3HUQA

Thieno[3,2-b]thiophene in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3huqA00
1C6FA 1LGXA 2RBPA 1L91A 1CV1A 222LA 113LA 1CU3A 1DYCA 1L20A 4W53A 126LA 4EKPA 4I7RA 1C68A 4I7QA 3HDEA 242LA 1L94A 1JTMA 190LA 1G0MA 1L97A 1LWKA 1LYDA 192LA 4W55A 3HUKA 1L93A 1I6SA 1L59A 175LA 1OWZA 3SB6A 3C7YA 4AQNA 2RB1X 129LA 3G3VA 1QUGA 2RAZX 197LA 3C8SA 4LDOA 3C7ZA 3SBBC 108LA 2HUKA 3DN4A 1L90A 238LA 1L16A 245LA 233LA 1CV6A 1T8GA 4EKSA 3PDSA 3CDOA 1OVHA 1OV7A 234LA 1KW7A 262LA 2OEAX 2ANVA 1C69A 1JTNA 1D2YA 1KNIA 2NTGA 3HT7A 3NY8A 149LA 1ZURA 2NTHA 1QTHA 1LGUA 1CV4A 170LA 137LA 2B6XA 2OE4X 146LA 3OE0A 1L25A 256LA 1L64A 3HWLA 3FADA 1C6KA 3GULA 184LA 1CV5A 1P46A 2LC9A 2OTYX 1D3JA 4ARMB 209LA 1C6EA 168LA 1G0KA 161LA 200LA 2L78A 1QTBA 3DMXA 103LA 249LA 2HUMA 2B72A 1P2RA 3K2RA 1L06A 2ANXA 3DN0A 1QUOA 216LA 1K28A 248LA 163LA 1G1WA 247LA 4S0WA 1L05A 1SWZA 4DJHA 1L82A 3C7WA 1EPYA 214LA 165LA 143LA 3GUIA 3RZEA 1C67A 1L99A 3DN3A 180LA 1L0KA 147LA 1L98A 1L22A 3D4SA 3HH3A 1P5CA 213LA 1L41A 2RB2X 2OTZX 4W57A 3HTGA 3GUPA 3V2WA 1QTCA 3HTBA 3HU8A 173LA 1C6LA 4DKLA 1L66A 1LI3A 1T8FA 176LA 1C6HA 1LWGA 2CUUA 1OVKA 3C83A 1PQOA 3CDVA 5I14A 104LA 120LA 1L80A 2O79A 4EKRA 123LA 4ARJA 4EPFA 1L53A 166LA 4ARLA 4ARPA 139LA 1L03A 1L54A 1P56A 167LA 223LA 3L64A 244LA 1XJUA 1L37A 115LA 1L39A 1L38A 1C6AA 3HH5A 3HH6A 1C6TA 3PBLA 1C60A 107LA 4LDEA 1CV3A 1C6JA 4YX7C 1L35A 1L51A 1L19A 1L86A 3NYAA 142LA 1L63A 229LA 4I7PA 125LA 1D3NA 1L26A 1L84A 2B70A 196LA 1C61A 1LYEA 4K5YA 4I7TA 1CU6A 3DN1A 1L47A 3DN8A 1C63A 1L28A 1LPYA 1T6HA 1C6GA 1C6MA 2OE7X 1LLHA 1CV0A 1G1VA 1L88A 3HTFA 1L74A 1LYIA 1KS3A 1XJTA 1PQKA 219LA 1L89A 1QT8A 1L73A 2F47A 1PQDA 1G0PA 2F2QA 1QTDA 1L21A 3C8QA 1PQMA 2B6YA 109LA 118LA 1L02A 3SBAA 1OWYA 1P2LA 1L40A 4I7JA 4EJ4A 2RH1A 1QS9A 1L12A 1L49A 148LE 3C8RA 1LYHA 241LA 1L68A 1L0JA 250LA 2OU9A 1QUDA 1L61A 1L08A 