA 1OUGA 1LYGA 1GB0A 3P64A 1XJTA 4EMNA 1CKGA 238LA 3WPLA 225LA 4HJVA 1LJIA 2W1MA 4LFPA 260LA 5APCA 3C7WA 249LA 1QT3A 4GN4A 4CJ2A 3C7ZA 3RNXA 4CFOA 254LA 3DNAA 1G1VA 187LA 2F2QA 1WQPA 3LZ2A 4NFVA 4LDOA 3ODUA 1SSYA 3HU9A 1GBOA 1L87A 3L2XA 5LVHA 1T97A 1G0KA 1WQMA 3RZ4A 1JTPL 1DYCA 3WUMA 2ZWBA 5F81A 4I7OA 1JTOL 3AYQA 1BVKC 1L39A 1IP6A 4NG1A 220LA 4OWCA 236LA 5LVIA 4YENA 1LJGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 154L A;  130L A;  5FEL A;  3WXU A;  1BHZ A;  1UID A;  4AXT A;  1P7S A;  1TBY A;  1QIO A;  2DBT A;  3M3U A;  3A93 A;  1GB7 A;  3RU5 A;  3HDE A;  155L A;  3HT6 A;  2AUB A;  1BWJ A;  1SWY A;  3CSR A;  5DN5 A;  1IX0 A;  3AZ5 A;  4N9R A;  1BWI A;  1GE4 A;  2OU8 A;  3HT9 A;  3W3E A;  5E9R A;  4W94 A;  1D2Y A;  1BB5 A;  4BAF A;  1LZ8 A;  4XYY A;  1XGU C;  4NGZ A;  1L0K A;  1DXJ A;  3V2Y A;  1L57 A;  5KKI A;  1GHL A;  3VW7 A;  4WO6 A;  3F9L A;  3A91 A;  1NBY C;  4NGJ A;  1HNL A;  4H8X A;  1AKI A;  1C7P A;  5LA5 A;  1DYF A;  182L A;  5KXR A;  1WTM A;  3ATO A;  2B6Z A;  1LZG A;  1L12 A;  4Z3M A;  4QY9 A;  5KJ9 A;  1L76 A;  127L A;  1IOQ A;  1CU2 A;  2Q9E A;  175L A;  3IJV A;  4PRU A;  3AZ7 A;  3WVX A;  126L A;  4LDL A;  1VAU A;  1B7O A;  219L A;  7LYZ A;  3RZE A;  1IC5 Y;  4NY5 A;  230L A;  1LSN A;  5HNL A;  1L92 A;  112L A;  4HPI A;  3CB7 A;  1LJ4 A;  1L47 A;  1LSP A;  3HTF A;  5FHW A;  161L A;  3GUN A;  4HJY A;  2OTY X;  1GB5 A;  1C65 A;  2H9J A;  2QB0 B;  5T3F A;  1GDW A;  1NMM A;  4PJZ A;  129L A; 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