3HU9A

Nitrosobenzene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3hu9A00
1ZURA 2O7AA 2B7XA 164LA 238LA 2QARC 171LA 4K5YA 3DMZA 2RBSA 1L0KA 1L75A 3HUAA 3NY8A 1L27A 3HH3A 254LA 167LA 173LA 233LA 1L34A 1T8AA 1L64A 199LA 3HTBA 1L44A 1L15A 4LDOA 3C8SA 1LI3A 1LYIA 1C6TA 214LA 7LZMA 186LA 2RBPA 2Q9EA 229LA 1L26A 1CV5A 1L11A 1L13A 1L63A 3C80A 4YXCA 242LA 2B6XA 1SX2A 3SBAA 166LA 260LA 3C83A 1L09A 4I7KA 2O4WA 1L16A 3C7WA 191LA 1P46A 1L12A 4ARLA 156LA 2RB2X 1L83A 1LI2A 1SSYA 4ARMB 1CU3A 1G0GA 1P6YA 1L55A 1QS9A 205LA 1L36A 1L95A 196LA 4GRVA 127LA 232LA 1JTNA 3EMLA 1L92A 250LA 2CUUA 3L2XA 141LA 1OVKA 2ANXA 4YXAC 1LYGA 1CV1A 3GULA 3HTDA 3HUKA 215LA 1PQKA 143LA 239LA 1T97A 1OV5A 1QUDA 1QT3A 2RH1A 2F47A 2NTHA 1C6CA 3HH6A 119LA 163LA 243LA 4W51A 4EKQA 1LWGA 147LA 1L87A 1LYJA 224LA 2F2QA 3HDEA 1C6JA 1LYEA 3GUOA 1L88A 118LA 2LZMA 1L76A 109LA 1CX6A 2HUMA 4DAJA 1PQJA 4GBRB 2B73A 4IAPA 3SB9A 1CUPA 1G0LA 1LLHA 1G0PA 1L57A 2OEAX 3HDFA 162LA 1SX7A 241LA 4ARPA 1TLAA 1L77A 1L59A 1L81A 3DN4A 3HH5A 3DKEX 1L25A 125LA 3HTFA 1C6KA 1L82A 1L49A 1PQDA 2B75A 3CDRA 4EKRA 1PQIA 3HU8A 1KY1A 4EKPA 3OE8A 2RAZX 1G0QA 1D3MA 1B6IA 1QS5A 1DYFA 2RBRA 4E97A 1OVHA 1P37A 1L08A 185LA 1SWYA 1L14A 2HULA 1L68A 4ARQB 1L85A 237LA 1C65A 226LA 138LA 4W55A 4OO9A 177LA 1CV3A 4I7NA 115LA 1JQUA 1QT6A 3SBBC 1L66A 3G3WA 1LYDA 1L90A 195LA 1L28A 3GUIA 4ZPUA 1L96A 2B6WA 142LA 2F32A 1DYGA 2IGCA 1L22A 1D3FA 3F8VA 1L32A 1L74A 1P2LA 4EPIA 3SB7A 219LA 104LA 4AQNA 3OE0A 3JR6A 1C68A 259LA 1L51A 1CUQA 249LA 231LA 1L17A 1G07A 3V2YA 1C6NA 1P36A 1L61A 3HUQA 3K2RA 1K28A 3VW7A 3FA0A 2OE9X 1CU5A 255LA 3NY9A 159LA 3UONA 3PBLA 3DNAA 1QUOA 1QSQA 168LA 1QT7A 240LA 1L21A 149LA 1C6QA 1D2WA 1LGUA 262LA 139LA 252LA 2L78A 218LA 1L67A 1L89A 122LA 257LA 1L00A 3DMXA 1G1VA 1XJTA 4W56A 1QSBA 1SWZA 1L04A 1L23A 247LA 3PDSA 120LA 137LA 1L73A 245LA 1L62A 3HT6A 1D2YA 1L40A 4EJ4A 2B6TA 3FADA 1L79A 1L91A 1CU2A 1L53A 1I6SA 1L24A 4LZMA 3GUMA 1ZWNA 169LA 253LA 3G3XA 1C63A 140LA 3HWLA 3C8QA 1KW7A 110LA 1LWKA 131LA 1QTHA 1DYBA 182LA 4EKSA 4I7OA 2B6YA 4W58A 