4I7LA 4W52A 1KW5A 1C64A 1C6BA 261LA 4ARQB 1TLAA 1C62A 145LA 201LA 2B6WA 255LA 1SX7A 3SB5A 2B74A 1L48A 3DN2A 215LA 3SB7A 1L07A 2RB0X 102LA 1L81A 1L10A 1CU0A 3C81A 182LA 122LA 5LZMA 239LA 3FA0A 3HUAA 3OE6A 1LI2A 1QTVA 1P6YA 1CU2A 253LA 1CVKA 1CUQA 1CTWA 1CUPA 1CX6A 4GRVA 198LA 112LA 4EPIA 2B6TA 1L85A 254LA 158LA 1DYAA 1L56A 7LZMA 2LCBA 1L42A 3DN6A 1L34A 4W56A 1C6IA 1LYGA 1LYFA 1C6DA 1DYEA 1P64A 3CDTA 1C65A 218LA 1PQIA 257LA 3F8VA 110LA 1D9WA 1L50A 4LDLA 1L87A 1QT5A 2B73A 1QT3A 1L72A 3V2YA 114LA 1P36A 1L67A 6LZMA 151LA 237LA 3QAKA 130LA 185LA 2F32A 155LA 3GUMA 1L58A 3EMLA 1G0QA 3GUOA 1L79A 2LZMA 230LA 4GBRB 1JQUA 188LA 1L62A 231LA 3SB8A 119LA 111LA 162LA 138LA 159LA 1D3FA 221LA 235LA 3DMVA 174LA 2B7XA 141LA 1L29A 1NHBA 1L52A 3HH4A 181LA 160LA 4EKQA 1L27A 1L17A 3GUKA 1KY0A 224LA 3HT8A 1PQJA 2RBOA 3HDFA 2Z6BA 3C82A 3L2XA 1L55A 164LA 1SSWA 220LA 1L15A 1QT7A 4W54A 210LA 246LA 4ARQA 1L77A 4ARMA 144LA 3HTDA 1LGWA 3NY9A 178LA 1QT6A 3DNAA 4YXAC 169LA 1L65A 1L44A 2B75A 2OU0X 1L95A 1QSQA 2OU8A 4I7SA 227LA 1L36A 3DKEX 225LA 3SN6R 205LA 3OE8A 156LA 2Q9EA 1KY1A 1L92A 1C6NA 4W51A 4OO9A 1C6QA 1D3MA 189LA 1G06A 4IAPA 206LA 2RBQA 1L75A 3HU9A 1OYUA 252LA 259LA 1L09A 1DYFA 2OE9X 1WTHA 1C6CA 2Q9DA 131LA 1L46A 228LA 211LA 1L11A 1OV5A 3CDRA 3CDQA 1T8AA 3GUJA 2A4TA 251LA 4W59A 1L76A 1L24A 4I7KA 2HULA 2RBRA 3RUNA 191LA 2B6ZA 3DMZA 4YXCA 3VW7A 1P3NA 1G07A 217LA 1L13A 1L83A 2QARC 2O4WA 243LA 4I7NA 1C6PA 1L14A 157LA 1B6IA 1L04A 4W58A 2RAYX 236LA 212LA 1G0GA 1G0JA 1QTZA 4LZMA 1L71A 1T97A 4EXMA 127LA 1DYGA 171LA 1L60A 3UONA 3G3WA 1L18A 226LA 3GUNA 1SX2A 1QS5A 128LA 1QUHA 172LA 4DAJA 1LYJA 1QT4A 3HT9A 4PK0A 1LW9A 3SB9A 1ZWNA 3ODUA 2QB0B 152LA 1L00A 199LA 4I7MA 3FI5A 1L23A 186LA 195LA 1L31A 1L32A 1L33A 1L57A 3G3XA 4I7OA 4PJZA 4E97A 150LA 3LZMA 1D2WA 1P37A 240LA 1G0LA 1LI6A 1C66A 1L69A 3C80A 1L01A 258LA 1L45A 1DYDA 