3HTFA

4-chloro-1h-pyrazole in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htfA00
1L69A 4I7JA 1L47A 1L79A 1C6JA 168LA 3C80A 3ODUA 4I7KA 258LA 2NTHA 197LA 2OU8A 3NY8A 1LYHA 1L26A 1SSWA 151LA 1CX7A 1L76A 109LA 4I7PA 126LA 248LA 3HTFA 1D3JA 2OTZX 1L89A 1L35A 3G3WA 4S0WA 3OE0A 217LA 233LA 3HH4A 155LA 234LA 2HUKA 1SX2A 262LA 1L53A 1PQIA 221LA 2B72A 1QTZA 2RH1A 3DN2A 1DYGA 1PQDA 3HTBA 1L00A 1L02A 2RBSA 1C62A 1QT4A 3F9LA 1JTMA 1P6YA 1C6LA 1DYEA 1C67A 3V2WA 4GRVA 3GUPA 3GULA 118LA 1C63A 4W58A 139LA 242LA 1C6CA 185LA 3HH3A 1L24A 141LA 226LA 4IAPA 1L88A 112LA 1L81A 2RBNA 123LA 181LA 4EPFA 162LA 3DNAA 230LA 3LZMA 4I7MA 1C69A 1I6SA 1QUOA 225LA 1LGWA 3DN1A 3FI5A 1L74A 1L93A 1T8GA 1D3NA 2HUMA 1L90A 1SSYA 107LA 3NYAA 3SBBC 2O4WA 1L28A 108LA 1L31A 2A4TA 3FADA 1L55A 1CUPA 231LA 3HU8A 2QARC 1L95A 1SWZA 1LGUA 245LA 4I7SA 157LA 237LA 4EKSA 4I7NA 1L61A 1L21A 4EXMA 2B6WA 130LA 3OE9A 2B6ZA 3DMXA 1DYFA 189LA 3C7YA 244LA 2OU0X 1CU0A 110LA 1L19A 1LYDA 1LWGA 2LC9A 227LA 2B70A 232LA 3C8RA 1CTWA 1ZWNA 113LA 115LA 3SB5A 2OE7X 2RAZX 1D2WA 3UONA 103LA 3HU9A 1OVKA 114LA 1C6AA 1LLHA 150LA 1OVJA 213LA 4I7TA 1L77A 1L42A 3SB6A 1EPYA 3C7WA 1OWZA 1L46A 4EKQA 3EMLA 1PQMA 2RBQA 1L34A 1CU3A 1LYFA 1CX6A 4LDLA 1L80A 4W51A 220LA 3K2RA 173LA 3CDQA 122LA 3L2XA 1P5CA 1OYUA 1L71A 1LPYA 1OVHA 212LA 186LA 1L59A 1C6QA 145LA 1L67A 1C6TA 209LA 3HDEA 4I7OA 4ARJA 2RB1X 159LA 171LA 1L50A 1L82A 4LDOA 152LA 191LA 3RZEA 1P2LA 1L05A 3HT7A 1L39A 1L33A 1L73A 1G0QA 1CV3A 3DN0A 205LA 167LA 3HT9A 1KW5A 1CV0A 2B6XA 1L60A 1B6IA 5I14A 149LA 4W59A 1L62A 1C6DA 1L68A 128LA 4I7LA 2LZMA 4OO9A 1C68A 1T97A 1L15A 1SWYA 1L52A 1C6HA 3PBLA 1QUGA 131LA 147LA 4ARMA 1L12A 6LZMA 137LA 1G0KA 254LA 1L96A 1DYDA 3C82A 243LA 249LA 3GUOA 223LA 2B6TA 1LYJA 3OE8A 1QT6A 2B6YA 1L06A 164LA 241LA 2CUUA 4K5YA 2F32A 1QT8A 3D4SA 3HDFA 246LA 4ZPUA 1L07A 3GUIA 1KW7A 7LZMA 4GBRB 3VW7A 1LW9A 161LA 1L14A 1OV5A 4DAJA 4ARPA 4YXCA 1L56A 1L66A 4LZMA 1LYEA 1L65A 2B7XA 1C6KA 4W56A 1QSQA 3C81A 1C6GA 4PK0A 178LA 2ANXA 4I7QA 4ARMB 206LA 2Q9DA 4W52A 1G06A 260LA 1L20A 