3HU9A

Nitrosobenzene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hu9A00
1G0KA 1L22A 234LA 255LA 1PQDA 259LA 2OTYX 3L64A 3DN3A 178LA 114LA 1QUGA 3FADA 103LA 253LA 4LDEA 1KW5A 1D3MA 3D4SA 131LA 1L39A 3DMZA 7LZMA 3CDQA 216LA 1L70A 1C6MA 3GUMA 4I7NA 1G1VA 1DYEA 4ARJA 4YXCA 1L72A 3HH3A 1L57A 2Q9DA 1LLHA 127LA 1C67A 4DJHA 3ODUA 161LA 144LA 228LA 3HDFA 1L23A 1L47A 236LA 1G07A 2B6ZA 2L78A 171LA 4EXMA 197LA 1L67A 2B72A 1OYUA 4LZMA 1QTHA 4OO9A 152LA 2LCBA 1L58A 6LZMA 191LA 3DMVA 1L89A 3GUPA 1L97A 1C6GA 1L62A 2RBSA 4ARMB 227LA 102LA 1JQUA 1EPYA 1PQMA 4S0WA 1QT6A 1L0JA 1L86A 170LA 163LA 176LA 1C6FA 3NY8A 3CDTA 1L88A 3VW7A 232LA 2Q9EA 1LYEA 217LA 4I7LA 183LA 244LA 1L80A 1L83A 3V2YA 3SBBC 4W53A 196LA 200LA 3OE9A 1L09A 2OU0X 248LA 3HDEA 3HWLA 1CUQA 3GUJA 2RBPA 2RH1A 218LA 115LA 1CU5A 2O4WA 1B6IA 112LA 1P6YA 241LA 3HTGA 1L94A 242LA 1I6SA 1ZURA 1TLAA 4GRVA 262LA 3OE6A 1L66A 2HUMA 4EKSA 1L91A 107LA 3HTDA 249LA 1C66A 1L52A 4ZPUA 251LA 1P2LA 1ZYTA 1CV0A 1T8GA 3DN2A 1L55A 1QUDA 4DAJA 221LA 1L74A 1P3NA 1L77A 1C6EA 1DYAA 156LA 3HUAA 109LA 199LA 1C6NA 238LA 164LA 1CV5A 2NTGA 159LA 1T6HA 167LA 1OVJA 3HH4A 1LW9A 1CU6A 1LYJA 3C7WA 2B74A 1C6LA 172LA 4PK0A 247LA 1L48A 2OE4X 168LA 1L08A 143LA 1L34A 1LWGA 214LA 4EKQA 1LGWA 226LA 4I7MA 1L0KA 113LA 224LA 1L16A 1G0PA 1QT8A 1C61A 3CDVA 1L69A 1G0LA 1QTVA 3HUKA 1WTHA 3PDSA 4W51A 1D3JA 1L98A 254LA 1L76A 3F8VA 1L73A 1QUHA 3HU8A 1C6JA 1L04A 2OU8A 3OE0A 1L45A 1P2RA 1T8FA 2B6YA 1DYGA 151LA 1L82A 229LA 1C6TA 1L07A 2B6XA 1LYDA 3DKEX 1C60A 4EKRA 1L29A 1L95A 1LYGA 1ZWNA 4ARPA 3FI5A 220LA 3C8QA 1G06A 1G0MA 1QS5A 4I7QA 1CV3A 1DYBA 177LA 213LA 1P36A 1L43A 1L84A 1XEPA 1D2WA 3OE8A 1KY0A 3DMXA 195LA 3LZMA 3C80A 1JTNA 1P5CA 3SBAA 150LA 4I7JA 1L02A 1L65A 4LDLA 3C83A 2RAYX 4EPIA 4LDOA 4W52A 4I7OA 1JTMA 3SB5A 1L75A 1P7SA 3F9LA 201LA 1L42A 1DYDA 1C6IA 1L14A 1L13A 1L87A 2RB0X 