3IWRA

Crystal structure of class i chitinase from oryza sativa l. japonica
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
244
structure length
244
Chain Sequence
DGVGSIVPRDLFERLLLHRNDGACPARGFYTYEAFLAAAAAFPAFGGTGNTETRKREVAAFLGQTSHETTGGWPTAPDGPFSWGYCFKQEQNPPSDYCQPSPEWPCAPGRKYYGRGPIQLSFNFNYGPAGRAIGVDLLSNPDLVATDATVSFKTALWFWMTPQGNKPSSHDVITGRWAPSPADAAAGRAPGYGVITNIVNGGLECGHGPDDRVANRIGFYQRYCGAFGIGTGGNLDCYNQRPFN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of full-length class I chitinase from rice revealed by X-ray crystallography and small-angle X-ray scattering.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 82
structure length 244
sequence length 244
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2009-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00182 Glyco_hydro_19 Chitinase class I
A PF00187 Chitin_bind_1 Chitin recognition protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3iwrA01
3.30.20.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Endochitinase; domain 2 Endochitinase, domain 2 3iwrA02
2BAAA 3W3EA 3AZ6A 1ZMYL 4XJDA 1OUDA 2FBBA 4H92A 5L3IA 1ALCA 1JJ1A 1FLQA 4TWSA 5T3FA 4YOPA 1YKYX 1UBZA 2BLXA 3M18B 4GN4A 4J1AA 2DQDY 1LHLA 1NDGC 1PS5A 1JEFA 4NHPA 3TMUA 5KXOA 2CGIA 5KXKA 1GFVA 5KXYA 4NSIA 1OUEA 4AGAA 1GB8A 1YL0X 1GBYA 2B5ZA 1TCYA 1HEQA 1XGRC 2MECA 2FYCA 1IOTA 1OUIA 4GCBA 4H9FA 4KL7A 5K7OA 1RE2A 3CT5A 1JSEA 2H5ZA 2YDGA 1OP9B 5KKIA 1JITA 4NHSA 5HNCA 2YBMA 1JWRA 1LCNA 1GBZA 1KXWA 2HEAA 4RLNA 1QTKA 4NHTA 2HTXA 2Y8PA 4TSCA 4H9AA 2DQFC 4WLXA 3EO5A 3IWRA 4L41A 4XN6A 4IATA 1FN5A 1HEPA 4OOOA 1GAZA 3A90A 4I0CA 1GXXA 5LVIA 1LJGA 1B5XA 3GXKA 4WM1A 3J4GA 4ZFPA 3LYMA 5FHWA 2XTHA 1UUZC 1IP7A 3BKVA 1CJ6A 4TTDA 1BB5A 3VWOA 4B1AA 3RT5X 1LZ8A 1JSFA 1GF8A 2N5ZA 3LYTA 4HV1A 1LYZA 1CJ8A 4J7VA 1XSFA 2YBJA 2BQNA 