3J6KA

2.5a structure of lysozyme solved by microed
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure determination by continuous-rotation data collection in MicroED.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3j6kA00
1NMMA 4IASA 2MEIA 1C08C 1IC7Y 3CT0A 1GFKA 4NG1A 4UWUA 3WVYA 3EO5A 4NSJA 4WLXA 4WL7A 3VWOA 4YOPA 1Z55A 1GFJA 4H93A 1HSWA 1LZ4A 1B7QA 5J7CA 2HEFA 3IWRA 2HEBA 2HEDA 2H5ZA 2LYOA 3D9AC 1RI8B 1QTKA 4LT0A 1VAUA 1WQOA 1LMAA 1JJ1A 2DQHY 2W1MA 1LOZA 3LYTA 1B5ZA 3EMSA 4M6DA 1LSYA 1LZ6A 1PZYA 1MELL 1WQQA 4NHTA 4H9EA 4LZTA 2ZILA 4II8A 1ZMYL 5LAFA 4MSTA 4HJVA 1A2YC 1IO5A 4GN3A 4HP0A 1GBSA 1UIFA 1BQLY 1D0LA 1FLUA 3AW6A 1IP1A 2F30A 1D0MA 1LMPA 4WM5A 1NDMC 2Z38A 3N9EA 3N9CA 4Z3MA 3HBDA 4KL7A 4PJ2C 4E3UA 4DDBA 1HEWA 1I20A 3WUAA 2MEEA 1QTEA 4ETCA 1JEFA 1FBIX 1QDRA 3J4GA 1LJGA 4LYTA 4B4EA 4H8ZA 4WM2A 1UBZA 1CJ7A 1W08A 1UIAA 1GBXA 1OUCA 1YQVY 1UCOA 1GFAA 4PHIA 4N0JA 1HC0A 3F6ZA 4BADA 1NBYC 1G7IC 1I56A 1GEZA 1HSXA 1LJEA 2ZNWY 2ZQ4A 4R0FA 5APCA 154LA 1IIZA 3TXIA 4XJBA 4XJFA 2VB1A 1JISA 1GFGA 3A6CY 4WOAA 3LZ2A 1OUIA 1LHJA 5HNCA 1HHLA 4ETEA 1JTTL 1EQEA 5L3IA 1GB9A 4WMGA 1KIQC 4OW1A 2LYMA 5HLLA 1LSNA 5B59A 2B5ZA 1G7LC 4O34A 1GHLA 1CKGA 4CFOA 1YAOA 4ETAA 1J1XY 1RFPA 1TBYA 3CT1A 4WG1A 3LYOA 4CJ2A 8LYZA 4H9FA 1FN5A 3W6FA 3AZ4A 2LHMA 1WQRA 2F4GA 4RW1A 1GXXA 3TXBA 4OWEA 5KXTA 4NEBA 1UIEA 2BPUA 4XJGA 2YVBA 4KPMA 4G4HA 2H9JA 1LZ1A 1QUSA 2BQIA 3EXDA 4ANRA 5FCPA 4HTKA 2F2NA 2FBBA 3BKVA 5D5FA 1GB5A 3LHMA 5LXWA 3WL2A 1DKJA 1JHLA 4NGJA 5IELA 5T3FA 2BQOA 1GDXA 1LZNA 1LSZA 1IWXA 2IFFY 1UIHA 134LA 1LKSA 207LA 4NSIA 2MEDA 5KXNA 1JSEA 1GB8A 3OJPA 1XEKA 1TAYA 2HECA 2Z18A 1GBZA 3MGWA 1HNLA 4CFPA 4LYBA 4N8ZA 1CNSA 3RT5X 3WUMA 1LMOA 1O23A 1LZSA 1LJFA 1DKKA 4LYMA 1IP2A 3B6LA 1C7PA 4NFVA 4CHXA 2BQKA 2C8PA 2CGIA 3HBEX 1J1PY 3B72A 