3HU9A

Nitrosobenzene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hu9A00
3V2WA 1CX7A 2NTGA 2IGCA 4W56A 1CU5A 1L42A 2O4WA 258LA 2Z6BA 1CV0A 1L48A 1L40A 1L87A 4YX7C 177LA 1KY1A 1PQOA 1ZWNA 1L15A 2RB0X 199LA 1L19A 1EPYA 1L31A 1L96A 2OTYX 172LA 3DKEX 1JTMA 1QTZA 3DMZA 252LA 149LA 248LA 1SSWA 139LA 180LA 2F2QA 4I7MA 178LA 1QS9A 3GUMA 102LA 4ARMB 142LA 157LA 1L09A 1L68A 4EPIA 137LA 2RBNA 185LA 1NHBA 1DYEA 1L30A 130LA 3OE9A 4EKQA 3UONA 163LA 1CV4A 259LA 1L17A 1L00A 1P2LA 3NY8A 3ODUA 183LA 1L24A 1CV5A 1P37A 2HUKA 4EXMA 4I7LA 1QUOA 1G0JA 1L33A 1L60A 3DN2A 166LA 3HUQA 4ARQB 1OVJA 1B6IA 4I7TA 3QAKA 1CTWA 3GUPA 3C82A 1OVKA 3C83A 4I7RA 3GUJA 231LA 1C63A 3VW7A 1C6LA 2LZMA 4W51A 3HH4A 1L57A 3CDOA 1T8GA 3HDEA 243LA 1CV3A 2RB2X 4DKLA 3F8VA 1QTBA 146LA 1CVKA 3CDRA 3EMLA 4EKPA 192LA 247LA 1L16A 1CU0A 3CDQA 250LA 3C7ZA 1D3NA 1T97A 1C6KA 3SBAA 2B6ZA 219LA 4YXAC 1P7SA 1JTNA 3F9LA 254LA 2NTHA 1L22A 164LA 104LA 168LA 1QTHA 3GUIA 1XJTA 228LA 1CU6A 1LYJA 184LA 1SWZA 1L53A 131LA 3HTGA 1L88A 3D4SA 2B72A 3HH3A 1PQDA 182LA 3L64A 3SB5A 1C6NA 187LA 3V2YA 162LA 1P6YA 2B75A 1L11A 1LI6A 1QTCA 1L18A 1L26A 3CDVA 1G06A 3HUAA 1C66A 1L59A 3HU9A 1L66A 1KS3A 1DYBA 167LA 1G1WA 3DN8A 1G0MA 150LA 3LZMA 1P2RA 209LA 3HH5A 3OE0A 1QUGA 2B6TA 2OE7X 2ANXA 4LZMA 260LA 181LA 4LDLA 1CU2A 4OO9A 4ARLA 2OU0X 1L72A 2CUUA 1L84A 5LZMA 4W54A 3SBBC 126LA 3HH6A 3HU8A 165LA 1C6JA 1G0QA 1L44A 2HULA 2B74A 214LA 145LA 189LA 143LA 1L32A 1L90A 3HTBA 1CV6A 2B6XA 1CUQA 1L98A 141LA 256LA 3CDTA 4LDEA 1KY0A 4GRVA 4DJHA 235LA 1DYAA 216LA 3C7YA 251LA 2F32A 156LA 1C6MA 1CU3A 2RB1X 3GUKA 1C6TA 107LA 1G07A 261LA 3HUKA 211LA 3SN6R 1QT7A 2OE9X 1L41A 3OE8A 4EKSA 1L75A 122LA 1LYIA 255LA 4E97A 1QSQA 155LA 1L62A 2Q9DA 3PDSA 3HDFA 5I14A 3DN6A 1T6HA 1C60A 4PJZA 3RUNA 212LA 110LA 1L80A 1QTVA 1L13A 1TLAA 3HTDA 151LA 3FI5A 1L67A 4ARMA 1L83A 262LA 1L58A 2RAZX 3NYAA 123LA 2L78A 4W58A 1KW7A 4IAPA 215LA 1D3MA 236LA 4EJ4A 4W55A 1L52A 1D3FA 2RBQA 1G0LA 2RH1A 4AQNA 1L04A 1D3JA 1PQIA 2RAYX 3C8QA 1L46A 234LA 4GBRB 3GUOA 1LYDA 1C6GA 230LA 