3HTGA

2-ethoxy-3,4-dihydro-2h-pyran in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htgA00
1L12A 1PQKA 4I7OA 3FA0A 1L22A 1OVKA 1G06A 191LA 1G0KA 222LA 177LA 3HUKA 3CDTA 1DYDA 1C6KA 4LDOA 3OE0A 210LA 113LA 1C64A 1LI6A 1L43A 4E97A 229LA 1C68A 218LA 1KS3A 3HTDA 1L30A 1L36A 1L00A 3DN2A 1L31A 212LA 4S0WA 3C82A 1L11A 4I7QA 1QT3A 190LA 1L06A 176LA 167LA 1L14A 3DN6A 1C66A 2LZMA 127LA 1L70A 111LA 1P56A 4ARPA 3HTBA 149LA 1L32A 1PQMA 2NTHA 3CDRA 2L78A 4I7RA 1OVHA 2LC9A 1L23A 1L77A 1L0JA 205LA 160LA 170LA 183LA 235LA 1C6GA 186LA 1CU6A 1CV0A 1G0MA 1QUDA 1XJUA 221LA 1L47A 3GUJA 1L74A 1D3JA 1T8AA 4LDLA 4W56A 1CTWA 1B6IA 4EKRA 6LZMA 1QSBA 3HDFA 3SB8A 5LZMA 1L55A 171LA 1KW7A 1L93A 1LYIA 2RAYX 1L03A 3V2WA 1CX7A 1L04A 1T97A 1DYEA 3OE8A 1K28A 3HT9A 1QUOA 199LA 243LA 1QTVA 2Q9EA 1L38A 182LA 2RB0X 1L65A 1DYCA 1LW9A 1PQDA 4I7MA 147LA 4YXAC 1QT6A 1L71A 3PBLA 245LA 3SB5A 262LA 4YX7C 2RB2X 3HH3A 249LA 3RUNA 1CUQA 1P2RA 1KW5A 1OYUA 2RH1A 3V2YA 1ZWNA 1L83A 107LA 3CDQA 3HU9A 138LA 3HTFA 1QT4A 2B74A 4I7NA 146LA 1C6QA 1C6HA 260LA 4W57A 1CVKA 1SWZA 2RBSA 3C81A 1L05A 3C83A 129LA 3DKEX 1D3MA 2B6ZA 3SB6A 185LA 125LA 1L46A 2A4TA 1L25A 102LA 1L68A 239LA 2OE4X 3CDOA 1DYBA 196LA 4PJZA 159LA 1L35A 214LA 2OE9X 1LYGA 3K2RA 2Q9DA 3D4SA 3C7YA 166LA 2OTYX 259LA 1L99A 3EMLA 1D3NA 232LA 1C6TA 3HUAA 175LA 122LA 2HUKA 1QS9A 1L90A 1T8FA 1L63A 144LA 1L95A 2IGCA 4YXCA 1L01A 3C8RA 1L84A 2OU8A 1L82A 157LA 241LA 1PQIA 1KY0A 1L62A 1L34A 1LI3A 3HH5A 169LA 3HWLA 172LA 1EPYA 1L42A 3NY8A 4K5YA 3C7ZA 119LA 1CV6A 4I7JA 174LA 1C6DA 1L13A 247LA 1OWZA 2OTZX 3ODUA 1DYAA 120LA 4EPIA 1L45A 4IAPA 168LA 3DNAA 1L21A 104LA 188LA 3G3VA 234LA 3SN6R 1CV5A 227LA 1L40A 2F47A 1C6CA 2RBOA 1XEPA 4EKPA 1L41A 1C67A 1L53A 1KY1A 1CU0A 4EJ4A 1L91A 3F8VA 131LA 1OV7A 2HUMA 1G1VA 1LLHA 4I7PA 3C8SA 3QAKA 1OV5A 1QTDA 3G3XA 3HU8A 216LA 1L86A 140LA 223LA 3G3WA 1L16A 1L87A 2OU0X 3HT8A 215LA 1L79A 2B70A 1JTNA 173LA 1QSQA 4W58A 1QT8A 143LA 1P3NA 1G0GA 1P36A 1P5CA 2ANVA 151LA 4I7TA 200LA 2OE7X 1CU3A 145LA 3RZEA 4EKSA 3GUIA 244LA 155LA 1L15A 