The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
46
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sequence length |
129
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structure length |
129
|
Chain Sequence |
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Comparison of lysozyme crystals grown by APA and classical hanging drop method
rcsb |
| molecule keywords |
Lysozyme C
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
46
|
| structure length |
129
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| sequence length |
129
|
| ec nomenclature |
ec
3.2.1.17: Lysozyme. |
| pdb deposition date | 2009-08-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00062 | Lys | C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lysozyme | Lysozyme |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NMM A; 4J7V A; 1FKQ A; 2D4J A; 2YVB A; 2MEE A; 4H91 A; 4J1B A; 1UAC Y; 2Z38 A; 1GB0 A; 1IWX A; 2ZNW Y; 2HED A; 5KY1 A; 1QTE A; 1UIE A; 3AZ6 A; 4NGL A; 3W3E A; 5KXM A; 3W6B A; 1I1Z A; 1VFB C; 5DLA A; 4NGI A; 3TXI A; 1UA6 Y; 1LYZ A; 1WQQ A; 1GB8 A; 2LZT A; 4GN4 A; 4H8X A; 4TX7 A; 4XJI A; 3WL2 A; 3A94 A; 5HMV A; 1ALC A; 1GB3 A; 1GE3 A; 1LZ4 A; 4LT2 A; 4LYM A; 4WLX A; 1LYS A; 134L A; 4KXI A; 1DZB X; 3RNX A; 2DQE Y; 4LT3 A; 3HFM Y; 1GD6 A; 5APF A; 6LYT A; 1CJ7 A; 4N8Z A; 4NY5 A; 4GCD A; 3AGI A; 1UIA A; 3HBD A; 1KIP C; 4H8Z A; 1YAP A; 2Y8P A; 2BQD A; 4DDC A; 2MEH A; 1OUI A; 5E9R A; 4UWU A; 5M1Y A; 1BVK C; 1OUC A; 4RLM A; 2LYZ A; 1LJI A; 3AZ5 A; 3WVX A; 2YBI A; 1DPX A; 135L A; 1C10 A; 1JHL A; 1SLY A; 3A6C Y; 1QDR A; 3QE8 A; 3WUM A; 5LVG A; 4ETB A; 3BKV A; 1BWI A; 4G4H A; 5HNC A; 2B5Z A; 2MEB A; 3EBA B; 1IP2 A; 1OUB A; 3A91 A; 1CJ6 A; 1IY4 A; 2MEA A; 1IWU A; 1WQM A; 5FST A; 1JKB A; 3FI7 A; 4WL7 A; 1RJC B; 2CGI A; 1IIZ A; 4NGJ A; 3TXE A; 1EQE A; 1RE2 A; 4YOP A; 2W1M A; 5KXY A; 5KXR A; 4N0J A; 4NHI A; 1WTN A; 1DPW A; 1FLQ A; 1KXX A; 1QTK A; 4KL7 A; 5KXW A; 4LT0 A; 1B7N A; 5B1F A; 4WG1 A; 1LSD A; 3WUA A; 4W94 A; 1OUE A; 2ZNX Y; 1SQ2 L; 4H9C A; 1IP7 A; 1LPI A; 4GN5 C; 5I54 A; 5LYT A; 1TAY A; 2ZQ4 A; 3A3Q A; 4TWS A; 4AXT A; 1GF8 A; 4IJ4 A; 3P66 A; 4LFP A; 4DYG A; 5LYM A; 4NGV A; 1B5X A; 1BGI A; 1WQN A; 3T36 A; 4DDB A; 5LVJ A; 5FCP A; 2Z2E A; 207L A; 2XBR A; 2BQO