3LYTA

Comparison of radiation-induced decay and structure refinement from x-ray data collected from lysozyme crystals at low and ambient temperatures
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
publication title Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
pubmed rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 35
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3lytA00
1C7PA 3LZ2A 4GCCA 3CT5A 2HU3A 2LZTA 1INUA 1CJ9A 3RU5A 3QY4A 3TXJA 4ZIXA 4II8A 2ZNXY 3AYQA 2F2NA 5F81A 1DI3A 5EBHA 3KAMA 5FEKA 1YL0X 1IVMA 2HUBA 1JSEA 2HECA 1OUBA 2BPUA 3A90A 3GXRA 4RDSA 1LHKA 4QDNA 4R0FA 2BLYA 4X3BA 4B1AA 5KXPA 1HSWA 1QSWA 3WUNA 1HMKA 3W3EA 1LJ4A 3D3DA 4HTQA 1LZ4A 4M6DA 4KXIA 4XJIA 1BB5A 2CGIA 3QNGA 5DL9A 154LA 2D6BA 4NGOA 2I25L 1GPQC 2BQGA 4H1PA 2AUBA 4G49A 4ML7A 5FDJA 5E9RA 1NWGA 1UC0A 1OUEA 1UIFA 5L3IA 1QTKA 3TXGA 3WXUA 6LYZA 2ZWBA 2I6ZA 1GF6A 4LYMA 1OQMA 1G7HC 1O23A 4DD1A 4TSBA 5J7CA 1JJ1A 1CKCA 2FBDA 3AGHA 3CQLA 4B49A 3CT0A 2ZQ4A 1DXJA 1LOZA 1VFBC 4NFVA 1GXXA 2MEAA 3D9AC 4H8XA 2Z2FA 1CKGA 1NHEA 2BQEA 4RW2A 1JTPL 1GB6A 4DC4A 2EIZC 4YM8A 1WQOA 1C43A 3A3QA 4XENA 1B9OA 1REYA 1J1XY 3EMSA 1OUIA 4GN5C 1B7OA 5F9XA 5KXMA 1YILA 4HP0A 1GHLA 3A96A 4D9ZA 3P64A 1LJFA 3AGIA 4ET9A 1LJHA 5APCA 1GDXA 5HNLA 5F14A 1F10A 1CKHA 1IP7A 1JJ0A 1JKAA 4NIJA 2W1XA 4AGAA 2D4KA 1GF9A 1C10A 2C8PA 1GFRA 4PPOA 2CJLA 1GF8A 1LZSA 4DD3A 4LT0A 5KKIA 2XBRA 2YSSC 1DI4A 4N1CC 1I56A 1YKXX 1LSDA 1LZTA 3TXHA 1LYOA 4U3XB 2LYMA 5B1FA 2HEBA 1GB5A 2YBIA 1UICA 4WM6A 2BQIA 4LFXA 4NY5A 5B07A 1WTNA 1JTOL 2DQCY 1IC5Y 4B4EA 1AT5A 1LKSA 1GAZA 2LHMA 4H9FA 1UIBA 5L3HA 3TXIA 1KXYA 2XTHA 3IWRA 2G4QA 4OWHA 5KXZA 2I26L 1OUCA 4FDYA 4DD9A 5LVIA 4H94A 4Z98A 1C46A 2FBBA 4G4BA 1JEFA 4ETAA 1LSPA 1GFTA 1B5WA 5LXWA 1HMLA 1B5UA 2MEBA 3WU9A 1IOTA 1DI5A 2YBJA 3A34A 1FLUA 207LA 1LZ5A 1B7SA 1LZCA 1P2CC 1GBWA 4TWSA 4H8YA 4XJFA 3CB7A 7LYZA 1YKYX 1C08C 1XGRC 2C8OA 1NBZC 2YDGA 4H9BA 3WXTA 4HTNA 3ATOA 4N9RA 3WH1A 2DQFC 3WVYA 4TSCA 1D9UA 1XEIA 5KXLA 2DQHY 4NSIA 1RE2A 1GFAA 5HMVA 4DD2A 1GB7A 1LJ3A 3J6KA 2FYCA 3RT5X 