3LYMA

Crystal structure of hen egg-white lysozyme at a hydrostatic pressure of 1000 atmospheres
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of hen egg-white lysozyme at a hydrostatic pressure of 1000 atmospheres.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1987-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3lymA00
4ZIXA 1G7HC 1V7SA 1ZVYB 4CGEA 1YAMA 3W6DA 4N8ZA 1C46A 1YAPA 4LT0A 4EMNA 2G4QA 1MLCE 1CKFA 3T6UA 1EL1A 5I4XA 1W6ZA 2ZQ4A 1CKCA 1LJKA 4PGJB 4CFOA 1XGTC 1ZVHL 4XJFA 3TXKA 1AKIA 5HLLA 3N9AA 1GD6A 1GFAA 5LVGA 1LSYA 1UACY 3EMSA 4LFXA 4WM3A 2Z38A 1YIKA 2MECA 4OW1A 3P4ZA 1JEFA 4H9BA 2AUBA 3ATOA 2Z18A 3WULA 1MELL 1G7JC 1LKSA 4UWVA 3W6AA 4XJIA 1I20A 2ZWBA 4N0JA 4PHIA 1OUJA 3W6FA 4NGLA 2BQKA 1KXXA 1WQOA 3LZTA 5KXYA 3A93A 1CNSA 1H87A 1N4FA 1OUGA 4RW2A 4TSBA 1LYOA 2XBRA 2Z2FA 4DD7A 5I4YA 1HEOA 2CWIA 3HBEX 1GEZA 1TAYA 2CJLA 8LYZA 1BWIA 1J1XY 4YF2A 1SQ2L 2H9KA 4LT1A 5LA8A 1IY4A 3ZVQA 1REZA 5F81A 1BHZA 3FE0A 1BQLY 1GFUA 3EXDA 4Z41A 5LVKA 4G9SA 4LT2A 5F9XA 5I53A 5C6LA 3K3TA 1FKVA 4G49A 3WH1A 3B6LA 1UC0A 4IATA 1GE3A 1IP6A 3LZ2A 3P65A 1KIPC 1D0LA 1OUAA 5LVIA 4UWNA 1B7OA 1LZEA 1VDQA 2YBJA 5KKIA 1REXA 2XBSA 1UICA 3VWOA 1AZFA 2D4JA 2G4PA 2BQBA 1WQPA 2PC2A 1JJ0A 4N1CC 4H8YA 1CJ6A 4KT3A 4XJDA 5APCA 5L3IA 1IP3A 1IWYA 3CT0A 3A90A 5LINA 1HEPA 5KJ9A 1D6PA 2ZYCA 1A4VA 1B7LA 2ZIKA 4I0CA 3CSRA 3CSZA 5F14A 5LVJA 1NF5A 4DD3A 5IDDA 4IASA 1GFEA 3CT1A 2I25L 4MSTA 4XENA 1LMTA 3AW6A 1W08A 4XJGA 1LYSA 1HEWA 3WW5A 1GBOA 5DN5A 1GE2A 4WLTA 1KXYA 1LZ9A 5FSTA 1GB7A 4OOOA 1JSFA 4CHXA 1BVKC 1IY3A 1O23A 3WUAA 1HFYA 1B7RA 3A6BY 1UA6Y 1REMA 3B72A 1DPWA 1NMMA 1GE4A 1P2CC 5E9RA 5HNCA 2YBLA 2MEGA 3TXGA 1LPIA 5KXWA 1LSPA 1ZMYL 1IWXA 4N1EI 2A7FA 3A8ZA 5FHWA 1IWTA 2EIZC 3RNXA 4NGVA 1UIHA 4XADA 3TXFA 1GF8A 3BKHA 1LSEA 1VDTA 4NHIA 1BWJA 4P2EA 1GFJA 2FBBA 