3L64A

T4 lysozyme s44e/wt*
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKEELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of alpha-helix propensity within the context of a folded protein. Sites 44 and 131 in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3l64A00
159LA 3L64A 1CUQA 2O4WA 1D3NA 1DYDA 1L68A 205LA 4E97A 1L24A 1L39A 1L98A 1C6GA 1SSWA 3SN6R 1CX7A 258LA 1L42A 3LZMA 1L87A 3OE0A 196LA 1L90A 131LA 229LA 123LA 227LA 1D2YA 4ARMB 146LA 1L71A 222LA 188LA 3DMXA 168LA 259LA 2LZMA 1T8GA 253LA 1L48A 3HUQA 3HWLA 1PQDA 1KY0A 4GBRB 233LA 1LYFA 2HUMA 1L76A 1G0PA 1D2WA 215LA 4I7RA 1L0KA 2Q9DA 1LYJA 1C6IA 1L63A 1TLAA 2RBNA 2QB0B 247LA 4AQNA 4DJHA 3C83A 5I14A 2QARC 1LWKA 4IAPA 3UONA 4DAJA 3HTFA 1P56A 1QT8A 244LA 3HH6A 1L18A 226LA 4ARQB 2A4TA 4EKPA 4I7NA 1CUPA 1L84A 1G07A 1OV7A 1DYCA 1LGUA 1P2LA 3SB6A 1L37A 3C7WA 1C6TA 3GUPA 3L2XA 2RAZX 2OEAX 4ARPA 4EJ4A 110LA 200LA 1XJTA 4EPFA 1C6EA 1QUOA 1LYIA 163LA 6LZMA 1LGWA 1C6DA 2O79A 1SWYA 250LA 1LPYA 1QUHA 1L62A 3HTGA 1QS5A 180LA 2LC9A 2ANXA 1QSBA 1LI2A 1L85A 3DN0A 182LA 1L51A 3CDOA 216LA 4ARMA 1L26A 1CX6A 3GUOA 1I6SA 228LA 142LA 1G1WA 210LA 1QSQA 2NTGA 1L03A 4YXAC 186LA 1L97A 1C6KA 1L09A 241LA 1LI6A 1CU6A 1CV1A 1L10A 4W54A 1L47A 113LA 108LA 175LA 1L34A 3HDEA 1CU3A 3RUNA 3DMVA 2B73A 1L36A 3HDFA 1L60A 1LW9A 137LA 1L02A 1L77A 1QT7A 102LA 1L21A 1L13A 1L28A 191LA 1L30A 4ARQA 115LA 230LA 1L19A 173LA 242LA 1L57A 234LA 3C8RA 1LYHA 1L89A 3V2WA 1QUDA 1D3FA 256LA 3CDRA 3GULA 1G1VA 1C66A 1LLHA 1L05A 1SX7A 238LA 261LA 1G0KA 122LA 152LA 184LA 1L49A 1L52A 1C67A 4W58A 145LA 1QTHA 3DN3A 1L92A 3OE9A 217LA 201LA 4W56A 1DYBA 103LA 1PQJA 2CUUA 1L15A 3GUIA 3V2YA 1G0MA 4YXCA 4I7LA 181LA 187LA 3HUAA 140LA 1NHBA 3G3WA 129LA 1L20A 192LA 239LA 164LA 1LWGA 1D3JA 150LA 3ODUA 5LZMA 4W57A 1P64A 104LA 3F9LA 1L69A 1KY1A 1ZWNA 128LA 149LA 1T6HA 254LA 3DN8A 1C60A 170LA 1L81A 1EPYA 1L70A 220LA 3DN2A 157LA 1C6LA 218LA 237LA 4ARLA 3DKEX 139LA 1P36A 2RBSA 3CDVA 3C81A 2OU0X 169LA 2OU9A 4EKRA 3FI5A 7LZMA 1C6NA 2RBRA 112LA 211LA 1L58A 1C6BA 2OE9X 2Z6BA 1CV6A 1L40A 1OWYA 1L86A 2F2QA 236LA 3HT7A 221LA 