3HUAA

4,5,6,7-tetrahydroindole in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3huaA00
1L90A 1SX2A 1L40A 243LA 1I6SA 1L17A 3NYAA 3V2WA 1L38A 1ZYTA 2QARC 240LA 3DMZA 1P64A 1KW7A 2RB0X 1L54A 1QT3A 1T8AA 2B6TA 1L12A 4DAJA 1QT5A 241LA 231LA 2RBSA 3HTDA 3DNAA 3C7WA 1L46A 1L88A 1B6IA 184LA 1G0PA 1L84A 1QT6A 256LA 1G06A 1PQIA 1SWZA 1P7SA 6LZMA 2RBRA 3JR6A 1L31A 200LA 3OE0A 3SN6R 1C6AA 1C65A 1DYAA 1OVKA 4E97A 4DKLA 1LYHA 2F32A 1C6GA 178LA 3HT6A 1L01A 3HH4A 2RB1X 1L96A 1L0JA 166LA 1L28A 1G0LA 1L52A 4EPIA 4I7QA 246LA 1LYDA 4I7OA 1QT8A 235LA 209LA 1CV6A 144LA 1L66A 3DN3A 4W58A 4EKQA 254LA 1TLAA 147LA 120LA 234LA 2L78A 1QTVA 191LA 2B6WA 1C6PA 1SWYA 129LA 188LA 1LWGA 180LA 4YXAC 3GUKA 109LA 5I14A 1L05A 131LA 223LA 1L65A 1LW9A 1C6EA 2B72A 167LA 1L03A 1WTHA 217LA 112LA 3HU9A 1L53A 3C7ZA 4ARQB 220LA 162LA 201LA 1L37A 1L10A 1L42A 199LA 1L06A 1LI2A 1L89A 1PQKA 1L94A 2NTHA 107LA 3C81A 1D3MA 1L83A 3L64A 4I7JA 138LA 141LA 3HH5A 1LYEA 1CUPA 1LI3A 248LA 3HT8A 224LA 4EKPA 1L99A 3C82A 1L14A 2HUKA 1CTWA 1KS3A 1G1VA 2QB0B 118LA 1L68A 4I7RA 3GUNA 4LDOA 1L87A 1CU0A 4LDLA 1KW5A 1L29A 3OE9A 1QUOA 2HULA 3HT7A 1L09A 1KY1A 1L82A 1G0GA 1D2WA 1L60A 2RBOA 1CX7A 2OTZX 1L08A 2O79A 244LA 1C62A 1PQJA 2RBNA 1L32A 1QTHA 1XEPA 1LLHA 4W59A 1P56A 1L02A 1C67A 1CVKA 1LGXA 1QUGA 197LA 111LA 122LA 2B6YA 1G1WA 1LYIA 1L45A 3FA0A 257LA 196LA 3CDOA 1QTZA 1C60A 3HDFA 157LA 114LA 1L63A 1L80A 216LA 4I7SA 115LA 1L79A 4PK0A 225LA 4I7KA 1L16A 1L62A 1C6QA 3SB5A 2B6XA 156LA 3F9LA 2B75A 3SBAA 259LA 1L13A 247LA 1L72A 3GUIA 4I7NA 4W56A 228LA 176LA 1CV0A 1CU3A 1D3NA 1L25A 3NY8A 126LA 181LA 172LA 238LA 227LA 2B74A 183LA 169LA 1PQOA 4W51A 5LZMA 1T6HA 1L93A 245LA 2F47A 3GUPA 249LA 1CV1A 3G3WA 3HDEA 1G0JA 1L56A 4ARMA 159LA 2OE4X 1P46A 1L70A 205LA 3DN8A 1JTMA 130LA 236LA 1QT7A 113LA 1L19A 237LA 182LA 2OU9A 1P2LA 4ARMB 1C69A 1QSQA 1C6CA 1QUHA 1LYGA 1L04A 258LA 2RH1A 3HUKA 2RB2X 3C8QA 4EKRA 3HU8A 3FI5A 145LA 1L21A 3HWLA 1D2YA 215LA 233LA 2RBQA 1JTNA 255LA 2B6ZA 148LE 2Z6BA 4YXCA 1G07A 192LA 1DYCA 3DN1A 128LA 3HT9A 3GUJA 3C80A 2CUUA 