3L2XA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme mutant 115-119rx
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFCNSLCMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant 115-119RX
rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3l2xA00
1DYBA 1KW5A 1L73A 1L11A 1OV5A 1OVHA 1C65A 1DYAA 1B6IA 1L85A 1L76A 1L14A 2RBNA 4S0WA 1L06A 4K5YA 257LA 1CTWA 1LWKA 201LA 125LA 211LA 1C6DA 1I6SA 148LE 2ANVA 3RZEA 3HUKA 1L44A 3C7ZA 1PQOA 1TLAA 4I7QA 1L01A 1L74A 4W54A 241LA 1DYEA 1KY0A 1QTHA 224LA 1G0PA 4PJZA 127LA 1CX7A 4GBRB 1L63A 1L26A 3OE8A 1L13A 1CX6A 115LA 254LA 1D3NA 176LA 1CUQA 3C82A 4GRVA 205LA 1WTHA 1L04A 3SBBC 110LA 1QT3A 1L95A 1C6MA 3HH3A 3ODUA 3SB7A 4EKSA 239LA 2Q9EA 3F8VA 1DYCA 236LA 1ZURA 3HT8A 143LA 120LA 2RBRA 1L27A 1L53A 168LA 1L67A 141LA 210LA 1C6KA 1L86A 3HTFA 1C67A 1QUGA 177LA 1G0LA 4W51A 1SX2A 1C6CA 4PK0A 1QT4A 1C63A 155LA 3GUMA 1T6HA 1G0KA 2B6YA 4IAPA 1QUHA 137LA 1L62A 4EKPA 1NHBA 1SWYA 1L92A 1P5CA 3HDEA 175LA 138LA 2O79A 4W53A 3SB6A 1C69A 222LA 1JTNA 2OE7X 190LA 1C6HA 4EKQA 217LA 1QTCA 4W58A 3CDQA 3GUNA 1LGUA 1LYDA 1P46A 1C6FA 1L59A 2Q9DA 1C6IA 1L54A 3NY9A 2RB2X 1D3JA 1XEPA 3VW7A 146LA 119LA 246LA 3FADA 1LI6A 2LC9A 1CV5A 1G07A 3CDTA 129LA 149LA 2OU0X 237LA 233LA 3DMXA 1LYJA 4E97A 1PQIA 3HH4A 1L49A 4I7RA 1LGXA 178LA 4ARPA 4W56A 1CU5A 1KY1A 1L0JA 1LPYA 3DMZA 4OO9A 1L20A 4I7KA 1G0QA 3SB9A 2B74A 1LLHA 186LA 214LA 248LA 2CUUA 2A4TA 166LA 229LA 4ARLA 4I7SA 1L99A 1OVKA 4ARQA 1XJTA 1QT6A 230LA 2RB1X 126LA 2F2QA 1L36A 252LA 2F32A 3F9LA 1JTMA 1T8AA 199LA 1L10A 1G0JA 174LA 1C6AA 1L52A 163LA 1CVKA 3C8QA 3GUKA 3UONA 1L22A 3G3VA 1L81A 2OEAX 3HT6A 1L08A 3HDFA 3HTDA 1L97A 2RBQA 3DN0A 3HWLA 4YXCA 1L50A 107LA 1L83A 3HH6A 1L65A 2NTGA 4ARMB 4ZPUA 1P7SA 1DYGA 2B72A 1L71A 1SX7A 3V2WA 3NY8A 198LA 2LCBA 2Z6BA 1CU2A 212LA 151LA 1D2WA 3HT7A 118LA 187LA 4ARQB 1P2LA 2ANXA 240LA 3C7WA 2RAZX 209LA 