3AW6A 4NGWA 1YAMA 2G4PA 1GE1A 4HPIA 5KXXA 4KL7A 1BWHA 4OWEA 4ETCA 1QDTA 4LZTA 1JWRA 1UIHA 2HTXA 1OUAA 4H90A 5B06A 1GFJA 4HTKA 1XGUC 3WYHA 1IP2A 4KPMA 4HJVA 4HV2A 5D5CA 4ET8A 1NKHA 1DPWA 3AZ5A 1GDWA 1IWWA 1LJGA 4RLMA 4XN6A 1B2KA 1NF5A 1DKJA 1UIGA 1IP4A 1UBZA 2D91A 1QUTA 1GB2A 1LZ9A 2BQHA 1BB3A 2Y8PA 3A92A 4UWUA 4WOAA 1IWZA 1GFVA 2DQIY 4N0JA 4YF2A 5LVGA 2ZIKA 1T3PA 4WM2A 1OUHA 1OUGA 5F9UA 3EBAB 2DKVA 1G7LC 2BQFA 3M3UA 2HU1A 3A91A 1LHHA 1GE0A 4NSHA 5KXSA 1GEVA 5LVHA 1CKDA 1HELA 4LYOA 1BWIA 1GEZA 1GFUA 1GXV2 1B0DA 5APFA 3EO5A 1CJ6A 4LT2A 4WO9A 2YBHA 2Z2EA 5LVJA 2ZIJA 5C6LA 1RCMA 4LFPA 1REMA 1LMAA 1B5XA 1GB8A 4RLNA 3W6CA 4WMGA 1REXA 1LJNA 1N4FA 1LMTA 2PC2A 3LYTA 3TMXA 1KIPC 2XJWA 6LYTA 1LKRA 2VB1A 1B7RA 2EPEA 2MEEA 5IELA 3FE0A 5FHWA 3J4GA 1LZYA 1GF5A 1WQPA 5DM9A 5LYZA 3T6UA 3TXEA 1QQYA 1DPXA 4GLAA 4CGEA 1GBSA 4Z41A 1IP1A 1W6ZA 4A7DA 4NHQA 1HSXA 3HBDA 1FN5A 3T36A 1GFGA 1G7JC 4J0LA 4WLYA 1HHLA 1YANA 3WU7A 1LYZA 1LMNA 4H92A 4WLDA 1QDRA 1A2YC 194LA 1LZ1A 5LA8A 2IHLA 3AJNA 193LA 5LINA 3G3BB 5K7OA 1GD6A 4Z3MA 1FKQA 3B0OA 3AB6A 1LJIA 1H6MA 4GCFA 1IEEA 1JUGA 1YROA 1V7TA 1NMMA 3HBHA 1IWTA 4HSFA 3WVXA 5I53A 1LZEA 4LT3A 4H9EA 1YQVY 3OJPA 1GF7A 1BGIA 1LJJA 3WPLA 4OOTA 5LA5A 2LZ2A 5T3FA 3IJVA 4TX7A 3VWOA 5I4WA 4XADA 1GBYA 4YEMA 1ZVHL 1YIKA 4PHIA 4HPEA 1IC4Y 4NWEA 3W6BA 1GAYA 1WQQA 3F6ZA 1DZBX 2XBSA 3WPKA 2HEAA 4XJDA 3LHMA 4NEBA 1JISA 3FI7A 4I8SA 4R6CA 1D6PA 2FYDA 2Z39A 1F6RA 4IATA 1JKDA 1NBYC 1LHMA 4XJHA 3ZEKA 5L9JA 1LSAA 5AMYA 1NQIA 4YENA 4H93A 1FLWA 5KY1A 4NWHA 1BQLY 1LZGA 1BB4A 3W6AA 1YL1X 2HEDA 1REZA 1OUDA 2YBNA 4WLXA 2A7DA 1PS5A 1IIZA 5HQ1A 4C5FA 3A6CY 2DQDY 1EL1A 1TBYA 2DQGY 5HLLA 1KXXA 1UIEA 4GCEA 4H9IA 1T6VL 1V7SA 1LZ6A 2BQKA 4EMNA 1DKKA 5KXTA 5LAGA 1LSFA 1UACY 2W1LA 3AZ7A 4OWBA 4L41A 4DDBA 1JPOA 1IR9A 1JTTL 4J7VA 1GB0A 4NSJA 4YOPA 134LA 1XEKA 3A94A 4H9CA 1BVKC 1ALCA 4Z46A 5KXWA 3LYOA 3WUAA 2Q0MX 5LYMA 1LJEA 4MCKA 1BVXA 5F16A 1EQ4A 4G4HA 4E3UA 1JJ3A 1H87A 1GF0A 1XGPC 1IX0A 1UIAA 1YKZX 1JSFA 1FKVA 1BB6A 1JIYA 3N9AA 3ULRA 4WO6A 1HFZA 4B0DA 1B7PA 1LSMA 1HF4A 1IR8A 