3HTDA

(z)-thiophene-2-carboxaldoxime in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htdA00
192LA 1C62A 258LA 142LA 1L31A 232LA 259LA 3C82A 256LA 3HTDA 4W52A 1L99A 1LYEA 2F2QA 1L97A 234LA 1L47A 1L73A 1DYGA 4W51A 211LA 2B6XA 4I7KA 1OVJA 4LZMA 1L49A 2OE9X 4EPIA 1QT6A 2OU8A 1OV7A 109LA 1CX7A 1CV1A 1L82A 199LA 3DN8A 129LA 1C6PA 1PQKA 2HUMA 3HT9A 150LA 4EKSA 4W57A 3GUKA 2B6TA 3OE6A 3SB6A 120LA 1L51A 169LA 1C61A 2B70A 161LA 1L75A 3FI5A 3ODUA 115LA 229LA 1L09A 1L43A 4EKPA 1PQMA 1C6TA 143LA 3K2RA 1LLHA 220LA 2LCBA 1QTHA 3SN6R 3D4SA 5I14A 1PQOA 175LA 1WTHA 145LA 113LA 3SBBC 162LA 197LA 4YXAC 4OO9A 1LYIA 1XJTA 1QTBA 219LA 2F32A 1LI2A 254LA 233LA 4I7LA 255LA 4YXCA 159LA 3V2YA 176LA 1L58A 1L60A 2OEAX 1L14A 1L01A 3DMVA 1QS9A 244LA 190LA 4ARPA 4W55A 1QTZA 205LA 3GUPA 3PDSA 1L10A 2RBOA 2RH1A 4DJHA 2ANVA 156LA 3CDOA 1OYUA 3C7ZA 139LA 3HUKA 1L92A 1OWZA 1L85A 1C6QA 223LA 4EJ4A 114LA 1L88A 2RBPA 1P2LA 1L25A 2RBQA 1OVKA 1DYDA 1LGUA 2RB2X 1CU3A 200LA 245LA 1QSBA 4I7NA 1C6JA 1D9WA 1C69A 3HTGA 2IGCA 2NTHA 1CU6A 1CTWA 213LA 3PBLA 122LA 2B6YA 1L38A 1L55A 1D3MA 1QT4A 1L98A 138LA 261LA 1SWZA 2OU0X 3QAKA 3DN3A 171LA 2CUUA 1PQIA 1P6YA 1C60A 1L28A 1L21A 3F9LA 3OE0A 1CX6A 1PQJA 157LA 170LA 3DN4A 166LA 1D3FA 1C64A 2LZMA 3C8QA 1L33A 2ANXA 195LA 1CUPA 209LA 1L20A 3C83A 1L34A 1L66A 1PQDA 1L16A 191LA 3GUMA 2B6WA 4ARLA 1L69A 222LA 1L22A 4AQNA 214LA 1ZURA 4I7MA 165LA 1C6FA 1L46A 160LA 3F8VA 3C8SA 4I7RA 4K5YA 1K28A 2A4TA 206LA 1LYJA 1C63A 1P46A 1QT5A 1CV0A 104LA 1QTDA 3GUOA 1L39A 172LA 4GRVA 1P7SA 1L07A 1L42A 1P64A 188LA 3HH5A 1C6BA 3G3WA 1QSQA 3HT6A 2QARC 4S0WA 3GULA 239LA 163LA 4I7JA 1G1VA 137LA 167LA 1L32A 1QS5A 1L37A 168LA 2O79A 1LGXA 1L90A 1L23A 2OE7X 155LA 4DKLA 2OTZX 1OWYA 147LA 4YX7C 1L08A 1L0JA 237LA 1D3JA 3DN0A 3HH4A 1L63A 3GUIA 1SSWA 1L94A 1LW9A 3EMLA 4ARJA 1KY0A 1QUHA 119LA 2Z6BA 108LA 2OTYX 174LA 3L2XA 4W53A 1C6IA 1KNIA 1L80A 1T97A 260LA 3CDQA 225LA 1L71A 3C81A 2B73A 2O7AA 1T8AA 186LA 1LYGA 123LA 2RAYX 1DYFA 3CDVA 4LDOA 3NYAA 2Q9EA 1L29A 1LYHA 1L24A 3HWLA 3HTBA 221LA 216LA 251LA 3DMXA 