3JR6A

Sequential reorganization of beta-sheet topology by insertion of a single strand
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
170
structure length
170
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Sequential reorganization of beta-sheet topology by insertion of a single strand.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 53
structure length 170
sequence length 170
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3jr6A00
1L56A 1P64A 1OVHA 2HUMA 1DYAA 2ANXA 1G0PA 234LA 162LA 1L25A 220LA 3SB9A 1LYDA 198LA 178LA 4EKQA 1L10A 1L69A 4I7LA 1L47A 1L70A 1QTCA 4K5YA 1L58A 1L48A 3DN4A 231LA 1KY0A 2Z6BA 1L74A 1SSYA 2IGCA 233LA 3CDTA 4PJZA 1G1VA 1C6EA 1XJTA 2RH1A 237LA 2L78A 2QARC 102LA 129LA 2NTHA 3SN6R 1L83A 262LA 1C6CA 4W51A 3F8VA 1P46A 1L99A 170LA 189LA 1P2RA 1L71A 187LA 2B74A 110LA 1G07A 1C6GA 1SX2A 260LA 1ZURA 3DNAA 4I7TA 2B70A 4I7KA 3DN3A 4S0WA 247LA 1OV7A 257LA 201LA 3JR6A 2LCBA 1OVJA 2RBPA 160LA 3VW7A 3HH3A 1LGXA 228LA 1L54A 1C65A 192LA 2B6TA 219LA 2F2QA 3GULA 1T8FA 182LA 1L93A 1QS5A 2B6ZA 1P56A 1L80A 249LA 3CDRA 4DAJA 1LYJA 1L60A 227LA 1QUOA 3EMLA 1L07A 1L30A 1L79A 1QT7A 185LA 140LA 1L29A 1L90A 1L72A 223LA 1L34A 1L51A 4I7NA 1P5CA 147LA 1WTHA 4EPFA 2RAYX 4W57A 4ARPA 199LA 1L63A 1L88A 3SB6A 1SWZA 175LA 3DKEX 166LA 176LA 1D3JA 2ANVA 3NY9A 1CU2A 3C7YA 169LA 1LI6A 1QT6A 226LA 1D3MA 143LA 3HUQA 118LA 4I7OA 150LA 3DN1A 145LA 1L15A 148LE 1L40A 254LA 1P37A 1L41A 1L23A 1D9WA 2RB2X 2HULA 3DMZA 3G3XA 1P6YA 180LA 1D2WA 1L01A 1LGWA 1L05A 2A4TA 3G3WA 3HTGA 4LDEA 112LA 1L57A 1CX7A 4ARQB 1L85A 1L87A 2LZMA 1L35A 122LA 1L43A 1L52A 151LA 1NHBA 2OE7X 1L04A 4W59A 1L65A 3D4SA 164LA 2B7XA 1DYCA 113LA 1JTMA 4GBRB 3SB8A 1SSWA 3SBBC 3L64A 1G0KA 1ZYTA 1L49A 174LA 1D2YA 241LA 2QB0B 1CVKA 1CV0A 3GUKA 1QTBA 200LA 2O7AA 184LA 1XJUA 1QSQA 232LA 3DN0A 125LA 1LYEA 1XEPA 1QUHA 146LA 1L28A 183LA 1L09A 4EKRA 156LA 4OO9A 2OEAX 4W54A 3HTBA 1DYBA 4ARLA 1JQUA 2LC9A 251LA 1QTDA 4DKLA 4W52A 4W53A 1CU0A 2F47A 1QT4A 3CDQA 191LA 1CV5A 1QSBA 235LA 1C6TA 1P7SA 4ARJA 1L24A 1LYIA 1L50A 1KW7A 1L16A 3DMVA 3RZEA 1L17A 2CUUA 3OE0A 3GUJA 181LA 1L68A 3DN2A 1C64A 120LA 1QUDA 255LA 