2X0AA 4B4JA 4XN6A 3AZ6A 3QE8A 1GBYA 1YIKA 4NIJA 1GE3A 2YBNA 1C45A 1QDTA 1G7MC 4B4IA 1DI3A 1GD6A 4H9BA 1LJHA 4GN5C 1CJ9A 3D3DA 4TWSA 4ZIXA 3TMVA 1LZCA 4BAFA 1RJCB 1VDTA 1LHIA 1OUGA 2D4KA 1LHMA 4GCEA 3AZ7A 4EOFA 1WTNA 1LZEA 1CKHA 4TTDA 4C5FA 1YKZX 2DQFC 3RNXA 1HMLA 4IJ4A 3TXDA 3AGGG 1NWGA 4A7DA 2FBDA 5I4WA 1IEEA 1BB4A 1JJ0A 2D4JA 4ETDA 4WLYA 2ZYCA 1GFTA 6LYTA 3CSZA 4RLMA 1FKVA 4NGVA 208LA 2BQHA 1LHHA 1JTPL 1LSMA 4N1EI 4R6CA 2LZ2A 2YBMA 1GE0A 1GF6A 1KIRC 4LYZA 5L3HA 4GLVA 1OP9B 4XJDA 3M18B 3BKHA 1B5WA 1N4FA 3E3DA 4L41A 4HJZA 1IR7A 1EQ5A 1LSEA 2I6ZA 1CKCA 1GBOA 1LZ8A 1C10A 1G7HC 2YBHA 3AYQA 4NSGA 1GF4A 5DN4A 3TMUA 4CGEA 3B0IA 1LTMA 1VATA 1YKYX 3A91A 4G4CA 1JSFA 4U3XB 5LVIA 3TXKA 4YM8A 2YSSC 1B7RA 1VEDA 5LYMA 3TXFA 5ILCA 1GEVA 1UIDA 1LJJA 2DBTA 4M4OA 2EPEA 1GAZA 2XBRA 4NSHA 1REXA 5FEKA 1F6SA 1GE2A 2Z2FA 153LA 1IWZA 1IOQA 4WLTA 2AUBA 1TDYA 1NF5A 3EBAB 1B5VA 2Q0MX 5C6LA 1LZRA 2BAAA 1GDWA 1LYZA 1RE2A 3WH1A 2MECA 1IOSA 1LCNA 3A90A 1HEOA 1CJ6A 3QNGA 4QY9A 4X3BA 2BQMA 3WYHA 1JITA 4WO9A 4WM4A 1LMQA 2HTXA 3WXUA 1C43A 4GCFA 4C3WA 4YF2A 1GF3A 3M3UA 1IOTA 1FDLY 1GF5A 1SQ2L 2W1YA 1WQMA 1TCYA 1DQJC 1GF9A 3IJVA 4HTQA 3W6DA 4DT3A 1XFPL 5HQ1A 1HERA 1GAYA 5LVGA 5IHGA 3ATOA 1IP6A 2BQCA 1IWYA 4WM1A 4WM3A 1LZAA 1BVXA 5B1GA 1UIGA 3W6BA 3WUNA 4ETBA 1T6VL 3OK0A 5KXWA 1GB2A 2BQNA 3WXTA 5KXRA 1UA6Y 2YBIA 2PC2A 1DI4A 4GCDA 3WULA 2MEFA 1VDSA 4RLNA 1IC4Y 5FELA 5APDA 2YDGA 1QUTA 1J1OY 4GN4A 1BHZA 1UUZC 1OUJA 1V7SA 1TEWA 1E8LA 3CQLA 4H9AA 1YILA 1LZTA 3ZVQA 1IVMA 4NGIA 2HEAA 1HENA 5IDDA 3LN2A 7LYZA 3A3RX 1WVVA 5HNLA 1IY3A 3G3AB 4DD3A 4NY5A 5LYTA 4B49A 1JWRA 2Z12A 4J0LA 5LAGA 2BQGA 5KXZA 5KXYA 1KXXA 4HTNA 1FKQA 5DM9A 3A67Y 3RU5A 1B5XA 4RDSA 4N9RA 2D6BA 1NKHA 4TSCA 5EBHA 4D9ZA 1QSAA 4H9IA 5APFA 1W6ZA 2GV0A 4NHPA 4NHQA 1IY4A 4NGLA 4LYOA 3P68A 1LSBA 