3J4GA

Structure of lysozyme solved by microed to 2.9 a
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-dimensional electron crystallography of protein microcrystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 37
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-08-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3j4gA00
2YBNA 1IX0A 5AMYA 1W6ZA 1UACY 4LT2A 1OUFA 4NHTA 1LMAA 153LA 2BLXA 2FYDA 4H8XA 3CSZA 1HMKA 1QTEA 4DDCA 1GFEA 1GEVA 1HEPA 1JPOA 1JTPL 4WO9A 1DPWA 1HSXA 1LSCA 3HBDA 1GFVA 1NF5A 3AZ5A 3WU9A 5LVIA 4B4JA 1LYOA 1DQJC 4X3BA 2CWIA 4LT3A 4QEQA 1DI4A 3CT0A 1BVXA 2A7FA 2LYOA 3TXDA 5IDDA 4ET9A 1GB6A 4RW1A 1JIYA 3N9CA 3G3AB 4M4OA 1DKKA 5ILCA 4OWHA 1OUGA 4HP0A 3RZ4A 4CGEA 2WARA 2LYZA 3TMUA 3VWOA 1IP2A 2AUBA 4LT1A 1BB6A 1LTMA 2I6ZA 4GLVA 1KXYA 1OUBA 4NHSA 5LIOA 1IP1A 2I25L 1C7PA 5I54A 4NG1A 1IOQA 4KT3A 1LSGA 4TUNA 5APDA 3T36A 4XN6A 1GFAA 1GFTA 4D9ZA 1JTTL 1UIHA 4NHPA 2ZQ3A 3CQLA 2BQOA 1I20A 1LYZA 3LYOA 3P66A 1IP7A 1GE1A 1YILA 1SLYA 2C8OA 2BAAA 4B1AA 2DKVA 4Z46A 4WM1A 5KXZA 5KKIA 4MSTA 1ZVHL 1B7QA 1BWIA 2I26L 1OUDA 2VB1A 1ALCA 1YAPA 4KL7A 5I5QA 2IHLA 132LA 1UC0A 1LMCA 1FLWA 3TXIA 3D9AC 4IASA 1LKRA 4NGWA 2F30A 1LZ1A 4I0CA 4ZIXA 4HTKA 5KKJA 4HV2A 1IO5A 3J4GA 1LHKA 1EL1A 1HEQA 1G7JC 1XEIA 1G7HC 2HU1A 1GBSA 3A6BY 2YSSC 1OUIA 4HTNA 1C10A 1QTKA 5LVHA 2W1XA 1LSMA 1HHLA 3ATOA 3CSQA 4XJDA 2F2NA 1JJ1A 2MEDA 1GXXA 5J7CA 1WQMA 4DDBA 5LA5A 1NWGA 3WXTA 4DWXA 6LYZA 5FEKA 4ANRA 3A96A 3AGGG 2BQBA 4MR1A 5B06A 5B59A 4OWBA 4QDNA 5LVGA 3RNXA 1UIFA 1B5ZA 1JKAA 2G4PA 1LSNA 2CGIA 2FYCA 3QY4A 2BQDA 2MEBA 1LZYA 4H9HA 1YL0X 2Z37A 4NGIA 4GN5C 4NGJA 4TTDA 1HFZA 3TMVA 1UUZC 7LYZA 3D3DA 4R6CA 3IJUA 4NY5A 4WG1A 1UIBA 3T6UA 1IP5A 2Z39A 4QY9A 2H9JA 1GBWA 5L3HA 1PS5A 3P4ZA 5HMVA 2HU3A 4N1CC 1KIQC 1BVKC 1JKDA 1LJ4A 4H8ZA 4DYGA 5E9RA 2ZIJA 3N9EA 3N9AA 5D5FA 1WVVA 1INUA 1JTOL 3A34A 1OP9B 1IOSA 2NWDX 2A7DA 1TCYA 2C8PA 5K7OA 4WLTA 3ATNA 3W6FA 1LMQA 1GWDA 1QUSA 2LYMA 1RI8B 1B5WA 3A6CY 4GCDA 4NSHA 1LZDA 4NGOA 4ETEA 2HEFA 4ZFPA 2HUBA 4HSFA 2HEBA 3BKVA 5FCPA 1J1OY 