260LA 1L45A 1L60A 3OE0A 162LA 3HU9A 192LA 1C6EA 2RBOA 3HT9A 1L57A 1L51A 1L66A 1XJUA 185LA 102LA 1L68A 3DNAA 4ARJA 1L96A 1L30A 2OE9X 6LZMA 250LA 183LA 1L25A 4AQNA 1QUOA 1P56A 2HUKA 1L07A 4EKRA 1QS9A 1G06A 3L64A 3C83A 111LA 113LA 7LZMA 1L32A 1C61A 232LA 140LA 1L37A 1DYFA 1KNIA 1LI2A 1CUPA 1C6GA 2OTZX 1L88A 4DJHA 3DKEX 2RB0X 1L43A 1L55A 213LA 1QTDA 2B6WA 3C8SA 195LA 4I7NA 200LA 131LA 1L03A 3CDRA 2IGCA 2RH1A 180LA 258LA 4EPFA 1L24A 3V2YA 147LA 2QARC 4DAJA 226LA 1L58A 1SSWA 3C81A 223LA 3SN6R 1L77A 4EXMA 244LA 3FA0A 2B6TA 3DN8A 1D3MA 3GUJA 2RBSA 1CV4A 3PBLA 4LDLA 4DKLA 3GUOA 5I14A 2QB0B 1L02A 3K2RA 1L90A 3GUPA 2OTYX 1L16A 4ARMA 1OYUA 144LA 5LZMA 238LA 1L15A 228LA 109LA 171LA 3PDSA 4YXAC 1L69A 247LA 2O4WA 1L84A 4I7TA 1ZWNA 2RBPA 1G0GA 1CU3A 3OE9A 152LA 3CDVA 2OU8A 172LA 234LA 1L87A 191LA 1L41A 1PQDA 2HUMA 189LA 218LA 1P2RA 4I7JA 1OVJA 122LA 4W52A 4W57A 1C6LA 1L12A 1C64A 167LA 3DN1A 1L0KA 1L28A 3C7YA 1QT7A 1SWZA 1L09A 1LYHA 169LA 1LW9A 1QSQA 3QAKA 182LA 256LA 1L35A 1L17A 123LA 1C6NA 1L29A 130LA 156LA 2B6XA 2OE4X 3GUIA 2F47A 220LA 1K28A 221LA 1C6BA 4I7OA 165LA 1L79A 1T97A 139LA 2RAYX 3DN3A 103LA 1P37A 4W59A 1L31A 1G0MA 150LA 1L18A 2B70A 1G1WA 3DMVA 2LZMA 243LA 1P64A 1LYFA 2B7XA 1D2YA 1L56A 3G3WA 1EPYA 3D4SA 2HULA 242LA 1OV7A 159LA 1L93A 1PQJA 4W55A 1L48A 1L39A 1L47A 3CDOA 1JQUA 1G1VA 1QSBA 1QUDA 3JR6A 1P3NA 4I7PA 1OWZA 1SSYA 253LA 1C6PA 1QTVA 3SBAA 1L38A 2L78A 4YX7C 128LA 1L75A 173LA 1LYEA 184LA 158LA 1LI3A 1L21A 108LA 1QT8A 1C6TA 104LA 1KS3A 1T8FA 1QTZA 249LA 160LA 3HUQA 2B75A 4LZMA 197LA 142LA 1CV1A 164LA 3SB8A 1L89A 1C68A 1L40A 1P6YA 1P36A 225LA 2B73A 4EPIA 1L42A 1T8GA 1QTBA 1D3FA 1CU0A 1DYDA 1CV0A 1L46A 114LA 1D9WA 1PQMA 112LA 1KW7A 1L61A 3LZMA 145LA 1C6QA 1LWGA 1LYIA 3OE6A 1L94A 1OWYA 157LA 3FI5A 4LDOA 1LYGA 206LA 170LA 1L82A 3C8RA 1QT5A 1CV6A 1L91A 1LGWA 3HTBA 3SB5A 1C60A 3G3XA 251LA 3HH5A 3HUAA 1CV3A 2OU9A 