3KAMA

Hen egg white lysozyme derivatized with rhenium(i) diaquatricarbonyl cation
Total Genus 44

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'1 (36-39)3H3 (120-124)AH1 (5-15)TII4 (124-127)TII1 (17-20)O2 (6-127)AH3 (88-100)3H1 (20-22)TII'1 (103-106)AH2 (25-36)AH4 (109-115)TI3 (54-57)TVIII1 (85-88)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)S3 (58-59)TIV1 (59-62)TI6 (105-108)TIV2 (60-63)TI4 (74-77)TIV3 (66-69)TII2 (69-72)3H2 (80-83)TIV4 (101-104)TI5 (104-107)TII3 (115-118)O1 (118-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title Specific derivatization of lysozyme in aqueous solution with Re(CO)3(H2O)3(+).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3kamA00
1GDWA 1WQQA 3EBAB 1QSAA 4OWBA 4PGJB 1J1XY 4C3WA 1YAMA 4L41A 5F9XA 4GLVA 1LSDA 4LGKA 4NG1A 1RCMA 3B0KA 4G4CA 1LZDA 1W08A 1V7TA 4O34A 1VATA 4UWUA 3WU9A 1LZTA 3WW5A 3AZ6A 3IWRA 4H9HA 1G7HC 2NWDX 2BQNA 1XEIA 5LVHA 5HLLA 1OUHA 1B7SA 3WPJA 1LYYA 1LZ5A 2XBSA 3TXHA 5F81A 1GAZA 1RI8B 4PRUA 1GFJA 3TXGA 2MEDA 4G9SA 4BAFA 1XFPL 4WM1A 4HJYA 1DI5A 5C6JA 4WLXA 2YVBA 3MGWA 4G49A 3J6KA 4OOOA 5I53A 1GPQC 5KXTA 4AGAA 5KXRA 1YKXX 2BQAA 1UICA 2YBNA 2BQMA 2D4KA 1JHLA 1T3PA 1W6ZA 5HQ1A 1I56A 1D0KA 1QSWA 4HV2A 2G4QA 4ETEA 1GFRA 4LYBA 4GN3A 1LZYA 4WG7A 1HEWA 1UACY 1HEOA 1GE2A 2ZQ4A 1LJKA 1LSBA 3OK0A 1FN5A 1IC7Y 1LMOA 3WUAA 1EQ5A 1DZBX 1GF5A 3AZ5A 2GV0A 2MEBA 3OJPA 1F10A 3WU8A 4J7VA 1NMMA 132LA 4LFXA 4QDNA 1BB6A 1J1PY 4MSTA 5LINA 4M4OA 2HEEA 1LZBA 3A3QA 3GXRA 1LZ8A 4GLAA 5B07A 1HHLA 1IVMA 4ET8A 1JTOL 1BVKC 1B5XA 4LZTA 1NQIA 1HENA 3A91A 1AT5A 1NHEA 2W1YA 2MEGA 4ETCA 2D4IA 4Z46A 1IP7A 2BQCA 4HV1A 4B4EA 5LVGA 4NGVA 1A2YC 5A3EA 1JITA 4WO6A 2F30A 4LYOA 5FCPA 3A92A 5L9JA 4DD7A 1GE1A 1TCYA 1CNSA 4TTDA 5LVKA 2BQKA 2PC2A 1IO5A 5T3FA 3QNGA 4YF2A 5B1FA 4RDSA 2DQJY 1B5UA 3E3DA 3RU5A 3W6CA 1NDMC 5KXKA 1FBIX 4CFOA 2H9JA 4ETBA 1JWRA 3CSRA 3IJUA 1UIAA 1IWTA 4HTQA 7LYZA 2HEDA 5F14A 5J7CA 2C8OA 3A95A 4ET9A 1JSFA 5B05A 1DPXA 4WO9A 2ZILA 1G7JC 3HBDA 4GCFA 3RNXA 1LSNA 1OQMA 4IATA 1HFXA 1QTEA 1ZVHL 1IX0A 1LMQA 2DQGY 5APFA 4GCEA 4ZFPA 1UUZC 2YDGA 2Z37A 4NGJA 5E9RA 1IP4A 