1L30A 1QTZA 2NTGA 1QTBA 1L47A 1L48A 4EPFA 3HT9A 4I7SA 1L58A 1DYCA 2O79A 176LA 158LA 172LA 1CV0A 3DN8A 1L07A 4S0WA 1C6LA 1L05A 2B70A 102LA 4LDEA 1G1WA 1LYHA 1PQOA 3NYAA 3RZEA 1C6AA 1KNIA 3CDQA 1L39A 1KS3A 1L10A 210LA 1C67A 2B72A 1SSWA 1QTVA 187LA 3CDOA 3F9LA 2A4TA 1C64A 1L86A 1L06A 1L02A 212LA 1C6EA 4PK0A 1CX7A 3D4SA 3OE6A 128LA 165LA 1LYFA 234LA 2Z6BA 251LA 2OTYX 1C60A 1T8GA 4I7LA 1L18A 1L50A 4LDLA 1L99A 4DJHA 188LA 4W52A 1L93A 2OE4X 1L42A 183LA 4W53A 1QTCA 1L46A 4ARMA 216LA 112LA 2OU0X 1LGWA 157LA 211LA 1D3NA 1XJUA 3RUNA 1G0JA 152LA 3QAKA 1L65A 227LA 246LA 213LA 181LA 1L97A 197LA 108LA 3HT7A 107LA 6LZMA 1PQMA 1T6HA 244LA 148LE 1CU6A 174LA 1P64A 2Q9DA 1L56A 223LA 1L37A 4PJZA 1L0JA 1L72A 225LA 4I7RA 3HH4A 1C6GA 3C81A 256LA 130LA 3DN2A 3GUPA 3GUKA 145LA 1LW9A 2RB1X 1L94A 1L35A 1C66A 1NHBA 1OYUA 2LC9A 3C82A 1T8FA 198LA 2LCBA 3DN0A 161LA 1OWZA 1QTDA 236LA 2RBNA 1L33A 3CDTA 103LA 230LA 4YX7C 1L01A 1KW5A 3C7ZA 1CTWA 1DYAA 4I7PA 2OTZX 123LA 151LA 175LA 3GUNA 1L98A 1CV4A 1OWYA 1P56A 1C6PA 1L03A 146LA 1ZYTA 1DYDA 3DN3A 3L64A 1L60A 1G0KA 150LA 1KY0A 2B6ZA 4W54A 1OVJA 3C7YA 1CU0A 4W59A 1P3NA 222LA 1L31A 220LA 261LA 1LGXA 1C6FA 3CDVA 1L41A 4I7QA 4I7JA 1L70A 201LA 3V2WA 1QUGA 3ODUA 206LA 1XEPA 2B74A 3FI5A 1L69A 1OV7A 3SB8A 155LA 180LA 221LA 192LA 1L38A 1LPYA 160LA 4ARQA 3HT8A 228LA 1C62A 4EXMA 1P5CA 3LZMA 1L29A 1CVKA 1JTMA 1L71A 209LA 200LA 258LA 1L80A 170LA 1QT5A 2OU8A 1C6IA 1LI6A 113LA 1L52A 5LZMA 217LA 3SN6R 1DYEA 1L43A 190LA 2HUKA 3SB5A 1C6MA 235LA 178LA 1QT4A 1C61A 2OU9A 129LA 1C69A 3DMVA 3DN1A 3GUJA 4DKLA 1L54A 184LA 1L84A 126LA 3HTGA 4I7TA 2ANVA 1C6HA 1QT8A 1WTHA 144LA 3OE9A 1P7SA 1P2RA 1D3JA 2RBQA 1G06A 3G3VA 1EPYA 1G0MA 4ARJA 3C8RA 2QB0B 2RB0X 3HU9A 4I7MA 4W57A 1C6BA 1L19A 2RAYX 1C6DA 1L20A 1QUHA 111LA 5I14A 2OE7X 3DN6A 1CV6A 114LA 248LA 2RBOA 1L45A 1D9WA 3SB6A 189LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JPOA 1LZNA 3DMZA 1LMOA 1L0KA 4P2EA 3NY8A 4NHIA 1GF5A 2BLXA 3HTBA 1LI3A 1JKCA 1B5YA 1G7HC 4XJGA 229LA 5B06A 1L26A 1CV5A 5II3A 4YXCA 1HELA 242LA 1SX2A 5LVGA 