3JR6A

Sequential reorganization of beta-sheet topology by insertion of a single strand
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
170
structure length
170
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Sequential reorganization of beta-sheet topology by insertion of a single strand.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 53
structure length 170
sequence length 170
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3jr6A00
1L85A 1T97A 112LA 233LA 1C6KA 4W54A 1C63A 1CUQA 1L60A 3SB5A 1L84A 1QTZA 129LA 3HT9A 3DMVA 163LA 3HH5A 148LE 1CU5A 1G06A 2OTZX 197LA 3HH3A 1L41A 3F9LA 108LA 261LA 3C7WA 1L88A 168LA 1DYEA 4LZMA 2B6YA 1C62A 1SSYA 213LA 4ARJA 3DN3A 246LA 167LA 1OVHA 138LA 1TLAA 3GUMA 248LA 1KW7A 3DN4A 3OE9A 1LYHA 1C65A 1C6FA 1PQJA 156LA 1L25A 1LLHA 214LA 1KW5A 2ANXA 231LA 1C6BA 1L21A 250LA 3DN2A 3DNAA 4YXCA 1L74A 1L97A 1XJTA 3C7YA 4OO9A 1L23A 3ODUA 188LA 1C6IA 1L80A 1QS5A 4W53A 221LA 3UONA 4EKRA 217LA 2ANVA 127LA 1L63A 2B7XA 3C81A 4W56A 236LA 160LA 211LA 1T8AA 258LA 1G0LA 1L11A 1C6EA 1QTVA 1T8GA 1L03A 151LA 1DYCA 1C6MA 1C6TA 1QT6A 2OU9A 1P7SA 1L0JA 1QSBA 1L59A 1CV6A 130LA 1DYAA 2OTYX 2RBSA 123LA 1JQUA 1C69A 1L81A 1SWZA 1L65A 4ARQA 146LA 1JTMA 205LA 3PBLA 4I7SA 240LA 1C6NA 4E97A 2RB0X 115LA 251LA 5LZMA 2B6XA 259LA 1LWKA 191LA 4ARPA 1L53A 1L44A 260LA 1DYDA 1L79A 2LC9A 1L33A 1L58A 1LYDA 1L40A 1OWYA 1KNIA 2OE9X 2QARC 1G0MA 169LA 1CV3A 235LA 3SB6A 3SBBC 226LA 1L55A 229LA 1L89A 1XJUA 222LA 1QUGA 3DKEX 1C6LA 3HTGA 3GUJA 3GUIA 170LA 2B75A 1LYJA 3HTBA 2B73A 1L0KA 1G0JA 147LA 253LA 1LI6A 1L38A 1L08A 3C8SA 2O4WA 1QUDA 1G07A 3HT6A 1L86A 1L68A 1L57A 1L04A 1L36A 1L71A 1L93A 3DMZA 2Z6BA 256LA 1L06A 5I14A 3HU9A 3DN8A 218LA 1L02A 122LA 1LI3A 2HUMA 241LA 3K2RA 1L19A 4W58A 1QTBA 2LZMA 1L12A 4LDEA 3NY9A 3C8RA 1JTNA 3D4SA 2IGCA 3GUNA 4I7TA 4YX7C 212LA 1C68A 1G1VA 3NYAA 1L52A 1L61A 185LA 1OWZA 4W59A 1C6HA 2B74A 249LA 3G3VA 2RAZX 