3HUQA

Thieno[3,2-b]thiophene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3huqA00
4I7SA 1L66A 1C6TA 1L80A 3SB5A 188LA 1L86A 3C7YA 3G3WA 1CV1A 1L29A 2NTHA 3RUNA 1L24A 3V2WA 4ARMB 2A4TA 122LA 1L34A 4K5YA 1P64A 197LA 1C6QA 4I7PA 4I7LA 129LA 1QTHA 1CX6A 1OWYA 1CVKA 1L03A 2OE9X 113LA 176LA 1DYCA 4I7RA 1L42A 2O79A 145LA 173LA 1L16A 1L64A 2B7XA 3C8SA 195LA 1C6PA 1OVJA 111LA 1C6NA 1L33A 2ANVA 1L65A 1L82A 5LZMA 1C6JA 1OWZA 4ARMA 1D3NA 1SX7A 1WTHA 1C6DA 3K2RA 2B73A 1PQMA 2RB0X 2OTYX 1L14A 1L40A 2B6YA 3DN1A 4GBRB 183LA 3F8VA 170LA 3DN0A 3GUOA 4YXCA 1D9WA 1QT4A 1L0JA 3FI5A 3HU9A 1LGWA 1LYIA 1L38A 3C8QA 3GULA 1G0QA 158LA 2OE4X 3DKEX 4W52A 1C6GA 3HH4A 221LA 1C6HA 1QUOA 184LA 1C62A 1L39A 1PQDA 148LE 213LA 3NYAA 3GUJA 1L73A 3HWLA 252LA 181LA 1L88A 209LA 4OO9A 155LA 1L92A 1LW9A 1C6CA 205LA 2B72A 4EPFA 141LA 3GUMA 1P2LA 130LA 2RBPA 2F2QA 4PK0A 3SB6A 234LA 4LDEA 1D3JA 4ZPUA 174LA 2B6WA 2QB0B 4ARQB 3RZEA 4W57A 3GUIA 3OE9A 1L23A 241LA 1L93A 2QARC 1SWYA 104LA 1DYBA 108LA 3CDOA 2O7AA 3CDTA 1L98A 1P56A 1LI2A 256LA 1L72A 1CUQA 3C82A 4EKQA 1JQUA 1L81A 114LA 1C63A 3DN2A 180LA 1T97A 232LA 258LA 1B6IA 3C80A 1P37A 157LA 3L64A 126LA 1L70A 1CV0A 4E97A 4IAPA 2HUMA 2B6TA 1L04A 1D3FA 2O4WA 3C7ZA 2Q9EA 1L75A 3CDVA 1I6SA 1P36A 4W56A 1DYDA 4ARQA 2OTZX 1OVHA 3HH6A 1L44A 107LA 1NHBA 1QUDA 3DN8A 4YX7C 4EKSA 2B6ZA 1L50A 140LA 1T6HA 1T8FA 1L10A 251LA 1L27A 1ZURA 119LA 231LA 4W59A 238LA 2CUUA 1PQOA 1C6KA 3C81A 166LA 230LA 1C6BA 169LA 1L11A 4DKLA 175LA 1K28A 3LZMA 1L30A 1L18A 220LA 1T8AA 163LA 214LA 222LA 1CUPA 3OE8A 165LA 1C66A 1LGUA 1LPYA 1PQIA 1QT6A 186LA 211LA 3C8RA 1P2RA 125LA 1L35A 1L00A 3DN4A 1CU6A 3HT7A 171LA 4LDLA 2RAZX 227LA 1L15A 1QTBA 1L94A 223LA 262LA 6LZMA 1C64A 127LA 1C69A 150LA 1XJUA 3HUAA 200LA 1KY1A 1LYDA 1XJTA 1L95A 4EKRA 1KS3A 1L54A 3SB9A 1L56A 3HH5A 3G3VA 3V2YA 2RBRA 1T8GA 1QT5A 1OV5A 1L32A 224LA 139LA 1G0LA 1L85A 2B74A 144LA 147LA 3SBAA 4EPIA 4DJHA 118LA 1L48A 1P46A 2F47A 190LA 2B75A 3C83A 1QTVA 151LA 3CDRA 1DYAA 2Z6BA 189LA 215LA 2HULA 115LA 2L78A 1CU3A 2IGCA 3GUNA 159LA 110LA 