3HUQA

Thieno[3,2-b]thiophene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3huqA00
4LDLA 253LA 3GUJA 1L70A 1L23A 1CU3A 1G0MA 2NTGA 242LA 115LA 1QS9A 150LA 212LA 7LZMA 129LA 1P36A 4EKRA 2B75A 1QT5A 2ANVA 1DYAA 2RBRA 2A4TA 1C6KA 1L19A 3C81A 3FADA 3V2YA 1LWGA 3C83A 2CUUA 114LA 3CDQA 1QUHA 1C6JA 1L22A 118LA 3HTGA 1L09A 1L95A 2RBQA 1L10A 1L44A 1L58A 1L0KA 149LA 1G0PA 1KW5A 1L46A 4ARLA 143LA 1L06A 3FA0A 185LA 2F2QA 231LA 120LA 205LA 156LA 1L80A 111LA 1G1WA 1L41A 1CUPA 2RAZX 2NTHA 1L52A 227LA 250LA 3C7ZA 3DN2A 1QT6A 4E97A 4GBRB 200LA 1L68A 1T8AA 4I7TA 218LA 4ARMA 4YX7C 260LA 1L32A 4I7KA 1C61A 1L84A 4GRVA 237LA 4AQNA 3CDRA 4EKPA 1C6PA 3C80A 4W52A 4ARPA 217LA 1LYEA 1P37A 1LYHA 2Q9DA 1P3NA 2O79A 257LA 2QB0B 1L72A 3SBBC 2RBSA 103LA 259LA 3DN1A 1L27A 221LA 3HU8A 148LE 3C7WA 1B6IA 211LA 246LA 1L71A 2LCBA 3HU9A 1TLAA 1L91A 229LA 1L29A 1L85A 2B6WA 1G0LA 239LA 1L20A 140LA 1L73A 1L07A 141LA 1LI6A 1QTDA 213LA 1C6IA 1L76A 3HTBA 3JR6A 4LDEA 4I7MA 4W57A 3SB8A 1OVHA 3RUNA 1PQKA 1P5CA 1L83A 1D2WA 216LA 1L45A 2B70A 1L75A 3HH6A 4ARMB 1L87A 209LA 1L63A 1L31A 243LA 2B72A 1CU0A 1P2LA 173LA 1T8GA 2RB2X 1SX2A 4PJZA 1CV4A 113LA 4W56A 5LZMA 1L40A 1K28A 1L67A 1SWYA 2RBOA 2B6XA 1JTNA 142LA 1SX7A 4LDOA 2OE4X 1T97A 2OU9A 1C6AA 3G3XA 1OVKA 2RBNA 199LA 2Q9EA 3HDEA 1L77A 176LA 197LA 1L50A 3NYAA 1KY1A 168LA 238LA 1CVKA 1L38A 138LA 219LA 3VW7A 145LA 1T6HA 157LA 1D3JA 1L15A 3G3VA 1XEPA 4IAPA 190LA 2RH1A 1L13A 3G3WA 1L47A 4I7QA 1JTMA 1L02A 1CX6A 215LA 3HTDA 163LA 1L21A 183LA 1L60A 1QTCA 3DMZA 4LZMA 4I7RA 2OTYX 184LA 2B7XA 1L56A 187LA 1L65A 3PBLA 3LZMA 5I14A 177LA 258LA 4EPIA 1L0JA 1L98A 1CV5A 1XJTA 1DYGA 240LA 3SB7A 2OE9X 170LA 1LLHA 3QAKA 1SSWA 1P56A 3DMVA 2QARC 1KY0A 1LGXA 128LA 1LYFA 1OV7A 1D3FA 1QSBA 1QUDA 2O7AA 1PQIA 1QT4A 1LYDA 4W54A 1L01A 1C6DA 236LA 1L55A 1DYDA 210LA 1G06A 1NHBA 1L92A 1L99A 3GULA 146LA 178LA 