1G07A 3GUNA 4IAPA 252LA 111LA 1I6SA 127LA 2RB1X 4EPFA 235LA 1QT7A 2B6ZA 4W56A 1L96A 1C6LA 1C6GA 3SBAA 1C66A 1L02A 1L15A 1DYEA 1OVHA 180LA 7LZMA 226LA 1C6CA 1CV5A 1G0LA 3HH6A 246LA 177LA 4GBRB 3HUAA 110LA 185LA 1LPYA 1QTCA 1L45A 1LYFA 1L84A 238LA 1QUOA 1C6AA 3G3XA 1G0QA 201LA 2Q9DA 1LI3A 1P2RA 3DMZA 3DN1A 1L06A 1G0PA 1L64A 4I7OA 4PJZA 1SWYA 1DYAA 1CV4A 2B75A 1L30A 4DAJA 230LA 4LDLA 1QT8A 1L87A 1L00A 3NY9A 1L35A 149LA 4EXMA 1L13A 1EPYA 3L64A 1L76A 224LA 2O4WA 1L52A 2RBSA 231LA 1L65A 1CV3A 1L44A 1SX7A 125LA 173LA 228LA 1L81A 240LA 1KW5A 118LA 253LA 249LA 3HH3A 3JR6A 3DN2A 3HUQA 2B7XA 1L57A 1D2WA 1CU2A 1QTVA 1L79A 102LA 4I7QA 1P37A 1XJUA 1C6MA 1G0KA 4ARMA 1D2YA 1L05A 1DYCA 184LA 1QUDA 3RUNA 1G0JA 1L36A 1P5CA 1CU0A 3HU8A 1L27A 4W58A 3RZEA 146LA 1L61A 182LA 198LA 1KY1A 3NY8A 3CDTA 1L62A 2OU9A 3HT8A 1L72A 212LA 4I7TA 3C80A 1C6KA 1L03A 1D3NA 2RBRA 3GUJA 2RBNA 1L26A 4ARQA 1KS3A 1T8GA 210LA 4W54A 1L53A 227LA 1C6NA 112LA 144LA 5LZMA 3CDRA 1CV6A 1CU5A 3OE9A 1P3NA 1G1WA 1JTMA 187LA 3C8RA 1L41A 196LA 3SB8A 1L40A 236LA 1ZYTA 247LA 1L68A 3DN6A 250LA 1NHBA 262LA 218LA 148LE 1C67A 1L18A 3OE8A 1LWGA 215LA 107LA 1LWKA 1G0GA 140LA 1L50A 1L04A 1C6EA 1P56A 3HTFA 2B74A 2L78A 6LZMA 1OV5A 4PK0A 1JTNA 3HDEA 4ZPUA 3DKEX 151LA 1P36A 2RB0X 1C65A 1C6HA 3G3VA 1CVKA 3SB7A 1L12A 3SB9A 2OE4X 1T8FA 241LA 1KW7A 152LA 3HDFA 2F47A 248LA 1SSYA 1L59A 1QT3A 2LC9A 1TLAA 4E97A 3C7WA 3C7YA 131LA 178LA 242LA 1C68A 181LA 1L77A 257LA 141LA 2QB0B 1ZWNA 183LA 2RAZX 4ARMB 128LA 3VW7A 1G0MA 1L74A 1L56A 1L19A 164LA 4I7SA 3SB5A 1L89A 158LA 130LA 1L91A 1LGWA 3DNAA 1DYBA 1JQUA 1L11A 1L0KA 1L83A 103LA 1B6IA 1T6HA 3UONA 3FA0A 2B72A 3V2WA 1C6DA 1SX2A 1LI6A 2HUKA 4LDEA 1QUGA 4ARQB 1L17A 4EKQA 4W59A 4I7PA 4EKRA 3FADA 1L95A 2HULA 1XEPA 2NTGA 189LA 1CUQA 3HU9A 1G06A 1L54A 3LZMA 3HT7A 1L70A 1LYDA 243LA 1L86A 1L67A 217LA 1L48A 126LA 1L93A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IWWA 2RSCA 4I8SA 1LZYA 259LA 5I4XA 1L99A 234LA 4W51A 1OVJA 2ZQ4A 1L49A 4GLAA 1CV1A 3DN8A 1OUFA 1IO5A 150LA 1HEWA 4EKSA 1BB4A 4H8XA 4NFVA 120LA 