1IWZA 3C83A 2F4AA 1RE2A 2YBIA 1IC7Y 2LHMA 3TXGA 1RFPA 1UICA 1HF4A 4ARMB 1QS9A 5I5QA 1D0KA 4XJBA 3L2XA 2MEAA 3CQLA 1LYGA 4XN6A 1TAYA 5KXLA 3HTDA 143LA 4DD1A 1T97A 4XADA 5DM9A 1LZCA 1YAMA 1GF0A 243LA 4W51A 1G7IC 1IP1A 147LA 224LA 2MEIA 5KXNA 1YKXX 1C6JA 2DQHY 3EBAB 4HSFA 4YEOA 4WL7A 1SLYA 2EIZC 2HUMA 4DAJA 5KXRA 5C6JA 3SB9A 1AT6A 1CUPA 1LZGA 1T3PA 2G4QA 1BB7A 2LZ2A 1G0PA 4G4HA 4GN3A 3OJPA 3AGHA 4ZIXA 3SB6A 1LZ1A 2ZNWY 3DKEX 5KY1A 4LYCA 1GFJA 2ZYCA 4WM6A 1IX0A 2YBLA 1ZVYB 4WLTA 2IHLA 1VFBC 2RAZX 1D3MA 1B6IA 1QS5A 1DYFA 2Z2EA 1B7LA 2VB1A 1C45A 1L08A 185LA 1SWYA 1HFYA 2HULA 4WM5A 4ARQB 4W55A 1FBIX 4I7NA 5LYMA 1JQUA 1LZDA 1GXXA 5K7OA 1IP5A 1L28A 1BB4A 2F2NA 1L96A 2Y8PA 2F32A 2IGCA 4EPIA 3SB7A 1IP6A 219LA 4EOFA 3JR6A 2D4JA 1CUQA 1L17A 2A7DA 1L61A 3FA0A 2OE9X 2W1MA 4ETBA 4QEQA 4ANRA 3UONA 1Z55A 1DPWA 3DNAA 4XJDA 1IWWA 3N9EA 4FJRA 149LA 2IFFY 1BB3A 1LZYA 4NEBA 2L78A 2ZYPA 1IP3A 1IO5A 1VDQA 5LVKA 5L3IA 4W56A 3AW6A 2BQCA 247LA 3TMWA 4ET8A 5KXPA 1L73A 1RCMA 245LA 1D2YA 4WM1A 4EJ4A 2BQFA 5T3FA 1L91A 4ET9A 1L53A 2PC2A 1L24A 1C7PA 1XGTC 4WL6A 3EXDA 5APFA 140LA 4GN5C 3C8QA 131LA 1BQLY 1L30A 4OWAA 1J1XY 4H9CA 4DYGA 3HT9A 3LZTA 4GCCA 1JSFA 5F9XA 1OUFA 2BQOA 3G3BB 5HLLA 2O79A 1L07A 4DD0A 5HMVA 4B49A 1G1WA 1LYHA 1LYYA 4GLAA 3NYAA 1QUSA 4HTKA 4H92A 2B72A 2BQIA 2BQNA 5ILCA 2A4TA 1C64A 3A6BY 1C6EA 4DT3A 3TMVA 5I4YA 4EMNA 1HERA 2OTYX 1C60A 1T8GA 3P65A 1GF6A 5LXWA 188LA 3A93A 1GXV2 1LZTA 3A90A 1L93A 1LTMA 2N5ZA 1VDSA 1C46A 112LA 3ATNA 4N5RA 1LGWA 211LA 1D3NA 1G0JA 1QDRA 181LA 1L97A 197LA 2CWIA 1UIFA 5I4XA 4NSIA 6LZMA 1OUDA 1LMPA 1PQMA 1T6HA 244LA 148LE 1CU6A 174LA 4QDNA 5JENB 4PJZA 1L37A 4TUNA 3FI7A 3P66A 5DLAA 4I7RA 4XJFA 1WQOA 4L41A 1C6GA 256LA 3GUKA 4QGZA 2RB1X 1GF3A 1E8LA 1L94A 1NHBA 2D6BA 3C82A 1CJ7A 2LCBA 161LA 1OWZA 3RW8A 230LA 1IVMA 3C7ZA 2DQDY 1V7TA 1F0WA 175LA 2DQJY 4NWHA 1CV4A 5LA8A 1L03A 1LOZA 1DYDA 3DN3A 3ZEKA 3L64A 5KXTA 4W54A 2DBTA 3W6FA 5KXXA 1LZRA 4C5FA 5DN4A 1LGXA 1IWVA 1NKHA 5APEA 4I7QA 2X0AA 4NSHA 1I1ZA 3ODUA 4B4IA 3FI5A 1BVKC 4OWHA 1ALCA 1DQJC 1JTPL 4NGJA 3BKHA 1ZV5L 