1XEJA 4OWAA 1GWDA 3GXKA 4TTDA 1UIDA 5L9JA 3M3UA 2LYMA 1CJ8A 134LA 4NG8A 1JISA 2HU3A 5B1FA 3T36A 3IJUA 5FDJA 1D0KA 3QE8A 4DD9A 3J4GA 3AGIA 2BQNA 1OUHA 2F30A 3G3AB 1QSWA 1GFVA 1HFZA 1LHIA 1GBZA 1LSBA 2BQIA 1WTNA 5D5CA 1QTEA 4H92A 4NEBA 4NHTA 1GBYA 1OUEA 1GF6A 4LT3A 1REYA 1IP1A 1ZV5L 4ETDA 1GFHA 3LHMA 1GE1A 1NDMC 1HNLA 1FLUA 1PZYA 4DYGA 1AT6A 5C6JA 3AJNA 3A34A 2YDGA 1GF3A 1OUFA 2HEEA 2HECA 2BQDA 4GCBA 4R0FA 4DD1A 4DDCA 1LCNA 1IC4Y 1JITA 3LYOA 2DKVA 5LXWA 1G7IC 4CFPA 2BQAA 4H93A 4NGYA 1BB5A 1JSEA 1LTMA 2BQCA 3A92A 1C10A 1FN5A 2DQGY 3OK0A 1EQ4A 4H94A 2BQFA 1I1ZA 4C3WA 4DWXA 1QTKA 2MEEA 5ILFA 1IP4A 3N9CA 1RJCB 4RDSA 4ML7A 4NGWA 4H9HA 3WU9A 5APFA 2BLXA 1TDYA 4KL7A 4NFVA 5APDA 2Z2EA 5F9UA 1JTPL 3TMXA 1GF9A 4YOPA 1TCYA 1LJFA 1DI5A 4Z46A 3EBAB 1JUGA 1DI3A 1YAQA 4HV2A 1CKHA 3AYQA 4HTNA 3A67Y 132LA 5E4PA 1GB8A 1GBWA 4WL6A 4HJYA 5DN4A 1UIFA 2FYDA 1DI4A 3P64A 1OQMA 7LYZA 4ETCA 1LMQA 2ZIJA 4H91A 5K7OA 5KXOA 5HMJA 2HEAA 4WLDA 5LYTA 3LYZA 4GCFA 1DKJA 5B59A 1NDGC 4GLVA 5M1YA 1F6RA 1J1OY 3LN2A 5HNLA 3AW7A 1B0DA 1GEVA 3EO5A 4B1AA 1LKRA 5KXLA 1IWZA 4AGAA 1GFRA 1LZAA 2GV0A 2DQCY 5A3ZA 5B05A 1VEDA 4ET9A 6LYTA 4IJ4A 1GXV2 2EPEA 5KXKA 4GN5C 4H8ZA 1B5ZA 2DQEY 4DDAA 3E3DA 4LYMA 1HEQA 2D4IA 1JJ1A 2Z39A 2ZYPA 1JWRA 4WG1A 2EKSC 3TXEA 1LZRA 4N5RA 4NWHA 4W96A 3A95A 5LAGA 3CSQA 2EQLA 4N9RA 4M4OA 1LHMA 5ILCA 4LGKA 1JKDA 2NWDX 3QY4A 4XYYA 4AXTA 4KXIA 1XGQC 1UCOA 2D6BA 2YSSC 1HSXA 3TXHA 4Z3MA 4W94A 4DDBA 3WU8A 4ANRA 1UBZA 5IHGA 4HP0A 1IC7Y 2D91A 1GB2A 1YKXX 4NGJA 1OUIA 1IR7A 1LMCA 1FLWA 1TBYA 4NGOA 1IWWA 1GB5A 2HEBA 5KXNA 4BAPA 4H9EA 1LSAA 1RI8B 3RU5A 4QY9A 1EQ5A 1LZ4A 1YKZX 5HMVA 1OUCA 1UIAA 4UWUA 1F0WA 1LZGA 1WVUA 4TUNA 3WL2A 1IP5A 2X0AA 5EBHA 4R6CA 1JHLA 5LYZA 4NGKA 2W1YA 1WTMA 3WW6A 1IO5A 4H9AA 1UIEA 1IOSA 1IC5Y 1YL0X 4G4CA 4WM5A 4ETAA 3IWRA 3KAMA 5JENB 4DT3A 