246LA 1L94A 1L82A 4I7KA 1QT4A 1L16A 1ZURA 2B75A 3C82A 118LA 141LA 249LA 3FA0A 3K2RA 1C6CA 4W52A 2B7XA 1B6IA 1L54A 1G0QA 1L50A 3NY9A 4W55A 3DN4A 1KW5A 4GRVA 3SBBC 209LA 2RBQA 3HH4A 4I7OA 1OV5A 1T8AA 178LA 1L22A 3GUKA 1L44A 3F8VA 3SBAA 3HUKA 1PQMA 2OTYX 3QAKA 1DYFA 1QUGA 1L38A 1PQOA 127LA 1C6FA 1L79A 1P5CA 1C63A 1L17A 1LI3A 2Q9EA 166LA 3VW7A 161LA 1L75A 1L53A 1C6AA 1QTBA 1L83A 4DKLA 3DN1A 1L12A 2IGCA 1CV4A 1L45A 1P3NA 1L61A 1L88A 3GUJA 4LDOA 1K28A 3CDTA 2B6WA 1L00A 167LA 232LA 3C7YA 1QT6A 3FADA 1JQUA 1OWZA 3HT9A 1P46A 1LYGA 176LA 1JTMA 2B6ZA 214LA 3C8SA 1XEPA 3GUNA 1L27A 197LA 2OE7X 2B6TA 2B70A 4LDLA 4YX7C 3C8QA 4EKQA 1L46A 1L55A 158LA 1DYEA 1SWZA 2RBPA 225LA 2ANVA 2B6YA 3HT8A 4I7TA 1CU2A 1L41A 1L99A 1C61A 156LA 2RBOA 1QS9A 1L31A 1PQKA 3HTBA 1XJUA 212LA 1ZYTA 1L14A 1KNIA 4W53A 3G3VA 1QT3A 1CU5A 1P6YA 3CDQA 1CVKA 1L11A 1L74A 3NY8A 1P7SA 1L67A 2B74A 255LA 1L07A 2RB1X 119LA 1C6MA 3HU8A 2OU8A 1G0GA 231LA 3JR6A 1CV0A 1G0JA 2LCBA 144LA 1QTVA 4LZMA 125LA 1T97A 3DMZA 2RB0X 4LDEA 190LA 4I7MA 198LA 4I7SA 4K5YA 3C80A 3GUMA 143LA 1L23A 2RH1A 4I7QA 107LA 3NYAA 1LYDA 1CV3A 4PK0A 1C65A 2RAYX 4ZPUA 4I7JA 2HUKA 3RZEA 130LA 1C62A 195LA 252LA 1CTWA 185LA 1LYEA 3SB8A 1QTZA 3D4SA 4S0WA 2B6XA 1L66A 3HT6A 2NTHA 1JTNA 3HH5A 4PJZA 155LA 3OE6A 1L01A 1C68A 1L06A 2F32A 1L80A 1OVKA 2OE4X 160LA 223LA 120LA 1L0JA 4W51A 162LA 1L95A 1L32A 3SB5A 199LA 1P2RA 1C6PA 1WTHA 1OVJA 262LA 1KS3A 2HULA 243LA 248LA 3SB7A 1L08A 245LA 1SX2A 177LA 1CU0A 1L72A 1C6QA 4I7PA 4EXMA 1T8FA 1G06A 3PDSA 151LA 1L56A 3DNAA 1OYUA 4ARJA 3C7ZA 1L35A 189LA 1CV5A 1QTDA 1OVHA 1DYGA 1C6HA 4EPIA 1DYAA 138LA 1QTCA 3HTDA 213LA 3PBLA 171LA 260LA 1L59A 2RB2X 183LA 1C64A 3SB9A 1L93A 224LA 1L25A 2L78A 235LA 4OO9A 2O7AA 109LA 1L96A 126LA 3G3XA 1KW7A 1SSYA 4EKSA 1L91A 1L33A 148LE 1G0LA 1L64A 257LA 1C6JA 1L29A 2OTZX 1QT5A 251LA 1L73A 114LA 3HH3A 206LA 1L04A 1PQIA 3DN6A 3OE8A 111LA 1D3MA 2F47A 1P37A 147LA 172LA 1D9WA 165LA 3EMLA 219LA 2B72A 174LA 1L43A 1C69A 1L65A 1LGXA 240LA 3HU9A 4W59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RFPA 1LMTA 4M6DA 1Z55A 2EIZC 4O34A 3CT0A 3CSQA 3WMKA 