6LZMA 4I7PA 226LA 1P5CA 1L08A 1KNIA 1C69A 1L38A 225LA 3OE6A 4ARQA 4EPFA 2OU9A 3RZEA 112LA 125LA 174LA 1C6HA 241LA 4K5YA 1K28A 1DYDA 1C61A 1C6QA 3DMVA 1L06A 1L63A 2RBSA 1CV1A 3FA0A 1C65A 1L12A 1LPYA 222LA 1QT3A 1ZYTA 1G1VA 2HUMA 2Q9EA 1SX2A 201LA 3FADA 4I7KA 1OWYA 3C8RA 161LA 1L73A 1L34A 1G0PA 1T8AA 1OV5A 1LW9A 221LA 4W52A 1L95A 3SB8A 1L71A 1C6FA 2RBRA 1L85A 1DYGA 1L27A 1QS5A 1L02A 1XJUA 1QUHA 239LA 1LGXA 1OYUA 1ZURA 3HT7A 1L20A 3DN3A 171LA 1C6CA 237LA 1P3NA 1L36A 3G3XA 1C6DA 1L74A 1G0GA 3L2XA 1L70A 3G3WA 4YXCA 1L0KA 1L82A 1L23A 3DNAA 1L10A 1WTHA 1L25A 152LA 3C8SA 148LE 2LC9A 1L43A 2LCBA 1KW5A 4ARPA 1L89A 1QT8A 1CX6A 2B6YA 1QTDA 1L94A 206LA 1C6BA 3PBLA 115LA 7LZMA 118LA 138LA 2B73A 2O7AA 3DN0A 1D2WA 1L54A 1L99A 244LA 1SX7A 3HWLA 1LGUA 1L64A 1P64A 113LA 1OV7A 3HT9A 1L03A 1L93A 224LA 2B70A 1L51A 1JQUA 2OU8A 4S0WA 1LI3A 2O79A 1LYGA 1L05A 1L61A 1L35A 1L01A 1L50A 2QARC 190LA 4ZPUA 1P56A 4PK0A 1QT6A 1L56A 1OVHA 1L45A 1L97A 2OEAX 114LA 242LA 1P46A 1LWKA 3HTFA 4LDOA 1QUDA 1C68A 1D2YA 3SB6A 257LA 1LWGA 4W59A 3SB9A 1XEPA 1C6IA 1D9WA 233LA 1G0KA 1L77A 144LA 3DN4A 1T8FA 1L47A 4I7OA 3GULA 198LA 4I7NA 210LA 1LYEA 3NY9A 3GUNA 159LA 240LA 1L07A 1L65A 188LA 176LA 3C81A 2RBPA 2B6WA 4DAJA 1L37A 1LI2A 2RBOA 213LA 108LA 1LGWA 232LA 186LA 1PQKA 175LA 3G3VA 253LA 3K2RA 128LA 223LA 1C6AA 3SB7A 1LYHA 140LA 3HT8A 1L0JA 160LA 4W57A 1L39A 1QT5A 249LA 191LA 4I7JA 109LA 2OTZX 196LA 1DYCA 147LA 1L29A 2B7XA 4W53A 3C80A 170LA 1C67A 1P36A 246LA 3DN1A 158LA 195LA 1L21A 3JR6A 1L28A 120LA 229LA 1PQJA 1L92A 103LA 129LA 169LA 119LA 127LA 197LA 4I7SA 1LYFA 3DMXA 111LA 2F47A 3C7WA 227LA 1LLHA 217LA 1C64A 1C62A 2OE4X 1QT4A 1L69A 2QB0B 1L55A 1SWYA 1OWZA 4I7QA 1CUPA 1SSYA 1L81A 1L49A 2A4TA 238LA 2ANVA 218LA 1L79A 1L91A 1L76A 220LA 4ARJA 3HT6A 1I6SA 173LA 1L14A 1L86A 1C6EA 1DYFA 205LA 245LA 4EKRA 1C6PA 200LA 1PQMA 1QSBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W56A 1CU5A 2C8PA 4TWSA 5KXTA 199LA 4NWEA 4J7VA 1QTZA 3DMZA 252LA 1XGRC 1SSWA 139LA 1OUCA 2F2QA 4I7MA 1QS9A 4OOTA 4DC4A 3B72A 4A7DA 