5F16A 4QGZA 1HEPA 2D4IA 5AMYA 2BQJA 3TXGA 5FSTA 1B7MA 1LJKA 1LSFA 2ZWBA 1UICA 4OWCA 1GPQC 3TXJA 4WO6A 4OOTA 2C8OA 1CKFA 4AGAA 4TUNA 4HSFA 1PS5A 4B0DA 5C6JA 2IHLA 1DPWA 1IWUA 1CKDA 1DPXA 5B05A 1LJNA 1IWWA 5KXXA 2BLXA 1YL0X 3W6EA 4YEOA 3T6UA 1INUA 5K7OA 3AJNA 4Z98A 5A3ZA 4HJYA 1KXYA 5KXLA 1UACY 4NG8A 2LYZA 193LA 1IP7A 1WQNA 4YEMA 9LYZA 2CJLA 1OUHA 5D5CA 133LA 4FDYA 1KXWA 1LKRA 2DQDY 5HMJA 1GF0A 4DD9A 1HMKA 1LMCA 4BS7A 1GFVA 1YAPA 4NGOA 1JKDA 4LT1A 4LT3A 4N5RA 5KKJA 1LSCA 3LYZA 4HV1A 4DD1A 1GB6A 1AT5A 2I25L 1G7JC 3GXRA 3TXEA 4HPIA 1D6QA 3FE0A 2F4AA 2Z19A 3GXKA 5LINA 2YBJA 1LZ9A 2W1XA 194LA 2D91A 4TSBA 3ZEKA 3WU8A 4PRUA 5DN5A 4LFXA 2Z37A 5LIOA 4MCKA 1XGRC 2BQBA 5F9UA 3ZVQB 4J1AA 1HELA 3B0OA 3AB6A 4IATA 1XGQC 4NGYA 4XJHA 1REMA 1HFYA 1NBZC 3CSRA 3CSQA 2ZQ3A 1IC5Y 4WL6A 2A7FA 1ZVHL 1HFZA 4HPEA 4NWEA 4H94A 5I54A 1IWVA 2Z2EA 2XTHA 1ALCA 4H90A 5F81A 2DQCY 4W96A 5APEA 1F0WA 1REZA 2BQFA 3P66A 3W6AA 5LA5A 1BVKC 1ZVYB 2ZNXY 4QEQA 3FI7A 4UWVA 1FLYA 1F10A 4J7VA 1LYSA 3AGIA 1GE4A 4OWBA 2G4QA 5A3EA 1GFHA 1DI5A 1P2CC 5LVHA 1JUGA 1B2KA 1AKIA 3A92A 4WM6A 3CT5A 1H87A 1F6RA 1OUFA 1FLWA 1XGTC 4H8XA 4RW2A 1BGIA 4LGKA 3N9AA 1KIPC 1B7SA 4NWHA 4OWAA 1REYA 3A3QA 3WPLA 4DC4A 1IORA 1LZYA 1I1ZA 1UIBA 1JPOA 4LFPA 1SLYA 4H92A 1FLQA 5I5QA 1YL1X 4KXIA 1VFBC 4OWHA 5FHWA 4ZEEA 4MR1A 2HEEA 4EMNA 1IR8A 5I4XA 5KXMA 1JJ3A 3WPKA 1B5UA 1B7OA 5LA8A 3T36A 3SP3A 2DQIY 2DQGY 3P4ZA 4I0CA 1LAAA 1IX0A 5M1YA 4ML7A 4UWNA 4WLDA 1OUAA 2XJWA 1GB0A 1LPIA 135LA 4H1PA 4H91A 2EQLA 3TXHA 5KXPA 3A95A 1HF4A 4W94A 4XYYA 1GFEA 2WARA 1QSWA 2ZYPA 5DLAA 1LZ5A 1XEJA 132LA 5LYZA 3WW6A 1GB3A 4HV2A 4DD7A 5B06A 1LHLA 1BB5A 1VDQA 4DDCA 1LSDA 2DKVA 3CB7A 1BB3A 5KXKA 4H9HA 1NHEA 3AW7A 2DQEY 1OUBA 2BQLA 2BLYA 1JKCA 4KT3A 1GBWA 5E4PA 4XADA 1UC0A 1HFXA 2BQEA 3WW5A 3WU9A 5KY1A 1LZBA 1IP3A 