3OE6A 3HU8A 4W58A 1C6EA 1L99A 3FA0A 1CX7A 4I7JA 1L97A 2NTGA 3HTGA 1QTCA 1SWZA 3C7WA 1CU2A 236LA 1L57A 182LA 3GUKA 1LI6A 1C6IA 3JR6A 4W51A 1L74A 3SB8A 1QTZA 1L79A 161LA 1P6YA 2RB2X 3D4SA 4W54A 3UONA 1L17A 1L51A 2RH1A 261LA 4AQNA 131LA 3SN6R 1DYFA 102LA 2ANXA 3L2XA 1L45A 1CU0A 1L67A 3OE0A 1L53A 1L43A 4S0WA 1C6MA 1QS9A 2B70A 3NY9A 1L63A 3DMVA 3ODUA 1L0KA 2LCBA 4YXAC 228LA 1LI3A 4DAJA 1G0JA 1L68A 4LDOA 3HTBA 1C65A 1L37A 4I7MA 1OVKA 2OU0X 1L87A 3HT9A 1P7SA 229LA 1OV7A 1L08A 4I7QA 1L01A 257LA 1C67A 1KW7A 1L59A 1L84A 162LA 1QS5A 246LA 167LA 1L31A 1SSWA 3DN6A 1LYEA 247LA 4ARJA 1C68A 1CTWA 1L28A 1L71A 3VW7A 152LA 2LZMA 128LA 3SBBC 1LLHA 109LA 4EKPA 1L09A 1QTDA 248LA 160LA 1XEPA 1CU5A 2B6XA 1L76A 260LA 1L49A 1L21A 249LA 225LA 244LA 172LA 4PJZA 1L60A 1PQJA 1L12A 1G07A 185LA 219LA 103LA 1G1WA 1G1VA 3HTDA 1L90A 3HT8A 253LA 1L13A 1C60A 242LA 1L89A 4I7NA 239LA 198LA 3HDFA 146LA 2RB1X 1PQKA 196LA 1KY0A 123LA 4GRVA 1LWKA 1LWGA 1DYGA 1G0GA 1ZYTA 120LA 1L25A 178LA 206LA 4ARLA 1DYEA 3DMZA 3HDEA 1CV6A 1G0PA 237LA 3HUKA 1LYHA 1KNIA 1SX2A 1QSQA 4EXMA 1CV3A 1LYGA 1L22A 1C6FA 1L19A 1L91A 2OU8A 1L05A 3DNAA 112LA 1C6LA 142LA 1P5CA 226LA 1L41A 143LA 254LA 4I7OA 4I7KA 1LGXA 3EMLA 1G0MA 1L96A 1CV4A 3F9LA 137LA 1L69A 1D2YA 3PBLA 3HTFA 2OE7X 1QSBA 4W55A 250LA 218LA 3CDQA 255LA 4LZMA 1L07A 1L02A 233LA 217LA 201LA 2RAYX 1L06A 245LA 4ARPA 1G06A 3FADA 3NY8A 3PDSA 3HUQA 3HT6A 2F32A 191LA 2RBQA 3SB7A 2OEAX 1TLAA 1D2WA 216LA 187LA 235LA 1CV5A 1JTMA 2RBNA 1QT3A 1L58A 1ZWNA 2LC9A 240LA 2Q9DA 2RBOA 1L55A 149LA 3GUPA 192LA 199LA 1L83A 138LA 1QT7A 259LA 1KW5A 1L20A 2OU9A 1QT8A 212LA 1OYUA 1C61A 7LZMA 1L26A 1C6AA 1D3MA 1L46A 177LA 1G0KA 3DMXA 5I14A 4W53A 1L36A 3DN3A 4EJ4A 1L77A 156LA 2RBSA 4I7TA 243LA 1L61A 3HH3A 1QUHA 1L62A 1LYFA 1EPYA 1SSYA 164LA 1QUGA 1JTNA 1LYJA 2HUKA 1P3NA 3QAKA 168LA 1L52A 210LA 1L47A 3G3XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7SA 1QTKA 5KKJA 4Z98A 1L66A 188LA 1B7MA 3C7YA 3RUNA 1JWRA 1RE2A 1L24A 3M18B 132LA 4II8A 6LYZA 5LINA 1JHLA 1IC7Y 4K5YA 1P64A 1LYZA 5IELA 1CJ7A 2DQJY 