3IJUA

Chicken egg white lysozyme by highly ordered apa (anodic porous alumina) nanotemplate crystallization method
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of lysozyme crystals grown by APA and classical hanging drop method
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ijuA00
4J7VA 2HEAA 2XTHA 1LZCA 1YANA 5LAFA 1IP5A 3D3DA 4WLDA 1LZAA 1C43A 4O34A 3N9EA 5I54A 2MEDA 1YKYX 1Z55A 4L41A 1IWXA 1JEFA 4CFPA 4LGKA 2YBNA 2W1YA 2PC2A 1UIDA 2Q0MX 3IJUA 4NSIA 2BPUA 2Z12A 4DD3A 2MEFA 3RZ4A 1D9UA 4QGZA 3W6FA 4OWEA 4GCEA 4II8A 1EQ5A 4DD9A 2HTXA 5D5FA 4GCFA 1GFGA 1JKDA 1LZRA 3WU9A 1F0WA 1IO5A 1B5ZA 2BQCA 4D9ZA 1LSFA 2DQEY 4FDYA 2H5ZA 1B5WA 3RW8A 5KJ9A 4XADA 5LVJA 1MLCE 1VAUA 5B59A 4LYZA 4YEMA 1LHMA 1HNLA 1LJFA 1AT6A 2Z39A 5HMJA 4NG8A 1TCYA 5LYZA 2XBRA 4LT1A 3N9CA 4TUNA 1LSYA 1WVVA 4HSFA 5FEKA 8LYZA 1BHZA 1J1OY 3LYMA 5AMYA 5I4WA 3B72A 3AGHA 1IWUA 2IHLA 1REZA 1WTNA 4HPIA 9LYZA 4WO6A 1DQJC 1XFPL 2F4GA 1RI8B 4WOAA 4WL7A 2ZIKA 1HEMA 1XEKA 1GB9A 4NHSA 1IP7A 1VDTA 1WQQA 4G4BA 1LHIA 3TXJA 5FCPA 3K3TA 3EXDA 1B7RA 4DDAA 4GLAA 4WLYA 1HSXA 4DD0A 1CNSA 3GXRA 1GFEA 4MSTA 5F9UA 3VWOA 3AYQA 1GWDA 1LYZA 1IP6A 4RW1A 2RSCA 4H90A 2ZQ3A 5DN4A 1IWZA 4NSJA 5LA8A 4B49A 1LSMA 3LHMA 1VDSA 4WM3A 6LYZA 1HEPA 2MEGA 1LZ4A 1LHJA 4P2EA 2BQLA 3W6CA 4RLMA 2MEAA 4H9IA 1AM7A 4H92A 1BB4A 4XENA 1IOSA 1UIFA 1GFUA 2CJLA 5I5QA 2YSSC 1LZGA 1I20A 3RNXA 1GF5A 2B5ZA 1TEWA 133LA 1WVUA 5ILFA 1GXXA 5KXYA 1JSFA 2YBMA 4TX7A 1RE2A 4WLXA 5KKIA 4EOFA 1LJIA 1BWJA 3CT5A 1SQ2L 4I8SA 4HPEA 4KL7A 4ML7A 1LYYA 2HU3A 5T3FA 2A7DA 3A34A 3A6CY 4XJIA 4ZFPA 1B5XA 5KXLA 1CKFA 4B4JA 1MELL 2ZNWY 5I4XA 1CJ9A 1QDRA 2BLXA 4WM1A 3IJVA 1OUGA 3B0OA 2FYDA 4J1BA 1LCNA 1NQIA 2F2NA 2FBDA 1VDPA 5D5CA 5LAGA 1CKDA 1QUTA 4R6CA 1HMKA 3WW6A 1WQMA 4WL6A 5A3ZA 2I25L 4G4HA 4H9CA 1ZVYB 2Z2FA 4YENA 4HJZA 5DL9A 1CKGA 1GD6A 3RT5X 2NWDX 3TXBA 1QTEA 4NG1A 4WG7A 1ZV5L 4TWSA 3AZ7A 3WXUA 2DQCY 3WUMA 1TBYA 2Z19A 3A94A 1JPOA 1DI5A 1D6PA 1LZ1A 2X0AA 4NIJA 2D91A 4C5FA 4NGWA 3WU8A 1XGUC 1XGTC 2D4KA 1HSWA 1HHLA 2MEBA 3AZ5A 3HBHA 