3LZMA 1OWYA 3DN6A 3FI5A 4EPIA 168LA 248LA 1LWGA 3HWLA 1T6HA 1G1WA 1QUGA 2RBQA 3SBAA 3HTDA 3V2WA 243LA 4I7MA 3C83A 261LA 1L02A 1L82A 3GUIA 1C6BA 1CX6A 236LA 3UONA 205LA 1TLAA 1L46A 1G0JA 2RBSA 3HDEA 4ZPUA 1L21A 138LA 3C8QA 4LDOA 240LA 1EPYA 109LA 210LA 1C6KA 4W58A 4ARMA 1LPYA 4W56A 1L03A 1T8GA 190LA 1L31A 1C62A 1B6IA 1PQKA 3C8RA 3GUMA 215LA 4I7JA 2OE4X 2OU9A 3OE9A 197LA 222LA 1L89A 1CV4A 1L0KA 4LZMA 1L36A 2HUKA 1L76A 1D3NA 1L84A 171LA 141LA 209LA 2RB1X 103LA 1L13A 1L38A 152LA 217LA 3V2YA 173LA 225LA 4E97A 3C81A 1L55A 1DYDA 1LLHA 1P2LA 1QTHA 2OTYX 1CV6A 1QT3A 1C61A 158LA 1C6HA 224LA 1QT5A 4LDLA 139LA 3HDFA 1LGUA 3F9LA 165LA 2OU8A 1L12A 3DMXA 1LYHA 2RAZX 3DN8A 1L32A 2OE9X 1CV1A 1CU3A 4W55A 3OE8A 3FADA 126LA 3HT6A 1OYUA 111LA 3HT9A 5I14A 259LA 3PDSA 1C6LA 3CDVA 238LA 1QTZA 2RBNA 172LA 3SB5A 4GRVA 1L73A 1P36A 1KS3A 2B6WA 1L44A 1LYGA 1QTVA 4YXCA 1I6SA 1C6PA 216LA 230LA 3HTFA 1L26A 7LZMA 3GUOA 1K28A 245LA 3NY8A 1L86A 196LA 3C80A 1L0JA 1L67A 1C67A 1L96A 250LA 4ARMB 1G0MA 1QS9A 221LA 2O4WA 3C8SA 5LZMA 3HH5A 4DJHA 3K2RA 3GUPA 4EXMA 107LA 2B73A 6LZMA 1OVKA 2B6YA 2RBRA 3HUAA 1L00A 1C6MA 1LI2A 252LA 1KNIA 1T97A 253LA 186LA 195LA 239LA 3G3VA 244LA 2RB0X 4IAPA 1CTWA 1C68A 1C6IA 1L97A 1PQMA 2OTZX 1L06A 123LA 1CUQA 1ZWNA 1CU5A 1DYGA 1L27A 1L77A 4I7PA 1L98A 1CV3A 1L94A 1LYFA 3HUKA 1C66A 2O79A 1T8AA 1OV5A 1L81A 214LA 206LA 1LW9A 3HH6A 3CDOA 115LA 3HT7A 2B75A 4I7QA 159LA 163LA 3L2XA 177LA 1SX7A 1G0LA 256LA 1C69A 213LA 1C6DA 1C6AA 142LA 188LA 1L64A 131LA 1L91A 242LA 1CUPA 1L14A 3C82A 4YXAC 1KW5A 119LA 1PQIA 1DYEA 1L11A 1L22A 246LA 2Q9DA 1L42A 3HU8A 167LA 4ARQA 3HU9A 3C7WA 1PQOA 149LA 130LA 1G06A 1C6FA 4I7SA 1KY1A 3GUNA 1G0QA 1LWKA 258LA 2F32A 3ODUA 1L75A 1G0GA 1L37A 2NTGA 3PBLA 1CU6A 1PQDA 212LA 3FA0A 104LA 1L19A 4I7RA 1L20A 211LA 1JTNA 4EKSA 1L18A 1P3NA 3RUNA 1SWYA 155LA 1C6QA 1L53A 1L39A 2RBOA 137LA 1C63A 1D3FA 229LA 1L92A 1L95A 3SB7A 1PQJA 108LA 1LI3A 3HT8A 3QAKA 128LA 4PK0A 3HH4A 114LA 1DYFA 1L33A 218LA 1OWZA 1QT8A 4EJ4A 144LA 1L08A 2Q9EA 1L61A 161LA 3NYAA 1C60A 1L66A 1L62A 1C6JA 2OU0X 1C6NA 2B72A 4EKPA 4YX7C 3OE6A 4AQNA 1L45A 157LA 3C7ZA 2B6XA 127LA 