1L43A 1OVJA 260LA 1SWYA 2RBNA 2O7AA 4ZPUA 3F9LA 1SSYA 232LA 2IGCA 183LA 1CX7A 1P7SA 3HT6A 187LA 3JR6A 1DYBA 3OE9A 177LA 1QSBA 1ZYTA 3HUQA 140LA 1CU5A 2RBSA 1XEPA 1L96A 1L70A 1L30A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6FA 3HFMY 1G7JC 1LGXA 5DM9A 1WTMA 4I7QA 4QGZA 4FJRA 1JTMA 1LZBA 5FDJA 5KXMA 3N9EA 1JJ1A 1LWKA 1JSEA 1LYDA 175LA 5F81A 2RSCA 3C7YA 5LAFA 4ETEA 3HBEX 3W6EA 1GB9A 4LDOA 1LJ3A 4R0FA 3SBBC 1WQRA 108LA 1C7PA 1L16A 245LA 4EKSA 4PRQA 1B7PA 1JKAA 3CDOA 2D4KA 1JUGA 3CQLA 2OEAX 5F16A 3HT7A 4GCDA 1QTHA 3AW6A 4HP0A 1CV4A 2BPUA 1G7HC 1LZ5A 1L25A 3HWLA 3GULA 1TAYA 1IORA 4WO9A 1XGPC 4H9EA 5APDA 1VFBC 2DQCY 3B0OA 1D3JA 3B6LA 4ARMB 209LA 1YKYX 4ETAA 168LA 3LYMA 1LMNA 1DKJA 1P2RA 3TXFA 3DN0A 4RW1A 248LA 1YIKA 163LA 1YAMA 1FBIX 1GFEA 1DZBX 1IWTA 1C67A 180LA 1L0KA 1L98A 3HH3A 5FCPA 5LVKA 2RB2X 2OTZX 1QIOA 3HTBA 173LA 1C6LA 1B5WA 4M6DA 1L66A 1WQNA 3N9CA 1RJCB 3RT5X 2LZTA 3QE8A 2XJWA 1NF5A 3WVYA 3C83A 5I54A 4DDCA 4HPIA 5I14A 2YDGA 4EKRA 4EPFA 4ARPA 1IP6A 3RU5A 167LA 223LA 2WARA 244LA 1JISA 1IP2A 1XJUA 3T6UA 3A90A 3HH6A 5C6JA 1C60A 1HFZA 4YX7C 5KXKA 1UIGA 1L19A 1YL0X 4NSGA 142LA 1HENA 125LA 1D6PA 1HMKA 2D91A 4Z46A 5L3HA 1L26A 1HC0A 1HFXA 1YAQA 1B5XA 2IHLA 4UWVA 1LYSA 3DN1A 1L47A 2DQDY 1GB3A 2OE7X 1LLHA 1CV0A 2BQCA 4YF2A 1NDGC 4KL7A 1L73A 3WXTA 1CKDA 3B0IA 4H92A 4RLMA 5E9RA 4NGWA 1QTDA 4TTDA 1ZMYL 1PQMA 2B6YA 1QDTA 5LAGA 1OWYA 2RH1A 3B0KA 241LA 1GE4A 1LSAA 1LZ9A 5F9XA 1FKVA 4ZIXA 261LA 1I56A 1TLAA 4ARQB 145LA 201LA 1L48A 3WPKA 1D0KA 1FLYA 1CU0A 182LA 1UIEA 7LYZA 2W1XA 1HEOA 3OE6A 1QTVA 1P6YA 4GCCA 1CU2A 1CVKA 1CTWA 5I4WA 4EPIA 4LYTA 1B0DA 1TEWA 3DN6A 1GFVA 5LXWA 1P64A 1LZTA 3RW8A 1BWHA 4B4IA 1PQIA 4H9AA 3WH1A 3TXHA 5C6LA 4LDLA 2MECA 4WM3A 2D6BA 4HV2A 1OQMA 4B4EA 1L72A 3A96A 1P36A 6LZMA 1A4VA 237LA 5HNCA 1HSXA 1L58A 1FDLY 3EMLA 1GBWA 1FLUA 111LA 4LZTA 4WLXA 162LA 4NG1A 221LA 