A; 2A7F A; 1LMN A; 4HTK A; 1VED A; 3TXG A; 1HEM A; 3WH1 A; 4PPO A; 3AGH A; 1DKJ A; 1QIO A; 5F81 A; 3ZVQ A; 3B6L A; 4GCF A; 3WYH A; 1GFV A; 2AUB A; 1LZY A; 4TUN A; 5F14 A; 1LSA A; 3WW6 A; 1WQO A; 3N9C A; 1LJE A; 1HFY A; 1OP9 B; 1CKD A; 3TMW A; 4ML7 A; 1PZY A; 3KAM A; 1GF4 A; 5FHW A; 5C6J A; 3IWR A; 2IFF Y; 4TTD A; 1JIS A; 1QQY A; 4YEM A; 3LYO A; 1LSC A; 3AB6 A; 3WUL A; 154L A; 3QY4 A; 4LYZ A; 4NEB A; 3AYQ A; 4WLD A; 1IWW A; 4X3B A; 1LZ8 A; 1LMO A; 1JWR A; 1JUG A; 4WM1 A; 1KXY A; 1CKH A; 4WL6 A; 4HV1 A; 4DD0 A; 2W1X A; 5L3I A; 1BQL Y; 1GWD A; 1LSY A; 4WG7 A; 1LJ4 A; 1YKZ X; 1LYO A; 4EOF A; 4MST A; 4WLT A; 1DQJ C; 1IWT A; 1HFX A; 5B07 A; 5ILC A; 3CSQ A; 1YIL A; 3AW6 A; 1GXV 2; 5KXN A; 1GF0 A; 1HEN A; 1UIF A; 1LSF A; 1G7I C; 1P2C C; 3RW8 A; 1UCO A; 3WPJ A; 1LSG A; 3LZT A; 1MEL L; 1LZA A; 2VB1 A; 1GB9 A; 3W6A A; 1JIT A; 1IP1 A; 2G4P A; 3CQL A; 5EBH A; 2HEC A; 2ZWB A; 2CDS A; 4A7D A; 2BQC A; 1CJ9 A; 2LHM A; 4B0D A; 4BS7 A; 4RDS A; 4E3U A; 3WMK A; 2D91 A; 4ZFP A; 5KJ9 A; 2FBD A; 4CJ2 A; 4H8Y A; 3LHM A; 1Z55 A; 4Z3M A; 1XEJ A; 4XYY A; 4H9A A; 2LYO A; 1XGP C; 2A7D A; 2IHL A; 4PRU A; 3B0I A; 2LZ2 A; 5FEK A; 1LZB A; 1B5V A; 5D5C A; 1REX A; 3A3R X; 1NBZ C; 1D9U A; 1UIH A; 4OWB A; 4C3W A; 4OWH A; 4WMG A; 2BQJ A; 1BWH A; 2F4A A; 3A92 A; 3ZEK A; 4BAF A; 1GBS A; 4HPE A; 5HLL A; 1GB2 A; 4UWN A; 1MLC E; 5FDJ A; 1B2K A; 1C08 C; 4I8S A; 3N9E A; 1PS5 A; 4NGK A; 2MEG A; 1REZ A; 3ATN A; 1LHM A; 1QSW A; 3G3A B; 4HJV A; 4G49 A; 1GDW A; 4NG1 A; 4NSJ A; 3P68 A; 1GAZ A; 1UIB A; 1BHZ A; 2FBB A; 1JJ3 A; 1B7O A; 4GCC A; 3A6B Y; 2Z2F A; 1LMC A; 4HTQ A; 3WU8 A; 1REY A; 2DQF C; 1GFT A; 2DQI Y; 1BB6 A; 2W1L A; 1JTP L; 1LAA A; 2YSS C; 4MCK A; 1B7M A; 4NIJ A; 2DQD Y; 194L A; 3WXU A; 5JEN B; 1B0D A; 4DD2 A; 3TXK A; 4H9I A; 2W1Y A; 1HC0 A; 4LGK A; 1IR7 A; 1I56 A; 3LZ2 A; 1JJ1 A; 1YAM A; 5KXO A; 3M3U A; 2Z19 A; 1T6V L; 1HNL A; 2BLY A; 3CSZ A; 3P64 A; 2BLX A; 4H9H A; 4XJF A; 4EMN A; 1A2Y C; 1GFH A; 2YBM A; 1LTM A; 3E3D A; 1IWZ A; 3TMV A; 1ZVH L; 193L A; 2DQG Y; 3M18 B; 4R6C A; 1CJ8 A; 3TMX A; 1D0K A; 5LXW A; 2Q0M X; 1GEV A; 4M6D A; 5A3E A; 1IC5 Y; 4MR1 A; 3CT5 A; 4FDY A; 3AGG G; 1GPQ C; 4WLY A; 1GEZ A; 5AMY A; 1NKH A; 1YL0 X; 1IP4 A; 4NWE A; 1F6S A; 5LAG A; 1LOZ A; 4NG8 A; 1HEL A; 4LFX A; 1IP5 A; 1GBY A; 3W6C