3AZ5A 3W6EA 2BQCA 2HEFA 193LA 5IHGA 4TSBA 3G3BB 1LSAA 1VDQA 4H8XA 1JIYA 3D3DA 4GCFA 1JJ0A 1CKCA 5KXLA 4XYYA 3WYHA 2BQEA 4NFVA 5I4WA 134LA 1WQRA 1XEKA 3LZTA 1I1ZA 1XGQC 1GFHA 2Q0MX 5KXSA 5KJ9A 4QY9A 1I20A 4WM5A 1D6QA 1B7RA 4NGJA 1AKIA 2YBHA 4DD3A 3P68A 4ZEEA 3TMVA 1JJ3A 1GDWA 4OWAA 1REMA 5E4PA 4DDAA 1F6RA 1FLYA 3HBHA 1AZFA 1LYSA 4LYTA 3W6CA 4HV2A 4DDBA 1REZA 3FI7A 5KXZA 1XGUC 1F0WA 5KXNA 1HSWA 1C43A 5APEA 1LSDA 1IP1A 3WU7A 1XGPC 3P66A 2BQBA 1CKFA 7LYZA 1AT5A 1LSPA 5B1GA 3HFMY 4MSTA 5IELA 4RDSA 1LSBA 4B4JA 4E3UA 2C8OA 1GFGA 4TX7A 2EIZC 2LYZA 1LSEA 3WVXA 4OOTA 1N4FA 3CQLA 4A7DA 3TXJA 2H9JA 2WARA 5LINA 1IOSA 1QSAA 1JKAA 5HMVA 1B5ZA 4G4BA 4XENA 1B2KA 4KXIA 1GBOA 4N0JA 1V7SA 1WVVA 1LZ6A 4B0DA 1GB6A 3WUNA 8LYZA 4B49A 5KXMA 1QTEA 4FJRA 3AB6A 3T36A 5FCPA 1YAMA 1Z55A 4LT1A 2VB1A 1HENA 3AYQA 3MGWA 2EQLA 1UIHA 1QUTA 2PC2A 4WLDA 1JKDA 2FYDA 3TXIA 4XJGA 1GF4A 3CT1A 5I53A 3WPJA 3A94A 3SP3A 1G7LC 4LFPA 4O34A 2C8PA 1GE0A 1JTTL 4RLMA 5FDJA 1TDYA 1VFBC 4HP0A 3WW6A 1LSMA 1LTMA 2HEDA 1LJ3A 5JENB 4PJ2C 2YBLA 4RW2A 5ILFA 4C5FA 1BVKC 4NG8A 4N9RA 5FEKA 1HFXA 1HERA 1G7IC 2BQDA 1BB7A 2A7FA 1YQVY 1HELA 1LOZA 2MEEA 2Z18A 4LYOA 4DWXA 4KT3A 1OUBA 1WTNA 1IP3A 1JKBA 1DKKA 3E3DA 1UICA 2ZNWY 4UWUA 1UIDA 4H91A 4ML7A 1B7LA 3WU9A 5LYMA 135LA 1DI3A 1FKVA 1H6MA 3QNGA 3ZVQA 2ZQ3A 4OWCA 1GBSA 4H8ZA 4GN5C 5II3A 1FBIX 1IC7Y 1A2YC 2EKSC 4NHIA 2W1MA 1FLWA 1GB3A 3M3UA 1LZEA 5LA8A 1B5YA 1WQOA 1B5UA 2HU1A 2HUBA 2ZIKA 3AW7A 1AT6A 2MEAA 4YF2A 1LMQA 1I56A 1GFKA 1GWDA 5DLAA 3LYZA 4ETCA 1DPWA 2LHMA 1LMCA 2BQLA 3A3QA 3AGHA 4J0LA 1LSGA 2ZIJA 1ZV5L 5APFA 3WXUA 1IR7A 1LMPA 3GXRA 4PHIA 2F4AA 1GB2A 4WLTA 1KIQC 1BB6A 5C6IA 5I4YA 2BPUA 1LZDA 1XEJA 4NGVA 5F9UA 2W1LA 2G4PA 1IWXA 132LA 1IP4A 1OUGA 1FDLY 4QEQA 1IWVA 1RFPA 1IC5Y 4UWVA 1HMLA 1LZCA 4BAFA 4ET9A 1IWYA 2FBDA 4DDCA 1UA6Y 3CSRA 1J1OY 2HECA 