199LA 129LA 183LA 3SBAA 1XEPA 1T8FA 1L99A 187LA 1L86A 256LA 3GUMA 1C64A 259LA 214LA 261LA 251LA 253LA 2RB0X 4EPIA 1LI2A 190LA 160LA 1L75A 257LA 1L40A 1QT3A 1C66A 250LA 196LA 1OV7A 4ARQA 2L78A 180LA 1L51A 127LA 1C6NA 1C60A 1L17A 3CDTA 142LA 1L57A 1TLAA 177LA 192LA 3HH6A 1L54A 3G3VA 125LA 4EKPA 219LA 1L87A 1P36A 1QSBA 1QS5A 252LA 2LCBA 3SB9A 247LA 210LA 3GUJA 2Z6BA 102LA 1P2RA 1LWKA 1L41A 1L72A 158LA 198LA 3SB7A 5LZMA 1NHBA 1L43A 229LA 2IGCA 163LA 3DN6A 218LA 1QTVA 2O79A 1L83A 1CU5A 1XJTA 1L98A 1LI3A 1T6HA 222LA 1L23A 1L94A 165LA 3PDSA 1QTCA 1DYBA 146LA 240LA 1C6BA 2RAYX 3C8SA 1L0JA 2RB2X 1G07A 224LA 3HUAA 2ANVA 4ARQB 3HWLA 166LA 3DN3A 1D9WA 1KNIA 195LA 1L08A 1ZYTA 120LA 1T8AA 201LA 3OE6A 3DKEX 1L58A 1K28A 119LA 1PQOA 3CDVA 1L38A 1L04A 4LDEA 2RBPA 3G3XA 1G0LA 1CUQA 1QUHA 2F47A 1L18A 1G1WA 4ARLA 1QTBA 169LA 1L70A 176LA 1LYIA 1P64A 1D3FA 2HULA 2NTGA 1C65A 4YX7C 3L64A 1QT5A 1DYCA 1P56A 4W55A 1QTHA 4W53A 4PJZA 3GUNA 143LA 2Q9EA 1L30A 2OE9X 104LA 2B74A 4EKRA 1QS9A 3SB8A 2O7AA 1C6PA 1DYAA 1KY1A 3CDRA 2B75A 1CV6A 1C6IA 172LA 2F2QA 1L13A 1LGXA 255LA 2QB0B 2OEAX 3HT8A 2OU9A 239LA 144LA 1G0JA 1P37A 1L91A 174LA 3NY9A 1G0PA 4W57A 4EJ4A 1L63A 4AQNA 175LA 1P46A 1G0MA 3HUQA 3RUNA 238LA 3F8VA 3GUKA 1SX7A 1LYGA 1KY0A 1PQKA 3JR6A 1CU2A 2RBRA 3DMVA 2OE4X 1L22A 3DN4A 1L16A 2B73A 1D3MA 3CDOA 1L37A 1L49A 148LE 2OTYX 216LA 4DKLA 3HUKA 1C6MA 1XJUA 170LA 3QAKA 1CV1A 2RBOA 4I7RA 3FA0A 1OWYA 235LA 1L03A 3HH5A 140LA 3C8QA 1L36A 1L0KA 1ZURA 211LA 1P7SA 1CV4A 1CV5A 1PQJA 3HTDA 1C61A 1KS3A 1L48A 200LA 1P3NA 1L45A 1L09A 4DJHA 228LA 1L92A 3C83A 3DN8A 4W54A 138LA 215LA 1WTHA 1L11A 1JQUA 3HTGA 1L29A 1C6EA 3V2YA 1L44A 1L64A 1L84A 3SN6R 1L32A 1LI6A 1QUDA 1QT7A 1CU6A 3C7ZA 1QTDA 1C6FA 1L25A 1L97A 182LA 156LA 1D2YA 236LA 4E97A 188LA 1L10A 1L85A 3DMZA 3HT6A 4YXAC 184LA 1CVKA 1JTNA 1G1VA 1G0GA 1L01A 1L27A 111LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M4OA 4J1AA 4W94A 4I7KA 3NY8A 3TMUA 1XGQC 151LA 109LA 248LA 5FDJA 4S0WA 4IATA 233LA 5LA8A 3HH4A 1LZEA 234LA 2HUKA 1LZCA 2B72A 1JKBA 1LTMA 1PQDA 3HTBA 