4PRUA 3E3DA 1KXXA 3KAMA 4WLTA 1G7JC 1IY4A 1HMLA 1YAMA 1DZBX 3TMXA 5J7CA 3B6LA 1LSAA 4UWVA 1YAQA 1H6MA 5KXNA 1E8LA 4LFPA 1DPWA 1FLYA 1LZEA 4PGJB 5FSTA 1GDXA 3A67Y 4NSHA 4WG1A 1WTMA 4ETCA 2WARA 4M4OA 1IOTA 1KXWA 1YROA 4AGAA 2D4JA 2BLYA 1W08A 1LKRA 1XGPC 2G4NA 5F81A 4B1AA 1LPIA 2YBLA 153LA 1OUEA 1VEDA 3RU5A 4NGLA 4LYCA 4CFOA 5E9RA 3TXDA 4B4EA 1GF9A 2IFFY 1UIGA 5L9JA 6LYTA 1BB7A 1B7LA 1YAPA 1LMOA 3WXTA 4GCCA 1F6SA 4HTQA 3A95A 3HBDA 1B7NA 1FBIX 207LA 2BAAA 3BKVA 3CSZA 4X3BA 3G3BB 4ET9A 1IP4A 1D0LA 1OUFA 2HUBA 1LZTA 5M1YA 1LZ6A 2ZYCA 4H8XA 1YL1X 3WPLA 1IR7A 1JTOL 2LYMA 2YBIA 4BAPA 1LSZA 3HFMY 3ZVQB 3LYTA 1REXA 4N8ZA 4Z41A 1OUDA 2MEIA 2W1LA 1GE4A 2ZYPA 4ANRA 4NFVA 2C8OA 2BQFA 1LJKA 2CWIA 3ATOA 1IR8A 4HJVA 3ULRA 3OK0A 4KXIA 1QIOA 5KXOA 1UIEA 1DI4A 1NDGC 4GN5C 4BS7A 3QY4A 5I4YA 5KXXA 1HFZA 3WVXA 5LXWA 2N5ZA 1GB2A 1JJ1A 5F9XA 1LJEA 1IWVA 5LVHA 4NWHA 1BVXA 1WQNA 2HEDA 3W3EA 1HERA 2BQMA 1RFPA 2I6ZA 1IP2A 5B06A 3WU7A 5KKJA 1IC4Y 1KIQC 1LTMA 3T36A 3T6UA 3A91A 1IIZA 5KXMA 1JUGA 3TXGA 4DDCA 4H93A 1LHKA 1IEEA 4U3XB 1LJJA 4OWAA 1HELA 2H9KA 1DXJA 1GBSA 2HU1A 5KXZA 3TMVA 5L3IA 4R0FA 3WULA 3WL2A 1YKZX 3ZEKA 3TXEA 2Y8PA 1YAOA 1F6RA 3CSRA 5HNLA 4PHIA 3BKHA 1TDYA 1OUCA 1C46A 1XSFA 1LZNA 3AW7A 4NGVA 1LZ9A 4MCKA 1C10A 5B1GA 1KIPC 1HENA 4NGKA 4N0JA 4NHTA 2VB1A 2ZILA 4WM4A 4ZIXA 1LSNA 2H9JA 4EMNA 3OJPA 154LA 2Z37A 2HECA 3QE8A 1HEQA 1LSEA 1P2CC 2EKSC 5KXWA 3LN2A 4G49A 5F16A 1LJ4A 1GF4A 7LYZA 1J1XY 1CKCA 4LYMA 4NGYA 4BAFA 5KXRA 1JJ3A 1FLWA 1QSWA 1NF5A 2A7FA 1DKKA 1LZ8A 1QDTA 4KT3A 3TXHA 3W6DA 1GB6A 3A3QA 1A4VA 1HC0A 2DKVA 1T3PA 3EBAB 3N9AA 1AKIA 1GEZA 5LYMA 1GPQC 1IC5Y 4ETEA 1IX0A 2FBBA 4KPMA 4XJDA 4DC4A 1GDWA 5HLLA 4W94A 5LINA 3AZ6A 4NHQA 4TTDA 5APCA 2YDGA 4NWEA 1NDMC 1IP1A 3A93A 4XJFA 1B2KA 1UBZA 1IC7Y 1B9OA 2MECA 1HEOA 5EBHA 4M6DA 4NGOA 2LZ2A 1LSCA 1WQOA 1RCMA 1BB5A 2D6BA 1INUA 3TXIA 4C3WA 4LT3A 2Z38A 5B05A 1C7PA 1V7SA 4CGEA 1GBWA 1CJ8A 4DDBA 4YOPA 4OOTA 1LMAA 4OWCA 1NKHA 4HJYA 5HMVA 1LSPA 1UIAA 1LMPA 1AZFA 1VATA 1FN5A 5II3A 2BQAA 1DPXA 2FYCA 3AW6A 3LZTA 4ETDA 