2BQGA 2D4IA 1BB4A 1QSAA 2Y8PA 5KXKA 4N1EI 4OWCA 2EPEA 1LZEA 1LYSA 1IY4A 2RSCA 4N0JA 4WOAA 1JJ3A 1LPIA 3TXBA 1CKGA 2BQFA 3WXUA 2Z38A 4DDAA 5KXTA 4ZEEA 4B4EA 1LZGA 4FJRA 5APEA 2DQHY 4TX7A 1IC4Y 4WO6A 1BB7A 2LZ2A 3OK0A 4J7VA 4NGZA 2X0AA 1LMOA 5KXRA 4YOPA 4WM5A 5I4WA 2BQMA 1LJ3A 3HBHA 3LYZA 3BKHA 1GE0A 5FELA 1DI5A 1C46A 2DQDY 1IORA 4CHXA 1HNLA 4H9BA 4TWSA 1I56A 4GLAA 3IJVA 3B0OA 4CJ2A 2B5ZA 3A67Y 3F6ZA 3ZVQA 4H1PA 1IY3A 2BQEA 1HELA 2BQJA 4DT3A 2ZNXY 2BQNA 4GCFA 4M6DA 1LJEA 3TXHA 4E3UA 5LAGA 2H9KA 2GV0A 3WUMA 4LYBA 1WTNA 4KPMA 3AB6A 3CT5A 1IWXA 2D4KA 4HJZA 5KXPA 3EO5A 3HFMY 4HJYA 1H6MA 1LJNA 1GB5A 1N4FA 1AKIA 1GBYA 1LAAA 2F4GA 2MEHA 1IC7Y 3FI7A 1GFGA 1LHHA 1GF7A 3LN2A 4GCBA 3AYQA 5L9JA 3M18B 5KXMA 3G3BB 4N9RA 3E3DA 1B5UA 1GBXA 4I8SA 1FLQA 3CT1A 2YDGA 1LZ5A 1B2KA 1FLUA 1BB5A 3KAMA 5DLAA 1IWZA 4YEMA 1IOTA 4XJGA 1JISA 1LCNA 1GFHA 4B4IA 5LXWA 1UIAA 2XBSA 1KIRC 3SP3A 1WVUA 2MECA 5HMJA 2H5ZA 1UICA 1JUGA 4H9FA 1REZA 3GXKA 2G4NA 4C5FA 3A92A 3WW5A 3A93A 1LSZA 1IWTA 1TDYA 1YAMA 1GF0A 1LSPA 2FBDA 4G4HA 1IC5Y 1JSEA 1LMPA 4LYMA 4WM6A 1GXV2 1HENA 1LSBA 3W6DA 1B7PA 4NIJA 1F10A 1IP6A 4H9AA 4J1AA 1UCOA 4B0DA 2ZYPA 4OWAA 1GF9A 5F81A 4GN4A 5I4YA 4IATA 4DD1A 4ETBA 1MLCE 3A3RX 2BQHA 1O23A 1REMA 3LZTA 1BGIA 2XBRA 1CNSA 4O34A 4GCEA 4GN3A 4N8ZA 1QDTA 4DD9A 5B05A 2BQLA 5LYTA 5C6IA 2XTHA 4LZTA 5B1GA 1BWJA 154LA 1V7TA 5JENB 1B7MA 2D91A 1LMNA 5M1YA 1B7OA 1GD6A 1NDGC 5LAFA 2LHMA 1D9UA 2BQIA 3TMWA 2DQFC 4YEOA 2Z18A 4RDSA 134LA 1GEZA 1XGPC 2CDSA 1GFKA 1VAUA 2EQLA 2BQAA 5LYZA 1NBYC 1DXJA 2Z19A 5B1FA 2YBHA 4ETDA 1ZVYB 4ETCA 4LYCA 4W96A 1CKFA 4CFPA 5KXWA 1D6PA 1FBIX 1ZMYL 1LHIA 4QGZA 5DM9A 1KXXA 4EMNA 1EQ4A 5T3FA 1REXA 1OQMA 1GE4A 1GBZA 1HFXA 4XADA 3A90A 1T6VL 1HMLA 2D4JA 4II8A 4LYZA 1YKYX 4P2EA 208LA 3A91A 1GF8A 5HNLA 4YF2A 1D0KA 1UBZA 1CKCA 4N5RA 3B0IA 1LJHA 4G9SA 3A94A 1GDXA 2ZILA 4G49A 1HEOA 3LYTA 5KXSA 1HSWA 4HV1A 5KXNA 3WW6A 2DQGY 1TAYA 1IWYA 4CFOA 4DD0A 1F0WA 1ZV5L 4XJIA 5DN5A 1IOCA 1DZBX 1YIKA 1FKQA 4J0LA 3QNGA 1LHMA 3WH1A 1I1ZA 3WPKA 1XGQC 2LZTA 2MEEA 3MGWA 1NDMC 4WL6A 