232LA 3GULA 239LA 3LZMA 3EMLA 1LYFA 1QTDA 3RUNA 1L55A 1KNIA 1SSWA 1D9WA 1QSBA 2LCBA 170LA 1L11A 1QS9A 1C6IA 125LA 1G0MA 251LA 1G0QA 252LA 1LPYA 1L27A 1L58A 1L69A 3DN6A 1CV5A 1P3NA 3CDTA 7LZMA 123LA 3GUMA 4PJZA 108LA 1QTBA 1NHBA 137LA 2OU8A 3K2RA 110LA 1P6YA 1LGUA 1C6KA 1QS5A 1OYUA 102LA 1T97A 4YX7C 158LA 1L51A 4W55A 173LA 1L67A 3CDVA 1OV7A 2RAZX 1L39A 218LA 1L43A 1L77A 1L91A 2RAYX 1D3FA 119LA 242LA 250LA 206LA 1L97A 2A4TA 104LA 1L18A 168LA 1LI6A 4I7MA 3HUQA 139LA 1G0KA 1L49A 195LA 1C6LA 1C63A 1P37A 3G3VA 3QAKA 1L75A 1L00A 4K5YA 3HH3A 1L73A 1L50A 4GBRB 2OU0X 1PQMA 4EPFA 161LA 222LA 1DYEA 3C83A 1OVJA 219LA 1P2RA 3L2XA 3SB8A 1L24A 1L44A 2IGCA 3OE8A 4W52A 2NTGA 3VW7A 186LA 155LA 1ZWNA 1L41A 213LA 3DMVA 1D3JA 3DMXA 1L59A 3C8SA 1QT4A 103LA 1L47A 1L0KA 143LA 1C6MA 163LA 1L61A 210LA 1L74A 140LA 2O7AA 4W53A 221LA 3DN4A 189LA 1SX7A 1L30A 1L26A 1C61A 2OE7X 1L71A 1T8FA 4ARJA 4ARLA 1L86A 2O4WA 4I7TA 214LA 4IAPA 150LA 1LYJA 4W57A 1OWYA 127LA 1T8GA 198LA 1C68A 174LA 1CX6A 1L20A 3HUAA 1L48A 1ZURA 1L22A 146LA 1C6NA 4OO9A 229LA 3HH6A 177LA 1CU6A 3ODUA 1DYGA 152LA 1QUDA 253LA 3C7YA 3V2YA 3GUOA 262LA 1C6BA 3HTFA 4GRVA 4ZPUA 2LC9A 211LA 1LGWA 3FADA 1CU2A 171LA 3CDRA 3SB7A 1C6FA 2B70A 3NY9A 3UONA 3SB6A 175LA 142LA 1KY0A 2Q9EA 3SB9A 160LA 1K28A 1L64A 2B73A 2OE9X 1L57A 1CV4A 149LA 2OTYX 4ARQA 1CU5A 3DN0A 1DYDA 1CV3A 2ANVA 1EPYA 1L85A 185LA 1L92A 2OEAX 3HTGA 1C6JA 1JQUA 4S0WA 190LA 2RBPA 1OVHA 1XJTA 151LA 3DN2A 3F8VA 1LWKA 1L07A 1SSYA 187LA 4DJHA 1P5CA 3PBLA 3SBBC 226LA 260LA 3HTBA 1C6TA 4ARPA 1L95A 1QTCA 261LA 4EKSA 1C6HA 1DYFA 1XJUA 4AQNA 4LZMA 4I7PA 2HUMA 1L81A 1DYBA 4EXMA 1L36A 1OWZA 212LA 3G3XA 2Q9DA 1PQDA 3RZEA 1C64A 2LZMA 1L23A 4W54A 1L35A 3DKEX 3OE6A 3PDSA 4EJ4A 1C6DA 3CDQA 1P36A 3D4SA 4I7LA 1L33A 2B7XA 1L15A 1L34A 1L98A 230LA 2ANXA 1OV5A 165LA 3C8RA 2F2QA 4LDEA 1CUQA 164LA 1C66A 1L76A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LAAA 1XGQC 4XJIA 2Z18A 1L40A 1L17A 1PS5A 3NYAA 1YILA 4D9ZA 1LZ4A 2QARC 1ZYTA 3DMZA 5KXWA 2MEHA 1GXXA 2B6TA 193LA 3A94A 4OWHA 3HTDA 4NHIA 1G7IC 