1NWGA 1WQMA 174LA 4DD9A 4H9IA 2LYOA 1GFGA 4XJGA 1NHBA 4RLNA 2XTHA 1GE3A 1L27A 3GUKA 3P68A 1YANA 1MELL 3L2XA 4G9SA 1L55A 220LA 3WU8A 2F4GA 1L15A 5LIOA 1BHZA 4ARMA 1LGWA 3NY9A 4B4JA 1QT6A 3DNAA 4YXAC 1L65A 4HPEA 3TMWA 5DN5A 1L36A 225LA 3SN6R 205LA 156LA 2DQFC 1KY1A 4W51A 2BQJA 4OO9A 1C6QA 189LA 1G06A 5ILFA 2RBQA 4H9CA 3HU9A 4XJDA 259LA 5KXRA 1L09A 4OWBA 1REXA 1LSNA 1B5UA 2OE9X 1IIZA 1ALCA 1GFTA 3W6AA 2H9JA 1IP7A 2BQOA 3CDRA 5I5QA 3GUJA 251LA 4I7KA 1LOZA 1OUAA 2BQIA 3RUNA 2B6ZA 3LHMA 217LA 1IC4Y 3P65A 2QARC 2DQAA 4I7NA 3WL2A 1QSWA 3IJUA 1F10A 2C8PA 236LA 153LA 4NGYA 1G0JA 4LZMA 1LKRA 1L71A 1BWIA 4EXMA 1DYGA 4LT0A 1YILA 3UONA 1L18A 1QS5A 3TMVA 4AXTA 4PJ2C 3ODUA 152LA 4H8YA 1L31A 1L57A 5KXSA 2BQDA 4HV1A 3LZMA 1G0LA 4LYZA 2FBDA 1L45A 1DYDA 1L43A 1OVJA 2HUBA 1FN5A 4WG1A 4XJHA 3F9LA 1GAZA 5C6IA 1TDYA 4LFXA 1KXWA 1IY3A 3HT6A 187LA 1HEMA 1DYBA 177LA 3AB6A 2RBSA 1XEPA 4E3UA 2Y8PA 4NHIA 1J1OY 3LZ2A 1W6ZA 1GFHA 222LA 4MSTA 4HJVA 2MEFA 1GHLA 4I7RA 4NHTA 1LJIA 3BKVA 242LA 1L94A 4C3WA 1UCOA 3TMUA 4NGKA 5DL9A 4DQJA 1YQVY 192LA 4W55A 3CSZA 5F9UA 4AQNA 4WG7A 2DBTA 129LA 2FYCA 1NDMC 2RAZX 3LYZA 1YAOA 197LA 1LJ4A 1IWXA 2HUKA 1C46A 4WL6A 3DN4A 1L90A 1JHLA 4H93A 1XGUC 1CV6A 1T8GA 4LYMA 3PDSA 1UACY 1KW7A 1GF6A 2YBNA 3NY8A 3TMXA 1SQ2L 149LA 4TX7A 3ATNA 2B6XA 1LJJA 1LZRA 146LA 4NWEA 3ZVQA 1L64A 5HQ1A 4YENA 2G4QA 5LA5A 4WM6A 4H1PA 2OTYX 4WOAA 4J1BA 1AKIA 1UICA 2BQNA 4BAFA 1LHMA 1JIYA 1GBYA 4GN3A 2HUMA 1LZ4A 3K2RA 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5LYZA 1REZA 1B7SA 1BB5A 114LA 3AZ6A 151LA 4OWAA 2FYDA 1LJEA 2F32A 155LA 1JTTL 3GUMA 4XN6A 1L79A 230LA 4LFPA 119LA 1UIAA 4NWHA 4GLVA 1RE2A 138LA 1NQIA 159LA 4TUNA 1IOSA 2B7XA 3P64A 1JTOL 2BLYA 1LZ8A 2MEAA 5HLLA 4KXIA 4EKQA 3W6CA 1L17A 4NGJA 3HT8A 224LA 4N5RA 1PQJA 2RBOA 2Z37A 4G4BA 1L77A 1LZSA 144LA 1OP9B 1GE2A 5B06A 4MCKA 1L44A 5B59A 5LYTA 3B72A 