3EMLA 215LA 1D2YA 4I7RA 138LA 1LI3A 3PBLA 1L56A 3K2RA 1T8AA 4DKLA 1SSWA 2LZMA 1LYIA 1G0GA 1L15A 1C6BA 1LI2A 181LA 230LA 1L27A 233LA 1L03A 1L40A 3GUOA 3NYAA 3G3XA 231LA 1SX2A 240LA 1KY1A 205LA 1QTCA 2OEAX 1L54A 2RBQA 1QTDA 3HU9A 175LA 4E97A 4W56A 140LA 1L53A 2Z6BA 1XJUA 3HT8A 128LA 1G1WA 119LA 1L41A 1LGXA 1CV6A 1L99A 2OTZX 250LA 1P64A 1CU2A 1QS9A 1QSQA 209LA 4YX7C 1L46A 1SWZA 1LYFA 3HT7A 4PJZA 4K5YA 2RB2X 2F47A 210LA 3DNAA 2QB0B 4W55A 211LA 3SB8A 1OV5A 5I14A 1L50A 187LA 223LA 3FA0A 3SB7A 1L68A 4ARLA 1C6PA 2B75A 126LA 252LA 243LA 129LA 4AQNA 1L26A 1L81A 1L71A 1L92A 3HTBA 2B70A 1L38A 1C64A 1L00A 1P46A 222LA 1L11A 1L18A 1L30A 1L63A 2QARC 3C7ZA 1C62A 1QT7A 3HH6A 206LA 142LA 3DN4A 4ARQA 158LA 137LA 1QTZA 3DN6A 2F32A 1QTBA 169LA 1D3FA 1NHBA 3DN0A 120LA 1L31A 3HTFA 1C69A 1L21A 1QT3A 4I7SA 4EJ4A 2RBRA 260LA 1L37A 3C81A 2OE7X 1CU3A 1L85A 146LA 2B7XA 1KNIA 185LA 104LA 2B73A 192LA 3CDOA 1C6CA 2HUKA 2CUUA 1L44A 3GULA 3L2XA 1L93A 1L61A 4EKPA 1L20A 1LYHA 180LA 3HT6A 1C63A 235LA 3QAKA 2LC9A 258LA 2RAZX 1C6KA 1CV4A 1SX7A 1D9WA 3RUNA 141LA 160LA 125LA 1C6AA 1L51A 245LA 166LA 4W54A 182LA 1QSBA 1L90A 3GUIA 225LA 3HUQA 1L96A 2OE9X 1OVHA 110LA 139LA 1D3NA 256LA 1L17A 2B6TA 237LA 3DN8A 1OV7A 257LA 1C68A 1L12A 3SB6A 198LA 1L49A 1L33A 1L05A 1XJTA 1LGUA 2ANVA 3NY9A 1L59A 219LA 261LA 162LA 122LA 2RBOA 5LZMA 3C7YA 149LA 1L60A 173LA 189LA 4GBRB 1L36A 1LWKA 1LI6A 3C8RA 1OWZA 190LA 2ANXA 1QT5A 3G3WA 3HH5A 4EPFA 1SWYA 1DYCA 1K28A 4I7KA 2O79A 3JR6A 1L79A 188LA 1L19A 1CU0A 1CX6A 174LA 2B6WA 1G0QA 1L28A 148LE 4W58A 4ARQB 1CVKA 212LA 4I7TA 1C6QA 145LA 4IAPA 108LA 2HULA 1G0JA 2O7AA 1QUOA 130LA 4W59A 1P56A 4ARMA 1C65A 111LA 2RBNA 3HT9A 2RB1X 1PQIA 165LA 155LA 4W57A 1L24A 1L64A 3DN1A 2F2QA 1L10A 1LPYA 2A4TA 157LA 1T97A 3SB9A 3SN6R 3UONA 1L32A 1C6DA 1KS3A 3C8SA 1OVKA 186LA 1L25A 1PQJA 1C6HA 1QT4A 3C82A 2OU9A 1PQKA 