3LZMA

Structural studies of mutants of t4 lysozyme that alter hydrophobic stabilization
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies of mutants of T4 lysozyme that alter hydrophobic stabilization.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1989-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3lzmA00
2Q9EA 3ODUA 1L09A 2QARC 1L39A 1D3MA 125LA 212LA 3C81A 4I7RA 3UONA 1L55A 1L47A 241LA 127LA 2RBQA 3G3WA 4W55A 1DYFA 1T8GA 258LA 1QUHA 1C63A 1DYBA 3GUKA 3RZEA 1DYGA 3JR6A 4EPIA 173LA 1L89A 1L23A 1SWYA 1SSYA 4LZMA 1L51A 1C62A 4IAPA 143LA 1C6LA 1L80A 1P37A 3NY9A 4ARMB 3DN2A 3HUQA 4I7TA 1QS5A 2IGCA 1L90A 1L00A 1L43A 4ARLA 245LA 1L87A 141LA 1PQDA 7LZMA 2RBRA 1DYDA 1PQMA 137LA 1I6SA 1P2RA 1PQJA 1C6QA 4DJHA 256LA 255LA 2OTZX 1T6HA 229LA 238LA 4ARQA 1QT3A 4EPFA 2OEAX 3HWLA 1LPYA 1C6HA 1OV7A 1QTDA 1QT7A 2B6XA 3HH5A 3OE6A 1LI6A 2RAZX 1KW5A 220LA 169LA 1L24A 1L42A 261LA 260LA 4YXAC 1CU2A 1QT6A 1QUGA 1L57A 163LA 107LA 4I7OA 225LA 217LA 1SWZA 1L41A 4LDOA 1KY1A 182LA 3HH3A 152LA 2B6WA 1QTHA 3CDOA 114LA 4ARQB 3C8RA 3GUNA 1EPYA 1D9WA 1QT5A 1QTCA 246LA 1D3NA 1ZYTA 3HTBA 2HULA 184LA 119LA 1LI2A 1CU0A 1L54A 1CV5A 4I7NA 1JTNA 3HT9A 1L52A 262LA 1C67A 2B72A 1LW9A 4W54A 2B70A 3DMVA 1LI3A 228LA 1C6CA 1L27A 3K2RA 237LA 205LA 2RBSA 2NTGA 1PQOA 3L2XA 1L93A 4I7MA 1C6KA 1G0MA 3D4SA 1CU5A 4DAJA 1L76A 1DYEA 4EKPA 3F9LA 174LA 2HUKA 239LA 2B75A 3CDQA 1C6AA 175LA 1QT8A 1L70A 3EMLA 1C6EA 1CX7A 1OVHA 3HUAA 1ZWNA 1LGWA 4LDEA 235LA 247LA 1TLAA 1L0JA 3LZMA 3PDSA 181LA 187LA 1L95A 115LA 3DN6A 4S0WA 177LA 113LA 3HT8A 4PK0A 1L29A 1SX2A 259LA 3HDEA 1K28A 1XJUA 1L71A 151LA 249LA 1L31A 223LA 1CV6A 102LA 210LA 2OE9X 142LA 2RBNA 1C6BA 4I7KA 1L38A 1L04A 176LA 3C82A 4W57A 1ZURA 1KS3A 157LA 111LA 5I14A 129LA 1G0JA 201LA 222LA 1CX6A 1L21A 3DN4A 3NY8A 1L97A 2F32A 224LA 