A; 1LKR A; 4QY9 A; 5KXS A; 3WVY A; 3LN2 A; 3D3D A; 3TMU A; 2LYM A; 1UIG A; 5LIN A; 1NWG A; 1B5U A; 1GB5 A; 4N9R A; 1GXX A; 3ULR A; 2BQB A; 1JSF A; 2C8O A; 4C5F A; 1UBZ A; 3LYT A; 2YBH A; 3W6D A; 1NHE A; 2HEE A; 5F9U A; 1GBO A; 2XTH A; 1NBY C; 1HER A; 3FE0 A; 4NGZ A; 2MEI A; 2BQM A; 1D6Q A; 1IC7 Y; 1LMT A; 3B0K A; 5LVI A; 1WVU A; 3P4Z A; 3WXT A; 4PJ2 C; 3W6E A; 1XGR C; 1GB7 A; 1GBZ A; 4LYB A; 4WM3 A; 4NWH A; 1E8L A; 3EXD A; 4BAP A; 1AM7 A; 3RU5 A; 3WPL A; 5KXT A; 5K7O A; 1J1P Y; 4H9E A; 3A95 A; 4XJG A; 1BB3 A; 1LSP A; 1J1O Y; 2MEF A; 1N4F A; 3ZVQ B; 1NQI A; 1LZR A; 1UID A; 1F10 A; 4NGO A; 1DXJ A; 1GBW A; 4HP0 A; 1H6M A; 4ETD A; 1GHL A; 2Z18 A; 1LZ1 A; 1BB5 A; 1JSE A; 4RW1 A; 5I4W A; 3J6K A; 1UUZ C; 5C6I A; 1JKA A; 1IP3 A; 1TDY A; 2EIZ C; 4XJD A; 2BPU A; 4DWX A; 1LYY A; 1LZC A; 2XBS A; 4HPI A; 4ANR A; 4B1A A; 1GF5 A; 4B4J A; 4DDA A; 1LJN A; 4CFP A; 4KPM A; 2EKS C; 5FEL A; 1LMP A; 2I25 L; 1GE1 A; 1RCM A; 2BQA A; 3A93 A; 3TXH A; 2BQF A; 4ZEE A; 5KXZ A; 4DD7 A; 1G7M C; 1VDP A; 2FYD A; 3A96 A; 4NFV A; 1GFU A; 4YM8 A; 5HMJ A; 4UWV A; 5IEL A; 1GFR A; 132L A; 1IC4 Y; 2BQE A; 3TXF A; 1XEI A; 4IAS A; 2F4G A; 4WM4 A; 4ET8 A; 4LT1 A; 4NSI A; 1QDT A; 2D4I A; 1LJH A; 1OUF A; 3AZ4 A; 1FBI X; 3TXJ A; 1IVM A; 1T3P A; 1INU A; 1IWV A; 208L A; 4NHS A; 3WU9 A; 4U3X B; 1GDX A; 4D9Z A; 2ZIK A; 2BQH A; 1D0M A; 3AZ7 A; 1NF5 A; 1LZ5 A; 1GFK A; 2XJW A; 3IJU A; 3WUN A; 1YIK A; 3SP3 A; 2HEB A; 3G3B B; 9LYZ A; 1JKC A; 1LZS A; 3TXD A; 1F0W A; 4PGJ B; 5HNL A; 1LJF A; 4LYC A; 4NHP A; 1CKC A; 2ZQ3 A; 1WVV A; 1YAQ A; 4GCB A; 4J1A A; 1IOR A; 5DN5 A; 4LZT A; 1HHL A; 1V7T A; 4I0C A; 4Z41 A; 1HEQ A; 1YAO A; 1HEP A; 4Z98 A; 5L3H A; 1FDL Y; 2C8P A; 3GXK A; 3GXR A; 4LYO A; 4HTN A; 2X0A A; 1YRO A; 5DL9 A; 3EO5 A; 2CJL A; 2ZYC A; 1FLU A; 1IO5 A; 1H87 A; 2PC2 A; 1B7S A; 4N1C C; 4CGE A; 4DD9 A; 1LSN A; 1RI8 B; 1YKY X; 2H9K A; 1I20 A; 1LKS A; 3LYZ A; 4ZIX A; 4H93 A; 2D4K A; 5B05 A; 1IWY A; 5KXK A; 4OWE A; 1YKX X; 1B7Q A; 1QUS A; 2FYC A; 2DKV A; 3K3T A; 1JPO A; 4H9B A; 1A4V A; 1WQR A; 1EL1 A; 1TCY A; 2BQK A; 3CT0 A; 3VWO A; 3WU7 A; 4G4B A; 5LIO A; 1LJ3 A; 5L9J A; 1JEF A; 1LJG A; 3EMS A; 5I4Y A; 5LA5 A; 4B49 A; 5LAF A; 2H9J A; 3AW7 A; 4QGZ A; 5LVK A; 4QEQ A; 5II3 A; 1YQV Y; 1AT6 A; 1HFZ A; 1UIC A; 4YEO A; 2DQJ Y; 3AJN