3AJNA 3W6CA 1D6QA 1NHEA 3AZ7A 4LT0A 4MCKA 2EIZC 1XGUC 4NFVA 1C45A 1LZCA 1GAZA 2MEAA 1LZSA 5I53A 4H9IA 1OUCA 1FDLY 1GFUA 4WM2A 1BWHA 4TSCA 1WQNA 1GFJA 1HFYA 4NHQA 1GE2A 2ZYCA 3RT5X 3ZEKA 2D6BA 3LHMA 1F6SA 4BS7A 3AGHA 1HC0A 4YM8A 2W1LA 3W6EA 1GB0A 1QUTA 1RJCB 1YKZX 1SQ2L 4R0FA 1FKVA 5I4XA 4NWEA 1E8LA 4NSGA 3CSRA 1UA6Y 4G4CA 1GBOA 1LKSA 3B72A 4H91A 1WQPA 2DQIY 1OUJA 4ETAA 5F9UA 1QSWA 5F9XA 1LHJA 1GFRA 5F14A 4XJBA 3WMKA 1LZ9A 2DQEY 2YBIA 1IP4A 3WUNA 1LYYA 1WTMA 3WU8A 3CB7A 2XJWA 1RCMA 1LHLA 2DQJY 1NBZC 4L41A 2BLYA 4OOTA 5LVJA 4PHIA 3EXDA 2W1YA 1V7SA 4PPOA 1XGRC 3WL2A 5LVKA 1LZBA 1GE3A 2HEEA 2HEDA 8LYZA 4KXIA 1VDSA 5FDJA 1LZ6A 3W3EA 2HECA 3TXGA 5DN4A 1IR8A 1LZ8A 1IIZA 1YROA 1IR9A 4U3XB 2Q0MX 1WQRA 2W1MA 1G7MC 4C3WA 1EQ5A 4G4BA 1DKJA 2FBBA 1HERA 1AT6A 1JWRA 5A3ZA 2EKSC 4AGAA 1YKXX 2YVBA 4TSBA 1WQOA 3AW6A 3GXRA 1TBYA 3J6KA 1WQQA 1LMTA 2Z12A 4XENA 5E4PA 4H9CA 4NGLA 1CJ7A 3P65A 4XYYA 1CJ9A 6LYTA 2DQAA 2HTXA 1JITA 4W94A 4Z3MA 1JJ0A 1NMMA 4OW1A 1DI3A 4PGJB 2PC2A 1B7LA 1HEMA 1JSFA 2IFFY 1A2YC 1LSFA 5KXYA 1LJGA 5LA8A 4BADA 1CJ8A 1XFPL 1Z55A 4BAFA 1QIOA 5HLLA 3AGIA 1LJKA 4WLYA 1CKHA 2CJLA 1LZRA 4A7DA 4H92A 5FHWA 3LYMA 1QDRA 3WVYA 1LSYA 4H8YA 2MEGA 4NGKA 5IHGA 1B7SA 4AXTA 3P64A 4IJ4A 1JHLA 1REYA 1CKDA 1OUAA 2YBLA 3M3UA 4WLXA 3TXKA 2ZQ4A 1RE2A 4PJ2C 3B6LA 4LFXA 1KXWA 1GB9A 3WPJA 1P2CC 3B0KA 1D0LA 1GF3A 5C6LA 1JKCA 5HQ1A 1G7IC 1IWWA 1DPXA 1LOZA 1LJFA 1IR7A 3A95A 4LFPA 4H94A 4YENA 3RW8A 5II3A 4WMGA 5APCA 5ILFA 1EQEA 3TXEA 1LZAA 2YBJA 4WM3A 1YAOA 1XSFA 2Z2EA 4HTQA 3ULRA 4Z41A 3K3TA 1XEKA 1GB2A 3AZ4A 1PZYA 1BHZA 2YBMA 1QQYA 1VDQA 3WPLA 4NG8A 5B07A 3A8ZA 3RU5A 1GB3A 1VDPA 207LA 3AZ6A 4NHIA 1AZFA 3ZVQB 1LZ4A 4XJFA 1LJJA 1H87A 1YL1X 4NGYA 4WG7A 1JKBA 4RW2A 1LSDA 2ZIKA 1FN5A 1FLYA 4NSJA 3WULA 1HF4A 4H9EA 4GCCA 4FDYA 5KXLA 1LZNA 5FSTA 3FE0A 1LSEA 5A3EA 1JEFA 2G4QA 3QE8A 1VATA 3P68A 1B9OA 1OUEA 1YQVY 1YANA 1IEEA 5C6JA 1NKHA 1B7NA 5APFA 5DL9A 1A4VA 4EOFA 4NGVA 1BQLY 3LZ2A 5LYMA 2BQCA 3AW7A 5F16A 1KIPC 1LSAA 5KXOA 4PRUA 3TMXA 4B49A 2ZWBA 1AM7A 4LYTA 3TXJA 1J1PY 3WYHA 