3TMWA 4LYCA 1LZBA 2DQAA 2Z19A 3IJVA 1JKCA 4A7DA 3CQLA 2F2NA 5FELA 1B9OA 4LZTA 1JKAA 5KXSA 4B0DA 6LYZA 4C5FA 4TX7A 1IR9A 5B06A 4ETBA 3ULRA 1C7PA 1GFKA 1EQEA 4WM2A 193LA 1QDTA 3ZEKA 5FEKA 4DC4A 1YANA 2BLYA 1LZ1A 2MEFA 3A3QA 1DKKA 2BAAA 4WO9A 3A3RX 4RLMA 3W6CA 4XJBA 2W1XA 1LZCA 2ZNXY 4HV1A 4ZEEA 1IOTA 1I56A 4H9CA 4H8XA 5I4WA 4J1BA 1UUZC 5KXPA 1BWHA 4RW1A 2CDSA 1F10A 2C8OA 4PRQA 2HU1A 5AMYA 1FKQA 1LSGA 3A6CY 4H90A 4TWSA 4DD0A 1QDRA 3AB6A 2D4KA 1CJ7A 1HELA 1HSWA 1V7TA 4GCCA 4NGIA 2CGIA 4NSJA 2BQEA 1YQVY 3OJPA 1B5WA 4BS7A 3HBDA 3GXRA 4X3BA 1QUSA 4WM1A 2MEIA 1LSMA 3WXUA 2IFFY 5KKJA 5I5QA 5HQ1A 3TXJA 1LHKA 3AZ6A 4NHQA 208LA 1LZ6A 2YBIA 4NGZA 1GXXA 2BQOA 1BB3A 1UIBA 1CKDA 4J7VA 1XEKA 1GAYA 1GF7A 1C08C 4NIJA 3AGGG 5LAFA 4U3XB 3HBHA 3WXTA 2Z37A 3WYHA 4YEMA 1GBSA 1HFXA 3RW8A 2DQHY 3RT5X 3P68A 1LJNA 2BQMA 194LA 4HTQA 1LZSA 1LZDA 4HJZA 1FBIX 1LSCA 1LJEA 4GCDA 4Z98A 2BQJA 4HTKA 4XN6A 1LSNA 4O34A 1AM7A 3WPKA 3SP3A 1LJHA 1YROA 9LYZA 1LAAA 2N5ZA 1T3PA 1YL1X 3WPLA 5KXRA 1HC0A 2IHLA 1LMNA 1GPQC 2XJWA 3B0OA 3CB7A 4HSFA 4BAFA 2YBNA 1LSFA 1XEIA 3W6BA 1YAOA 1D6QA 4QDNA 1HERA 1BB7A 4H9IA 1LMOA 1SLYA 1F6SA 1RCMA 1QUTA 3ZVQB 1WQMA 1IVMA 4H9FA 1D0MA 1OUDA 1RFPA 3P66A 5B1GA 3W6EA 2H9JA 2HUBA 1XGUC 4YENA 4QGZA 4YEOA 1G7MC 1VATA 2YBMA 2DQIY 4WMGA 1C43A 4PRUA 3TMUA 1IORA 4MCKA 4B4EA 154LA 1LZ5A 2XTHA 3F6ZA 5DL9A 133LA 1GF4A 1LZYA 4YM8A 4J0LA 1NKHA 4LYZA 2BPUA 3AGHA 3B0IA 1KXWA 1JKBA 4FDYA 1NHEA 1LYYA 1GFTA 4G4BA 4EOFA 4NG1A 1LOZA 4NSGA 2B5ZA 3D9AC 4PPOA 1RE2A 1NBYC 4NWEA 1IR8A 3D3DA 4WO6A 3QNGA 1E8LA 1JIYA 207LA 4NY5A 4QEQA 1LZ8A 3TXDA 3RZ4A 2W1LA 1HEMA 1LHLA 4ET8A 1TEWA 1C45A 4OWBA 4BADA 1FDLY 1YILA 1XFPL 4B4IA 4OOTA 5LA5A 1GDXA 1NBZC 2A7DA 1DPXA 1B7MA 2FYCA 5B07A 2Z12A 3M18B 4FJRA 1IEEA 1DZBX 1LSDA 1XGPC 2LZTA 2ZQ3A 3MGWA 1B5VA 1KIRC 3WU7A 1WVVA 1PS5A 1GB3A 2LYOA 