3CDOA 1LYFA 3CDQA 4LDOA 4PJZA 1OVKA 1L24A 1L31A 209LA 178LA 3HU8A 171LA 3RZEA 3FADA 128LA 1WTHA 239LA 187LA 1P37A 2OU0X 3HTDA 4DKLA 1QSQA 262LA 1DYFA 1C6JA 196LA 150LA 1L73A 1L37A 4I7NA 177LA 1L26A 3V2WA 4S0WA 1L67A 4I7MA 2RBNA 3LZMA 2Q9EA 1SWYA 1D3NA 4W55A 4W57A 162LA 1C61A 1CX6A 243LA 3G3XA 1G0PA 118LA 1NHBA 3CDTA 1P36A 4ARQB 2RH1A 2F2QA 4I7JA 1XEPA 1PQOA 230LA 1C6PA 242LA 158LA 1CU6A 161LA 1CVKA 159LA 1P56A 1L70A 1C67A 1L39A 1CU2A 1PQDA 1QUHA 1L07A 2HULA 1P46A 224LA 3OE6A 1SX7A 1L13A 4EPFA 1ZYTA 3HTFA 2B6TA 2OU8A 3HH6A 1L18A 3PDSA 1L01A 1G1WA 4AQNA 3NY8A 1P5CA 157LA 2NTHA 2O79A 2HUKA 1PQIA 1L10A 1QUOA 1L27A 3GUOA 125LA 2A4TA 3C83A 1L91A 206LA 164LA 1PQKA 2CUUA 184LA 2O7AA 1L34A 4LDLA 1CV1A 173LA 1OVJA 1L75A 4IAPA 228LA 119LA 175LA 1LYIA 1OYUA 1L42A 3GULA 1G0GA 4EXMA 1L46A 3G3WA 4ARMA 1LWGA 3HUKA 1C66A 1L64A 1L62A 1CV5A 1CU0A 174LA 1QTHA 144LA 1L76A 4PK0A 1G0KA 120LA 1D2YA 3OE8A 4GBRB 1L92A 2RBQA 4EKSA 3HUQA 1L29A 114LA 195LA 1LGXA 2RAYX 1LGUA 1L56A 1L05A 252LA 3DN0A 1L49A 1CTWA 1L50A 126LA 1KS3A 3RUNA 166LA 1C60A 1QTCA 1L87A 3C8QA 2F32A 190LA 1CV0A 102LA 227LA 1QT4A 3FI5A 1D2WA 1G0QA 216LA 1C6GA 210LA 2Q9DA 1LGWA 1L69A 1D3FA 189LA 3SN6R 1L77A 4EPIA 1L95A 1L30A 4EJ4A 3HDEA 219LA 1L14A 4I7KA 1D3MA 1L00A 3CDVA 6LZMA 223LA 1L43A 1L48A 1PQMA 244LA 4I7QA 3SB8A 103LA 131LA 3SB9A 1L45A 165LA 3DN6A 1L72A 3V2YA 1L54A 1L96A 4ZPUA 247LA 1T6HA 1D9WA 3C7ZA 3SB7A 142LA 109LA 4YXAC 3L2XA 1L22A 7LZMA 3DMXA 180LA 4DJHA 232LA 200LA 2B6WA 1P2LA 1P3NA 182LA 1CX7A 1P6YA 1L66A 1T8FA 2RBPA 4I7OA 4EKPA 238LA 1P2RA 4ARLA 1L32A 107LA 1L28A 3HDFA 3GUKA 215LA 1KY0A 2QB0B 141LA 1D3JA 143LA 1L15A 1L83A 2RB1X 1LYGA 4GRVA 2LCBA 1LW9A 155LA 2RBOA 1L16A 149LA 1L20A 1C6CA 4I7LA 4EKQA 1EPYA 2OE7X 199LA 186LA 1C6DA 113LA 4W51A 1CUPA 3HH4A 220LA 183LA 1QT5A 1L90A 3SBAA 1OV7A 1L09A 1L35A 3HT8A 1L47A 1L94A 1KY1A 257LA 104LA 3DN1A 2NTGA 225LA 1B6IA 4K5YA 1SSWA 140LA 3FA0A 4ARMB 1QTDA 