3HU9A

Nitrosobenzene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hu9A00
103LA 4EJ4A 1L15A 191LA 3C7ZA 3OE6A 1L57A 4I7JA 1LI6A 2LC9A 126LA 1SX2A 182LA 3SBBC 1C6TA 1L03A 1L37A 1L38A 2RAYX 4W54A 127LA 1QS5A 2RBPA 4W52A 4OO9A 1CU6A 1L73A 190LA 1CX7A 1L88A 3G3VA 4EXMA 3C8QA 120LA 198LA 1P46A 213LA 2OU9A 3G3WA 236LA 252LA 1L56A 3DMZA 1QT8A 1XJUA 217LA 3HTDA 1L90A 246LA 1LYHA 3HT6A 1QTBA 1L92A 1L22A 187LA 1G0KA 260LA 212LA 1L41A 156LA 1L75A 3ODUA 1KNIA 1CUQA 1L25A 3FA0A 113LA 1L24A 5LZMA 3DMVA 3GUKA 231LA 146LA 1OVHA 1L06A 131LA 1P2RA 2RBSA 1OVKA 1PQKA 216LA 185LA 1L11A 1C63A 110LA 1K28A 1L10A 1L77A 1QT6A 1CV6A 1T97A 2B6WA 2RBOA 1L80A 1I6SA 1L20A 241LA 2RB1X 109LA 242LA 4AQNA 123LA 1D3MA 1CUPA 1CVKA 4LDEA 1LYFA 1PQJA 176LA 1LGUA 1C6FA 3HDEA 227LA 4I7OA 1C6GA 223LA 3C83A 149LA 1L04A 178LA 1L30A 1P6YA 2OE7X 4ARPA 158LA 196LA 4I7NA 1G0PA 1LW9A 2IGCA 214LA 1G1VA 3CDQA 119LA 4E97A 2RBRA 143LA 1TLAA 4EPIA 197LA 1QUOA 1NHBA 4I7KA 107LA 2L78A 1DYGA 1L32A 1D2YA 1KW5A 247LA 1ZWNA 1G0QA 1CU2A 1QUDA 1G1WA 4DJHA 165LA 3C7WA 1P5CA 3HT8A 130LA 3HH5A 170LA 1LWKA 129LA 1KW7A 1JTMA 3SB7A 118LA 237LA 4I7TA 4LDLA 1OVJA 3CDTA 1L05A 2B6TA 3OE9A 1LYJA 1PQDA 1QTHA 3FI5A 200LA 3SB5A 1DYCA 1L14A 1L65A 171LA 1L40A 1L48A 262LA 1L64A 6LZMA 248LA 1QT4A 4EKQA 244LA 199LA 167LA 2RBQA 2A4TA 2B74A 1L82A 235LA 1C6PA 1LI2A 1L49A 137LA 2F47A 2LZMA 1C6QA 4LZMA 3HDFA 177LA 1L26A 1L69A 1L35A 181LA 1L79A 4DKLA 138LA 2B6XA 3GUJA 1C60A 2B72A 3HUAA 1LPYA 2OE9X 245LA 159LA 3QAKA 3DN0A 3PBLA 3NYAA 125LA 3GUNA 4EKRA 3HU9A 2O7AA 3SB6A 3DN3A 4IAPA 238LA 2B75A 1L54A 253LA 1P3NA 1QTCA 1C67A 2RB2X 3HU8A 1P56A 1SX7A 1G0MA 3OE0A 180LA 1P36A 169LA 186LA 3V2YA 3HH6A 1OWZA 4W56A 257LA 1T8GA 2F2QA 220LA 240LA 151LA 4ZPUA 243LA 3DN8A 1D2WA 1L67A 4K5YA 1L01A 1LWGA 3F9LA 1C62A 1L31A 1LGWA 1L44A 1ZYTA 3DN4A 1C69A 1LYDA 4I7RA 3C80A 3L2XA 1KY1A 3SB8A 1L81A 1L00A 2OU0X 4ARMA 2OEAX 1L19A 1L17A 1CU5A 162LA 2B7XA 201LA 1L13A 1L55A 4W53A 1OV5A 152LA 3OE8A 150LA 1L59A 2RBNA 1L21A 1L86A 1L98A 259LA 3V2WA 192LA 256LA 218LA 1L34A 