1QTHA 1C68A 1C6BA 1L24A 195LA 1C69A 1C62A 2HUMA 3V2WA 1L97A 224LA 233LA 1C6MA 189LA 1OWYA 167LA 1L03A 1L53A 1KNIA 1LGUA 3ODUA 126LA 1C63A 1SSYA 1QT3A 1P46A 1L26A 1D9WA 104LA 192LA 3HUKA 123LA 1L51A 102LA 1C6GA 3HUQA 1L79A 119LA 1L74A 1L37A 1G0JA 1L89A 1OV5A 1WTHA 3HH3A 1LI2A 3OE0A 214LA 225LA 1G0GA 4ARJA 166LA 4EXMA 4EPFA 1L34A 4I7NA 3DN4A 188LA 4YXAC 1QT7A 1L12A 3CDVA 1CU5A 1CV0A 1LYJA 3UONA 1LGWA 2L78A 3GUOA 1CX7A 249LA 3C8RA 226LA 1L14A 1PQOA 254LA 1L94A 1DYBA 1CUQA 228LA 1P64A 139LA 3DNAA 2Z6BA 1JQUA 1G0KA 1QSQA 201LA 1L96A 1L30A 248LA 230LA 256LA 4S0WA 181LA 164LA 2IGCA 4I7PA 2ANXA 1L35A 4I7OA 3HDFA 1L48A 1LW9A 1PQDA 234LA 1L28A 1PQJA 147LA 206LA 1L64A 4W55A 3HH4A 1CU2A 1KS3A 4PK0A 1OYUA 1L88A 262LA 4EKSA 107LA 1C65A 1L04A 3C8SA 3SN6R 1PQMA 1C6HA 2B6YA 4W59A 1L33A 3F8VA 1DYCA 1G0QA 4OO9A 3GUNA 1DYEA 1ZWNA 3D4SA 3CDTA 4I7SA 1QS5A 191LA 4K5YA 4W58A 1C6EA 1G1VA 3DKEX 2LC9A 2RB1X 180LA 1L08A 1LI3A 251LA 3C8QA 1L81A 1P6YA 1L86A 1L54A 222LA 1D3MA 1C67A 1C6FA 3K2RA 109LA 2F47A 2O4WA 2B73A 4DKLA 1C66A 1T8FA 1ZURA 3NY9A 1QUOA 3SB9A 174LA 3OE6A 130LA 108LA 4W51A 4ZPUA 3C7YA 155LA 151LA 255LA 131LA 127LA 1L59A 1OVJA 2OE7X 1CTWA 2B74A 2OEAX 3C82A 1QTBA 3SB6A 196LA 3SB5A 175LA 1L57A 3DMXA 252LA 169LA 1C6CA 1D2YA 1L43A 3HT9A 3F9LA 3HT6A 198LA 2OTZX 186LA 1L93A 1L00A 1L69A 159LA 2B6TA 3HWLA 3OE8A 1C6QA 158LA 4ARQA 1C64A 3OE9A 2OU0X 1L66A 1ZYTA 1L61A 3HH5A 3FI5A 245LA 1L82A 1L25A 4DJHA 1LWKA 261LA 1QUGA 223LA 247LA 4EKQA 1P2RA 3GUMA 3RZEA 1L18A 1XJUA 3L2XA 1CU6A 1L90A 1I6SA 1OWZA 2RB0X 144LA 235LA 1G07A 3GUIA 1CV3A 172LA 1CV6A 3DN6A 4EJ4A 3HUAA 4W53A 160LA 1L05A 1C6LA 2HUKA 1KW7A 3DN8A 1L42A 122LA 1QT8A 3HT8A 4I7JA 3CDOA 2RBPA 3PDSA 112LA 3DN3A 161LA 3HTFA 2RAYX 1L11A 1LYIA 3EMLA 6LZMA 3SBAA 1P7SA 1C6TA 1C6NA 241LA 3DN0A 1L16A 137LA 1L17A 1D3NA 2LZMA 2OU8A 4ARQB 3L64A 3GUPA 2F32A 1SWZA 