5LVJA 3QNGA 1OP9B 5D5FA 146LA 222LA 188LA 2CJLA 168LA 1YAMA 1LYZA 1LJJA 1BWJA 5KKIA 2ZIKA 3A91A 233LA 1LYFA 2HUMA 4GCDA 1NWGA 1G0PA 1D2WA 2Z12A 3N9AA 5LA5A 2BQFA 4XJBA 1DI3A 2H9KA 2Z2FA 1CKHA 1EQ4A 3C83A 2YBNA 1QIOA 2H5ZA 3HTFA 1P56A 1GEVA 1QT8A 244LA 4HV1A 1XGUC 2W1LA 4EKPA 4I7NA 4NGIA 1CUPA 1L84A 1G07A 4HPIA 1GFVA 3WVXA 3C7WA 2Z19A 1B2KA 1F10A 3GUPA 3L2XA 4NSGA 4ARPA 3TMVA 1JPOA 3A93A 4G9SA 4ZIXA 3AGHA 1C6EA 4NSJA 1SWYA 4NGOA 1AM7A 1L62A 1NF5A 1QS5A 2ANXA 1FN5A 1J1OY 1QUSA 2RSCA 3WXUA 3EMSA 1YKXX 1QDTA 1GFKA 3AGIA 142LA 4WL7A 3W6DA 1GB3A 5E9RA 4NWEA 4YEOA 153LA 4J7VA 5L9JA 3MGWA 241LA 1LI6A 1CU6A 2I26L 1GF8A 1UACY 1CV1A 1L10A 1WQQA 4B1AA 113LA 3W6EA 3FE0A 175LA 1HFZA 3HDEA 5J7CA 3RUNA 1BQLY 3E3DA 1CNSA 1VDQA 3AZ6A 1LSGA 1LW9A 3WULA 193LA 1QDRA 1B7RA 1LZAA 2N5ZA 1B5WA 1GXV2 3C8RA 234LA 4HJZA 1LHMA 5LXWA 4DD0A 4WO9A 1DKKA 5IELA 1OUDA 1C66A 4QEQA 4ET8A 3GXRA 1L92A 4N9RA 1V7TA 5KXXA 2YVBA 4LYMA 2CUUA 5EBHA 4RDSA 1GB5A 5D5CA 140LA 4D9ZA 1WTNA 3ODUA 4W57A 104LA 1EQEA 1ZWNA 1JJ1A 1LJFA 1DZBX 3G3BB 4TSBA 3CT1A 4B49A 1REMA 3LYMA 1HC0A 139LA 1P36A 2RBSA 5LVKA 1GXXA 207LA 7LZMA 2RBRA 211LA 1C6BA 2OE9X 1WQPA 4AXTA 2BQNA 4UWUA 2DQEY 236LA 1LJIA 2F2QA 4NWHA 2X0AA 1L94A 4I7KA 1QT4A 1ZURA 2B75A 4YM8A 1F6RA 5HNCA 1GE2A 3A96A 4W52A 2DQAA 5DN4A 1KIRC 1JJ0A 1L54A 5APDA 4W55A 209LA 4I7OA 1IY4A 3AYQA 1NDMC 4ET9A 3HUKA 1VDPA 4LFXA 4H9CA 9LYZA 1HSWA 1PQOA 1C6FA 2Q9EA 1LI3A 1LZYA 5I4XA 5KXPA 3AZ7A 1QTBA 1L83A 1RCMA 3CSZA 1CKCA 1L61A 1GB6A 2YBMA 4NFVA 1HELA 3C7YA 3HT9A 1UICA 176LA 3A6CY 2B6ZA 3W3EA 4WM2A 1AT6A 214LA 1GF0A 3GUNA 197LA 2OE7X 1IR9A 4HP0A 4NHTA 1LZSA 1UA6Y 4KXIA 3HT8A 1VFBC 4I7TA 1CU2A 1OUJA 1BWIA 2RBOA 2D4KA 2B5ZA 1TBYA 2BQOA 2ZNWY 1XJUA 1UIBA 212LA 2ZYPA 3TXHA 4WLDA 5M1YA 1N4FA 2DQDY 2D6BA 3A3RX 1QT3A 2CWIA 3HBHA 1NMMA 4EMNA 4C5FA 1L74A 3A6BY 2BQMA 3NY8A 2ZQ3A 4PRQA 1JJ3A 1ALCA 1D6QA 119LA 3M3UA 1UIEA 2OU8A 4CFOA 231LA 3EBAB 2LCBA 3P65A 125LA 5FEKA 3WW5A 3C80A 5F16A 1C45A 2DQHY 4W96A 5C6LA 1G7LC 1LYDA 1DI4A 1UIFA 1C65A 1LJKA 4I7JA 4X3BA 1YILA 1C62A 1LSBA 132LA 1RJCB 1LYEA 2BQCA 4S0WA 3HT6A 1GBWA 1LZ6A 3LZ2A 155LA 4OOOA 