174LA 1L83A 3DN1A 258LA 1PQOA 4S0WA 226LA 4YXAC 1CV5A 173LA 1L42A 1L84A 3HT9A 205LA 4ARMB 3HUKA 166LA 1L70A 3UONA 229LA 148LE 111LA 1P37A 4ARLA 1D3JA 155LA 1L96A 1L94A 1DYBA 3GUPA 1L09A 1L95A 145LA 1C6KA 3JR6A 2Z6BA 1SSYA 250LA 1L97A 161LA 3HTBA 224LA 1QUGA 4I7PA 1D3FA 1LYGA 225LA 1OWYA 1L29A 3DKEX 3G3XA 3D4SA 122LA 211LA 3DN6A 2OTZX 3VW7A 1JQUA 1EPYA 163LA 1L33A 188LA 4W58A 3K2RA 1QT3A 184LA 1L71A 1L02A 2CUUA 3DNAA 144LA 1L58A 142LA 3CDRA 1C6HA 3GUOA 172LA 1L18A 1L52A 1CTWA 2B6YA 4GRVA 1LGXA 1XEPA 2OU8A 1B6IA 104LA 140LA 2QARC 251LA 4YXCA 114LA 4I7MA 1C68A 1L91A 2ANVA 1QT7A 4LDOA 157LA 1L62A 2Q9EA 139LA 1P64A 2RH1A 1QSQA 1C6IA 3GUMA 1L27A 1T6HA 2F32A 1G0GA 3CDOA 3F8VA 261LA 1LYEA 3SN6R 1L76A 1L0KA 1L0JA 234LA 4PK0A 1D9WA 3RUNA 1L16A 3LZMA 1OYUA 228LA 1CV1A 1G07A 4ARQB 2Q9DA 1C65A 1JTNA 1CU3A 1C6DA 108LA 3C81A 3C8SA 254LA 1P7SA 1CV0A 1C6MA 206LA 1C6BA 1L74A 1C61A 4EKPA 3HH4A 3HUQA 4I7SA 3CDVA 1QTVA 195LA 1G0LA 4ARJA 175LA 115LA 4W57A 2NTHA 3NY8A 4GBRB 3DMXA 1SSWA 249LA 183LA 1L72A 3DN2A 1C6CA 1DYEA 1WTHA 1T8AA 210LA 2NTGA 1L43A 1L50A 1LLHA 1L45A 4W59A 1DYAA 5I14A 168LA 222LA 102LA 160LA 2OE4X 1C6NA 3GUIA 2OTYX 3NY9A 221LA 1C6JA 2O4WA 3HTGA 1LYIA 3HTFA 1L12A 1L68A 1ZURA 239LA 1PQIA 1QTDA 1L07A 3C82A 1KY0A 1PQMA 2RAZX 2HULA 1G06A 4DAJA 3GULA 1L99A 1CV3A 232LA 1L47A 1SWZA 1C6LA 3EMLA 1CX6A 3L64A 1L85A 1QT5A 1L89A 1L61A 3FADA 4W51A 1KS3A 233LA 2B73A 1XJTA 2HUKA 1CU0A 3PDSA 2ANXA 2B70A 1CV4A 1L66A 1C64A 1SWYA 3RZEA 1DYDA 4YX7C 3C8RA 4I7LA 3HH3A 4PJZA 3C7YA 1L39A 3HWLA 4EKSA 1C6EA 1L36A 3HT7A 1L28A 1L08A 2LCBA 1L63A 215LA 4W55A 1QTZA 141LA 189LA 1QS9A 209LA 1L87A 1L46A 1T8FA 2RB0X 3SBAA 230LA 1L51A 2B6ZA 2HUMA 3SB9A 1C6AA 4ARQA 1DYFA 1L53A 2QB0B 1QSBA 112LA 1D3NA 147LA 219LA 128LA 255LA 4EPFA 4I7QA 1P2LA 1LI3A 164LA 2O79A 7LZMA 1C66A 1G0JA 1QUHA 1OV7A 1L60A 1L93A 1L23A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NFVA 103LA 135LA 1LJHA 5APFA 4EJ4A 1IWXA 1LTMA 4I7JA 2LC9A 4Z41A 1SX2A 2BLYA 1C6TA 1AZFA 1L37A 1L38A 1GF7A 1L73A 1LYSA 3G3VA 5DM9A 1GB2A 1UACY 3HTDA 1LSMA 