4I7LA 1L49A 171LA 165LA 125LA 2B6ZA 2HULA 1L62A 1LYGA 1DYFA 1QTZA 4YXCA 1EPYA 1L39A 1QTVA 152LA 1C60A 110LA 1L36A 1CV1A 3NY8A 3HT7A 220LA 1LPYA 244LA 4DAJA 3GUKA 232LA 182LA 162LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W1XA 1GB3A 4TTDA 1B7LA 1L70A 1IWTA 2ZYCA 150LA 1XFPL 4QDNA 2B75A 1QT5A 4OWCA 3GXKA 1GDXA 1CKHA 118LA 2RBQA 1ZMYL 1L58A 1L0KA 4YEOA 1L06A 231LA 1GEZA 2EQLA 1L80A 111LA 4XJFA 2RAZX 4N1EI 1UBZA 3C7ZA 3DN2A 1QT6A 4DQJA 4E97A 1HSWA 1V7SA 1GF0A 4MR1A 3TXBA 4I7TA 3RU5A 1L32A 1TCYA 4NFVA 2FBDA 217LA 4HJZA 2HTXA 2Q9DA 193LA 3AGHA 2QB0B 1VEDA 1FDLY 4HP0A 3B72A 3SBBC 259LA 2YBMA 1L27A 4LFXA 2F4GA 1B6IA 1SQ2L 5C6LA 246LA 1IORA 2Z18A 1L91A 229LA 1G0LA 1HEPA 3P65A 4HV1A 4DDBA 1L20A 1L73A 1T3PA 4PHIA 1L76A 4W57A 4I7MA 4ML7A 3RUNA 4J1BA 2BQLA 1L45A 4LYOA 1WQMA 3WULA 4ARMB 1L63A 1P2LA 4Z41A 1T8GA 4W96A 1B7MA 1KIRC 4ETAA 1K28A 1SWYA 1BWHA 1JTNA 1BB5A 3G3XA 2RBNA 4NHTA 1E8LA 4G4CA 2Q9EA 1VDTA 2YSSC 1YKZX 1CVKA 4LYBA 133LA 138LA 2A7DA 1AKIA 1T6HA 3D3DA 1D3JA 1L15A 1P2CC 3HFMY 4G49A 1VAUA 2RH1A 5D5FA 1L13A 1JTMA 215LA 4NHQA 1GBWA 4LZMA 2B7XA 3LZ2A 1XEKA 5LAFA 1NWGA 177LA 3LZMA 258LA 1L98A 1LSNA 1BHZA 170LA 3QAKA 5LYZA 2QARC 4O34A 1LSZA 1LZYA 1OV7A 1FLYA 1QSBA 4CJ2A 5B1GA 2O7AA 1QT4A 4B0DA 1LYDA 1OUIA 1JWRA 1C6DA 1JUGA 2G4PA 210LA 1LZSA 4H9BA 1GBOA 5I4WA 2BQCA 4OWHA 3BKHA 1RI8B 2BQMA 195LA 3FI7A 1TDYA 1IC7Y 1C6MA 1XGPC 5LVJA 1L53A 1GE3A 1KNIA 3ODUA 2D4KA 1BB6A 5KXSA 3TXIA 4GCEA 4H93A 4NWEA 123LA 4RW1A 1OUCA 1L51A 1LPIA 1C10A 1OV5A 3OE0A 5F16A 2ZYPA 225LA 2YBIA 1BWIA 5KXKA 4EXMA 4RLNA 3B6LA 1JITA 1LSEA 5I4YA 1LJNA 1GFUA 194LA 1FN5A 4D9ZA 2L78A 4E3UA 1LHIA 2I6ZA 1TAYA 5IDDA 1OUEA 1P64A 139LA 2BLXA 2ZILA 2Z6BA 5KXZA 4M4OA 1HMLA 5KXWA 4YOPA 1L30A 230LA 4S0WA 181LA 7LYZA 2HU1A 1PQDA 1L28A 147LA 4H8ZA 3HH4A 3RW8A 1L88A 262LA 3A3QA 4QGZA 1G7LC 2XQOA 1REYA 1HFXA 3RT5X 1UIDA 4XADA 1LSCA 