4DDAA 1KIQC 1EQEA 2ZYPA 4OWCA 1GE2A 2CDSA 5ILFA 4LT1A 1TDYA 4NGYA 1AKIA 5E4PA 3TXKA 1QUSA 2YVBA 3K3TA 1LSNA 2YBLA 3CSRA 2ZILA 2WARA 1FDLY 1B7MA 1RJCB 4XJBA 4ETEA 5KXRA 1E8LA 1B7NA 1IY4A 1LSGA 4IASA 3TXBA 3AGGG 4QY9A 1CKFA 1XFPL 1XEJA 3AZ6A 1GFEA 5FSTA 1LSBA 1PZYA 4NHSA 1LTMA 3A93A 4XJGA 1ZV5L 1W08A 1WVUA 1LSZA 1LZDA 135LA 2BQLA 4PRUA 3TMUA 4GN3A 1F6SA 1BWJA 4QEQA 1LSCA 1RI8B 3TXFA 4WG1A 1ZMYL 1CJ8A 1B5VA 1WTMA 4GLVA 4EOFA 3P68A 4DD7A 1LMCA 3IJUA 1VDPA 4W94A 4O34A 1GBXA 1Z55A 132LA 1LSEA 1LAAA 4H9HA 1HFXA 3A67Y 2H5ZA 4G9SA 208LA 5JENB 1B7QA 1LZ8A 1GWDA 1LYSA 3P4ZA 5I5QA 4CFPA 2DBTA 1TAYA 1SLYA 4ANRA 3A95A 4AXTA 3RZ4A 1I1ZA 3WPJA 5I54A 4N5RA 1YAQA 2D4IA 1AM7A 2RSCA 1MLCE 1B7LA 4BS7A 5M1YA 2G4NA 3EXDA 2W1YA 2HEFA 3BKVA 1HEOA 4FJRA 3ATNA 4QGZA 1LZNA 1I20A 4NGJA 1KXWA 4GCDA 1FLQA 3TMWA 1AZFA 1KIRC 1LZRA 2BQAA 1LJKA 1LMPA 4B4IA 2Z12A 5FCPA 4NG1A 4UWVA 1IWXA 1IP3A 3LN2A 5ILCA 4OWAA 4ZEEA 2W1MA 1IY3A 3CSZA 1EQ5A 1LHJA 1GBOA 2BQNA 4NGZA 3CT1A 4ETBA 1B5ZA 2Z38A 4CFOA 2MEHA 1HERA 1HEWA 5II3A 1J1OY 4NG8A 1IP6A 1IR7A 1FBIX 4NGVA 3G3AB 1LMQA 2IFFY 3WW6A 2F4GA 5IDDA 4LGKA 1NDMC 1IC7Y 3M18B 5B05A 2DQAA 4NHIA 1GB3A 1GF4A 2NWDX 1JKCA 1D0LA 4WL7A 4WM3A 153LA 3OK0A 4MSTA 1IOQA 5LAFA 2Z19A 1UIDA 1WVVA 3A6BY 4KT3A 2MEIA 4DDCA 5APEA 1IOSA 1LSYA 5KKJA 4RW1A 2DQEY 4HJZA 3W6EA 4TUNA 4DT3A 4M4OA 1CNSA 2H9KA 1A4VA 5DLAA 1TCYA 3MGWA 4IJ4A 4WLTA 1D0KA 2BLXA 4GN4A 4H91A 3W6DA 5KJ9A 1LMOA 4WM5A 3SP3A 4DWXA 2BQJA 5APDA 2CWIA 1JHLA 1J1PY 3A3RX 1F0WA 5KXNA 3RNXA 5A3EA 9LYZA 5B1GA 2X0AA 1WQRA 1QTEA 5C6IA 4CJ2A 2BQMA 1GE4A 1LCNA 5KXKA 2LYOA 3LZTA 3LYZA 4UWNA 4GCBA 4H9AA 1LHIA 1YAPA 5D5FA 3B72A 3P66A 4J1BA 4BAPA 1MELL 3AW7A 4YEOA 1C45A 4BADA 4MR1A 4C3WA 2BQBA 4WM4A 4J1AA 3WULA 1QSAA 2LYZA 4WL6A 4NHTA 2F30A 1NDGC 1UA6Y 1VAUA 1IOCA 2YBMA 4WG7A 3WL2A 1HENA 1VATA 4HJYA 1IWUA 1FLYA 3P65A 4N1EI 1IORA 1ZVYB 1IP5A 3QE8A 4NSGA 3RW8A 2ZQ3A 1HNLA 1GB9A 2ZNWY 8LYZA 1XGQC 1D6QA 2Z18A 1LZAA 5LVKA 1JITA 5C6JA 1UCOA 3B0KA 3CSQA 4BAFA 1QIOA 2MEGA 5KXOA 2MEFA 4LYCA 4ZFPA 5B59A 3WW5A 2D4JA 1JKBA 4N8ZA 1UUZC 