1WQQA 1OUHA 4AGAA 1CVKA 3A3RX 1RJCB 4NGOA 1YAPA 4J7VA 200LA 1XFPL 1JJ0A 4WMGA 1B7PA 1IWXA 1L52A 1XGQC 4XJHA 2YDGA 1L43A 2HUKA 1VATA 4HJZA 2MEGA 3DN1A 2BAAA 5LA5A 4NGKA 1L84A 126LA 1AT5A 2ANVA 144LA 3OE9A 3WUAA 1P2RA 1G06A 1EQEA 3T36A 1INUA 4ARJA 1LKSA 1GE3A 4WG7A 3WUMA 1J1PY 4I7MA 4W57A 1LJHA 1CNSA 111LA 1B7NA 3DN6A 132LA 1L45A 1IP7A 5FEKA 1QSWA 4DDBA 194LA 1GFGA 2O7AA 1OUJA 1LKRA 1HC0A 1NBZC 3LN2A 4Z98A 3HFMY 173LA 233LA 4ZFPA 1L34A 2H5ZA 1L44A 4ETEA 1C6TA 1XEIA 7LZMA 2RBPA 3C80A 1L13A 1L63A 1HEPA 4WM2A 1L09A 4LT0A 1PZYA 4I7KA 1L16A 191LA 1OP9B 5B1GA 1IOCA 1GB7A 2ZIKA 1BVXA 1L12A 1LZ8A 3A34A 1L83A 1HMLA 1SSYA 1G0GA 1P6YA 2XJWA 4ETAA 4DD3A 5LVHA 1CKDA 196LA 4GRVA 1JTNA 1O23A 1OVKA 4YXAC 4TX7A 1HSXA 4OWCA 1CV1A 3LYTA 1LHIA 4KPMA 239LA 1HEMA 2YBHA 4H94A 1QT3A 2RH1A 1JITA 2F47A 3AW7A 2NTHA 4NGYA 1C6CA 3A91A 4TSBA 2H9KA 1T6VL 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JPO A;  1LZN A;  3DMZ A;  1LMO A;  1L0K A;  4P2E A;  3NY8 A;  4NHI A;  1GF5 A;  2BLX A;  3HTB A;  1LI3 A;  1JKC A;  1B5Y A;  1G7H C;  4XJG A;  229L A;  5B06 A;  1L26 A;  1CV5 A;  5II3 A;  4YXC A;  1HEL A;  242L A;  1SX2 A;  5LVG A;  1IWZ A;  3C83 A;  2F4A A;  1RE2 A;  2YBI A;  1IC7 Y;  2LHM A;  3TXG A;  1RFP A;  1UIC A;  1HF4 A;  4ARM B;  1QS9 A;  5I5Q A;  1D0K A;  4XJB A;  3L2X A;  2MEA A;  3CQL A;  1LYG A;  4XN6 A;  1TAY A;  5KXL A;  3HTD A;  143L A;  4DD1 A;  1T97 A;  4XAD A;  5DM9 A;  1LZC A;  1YAM A;  1GF0 A;  243L A;  4W51 A;  1G7I C;  1IP1 A;  147L A;  224L A;  2MEI A;  5KXN A;  1YKX X;  1C6J A;  2DQH Y;  3EBA B;  4HSF A;  4YEO A;  4WL7 A;  1SLY A;  2EIZ C;  2HUM A;  4DAJ A;  5KXR A;  5C6J A;  3SB9 A;  1AT6 A;  1CUP A;  1LZG A;  1T3P A;  2G4Q A;  1BB7 A;  2LZ2 A;  1G0P A;  4G4H A;  4GN3 A;  3OJP A;  3AGH A;  4ZIX A;  3SB6 A;  1LZ1 A;  2ZNW Y;  3DKE X;  5KY1 A;  4LYC A;  1GFJ A;  2ZYC A;  4WM6 A;  1IX0 A;  2YBL A;  1ZVY B;  4WLT A;  2IHL A;  1VFB C;  2RAZ X;  1D3M A;  1B6I A;  1QS5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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