1DYBA 1C6AA 2OE4X 152LA 1OV5A 255LA 1QS9A 1L99A 198LA 1I6SA 3F8VA 2OEAX 2B72A 1LPYA 3C80A 4I7PA 4W52A 1DYGA 145LA 1C64A 181LA 3L64A 3HT7A 139LA 2RBRA 2RB2X 110LA 3JR6A 1CV4A 1SX2A 3HUAA 1ZWNA 3OE0A 3VW7A 4DAJA 1K28A 1L51A 1L82A 201LA 3QAKA 3C82A 1LYEA 2L78A 1L17A 3HWLA 1L98A 1ZURA 2B6ZA 176LA 1QT8A 3GUPA 1CU3A 1LI2A 245LA 111LA 2B70A 2F47A 4I7RA 192LA 254LA 3CDRA 1P64A 3EMLA 234LA 237LA 172LA 1QT7A 1C6QA 137LA 1QT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQAA 1LHJA 3WU8A 1IC5Y 4W54A 3ZEKA 1CUQA 4Z41A 1YAOA 1IIZA 1IP5A 3HT9A 1XGPC 2HU3A 1CU5A 1G06A 1L41A 1BB6A 1JKDA 1IR8A 261LA 2RSCA 5LIOA 1CKFA 2B6YA 134LA 167LA 2YBJA 1LZCA 2Z2FA 1LYHA 1PQJA 1WVUA 3CSZA 4NWEA 1LJ4A 1ZMYL 1GEZA 3QE8A 3DN2A 4IATA 1OUGA 3DNAA 1LZ8A 1QDRA 1JHLA 4OOOA 1XJTA 2MEHA 1LKSA 3UONA 217LA 4WM1A 1L63A 1T8AA 1IWUA 1QTVA 1T8GA 4C3WA 2OU9A 5DN4A 1P7SA 1QSBA 1IY4A 5IDDA 1BB3A 4KPMA 1GF4A 2RBSA 1LCNA 123LA 1SWZA 1BVXA 5LYZA 1C45A 1TEWA 3PBLA 1HEQA 1NHEA 1C6NA 4GCFA 5KXPA 3RW8A 3WW5A 191LA 1L53A 4OW1A 1DYDA 4CHXA 1L33A 1OWYA 4DQ7A 5HNCA 2Z18A 235LA 3LYMA 4B0DA 3D9AC 1XEIA 4GN4A 1L55A 4CGEA 1JJ0A 1LJJA 4Z46A 170LA 4H1PA 5KKJA 3ULRA 147LA 3ZVQB 1OUHA 1L38A 1L08A 1YKYX 2MEFA 1L86A 3WH1A 2CGIA 3GXRA 3M18B 5F14A 1LSYA 2Z6BA 4WM2A 3AW7A 4ETCA 3K2RA 2CJLA 1L19A 4W58A 3LZTA 1UICA 1HF4A 1F6SA 3C8RA 1CKDA 3D4SA 2IGCA 4YOPA 1IX0A 1C68A 1G1VA 1OWZA 3N9EA 3W3EA 1C6HA 4BS7A 1QUSA 1QSWA 4ETEA 1LJFA 4PJZA 1B5XA 4PGJB 1OVKA 1L31A 178LA 2BQNA 4H9EA 1LMQA 1WQNA 1OUDA 4XJDA 1GF7A 1LMPA 1C08C 1B7RA 1IP1A 1DYFA 1L26A 1GF0A 2RBNA 2DQDY 5FHWA 3LZMA 1FDLY 2C8OA 2Q9EA 3SP3A 1T6VL 3AZ4A 4U3XB 1C61A 4GN3A 4PPOA 2BAAA 1GFRA 3M3UA 4NY5A 5K7OA 3TXIA 230LA 2W1YA 4PRQA 4H8ZA 1WVVA 4WLYA 161LA 1GAYA 1L70A 1RFPA 1VDTA 4HJVA 5LVKA 1PQDA 2G4PA 4WL6A 1IOSA 3OE6A 4MR1A 1SX7A 3N9CA 4EPFA 1KIRC 1WQOA 4NIJA 2B6TA 2OU8A 3EXDA 3NY8A 1TAYA 1EL1A 1XGTC 1JTOL 1L27A 3GUOA 1B0DA 5FEKA 3C83A 1GB5A 4X3BA 1PQKA 3LYZA 