3CDRA 123LA 2NTHA 1L35A 239LA 246LA 1L01A 1DYFA 1KW7A 118LA 4I7PA 1OWYA 1P37A 3G3VA 3RZEA 1L06A 4YXAC 147LA 1SSYA 1CV1A 1CTWA 1CUPA 1CX7A 1PQOA 2IGCA 3GUKA 184LA 3V2WA 3GUNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJ4A 1HEWA 2XBSA 259LA 4MR1A 3LHMA 2XBRA 5HQ1A 1EQEA 1QQYA 2XTHA 4NHPA 5DN5A 4LFXA 1QIOA 1L39A 216LA 1L70A 1C6MA 1G1VA 4ARJA 1YKXX 4R6CA 3LYOA 4LT2A 5I4YA 4ZEEA 4H9BA 1LHIA 127LA 2ZWBA 1LJFA 2ZYPA 4O34A 2L78A 1REMA 4FJRA 1OYUA 4OO9A 1IOQA 1L89A 5KXYA 1QDTA 1P2CC 153LA 2I6ZA 1C6GA 1DI4A 4HJYA 1EPYA 1PQMA 1L86A 1XEJA 3WUAA 3A3QA 3AZ4A 1C08C 3NY8A 4G4CA 3VW7A 4G49A 4GCEA 1LZNA 2F4GA 4QY9A 1DKJA 1LYEA 2I26L 1L80A 3V2YA 4NGZA 2F30A 200LA 1IWXA 3W3EA 2YBHA 3HDEA 3M18B 3HWLA 1HFXA 1REXA 4RW2A 2BQDA 1P6YA 3VWOA 3HTGA 1I6SA 1QUTA 1LSPA 1TLAA 4GRVA 2HUMA 1GB3A 1QDRA 3TMWA 251LA 1ZYTA 1C43A 1L55A 4HPEA 2F4AA 1L74A 1P3NA 4NWHA 1FKQA 1VFBC 156LA 3HUAA 4PGJB 1CV5A 2NTGA 159LA 167LA 1LMAA 3TXFA 1OVJA 4H9AA 1CU6A 1XGUC 1LYJA 4W94A 3C7WA 2B74A 1C6LA 4GLAA 172LA 1OUIA 4WO9A 1JJ1A 1JJ0A 1GFEA 1QSWA 2OE4X 3AZ7A 143LA 3CSRA 1L34A 1LSAA 4WG1A 4YF2A 4XJHA 1ALCA 1J1PY 5LYMA 4DD9A 1QT8A 4TTDA 5IHGA 4WL6A 1L98A 2HTXA 4NGKA 3F8VA 4PPOA 4WM3A 3J4GA 3CT5A 1IWVA 1L45A 1T8FA 1LAAA 1B5VA 4LYZA 151LA 4HTKA 2B6XA 1LYDA 2Z37A 4GLVA 6LYTA 1LYGA 1G06A 1IC4Y 1IORA 1LTMA 1L84A 1XEPA 1D2WA 1O23A 1RE2A 4OOOA 3WU9A 3DMXA 3CT0A 5HMJA 1JTNA 3OK0A 1BWHA 1L65A 2RAYX 1D0LA 2YBIA 4EPIA 4LDOA 4I7OA 4GN5C 1L42A 2MECA 3AGGG 4UWUA 4I0CA 5I53A 1IWYA 3CT1A 215LA 1HHLA 4I7RA 1LI3A 3A6BY 3PBLA 1T8AA 1LYIA 1CJ8A 1GF8A 1GFAA 1HFZA 1IX0A 1L03A 4NSGA 1L40A 2IHLA 3TMUA 2XQOA 3G3AB 4RDSA 1UICA 5I4WA 1B5YA 1B7QA 4DT3A 2RBQA 3HU9A 4E97A 1XJUA 4OWAA 3HT8A 1L99A 1CU2A 1HEMA 1IP6A 1H6MA 5DN4A 5T3FA 1GEZA 4YX7C 1LYFA 3HT7A 3QY4A 2CGIA 2F47A 210LA 4NHTA 4H9IA 5B07A 1LSEA 2MEHA 1YIKA 5I14A 2BQOA 1HENA 3SB7A 2YBMA 3QNGA 4ARLA 