3AW7A 1C62A 1JTMA 1C43A 5F81A 4DD9A 1C6LA 1LSAA 3GUPA 3AB6A 134LA 1FKQA 2RBNA 4WM1A 1WQPA 1IVMA 4XJIA 1BQLY 1GFVA 4KPMA 3DNAA 230LA 3LZMA 1I6SA 1QUOA 4WL7A 5DM9A 1LGWA 1IY3A 1L74A 1KIQC 1D3NA 1L90A 4DD3A 1KXWA 3NYAA 108LA 4NY5A 3AZ4A 1NF5A 3LYTA 1L95A 1LGUA 1LHHA 2W1YA 3OE9A 4WM2A 244LA 2OU0X 1YQVY 1CU0A 1L19A 1LYDA 1BGIA 2EQLA 2B70A 3TXEA 1DPXA 4NGKA 1WQOA 113LA 3WUMA 1V7SA 4OWEA 4HSFA 2RAZX 1D2WA 1BVXA 1WQQA 1N4FA 2N5ZA 3TXKA 1C6AA 4B1AA 2YBJA 150LA 4I7TA 1L77A 1L42A 1EPYA 4EKQA 5JENB 1FN5A 1L80A 4W51A 220LA 3TMWA 173LA 1OP9B 4KT3A 122LA 1YL1X 1OYUA 1VDTA 4N1CC 1GBOA 1LSYA 1BVKC 209LA 1L50A 1FLQA 1IWXA 152LA 1QSAA 1HF4A 1JSEA 4D9ZA 1F10A 5HMJA 3WUAA 3OK0A 1HNLA 1L33A 2Z2FA 3HT9A 5I14A 4BAPA 4H8ZA 3EXDA 5KXZA 5LAGA 3HBEX 3TMVA 4OO9A 1C68A 3W6DA 1T97A 1CJ7A 4N0JA 1CKDA 1DQJC 2W1LA 1HFYA 147LA 4OWBA 6LZMA 2HU3A 4H9CA 2Q0MX 2B6TA 3ULRA 4LT1A 3W6BA 2H9JA 5LVGA 1QT8A 1LHJA 3TXGA 1RFPA 246LA 3GUIA 1F6RA 7LZMA 4GBRB 3VW7A 161LA 1L14A 1LZ6A 1OV5A 1XGRC 4ARPA 2BPUA 3TXIA 4W56A 3A34A 1C6GA 4H9EA 1GB2A 4NGOA 178LA 4GN5C 2ANXA 5KXSA 4J7VA 5FEKA 5B05A 1G06A 3TXHA 199LA 4NG1A 4H9HA 1HSWA 3M18B 1YKZX 1OUGA 1JPOA 1CNSA 3GUMA 1C64A 3WXTA 214LA 2RB0X 4OOTA 160LA 2H5ZA 257LA 4Z98A 1LJHA 2YSSC 1OV7A 4C3WA 2L78A 180LA 1LAAA 4DD1A 1NBYC 4B4JA 3CDTA 1GFHA 1NQIA 4GCBA 3A8ZA 1L87A 1TAYA 210LA 2ZQ3A 2LHMA 1LCNA 1LJJA 158LA 1UIFA 2ZNWY 1L43A 4NEBA 1C10A 4UWVA 218LA 1QTVA 4GLVA 1XEJA 1CU5A 1F6SA 1T6HA 222LA 4ZEEA 1DI5A 3PDSA 2LYZA 1C6BA 1L0JA 4ETEA 1IOTA 1LSNA 224LA 4I0CA 2Z12A 3A90A 4WG7A 5FHWA 1LPIA 1GB5A 4Z46A 3A3RX 1RJCB 4NFVA 1PQOA 1PZYA 4N9RA 1L04A 1KXYA 1GB7A 4QEQA 1G0LA 1L18A 4XJDA 3VWOA 1BB5A 3L64A 1DYCA 4PJZA 3GUNA 4O34A 1FLWA 3TXJA 4J0LA 2Q9EA 2B74A 1TEWA 4I8SA 4EKRA 1AT6A 1C6PA 1B7NA 3J4GA 3WL2A 3CSRA 4H9FA 4RLMA 255LA 4YOPA 2D91A 4G4HA 8LYZA 2OEAX 4LYZA 1YIKA 4P2EA 174LA 1GF7A 1I1ZA 1BHZA 4EJ4A 5M1YA 2I26L 3HUQA 1P46A 1CU2A 1ZMYL 2RBRA 3DMVA 2OE4X 3DN4A 2B73A 3CDOA 1L49A 148LE 170LA 235LA 1GF8A 4N8ZA 3QNGA 140LA 3A3QA 1L0KA 3B0KA 6LYZA 1P7SA 3ZEKA 1LJNA 1L48A 1L45A 1L09A 4DJHA 