4LT2A 4CGEA 2ZNXY 4NGLA 184LA 2EIZC 1L84A 4H9CA 1TAYA 1GFKA 5JENB 256LA 1PZYA 4I0CA 4WLTA 1G06A 1PQIA 1SWZA 1P7SA 1LZNA 3JR6A 4OWBA 2BQIA 3LZ2A 1LHIA 4W94A 1C65A 1LMCA 4G4HA 4DKLA 2F32A 1C6GA 4WM4A 1L01A 3HH4A 1LZ1A 3ZVQB 1L28A 1XGRC 5A3EA 2Z12A 3AZ7A 1QT8A 144LA 3P4ZA 1IWTA 2BQDA 4W58A 4QGZA 2XTHA 2RSCA 3TXEA 234LA 129LA 1GE1A 1LWGA 4R6CA 4WM6A 2W1MA 4H93A 4H92A 1C6EA 5KXYA 1WQOA 1DI3A 1L03A 3HU9A 1L53A 5I54A 132LA 220LA 2LHMA 1BGIA 4ETAA 1UIBA 201LA 1LKSA 1L10A 2D4IA 1L42A 1JJ1A 1L06A 2NTHA 1L89A 1D3MA 4AXTA 1F10A 4NHPA 4YM8A 138LA 2MEGA 141LA 1GFUA 1LYEA 248LA 4EKPA 2F30A 4GCBA 1D0LA 1FDLY 1QIOA 4LDOA 1GF6A 1KW5A 4NFVA 1QUOA 1LMNA 2D91A 2HULA 2YBNA 1IY4A 4NGOA 5KJ9A 2ZYCA 1KIPC 1L09A 1ZVHL 1BVXA 1G0GA 4L41A 1GB0A 1GE3A 2RBOA 1IP7A 5APEA 4AGAA 1B9OA 2YBHA 4WLYA 1LJNA 3TXDA 1JWRA 1VDSA 1CVKA 197LA 111LA 3IWRA 3LYMA 1G1WA 4CHXA 1LYIA 4H91A 257LA 196LA 3B6LA 3HDFA 4HPEA 1RI8B 1JSEA 2ZQ4A 4I7SA 1NBYC 2ZILA 3B72A 8LYZA 1C6QA 3WH1A 4M4OA 2PC2A 259LA 247LA 1L72A 2Z19A 3LN2A 3WUAA 3NY8A 1GBZA 1HEPA 181LA 2B74A 4PJ2C 3CSQA 5ILFA 1RFPA 1C43A 1GAYA 3QY4A 5HNCA 5LZMA 2CGIA 3AGGG 1LJ4A 4H90A 1CV1A 4GN3A 1L56A 1YANA 205LA 1QT7A 1L19A 182LA 2OU9A 4LFPA 3OK0A 1C69A 1C6CA 1JTTL 4ETBA 1L04A 1GE4A 4B4EA 1FLYA 2WARA 1L21A 1D2YA 2RBQA 5LVGA 4CFPA 4YXCA 4H8XA 3DN1A 4GCEA 1GB6A 4DYGA 3HT9A 1MELL 3P65A 1IWWA 3GULA 4IASA 239LA 3AZ5A 1LYFA 1HMKA 1KNIA 1QSBA 2Z37A 1G0MA 1L27A 2W1LA 4Z41A 4H1PA 4LT0A 1LSYA 2YDGA 3CT0A 4N8ZA 4FJRA 3A96A 1GWDA 4LT3A 1XGUC 1QTBA 2OU8A 5I5QA 1LGUA 1QS5A 1AZFA 6LYZA 1FLWA 5APFA 2BQBA 1UIAA 3CDVA 1IC5Y 1BHZA 2RAZX 1L39A 3EO5A 4DD7A 1L43A 242LA 5E9RA 206LA 1L97A 2A4TA 3A90A 4ZFPA 3QNGA 1WQPA 2G4NA 3QAKA 4G9SA 1D9UA 1B7MA 3HH3A 1L50A 1IP1A 1FLUA 4EPFA 1DYEA 219LA 134LA 1P2RA 3M18B 2IGCA 1LYOA 3CSRA 2XJWA 4DD1A 213LA 3AGHA 1V7SA 3A93A 3P66A 103LA 1IORA 2HEBA 1LSEA 1L0KA 3TXGA 2BQOA 1O23A 1L74A 3ATOA 189LA 1L30A 1L26A 1SQ2L 4ARJA 4DT3A 4ARLA 2O4WA 3A95A 4XENA 1GDXA 1LYJA 127LA 174LA 4N9RA 146LA 1C6NA 229LA 3HH6A 1CU6A 152LA 3GUOA 262LA 2BQCA 4W96A 4ZPUA 3FADA 2I25L 5F9XA 