3HT6A 1UIHA 1L92A 2MEAA 5F14A 1IC4Y 1G0KA 1LSFA 1GB0A 4HV1A 3IJVA 4J1AA 156LA 1KNIA 1L25A 5LVIA 3FA0A 5EBHA 1LMAA 1OUJA 4W94A 1XGQC 3DMVA 231LA 1D0LA 1L06A 2BQDA 131LA 1REMA 3EBAB 4N1CC 1O23A 4E3UA 1GFUA 2B6WA 2BQCA 1OUDA 1I6SA 4AQNA 1D3MA 2ZIKA 2HEDA 1PQJA 176LA 1CKCA 3AJNA 4DYGA 3OK0A 4WG7A 4QY9A 2IHLA 178LA 1P6YA 1LSEA 3HBEX 1FKVA 1G1VA 3MGWA 3A67Y 5KXYA 1UIEA 2ZNXY 1HEQA 2LYMA 1GBZA 8LYZA 2CGIA 1QUOA 2EIZC 4NHQA 3ZEKA 1SQ2L 2L78A 1LJFA 3LYZA 4IATA 1NBYC 1D2YA 247LA 1YAPA 1LSDA 3A94A 1G1WA 4DJHA 1P5CA 1QTKA 3HT8A 2HECA 1V7SA 4I7TA 1GBXA 3B72A 4XJBA 1L05A 4N1EI 3OE9A 4N9RA 1LYJA 1PQDA 1IVMA 1I1ZA 3SB5A 3WVXA 5F81A 1L48A 1L64A 6LZMA 4EKQA 1GB9A 2A4TA 1V7TA 2D91A 4GCEA 1LI2A 2G4NA 1JJ3A 1GBYA 2BQKA 1OUCA 3RW8A 3B0OA 2W1MA 3HDFA 181LA 1IO5A 1JJ1A 138LA 4WG1A 1BB7A 245LA 2F4GA 3NYAA 125LA 3HU9A 2O7AA 4NGOA 3QNGA 3DN3A 2B75A 1L54A 1UIDA 4HJYA 253LA 2BLXA 1WQPA 1G0MA 5I5QA 4W56A 4I0CA 2F2QA 1H6MA 2HU3A 240LA 1PZYA 1JKCA 4ZPUA 1GB5A 1YKZX 1LWGA 1TEWA 4XJFA 1IC7Y 4LFXA 1ZYTA 5F9UA 3KAMA 4EOFA 1C69A 1KY1A 4BS7A 4ARMA 1KIQC 2OEAX 4GN5C 4H90A 3WUMA 1CU5A 162LA 1L55A 3F6ZA 4W53A 2XQOA 1L59A 4N5RA 1L21A 1L86A 259LA 1HENA 2BQIA 2CDSA 218LA 1B5YA 2MEGA 4QDNA 1GXXA 2EKSC 226LA 1AM7A 3HBHA 1W08A 173LA 1JISA 205LA 2FYCA 2Z39A 4B4IA 4IJ4A 1XGTC 5DL9A 1L94A 155LA 1DYBA 5LAFA 1UIAA 4LYCA 1LMOA 3JR6A 4LGKA 4WLXA 1SSYA 5B1GA 161LA 3WUNA 3HTBA 224LA 4A7DA 1D3FA 1LSBA 3P64A 3LZTA 3DKEX 1HEMA 2I25L 1LHMA 1LMQA 4AXTA 4KT3A 4RW1A 1HC0A 3VW7A 4GCDA 3A96A 1L33A 3K2RA 4NGJA 3DNAA 1L58A 142LA 4NGLA 1L18A 1XEPA 4XJDA 3N9AA 1LZNA 5E9RA 1C68A 2ANVA 3TMUA 2GV0A 1P64A 1QSQA 1GB3A 5KY1A 1RJCB 3GUMA 1GF3A 1G0GA 3CDOA 4HTKA 1FKQA 3AGHA 3F8VA 1B7PA 3SN6R 3RUNA 3IWRA 1OUGA 1CU3A 1C6DA 1WTNA 108LA 1YAQA 3C8SA 3ULRA 5FELA 1C6BA 4PJ2C 3HH4A 4I7SA 4WM3A 1E8LA 115LA 133LA 4NWHA 4W57A 3NY8A 3DMXA 1C6CA 1B5VA 210LA 5ILCA 1GFJA 1LZCA 4OWCA 1KXYA 102LA 1C6NA 1YL0X 1IOTA 1C45A 3HTGA 1LZ4A 1L68A 2MEFA 4CGEA 1QTDA 1L07A 3C82A 1PQMA 1JSFA 1LJEA 2HULA 1VDSA 1G06A 3IJUA 1L99A 4G4BA 2F2NA 4N8ZA 1UIGA 1LZ9A 1QDRA 