161LA 1CU6A 3NYAA 262LA 3HU8A 2O7AA 227LA 1ZYTA 235LA 3L2XA 4I7LA 3C80A 215LA 1L33A 259LA 261LA 1L19A 3HTGA 4EJ4A 231LA 1L80A 1L23A 1C6JA 1C66A 1L34A 4LDEA 1L05A 1L72A 255LA 3DN6A 4I7MA 1C62A 1L64A 1L98A 216LA 245LA 3EMLA 1L00A 2NTHA 1PQKA 3DN4A 3DN2A 2B6ZA 181LA 1L70A 188LA 196LA 3RUNA 3GULA 219LA 1QS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L73A 1JKCA 3A3RX 1DYAA 2YVBA 4Z41A 4DDCA 4H92A 1L76A 1DQJC 4K5YA 2I26L 1GFRA 1JKDA 2D4IA 201LA 1G7JC 1C6DA 1YILA 5J7CA 1OP9B 4W54A 1QTHA 1GB2A 1NKHA 2BQDA 127LA 2MEIA 1J1XY 154LA 5B07A 1L63A 4H9IA 1AM7A 1L26A 4NGKA 1CX6A 4DYGA 2FBBA 1CJ6A 115LA 4P2EA 1C45A 2D91A 3C82A 1T3PA 4GRVA 5B1GA 1RFPA 4NGLA 1XGRC 5DN5A 3IJUA 3A8ZA 1LZBA 1QSAA 4H91A 143LA 120LA 1LAAA 1L53A 1G7LC 1GF0A 210LA 5IELA 5B1FA 1IOCA 5B05A 2DQHY 1QUGA 2LHMA 2NWDX 2MEGA 1SX2A 1C6CA 4PK0A 5KXOA 4WM3A 3AGGG 1LKRA 1UC0A 4PGJB 4XADA 1L62A 1NHBA 175LA 138LA 1W08A 5L9JA 3ULRA 1LJNA 4DC4A 1LZTA 1LSGA 3CDQA 2VB1A 4NHTA 5FSTA 1C6FA 1FLYA 3CSZA 3NY9A 2DQEY 146LA 1REXA 1LSFA 1JISA 3EO5A 1CV5A 3EMSA 149LA 1GE3A 233LA 1LHKA 1LGXA 4XJHA 1ZMYL 178LA 5LVIA 1BB6A 5KY1A 4W56A 1GBSA 4NG8A 3DMZA 1LZ1A 1G0QA 3SB9A 186LA 1GFKA 1LSPA 166LA 229LA 5C6IA 4W94A 4XJFA 1QT6A 2Z38A 1VDQA 2F2QA 4LZTA 4H8ZA 4ZIXA 174LA 1C6AA 3C8QA 1LMQA 3G3AB 4YM8A 5I4WA 1L22A 2XJWA 3HT6A 3HWLA 3DN0A 2W1LA 5AMYA 107LA 4LT0A 4ARMB 1JTTL 4ZPUA 1REYA 2B72A 4CFPA 1SX7A 1HMLA 3NY8A 198LA 1YL1X 1UIEA 1AZFA 5KXKA 1OUGA 1OUBA 240LA 2RAZX 209LA 3AZ7A 1L60A 4OWBA 4IATA 3OE0A 1BVXA 3HU9A 1D0KA 1GF3A 1L66A 3HBHA 102LA 1LZEA 3DNAA 1WTNA 1BWHA 1QQYA 2OE9X 250LA 1REMA 1KIQC 1L07A 1B7NA 1QS9A 3L64A 2Z18A 1TDYA 3ZVQA 2YSSC 4NGVA 1A4VA 2YBMA 1HEQA 4XN6A 1CUPA 1GXV2 3AJNA 1L43A 1YANA 1L55A 4WLXA 195LA 200LA 4CFOA 1GAYA 4TSCA 1L24A 3AZ4A 4GN3A 4AGAA 3IJVA 147LA 1GB5A 1LJKA 4DD9A 3K3TA 3FA0A 4C3WA 2B6TA 3GUJA 4LDLA 1SLYA 3GUOA 4WM5A 1L02A 2BQOA 3K2RA 4DWXA 2G4PA 