1LWKA 1CX6A 4GBRB 4W52A 1L97A 1PQOA 2QB0B 3HT6A 3GUMA 3HTGA 1LGUA 1DYFA 1L85A 3PDSA 181LA 4ARLA 1C69A 201LA 1QS5A 3DN3A 4PK0A 1P46A 2NTGA 3GULA 2O79A 1C6FA 1JQUA 2RAZX 1L73A 1T8GA 1LGWA 1L80A 1L98A 1QT5A 4ARMB 4I7SA 1L28A 103LA 1L66A 4EPFA 2CUUA 4ARJA 3DN4A 1C62A 115LA 7LZMA 1SX2A 2QARC 1LPYA 1L49A 1P2LA 3HDEA 1I6SA 4W53A 114LA 1C6IA 1L72A 1L57A 1L64A 2ANXA 3GUKA 1L18A 4AQNA 3F9LA 3CDVA 1L56A 2Z6BA 4OO9A 2B6TA 112LA 248LA 137LA 1CV4A 213LA 3NYAA 4I7LA 1L02A 123LA 1L69A 192LA 236LA 1L67A 211LA 4DJHA 1P64A 1SX7A 118LA 1C6EA 158LA 1G07A 1G0QA 258LA 163LA 109LA 184LA 3HH4A 1CU2A 1CU5A 142LA 1SWYA 1WTHA 1QUGA 2RBPA 228LA 2B6YA 4W51A 3C8QA 246LA 1L76A 4EXMA 3L2XA 3FADA 217LA 126LA 1L89A 1G0PA 224LA 261LA 1OWYA 3HUQA 2F2QA 1L44A 165LA 1L94A 3JR6A 1G0JA 1LYHA 255LA 1PQJA 1LYEA 2RBNA 233LA 1D2YA 1L10A 189LA 1C6NA 3GUOA 1C6PA 1L50A 1P7SA 1CV3A 1L81A 1SSWA 254LA 1L0KA 180LA 1L61A 1CUPA 1L52A 2RBQA 1QTZA 4GRVA 2B7XA 3DN0A 257LA 1ZYTA 225LA 231LA 1L96A 164LA 4DAJA 1L20A 1C6LA 1L75A 3C80A 2LCBA 1L39A 1L19A 1C60A 1QTCA 1C6AA 3L64A 3NY9A 1C6BA 4ARQB 1LGXA 2B73A 3DN8A 1C6JA 1QTHA 2B6XA 1XJTA 1G1WA 252LA 3OE9A 1ZURA 161LA 1P37A 230LA 1JTMA 2B72A 2OU9A 1L07A 1LWGA 1QT7A 3C7WA 4DKLA 139LA 2B6WA 3OE6A 1DYGA 130LA 148LE 3DMXA 1L27A 1L51A 1L24A 1L60A 2B75A 1P6YA 3GUNA 197LA 1OVJA 1L88A 4W54A 1L29A 251LA 238LA 1L17A 2RB1X 1LI2A 198LA 219LA 3DN1A 2OEAX 1L26A 1TLAA 4LDEA 1G0LA 3UONA 3DMVA 4I7KA 156LA 195LA 108LA 128LA 1L37A 1LYFA 187LA 178LA 1T6HA 4ZPUA 240LA 242LA 4EKQA 3SBAA 1L59A 5I14A 3VW7A 4ARQA 4LZMA 1LYDA 3LZMA 1L08A 1QUHA 1D9WA 1C63A 1QTBA 1L92A 4W55A 3SB9A 3FI5A 253LA 2RBRA 2O4WA 220LA 2F32A 3SBBC 110LA 1L48A 1D3FA 1L54A 4W59A 1L09A 141LA 1KNIA 206LA 1L58A 150LA 1CV1A 2O7AA 162LA 209LA 250LA 1C6MA 1SSYA 226LA 3SB7A 256LA 1LYJA 1D2WA 1L33A 3GUPA 2HULA 3HT7A 152LA 1NHBA 3HH6A 3DMZA 237LA 4ARMA 1C61A 1C65A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PQKA 2W1XA 4I7OA 4N0JA 2PC2A 177LA 4NFVA 3HUKA 4II8A 1DYDA 1WTMA 1LHMA 4UWVA 229LA 1C68A 5IHGA 1KS3A 1L30A 1LZ8A 1L31A 