1C6LA 1SWZA 3EMLA 4NSHA 3ZVQA 1L61A 3FADA 1LJ4A 5FCPA 3PDSA 4OW1A 1IWUA 7LYZA 1CV4A 1LKRA 5APDA 3WL2A 4LYTA 1DYDA 4YX7C 5HNCA 3P65A 3WPJA 4RDSA 3TXDA 2ZQ3A 4G9SA 1L36A 3HT7A 4W96A 1OUHA 4N0JA 4W55A 4WM2A 3W3EA 1QTZA 209LA 230LA 2HUMA 5LVGA 2BQGA 1LZRA 2DQEY 1D3NA 1L23A 1GFKA 3CSQA 5L9JA 3C7ZA 4LT3A 1LI6A 126LA 182LA 4LYMA 1GE0A 3SBBC 1DZBX 5A3EA 2RAYX 1JTOL 1B7MA 4W52A 2RBPA 4NSJA 3LYOA 3D3DA 2CJLA 1L88A 1ZVYB 207LA 1I56A 2OU9A 3G3WA 1YAOA 5E4PA 4KL7A 1NDMC 4WM4A 4NGZA 217LA 3CT5A 1L90A 4WLDA 2YBIA 1QTBA 1HF4A 2ZYCA 1GF0A 1GE3A 1L22A 1LYZA 1DPXA 1EL1A 4D9ZA 1L75A 4NHIA 2BPUA 4DDCA 1L24A 5LZMA 3GXKA 3GUKA 1G7MC 1OVHA 1F6SA 2RBSA 1P2RA 1J1OY 4R6CA 2BAAA 1QT6A 1L10A 4EMNA 1T97A 1D0KA 1L80A 1LZEA 2LYOA 2HUBA 2YBHA 2XBSA 4HPIA 1LYFA 3WU9A 3HDEA 227LA 1GE4A 1L30A 2OE7X 196LA 4I7NA 1G0PA 3D9AC 1IWVA 1LSGA 1HEWA 1LZBA 2RBRA 1HSXA 2W1YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NFV A;  103L A;  135L A;  1LJH A;  5APF A;  4EJ4 A;  1IWX A;  1LTM A;  4I7J A;  2LC9 A;  4Z41 A;  1SX2 A;  2BLY A;  1C6T A;  1AZF A;  1L37 A;  1L38 A;  1GF7 A;  1L73 A;  1LYS A;  3G3V A;  5DM9 A;  1GB2 A;  1UAC Y;  3HTD A;  1LSM A;  3HT6 A;  1UIH A;  1L92 A;  2MEA A;  5F14 A;  1IC4 Y;  1G0K A;  1LSF A;  1GB0 A;  4HV1 A;  3IJV A;  4J1A A;  156L A;  1KNI A;  1L25 A;  5LVI A;  3FA0 A;  5EBH A;  1LMA A;  1OUJ A;  4W94 A;  1XGQ C;  3DMV A;  231L A;  1D0L A;  1L06 A;  2BQD A;  131L A;  1REM A;  3EBA B;  4N1C C;  1O23 A;  4E3U A;  1GFU A;  2B6W A;  2BQC A;  1OUD A;  1I6S A;  4AQN A;  1D3M A;  2ZIK A;  2HED A;  1PQJ A;  176L A;  1CKC A;  3AJN A;  4DYG A;  3OK0 A;  4WG7 A;  4QY9 A;  2IHL A;  178L A;  1P6Y A;  1LSE A;  3HBE X;  1FKV A;  1G1V A;  3MGW A;  3A67 Y;  5KXY A;  1UIE A;  2ZNX Y;  1HEQ A;  2LYM A;  1GBZ A;  8LYZ A;  2CGI A;  1QUO A;  2EIZ C;  4NHQ A;  3ZEK A;  1SQ2 L;  2L78 A;  1LJF A;  3LYZ A;  4IAT A;  1NBY C;  1D2Y A;  247L A;  1YAP A;  1LSD A;  3A94 A;  1G1W A;  4DJH A;  1P5C A;  1QTK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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