1YAMA 2BQFA 1FKQA 1GF8A 1JTPL 3GUNA 3D4SA 4I7SA 5E4PA 4GCDA 1KXYA 4DD9A 2Z38A 1GE1A 1G1VA 1B5WA 1LJ4A 1L08A 1ZVYB 1OP9B 251LA 3C8QA 3M3UA 1L81A 1WVUA 3AJNA 1L86A 1L54A 1C67A 3K2RA 5LAGA 4WG1A 2DQJY 4DQ5A 1YAQA 3SB9A 174LA 2MEDA 1GFVA 4HTKA 4W51A 4ZPUA 3C7YA 1LYOA 127LA 4H8XA 4XJHA 1LZGA 4DDCA 1CKDA 2LZTA 4AXTA 1HHLA 3WW5A 5FELA 1B5YA 3DMXA 4NSHA 1IWYA 1C6CA 5D5CA 4L41A 1GB0A 186LA 1IR8A 1L00A 1LYYA 4NGIA 1LJHA 2LYMA 3HWLA 158LA 4YM8A 1C64A 3WU8A 4OOOA 3W6CA 4NG1A 3FI5A 1L82A 1GE0A 3A96A 1FBIX 3AW7A 1XJUA 1HFZA 1L90A 1I6SA 1OWZA 2RB0X 144LA 4RDSA 1G07A 1D6PA 1QUTA 3DN6A 4EJ4A 1HFYA 1G7JC 1KW7A 5F81A 122LA 1QT8A 153LA 3HT8A 1JHLA 2RBPA 1JSEA 2RAYX 2D4JA 3DN0A 4FDYA 1C6NA 241LA 1L16A 1LZRA 1L17A 4PPOA 2ZIJA 2OU8A 3WW6A 4I7LA 1L49A 165LA 125LA 3EXDA 1HEQA 1LYGA 1JJ1A 1DYFA 1QTZA 4YXCA 135LA 1DQJC 4NGYA 4WM1A 1W08A 1GB9A 3B0KA 4C5FA 4H92A 152LA 1C60A 3NY8A 1LMTA 2W1LA 1LPYA 4WL7A 182LA 4LDLA 3P66A 4DT3A 1LZDA 1L23A 3EO5A 1G0MA 2NTGA 2DQCY 115LA 1NQIA 129LA 4EKRA 1B2KA 4OW1A 3C81A 1LMNA 1GD6A 1LWGA 1A2YC 1GFAA 2CUUA 4DD3A 1LZTA 1L22A 1L09A 149LA 1G0PA 1KW5A 5IELA 143LA 154LA 1G1WA 4G9SA 1CUPA 4QY9A 250LA 4ETBA 1LHLA 1IOTA 1L68A 1T8AA 3RZ4A 2WARA 3RNXA 1B0DA 4XJDA 1LMCA 260LA 4I7KA 1C61A 2HEBA 3CDRA 3C80A 4W52A 4ARPA 4W94A 1LAAA 1P37A 3WUMA 1P3NA 2O79A 1IP6A 1AT5A 2RBSA 103LA 221LA 1GAZA 3HU8A 1B7RA 148LE 1L29A 2MEBA 3N9CA 1L85A 1OQMA 239LA 1L07A 1LI6A 1QTDA 3HTBA 3JR6A 4J1AA 5B59A 2HUBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1C6F A;  3K2R A;  109L A;  2F47 A;  2O4W A;  2B73 A;  4DKL A;  1C66 A;  1T8F A;  1ZUR A;  3NY9 A;  1QUO A;  3SB9 A;  174L A;  3OE6 A;  130L A;  108L A;  4W51 A;  4ZPU A;  3C7Y A;  155L A;  151L A;  255L A;  131L A;  127L A;  1L59 A;  1OVJ A;  2OE7 X;  1CTW A;  2B74 A;  2OEA X;  3C82 A;  1QTB A;  3SB6 A;  196L A;  3SB5 A;  175L A;  1L57 A;  3DMX A;  252L