1XEJA 2DBTA 3A3QA 1W08A 1UIGA 4NSIA 9LYZA 1MELL 4XJHA 1GAYA 4J1BA 2N5ZA 4WM4A 3W6BA 1B5XA 1BB3A 1F6RA 3OJPA 1YAQA 1IP3A 3TXFA 4OOOA 3WVXA 1J1XY 3HBEX 1CJ6A 4HPEA 4DD7A 4WL7A 1XGTC 2HEAA 2ZNWY 4ML7A 1B5YA 4UWNA 1B0DA 1GHLA 4ET8A 193LA 1IVMA 1G7LC 135LA 1GPQC 3EMSA 1UIEA 3WU7A 1B7RA 1VEDA 2BQKA 3EBAB 4LYOA 4Z98A 4DD3A 2Z2FA 1OUHA 4RLMA 4DC4A 1GB7A 1D0MA 5LINA 1C43A 1T3PA 2MEFA 1UIDA 4H90A 1IWVA 5D5CA 5KY1A 5KJ9A 1AT5A 4NWHA 1VDTA 4NEBA 5L3IA 4HPIA 1GF5A 3IWRA 4WLDA 5KXXA 5HNCA 1NQIA 5EBHA 1HEWA 1TEWA 4DD2A 4PRQA 4UWUA 3WUAA 4BAPA 1C08C 1IWUA 4LGKA 4OWEA 194LA 3W6AA 4RLNA 1GB8A 4HJVA 1RFPA 1VFBC 4H93A 1LZTA 1GDWA 2MEIA 2F4AA 5IELA 133LA 1LJIA 2DQCY 1GF6A 2BPUA 1B5VA 1GF4A 4UWVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W6ZA 4YX7C 1UACY 153LA 1OUFA 4ARQA 1L04A 1SWYA 4H8XA 1JPOA 1DPWA 115LA 1HSXA 1L17A 1NF5A 3AZ5A 2A4TA 1JTNA 1I6SA 1OWYA 162LA 2IGCA 4LT3A 1DI4A 4RW1A 157LA 1KW5A 4M4OA 1DKKA 1C6LA 3VWOA 1IP2A 2I6ZA 166LA 1KXYA 3SB6A 4NHSA 3RZEA 1L93A 260LA 5APDA 1JTTL 4NHPA 3HH4A 3CQLA 173LA 1LYZA 3LYOA 3CDOA 4Z46A 5KXZA 1B7QA 1L44A 1JQUA 1YAPA 3SB7A 4NGWA 1OYUA 4I0CA 1IO5A 1G7JC 1G7HC 112LA 3A6BY 4HTNA 5LVHA 2W1XA 4XJDA 2F2NA 151LA 4DDBA 1L77A 1NWGA 4DWXA 4ANRA 3FI5A 4OWBA 4QDNA 3RNXA 1B5ZA 2CGIA 2FYCA 2MEBA 4NGJA 1G06A 4TTDA 1HFZA 1UIBA 3T6UA 1IP5A 2H9JA 256LA 1GBWA 3SBAA 1PS5A 1P2LA 1L98A 1KIQC 163LA 1QTHA 1JKDA 1QS9A 3F9LA 2ZIJA 1C63A 238LA 1JTOL 1C67A 1L40A 5K7OA 143LA 1GWDA 1CUPA 1LYEA 164LA 1L37A 3A6CY 4NGOA 1KNIA 2HUBA 2HEBA 3PDSA 4DQJA 1J1OY 4I7NA 2Y8PA 4OWCA 4N0JA 1JJ3A 3TXBA 2Z38A 4B4EA 4W59A 1LMOA 1CU3A 5I4WA 1LJ3A 4I7MA 1G1WA 1DI5A 2DQDY 3SB9A 1I56A 3IJVA 2B5ZA 3A67Y 140LA 1IY3A 1D3MA 1L09A 3GULA 2BQNA 4E3UA 2Z6BA 5LAGA 1LYIA 2H9KA 3AB6A 169LA 1IWXA 3HDFA 1N4FA 1QT6A 1LAAA 2RB0X 2MEHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YBN A;  1IX0 A;  5AMY A;  1W6Z A;  1UAC Y;  4LT2 A;  1OUF A;  4NHT A;  1LMA A;  153L A;  2BLX A;  2FYD A;  4H8X A;  3CSZ A;  1HMK A;  1QTE A;  4DDC A;  1GFE A;  1GEV A;  1HEP A;  1JPO A;  1JTP