3HUQA

Thieno[3,2-b]thiophene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3huqA00
3C8QA 248LA 3GUMA 1QS5A 3HH4A 222LA 2OU0X 4ARPA 119LA 2Z6BA 1DYFA 1L87A 4W52A 126LA 1SWZA 3GUNA 1L89A 1LLHA 1T8AA 4PK0A 1QTVA 3GUPA 3ODUA 1L27A 1C6GA 2QB0B 1C69A 177LA 1L00A 1CU3A 120LA 1L49A 1LGWA 183LA 1ZURA 4DJHA 2QARC 4EKRA 1CV3A 170LA 1D3NA 1L0KA 4ARJA 1L25A 125LA 1L01A 188LA 1LI6A 148LE 1L90A 1G0KA 4I7TA 1L68A 3GULA 2LCBA 3C7ZA 1CU2A 1L36A 1L86A 216LA 2ANVA 3K2RA 130LA 2O4WA 165LA 1L76A 230LA 4YXCA 4EPIA 3RUNA 1K28A 209LA 1QUOA 3OE0A 1L47A 1PQMA 1C6LA 1L33A 3RZEA 3HT7A 1QTZA 229LA 3C83A 3HTFA 1L67A 171LA 3HDEA 3CDQA 1DYCA 1L96A 2B6XA 1L60A 1L92A 1L64A 4EKSA 184LA 4I7MA 3CDRA 3FADA 2B6ZA 2ANXA 1EPYA 1L97A 4W53A 3HT9A 3DN1A 1L15A 151LA 1L69A 1C6IA 1P7SA 160LA 3C81A 1L39A 2IGCA 1SWYA 1CV0A 1G0LA 185LA 1L12A 1QTBA 249LA 3GUIA 2OU8A 4ARMA 4W57A 1T8GA 1L75A 162LA 1T6HA 144LA 1L42A 1SSYA 4ZPUA 228LA 1L30A 1PQDA 1ZWNA 1KNIA 156LA 2F47A 5LZMA 1L38A 1KY0A 1T97A 246LA 4I7SA 3SB9A 4LZMA 3GUJA 2OE7X 1L81A 115LA 173LA 191LA 3HTGA 149LA 1L56A 1L82A 3DN4A 1CUQA 4LDLA 1L71A 180LA 224LA 2RB0X 1L77A 1C6FA 1L80A 1LI3A 1C64A 231LA 3DN2A 244LA 1QUDA 1L61A 141LA 232LA 214LA 3UONA 2HUKA 3HUKA 195LA 3L64A 3SB8A 239LA 1C6DA 4ARLA 1L22A 1L93A 1CX6A 1NHBA 1QT8A 4EPFA 1SX2A 1LYFA 211LA 1L16A 233LA 1L21A 1G0JA 1L62A 4I7LA 1L02A 3HH6A 1P56A 143LA 7LZMA 4W51A 1G06A 1L40A 1L14A 1KW5A 2B75A 159LA 1L09A 3CDOA 4I7NA 213LA 1C6TA 3G3WA 3SB5A 226LA 3DMXA 1OV7A 4W54A 114LA 1C6CA 1QT3A 169LA 1D2WA 1WTHA 4YX7C 1P3NA 3DMVA 1L83A 1L99A 3C8SA 1QT7A 2B7XA 3HT6A 3DN8A 1L35A 1L98A 110LA 6LZMA 1LI2A 225LA 2RB2X 3NYAA 3D4SA 111LA 1KW7A 3OE8A 1QT4A 1LYEA 1L55A 243LA 1C6AA 1L48A 2OTYX 2RBPA 2Q9EA 255LA 2OE9X 1LWGA 2L78A 1C6HA 118LA 1L53A 1L06A 251LA 1D3JA 1XJTA 123LA 1CV1A 1LW9A 259LA 1G0QA 258LA 2B6YA 4W55A 3V2YA 1C65A 1L29A 4W58A 1C61A 1D3MA 3OE9A 109LA 150LA 128LA 1C66A 1C63A 1CV5A 2B72A 4YXAC 2F32A 2RBQA 1L52A 1L45A 3HWLA 3C80A 3V2WA 4ARQB 4EKQA 1L70A 1C6NA 1DYGA 199LA 1OWZA 1CV6A 2RB1X 1OV5A 1CV4A 3CDTA 4W59A 241LA 