4I0CA 4H9CA 5LIOA 1GXXA 3WUNA 1G7MC 1GB3A 2YBHA 3W6EA 1HC0A 2C8PA 1LJFA 1LPIA 2ZYPA 4DD9A 2CDSA 5LYZA 4E3UA 4WG1A 4N1EI 2DQAA 1LSEA 4YOPA 1BWHA 1LZSA 1B7OA 4TWSA 4H9IA 1GBYA 1EL1A 2MEAA 1YAOA 3WW6A 1NKHA 1HERA 1OUBA 2EQLA 2HUBA 4DYGA 1LZ4A 3WU7A 2G4NA 1IR9A 4NGYA 2Z2EA 2BQJA 4NGLA 5I4YA 1WQRA 1O23A 2XJWA 2DQHY 4QGZA 1IWXA 4M6DA 3N9CA 5KXXA 4N0JA 3LYMA 5D5FA 9LYZA 4YM8A 1IOTA 1JPOA 5II3A 5KJ9A 2BQFA 2EKSC 5HMJA 2X0AA 4DD3A 1LJIA 1C46A 1HFZA 1D6PA 2YSSC 2LYOA 4N1CC 5FHWA 1MLCE 1LCNA 4H93A 4H9AA 4WM6A 4H8XA 1FLYA 2F4AA 3LYTA 1CKGA 5I5QA 8LYZA 1YILA 4LYTA 2FBBA 5I4WA 4GCCA 208LA 4NHIA 4HTKA 1GFUA 4DWXA 4OOTA 1JJ0A 3EO5A 1D9UA 4DDBA 5L3IA 4XJDA 1YROA 1LMPA 5I4XA 1LZ9A 1BB4A 1UBZA 1TAYA 1GXV2 1GE4A 2HEBA 1OUGA 1LZAA 1GFGA 1GF9A 2CWIA 1LZGA 1LSGA 4H9BA 1C10A 1A4VA 3TMUA 1LYSA 5KXYA 1HSWA 3A96A 5ILCA 4KL7A 4MR1A 1LMAA 1LYZA 2DQEY 4A7DA 1WQMA 2IHLA 4OWAA 1DI4A 4YENA 5IELA 4NEBA 1IORA 1BVXA 1HEPA 4B1AA 2BQOA 1PS5A 1IY4A 1OUEA 1V7SA 2MEFA 2Z18A 4LT0A 1UIEA 2H5ZA 5APEA 3B6LA 3WPLA 1GEZA 1CKFA 1BGIA 1CJ8A 1GB9A 1LZNA 3N9EA 4H92A 4IJ4A 3LYOA 5A3ZA 153LA 3TXBA 1B7MA 1GF7A 5LAGA 1C08C 2BQDA 1I20A 1IWVA 1IWZA 5KKJA 4H8YA 1B5VA 1LSMA 135LA 2VB1A 1BB3A 1B7LA 3TXFA 4WM3A 4NSGA 1GDXA 3HBEX 4HP0A 4ETAA 4R0FA 1NDGC 4WM4A 2Z39A 3ZVQB 1HF4A 4LYMA 3P65A 1FLWA 133LA 4LT3A 4DC4A 3A93A 2F2NA 3G3AB 3P64A 4HPIA 3WXUA 1IP2A 1GAYA 3K3TA 4H8ZA 1YL1X 4W94A 5KXSA 4OWCA 1GBSA 1IY3A 1JTTL 2HU3A 1GHLA 1REMA 1GBOA 4P2EA 2EIZC 3TXEA 3WXTA 4C5FA 4NSIA 4HJZA 3TMXA 4BS7A 3LZTA 1YIKA 2BLXA 2W1MA 1CKDA 3AGHA 2G4PA 1LHKA 5AMYA 1DQJC 1LJHA 1XGQC 1KIQC 4NWHA 4NSHA 1I1ZA 2BLYA 3ZEKA 5LYTA 1LSPA 4ML7A 5DLAA 3WPKA 2I25L 3ZVQA 2BPUA 4LYZA 1IEEA 1QIOA 5E4PA 1GWDA 2DBTA 1OUAA 1RE2A 4N9RA 1XGUC 4IASA 1IR8A 1UC0A 5KXPA 3W6BA 1KXXA 2CJLA 3WULA 1WVUA 4H91A 1TBYA 193LA 1GFEA 4B49A 1VEDA 4TX7A 4LT1A 2HTXA 4TUNA 4QEQA 2BQGA 1OUIA 3FI7A 4CGEA 5LYMA 2HECA 1CJ9A 4GCBA 4OWEA 1GB8A 1GF6A 1H87A 1IC4Y 4DD2A 4GCDA 3CT1A 4ETDA 1IOSA 2BQBA 1FKVA 4LFPA 5HNLA 4NGIA 1GFVA 2ZNWY 1LMTA 3A94A 5KXWA 1JTPL 5LXWA 1JIYA 1IOQA 1IWUA 2D4JA 1JKCA 2H9KA 1LZ6A 1J1OY 4KXIA 4NG8A 1LKSA 1GB0A 4H94A 