2EKSC 1B2KA 5DN5A 1QT3A 1L06A 2IFFY 1C66A 132LA 1IR9A 1ALCA 4GCFA 1LYZA 3HTBA 5B06A 2NTHA 1B7PA 4I7RA 3WMKA 1LJ3A 1L0JA 1JITA 160LA 1C6GA 1CU6A 3M18B 5HQ1A 1L74A 1D3JA 4LDLA 3LZTA 1D9UA 1CTWA 4XJGA 2MEDA 1QSBA 5LZMA 1L55A 171LA 1UIFA 1OUJA 4RLMA 2HTXA 2G4NA 1UBZA 1T97A 4CHXA 1GFHA 4WO6A 1QTVA 1L38A 3CSRA 182LA 1PQDA 4MCKA 3MGWA 4NGOA 1L71A 4LFXA 2RB2X 1C46A 1DPWA 2EQLA 3RUNA 1CUQA 5IELA 1GAYA 4LT2A 3N9AA 4I7NA 146LA 3AZ4A 1CVKA 1YKYX 4XJFA 2RBSA 1JSFA 3C83A 4N1CC 2CGIA 5KXXA 2H9JA 3SB6A 185LA 1L25A 2H9KA 1W6ZA 3AZ5A 1LJJA 159LA 214LA 1LYGA 1XGQC 3K2RA 5LAFA 3C7YA 3A6CY 3VWOA 2AUBA 4LYTA 2BQNA 1VDPA 1XGPC 4HTQA 144LA 2OU8A 4NGVA 2DQEY 1NMMA 1PQIA 1NBYC 3HH5A 3HWLA 3WUMA 2BQOA 1YKXX 1RI8B 4XJIA 2F4AA 2HEAA 3NY8A 3WUAA 1A2YC 174LA 1C6DA 1UA6Y 1WQOA 4QGZA 120LA 2Z18A 168LA 5HMJA 3DNAA 4UWNA 3G3VA 234LA 4GCBA 1L40A 1C6CA 1NF5A 1XEPA 1L41A 1C67A 4WM3A 3AGHA 3ZVQA 4EJ4A 1IO5A 1VATA 1JIYA 2DQHY 2HUMA 3HU8A 1OP9B 4GN5C 1L86A 3G3WA 1B5ZA 215LA 1QSQA 2ZIKA 5JENB 151LA 200LA 1CU3A 5KXPA 145LA 4RLNA 4WG1A 5B1FA 1C45A 155LA 5KXMA 4D9ZA 1L97A 1GB3A 1OUEA 4DDAA 1CKHA 3TXFA 2D4IA 3DN3A 4PK0A 1P46A 3GULA 2RAZX 1HENA 3CSQA 2Z2EA 1LYYA 1UC0A 4NHTA 3LYTA 9LYZA 3BKHA 1LSZA 1L66A 4EPFA 2DQAA 4OOOA 1IWZA 4ARJA 3DN4A 4NHIA 5APFA 1AZFA 1LPYA 5LA5A 1L72A 1LHJA 3WVYA 1UIBA 1L18A 4AQNA 3F9LA 4OO9A 1B5WA 3BKVA 5B07A 1CV4A 1L69A 1GF5A 236LA 1L67A 211LA 3N9CA 4HPEA 4H8ZA 1IY4A 3OK0A 258LA 4TTDA 2RSCA 1LMQA 184LA 1CU2A 1HERA 1CU5A 3LHMA 1WTHA 1QUGA 4EXMA 3L2XA 3FADA 3WPLA 1L89A 5KKJA 2VB1A 1OWYA 2N5ZA 3HUQA 1LMTA 2BAAA 2F2QA 208LA 1G0JA 1LYHA 2HEEA 2W1MA 1YKZX 2RBNA 233LA 1WQNA 2BQLA 4ZFPA 1D2YA 2XTHA 4HP0A 1L10A 1C6NA 4HJZA 1LJEA 1Z55A 1HSWA 3OJPA 2RBQA 254LA 1L52A 4QY9A 5HLLA 1ZYTA 3LYMA 225LA 4IATA 4KXIA 2BQDA 1L96A 4DAJA 2YBMA 1C6LA 2HUBA 1C60A 3L64A 1C6BA 1LGXA 1C10A 5F9UA 4WLDA 1QSWA 1P37A 1LWGA 4NGZA 5FCPA 1L51A 1BB7A 1BQLY 1L60A 4PHIA 1JUGA 4GCDA 1L17A 2RB1X 2OEAX 4BADA 3LYZA 1ZMYL 5APEA 1DZBX 2F2NA 2YBIA 1BWIA 2ZYCA 1LJFA 1T6VL 195LA 3ATOA 3P66A 4RW1A 240LA 4ZPUA 1L59A 4LZMA 1LSYA 