A;  169L A;  1C6C A;  1D2Y A;  1L43 A;  3HT9 A;  3F9L A;  3HT6 A;  198L A;  2OTZ X;  186L A;  1L93 A;  1L00 A;  1L69 A;  159L A;  2B6T A;  3HWL A;  3OE8 A;  1C6Q A;  158L A;  4ARQ A;  1C64 A;  3OE9 A;  2OU0 X;  1L66 A;  1ZYT A;  1L61 A;  3HH5 A;  3FI5 A;  245L A;  1L82 A;  1L25 A;  4DJH A;  1LWK A;  261L A;  1QUG A;  223L A;  247L A;  4EKQ A;  1P2R A;  3GUM A;  3RZE A;  1L18 A;  1XJU A;  3L2X A;  1CU6 A;  1L90 A;  1I6S A;  1OWZ A;  2RB0 X;  144L A;  235L A;  1G07 A;  3GUI A;  1CV3 A;  172L A;  1CV6 A;  3DN6 A;  4EJ4 A;  3HUA A;  4W53 A;  160L A;  1L05 A;  1C6L A;  2HUK A;  1KW7 A;  3DN8 A;  1L42 A;  122L A;  1QT8 A;  3HT8 A;  4I7J A;  3CDO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2W1X A;  1GB3 A;  4TTD A;  1B7L A;  1L70 A;  1IWT A;  2ZYC A;  150L A;  1XFP L;  4QDN A;  2B75 A;  1QT5 A;  4OWC A;  3GXK A;  1GDX A;  1CKH A;  118L A;  2RBQ A;  1ZMY L;  1L58 A;  1L0K A;  4YEO A;  1L06 A;  231L A;  1GEZ A;  2EQL A;  1L80 A;  111L A;  4XJF A;  2RAZ X;  4N1E I;  1UBZ A;  3C7Z A;  3DN2 A;  1QT6 A;  4DQJ A;  4E97 A;  1HSW A;  1V7S A;  1GF0 A;  4MR1 A;  3TXB A;  4I7T A;  3RU5 A;  1L32 A;  1TCY A;  4NFV A;  2FBD A;  217L A;  4HJZ A;  2HTX A;  2Q9D A;  193L A;  3AGH A;  2QB0 B;  1VED A;  1FDL Y;  4HP0 A;  3B72 A;  3SBB C;  259L A;  2YBM A;  1L27 A;  4LFX A;  2F4G A;  1B6I A;  1SQ2 L;  5C6L A;  246L A;  1IOR A;  2Z18 A;  1L91 A;  229L A;  1G0L A;  1HEP A;  3P65 A;  4HV1 A;  4DDB A;  1L20 A;  1L73 A;  1T3P A;  4PHI A;  1L76 A;  4W57 A;  4I7M A;  4ML7 A;  3RUN A;  4J1B A;  2BQL A;  1L45 A;  4LYO A;  1WQM A;  3WUL A;  4ARM B;  1L63 A;  1P2L A;  4Z41 A;  1T8G A;  4W96 A;  1B7M A;  1KIR C;  4ETA A;  1K28 A;  1SWY A;  1BWH A;  1JTN A;  1BB5 A;  3G3X A;  2RBN A;  4NHT A;  1E8L A;  4G4C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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