1F6SA 1XGRC 4OW1A 1QQYA 2Z38A 1LYOA 3WH1A 2DKVA 2Z2FA 1YANA 134LA 4WL6A 1IWYA 4ZEEA 2IFFY 1REZA 1UIFA 1N4FA 2I26L 3W6DA 1WQNA 2FYDA 2YBLA 1GB6A 4NWEA 5FELA 1WVVA 5DN5A 1LJGA 4DT3A 1JKDA 4WOAA 1FLUA 4XENA 1IC5Y 1LSAA 1QDRA 3A6BY 1YQVY 5D5CA 1GE3A 1VDQA 1SLYA 4HPEA 1H6MA 5KXNA 2Z12A 4XN6A 2ZIKA 1LSCA 3A6CY 1GE0A 1QDTA 3ATNA 2Y8PA 5F9UA 1NBYC 2EPEA 1LZ1A 2LYZA 3ATOA 3CSZA 1LHLA 2MECA 4XJHA 2ZIJA 1B0DA 4XYYA 1EQEA 5LA5A 1Z55A 4J1BA 3AGIA 3AGGG 4EMNA 3VWOA 3A90A 1LMNA 1CKCA 1JJ3A 1OUJA 3EMSA 4UWNA 5DN4A 3A67Y 5FDJA 4D9ZA 3WMKA 1LZEA 4NGKA 1HFYA 5B59A 1ALCA 1GB5A 2HEAA 3HFMY 3WVYA 4YEMA 5LVJA 4PPOA 1DXJA 1NWGA 4GN5C 4PHIA 2BAAA 1OP9B 4XJFA 1JKBA 2DQFC 5KXLA 2Q0MX 6LYTA 4XADA 1C45A 1OUDA 4HTNA 1B2KA 4NHQA 4NHSA 1B7PA 5APCA 1ZMYL 3BKHA 4WMGA 4Z98A 3QE8A 1KXYA 1C7PA 1G7LC 5K7OA 5B06A 1JUGA 4KT3A 4NFVA 1UCOA 4DDCA 5KXOA 1LOZA 2FYCA 1VDTA 3M3UA 2LYMA 1BWIA 4NIJA 4WM2A 5HNCA 4FDYA 3J4GA 1IP5A 5EBHA 3AZ7A 4TSBA 1BB5A 1JISA 3SP3A 2HU1A 1GBWA 3W3EA 1LSYA 1LSZA 5C6IA 1WTMA 1IWWA 1CKHA 4WLYA 4Z3MA 2DQDY 1C43A 4G4HA 1B7QA 1BWJA 2A7DA 4HSFA 1LHHA 1LTMA 1QUSA 1LJNA 2LZ2A 5LAFA 1LSFA 1HMKA 5IDDA 3ULRA 3WYHA 1REXA 4N5RA 1GF3A 1LJJA 1ZV5L 3B72A 3LHMA 1DKJA 1B5WA 1T6VL 2LHMA 2W1XA 3W6AA 3EXDA 1GFKA 3T6UA 1LZRA 1FLQA 5KKIA 4B4IA 1FDLY 1BHZA 1P2CC 2B5ZA 4NSJA 1LHJA 3AJNA 1UA6Y 3AZ4A 1AM7A 3D3DA 1YL0X 1AKIA 5APDA 2D6BA 2YBJA 1B5YA 2XBRA 4DDAA 2YBMA 1KIPC 1AZFA 1IR7A 1GB7A 2W1LA 5LVIA 2MEHA 4G4BA 2Z19A 4ZIXA 1B9OA 1UIBA 5KXMA 1TDYA 1IP3A 1JSEA 3G3BB 4NHPA 1INUA 1D0MA 3N9AA 5DM9A 6LYZA 1D0LA 4KPMA 1YKZX 3AYQA 1IOCA 2BQHA 1HEMA 1OUCA 4WM5A 1F0WA 1VFBC 5KY1A 3B0IA 4RW2A 2BQLA 5ILFA 1WQPA 4LYCA 4RLMA 4H1PA 3T36A 3GXKA 3M18B 3P4ZA 3B0OA 4NY5A 3KAMA 4UWVA 2ZYCA 5DL9A 3AW7A 1RJCB 3RZ4A 2AUBA 1QTKA 3QY4A 3CQLA 4H9FA 1IP1A 3WUMA 4B4JA 4HJVA 1OUFA 1YAPA 1UIDA 1E8LA 2DQIY 5F16A 3W6FA 1HNLA 1KIRC 4AXTA 5M1YA 1DPWA 4I8SA 1EQ4A 2WARA 5I54A 4PJ2C 4WLTA 2XTHA 3D9AC 1XEKA 4NHTA 2BQEA 1DI3A 3CT5A 4H90A 1XEJA 3TMWA 1XGPC 2MEEA 4NGOA 1CJ6A 1LKRA 3WL2A 1LJEA 3CSQA 1GBXA 1UIHA 4W96A 1IIZA 1JKAA 4R6CA 1NF5A 2ZQ3A 4J1AA 2BQIA 3BKVA 3TXKA 1GB2A 1F6RA 1RFPA 1WQOA 