1P5CA 3SB8A 1G1WA 166LA 170LA 1D2YA 4I7LA 1L20A 1L64A 1QUOA 1L37A 1L83A 1CUPA 215LA 1C68A 1QSQA 3SB7A 1L35A 3HTFA 3C7YA 1L28A 1L84A 147LA 1C6MA 2OU9A 2RB2X 2O7AA 2LCBA 5LZMA 199LA 1OV5A 1PQIA 190LA 185LA 200LA 3SN6R 1L62A 1T8FA 3F8VA 150LA 1L58A 162LA 2ANXA 3GUMA 1L79A 1L94A 206LA 3C80A 3C7ZA 6LZMA 1L63A 2OE7X 3NYAA 218LA 253LA 1L34A 4ARPA 3DN0A 1CU3A 3HU8A 1L07A 118LA 1LYDA 1G06A 1L19A 3HU9A 1CTWA 4I7QA 1KW7A 3SB6A 4EXMA 146LA 1P3NA 1KNIA 1L53A 1L22A 1QSBA 1DYCA 1CV1A 1P36A 230LA 172LA 3CDVA 1L02A 1L96A 1G1VA 1L88A 216LA 4ZPUA 3FI5A 1SSWA 126LA 3CDTA 1C6PA 1L15A 3G3VA 196LA 144LA 1LGUA 2B6YA 4EKQA 2RB1X 1P2LA 1L81A 4YX7C 3GUIA 3GUPA 3PBLA 140LA 2O4WA 1OWYA 209LA 1JTMA 1PQKA 1CV3A 189LA 1SX7A 1KY0A 3HH6A 1L40A 3HDFA 234LA 1P56A 158LA 1NHBA 1QUDA 1L25A 4K5YA 4PJZA 1L98A 188LA 1LYEA 3C8QA 167LA 1L67A 252LA 1L56A 1OWZA 1T8AA 2LZMA 1WTHA 1LWKA 2B6ZA 1D2WA 3CDRA 3DN3A 2ANVA 3GUJA 1CVKA 1L17A 3GUOA 123LA 156LA 2B6TA 1L13A 1LWGA 109LA 2O79A 1CUQA 1L60A 3HT7A 1L50A 1XEPA 3GULA 4W58A 2RB0X 1L99A 1L59A 1L44A 1L03A 221LA 1L26A 104LA 3OE0A 159LA 183LA 1LGXA 1L75A 1LYHA 1L48A 3DNAA 186LA 180LA 165LA 4AQNA 1C6DA 1L0KA 3DMXA 1G0LA 1LYFA 3HTDA 3OE9A 1L66A 1C60A 1B6IA 1L10A 227LA 254LA 3SBAA 4W56A 1LYJA 1L69A 233LA 2CUUA 3V2WA 1L74A 1CU6A 1D3JA 2QB0B 1C6JA 3HT6A 1L86A 1L06A 2B73A 4GRVA 149LA 257LA 231LA 243LA 2Q9DA 1L30A 128LA 214LA 3V2YA 1P64A 2L78A 1L01A 1G0GA 1L36A 1L65A 1QTZA 1L73A 1L16A 2Z6BA 1C6TA 1JQUA 1L72A 3SB5A 2RAYX 1C65A 1L49A 2LC9A 232LA 1P7SA 1L92A 1L18A 2A4TA 1CV0A 3FA0A 3HTGA 1CV4A 120LA 3DN1A 4W52A 4YXCA 1QS9A 1L45A 2OE4X 4I7SA 2B74A 171LA 2RBOA 145LA 1C6NA 1L91A 1P46A 1G0KA 3SB9A 4I7JA 1G0PA 1C69A 4EKRA 1OVJA 3L64A 197LA 195LA 1T97A 250LA 139LA 1D3FA 4W53A 219LA 3SBBC 3C7WA 1C64A 1G0QA 248LA 1XJTA 2RBPA 2RH1A 1DYAA 1QTBA 1L46A 1L85A 