1WQQA 4RW1A 157LA 1L68A 185LA 1DYEA 5IELA 130LA 1IORA 1HEOA 4GCBA 4YM8A 1L00A 3AZ4A 3ODUA 1EQ4A 1PS5A 1QUOA 1G0JA 3DN2A 166LA 2Z18A 4ARQB 1B7RA 1B6IA 1OVJA 1CTWA 1GF8A 1LJGA 1UIGA 1UIBA 1LZAA 4HPIA 1IC7Y 1BVKC 2N5ZA 1T8GA 2CWIA 3HDEA 1BGIA 1FLYA 3F8VA 4DD0A 1Z55A 3W3EA 3EMSA 3A67Y 1L16A 133LA 1IWYA 3WUNA 1D3NA 1GB0A 3WUMA 5C6JA 3LHMA 1LZ9A 3F9LA 254LA 4Z98A 1GE0A 1QTHA 1G7MC 1XJTA 4CGEA 184LA 1L88A 1IP2A 3D4SA 3CSRA 1IR7A 1GFAA 1WVVA 1VDQA 4WLYA 187LA 2YSSC 3G3AB 1OUHA 2B75A 1T3PA 3G3BB 4GCEA 4H1PA 4N1EI 1G06A 2DQEY 3A3QA 3TXDA 1QTKA 2FBBA 4H92A 1L59A 3HU9A 1DYBA 167LA 4CFPA 1ZVHL 1QTEA 150LA 1P2RA 1TAYA 4BS7A 5FDJA 1GFHA 2B6TA 4NHSA 4LDLA 4OO9A 4ARLA 1GBZA 2CUUA 5LZMA 4W54A 126LA 165LA 1RFPA 1XGUC 2B74A 2A7DA 3IJVA 3B6LA 1L90A 4WM5A 1IP5A 4NGOA 1IWZA 2CGIA 1IVMA 3CT1A 2Z2EA 4DJHA 1FLQA 216LA 1GF6A 3C7YA 1BB3A 1LMNA 3T36A 156LA 1JKCA 1REMA 5HLLA 3GUKA 3GXRA 1GF5A 2RSCA 3OE8A 1HHLA 1L75A 4DD1A 255LA 1LZYA 2Q9DA 1GFEA 3HDFA 4PJZA 1GE4A 4XJFA 3D3DA 1L80A 1QTVA 1L13A 1IP4A 3A93A 4OWAA 1LJEA 262LA 3HBHA 2RAZX 2L78A 1LHJA 1YIKA 1JIYA 1KW7A 1YL1X 1EL1A 1JTTL 4EJ4A 1LMAA 4KPMA 1GFJA 2BQJA 4NGKA 1QDRA 2MEDA 2G4QA 4AQNA 1BB7A 3C8QA 3D9AC 1C10A 3A95A 3FI7A 1LHMA 4OWHA 2YBJA 4ET9A 1B9OA 4R6CA 4GN3A 6LZMA 1P5CA 1C43A 1WQMA 1GE2A 1JPOA 4EPFA 3RZEA 3LYOA 1YAPA 174LA 1UIFA 241LA 4MSTA 5LVGA 1CKFA 1QUTA 1LSBA 1YROA 2BQAA 1H6MA 2Q9EA 1IC4Y 1SX2A 201LA 4R0FA 1LMCA 4I7KA 3WULA 1LZ8A 1KXXA 5F9UA 1GE1A 4NY5A 1LW9A 4W52A 4NGYA 1L95A 4NHTA 5LA5A 4HJZA 4I8SA 1L27A 1JJ3A 239LA 1LGXA 2LZTA 2W1XA 237LA 1IP3A 1O23A 2F4GA 1IOSA 1G0GA 3A92A 3L2XA 1L0KA 1L82A 4QDNA 4N1CC 1L10A 4HPEA 2DKVA 6LYZA 2EIZC 2LC9A 1LZCA 5I4WA 1IOQA 1SQ2L 2B6YA 4HP0A 1IOTA 115LA 4WM6A 1IY4A 1WQRA 1GF4A 3DN0A 3HWLA 5KXNA 4N8ZA 5DM9A 4NSHA 4CFOA 1L93A 1IOCA 2B70A 3LYMA 1IY3A 4G4HA 4LT3A 5A3EA 1BWHA 5T3FA 1LYGA 4NGVA 1F10A 1OQMA 1LSGA 5KXXA 4ETCA 4ZPUA 1B5WA 5FHWA 1GB5A 1LSMA 3AW6A 1NBYC 4DD2A 4NWHA 2DQGY 1P46A 1VFBC 1D2YA 2MEFA 3AYQA 3SB6A 5II3A 4NEBA 3FE0A 4RLMA 4LFXA 1G0KA 1B5YA 3DN4A 1T8FA 3GULA 1WQNA 