1L51A 4GN3A 2B70A 5D5CA 2ZIKA 1B5YA 1L43A 4EKPA 1VATA 4NSHA 1JPOA 4PRUA 4GCFA 5KXPA 1QTHA 5I14A 1PQOA 113LA 4WLYA 4YXAC 4OO9A 2BQAA 2CWIA 4PJ2C 3IJVA 1L58A 1L60A 2OEAX 4NWHA 133LA 4Z98A 1FKVA 1L01A 5LA5A 4H8ZA 1C46A 244LA 4ARPA 1QTZA 3PDSA 1L10A 2RBOA 3D3DA 4GCDA 1LZNA 2RH1A 1XSFA 1BWJA 1LYYA 5LVGA 3RT5X 2YBJA 2D4IA 139LA 1OWZA 4G9SA 1L85A 5A3EA 4ETEA 1UCOA 1KIRC 1WTNA 114LA 1HFXA 2RBPA 1P2LA 1QUTA 2RBQA 4MSTA 1OVKA 1TEWA 4QDNA 3WMKA 1WQOA 4H9EA 200LA 245LA 1WVVA 4I7NA 2CGIA 1C6JA 1D9WA 4LZTA 1CU6A 213LA 2BQNA 3PBLA 1LHHA 1L38A 1D3MA 4HJZA 2Z12A 1CJ7A 1SQ2L 1WQNA 4WL6A 1PQIA 1ZVYB 2BPUA 4FJRA 1VDPA 3OE0A 1KIPC 170LA 4G4CA 5LIOA 3TXEA 3DN4A 3AZ6A 4WG1A 5HLLA 1MELL 207LA 1D0MA 3RZ4A 1IP2A 1IWYA 3RU5A 1B7OA 1F0WA 1NMMA 1L66A 4WM5A 1PQDA 3WPLA 1ZVHL 6LYTA 222LA 5LYMA 4J7VA 4I7MA 1YKZX 165LA 5HQ1A 5KXRA 1REYA 5B1FA 4WM4A 4K5YA 5T3FA 1JWRA 4L41A 1LHKA 3ZEKA 1LYJA 5F9UA 1RCMA 1L42A 3HH5A 1C6BA 1VDSA 1D6PA 4DWXA 1QSQA 5HMVA 2QARC 4HSFA 1L32A 1L37A 1XEKA 1HEMA 5APEA 4J1BA 1LGXA 1HF4A 4EMNA 1LCNA 2BQKA 1D0KA 1L23A 3TXIA 2OE7X 1N4FA 2LYZA 5FEKA 1D3JA 4YOPA 1BB5A 3HH4A 1L63A 2BQHA 2HTXA 1GE0A 3E3DA 119LA 2Z6BA 2OTYX 174LA 5LVKA 1W6ZA 1C6IA 2F4AA 3CDQA 4WM3A 2O7AA 4UWNA 2BQBA 4Z41A 2PC2A 1OUEA 1DYFA 2Q9EA 1T3PA 1L29A 1LYHA 3GXKA 4RLNA 216LA 3DMXA 1G07A 1GB2A 4DDAA 4C5FA 1LSCA 2RB1X 1IP5A 2HUBA 4EPFA 1QUSA 5KXLA 2Z19A 4KL7A 1C6GA 5LAFA 4H9IA 1OVHA 5I53A 1IP3A 4WLTA 1LMTA 1RJCB 2HEBA 7LZMA 2YSSC 1LAAA 1C6CA 3HH6A 4OW1A 1GE4A 177LA 3HUAA 1LPYA 3N9CA 4PHIA 1GF7A 1SLYA 5DN5A 3CT1A 238LA 2Z38A 1YL0X 3A92A 1VFBC 2HEAA 1CKCA 4PPOA 3DMZA 2EIZC 1D9UA 1JTTL 5A3ZA 2HU1A 1UIHA 4LDLA 2YBHA 3TXJA 5I4WA 4NGOA 3WL2A 1LZ5A 2RBSA 231LA 5I54A 3P68A 1GFKA 4LYMA 1SX7A 125LA 2W1XA 3J6KA 228LA 2BQDA 1KW5A 5F81A 249LA 3A93A 1MLCE 3D9AC 2B7XA 1BB3A 4NGJA 1UACY 1QTVA 1L79A 2Y8PA 102LA 4I7QA 5DN4A 1GF4A 5AMYA 3WU7A 2G4PA 2BQEA 3A3QA 5KJ9A 1KXYA 2B5ZA 1P5CA 3W6AA 3HU8A 4W58A 3HBEX 3EMSA 3AB6A 1GE1A 5KXTA 4HJYA 1VEDA 1L62A 4NY5A 5IHGA 3LYMA 4I7TA 4YM8A 4C3WA 3GUJA 3QNGA 1OP9B 1T8GA 5KY1A 1OUDA 3LYZA 3FE0A 1I56A 