4J0LA 2EQLA 2LHMA 4OWBA 2W1MA 1LMQA 1ALCA 1IORA 2YBHA 2HEBA 5DM9A 4B0DA 4CHXA 3AZ4A 4HP0A 1GE2A 5LVIA 3TMWA 5FDJA 2LZTA 2D4IA 5B1FA 1J1PY 1GF7A 1WQRA 1XGRC 1FDLY 4Z3MA 2GV0A 4UWNA 4RLNA 3AB6A 2BQDA 3J4GA 4H91A 1XGQC 2MEHA 4LT2A 4H8YA 5APFA 2G4PA 4A7DA 1I56A 1JIYA 2BQNA 4Z98A 1QUSA 1FLQA 1LHHA 2Z2EA 3G3AB 1HF4A 3D9AC 1LAAA 3WH1A 4N9RA 5KY1A 3EMSA 1XEJA 1YQVY 3A96A 4DT3A 4ZEEA 1LZDA 4WM2A 2DQHY 1KIRC 1AT5A 1UIHA 2XJWA 1C45A 5LA5A 4NEBA 1GB7A 4LT0A 3IWRA 4LFXA 1JTPL 4H9HA 5IELA 4TSCA 3WYHA 2ZQ4A 2DQAA 5DLAA 1PS5A 3AGGG 1CKHA 132LA 4DYGA 1JWRA 3SP3A 1LZ5A 2HEEA 4Z46A 1WQPA 1A2YC 4NHIA 1GFVA 1LSDA 208LA 3CT1A 3WPJA 4HTNA 1IOCA 1GFAA 2DQIY 1OUHA 4H1PA 1BGIA 4HTKA 4QEQA 4WM5A 5IDDA 4XN6A 1HFYA 4ETAA 4ETBA 135LA 2EIZC 193LA 1B0DA 1GB8A 1LKSA 1LJHA 2CDSA 3MGWA 1V7TA 4MR1A 4N1EI 1EL1A 1OUAA 4G4CA 3A6BY 2Z18A 3M18B 4WMGA 1NMMA 4QY9A 3P66A 4H8ZA 1B7MA 3B0IA 1JISA 1GFRA 1XEIA 4IJ4A 1GAZA 3CB7A 3WW5A 4NGJA 4NHPA 4FJRA 1B7OA 1BQLY 1BWIA 2G4QA 5KXTA 3P68A 3HBEX 1LJGA 4DD7A 2BQKA 5FHWA 1N4FA 1UACY 2BQHA 2CGIA 4LYBA 1UA6Y 1JITA 1LMTA 4PRQA 3W6EA 1D0MA 4N1CC 1GF6A 1T6VL 1F10A 5JENB 4RDSA 4HV2A 2F30A 1QQYA 1GF3A 3LZ2A 1EQ4A 1YILA 3M3UA 2I26L 4DD2A 1DKJA 2DQFC 2F4AA 4XJHA 1IY3A 1GXV2 1FKQA 1FLUA 1GB5A 1UICA 2BQJA 1OP9B 3A3RX 4OW1A 4BADA 4CJ2A 3EO5A 2MEEA 5KXKA 5APEA 5DN5A 1GFJA 2LYZA 5I53A 5LIOA 3FI7A 1B7SA 1NBZC 1JHLA 1YL0X 1LZSA 4GN3A 4W96A 1B7PA 5LYTA 4LYTA 1G7MC 1GB3A 5E4PA 2DQDY 3J6KA 4WM6A 1LOZA 5FELA 5B07A 1GF8A 1W6ZA 2C8PA 1IP3A 1GF0A 5APDA 4YF2A 4YM8A 1GE3A 1LMNA 2BQIA 2YVBA 4GN4A 3A90A 1B7QA 1ZVHL 1C08C 1CJ7A 1GBYA 2ZNXY 4UWUA 3GXKA 5IHGA 1B5YA 2EPEA 2DBTA 3P64A 1IOQA 1GE0A 4IATA 2YBJA 4N5RA 3WUAA 1O23A 1BB3A 1GBXA 1NWGA 1GBOA 4LZTA 1GEVA 194LA 1G7HC 4YEOA 4H9BA 1GFHA 3W6BA 4IASA 2ZIJA 4XJGA 3A8ZA 4H9AA 3QNGA 2BQEA 5HNCA 1OQMA 3LYOA 5KXPA 1KXYA 2DQGY 4NY5A 4B4IA 1JJ0A 3WVYA 1FKVA 1LJNA 1DI3A 1GE1A 4AXTA 1B5UA 4QDNA 1BVKC 1NBYC 1OUIA 1JKAA 1LSGA 1D6QA 1VDQA 3WPKA 4I0CA 5KXSA 1SLYA 4WO9A 3WUNA 3A92A 1LYOA 3P4ZA 4TSBA 2AUBA 2LYOA 1BWHA 1UC0A 