184LA 1OQMA 5DN5A 4LDLA 4WM6A 4WM5A 1OVJA 1QSAA 1LZ1A 2F30A 4IAPA 228LA 3A6CY 5KXKA 5B05A 1NQIA 2D91A 3J4GA 1IP6A 1HNLA 4XJIA 2ZYCA 1L42A 2DQGY 1HEOA 1L46A 4ARMA 1DPXA 1LWGA 3HUKA 1C66A 1L62A 3AGHA 1J1XY 1L76A 4PK0A 1G0KA 3AYQA 4GBRB 1L92A 1H6MA 2MEGA 3HUQA 4YEOA 1XGUC 5C6IA 1L56A 1L05A 252LA 1UIEA 1KS3A 1GF5A 1C60A 3C8QA 4OOTA 227LA 1BWJA 1CV0A 1QT4A 2DQCY 1LZ4A 1VDQA 1D2WA 4AXTA 216LA 2W1XA 5LAGA 4W94A 1G7LC 1L69A 1D3FA 3BKHA 5HQ1A 3F6ZA 1CKCA 219LA 4XENA 1D3MA 3WULA 1CJ8A 3CDVA 223LA 3TXKA 1VDPA 4LT2A 1GDXA 131LA 3DN6A 4G49A 4Z3MA 1L54A 4ZPUA 3IJVA 1HENA 4N1CC 3SB7A 1B5YA 4DD7A 3TMVA 3L2XA 2D4JA 3WU7A 5EBHA 153LA 5KXTA 182LA 1L66A 1RE2A 1IOQA 1L28A 3GUKA 1HEWA 3RZ4A 1L83A 3AZ6A 2LCBA 1LW9A 1L20A 5E4PA 4UWVA 1GE0A 199LA 4NGVA 1CUPA 2MEIA 1QT5A 4WLXA 2IHLA 1L35A 1NKHA 1IWYA 3HT8A 1L47A 1HFYA 1XEKA 1LZYA 1LJIA 5L9JA 1C6AA 1OV5A 1QS9A 1KXYA 198LA 1I6SA 4HTNA 1G7IC 2GV0A 1DI5A 1LSDA 1GF9A 1DYGA 4N5RA 1LKRA 4CJ2A 1BQLY 2RB2X 110LA 5E9RA 6LYZA 4NEBA 3JR6A 1CV4A 4DD1A 3CT5A 3HUAA 3VW7A 1BWIA 1L51A 4TSCA 3HWLA 5KXZA 1LJ3A 1YROA 4NGWA 1UBZA 1D6PA 4M4OA 1UUZC 2DKVA 3GUPA 3ZVQA 245LA 1LI2A 2F47A 3A90A 1LZBA 1WQPA 5DLAA 3EMLA 234LA 1Z55A 2AUBA 1QT7A 197LA 2W1LA 1IP4A 3WUMA 5I53A 1C63A 3WL2A 3SB5A 1L84A 4I0CA 1REZA 1AKIA 3DMVA 148LE 2OTZX 4NGZA 3C7WA 2H5ZA 1KXWA 1LOZA 3W6DA 1GF8A 1GFAA 1TLAA 2ZIKA 3GUMA 1P2CC 1XGQC 156LA 1L25A 214LA 1BHZA 4WG1A 1C6BA 4H9IA 1L23A 1YL0X 1C6IA 1L80A 4W53A 1RCMA 1LJEA 2ANVA 127LA 1JUGA 3C81A 4W56A 211LA 5IHGA 5JENB 258LA 1VDSA 5F81A 2VB1A 3A93A 3EBAB 1C6MA 1LZRA 1H87A 4XADA 4NGYA 1CV6A 5LA5A 1QTKA 1YAQA 3A6BY 4XJHA 1C69A 4NSGA 2BPUA 1FLQA 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8LYZA 144LA 120LA 1LJNA 3RU5A 114LA 1LGXA 2BQEA 1CJ6A 1CTWA 126LA 3RUNA 1IWZA 190LA 2HEDA 102LA 2XTHA 208LA 3AGGG 1G0QA 3LN2A 210LA 2Q9DA 4RW1A 3TXHA 1W6ZA 1LGWA 1AM7A 1JKAA 1LSMA 1L77A 4HJZA 1OUAA 1TDYA 2MEBA 4R0FA 1INUA 4DYGA 3SB9A 