5KXMA 1FLYA 1QQYA 1LJ3A 5L3HA 3B0KA 4WG7A 1GE0A 2DQFC 4NSIA 4PJ2C 3TMVA 1XGRC 5KY1A 5LVHA 1GF5A 1B7SA 4OWEA 3LYMA 1B5XA 5D5FA 1HENA 1D9UA 2DQDY 1VAUA 3WMKA 3WVYA 4GN3A 5LIOA 1JTOL 1CKGA 1B5YA 2RSCA 3A94A 1LMPA 4WLYA 4ETEA 4RLNA 4LYOA 4NSHA 2H5ZA 1LJIA 1IOQA 3WPJA 4DD2A 5DLAA 3WUMA 1JPOA 2F4GA 4H1PA 4GLAA 1GDWA 1OP9B 1LJGA 2MEHA 1BB4A 4GN4A 4WM6A 1WQNA 2F4AA 4WOAA 1IOCA 4HJVA 2LYZA 4I8SA 2YVBA 1BB6A 3CT5A 2Y8PA 3BKVA 3TXIA 2WARA 1B7PA 135LA 2Q0MX 5IELA 1FLQA 2W1MA 1IX0A 5C6IA 3A91A 4MR1A 2MEAA 1Z55A 1HHLA 4OWCA 1BVXA 1INUA 1HF4A 1GB6A 3ATNA 4WLXA 1ALCA 2I6ZA 2VB1A 4J1AA 4CJ2A 1VDSA 4B49A 5KXXA 1B7QA 3LYTA 1KIQC 1LHJA 2LZ2A 4HPEA 1OUBA 1IP2A 1LSZA 1VDPA 3TXBA 3FI7A 4E3UA 1LZNA 1LJ4A 3AZ4A 1B5UA 1A2YC 5A3EA 1GB0A 4WL7A 2G4NA 1IIZA 4M6DA 5II3A 1DXJA 1JTTL 5J7CA 1NQIA 1YKYX 2ZNWY 4G4HA 3A96A 2DQJY 5T3FA 5LYMA 4L41A 2HEDA 2LHMA 2C8PA 4NHPA 3W3EA 5FCPA 5I54A 153LA 3HFMY 3WVXA 5DM9A 2ZILA 5KXZA 3AZ5A 1UIGA 1XSFA 1WQRA 1LYZA 1WQQA 3AZ7A 4XJHA 2FBDA 4II8A 4WM4A 1BGIA 1IWVA 4NHSA 4TSCA 5KXTA 1IP7A 1DQJC 2BQLA 1QSAA 4HPIA 1VFBC 1GF0A 4D9ZA 2BQHA 3J6KA 4LYBA 1LMAA 1B7NA 2HTXA 2HEFA 3N9EA 5F16A 4OWHA 1H6MA 4B4JA 1GFGA 4LYTA 3G3BB 4GCEA 1B2KA 1NWGA 3WUNA 4ZFPA 1CJ9A 1T6VL 1GB9A 1QIOA 1LJJA 1G7LC 5APEA 1GAZA 2DBTA 1HMLA 1GHLA 1LHHA 1JJ3A 2YBHA 4KPMA 1IWUA 1J1PY 1AT5A 2MEDA 1HMKA 4LFPA 1GBXA 2I26L 2BQGA 2MEBA 1LZTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6LA 1G7HC 1OV5A 4W52A 4CGEA 162LA 1YAMA 2RB1X 3W6DA 2G4QA 1MLCE 1CKFA 3T6UA 1L42A 123LA 1W6ZA 4EXMA 4CFOA 1XGTC 3C7WA 1C69A 4GRVA 2QARC 1GFAA 163LA 3P4ZA 245LA 2OE9X 1G7JC 4W59A 159LA 1PQJA 4N0JA 4GBRB 3SBAA 5KXYA 4RW2A 4TSBA 1L51A 1QT4A 1HEOA 3HBEX 1TAYA 1J1XY 4YF2A 3ZVQA 5F81A 129LA 1BQLY 182LA 4Z41A 4G9SA 4LT2A 1CV3A 3WH1A 3B6LA 3P65A 1D0LA 1OUAA 4UWNA 4EPIA 1REXA 3RUNA 3SB6A 259LA 223LA 