3DMZA 200LA 2LC9A 1QTCA 3SBAA 1I6SA 1L20A 1P36A 147LA 187LA 1ZYTA 1PQJA 174LA 197LA 1QS9A 1L95A 2HULA 3C82A 250LA 3F9LA 4EXMA 3EMLA 254LA 220LA 1CU6A 261LA 2NTHA 103LA 1B6IA 223LA 219LA 198LA 2OU9A 3CDVA 4S0WA 192LA 256LA 1L23A 190LA 4E97A 3GUKA 3HTDA 1XJUA 5I14A 172LA 260LA 107LA 1L07A 262LA 3PDSA 3DN6A 2RAZX 4I7OA 1L91A 1CVKA 1L73A 2F2QA 1D2YA 1QTHA 3FA0A 1P64A 1C60A 3G3VA 4OO9A 3C8RA 1L94A 1L24A 1JQUA 3QAKA 206LA 1LYGA 2B73A 139LA 1L46A 3SB7A 1L37A 2RAYX 1L63A 1DYAA 163LA 3HTBA 1C62A 102LA 1LGUA 1QT5A 142LA 3DN3A 129LA 1G1WA 1G0MA 1LYHA 4LDOA 1P6YA 166LA 131LA 1L51A 3JR6A 245LA 112LA 176LA 1L10A 2RH1A 1CU0A 1P2LA 4DKLA 2RBNA 4K5YA 167LA 4PJZA 1JTNA 4DAJA 158LA 4EKPA 1DYBA 1G0GA 1PQOA 1L44A 1C6PA 1DYDA 2A4TA 2OTZX 1LYJA 127LA 4ARMB 1OYUA 1XEPA 4I7KA 1D3FA 152LA 4I7JA 2LZMA 1D9WA 1TLAA 212LA 215LA 1CU5A 1LWKA 182LA 1L54A 1L59A 257LA 3HU9A 3HT8A 1L88A 1L72A 1L79A 4AQNA 1QTDA 161LA 1QSQA 1L50A 3DKEX 1L31A 1L74A 196LA 1LYIA 242LA 3OE6A 221LA 3G3XA 235LA 1C67A 1C68A 1JTMA 1L32A 1L05A 2RBOA 1OWYA 201LA 1L43A 1KS3A 1L84A 1L85A 137LA 186LA 4I7RA 2RBRA 145LA 189LA 3DNAA 168LA 3GUOA 3NY8A 4EJ4A 1L13A 1PQIA 2B70A 1T8FA 1L18A 3FI5A 1L11A 1G1VA 1G0PA 240LA 238LA 1L58A 1SSWA 1P5CA 247LA 1P2RA 1P37A 234LA 217LA 3VW7A 3NY9A 181LA 2NTGA 1LYDA 178LA 205LA 227LA 164LA 4LDEA 3HUQA 1LGXA 1C6EA 2B74A 1KY1A 3C7WA 3PBLA 1L08A 3HU8A 3L2XA 104LA 122LA 1L19A 1QT6A 1C6QA 2Q9DA 3DN0A 2O79A 2HUMA 4GBRB 3HUAA 1PQKA 3SB6A 1C6MA 3C7YA 3SBBC 1CUPA 1L41A 3LZMA 1L0JA 1OVKA 157LA 2OE4X 138LA 1C6BA 1L66A 1L03A 218LA 1QUHA 3HDFA 1L17A 113LA 3HH3A 2CUUA 252LA 1L04A 4GRVA 1L57A 1DYEA 3SN6R 210LA 108LA 1CTWA 2B6WA 140LA 1C6JA 237LA 1QSBA 1L26A 4I7QA 1G07A 1C6KA 1LPYA 236LA 1L28A 1OVJA 1L34A 3F8VA 4W56A 3HH5A 155LA 1CX7A 2B6TA 1L65A 1QUGA 2OEAX 2O7AA 1SX7A 146LA 253LA 4IAPA 4ARQA 2RBSA 4I7PA 1P46A 175LA 1OVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