5I4WA 1LAAA 6LYTA 4NG1A 160LA 5DM9A 1C6PA 1WTHA 4WLYA 4YOPA 4I8SA 3SB7A 4N5RA 4DD7A 4I7PA 4PJ2C 5I5QA 1T8FA 5KJ9A 3DNAA 8LYZA 3C7ZA 1LSYA 189LA 3AZ5A 1CV5A 1OVHA 1DYGA 3W6AA 4NY5A 4DD3A 4XADA 1DYAA 213LA 2CDSA 5JENB 3PBLA 4ZFPA 2RB2X 1C64A 1I56A 1L93A 2L78A 1L96A 3G3XA 1SSYA 1WQOA 3A67Y 1G0LA 5LVGA 1C6JA 1HHLA 4PRUA 1GEZA 4DQJA 114LA 1JTTL 3OE8A 3J4GA 1D3MA 2BQEA 1P37A 1KIQC 4J1AA 219LA 4NGVA 1LGXA 5LIOA 159LA 4CGEA 3L64A 1REXA 2O4WA 1IP3A 4QDNA 4HPEA 1HENA 4OW1A 2W1XA 205LA 1B5XA 1L24A 4NHSA 1B7QA 258LA 1L42A 3LZMA 5DLAA 1GFAA 1GB7A 1FLYA 3P68A 4TTDA 1L71A 3WPKA 3DMXA 2LZMA 1H6MA 1VAUA 5C6IA 2BQIA 2W1YA 1LYJA 1C6IA 1LHLA 1TLAA 1B0DA 1GDXA 1GF7A 2QB0B 5FSTA 3QE8A 4DWXA 4DJHA 2F30A 1XGTC 1OUFA 5I14A 3W6FA 4DAJA 4WO6A 4W94A 4ARQB 1WQMA 208LA 4DD9A 1OV7A 1DQJC 1GF4A 1P2LA 5KXMA 5FHWA 133LA 1L37A 3CSRA 2MEHA 4EJ4A 110LA 1QTEA 1BB5A 2LYZA 1LYIA 3AB6A 4LYTA 5KXKA 6LZMA 250LA 1GF3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RFP A;  1LMT A;  4M6D A;  1Z55 A;  2EIZ C;  4O34 A;  3CT0 A;  3CSQ A;  3WMK A;  5LVJ A;  3QNG A;  1OP9 B;  5D5F A;  146L A;  222L A;  188L A;  2CJL A;  168L A;  1YAM A;  1LYZ A;  1LJJ A;  1BWJ A;  5KKI A;  2ZIK A;  3A91 A;  233L A;  1LYF A;  2HUM A;  4GCD A;  1NWG A;  1G0P A;  1D2W A;  2Z12 A;  3N9A A;  5LA5 A;  2BQF A;  4XJB A;  1DI3 A;  2H9K A;  2Z2F A;  1CKH A;  1EQ4 A;  3C83 A;  2YBN A;  1QIO A;  2H5Z A;  3HTF A;  1P56 A;  1GEV A;  1QT8 A;  244L A;  4HV1 A;  1XGU C;  2W1L A;  4EKP A;  4I7N A;  4NGI A;  1CUP A;  1L84 A;  1G07 A;  4HPI A;  1GFV A;  3WVX A;  3C7W A;  2Z19 A;  1B2K A;  1F10 A;  3GUP A;  3L2X A;  4NSG A;  4ARP A;  3TMV A;  1JPO A;  3A93 A;  4G9S A;  4ZIX A;  3AGH A;  1C6E A;  4NSJ A;  1SWY A;  4NGO A;  1AM7 A;  1L62 A;  1NF5 A;  1QS5 A;  2ANX A;  1FN5 A;  1J1O Y;  1QUS A;  2RSC A;  3WXU A;  3EMS A;  1YKX X;  1QDT A;  1GFK A;  3AGI A;  142L A;  4WL7 A;  3W6D A;  1GB3 A;  5E9R A;  4NWE A;  4YEO A;  153L A;  4J7V A;  5L9J A;  3MGW A;  241L A;  1LI6 A;  1CU6 A;  2I26 L;  1GF8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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