5KY1A 227LA 3DKEX 2BQMA 4EOFA 3OE8A 1C45A 1L92A 5A3ZA 4IAPA 3IJVA 2ZIKA 3WW6A 1L75A 4P2EA 1GFRA 1IEEA 4N9RA 1WTHA 2Q9DA 1L46A 3WUAA 1GF4A 4C5FA 1L11A 4ETDA 2I25L 3EO5A 1IC7Y 3CDQA 1T8AA 1L76A 1IWWA 4XJBA 191LA 1G07A 5KXTA 4NHPA 5APFA 1L14A 2DQHY 3WW5A 4H8ZA 1B7RA 1ZV5L 4WM4A 212LA 1G0GA 1GXV2 1REMA 1LMOA 4XADA 5FELA 3TXGA 132LA 226LA 1LMAA 1QUHA 4DAJA 1TCYA 3HT9A 4YM8A 3A6CY 4PK0A 1ZWNA 3ZVQB 4OOOA 2EKSC 2QB0B 5II3A 199LA 1HEQA 186LA 1ZVYB 4GN5C 3G3XA 4PJZA 2BQLA 1D2WA 240LA 1DPXA 3C80A 258LA 4YEMA 1QUTA 260LA 4IATA 1CNSA 4NGOA 4Z98A 2N5ZA 232LA 2IGCA 1VDTA 4LT2A 1GF3A 4OWHA 3AZ7A 1OUIA 1L96A 1L70A 4DQ7A 1CJ9A 2RBPA 1L91A 1IP4A 113LA 2MEIA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6F A;  3HFM Y;  1G7J C;  1LGX A;  5DM9 A;  1WTM A;  4I7Q A;  4QGZ A;  4FJR A;  1JTM A;  1LZB A;  5FDJ A;  5KXM A;  3N9E A;  1JJ1 A;  1LWK A;  1JSE A;  1LYD A;  175L A;  5F81 A;  2RSC A;  3C7Y A;  5LAF A;  4ETE A;  3HBE X;  3W6E A;  1GB9 A;  4LDO A;  1LJ3 A;  4R0F A;  3SBB C;  1WQR A;  108L A;  1C7P A;  1L16 A;  245L A;  4EKS A;  4PRQ A;  1B7P A;  1JKA A;  3CDO A;  2D4K A;  1JUG A;  3CQL A;  2OEA X;  5F16 A;  3HT7 A;  4GCD A;  1QTH A;  3AW6 A;  4HP0 A;  1CV4 A;  2BPU A;  1G7H C;  1LZ5 A;  1L25 A;  3HWL A;  3GUL A;  1TAY A;  1IOR A;  4WO9 A;  1XGP C;  4H9E A;  5APD A;  1VFB C;  2DQC Y;  3B0O A;  1D3J A;  3B6L A;  4ARM B;  209L A;  1YKY X;  4ETA A;  168L A;  3LYM A;  1LMN A;  1DKJ A;  1P2R A;  3TXF A;  3DN0 A;  4RW1 A;  248L A;  1YIK A;  163L A;  1YAM A;  1FBI X;  1GFE A;  1DZB X;  1IWT A;  1C67 A;  180L A;  1L0K A;  1L98 A;  3HH3 A;  5FCP A;  5LVK A;  2RB2 X;  2OTZ X;  1QIO A;  3HTB A;  173L A;  1C6L A;  1B5W A;  4M6D A;  1L66 A;  1WQN A;  3N9C A;  1RJC B;  3RT5 X;  2LZT A;  3QE8 A;  2XJW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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