1ZVHL 2HEBA 3A93A 2BQMA 4NGWA 1LMOA 4YENA 4DT3A 3TMWA 1RI8B 5LIOA 4W96A 1LJKA 1LPIA 1DI5A 1QUSA 4H9EA 4WMGA 5DN5A 1LJFA 1OUCA 1WQQA 4GN3A 4G9SA 1IORA 4LZTA 4CFPA 1LZ4A 5KXRA 2IHLA 2BLYA 5AMYA 5KXWA 3A67Y 1EQEA 5B07A 4W94A 4NSHA 1B7MA 2D6BA 2LZTA 5HNLA 4Z46A 5C6LA 3A8ZA 1CJ9A 1CKHA 1YKZX 2CWIA 3RZ4A 1LYOA 3BKHA 4H94A 5EBHA 1LZGA 4CGEA 1DKJA 2ZNXY 1HFZA 4NGYA 2LYMA 4ETBA 4LT2A 1T6VL 1KXXA 3T6UA 4H9HA 1E8LA 1IP6A 3AGGG 1G7MC 4R6CA 1LJJA 3P4ZA 1LZTA 2CDSA 1P2CC 1OUHA 1HC0A 1QDRA 2D4KA 1EQ5A 3A3RX 5M1YA 5B06A 1IOCA 3B0OA 5KXPA 4ANRA 5D5FA 4XADA 1EQ4A 2YBNA 1SQ2L 3HBEX 3N9CA 1IOQA 2HEEA 5FELA 5HQ1A 4DYGA 2Z12A 4NHQA 4NWEA 1GE1A 1IR9A 1GF0A 4NSJA 2I25L 3TXBA 4MR1A 4NWHA 4YEOA 1C08C 3W6BA 4D9ZA 1C46A 1D0MA 1F6SA 1TEWA 1XGTC 1QSWA 1G7JC 1HMKA 1LSFA 1OUFA 2BQIA 2Z19A 3A34A 1XFPL 4I8SA 4TUNA 3TXFA 3LHMA 5B59A 1OUJA 1GF3A 3A91A 2EPEA 1IY3A 1C7PA 1CNSA 1OQMA 207LA 5L3HA 3RNXA 5LXWA 4OWEA 5LVJA 1IP2A 4B4EA 2D91A 2DKVA 2DQEY 4DD7A 1BWJA 1LSYA 1YIKA 4X3BA 2Z37A 133LA 1GHLA 4DC4A 4DD1A 1LZRA 4M6DA 1FLUA 5DL9A 4DD0A 1YILA 3IJVA 4Z3MA 1B7NA 4LT0A 208LA 4H8YA 1HF4A 2LZ2A 3QY4A 1KIPC 5HMJA 2DQAA 4N8ZA 1WQPA 1LSNA 5LVKA 4HJYA 1JUGA 2CJLA 2ZWBA 3CT0A 5KY1A 1NDMC 2I6ZA 1HFYA 4LT3A 1LJHA 3AZ4A 3CSZA 4WG1A 3WXTA 1YKXX 3EXDA 4HTNA 3WPLA 5KXXA 2H9KA 1GE3A 1VDSA 1QIOA 3N9AA 2Z2FA 1BWHA 4H93A 4NGIA 1LHMA 5F9XA 1IWZA 1TBYA 4M4OA 1LJIA 1HSXA 1UIFA 4PGJB 4G49A 4ZIXA 4KPMA 1LZAA 1JTOL 4HPIA 4Z98A 3B72A 4LYMA 2Z2EA 1GB0A 1W08A 3LZ2A 1B7SA 1CKGA 1SLYA 1IP5A 1MLCE 1YL1X 1AM7A 1EL1A 2BQFA 2DQCY 5I54A 1LJEA 1LHKA 4AXTA 3WL2A 9LYZA 2ZILA 3A6CY 1VDTA 4R0FA 4XJBA 1BWIA 4LYBA 4NIJA 4PRQA 4NY5A 5FSTA 2G4NA 1YAQA 1B9OA 1GFJA 2ZYPA 2NWDX 4GCEA 4NGLA 4C3WA 1BHZA 2F4GA 4DD2A 4GLVA 4NEBA 1KIRC 3P64A 1BGIA 3TXGA 1RCMA 1UC0A 1LHHA 5LYTA 1J1XY 4HTKA 4G4HA 1DXJA 4HPEA 1BB3A 1J1PY 1UIEA 