3W3EA 1H6MA 1HEQA 3A94A 3KAMA 1XEIA 4WG7A 2XBSA 4N1CC 1D9UA 1LMTA 1XSFA 3QY4A 4GLAA 1LZGA 2CWIA 5B1FA 3TMXA 2CDSA 2W1LA 2HU1A 1XGPC 3B0KA 5L9JA 2N5ZA 1BB6A 1T3PA 1AT6A 3LYMA 4LYCA 3G3BB 4BAPA 1NDGC 4PRQA 4NGKA 4ET8A 2ZIJA 2A7DA 3A93A 5B07A 5HMVA 3W6CA 4PGJB 3A96A 1GB7A 1IWTA 1IP4A 2EIZC 4G4BA 4YENA 1D6PA 2FYDA 3P65A 1LSGA 4DWXA 3J6KA 5II3A 2I26L 4PPOA 1GF7A 2MEHA 2YBLA 2G4PA 1B9OA 1RCMA 5DL9A 3WU7A 4AXTA 4H9CA 1OUDA 2MEGA 2BQAA 4GCBA 4G49A 2RSCA 3TMWA 4OOOA 1LMNA 6LYZA 1C46A 1LHKA 1YKXX 2MEAA 1JKBA 1NQIA 2NWDX 4Z46A 3WVXA 1BWHA 1IR9A 3A6BY 4NGWA 4DYGA 1ZV5L 1JKAA 1BWIA 4ZFPA 4XJIA 5E9RA 5C6IA 3IJUA 4FJRA 5I4YA 1LYOA 1B7LA 2ZIKA 3K3TA 2H9KA 4I8SA 2HU3A 1JTOL 1YAMA 1WTMA 5KKIA 3P64A 3AZ5A 1B5YA 1LJ3A 1QIOA 1B7NA 1LSAA 1YANA 5KXSA 1LYYA 2DQAA 4NHIA 1GXV2 5ILFA 1DXJA 4H8YA 4DDAA 3LZTA 1B0DA 4LT2A 4G9SA 3RW8A 5F14A 4NGZA 4XENA 1GF8A 1IP5A 1VDPA 2FYCA 2LZTA 1WQPA 1B7PA 1BB7A 3ATNA 2G4NA 1IOCA 4GCCA 3AGHA 2DQJY 1EL1A 1AM7A 3RZ4A 2BQDA 1EQ4A 1GWDA 1DZBX 5LVKA 4B1AA 3HFMY 4DD2A 5I53A 1WVUA 1V7TA 1XGUC 4NHSA 4P2EA 1GE1A 1OQMA 4J1BA 4DD0A 4ET9A 4QDNA 3A34A 1LZDA 5LVJA 1GFUA 1YAQA 5KXOA 1D0KA 1MLCE 4Z41A 3A8ZA 3HBHA 4TX7A 1AZFA 1LJIA 1OUEA 1HEMA 1QQYA 2Y8PA 3WPJA 1GFRA 1JIYA 1LJ4A 1LSPA 3ULRA 5KJ9A 1A4VA 1BWJA 5F9XA 2EKSC 2HUBA 5FDJA 1YROA 1CJ8A 3WMKA 5JENB 2Z39A 2MEBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OVHA 1DYAA 4IASA 1G0PA 1IC7Y 3CT0A 3EO5A 220LA 3SB9A 1LZ4A 2HEDA 1L10A 1VAUA 3LYTA 1LOZA 4M6DA 1LZ6A 1PZYA 1MELL 3DN4A 4LZTA 4II8A 5LAFA 4HJVA 2Z6BA 1A2YC 1D0LA 3CDTA 1G1VA 1C6EA 2L78A 4KL7A 129LA 2MEEA 1QTEA 1JEFA 1FBIX 262LA 1C6CA 1LJGA 4W51A 4B4EA 4WM2A 1CJ7A 1L99A 189LA 1GBXA 1HC0A 1NBYC 1G7IC 1LJEA 1HSXA 2ZNWY 110LA 3TXIA 4XJBA 1G07A 1SX2A 260LA 1OUIA 1GB9A 2LCBA 1G7LC 3VW7A 4ETAA 1J1XY 3CT1A 219LA 8LYZA 