198LA 3GUNA 3W6DA 1L65A 4H9FA 1GFKA 176LA 5D5CA 3TMWA 3B0OA 2RBOA 213LA 1LGWA 1EQEA 2DQIY 3G3VA 1DPXA 223LA 3A94A 1AM7A 1L0JA 160LA 4ETDA 109LA 1NHEA 2OTZX 1DYCA 3GXKA 2B7XA 1P36A 4OWEA 1INUA 1GWDA 1F6SA 111LA 5E9RA 1D6QA 1LLHA 217LA 3LZTA 2A7FA 2QB0B 4XJDA 1CUPA 3P66A 5LYTA 1L81A 1REXA 2ANVA 1L91A 2YVBA 1LSDA 4X3BA 5KXZA 4Z3MA 4LZTA 5LAGA 1DI4A 5DL9A 2ZNWY 4I0CA 5FELA 1QSBA 1CX7A 1REYA 2NTGA 1D0MA 1LZNA 2IGCA 1L42A 258LA 1L48A 1L40A 4YX7C 1XGPC 2ZIJA 4PJ2C 1L19A 1EPYA 1L96A 2OTYX 172LA 1GBWA 1JTMA 4YF2A 5B59A 1DKJA 5LVIA 178LA 4J1BA 3RW8A 1IO5A 1G7IC 4M6DA 1LZ1A 4ZFPA 137LA 4TX7A 1OUEA 5A3ZA 3WU7A 3UONA 4DYGA 4WG7A 2D91A 259LA 1JSFA 183LA 1L24A 1LSZA 1CV5A 1B2KA 1KIQC 1L60A 1UIDA 3BKVA 4GCCA 4N0JA 4TSCA 1HERA 4XJHA 2EKSC 5KXYA 3WW5A 1FLWA 3C83A 4I7RA 231LA 3QE8A 4XENA 4LFPA 3CT5A 1GB7A 3WPKA 1FN5A 146LA 3A91A 4EKPA 247LA 1HMLA 1LYSA 1CJ9A 250LA 1T97A 1HFYA 5LINA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W56 A;  1CU5 A;  2C8P A;  4TWS A;  5KXT A;  199L A;  4NWE A;  4J7V A;  1QTZ A;  3DMZ A;  252L A;  1XGR C;  1SSW A;  139L A;  1OUC A;  2F2Q A;  4I7M A;  1QS9 A;  4OOT A;  4DC4 A;  3B72 A;  4A7D A;  1WQQ A;  4RW1 A;  157L A;  1L68 A;  185L A;  1DYE A;  5IEL A;  130L A;  1IOR A;  1HEO A;  4GCB A;  4YM8 A;  1L00 A;  3AZ4 A;  3ODU A;  1EQ4 A;  1PS5 A;  1QUO A;  1G0J A;  3DN2 A;  166L A;  2Z18 A;  4ARQ B;  1B7R A;  1B6I A;  1OVJ A;  1CTW A;  1GF8 A;  1LJG A;  1UIG A;  1UIB A;  1LZA A;  4HPI A;  1IC7 Y;  1BVK C;  2N5Z A;  1T8G A;  2CWI A;  3HDE A;  1BGI A;  1FLY A;  3F8V A;  4DD0 A;  1Z55 A;  3W3E A;  3EMS A;  3A67 Y;  1L16 A;  133L A;  1IWY A;  3WUN A;  1D3N A;  1GB0 A;  3WUM A;  5C6J A;  3LHM A;  1LZ9 A;  3F9L A;  254L A;  4Z98 A;  1GE0 A;  1QTH A;  1G7M C;  1XJT A;  4CGE A;  184L A;  1L88 A;  1IP2 A;  3D4S A;  3CSR A;  1IR7 A;  1GFA A;  1WVV A;  1VDQ A;  4WLY A;  187L A;  2YSS C;  3G3A B;  1OUH A;  2B75 A;  1T3P A;  3G3B B;  4GCE A;  4H1P A;  4N1E I;  1G06 A;  2DQE Y;  3A3Q A;  3TXD A;  1QTK A; 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