2XBSA 4CFOA 1WQMA 4LGKA 1GFEA 2BQJA 2ZYCA 1NF5A 4B4IA 5F14A 1C45A 3IJUA 1NHEA 2XBRA 1GAYA 3B6LA 2YVBA 2I26L 5LAGA 3RW8A 3ZEKA 1CKDA 153LA 2W1YA 1LMAA 3CSQA 3ATOA 3W6AA 5D5CA 1LZ5A 1GFTA 5APDA 2ZQ4A 4QDNA 1LMNA 4EOFA 4PRUA 1LKRA 3WU8A 2MEIA 1FKQA 2W1XA 1LZ1A 1NMMA 4WL7A 4H1PA 1LSZA 1D9UA 1O23A 1QDTA 4WO6A 4CHXA 5LVHA 3TXEA 4FDYA 1GF9A 4OWBA 1WVUA 1GFUA 1HNLA 1IWTA 1YROA 3AZ7A 3WW5A 1BB4A 6LYZA 3OK0A 1GB7A 4CJ2A 1LHIA 1WQNA 3F6ZA 4Z41A 5J7CA 1B0DA 1B5WA 1VAUA 1UIAA 1DPXA 5F16A 1GXV2 2DQJY 5DM9A 3EMSA 1LHJA 4UWNA 2DQGY 4NG1A 5B1FA 2MEGA 4WL6A 5APCA 1IWWA 3HBDA 1GEVA 1NBZC 1T3PA 4H9CA 2MEHA 1G7HC 1D0LA 4J1BA 3OJPA 1LZYA 1LZ9A 2Z39A 4P2EA 4WG7A 3RU5A 3WULA 3TXHA 3WH1A 4H90A 1LJNA 1YANA 2HU3A 3WUAA 3TMXA 4DD9A 5E9RA 1LZBA 4WLYA 1IY4A 5LAFA 4N5RA 3ATNA 1A4VA 4NSGA 4NGKA 1IEEA 1GE2A 2MEFA 5KXTA 3CB7A 1GFRA 4OWHA 1BQLY 3ULRA 3EBAB 1QQYA 2F30A 1GF6A 1ZVYB 3FE0A 4N1EI 5ILCA 1LAAA 4N1CC 1HEMA 1RJCB 2BQKA 2DBTA 4GCDA 4WO9A 4XJHA 4LFXA 2Z38A 3TXDA 3B0KA 4H9BA 3J6KA 1W6ZA 1B5VA 4YEMA 1LKSA 1GDXA 2A7DA 3AJNA 1GB9A 5B05A 3TXKA 4LYZA 1UIGA 2DQIY 5I4XA 1YAOA 1IIZA 4WM6A 1LMTA 3ZVQB 1PZYA 2D4JA 4ET8A 2AUBA 1REYA 3A92A 3LYOA 4NGOA 1LSCA 1JHLA 4H9IA 4NGZA 1DQJC 3D9AC 2DQHY 1BVXA 1V7TA 2IFFY 3WVYA 5A3ZA 1IWUA 1VDPA 4WM2A 4WOAA 5LA5A 5LVGA 1GF5A 4QGZA 5I5QA 3WPKA 1CJ7A 3W6FA 1GBXA 1B7OA 1IVMA 4ETEA 154LA 4WM3A 1C10A 1DZBX 2BQHA 4OW1A 3N9EA 5L9JA 3WUMA 4MCKA 1GD6A 1KXYA 1GE4A 1REXA 1UIBA 4G4CA 4ETDA 5HLLA 1NBYC 4GLAA 3A96A 1LZNA 1OUAA 4BAPA 1B7QA 1GEZA 3B0IA 3P65A 1GBWA 4WM4A 3LN2A 4U3XB 2GV0A 1GF7A 2X0AA 2XJWA 1VATA 1IC4Y 4YM8A 5KKJA 4PPOA 4IJ4A 5A3EA 2BQGA 4II8A 3WMKA 5IDDA 5DN4A 1GPQC 1D0KA 2LYOA 1NQIA 2F2NA 1DI4A 1HEWA 3AW6A 2YSSC 5F81A 3W6DA 1LZSA 4XJIA 1F10A 3G3AB 1WTMA 4BS7A 1VEDA 4XJFA 1H87A 1XEIA 1HEOA 1JPOA 2BQAA 3AGIA 4GCCA 2RSCA 4HSFA 4RW1A 1IX0A 