182LA 1L80A 3CDRA 1LYJA 4XJGA 4KPMA 4G4HA 3EMLA 1QT7A 2FBBA 1GB5A 3WL2A 140LA 1L29A 1GDXA 1LSZA 1IWXA 4I7NA 1JSEA 1GB8A 1XEKA 2HECA 1HNLA 4LYBA 3RT5X 1L88A 3SB6A 175LA 3HBEX 1D3JA 1YIKA 3NY9A 1CU2A 1QDTA 4GN5C 4ZIXA 118LA 4I7OA 150LA 1CKHA 3AGGG 1L41A 1IEEA 2D4JA 3CSZA 4NGVA 180LA 208LA 1LHHA 4N1EI 1L87A 122LA 4DQ5A 3E3DA 1N4FA 1IR7A 5DN4A 4NSGA 2B7XA 1JSFA 1DYCA 113LA 1JTMA 2YSSC 3SB8A 5LYMA 1UIDA 4M4OA 1ZYTA 4NSHA 1GE2A 1IOQA 241LA 2AUBA 1LZRA 184LA 3A90A 1HEOA 1CJ6A 4QY9A 1QUHA 4WO9A 183LA 1GF3A 4FJRA 1GF5A 2W1YA 1DYBA 3IJVA 1GF9A 1QTDA 4DKLA 5IHGA 4WM3A 3CDQA 1CV5A 1C6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NMM A;  4IAS A;  2MEI A;  1C08 C;  1IC7 Y;  3CT0 A;  1GFK A;  4NG1 A;  4UWU A;  3WVY A;  3EO5 A;  4NSJ A;  4WLX A;  4WL7 A;  3VWO A;  4YOP A;  1Z55 A;  1GFJ A;  4H93 A;  1HSW A;  1LZ4 A;  1B7Q A;  5J7C A;  2HEF A;  3IWR A;  2HEB A;  2HED A;  2H5Z A;  2LYO A;  3D9A C;  1RI8 B;  1QTK A;  4LT0 A;  1VAU A;  1WQO A;  1LMA A;  1JJ1 A;  2DQH Y;  2W1M A;  1LOZ A;  3LYT A;  1B5Z A;  3EMS A;  4M6D A;  1LSY A;  1LZ6 A;  1PZY A;  1MEL L;  1WQQ A;  4NHT A;  4H9E A;  4LZT A;  2ZIL A;  4II8 A;  1ZMY L;  5LAF A;  4MST A;  4HJV A;  1A2Y C;  1IO5 A;  4GN3 A;  4HP0 A;  1GBS A;  1UIF A;  1BQL Y;  1D0L A;  1FLU A;  3AW6 A;  1IP1 A;  2F30 A;  1D0M A;  1LMP A;  4WM5 A;  1NDM C;  2Z38 A;  3N9E A;  3N9C A;  4Z3M A;  3HBD A;  4KL7 A;  4PJ2 C;  4E3U A;  4DDB A;  1HEW A;  1I20 A;  3WUA A;  2MEE A;  1QTE A;  4ETC A;  1JEF A;  1FBI X;  1QDR A;  3J4G A;  1LJG A;  4LYT A;  4B4E A;  4H8Z A;  4WM2 A;  1UBZ A;  1CJ7 A;  1W08 A;  1UIA A;  1GBX A;  1OUC A;  1YQV Y;  1UCO A;  1GFA A;  4PHI A;  4N0J A;  1HC0 A;  3F6Z A;  4BAD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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