3RU5A 1C08C 1OWYA 1FLUA 2YVBA 4RDSA 2OE9X 113LA 4XENA 4NSGA 4DWXA 4H8ZA 1HMLA 145LA 3C8SA 4DDAA 3B6LA 3T6UA 4N1EI 1L65A 1C6JA 1BB6A 1WTHA 3RT5X 2B73A 4A7DA 1PQMA 1SQ2L 1J1XY 2OTYX 1L14A 1L40A 4DD3A 3DN1A 4GBRB 5HQ1A 3DN0A 4ML7A 3A91A 4D9ZA 1L0JA 3FI5A 2F30A 2D4IA 1QSWA 3C8QA 1LZ1A 158LA 4WLXA 1LKRA 3DKEX 1C6HA 1QUOA 1C62A 1PQDA 4UWUA 2DQIY 4IASA 5LA8A 1GFJA 3NYAA 2Z2FA 3P4ZA 2LZTA 3WU8A 1BB5A 1VAUA 1C6CA 4EPFA 3GUMA 154LA 1IIZA 1GB7A 4DD2A 3SB6A 1YAMA 3WUMA 2QB0B 1NQIA 1D0MA 1REMA 3EXDA 5EBHA 1I56A 1SWYA 104LA 5F81A 1WTNA 5DLAA 2XQOA 2ZQ4A 9LYZA 1L98A 1P56A 1L72A 3C82A 4ETDA 4EKQA 1C63A 232LA 1YKZX 2H5ZA 1IP1A 126LA 1L70A 1CV0A 1OQMA 2Q9EA 1L75A 1I1ZA 4HJVA 2OTZX 4UWVA 1L44A 107LA 1QUDA 2HEEA 4YX7C 2Y8PA 1HEQA 4EKSA 1OUJA 2B6ZA 1LYYA 1T8FA 2CUUA 4DYGA 1C6KA 3C81A 8LYZA 4HSFA 166LA 1C6BA 169LA 1L11A 3A8ZA 1JTOL 4DKLA 175LA 1CJ8A 1GWDA 4WL7A 1T8AA 3CSRA 1UIAA 1YL1X 1AKIA 1P2RA 1L35A 2BQKA 5FSTA 5F16A 3DN4A 5JENB 3HT7A 1DPWA 1GDWA 1C7PA 5KXTA 6LZMA 1LSZA 2W1MA 1UCOA 1KY1A 2Z37A 1L56A 3AJNA 3HH5A 3V2YA 1T8GA 1LHIA 1QT5A 1OV5A 224LA 4M6DA 4NGZA 1V7SA 3EMSA 1GE4A 3GXRA 1L48A 1GBYA 1P46A 2F47A 1QTVA 1EQ4A 2HEFA 4B1AA 3CDRA 5KXWA 1P2CC 115LA 4WOAA 2L78A 4XJDA 2BQNA 159LA 1HFXA 2PC2A 4KL7A 1JPOA 1L97A 4GCDA 2G4QA 1JKBA 2RSCA 5LVJA 1INUA 4C3WA 1B2KA 4N9RA 4W51A 2DKVA 5T3FA 1LJJA 5APFA 2Z2EA 3D4SA 4W54A 1OUDA 2RH1A 261LA 2HUBA 131LA 4NSIA 1JTPL 193LA 1UIEA 3L2XA 1T6VL 3TMUA 2YBLA 5KXZA 1L67A 3OE0A 3NY9A 1L63A 1L0KA 2MEBA 4R0FA 1GE3A 1YAPA 2ZIJA 4RW2A 3HBHA 5B1FA 1HSWA 1IORA 1OVKA 1IP6A 1GF3A 1LMCA 1L08A 1GFAA 1L01A 1KW7A 2YBIA 3EO5A 1QS5A 1SSWA 1XGRC 247LA 3QNGA 1CTWA 1H6MA 5KJ9A 3TMVA 3WH1A 1L71A 1TEWA 5HNLA 2YDGA 128LA 1GBXA 1ZV5L 3SBBC 4PRQA 2HTXA 3WPJA 4LFPA 4ETAA 1GBSA 2B6XA 1B5ZA 1GFKA 1L76A 1L21A 4NSHA 225LA 2MEFA 1L60A 219LA 2BQGA 5E9RA 3AZ6A 1L90A 2C8PA 1TDYA 4TSCA 1C60A 3CT1A 1C45A 4GN3A 1IO5A 2FYDA 3F6ZA 2BAAA 1A2YC 1IWVA 5DN5A 5LYMA 2BLYA 2Z18A 1G0GA 4B49A 1FKQA 120LA 206LA 1T3PA 4ARLA 3DMZA 1DI3A 1G0PA 3A93A 1LYHA 4XJBA 1KNIA 4EXMA 4YF2A 1GF5A 1OUHA 4H91A 1WQQA 