3DN8A 1C45A 2XJWA 4HTQA 215LA 5D5CA 4CFPA 3HTGA 4WLYA 2DQDY 3CT5A 5HQ1A 1LSEA 1JWRA 4NSGA 1L64A 4DT3A 1QUDA 1L97A 156LA 4RW2A 3WXUA 3CT0A 1XFPL 4H9IA 1L10A 1T6VL 1WVVA 3DMZA 3HT6A 1CVKA 1T3PA 3RNXA 3AZ5A 3HFMY 4G9SA 1L79A 1C6JA 5LVHA 168LA 1HEMA 1GFAA 2NTHA 5F9XA 2OU8A 4YEMA 1JIYA 1FDLY 1L26A 1DPWA 3A93A 2DQAA 4I7PA 9LYZA 126LA 4WM6A 1YAQA 2D4JA 4B0DA 155LA 3G3BB 262LA 2BLYA 2LZ2A 1QTZA 5KJ9A 3DN2A 1DYGA 1GBSA 1L02A 2MEEA 1LSZA 1C67A 5E9RA 141LA 4WLXA 2DKVA 123LA 3A6CY 181LA 4GLAA 1F0WA 162LA 225LA 4R0FA 4UWUA 1D0MA 3DN1A 3WUNA 1D0LA 5LAFA 1REYA 1GF6A 2NWDX 4NGJA 1UIAA 3GXRA 3WW6A 107LA 4NHSA 4E3UA 2A4TA 3FADA 1L55A 2W1XA 1CUPA 1LYZA 3HU8A 4QDNA 1SWZA 4NSJA 1BB3A 3M3UA 4HV1A 3W6EA 1L61A 1L21A 1LMQA 2B6WA 3TXBA 3DMXA 3WVYA 1OUDA 1LZ8A 4HJYA 110LA 1LWGA 4WM3A 227LA 2RSCA 5LA5A 5DLAA 3ZVQA 3P65A 3SB5A 1RE2A 1SLYA 1LLHA 1OVJA 213LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4M4O A;  4J1A A;  4W94 A;  4I7K A;  3NY8 A;  3TMU A;  1XGQ C;  151L A;  109L A;  248L A;  5FDJ A;  4S0W A;  4IAT A;  233L A;  5LA8 A;  3HH4 A;  1LZE A;  234L A;  2HUK A;  1LZC A;  2B72 A;  1JKB A;  1LTM A;  1PQD A;  3HTB A;  3AW7 A;  1C62 A;  1JTM A;  1C43 A;  5F81 A;  4DD9 A;  1C6L A;  1LSA A;  3GUP A;  3AB6 A;  134L A;  1FKQ A;  2RBN A;  4WM1 A;  1WQP A;  1IVM A;  4XJI A;  1BQL Y;  1GFV A;  4KPM A;  3DNA A;  230L A;  3LZM A;  1I6S A;  1QUO A;  4WL7 A;  5DM9 A;  1LGW A;  1IY3 A;  1L74 A;  1KIQ C;  1D3N A;  1L90 A;  4DD3 A;  1KXW A;  3NYA A;  108L A;  4NY5 A;  3AZ4 A;  1NF5 A;  3LYT A;  1L95 A;  1LGU A;  1LHH A;  2W1Y A;  3OE9 A;  4WM2 A;  244L A;  2OU0 X;  1YQV Y;  1CU0 A;  1L19 A;  1LYD A;  1BGI A;  2EQL A;  2B70 A;  3TXE A;  1DPX A;  4NGK A;  1WQO A;  113L A;  3WUM A;  1V7S A;  4OWE A;  4HSF A;  2RAZ X;  1D2W A;  1BVX A;  1WQQ A;  1N4F A;  2N5Z A;  3TXK A;  1C6A A;  4B1A A;  2YBJ A;  150L A;  4I7T A;  1L77 A;  1L42 A;  1EPY A;  4EKQ A;  5JEN B;  1FN5 A;  1L80 A;  4W51 A;  220L A;  3TMW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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