1C08C 1LYDA 4GN3A 1QTBA 4XYYA 2CWIA 4FJRA 4W55A 3A3RX 3FI5A 2RBRA 2O4WA 220LA 110LA 1L54A 5FHWA 4QEQA 1B5XA 3GXRA 1GF0A 162LA 1FLQA 1LMAA 250LA 2YSSC 1C6MA 3SB7A 4WM2A 1LZNA 256LA 2HEFA 3GUPA 3HT7A 2HULA 2D91A 3HH6A 1UACY 4Z98A 5ILFA 2ZQ4A 237LA 1L12A 3FA0A 1L22A 1G06A 1UIDA 210LA 1KIQC 1C64A 1WQRA 7LYZA 5LA8A 1YROA 1ZVYB 2I26L 3C82A 1G7IC 1WQPA 2DBTA 1V7TA 4WMGA 176LA 3DN6A 1GE0A 1LZSA 2ZWBA 1GFGA 1CNSA 4G4HA 3CDRA 1B9OA 4NSHA 205LA 235LA 186LA 1LHHA 221LA 4TSCA 3G3AB 1D6PA 1T8AA 3P68A 1H87A 1F6SA 1YAMA 2RAYX 5LVKA 2LZ2A 1LSNA 3V2WA 1CX7A 4MR1A 5F16A 4H90A 1K28A 199LA 243LA 4GN4A 3WXTA 4B4IA 3N9EA 5I5QA 4WLTA 1L65A 1LW9A 4NG8A 1UIGA 3WU8A 1W08A 4YXAC 1D0LA 3SB5A 5DM9A 2DQCY 2ZNWY 1LJNA 1RE2A 4UWUA 1JKBA 1P2RA 1LSBA 1OYUA 2RH1A 1ZWNA 8LYZA 1HMKA 1L83A 1HFYA 4J0LA 3HU9A 2B74A 1C6QA 4RDSA 1FDLY 3CT5A 5F81A 1O23A 6LYTA 125LA 4BS7A 1YIKA 3CDOA 4WO9A 2LHMA 5A3EA 4H93A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PQK A;  2W1X A;  4I7O A;  4N0J A;  2PC2 A;  177L A;  4NFV A;  3HUK A;  4II8 A;  1DYD A;  1WTM A;  1LHM A;  4UWV A;  229L A;  1C68 A;  5IHG A;  1KS3 A;  1L30 A;  1LZ8 A;  1L31 A;  2EKS C;  1B2K A;  5DN5 A;  1QT3 A;  1L06 A;  2IFF Y;  1C66 A;  132L A;  1IR9 A;  1ALC A;  4GCF A;  1LYZ A;  3HTB A;  5B06 A;  2NTH A;  1B7P A;  4I7R A;  3WMK A;  1LJ3 A;  1L0J A;  1JIT A;  160L A;  1C6G A;  1CU6 A;  3M18 B;  5HQ1 A;  1L74 A;  1D3J A;  4LDL A;  3LZT A;  1D9U A;  1CTW A;  4XJG A;  2MED A;  1QSB A;  5LZM A;  1L55 A;  171L A;  1UIF A;  1OUJ A;  4RLM A;  2HTX A;  2G4N A;  1UBZ A;  1T97 A;  4CHX A;  1GFH A;  4WO6 A;  1QTV A;  1L38 A;  3CSR A;  182L A;  1PQD A;  4MCK A;  3MGW A;  4NGO A;  1L71 A;  4LFX A;  2RB2 X;  1C46 A;  1DPW A;  2EQL A;  3RUN A;  1CUQ A;  5IEL A;  1GAY A;  4LT2 A;  3N9A A;  4I7N A;  146L A;  3AZ4 A;  1CVK A;  1YKY X;  4XJF A;  2RBS A;  1JSF A;  3C83 A;  4N1C C;  2CGI A;  5KXX A;  2H9J A;  3SB6 A;  185L A;  1L25 A;  2H9K A;  1W6Z A;  3AZ5 A;  1LJJ A;  159L A;  214L A;  1LYG A;  1XGQ C; 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