2D4IA 1D6PA 1GFAA 4IASA 4HJZA 4HJVA 1YAPA 1IO5A 1HHLA 4HTQA 2BQOA 1B7PA 3QE8A 1TAYA 3A95A 4ETAA 5C6JA 2MEDA 1NKHA 2MEBA 1IR8A 1LJ4A 3A6BY 3K3TA 3KAMA 4EMNA 1INUA 1JKCA 1MELL 4LYCA 2YBIA 1UACY 4BADA 5LYZA 6LYTA 1JISA 1NWGA 194LA 1LYYA 1UCOA 2G4QA 1JTPL 1GB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W56A 3C83A 4XJDA 1OUDA 2OEAX 166LA 1JJ1A 1FLQA 4TWSA 3UONA 4GN4A 3GUPA 1NDGC 1L0JA 5KXOA 4EKRA 1L37A 3HT6A 2B5ZA 1XGRC 1IOTA 1T6HA 222LA 2H5ZA 5KKIA 1JITA 4NHSA 1LCNA 1SSYA 1L91A 2HEAA 4NHTA 2Y8PA 2DQFC 3EO5A 4EXMA 1GAZA 4I0CA 5LVIA 1LJGA 231LA 3J4GA 4ZFPA 3BKVA 1CJ6A 1K28A 2F2QA 1JSFA 1GF8A 2F32A 3SB6A 3LYTA 1L30A 1L47A 4J7VA 2YBJA 3AZ5A 2BQCA 2HEFA 193LA 3SBAA 3G3BB 4GCFA 1CKCA 1L43A 1C6JA 149LA 1XEKA 185LA 1XGQC 1GFHA 4ZEEA 1JJ3A 3GUKA 236LA 156LA 1L55A 216LA 253LA 1F0WA 1HSWA 2BQBA 1CKFA 3HFMY 3WVXA 3CQLA 4A7DA 5LINA 1L41A 4XENA 4YX7C 1LYGA 2B72A 4B49A 4FJRA 1NHBA 3T36A 2B6WA 177LA 1G0KA 2PC2A 244LA 1QT3A 3WPJA 1L00A 1GE0A 1JTTL 1VFBC 1L01A 4RW2A 4C5FA 1BVKC 4ARQB 1G0PA 1C6MA 1L19A 2B75A 1BB7A 228LA 2A7FA 1OUBA 1IP3A 4ML7A 1DI3A 3ZVQA 1L73A 4OWCA 1OYUA 1FBIX 215LA 1FLWA 3M3UA 1LZEA 1QTDA 2HUBA 2ZIKA 2RAYX 1LMQA 3LYZA 163LA 2BQLA 1C6BA 2OTYX 4J0LA 5APFA 1IR7A 112LA 1KIQC 1C6CA 2L78A 4I7TA 196LA 5F9UA 1CV4A 132LA 1C6LA 4QEQA 4I7PA 1RFPA 3HTBA 1IC5Y 4GRVA 195LA 4DDCA 2HECA 1ZVHL 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BAA A;  3W3E A;  3AZ6 A;  1ZMY L;  4XJD A;  1OUD A;  2FBB A;  4H92 A;  5L3I A;  1ALC A;  1JJ1 A;  1FLQ A;  4TWS A;  5T3F A;  4YOP A;  1YKY X;  1UBZ A;  2BLX A;  3M18 B;  4GN4 A;  4J1A A;  2DQD Y;  1LHL A;  1NDG C;  1PS5 A;  1JEF A;  4NHP A;  3TMU A;  5KXO A;  2CGI A;  5KXK A;  1GFV A;  5KXY A;  4NSI A;  1OUE A;  4AGA A;  1GB8 A;  1YL0 X;  1GBY A;  2B5Z A;  1TCY A;  1HEQ A;  1XGR C;  2MEC A;  2FYC A;  