1OYUA 160LA 3DMZA 1OVKA 1L14A 213LA 1L08A 1C61A 2F2QA 2F47A 2B7XA 3G3XA 1L11A 1L82A 4I7PA 1G07A 164LA 2NTHA 3C8SA 191LA 1LYGA 4DKLA 1L12A 138LA 108LA 3C83A 130LA 2OTYX 3DN8A 148LE 1L77A 178LA 4OO9A 3HUKA 168LA 4E97A 3HH4A 3RUNA 3DKEX 110LA 192LA 1C6IA 1L05A 1L32A 244LA 4ARJA 1C66A 1L61A 2HUMA 4GBRB 4LDLA 4EJ4A 161LA 122LA 1LYIA 3QAKA 2OU0X 1L33A 211LA 4W51A 1QTVA 240LA 236LA 1C6FA 3VW7A 226LA 198LA 3FADA 4ARMA 2OU8A 1QT4A 251LA 1LLHA 4EKSA 4W59A 103LA 242LA 112LA 1C6GA 1P6YA 155LA 3OE8A 1L68A 131LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IHGA 1L09A 5APDA 125LA 1C46A 1CJ6A 2ZIKA 4GCEA 1L55A 2HEEA 1CJ9A 1L47A 127LA 4W55A 1VDQA 1DYBA 5C6JA 3RZEA 1OUEA 1DYGA 2MEAA 3QY4A 4LFXA 5KXKA 1IOQA 1NKHA 3W6AA 3AW6A 4LZMA 1C6LA 3KAMA 4ARMB 2IGCA 3BKHA 1L90A 1L00A 2Z18A 2FYDA 1G7JC 1XGUC 141LA 5DL9A 1LJEA 4WM4A 5FSTA 1D0KA 1N4FA 4Z98A 1GBOA 255LA 1T6HA 1IC5Y 238LA 1F10A 5K7OA 1AKIA 2EKSC 3HWLA 1FLQA 1WQPA 1MELL 1OV7A 2B6XA 2BQFA 1LI6A 1LZTA 2RAZX 4YXAC 1CU2A 1QUGA 163LA 1B7OA 1HEMA 4I7OA 225LA 2DKVA 4AXTA 1SWZA 2MEDA 1QTHA 4II8A 3GUNA 1EPYA 3EMSA 1D3NA 4DYGA 3HTBA 1JTNA 2XBSA 1L52A 1KXXA 4LYOA 2MEIA 228LA 1LTMA 4WM2A 2XBRA 4YEOA 5KXSA 205LA 4CHXA 1GAYA 3L2XA 4YOPA 1BB4A 2VB1A 1IP5A 4DAJA 4EKPA 2BQEA 2MEEA 3F9LA 3A91A 3CDQA 7LYZA 1IWXA 4PRQA 175LA 1VEDA 1LZ4A 1EQ5A 1OVHA 132LA 3HUAA 1ZWNA 4LDEA 1TLAA 3TXDA 1GEZA 1DPWA 3DN6A 177LA 1IP3A 5LVIA 4QY9A 1L29A 4UWVA 4WM3A 1SX2A 3D3DA 4PRUA 1LZSA 2BQMA 223LA 2BLXA 3BKVA 5F9UA 2OE9X 3ATOA 5I53A 4OWCA 1L38A 2AUBA 1TCYA 111LA 1D6QA 5I14A 1UIEA 1G7HC 1FLWA 201LA 222LA 4OOOA 1D0MA 1GF0A 1OUHA 1GDWA 3SB8A 5HLLA 1V7SA 1RFPA 5T3FA 1L20A 4GN5C 1L37A 1CUPA 215LA 4Z41A 3N9EA 1HSXA 2ZIJA 1GF6A 1JJ0A 1L84A 147LA 4LT1A 4H9IA 4HSFA 4DDAA 1HSWA 5FEKA 5KKJA 3TXIA 185LA 4DT3A 3B72A 3SN6R 1L62A 1WQNA 150LA 1L58A 3M18B 