L;  4WO9 A;  1DPW A;  1HSX A;  1LSC A;  3HBD A;  1GFV A;  1NF5 A;  3AZ5 A;  3WU9 A;  5LVI A;  4B4J A;  1LYO A;  1DQJ C;  4X3B A;  2CWI A;  4LT3 A;  4QEQ A;  1DI4 A;  3CT0 A;  1BVX A;  2A7F A;  2LYO A;  3TXD A;  5IDD A;  4ET9 A;  1GB6 A;  4RW1 A;  1JIY A;  3N9C A;  3G3A B;  4M4O A;  1DKK A;  5ILC A;  4OWH A;  1OUG A;  4HP0 A;  3RZ4 A;  4CGE A;  2WAR A;  2LYZ A;  3TMU A;  3VWO A;  1IP2 A;  2AUB A;  4LT1 A;  1BB6 A;  1LTM A;  2I6Z A;  4GLV A;  1KXY A;  1OUB A;  4NHS A;  5LIO A;  1IP1 A;  2I25 L;  1C7P A;  5I54 A;  4NG1 A;  1IOQ A;  4KT3 A;  1LSG A;  4TUN A;  5APD A;  3T36 A;  4XN6 A;  1GFA A;  1GFT A;  4D9Z A;  1JTT L;  1UIH A;  4NHP A;  2ZQ3 A;  3CQL A;  2BQO A;  1I20 A;  1LYZ A;  3LYO A;  3P66 A;  1IP7 A;  1GE1 A;  1YIL A;  1SLY A;  2C8O A;  2BAA A;  4B1A A;  2DKV A;  4Z46 A;  4WM1 A;  5KXZ A;  5KKI A; 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 3QE8 A;  1VAT A;  3P68 A;  1B9O A;  1OUE A;  1YQV Y;  1YAN A;  1IEE A;  5C6J A;  1NKH A;  1B7N A;  5APF A;  5DL9 A;  1A4V A;  4EOF A;  4NGV A;  1BQL Y;  3LZ2 A;  5LYM A;  2BQC A;  3AW7 A;  5F16 A;  1KIP C;  1LSA A;  5KXO A;  4PRU A;  3TMX A;  4B49 A;  2ZWB A;  1AM7 A;  4LYT A;  3TXJ A;  1J1P Y;  3WYH A;  1XEJ A;  2DBT A;  3A3Q A;  1W08 A;  1UIG A;  4NSI A;  9LYZ A;  1MEL L;  4XJH A;  1GAY A;  4J1B A;  2N5Z A;  4WM4 A;  3W6B A;  1B5X A;  1BB3 A;  1F6R A;  3OJP A;  1YAQ A;  1IP3 A;  3TXF A;  4OOO A;  3WVX A;  1J1X Y;  3HBE X;  1CJ6 A;  4HPE A;  4DD7 A;  4WL7 A;  1XGT C;  2HEA A;  2ZNW Y;  4ML7 A;  1B5Y A;  4UWN A;  1B0D A;  1GHL A;  4ET8 A;  193L A;  1IVM A;  1G7L C;  135L A;  1GPQ C;  3EMS A;  1UIE A;  3WU7 A;  1B7R A;  1VED A;  2BQK A;  3EBA B;  4LYO A;  4Z98 A;  4DD3 A;  2Z2F A;  1OUH A;  4RLM A;  4DC4 A;  1GB7 A;  1D0M A;  5LIN A;  1C43 A;  1T3P A;  2MEF A;  1UID A;  4H90 A;  1IWV A;  5D5C A;  5KY1 A;  5KJ9 A;  1AT5 A;  4NWH A;  1VDT A;  4NEB A;  5L3I A;  4HPI A;  1GF5 A;  3IWR A;  4WLD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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