2ZYCA 5HNCA 1CJ7A 4LYZA 1VDSA 4HV1A 4TTDA 3WUMA 4PGJB 5FELA 5I4XA 4OOOA 4CHXA 1HC0A 1HEMA 2BQCA 1AT6A 3A8ZA 5DN4A 5HMJA 1BHZA 1G7MC 5LIOA 4W96A 1SQ2L 1IWYA 1XSFA 4DYGA 1LYYA 2N5ZA 1IWVA 1B5YA 2B5ZA 3LYMA 1TEWA 5A3ZA 2HEEA 2EKSC 2EQLA 1GBZA 2GV0A 1HEPA 4XYYA 3E3DA 5LYTA 4G4CA 3HBEX 3B6LA 3TXDA 1VDQA 1WQMA 4WM1A 1BB7A 1XGTC 4LYBA 1LPIA 2MECA 2A7FA 1LZBA 5KXYA 5I4YA 2H9JA 1GF3A 133LA 1HEQA 2BAAA 3BKHA 5DN5A 4DD0A 1GFKA 1OUJA 3N9EA 4NGIA 4OW1A 2BQDA 1HFYA 4PRQA 3HFMY 4NGLA 1DQJC 1OUFA 2F4AA 1YAOA 1G7IC 4P2EA 4PJ2C 3GXKA 1VDTA 4H8ZA 4B4JA 3TMVA 1GE3A 3WMKA 4NGKA 3B0IA 3ZVQA 3W6FA 2DQJY 4NHPA 1GFHA 3N9CA 1LHLA 2Z37A 5IHGA 4LYTA 1IO5A 2BQOA 3ZVQB 2MEDA 1D0MA 1OP9B 1WQNA 4I0CA 4ETDA 1VEDA 1RFPA 3WU8A 3AZ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZ2A 1P46A 2LZTA 4ZIXA 4W57A 211LA 3QY4A 4II8A 3HWLA 3AYQA 1L01A 1YL0X 2BPUA 4ARMB 4DJHA 1L74A 4QDNA 4R0FA 1QT7A 1OWYA 1HMKA 3W3EA 3D3DA 4KXIA 1BB5A 2D6BA 2I25L 1GPQC 187LA 4G49A 235LA 1UC0A 1L68A 1OUEA 1UIFA 1QTKA 6LYZA 2I6ZA 1T8AA 1G7HC 1CKCA 3AGHA 1DXJA 1LOZA 2MEAA 4RW2A 2Z2FA 1CKGA 3HH4A 189LA 242LA 1B9OA 3EMSA 1OUIA 1WTHA 4GN5C 5F9XA 205LA 1YILA 252LA 4D9ZA 3DN6A 1LJFA 5HNLA 1QTDA 3DN0A 1L30A 1C10A 221LA 5KKIA 1GF8A 225LA 4LT0A 4N1CC 1I56A 1LZTA 1LYOA 4WM6A 1C6BA 4LFXA 4NY5A 1JTOL 1IC5Y 4B4EA 4H9FA 2LHMA 1UIBA 5L3HA 183LA 2XTHA 3IWRA 2ANXA 4EPIA 107LA 1GFTA 3WU9A 3A34A 129LA 130LA 201LA 3FA0A 1LZCA 1GBWA 1C6CA 1C08C 2C8OA 245LA 2YDGA 151LA 3RUNA 4HTNA 2Q9EA 1D9UA 248LA 3SB8A 3J6KA 4NGWA 112LA 3C7YA 4OWEA 1L23A 1L89A 2HTXA 209LA 3CDOA 1DKJA 1UIGA 2BQHA 1C6GA 218LA 2DQIY 4I7OA 1LWGA 1T3PA 2RBRA 3DMZA 3M3UA 1GE0A 1SX7A 4NSHA 5KXSA 5LVHA 1L57A 1GXV2 3EO5A 2YBHA 5C6LA 1RCMA 1L04A 1REMA 1B5XA 3GUOA 3W6CA 2XQOA 114LA 1KIPC 1L36A 5LYZA 1DYBA 2NTHA 2IGCA 5DM9A 1GBSA 1W6ZA 1C65A 1HHLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C7P A;  3LZ2 A;  4GCC A;  3CT5 A;  2HU3 A;  2LZT A;  1INU A;  1CJ9 A;  3RU5 A;  3QY4 A;  3TXJ A;  4ZIX A;  4II8 A;  2ZNX Y;  3AYQ A;  2F2N A;  5F81 A;  1DI3 A;  5EBH A;  3KAM A;  5FEK