248LA 1QS5A 2G4NA 222LA 4ARPA 4OWBA 2Z6BA 2H9KA 4IJ4A 5L9JA 4PK0A 3GUPA 1B7QA 1GFUA 4ET8A 1GB8A 1C69A 1LOZA 4EOFA 3TMVA 1IP4A 3TXDA 3CSRA 1C08C 1L49A 1GF9A 3WULA 1TAYA 2QARC 4N1CC 4EKRA 1CV3A 170LA 4LYZA 125LA 1L01A 3QNGA 4I7TA 1L68A 3CT5A 4WOAA 3P4ZA 2ANVA 2Z37A 130LA 1GFGA 4NHTA 1IWUA 230LA 5B05A 2BAAA 3RUNA 1QUOA 1PQMA 1QTZA 3A67Y 207LA 4MCKA 1YILA 171LA 4H91A 3HDEA 3CDQA 1L96A 1XGTC 3W3EA 1TDYA 1L92A 1IIZA 5KXNA 184LA 1UA6Y 6LYZA 1NHEA 1IOCA 1B0DA 2GV0A 4GN4A 1UIFA 1B2KA 1G0LA 185LA 3OJPA 2I26L 1UIAA 162LA 3A96A 3QE8A 144LA 4ZPUA 5LYMA 1PQDA 4W96A 156LA 4I7SA 4LZMA 3GUJA 1JWRA 1LSAA 2OE7X 173LA 3B0KA 1L56A 3VWOA 1CUQA 1CJ7A 1L71A 180LA 1T3PA 224LA 2ZNWY 3WPLA 1L77A 1L80A 1GB6A 3WVYA 1YROA 1DZBX 3DN2A 1KIPC 3W6FA 3CT0A 4GCDA 3ULRA 2HUKA 4UWNA 3L64A 1KXXA 3G3BB 3EO5A 4ARLA 1GHLA 2HEAA 1G7MC 1WTNA 211LA 1L16A 233LA 5KXWA 1G0JA 1L62A 1UBZA 1L02A 1HENA 1P56A 4H8XA 1HC0A 1G06A 2B75A 2HEEA 3CDOA 4HPEA 1V7SA 5DN5A 1NBZC 3G3WA 1OV7A 4ETAA 4ZIXA 1IR7A 1QT3A 169LA 2F4GA 1QT7A 3DN8A 1I1ZA 1B5UA 3W6AA 3OE8A 4HJVA 1GE3A 3TMWA 2BQIA 255LA 1LZ4A 1LWGA 4AXTA 154LA 1LZGA 3ATOA 1GXXA 118LA 1F10A 251LA 1WQQA 1XJTA 4CFOA 3V2YA 4TX7A 4U3XB 4HP0A 2MEAA 4DT3A 3OE9A 109LA 150LA 3TXGA 1C66A 1IWZA 4OWHA 1HFYA 2F32A 1LHKA 2DQCY 4ARQB 5HNCA 3WMKA 5B1GA 1OWZA 3G3AB 4TWSA 1CV6A 1OV5A 4NGOA 1CV4A 4DYGA 1XEJA 200LA 1I6SA 1L20A 4H9EA 2D4JA 1GF5A 1PQJA 1ZYTA 1QS9A 3C82A 3T36A 2NTHA 4G4CA 5I4WA 223LA 2Z39A 4N9RA 3TMUA 256LA 1L23A 1B7PA 4E97A 1LSDA 107LA 2LYMA 2LYOA 4A7DA 3QAKA 3FI7A 4W94A 4PGJB 2B73A 3WL2A 1GFAA 1DYAA 1XGRC 3HTBA 1C62A 1OUGA 1OP9B 1IWTA 4H9FA 1G1WA 131LA 1L51A 1LSNA 112LA 1LZ5A 1L10A 3A93A 1V7TA 4HV2A 1JKCA 167LA 1GF3A 4PJZA 4RLMA 1JTNA 4WM2A 1I20A 158LA 1CJ6A 1DYBA 1PQOA 3AZ6A 4N5RA 5LINA 1LSPA 1OYUA 4I7JA 2LZMA 4LYMA 1HEMA 1CU5A 4ETDA 1CNSA 4M6DA 3F6ZA 2HEFA 1L31A 3G3XA 1JTMA 1HELA 1BQLY 1L32A 1QTKA 1TCYA 2I25L 1L84A 3RZ4A 3A6BY 1GBYA 186LA 4GCFA 1LYOA 2DQIY 3GUOA 4MSTA 4YENA 1T8FA 1L11A 4ML7A 1QSAA 5HMVA 1G0PA 1GBXA 1CKCA 1GFEA 1GWDA 1SSWA 2D6BA 1P37A 217LA 5F9UA 1WQNA 3NY9A 3D3DA 2NTGA 1B7SA 227LA 4OWAA 2B74A 1FBIX 3CSZA 4H8ZA 3L2XA 4FDYA 1REMA 1C6QA 1REXA 3SB6A 1B7OA 1YL1X 2BQBA 1GBOA 1JKDA 5D5CA 1L41A 1L0JA 4R6CA 1G7IC 