1DKKA 3OE9A 1YKYX 4WM6A 1LMNA 3LHMA 1NDMC 2BLXA 1NHBA 218LA 1IX0A 1G7JC 1B7RA 215LA 4NHTA 4B49A 1QQYA 1UICA 1GFUA 6LZMA 5IDDA 4QY9A 1JTNA 5J7CA 1JHLA 3N9EA 5LVHA 1LMPA 1C6HA 3G3VA 1REXA 1LHIA 2OE4X 1ZV5L 2ZYPA 1KW7A 4NGWA 248LA 1J1OY 5HMJA 1L59A 4OWHA 134LA 4E97A 1JKAA 1LJGA 3A34A 131LA 1C68A 1LSZA 1L77A 257LA 2QB0B 7LYZA 183LA 1IWZA 1UIFA 4ARMB 2A7FA 1HEPA 1L74A 1L19A 1L89A 5ILCA 2DQJY 1L91A 1LGWA 4H9FA 5B59A 1JQUA 4G4BA 5APFA 103LA 5DLAA 193LA 2CDSA 3FA0A 3V2WA 2DQEY 1LI6A 2HUKA 5HNLA 1EQEA 4ARQB 4EKQA 1JSEA 4W59A 4I7PA 3FADA 5LINA 1XEPA 2NTGA 2HU3A 4IATA 1G06A 5I5QA 1IOQA 1L54A 3LZMA 3HT7A 1NF5A 2D91A 5FELA 4NGLA 5KKJA 1JKCA 192LA 2I26L 142LA 1L31A 3C82A 4NIJA 256LA 3AZ7A 1OUHA 1J1PY 1UIDA 1GF8A 1JSFA 1YROA 1L73A 1DYGA 211LA 1VAUA 2B6XA 1GBWA 4NHQA 2OE9X 2DQIY 4N1CC 3AGHA 1C6PA 1REZA 2HUMA 3HT9A 4B1AA 1IORA 3B0IA 2Q0MX 3GUKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IWW A;  2RSC A;  4I8S A;  1LZY A;  259L A;  5I4X A;  1L99 A;  234L A;  4W51 A;  1OVJ A;  2ZQ4 A;  1L49 A;  4GLA A;  1CV1 A;  3DN8 A;  1OUF A;  1IO5 A;  150L A;  1HEW A;  4EKS A;  1BB4 A;  4H8X A;  4NFV A;  120L A;  1L51 A;  4GN3 A;  2B70 A;  5D5C A;  2ZIK A;  1B5Y A;  1L43 A;  4EKP A;  1VAT A;  4NSH A;  1JPO A;  4PRU A;  4GCF A;  5KXP A;  1QTH A;  5I14 A;  1PQO A;  113L A;  4WLY A;  4YXA C;  4OO9 A;  2BQA A;  2CWI A;  4PJ2 C;  3IJV A;  1L58 A;  1L60 A;  2OEA X;  4NWH A;  133L A;  4Z98 A;  1FKV A;  1L01 A;  5LA5 A;  4H8Z A;  1C46 A;  244L A;  4ARP A;  1QTZ A;  3PDS A;  1L10 A;  2RBO A;  3D3D A;  4GCD A;  1LZN A;  2RH1 A;  1XSF A;  1BWJ A;  1LYY A;  5LVG A;  3RT5 X;  2YBJ A;  2D4I A;  139L A;  1OWZ A;  4G9S A;  1L85 A;  5A3E A;  4ETE A;  1UCO A;  1KIR C;  1WTN A;  114L A;  1HFX A;  2RBP A;  1P2L A;  1QUT A;  2RBQ A;  4MST A;  1OVK A;  1TEW A;  4QDN A;  3WMK A;  1WQO A;  4H9E A;  200L A;  245L A;  1WVV A;  4I7N A;  2CGI A;  1C6J A;  1D9W A;  4LZT A;  1CU6 A;  213L A;  2BQN A;  3PBL A;  1LHH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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