1JSEA 1KIQC 1C43A 1LHLA 1GB8A 1I20A 3V2YA 1L96A 1N4FA 1T6HA 4W96A 142LA 109LA 1JTTL 1UIBA 154LA 4NHQA 7LZMA 1LJKA 1G7HC 5LVIA 3TMWA 5KXRA 200LA 1LHIA 1P6YA 1T8FA 1J1PY 1P2RA 3HDFA 215LA 2QB0B 1D3JA 132LA 143LA 1LYGA 1I1ZA 2PC2A 1L16A 1IR7A 4XJFA 4I7LA 1GBYA 186LA 2Z37A 220LA 2XQOA 1L90A 4IJ4A 3W6FA 1LYOA 3FE0A 1L09A 5B06A 1LZ6A 1KY1A 4GCBA 104LA 3DN1A 4H9AA 1B6IA 5F9UA 1SSWA 1YANA 3LYOA 1RI8B 1NF5A 1DYBA 5F9XA 1LPIA 3WVYA 4LFPA 2DQEY 5KKIA 1GFEA 5KXOA 1WQQA 1UIFA 3F8VA 1VEDA 4NSIA 4H90A 1REYA 4WLDA 3C80A 5HMJA 4MCKA 2ZQ3A 181LA 1IO5A 1B7LA 4N8ZA 3CT0A 1SX2A 4NHPA 3OE0A 4FJRA 3IJUA 1GXV2 1OUIA 3A3RX 1L82A 3QAKA 1E8LA 3C82A 1BB7A 2BQLA 1L17A 1NBZC 4J1AA 5I4XA 3AZ5A 4YEMA 1CU3A 4E3UA 4YM8A 2Q0MX 3IWRA 2B70A 4NWHA 3CDRA 4HPEA 1GBWA 4G9SA 137LA 1QT3A 1T97A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2DQA A;  1LHJ A;  3WU8 A;  1IC5 Y;  4W54 A;  3ZEK A;  1CUQ A;  4Z41 A;  1YAO A;  1IIZ A;  1IP5 A;  3HT9 A;  1XGP C;  2HU3 A;  1CU5 A;  1G06 A;  1L41 A;  1BB6 A;  1JKD A;  1IR8 A;  261L A;  2RSC A;  5LIO A;  1CKF A;  2B6Y A;  134L A;  167L A;  2YBJ A;  1LZC A;  2Z2F A;  1LYH A;  1PQJ A;  1WVU A;  3CSZ A;  4NWE A;  1LJ4 A;  1ZMY L;  1GEZ A;  3QE8 A;  3DN2 A;  4IAT A;  1OUG A;  3DNA A;  1LZ8 A;  1QDR A;  1JHL A;  4OOO A;  1XJT A;  2MEH A;  1LKS A;  3UON A;  217L A;  4WM1 A;  1L63 A;  1T8A A;  1IWU A;  1QTV A;  1T8G A;  4C3W A;  2OU9 A;  5DN4 A;  1P7S A;  1QSB A;  1IY4 A;  5IDD A;  1BB3 A;  4KPM A;  1GF4 A;  2RBS A;  1LCN A;  123L A;  1SWZ A;  1BVX A;  5LYZ A;  1C45 A;  1TEW A;  3PBL A;  1HEQ A;  1NHE A;  1C6N A;  4GCF A;  5KXP A;  3RW8 A;  3WW5 A;  191L A;  1L53 A;  4OW1 A;  1DYD A;  4CHX A;  1L33 A;  1OWY A;  4DQ7 A;  5HNC A;  2Z18 A;  235L A;  3LYM A;  4B0D A;  3D9A C;  1XEI A;  4GN4 A;  1L55 A;  4CGE A;  1JJ0 A;  1LJJ A;  4Z46 A;  170L A;  4H1P A;  5KKJ A;  3ULR A;  147L A;  3ZVQ B;  1OUH A; 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