5FHWA 4EMNA 1W6ZA 2W1YA 1JITA 1GXV2 1LZ5A 142LA 1F0WA 1NF5A 4NHSA 4YEMA 5KXPA 2OTYX 1CU5A 2DBTA 5LYZA 1DYDA 1L85A 5B59A 3AZ4A 4P2EA 151LA 4NSJA 1OQMA 3DN2A 1LWKA 2ZWBA 1P5CA 3SBBC 3BKVA 226LA 4BADA 4RDSA 1LMPA 3HTBA 1C6TA 1F6SA 1GF4A 2BQNA 4ARPA 1QTCA 261LA 1DYFA 1E8LA 5KXZA 1B7OA 4MCKA 1XJUA 4AQNA 4PGJB 2MEIA 4TSCA 3IJUA 1OWZA 1DKJA 4H9EA 1GHLA 5F9UA 2Z2FA 4NEBA 3AZ6A 1PQDA 1L23A 1RE2A 1L35A 3OE6A 1P36A 4DD3A 4I7LA 1L33A 1F6RA 3KAMA 2MEBA 2IFFY 1IY3A 1OP9B 165LA 5KXRA 7LYZA 3N9AA 2F2QA 1CUQA 2F2NA 1L90A 1SX2A 4LYMA 1G7HC 5KXNA 1GFGA 4TWSA 1LZDA 3TMWA 4I8SA 2RB0X 4ETEA 1LJ3A 1L12A 2DQCY 1JHLA 1CKCA 2RBSA 4NGJA 4HPIA 3AW6A 1YROA 3DNAA 1L88A 3HBDA 4DDCA 5EBHA 4KPMA 1LMTA 6LZMA 3CQLA 3SN6R 3W6AA 3TXJA 1C6AA 1OVKA 3ZVQA 2BQHA 178LA 3HT6A 1UA6Y 1L0JA 4GCCA 1L52A 4I7QA 4NY5A 4B49A 1LZ6A 1CKGA 1KXYA 1TLAA 4GLVA 4ETDA 1QTVA 1VEDA 191LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LAA A;  1XGQ C;  4XJI A;  2Z18 A;  1L40 A;  1L17 A;  1PS5 A;  3NYA A;  1YIL A;  4D9Z A;  1LZ4 A;  2QAR C;  1ZYT A;  3DMZ A;  5KXW A;  2MEH A;  1GXX A;  2B6T A;  193L A;  3A94 A;  4OWH A;  3HTD A;  4NHI A;  1G7I C;  4LT2 A;  4CGE A;  2ZNX Y;  4NGL A;  184L A;  2EIZ C;  1L84 A;  4H9C A;  1TAY A;  1GFK A;  5JEN B;  256L A;  1PZY A;  4I0C A;  4WLT A;  1G06 A;  1PQI A;  1SWZ A;  1P7S A;  1LZN A;  3JR6 A;  4OWB A;  2BQI A;  3LZ2 A;  1LHI A;  4W94 A;  1C65 A;  1LMC A;  4G4H A;  4DKL A;  2F32 A;  1C6G A;  4WM4 A;  1L01 A;  3HH4 A;  1LZ1 A;  3ZVQ B;  1L28 A;  1XGR C;  5A3E A;  2Z12 A;  3AZ7 A;  1QT8 A;  144L A;  3P4Z A;  1IWT A;  2BQD A;  4W58 A;  4QGZ A;  2XTH A;  2RSC A;  3TXE A;  234L A;  129L A;  1GE1 A;  1LWG A;  4R6C A;  4WM6 A;  2W1M A;  4H93 A;  4H92 A;  1C6E A;  5KXY A;  1WQO A;  1DI3 A;  1L03 A;  3HU9 A;  1L53 A;  5I54 A;  132L A;  220L A;  2LHM A;  1BGI A;  4ETA A;  1UIB A;  201L A;  1LKS A;  1L10 A;  2D4I A;  1L42 A;  1JJ1 A;  1L06 A;  2NTH A;  1L89 A;  1D3M A;  4AXT A;  1F10 A;  4NHP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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