2ZWBA 1JJ1A 4MCKA 3FE0A 1GFAA 2RSCA 2DQCY 4RW1A 2CGIA 4GN4A 4OWHA 1B7NA 3TXIA 1GFHA 1GD6A 1PZYA 2F4GA 1B7RA 5L3HA 1FKQA 1WTNA 2LZTA 4FJRA 1HELA 3IJVA 4CHXA 1MELL 1UIGA 4BADA 1GEVA 1LMCA 1GBZA 4X3BA 3RT5X 1VDPA 4J0LA 4NGWA 3CB7A 3LZ2A 1LHIA 207LA 1BB7A 2FBDA 1LZCA 3P66A 5JENB 4N8ZA 1XGTC 4DD0A 1HMLA 4XJBA 5FSTA 5IHGA 1TEWA 2D91A 3F6ZA 3LN2A 3A3RX 194LA 3TXJA 1LJ4A 4XJIA 4QY9A 1B5ZA 1VAUA 5B1GA 3TXDA 1HEQA 5KXZA 3RW8A 4U3XB 3AW6A 5HMVA 3HBHA 1KXWA 1LAAA 1YKYX 3LYZA 1SQ2L 3TMVA 1D6QA 2MEIA 1GF4A 1BQLY 1YAQA 2A7FA 3AB6A 4NGZA 4PRQA 4TSCA 5LA8A 4WLDA 4Z41A 4DD1A 3A34A 3CT0A 2YBIA 3WVXA 1CJ7A 4CFPA 1LHMA 4YEOA 2HEFA 4EOFA 1ZVYB 1VDSA 4H9EA 4BAPA 5FEKA 1DKKA 2ZNXY 1AT6A 1REYA 1QUTA 4B0DA 4XJGA 1LJ3A 1JEFA 154LA 3P68A 4CJ2A 1GFTA 1GF8A 1IP6A 1NBZC 1GF0A 2I6ZA 1HSXA 4II8A 4WL7A 4RLNA 5C6LA 4LT2A 1XSFA 4ANRA 1G7IC 3A8ZA 2N5ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
176LA 4L41A 5F9XA 4GLVA 2B73A 4NG1A 1L71A 1RCMA 4G4CA 1VATA 3WU9A 2RBRA 5HLLA 114LA 1LYYA 1LZ5A 180LA 2XBSA 1GAZA 1RI8B 3TXGA 4G9SA 3J6KA 1GPQC 1QSBA 2BQAA 2YBNA 2Z6BA 4HV2A 1GFRA 1PQDA 4WG7A 1UACY 1HEOA 1IC7Y 1EQ5A 2GV0A 4MSTA 1L58A 5LINA 1G0MA 1LZBA 3DMXA 4ET8A 1BVKC 159LA 1AT5A 2W1YA 4ETCA 4Z46A 4I7SA 4B4EA 4WO6A 4LYOA 1L85A 1QUDA 1IO5A 5T3FA 3QNGA 5B1FA 3RU5A 198LA 4CFOA 240LA 4ETBA 4HTQA 2HEDA 5J7CA 253LA 1DPXA 1L07A 4GCFA 1ZVHL 5APFA 1LMQA 2YDGA 3DN2A 4I0CA 4H9CA 1CUPA 1G7MC 4EPIA 1LJFA 2ZYPA 171LA 4DD9A 5LYZA 1KW7A 2DQAA 4YOPA 3HU8A 1LPYA 1LYGA 1C6HA 1LZ4A 1P6YA 224LA 1QTHA 2DQHY 2B6ZA 4YM8A 1JPOA 2X0AA 1DYAA 1LJIA 1KS3A 1CUQA 5I5QA 3FADA 1YILA 2FBBA 208LA 4NHIA 184LA 4DDBA 4XJDA 3FA0A 1LMPA 1GXV2 1C62A 2HEBA 1OUGA 2CWIA 189LA 1LSGA 1C65A 1LYSA 5KXYA 1HSWA 1C60A 4A7DA 4OWAA 5IELA 4NEBA 1BVXA 1PS5A 1IY4A 2Z18A 4LT0A 2H5ZA 1L50A 1CKFA 1GB9A 4H92A 1GF7A 1K28A 1I20A 4LDLA 235LA 3TXFA 2CUUA 1PQJA 4R0FA 111LA 4LYMA 4LT3A 1L82A 1IP2A 3K3TA 3DN4A 2B70A 1IY3A 2HU3A 1GHLA 1GBOA 185LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GDW A;  1WQQ A;  3EBA B;  1QSA A;  4OWB A;  4PGJ B;  1J1X Y;  4C3W A;  1YAM A;  4L41 A;  5F9X A;  4GLV A;  1LSD A;  4LGK