1L59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OVHA 1DYAA 4IASA 1G0PA 1IC7Y 3CT0A 3EO5A 220LA 3SB9A 1LZ4A 2HEDA 1L10A 1VAUA 3LYTA 1LOZA 4M6DA 1LZ6A 1PZYA 1MELL 3DN4A 4LZTA 4II8A 5LAFA 4HJVA 2Z6BA 1A2YC 1D0LA 3CDTA 1G1VA 1C6EA 2L78A 4KL7A 129LA 2MEEA 1QTEA 1JEFA 1FBIX 262LA 1C6CA 1LJGA 4W51A 4B4EA 4WM2A 1CJ7A 1L99A 189LA 1GBXA 1HC0A 1NBYC 1G7IC 1LJEA 1HSXA 2ZNWY 110LA 3TXIA 4XJBA 1G07A 1SX2A 260LA 1OUIA 1GB9A 2LCBA 1G7LC 3VW7A 4ETAA 1J1XY 3CT1A 219LA 8LYZA 182LA 1L80A 3CDRA 1LYJA 4XJGA 4KPMA 4G4HA 3EMLA 1QT7A 2FBBA 1GB5A 3WL2A 140LA 1L29A 1GDXA 1LSZA 1IWXA 4I7NA 1JSEA 1GB8A 1XEKA 2HECA 1HNLA 4LYBA 3RT5X 1L88A 3SB6A 175LA 3HBEX 1D3JA 1YIKA 3NY9A 1CU2A 1QDTA 4GN5C 4ZIXA 118LA 4I7OA 150LA 1CKHA 3AGGG 1L41A 1IEEA 2D4JA 3CSZA 4NGVA 180LA 208LA 1LHHA 4N1EI 1L87A 122LA 4DQ5A 3E3DA 1N4FA 1IR7A 5DN4A 4NSGA 2B7XA 1JSFA 1DYCA 113LA 1JTMA 2YSSC 3SB8A 5LYMA 1UIDA 4M4OA 1ZYTA 4NSHA 1GE2A 1IOQA 241LA 2AUBA 1LZRA 184LA 3A90A 1HEOA 1CJ6A 4QY9A 1QUHA 4WO9A 183LA 1GF3A 4FJRA 1GF5A 2W1YA 1DYBA 3IJVA 1GF9A 1QTDA 4DKLA 5IHGA 4WM3A 3CDQA 1CV5A 1C6TA 3OK0A 3DMVA 3WXTA 5KXRA 3GUJA 4GCDA 1VDSA 120LA 1QUTA 1QUDA 1E8LA 1YILA 3DN6A 4EPIA 168LA 1LWGA 2RBQA 3V2WA 5HNLA 4NY5A 4J0LA 205LA 1G0JA 1B5XA 2D6BA 2RBSA 1W6ZA 1LSBA 4W58A 4ARMA 1LPYA 2BQJA 1LSFA 4OOTA 190LA 4TUNA 1C62A 1IWUA 1DPXA 1LJNA 3T6UA 4I7JA 5K7OA 197LA 4LZMA 1IP7A 4YEMA 133LA 1D3NA 1L84A 141LA 103LA 1GFVA 1YAPA 3V2YA 1L55A 1LLHA 4DD1A 4HV1A 1QT3A 1G7JC 1C61A 158LA 1C6HA 4LDLA 1D6QA 2YBJA 1LGUA 2D91A 3F9LA 1LYHA 3DN8A 1L32A 2OE9X 2Z37A 1CV1A 4W55A 3OE8A 5F9UA 3ZVQB 3HT6A 126LA 1OYUA 4XJHA 111LA 1NBZC 2A7FA 172LA 4H94A 2Z2EA 4H90A 5F81A 1REZA 1L44A 1LYGA 4UWVA 1FLYA 3HTFA 1LYSA 1P2CC 1JUGA 1AKIA 1FLWA 4H8XA 4RW2A 1C67A 1KIPC 1REYA 221LA 1IORA 5LZMA 4LFPA 1UIBA 3GUPA 4EXMA 4ZEEA 1IR8A 1OVKA 3WPKA 5LA8A 1LI2A 1KNIA 2DQGY 3P4ZA 253LA 1LAAA 1C68A 4WLDA 1OUAA 1L97A 1LPIA 135LA 4XYYA 1DYGA 1GFEA 5DLAA 4I7PA 1LZ5A 5LYZA 1L98A 5B06A 1LHLA 1BB5A 1LSDA 1C66A 2DKVA 2O79A 1L81A 1LW9A 4I7QA 159LA 1OUBA 1JKCA 4XADA 1SX7A 1G0LA 1H6MA 3KAMA 3A94A 1LMTA 242LA 1L14A 2HU1A 3C82A 4LYCA 1KW5A 4BAPA 1NDGC 1PQIA 3HU8A 2ZIJA 167LA 3C7WA 3A96A 1GB7A 4YENA 2I26L 