1IOT A;  1OUI A;  4GCB A;  4H9F A;  4KL7 A;  5K7O A;  1RE2 A;  3CT5 A;  1JSE A;  2H5Z A;  2YDG A;  1OP9 B;  5KKI A;  1JIT A;  4NHS A;  5HNC A;  2YBM A;  1JWR A;  1LCN A;  1GBZ A;  1KXW A;  2HEA A;  4RLN A;  1QTK A;  4NHT A;  2HTX A;  2Y8P A;  4TSC A;  4H9A A;  2DQF C;  4WLX A;  3EO5 A;  3IWR A;  4L41 A;  4XN6 A;  4IAT A;  1FN5 A;  1HEP A;  4OOO A;  1GAZ A;  3A90 A;  4I0C A;  1GXX A;  5LVI A;  1LJG A;  1B5X A;  3GXK A;  4WM1 A;  3J4G A;  4ZFP A;  3LYM A;  5FHW A;  2XTH A;  1UUZ C;  1IP7 A;  3BKV A;  1CJ6 A;  4TTD A;  1BB5 A;  3VWO A;  4B1A A;  3RT5 X;  1LZ8 A;  1JSF A;  1GF8 A;  2N5Z A;  3LYT A; 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 1JHL A;  4H9I A;  4NGZ A;  1DQJ C;  3D9A C;  2DQH Y;  1BVX A;  1V7T A;  2IFF Y;  3WVY A;  5A3Z A;  1IWU A;  1VDP A;  4WM2 A;  4WOA A;  5LA5 A;  5LVG A;  1GF5 A;  4QGZ A;  5I5Q A;  3WPK A;  1CJ7 A;  3W6F A;  1GBX A;  1B7O A;  1IVM A;  4ETE A;  154L A;  4WM3 A;  1C10 A;  1DZB X;  2BQH A;  4OW1 A;  3N9E A;  5L9J A;  3WUM A;  4MCK A;  1GD6 A;  1KXY A;  1GE4 A;  1REX A;  1UIB A;  4G4C A;  4ETD A;  5HLL A;  1NBY C;  4GLA A;  3A96 A;  1LZN A;  1OUA A;  4BAP A;  1B7Q A;  1GEZ A;  3B0I A;  3P65 A;  1GBW A;  4WM4 A;  3LN2 A;  4U3X B;  2GV0 A;  1GF7 A;  2X0A A;  2XJW A;  1VAT A;  1IC4 Y;  4YM8 A;  5KKJ A;  4PPO A;  4IJ4 A;  5A3E A;  2BQG A;  4II8 A;  3WMK A;  5IDD A;  5DN4 A;  1GPQ C;  1D0K A;  2LYO A;  1NQI A;  2F2N A;  1DI4 A;  1HEW A;  3AW6 A;  2YSS C;  5F81 A;  3W6D A;  1LZS A;  4XJI A;  1F10 A;  3G3A B;  1WTM A;  4BS7 A;  1VED A;  4XJF A;  1H87 A;  1XEI A;  1HEO A;  1JPO A;  2BQA A;  3AGI A;  4GCC A;  2RSC A;  4HSF A;  4RW1 A;  1IX0 A;  2D4I A;  1D6P A;  1GFA A;  4IAS A;  4HJZ A;  4HJV A;  1YAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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