A;  1YL0 X;  1IVM A;  2HUB A;  1JSE A;  2HEC A;  1OUB A;  2BPU A;  3A90 A;  3GXR A;  4RDS A;  1LHK A;  4QDN A;  4R0F A;  2BLY A;  4X3B A;  4B1A A;  5KXP A;  1HSW A;  1QSW A;  3WUN A;  1HMK A;  3W3E A;  1LJ4 A;  3D3D A;  4HTQ A;  1LZ4 A;  4M6D A;  4KXI A;  4XJI A;  1BB5 A;  2CGI A;  3QNG A;  5DL9 A;  154L A;  2D6B A;  4NGO A;  2I25 L;  1GPQ C;  2BQG A;  4H1P A;  2AUB A;  4G49 A;  4ML7 A;  5FDJ A;  5E9R A;  1NWG A;  1UC0 A;  1OUE A;  1UIF A;  5L3I A;  1QTK A;  3TXG A;  3WXU A;  6LYZ A;  2ZWB A;  2I6Z A;  1GF6 A;  4LYM A;  1OQM A;  1G7H C;  1O23 A;  4DD1 A;  4TSB A;  5J7C A;  1JJ1 A;  1CKC A;  2FBD A;  3AGH A;  3CQL A;  4B49 A;  3CT0 A;  2ZQ4 A;  1DXJ A;  1LOZ A;  1VFB C;  4NFV A;  1GXX A;  2MEA A;  3D9A C;  4H8X A;  2Z2F A;  1CKG A;  1NHE A;  2BQE A;  4RW2 A;  1JTP L;  1GB6 A;  4DC4 A;  2EIZ C;  4YM8 A;  1WQO A; 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 4NSG A;  3RW8 A;  2ZQ3 A;  1HNL A;  1GB9 A;  2ZNW Y;  8LYZ A;  1XGQ C;  1D6Q A;  2Z18 A;  1LZA A;  5LVK A;  1JIT A;  5C6J A;  1UCO A;  3B0K A;  3CSQ A;  4BAF A;  1QIO A;  2MEG A;  5KXO A;  2MEF A;  4LYC A;  4ZFP A;  5B59 A;  3WW5 A;  2D4J A;  1JKB A;  4N8Z A;  1UUZ C;  2ZYC A;  5HNC A;  1CJ7 A;  4LYZ A;  1VDS A;  4HV1 A;  4TTD A;  3WUM A;  4PGJ B;  5FEL A;  5I4X A;  4OOO A;  4CHX A;  1HC0 A;  1HEM A;  2BQC A;  1AT6 A;  3A8Z A;  5DN4 A;  5HMJ A;  1BHZ A;  1G7M C;  5LIO A;  4W96 A;  1SQ2 L;  1IWY A;  1XSF A;  4DYG A;  1LYY A;  2N5Z A;  1IWV A;  1B5Y A;  2B5Z A;  3LYM A;  1TEW A;  5A3Z A;  2HEE A;  2EKS C;  2EQL A;  1GBZ A;  2GV0 A;  1HEP A;  4XYY A;  3E3D A;  5LYT A;  4G4C A;  3HBE X;  3B6L A;  3TXD A;  1VDQ A;  1WQM A;  4WM1 A;  1BB7 A;  1XGT C;  4LYB A;  1LPI A;  2MEC A;  2A7F A;  1LZB A;  5KXY A;  5I4Y A;  2H9J A;  1GF3 A;  133L A;  1HEQ A;  2BAA A;  3BKH A;  5DN5 A;  4DD0 A;  1GFK A;  1OUJ A;  3N9E A;  4NGI A;  4OW1 A;  2BQD A;  1HFY A;  4PRQ A;  3HFM Y;  4NGL A;  1DQJ C;  1OUF A;  2F4A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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