138LA 1LSCA 113LA 2CUUA 2XQOA 1L57A 3LN2A 5I4YA 1YAPA 5LVJA 1G07A 1H6MA 4KL7A 1GF4A 1L28A 2BQFA 5F16A 4NG8A 1SQ2L 3F8VA 3RW8A 1BWIA 1BGIA 1Z55A 2B6TA 1L65A 1QUGA 4QDNA 3RT5X 4RDSA 1SX7A 5K7OA 146LA 2BQNA 1JTPL 4IAPA 3IJVA 2RBSA 1GPQC 1P46A 3C8QA 4BAPA 2BPUA 5KXLA 1IO5A 4HTQA 1FLYA 1DXJA 5KY1A 4W52A 3LZ2A 126LA 1SWZA 1JPOA 1QTVA 1GF0A 1L27A 2QB0B 1G7JC 1KIRC 1BWJA 5KXOA 1LGWA 183LA 2F2NA 1WQRA 2XTHA 1D3NA 1L0KA 5T3FA 3WXUA 4YOPA 3TMXA 1EQEA 2ZNXY 5FHWA 1LI6A 1XGUC 3GULA 1DKKA 1FKQA 3C7ZA 4B1AA 3CQLA 1L36A 4RW2A 216LA 4WM6A 3K2RA 1VDTA 1GF6A 3WU8A 1HEOA 3A90A 4EPIA 2A7FA 4YF2A 1K28A 4NFVA 5FCPA 1B5VA 1C6LA 1L33A 3RZEA 3HTFA 1L67A 1LYYA 4ETEA 1GFKA 1GB3A 4NHQA 5I4XA 4XENA 2B6XA 1L60A 1REYA 5HQ1A 1VATA 4G4HA 1L64A 1P2CC 1RFPA 1UICA 5I54A 1EPYA 1NF5A 2AUBA 4NGJA 1P7SA 3AZ4A 2B5ZA 160LA 1L39A 1CV0A 4LT2A 1LHJA 1QTBA 249LA 3GUIA 4GN3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 248L A;  1QS5 A;  2G4N A;  222L A;  4ARP A;  4OWB A;  2Z6B A;  2H9K A;  4IJ4 A;  5L9J A;  4PK0 A;  3GUP A;  1B7Q A;  1GFU A;  4ET8 A;  1GB8 A;  1C69 A;  1LOZ A;  4EOF A;  3TMV A;  1IP4 A;  3TXD A;  3CSR A;  1C08 C;  1L49 A;  1GF9 A;  3WUL A;  1TAY A;  2QAR C;  4N1C C;  4EKR A;  1CV3 A;  170L A;  4LYZ A;  125L A;  1L01 A;  3QNG A;  4I7T A;  1L68 A;  3CT5 A;  4WOA A;  3P4Z A;  2ANV A;  2Z37 A;  130L A;  1GFG A;  4NHT A;  1IWU A;  230L A;  5B05 A;  2BAA A;  3RUN A;  1QUO A;  1PQM A;  1QTZ A;  3A67 Y;  207L A;  4MCK A;  1YIL A;  171L A;  4H91 A;  3HDE A;  3CDQ A;  1L96 A;  1XGT C;  3W3E A;  1TDY A;  1L92 A;  1IIZ A;  5KXN A;  184L A;  1UA6 Y;  6LYZ A;  1NHE A;  1IOC A;  1B0D A;  2GV0 A;  4GN4 A;  1UIF A;  1B2K A;  1G0L A;  185L A;  3OJP A;  2I26 L;  1UIA A;  162L A;  3A96 A;  3QE8 A;  144L A;  4ZPU A;  5LYM A;  1PQD A;  4W96 A;  156L A;  4I7S A;  4LZM A;  3GUJ A;  1JWR A;  1LSA A;  2OE7 X;  173L A;  3B0K A;  1L56 A;  3VWO A;  1CUQ A;  1CJ7 A;  1L71 A;  180L A;  1T3P A;  224L A;  2ZNW Y;  3WPL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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