1IY3A 1OYUA 144LA 4M4OA 228LA 2ZNXY 4B4IA 3FI7A 1OUAA 4YXAC 1IOTA 1L69A 5JENB 4NSIA 1HSXA 4YF2A 3CB7A 1G0GA 1CU3A 3OE9A 2OU8A 3TMXA 1GFAA 2HUMA 1IP5A 122LA 1C6LA 1YAPA 5B59A 1ZV5L 1OUCA 1LYHA 1QSQA 3FE0A 1QUTA 4NG1A 2B5ZA 1GHLA 5LAFA 3LYZA 3GUIA 156LA 1IR8A 1LZYA 1T6VL 3G3BB 3RU5A 1EQEA 1C6BA 165LA 1L79A 139LA 2RAYX 1P37A 2YDGA 150LA 1F6RA 1L18A 2ZILA 1FBIX 2LZMA 243LA 2BQGA 1LYFA 1WQMA 1L56A 1EPYA 242LA 159LA 4W96A 3WU7A 1GFVA 2W1XA 4WM2A 1L48A 3TXFA 3WXTA 1CKGA 2YBIA 1C10A 1QUDA 4BAPA 1JJ0A 5E9RA 4I7PA 4O34A 4I8SA 253LA 1CKCA 1GBZA 1DI4A 1E8LA 4OOTA 4N1EI 3SBAA 1L38A 5KXZA 4OWAA 4CHXA 4GN4A 1C6TA 3TXGA 104LA 1T8FA 1IP2A 4XJGA 249LA 1HNLA 4OWCA 3HUQA 2LZTA 197LA 1GF9A 2C8OA 1B7SA 3WPKA 3LYTA 1IC7Y 4NWEA 1T8GA 2G4QA 2W1MA 2H5ZA 5D5CA 1CU0A 1GFJA 1GE4A 2DQDY 1D6PA 4LDOA 1IWVA 1FKQA 206LA 170LA 3C8RA 1QT5A 1C60A 2DQJY 1CU6A 3NYAA 4PRQA 4LT1A 227LA 4Z98A 5KXYA 1IY4A 4I7LA 3C80A 215LA 1L33A 259LA 5M1YA 1L19A 231LA 5KXLA 1C66A 1L34A 3J6KA 1L05A 3IWRA 4YEOA 1LSEA 4YENA 4I7MA 3CT0A 4NHSA 1WQQA 245LA 4KL7A 4PHIA 4PJ2C 3LZ2A 133LA 3GXKA 2MEHA 196LA 3GULA 1JIYA 1DYBA 1HSWA 1KW5A 4UWVA 1OVHA 1LHMA 4R6CA 5E4PA 4TSBA 3CSQA 2FYDA 3LZTA 4ETDA 1L14A 4S0WA 2HEAA 2D6BA 1UBZA 257LA 1LWKA 2X0AA 211LA 1I6SA 4LYOA 2ANVA 1L44A 1LJFA 1GBWA 1LPIA 1L01A 1L74A 1I1ZA 241LA 224LA 1FLWA 1CX7A 4GBRB 5KXWA 1GF6A 3E3DA 2Z2FA 2D4JA 4ET9A 2BQKA 2WARA 4RDSA 1UIBA 254LA 4DQ7A 1D3NA 4FDYA 1WTHA 1BGIA 1L04A 110LA 3ODUA 3SB7A 1C6MA 4WL6A 239LA 2Q9EA 4UWNA 3HT8A 9LYZA 1B7RA 2RBRA 134LA 168LA 1B5VA 141LA 4LFPA 1HENA 3HTFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L73 A;  1JKC A;  3A3R X;  1DYA A;  2YVB A;  4Z41 A;  4DDC A;  4H92 A;  1L76 A;  1DQJ C;  4K5Y A;  2I26 L;  1GFR A;  1JKD A;  2D4I A;  201L A;  1G7J C;  1C6D A;  1YIL A;  5J7C A;  1OP9 B;  4W54 A;  1QTH A;  1GB2 A;  1NKH A;  2BQD A;  127L A;  2MEI A;  1J1X Y;  154L A;  5B07 A;  