1GF7A 258LA 1RCMA 3ODUA 4AXTA 1CU6A 4GCBA 1PQDA 4OOOA 6LYZA 1LHKA 1YKXX 104LA 1JKBA 4I7RA 3WVXA 4DYGA 1L20A 211LA 4XJIA 1JTNA 4EKSA 1L18A 1P3NA 2H9KA 4H8YA 4DDAA 4LT2A 5F14A 1LI3A 3QAKA 1GF8A 128LA 2LZTA 1IOCA 1DYFA 2DQJY 1AM7A 1EQ4A 5LVKA 1QT8A 4EJ4A 1L08A 1WVUA 161LA 1GE1A 1C60A 1L62A 1C6JA 5KXOA 1QQYA 2Y8PA 3OE6A 1GFRA 1JIYA 5KJ9A 1A4VA 1L45A 157LA 1L59A 1NMMA 2HUMA 2MEIA 1C08C 4UWUA 3WVYA 4YOPA 1Z55A 3IWRA 3D9AC 4EKQA 4LT0A 1LMAA 2W1MA 3EMSA 1WQQA 231LA 4MSTA 4PJZA 2F30A 1LMPA 1XJTA 4Z3MA 4DDBA 1HEWA 1I20A 102LA 3SN6R 3J4GA 4LYTA 1UCOA 1GFAA 5APCA 4WOAA 5HNCA 1JTTL 4I7TA 3DN3A 1OV7A 257LA 2LYMA 5HLLA 1LSNA 1OVJA 3HH3A 1YAOA 1TBYA 192LA 4CJ2A 1FN5A 1T8FA 3AZ4A 2LHMA 1L93A 4RW1A 3TXBA 4OWEA 4NEBA 1L60A 1UIEA 2H9JA 3EXDA 2F2NA 5LXWA 185LA 4NGJA 1L90A 2BQOA 1L51A 134LA 1UIHA 1P5CA 147LA 4NSIA 5KXNA 3OJPA 1WTHA 4N8ZA 1O23A 1LJFA 1DKKA 4LYMA 4W57A 1C7PA 3DKEX 3B72A 176LA 3AZ6A 2YBNA 1DI3A 1LI6A 1QT6A 1GD6A 4H9BA 226LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OVH A;  1DYA A;  4IAS A;  1G0P A;  1IC7 Y;  3CT0 A;  3EO5 A;  220L A;  3SB9 A;  1LZ4 A;  2HED A;  1L10 A;  1VAU A;  3LYT A;  1LOZ A;  4M6D A;  1LZ6 A;  1PZY A;  1MEL L;  3DN4 A;  4LZT A;  4II8 A;  5LAF A;  4HJV A;  2Z6B A;  1A2Y C;  1D0L A;  3CDT A;  1G1V A;  1C6E A;  2L78 A;  4KL7 A;  129L A;  2MEE A;  1QTE A;  1JEF A;  1FBI X;  262L A;  1C6C A;  1LJG A;  4W51 A;  4B4E A;  4WM2 A;  1CJ7 A;  1L99 A;  189L A;  1GBX A;  1HC0 A;  1NBY C;  1G7I C;  1LJE A;  1HSX A;  2ZNW Y;  110L A;  3TXI A;  4XJB A;  1G07 A;  1SX2 A;  260L A;  1OUI A;  1GB9 A;  2LCB A;  1G7L C;  3VW7 A;  4ETA A;  1J1X Y;  3CT1 A;  219L A;  8LYZ A;  182L A;  1L80 A;  3CDR A;  1LYJ A;  4XJG A;  4KPM A;  4G4H A;  3EML A;  1QT7 A;  2FBB A;  1GB5 A;  3WL2 A;  140L A;  1L29 A;  1GDX A;  1LSZ A;  1IWX A;  4I7N A;  1JSE A;  1GB8 A;  1XEK A;  2HEC A;  1HNL A;  4LYB A;  3RT5 X;  1L88 A;  3SB6 A;  175L A;  3HBE X;  1D3J A;  1YIK A;  3NY9 A;  1CU2 A;  1QDT A;  4GN5 C;  4ZIX A;  118L A;  4I7O A;  150L A;  1CKH A;  3AGG G;  1L41 A;  1IEE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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