A; 4PHI A; 1FLY A; 2HEA A; 1B9O A; 2Z39 A; 1LZD A; 1TBY A; 2N5Z A; 1RFP A; 1C45 A; 1HMK A; 1GE2 A; 4BAD A; 7LYZ A; 153L A; 3CT1 A; 4IAT A; 1XSF A; 4P2E A; 5E4P A; 4HJY A; 4HJZ A; 1VDQ A; 2H5Z A; 1ZV5 L; 4B4I A; 3ATO A; 3CB7 A; 4H94 A; 4WM2 A; 1BB4 A; 5B59 A; 1LJJ A; 4WM5 A; 4G9S A; 2CWI A; 3RZ4 A; 1LZT A; 3J4G A; 4NGW A; 1XFP L; 4B4E A; 1ZMY L; 4XJH A; 4J0L A; 4OOO A; 1EQ4 A; 4HSF A; 4PRQ A; 2HEF A; 4WM6 A; 1IR9 A; 1LHH A; 3P65 A; 4L41 A; 2Z12 A; 1OQM A; 5F16 A; 5C6L A; 1TEW A; 1VAT A; 2BQN A; 3BKH A; 1G7H C; 3B72 A; 5T3F A; 1W6Z A; 1C46 A; 2D6B A; 2NWD X; 1BVX A; 5KKJ A; 3CSR A; 1DI4 A; 1VAU A; 1BWJ A; 1LCN A; 2WAR A; 1IOT A; 3N9A A; 4KT3 A; 5LA8 A; 2RSC A; 1OUA A; 4DC4 A; 2DBT A; 1IEE A; 4CFO A; 1LSB A; 1IX0 A; 2DQA A; 2F2N A; 1GFG A; 5KKI A; 5APE A; 4NHQ A; 4WOA A; 4TSC A; 1LZG A; 1LZ6 A; 1WTM A; 4QDN A; 4R0F A; 4DD3 A; 1JKD A; 4W96 A; 1OUD A; 4OOT A; 1HML A; 4NSG A; 4WO9 A; 4CHX A; 4Z46 A; 1LHK A; 1OUH A; 1IOQ A; 3D9A C; 4GLA A; 1GF3 A; 3OK0 A; 4XEN A; 133L A; 4FJR A; 4XJB A; 1GBX A; 2DQH Y; 4N1E I; 3LYM A; 1IY3 A; 1O23 A; 3IJV A; 5IDD A; 3RT5 X; 1LJK A; 4YEN A; 6LYZ A; 2YBJ A; 3A8Z A; 1AT5 A; 4H1P A; 1XGT C; 2HTX A; 1LHJ A; 1B7L A; 1GFE A; 1FKV A; 1JIY A; 1LSZ A; 1VDT A; 1LMA A; 4OWA A; 4OW1 A; 2BQG A; 1JJ0 A; 5LYZ A; 1HF4 A; 4G4C A; 1OUJ A; 1GE0 A; 1QUT A; 1EQ5 A; 5DM9 A; 5I4X A; 2EQL A; 4HV2 A; 3OJP A; 5ILF A; 1NDM C; 1KXW A; 1V7S A; 2GV0 A; 2MEC A; 2YDG A; 5KXX A; 1B5Y A; 1XEK A; 2DQC Y; 1HEO A; 2ZIJ A; 5B06 A; 3QNG A; 1GF7 A; 4TSB A; 1GE4 A; 4OWC A; 5KXL A; 4XN6 A; 5D5F A; 1YL1 X; 4XAD A; 1GFA A; 5APC A; 4ETC A; 2HU3 A; 2HUB A; 5I53 A; 4GCE A; 1LHI A; 3A67 Y; 3WW5 A; 3F6Z A; 1LHL A; 1FLW A; 1XGU C; 1LSE A; 1XGQ C; 4ET9 A; 8LYZ A; 3T6U A; 1DI3 A; 1LZ9 A; 1D6P A; 4WO6 A; 2BAA A; 5APD A; 1KIR C; 2G4N A; 4H9F A; 4RLN A; 1G7J C; 1GB6 A; 1B5W A; 4RW2 A; 2BQI A; 1CNS A; 2G4Q A; 4GN3 A; 1GFJ A; 1WQP A; 1ZVY B; 1JTT L; 3MGW A; 5F9X A; 1F6R A; 1C7P A; 1QSA A; 2ZIL A; 1IOS A; 2I26 L; 1IR8 A; 1FN5 A; 1AZF A; 1GF9 A; 4GLV A; 1AKI A; 1HSX A; 1D0L A; 4II8 A; 3WPK A; 2MED A; 1NDG C; 4NGY A; 2YBL A; 4O34 A; 4AGA A; 1DI5 A; 2EPE A; 1BB7 A; 3A90 A; 5LVH A; 1G7L C; 4DT3 A; 1VDS A; 1IOC A; 1B7R A; 1LZN A; 2YBN A; 1YAN A; 4DD1 A; 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