3CT0A 5C6LA 1GAYA 1IVMA 4ET8A 1GHLA 2BQOA 1UIBA 1H87A 1JSEA 5HQ1A 4RW2A 1HFXA 2XBSA 1CJ6A 1YIKA 3P65A 5C6JA 1GFTA 4XJBA 1OUJA 2W1XA 1JKCA 1LZBA 3CQLA 1IWTA 4GCBA 3W6AA 4H9EA 1QTKA 1RJCB 4J1AA 1I1ZA 1UCOA 3TMUA 3WMKA 5F14A 1IWWA 3FE0A 1B5VA 1REYA 1TAYA 1QSAA 2HEFA 3CSQA 4H9FA 4G9SA 1REMA 1YKXX 4LYOA 4OWHA 5A3EA 1JKBA 1LMCA 1ZMYL 5LVKA 4OOOA 1NHEA 3F6ZA 1HEWA 5ILCA 4NGIA 4DWXA 1GB0A 1UUZC 1GFKA 2BQBA 4PPOA 1LYSA 4XYYA 1BB6A 1D0KA 1VFBC 1LJ3A 4PJ2C 5L3HA 3ZVQA 1IWYA 3TXKA 2BQGA 2DQJY 1LSBA 4DD1A 5LVGA 1PZYA 1LZYA 4NSGA 1G7LC 3ATNA 1EQEA 1GBZA 1JTTL 3B0KA 3LYZA 4NGZA 4H94A 5C6IA 4GCDA 3TXFA 1IR9A 4HV1A 4E3UA 134LA 5K7OA 3AGIA 4GLVA 1G7IC 2ZWBA 1OUBA 3AJNA 1LHLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTCA 102LA 2XTHA 2MEDA 1YKYX 4LGKA 3DN4A 1LYJA 4DD3A 2MEFA 3W6FA 1L91A 5D5FA 1JKDA 1L72A 151LA 1L83A 4I7QA 4D9ZA 2DQEY 5KJ9A 4I7NA 5B59A 3GUJA 4YEMA 1LHMA 1LJFA 1EPYA 2Q9EA 1CV6A 1WVVA 5FEKA 1J1OY 249LA 1L84A 1WTNA 4HPIA 2F4GA 4WOAA 1HEMA 1GB9A 1IP7A 1LHIA 1L26A 1B7RA 4DD0A 1HSXA 1CNSA 1L63A 1L34A 1QSBA 1IP6A 1QTBA 2RSCA 1P2LA 176LA 5DN4A 4EJ4A 215LA 4WM3A 1HEPA 1QTZA 1L59A 1LZ4A 1LHJA 3W6CA 2MEAA 4H9IA 4H92A 1CU5A 2CJLA 3CDVA 2YSSC 1C69A 1QT3A 5KXYA 1CV3A 4TX7A 1LYGA 163LA 3CT5A 4I8SA 1OYUA 5T3FA 1B5XA 1ZWNA 1L20A 1MELL 2ZNWY 5I4XA 178LA 4LDOA 4J1BA 1LCNA 1NQIA 2F2NA 5LAGA 1LYDA 4R6CA 3WW6A 1WQMA 5A3ZA 1CKGA 2NWDX 4WG7A 3AZ7A 4EPIA 1LZ1A 2X0AA 2D91A 4NGWA 4YXAC 1L75A 3WU8A 1XGUC 1XGTC 3KAMA 1G7JC 1IY4A 1HMLA 1L54A 1L88A 3B6LA 4UWVA 5KXNA 1E8LA 1LZEA 1C6FA 4WG1A 4M4OA 253LA 2BLYA 1L79A 1L53A 2OU8A 131LA 4LYCA 2IFFY 1LMOA 239LA 2BAAA 3BKVA 127LA 4X3BA 1PQOA 3OE9A 1D0LA 1QS5A 4I7SA 1LZ6A 1L99A 1JTOL 2RB2X 4BAPA 3HFMY 3LYTA 4N8ZA 4Z41A 4I7JA 2ZYPA 4NFVA 2RBQA 1XJTA 1IR8A 4HJVA 1SX2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J7V A;  2HEA A;  2XTH A;  1LZC A;  1YAN A;  5LAF A;  1IP5 A;  3D3D A;  4WLD A;  1LZA A;  1C43 A;  4O34 A;  3N9E A;  5I54 A;  2MED A;  1YKY X;  1Z55 A;  4L41 A;  1IWX A;  1JEF A;  4CFP A;  4LGK A;  2YBN A;  