A;  4NG1 A;  1RCM A;  3B0K A;  4G4C A;  1LZD A;  1W08 A;  1V7T A;  4O34 A;  1VAT A;  4UWU A;  3WU9 A;  1LZT A;  3WW5 A;  3AZ6 A;  3IWR A;  4H9H A;  1G7H C;  2NWD X;  2BQN A;  1XEI A;  5LVH A;  5HLL A;  1OUH A;  1B7S A;  3WPJ A;  1LYY A;  1LZ5 A;  2XBS A;  3TXH A;  5F81 A;  1GAZ A;  1RI8 B;  4PRU A;  1GFJ A;  3TXG A;  2MED A;  4G9S A;  4BAF A;  1XFP L;  4WM1 A;  4HJY A;  1DI5 A;  5C6J A;  4WLX A;  2YVB A;  3MGW A;  4G49 A;  3J6K A;  4OOO A;  5I53 A;  1GPQ C;  5KXT A;  4AGA A;  5KXR A;  1YKX X;  2BQA A;  1UIC A;  2YBN A;  2BQM A;  2D4K A;  1JHL A;  1T3P A;  1W6Z A;  5HQ1 A;  1I56 A;  1D0K A;  1QSW A;  4HV2 A;  2G4Q A;  4ETE A;  1GFR A;  4LYB A;  4GN3 A;  1LZY A;  4WG7 A;  1HEW A;  1UAC Y;  1HEO A;  1GE2 A;  2ZQ4 A;  1LJK A;  1LSB A;  3OK0 A;  1FN5 A;  1IC7 Y;  1LMO A;  3WUA A;  1EQ5 A;  1DZB X;  1GF5 A;  3AZ5 A;  2GV0 A;  2MEB A;  3OJP A;  1F10 A;  3WU8 A;  4J7V A;  1NMM A; 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 1NF5 A;  2ZQ3 A;  4J1A A;  2BQI A;  3BKV A;  3TXK A;  1GB2 A;  1F6R A;  1RFP A;  1WQO A;  2ZWB A;  1JJ1 A;  4MCK A;  3FE0 A;  1GFA A;  2RSC A;  2DQC Y;  4RW1 A;  2CGI A;  4GN4 A;  4OWH A;  1B7N A;  3TXI A;  1GFH A;  1GD6 A;  1PZY A;  2F4G A;  1B7R A;  5L3H A;  1FKQ A;  1WTN A;  2LZT A;  4FJR A;  1HEL A;  3IJV A;  4CHX A;  1MEL L;  1UIG A;  4BAD A;  1GEV A;  1LMC A;  1GBZ A;  4X3B A;  3RT5 X;  1VDP A;  4J0L A;  4NGW A;  3CB7 A;  3LZ2 A;  1LHI A;  207L A;  1BB7 A;  2FBD A;  1LZC A;  3P66 A;  5JEN B;  4N8Z A;  1XGT C;  4DD0 A;  1HML A;  4XJB A;  5FST A;  5IHG A;  1TEW A;  2D91 A;  3F6Z A;  3LN2 A;  3A3R X;  194L A;  3TXJ A;  1LJ4 A;  4XJI A;  4QY9 A;  1B5Z A;  1VAU A;  5B1G A;  3TXD A;  1HEQ A;  5KXZ A;  3RW8 A;  4U3X B;  3AW6 A;  5HMV A;  3HBH A;  1KXW A;  1LAA A;  1YKY X;  3LYZ A;  1SQ2 L;  3TMV A;  1D6Q A;  2MEI A;  1GF4 A;  1BQL Y;  1YAQ A;  2A7F A;  3AB6 A;  4NGZ A;  4PRQ A;  4TSC A;  5LA8 A;  4WLD A;  4Z41 A;  4DD1 A;  3A34 A;  3CT0 A;  2YBI A;  3WVX A;  1CJ7 A;  4CFP A;  1LHM A;  4YEO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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