4CHXA 4DD7A 1L41A 143LA 1LZNA 254LA 4G4BA 4I7OA 1LZCA 4R6CA 1LGXA 3EMLA 1CV4A 137LA 1LHKA 1D2YA 3EBAB 1QSBA 1DI5A 1FLYA 1L07A 1L02A 2BQDA 217LA 3AZ4A 4EOFA 245LA 3WXUA 3PDSA 1LJNA 3HT6A 1PZYA 1B5YA 4DQ7A 1C10A 2RBQA 4TUNA 1ZWNA 2LC9A 4HP0A 2Q9DA 1IWTA 4WM4A 4WM1A 4CFOA 1L55A 2WARA 4QGZA 4WG7A 4LT3A 4X3BA 1L83A 4KXIA 1QT7A 1KW5A 1OUFA 1L20A 2LYOA 3P64A 7LZMA 1UBZA 1D3MA 3AW6A 3J4GA 1FLQA 4EJ4A 2RBSA 1GEZA 4CFPA 1L61A 1QUHA 4WM2A 1D9UA 4ET8A 164LA 5K7OA 1HEMA 1DQJC 1QUTA 2C8OA 4NG8A 1VFBC 1GFUA 1UC0A 2B5ZA 2ZNXY 1L29A 1VDQA 2W1LA 2DQCY 3TMXA 4W96A 2ZYCA 1L34A 5E4PA 1LZYA 129LA 1CX6A 1QSAA 1GE0A 4HTQA 2HEBA 1LSYA 1DYCA 4G4HA 3E3DA 5F9XA 1L42A 1L16A 3P66A 1GPQC 2B7XA 1DZBX 195LA 1C6PA 1OVJA 5A3ZA 111LA 3WYHA 1L33A 3WU9A 1BB3A 3FI7A 1C6DA 1LYOA 1HFYA 1IY3A 1JKDA 2Z38A 2RB0X 2EKSC 4TX7A 5KXKA 1F10A 1GE2A 3W6DA 1DKKA 1LTMA 1LMPA 2BQIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I7S A;  1QTK A;  5KKJ A;  4Z98 A;  1L66 A;  188L A;  1B7M A;  3C7Y A;  3RUN A;  1JWR A;  1RE2 A;  1L24 A;  3M18 B;  132L A;  4II8 A;  6LYZ A;  5LIN A;  1JHL A;  1IC7 Y;  4K5Y A;  1P64 A;  1LYZ A;  5IEL A;  1CJ7 A;  2DQJ Y;  3RU5 A;  1C08 C;  1OWY A;  1FLU A;  2YVB A;  4RDS A;  2OE9 X;  113L A;  4XEN A;  4NSG A;  4DWX A;  4H8Z A;  1HML A;  145L A;  3C8S A;  4DDA A;  3B6L A;  3T6U A;  4N1E I;  1L65 A;  1C6J A;  1BB6 A;  1WTH A;  3RT5 X;  2B73 A;  4A7D A;  1PQM A;  1SQ2 L;  1J1X Y;  2OTY X;  1L14 A;  1L40 A;  4DD3 A;  3DN1 A;  4GBR B;  5HQ1 A;  3DN0 A;  4ML7 A;  3A91 A;  4D9Z A;  1L0J A;  3FI5 A;  2F30 A;  2D4I A;  1QSW A;  3C8Q A;  1LZ1 A;  158L A;  4WLX A;  1LKR A;  3DKE X;  1C6H A;  1QUO A;  1C62 A;  1PQD A;  4UWU A;  2DQI Y;  4IAS A;  5LA8 A;  1GFJ A;  3NYA A;  2Z2F A;  3P4Z A;  2LZT A;  3WU8 A;  1BB5 A;  1VAU A;  1C6C A;  4EPF A;  3GUM A;  154L A;  1IIZ A;  1GB7 A;  4DD2 A;  3SB6 A;  1YAM A;  3WUM A;  2QB0 B;  1NQI A;  1D0M A;  1REM A;  3EXD A;  5EBH A;  1I56 A;  1SWY A;  104L A;  5F81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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