1L63 A;  4H9I A;  1AM7 A;  1L26 A;  4NGK A;  1CX6 A;  4DYG A;  2FBB A;  1CJ6 A;  115L A;  4P2E A;  1C45 A;  2D91 A;  3C82 A;  1T3P A;  4GRV A;  5B1G A;  1RFP A;  4NGL A;  1XGR C;  5DN5 A;  3IJU A;  3A8Z A;  1LZB A;  1QSA A;  4H91 A;  143L A;  120L A;  1LAA A;  1L53 A;  1G7L C;  1GF0 A;  210L A;  5IEL A;  5B1F A;  1IOC A;  5B05 A;  2DQH Y;  1QUG A;  2LHM A;  2NWD X;  2MEG A;  1SX2 A;  1C6C A;  4PK0 A;  5KXO A;  4WM3 A;  3AGG G;  1LKR A;  1UC0 A;  4PGJ B;  4XAD A;  1L62 A;  1NHB A;  175L A;  138L A;  1W08 A;  5L9J A;  3ULR A;  1LJN A;  4DC4 A;  1LZT A;  1LSG A;  3CDQ A;  2VB1 A;  4NHT A;  5FST A;  1C6F A;  1FLY A;  3CSZ A;  3NY9 A;  2DQE Y;  146L A;  1REX A;  1LSF A;  1JIS A;  3EO5 A;  1CV5 A;  3EMS A;  149L A;  1GE3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1L73 A;  1JKC A;  3A3R X;  1DYA A;  2YVB A;  4Z41 A;  4DDC A;  4H92 A;  1L76 A;  1DQJ C;  4K5Y A;  2I26 L;  1GFR A;  1JKD A;  2D4I A;  201L A;  1G7J C;  1C6D A;  1YIL A;  5J7C A;  1OP9 B;  4W54 A;  1QTH A;  1GB2 A;  1NKH A;  2BQD A;  127L A;  2MEI A;  1J1X Y;  154L A;  5B07 A;  1L63 A;  4H9I A;  1AM7 A;  1L26 A;  4NGK A;  1CX6 A;  4DYG A;  2FBB A;  1CJ6 A;  115L A;  4P2E A;  1C45 A;  2D91 A;  3C82 A;  1T3P A;  4GRV A;  5B1G A;  1RFP A;  4NGL A;  1XGR C;  5DN5 A;  3IJU A;  3A8Z A;  1LZB A;  1QSA A;  4H91 A;  143L A;  120L A;  1LAA A;  1L53 A;  1G7L C;  1GF0 A;  210L A;  5IEL A;  5B1F A;  1IOC A;  5B05 A;  2DQH Y;  1QUG A;  2LHM A;  2NWD X;  2MEG A;  1SX2 A;  1C6C A;  4PK0 A;  5KXO A;  4WM3 A;  3AGG G;  1LKR A;  1UC0 A;  4PGJ B;  4XAD A;  1L62 A;  1NHB A;  175L A;  138L A;  1W08 A;  5L9J A;  3ULR A;  1LJN A;  4DC4 A;  1LZT A;  1LSG A;  3CDQ A;  2VB1 A;  4NHT A;  5FST A;  1C6F A;  1FLY A;  3CSZ A;  3NY9 A;  2DQE Y;  146L A;  1REX A;  1LSF A;  1JIS A;  3EO5 A;  1CV5 A;  3EMS A;  149L A;  1GE3 A; 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