2W1Y A;  2PC2 A;  1UID A;  2Q0M X;  3IJU A;  4NSI A;  2BPU A;  2Z12 A;  4DD3 A;  2MEF A;  3RZ4 A;  1D9U A;  4QGZ A;  3W6F A;  4OWE A;  4GCE A;  4II8 A;  1EQ5 A;  4DD9 A;  2HTX A;  5D5F A;  4GCF A;  1GFG A;  1JKD A;  1LZR A;  3WU9 A;  1F0W A;  1IO5 A;  1B5Z A;  2BQC A;  4D9Z A;  1LSF A;  2DQE Y;  4FDY A;  2H5Z A;  1B5W A;  3RW8 A;  5KJ9 A;  4XAD A;  5LVJ A;  1MLC E;  1VAU A;  5B59 A;  4LYZ A;  4YEM A;  1LHM A;  1HNL A;  1LJF A;  1AT6 A;  2Z39 A;  5HMJ A;  4NG8 A;  1TCY A;  5LYZ A;  2XBR A;  4LT1 A;  3N9C A;  4TUN A;  1LSY A;  1WVV A;  4HSF A;  5FEK A;  8LYZ A;  1BHZ A;  1J1O Y;  3LYM A;  5AMY A;  5I4W A;  3B72 A;  3AGH A;  1IWU A;  2IHL A;  1REZ A;  1WTN A;  4HPI A;  9LYZ A;  4WO6 A;  1DQJ C;  1XFP L;  2F4G A;  1RI8 B;  4WOA A;  4WL7 A;  2ZIK A;  1HEM A;  1XEK A;  1GB9 A;  4NHS A;  1IP7 A; 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 1OQM A;  3LYO A;  5KXP A;  1KXY A;  2DQG Y;  4NY5 A;  4B4I A;  1JJ0 A;  3WVY A;  1FKV A;  1LJN A;  1DI3 A;  1GE1 A;  4AXT A;  1B5U A;  4QDN A;  1BVK C;  1NBY C;  1OUI A;  1JKA A;  1LSG A;  1D6Q A;  1VDQ A;  3WPK A;  4I0C A;  5KXS A;  1SLY A;  4WO9 A;  3WUN A;  3A92 A;  1LYO A;  3P4Z A;  4TSB A;  2AUB A;  2LYO A;  1BWH A;  1UC0 A;  3CT0 A;  5C6L A;  1GAY A;  1IVM A;  4ET8 A;  1GHL A;  2BQO A;  1UIB A;  1H87 A;  1JSE A;  5HQ1 A;  4RW2 A;  1HFX A;  2XBS A;  1CJ6 A;  1YIK A;  3P65 A;  5C6J A;  1GFT A;  4XJB A;  1OUJ A;  2W1X A;  1JKC A;  1LZB A;  3CQL A;  1IWT A;  4GCB A;  3W6A A;  4H9E A;  1QTK A;  1RJC B;  4J1A A;  1I1Z A;  1UCO A;  3TMU A;  3WMK A;  5F14 A;  1IWW A;  3FE0 A;  1B5V A;  1REY A;  1TAY A;  1QSA A;  2HEF A;  3CSQ A;  4H9F A;  4G9S A;  1REM A;  1YKX X;  4LYO A;  4OWH A;  5A3E A;  1JKB A;  1LMC A;  1ZMY L;  5LVK A;  4OOO A;  1NHE A;  3F6Z A;  1HEW A;  5ILC A;  4NGI A;  4DWX A;  1GB0 A;  1UUZ C;  1GFK A;  2BQB A;  4PPO A;  1LYS A;  4XYY A;  1BB6 A;  1D0K A;  1VFB C;  1LJ3 A;  4PJ2 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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