1FN5A 1RCMA 2YVBA 4H8XA 1P46A 1L18A 1L30A 1L63A 1LYOA 3C7ZA 5AMYA 206LA 142LA 158LA 1YROA 1GFJA 169LA 2DQEY 3DN0A 1A4VA 1OQMA 3WW6A 2RBRA 260LA 4NGYA 1EL1A 4N9RA 4CJ2A 1L37A 1CU3A 1L85A 7LYZA 207LA 1KNIA 1NHEA 5J7CA 104LA 1D0KA 4NFVA 4HSFA 1L44A 1WQPA 4UWVA 4DDCA 2W1LA 1C6KA 1CV4A 3W6EA 5KXRA 141LA 3A67Y 1JSEA 1LZCA 245LA 4WL7A 3TMXA 4ML7A 1OVHA 1IVMA 1D3NA 2B6TA 1GB5A 5E4PA 4LFPA 3SB6A 198LA 1KXWA 1L05A 1XJTA 1CNSA 3W6FA 122LA 3HFMY 3B0OA 3SP3A 2YBJA 1GBWA 5DM9A 1L36A 193LA 1OWZA 1QT5A 3G3WA 1BB5A 4EPFA 4WG7A 1DYCA 1GEVA 1L19A 1CU0A 5LVJA 1L28A 148LE 2IFFY 1XGPC 3WW5A 3LZ2A 1GF0A 1QUOA 4W59A 1IP1A 2HEDA 4ARMA 3HT9A 1KIPC 2RB1X 3LYTA 4CHXA 1KIQC 1PQIA 1GE1A 3AW7A 1L24A 1UIDA 1L10A 5LYTA 1IP4A 3SB9A 3SN6R 1L32A 1C6DA 2MEBA 1DQJC 1OVKA 1L25A 3C82A 4DD7A 2OU9A 4N1CC 1JPOA 5IDDA 1C45A 1L01A 3ZEKA 4NWEA 147LA 4WLYA 4W96A 1SSYA 1CTWA 3GUKA 2MEEA 3WU7A 4NIJA 4NGWA 1LZ9A 2YBLA 4ET8A 1HMKA 1F6SA 1TAYA 5LVKA 3AGIA 1GBYA 3DN3A 2PC2A 114LA 2BQFA 3FADA 5M1YA 1TCYA 253LA 1JISA 3D4SA 3CDQA 4AGAA 1LZBA 4I7NA 1BB7A 1WQMA 2BQBA 161LA 1IY4A 5KXWA 2G4QA 5LA8A 9LYZA 1EQ4A 2BAAA 2EKSC 1G07A 4N5RA 171LA 4EXMA 2B72A 2BQIA 4LZMA 1QTHA 2LCBA 1L58A 2RBSA 4NG8A 4H9CA 1LZ5A 2DQCY 1B5ZA 1CKFA 2N5ZA 1L0JA 1YAMA 1J1OY 4DD3A 1D6QA 2VB1A 2LZTA 1YAPA 3WXUA 1LHJA 217LA 183LA 1NMMA 5B06A 5KXXA 4NY5A 2OU0X 4J1BA 2GV0A 248LA 1AT6A 2Z18A 4H9FA 1LOZA 4ETCA 2RBPA 1NBZC 1IWUA 3RW8A 1B5WA 1LSBA 242LA 1ZURA 262LA 3OE6A 1L91A 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1L71A 1C7PA 1WQOA 3HBHA 4M6DA 3W6AA 1B0DA 4ARQA 3QE8A 4MCKA 1QTZA 2MEDA 1QTBA 1D3FA 2B5ZA 1NHBA 120LA 3LZTA 4PRUA 1AZFA 3AB6A 1Z55A 4DD2A 5K7OA 2HECA 3ULRA 3ZVQB 4YOPA 5KXTA 146LA 4A7DA 2B73A 192LA 3GULA 1L61A 1L20A 1C63A 235LA 3QAKA 1DPXA 1SX7A 1GDWA 1PZYA 1D9WA 1GF7A 4DQ5A 3N9EA 1IP7A 1LJEA 1QUSA 4W54A 1QSBA 1L90A 225LA 1L96A 1NWGA 139LA 256LA 