3NYAA 1WQPA 2PC2A 2RBPA 4N1CC 4W51A 4KT3A 1CJ6A 1IP3A 125LA 4I7MA 5KJ9A 1A4VA 5LVJA 3C81A 1GFEA 1CV6A 4MSTA 4XENA 1C6HA 1GBOA 4OOOA 1L22A 3LZMA 3HU9A 3A6BY 5E9RA 1P2CC 1NMMA 2YBLA 3TXGA 1LPIA 161LA 1OWYA 3OE0A 3RNXA 1L25A 1L74A 1VDTA 4NHIA 1BWJA 2FBBA 146LA 1GWDA 1UIDA 4ARQB 4NG8A 1CJ8A 134LA 1L04A 246LA 5B1FA 3AGIA 4LZMA 2F30A 2BQIA 1HFZA 4ETDA 1PQKA 1GFHA 3AJNA 1GF3A 2HECA 143LA 1LYIA 258LA 1C6AA 1IC4Y 1L29A 1LPYA 4H93A 1JSEA 1LTMA 3OK0A 1EQ4A 4H94A 1L47A 2MEEA 1IP4A 215LA 3HT8A 4RDSA 4ML7A 4NGWA 1QSQA 1L81A 5APFA 4KL7A 3TMXA 5F9UA 1JTPL 1GF9A 4YOPA 2RH1A 4I7QA 4Z46A 104LA 1L0JA 1PQIA 5DN4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZIX A;  1G7H C;  1V7S A;  1ZVY B;  4CGE A;  1YAM A;  3W6D A;  4N8Z A;  1C46 A;  1YAP A;  4LT0 A;  4EMN A;  2G4Q A;  1MLC E;  1CKF A;  3T6U A;  1EL1 A;  5I4X A;  1W6Z A;  2ZQ4 A;  1CKC A;  1LJK A;  4PGJ B;  4CFO A;  1XGT C;  1ZVH L;  4XJF A;  3TXK A;  1AKI A;  5HLL A;  3N9A A;  1GD6 A;  1GFA A;  5LVG A;  1LSY A;  1UAC Y;  3EMS A;  4LFX A;  4WM3 A;  2Z38 A;  1YIK A;  2MEC A;  4OW1 A;  3P4Z A;  1JEF A;  4H9B A;  2AUB A;  3ATO A;  2Z18 A;  3WUL A;  1MEL L;  1G7J C;  1LKS A;  4UWV A;  3W6A A;  4XJI A;  1I20 A;  2ZWB A;  4N0J A;  4PHI A;  1OUJ A;  3W6F A;  4NGL A;  2BQK A;  1KXX A;  1WQO A;  3LZT A;  5KXY A;  3A93 A;  1CNS A;  1H87 A;  1N4F A;  1OUG A;  4RW2 A;  4TSB A;  1LYO A;  2XBR A;  2Z2F A;  4DD7 A;  5I4Y A;  1HEO A;  2CWI A;  3HBE X;  1GEZ A;  1TAY A;  2CJL A;  8LYZ A;  1BWI A;  1J1X Y;  4YF2 A;  1SQ2 L;  2H9K A;  4LT1 A;  5LA8 A;  1IY4 A;  3ZVQ A;  1REZ A;  5F81 A;  1BHZ A;  3FE0 A;  1BQL Y;  1GFU A;  3EXD A;  4Z41 A;  5LVK A;  4G9S A;  4LT2 A;  5F9X A;  5I53 A;  5C6L A;  3K3T A;  1FKV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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