1OV7A 4WOAA 5A3EA 1L33A 1GF9A 134LA 2ANVA 3NY9A 4N0JA 1B7LA 4LT3A 2CJLA 2RBOA 5LZMA 149LA 1LWKA 1LI6A 4H1PA 5FDJA 2ANXA 4BS7A 3HH5A 2H9JA 1JKCA 4PJ2C 1JWRA 1LZ8A 5FHWA 174LA 2B6WA 3B0IA 1DPWA 1YAQA 1KXYA 4PRQA 4W58A 3AZ6A 212LA 1LMPA 2FYCA 2HULA 3T6UA 155LA 1GXV2 4W57A 1G7HC 5LVGA 1OUJA 1L64A 3DN1A 3A93A 5KXKA 5LIOA 2A4TA 157LA 3C8SA 1KS3A 1UC0A 4WM1A 3P66A 3HBEX 4GN4A 1PQKA 3CDRA 123LA 4D9ZA 1YANA 1KW7A 4DWXA 1OWYA 1P37A 2Z39A 4XJGA 5B1GA 4YXAC 1GFGA 1CV1A 3WVXA 1ZMYL 3V2WA 3GUNA 1CKDA 1G0KA 234LA 255LA 3F6ZA 2FBDA 178LA 1UIEA 1QUGA 1IP2A 4DDAA 103LA 1ZV5L 2I25L 1KW5A 1D3MA 5EBHA 1BWJA 131LA 4DDBA 1LZAA 2W1YA 3GUMA 5C6JA 1DYEA 4YXCA 1LZEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LJ4 A;  1HEW A;  2XBS A;  259L A;  4MR1 A;  3LHM A;  2XBR A;  5HQ1 A;  1EQE A;  1QQY A;  2XTH A;  4NHP A;  5DN5 A;  4LFX A;  1QIO A;  1L39 A;  216L A;  1L70 A;  1C6M A;  1G1V A;  4ARJ A;  1YKX X;  4R6C A;  3LYO A;  4LT2 A;  5I4Y A;  4ZEE A;  4H9B A;  1LHI A;  127L A;  2ZWB A;  1LJF A;  2ZYP A;  4O34 A;  2L78 A;  1REM A;  4FJR A;  1OYU A;  4OO9 A;  1IOQ A;  1L89 A;  5KXY A;  1QDT A;  1P2C C;  153L A;  2I6Z A;  1C6G A;  1DI4 A;  4HJY A;  1EPY A;  1PQM A;  1L86 A;  1XEJ A;  3WUA A;  3A3Q A;  3AZ4 A;  1C08 C;  3NY8 A;  4G4C A;  3VW7 A;  4G49 A;  4GCE A;  1LZN A;  2F4G A;  4QY9 A;  1DKJ A;  1LYE A;  2I26 L;  1L80 A;  3V2Y A;  4NGZ A;  2F30 A;  200L A;  1IWX A;  3W3E A;  2YBH A;  3HDE A;  3M18 B;  3HWL A;  1HFX A;  1REX A;  4RW2 A;  2BQD A;  1P6Y A;  3VWO A;  3HTG A;  1I6S A;  1QUT A;  1LSP A;  1TLA A;  4GRV A;  2HUM A;  1GB3 A;  1QDR A;  3TMW A;  251L A;  1ZYT A;  1C43 A;  1L55 A;  4HPE A;  2F4A A;  1L74 A;  1P3N A;  4NWH A;  1FKQ A;  1VFB C;  156L A;  3HUA A;  4PGJ B;  1CV5 A;  2NTG A;  159L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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