2Z37A 3GUMA 1L79A 1L63A 2OE7X 4GCDA 4HV1A 4ARPA 9LYZA 4RDSA 1LYDA 1G06A 3A3QA 1LYYA 5II3A 5A3EA 1CTWA 2MEGA 1BGIA 4FJRA 3RZ4A 1L22A 1DYCA 1BVXA 3TXFA 1NDGC 1L02A 1L96A 1L88A 4NG1A 1LHKA 1GD6A 1YANA 126LA 3CDTA 1L15A 1LSDA 194LA 3G3VA 144LA 4NWEA 1LMNA 1LGUA 2RB1X 1L81A 4YX7C 1GFVA 2O4WA 1AZFA 209LA 4OWBA 1CV3A 3W6FA 1KY0A 1P56A 4G4CA 1NHBA 3CT0A 8LYZA 1HF4A 1L98A 1IVMA 188LA 1LYEA 3C8QA 1LZ6A 1L56A 1OWZA 2Z2EA 2XJWA 4KXIA 1IOCA 1GXXA 1ZVHL 2HU3A 3DN3A 4HTNA 3GUJA 1CVKA 123LA 4H9CA 3A8ZA 4HPEA 4W58A 1XEPA 3GULA 2DQGY 1RJCB 1L99A 1L44A 1JSFA 104LA 4DQ7A 3B0KA 1BB7A 1XEJA 4G49A 3E3DA 1L0KA 4HPIA 3OE9A 2F4GA 2I6ZA 2X0AA 1RI8B 1FKVA 1HFXA 5LYTA 4R0FA 1D3JA 1C6JA 3HT6A 1L06A 3P64A 4GRVA 5LAFA 1IP4A 4DDBA 1TDYA 2BLYA 1P64A 4C3WA 1GE3A 2BAAA 2YBJA 4BAFA 1L65A 1GB0A 3SB5A 2RAYX 2LC9A 232LA 5B07A 4OW1A 1PS5A 1J1XY 1BB6A 1GBXA 4DD2A 1D6PA 2YVBA 4W52A 4YXCA 3WUAA 1JTPL 1L45A 1GF9A 1B5WA 3SB9A 1W08A 4EKRA 1HEQA 195LA 2D4JA 5F16A 4YF2A 4NGVA 250LA 1LSEA 248LA 3WXUA 2RBPA 2RH1A 3T6UA 4TSCA 1B7LA 5HMVA 1GEVA 1OYUA 2CDSA 1V7TA 213LA 2F2QA 2B7XA 3G3XA 1LZAA 4I7PA 1LYGA 4DKLA 108LA 2OTYX 3RU5A 2NWDX 3P65A 168LA 4DDCA 3HH4A 4A7DA 5KXMA 3W6CA 110LA 1C6IA 1L32A 2N5ZA 1KXWA 4ARJA 1OUGA 4IJ4A 4DD7A 1L61A 4TTDA 4EJ4A 122LA 1GB5A 1LYIA 3QAKA 2OU0X 1L33A 1QTVA 1F6SA 2YDGA 1C6FA 1LJ3A 2A7FA 4G4HA 1QT4A 3N9CA 4WLDA 4ETBA 251LA 1IOTA 1BHZA 1IOSA 1L17A 5I4WA 2MEBA 2QARC 3AGHA 1D3MA 4YEMA 4I7RA 1WTMA 1REYA 2RBQA 4U3XB 1B5ZA 1T8GA 258LA 2BQCA 4DD0A 1VDTA 1B2KA 5I54A 2HEBA 1JUGA 1LSCA 2YBMA 1L89A 1SSYA 4CJ2A 2IFFY 1HEPA 4H91A 4N1EI 3DN2A 3HUQA 1NMMA 1REXA 1QS5A 4ARLA 245LA 2HU1A 2RBRA 1PQMA 2YBHA 1P2RA 1C6QA 3TMXA 1YAQA 4DJHA 256LA 1H87A 4NHIA 4ARQA 2G4QA 1QT3A 2PC2A 1NF5A 1QTDA 3A6BY 5LVKA 1J1PY 4YM8A 4NHPA 1QTEA 3LZ2A 4DQJA 1BWJA 1L24A 4PPOA 4E3UA 1L57A 107LA 1LSYA 1JPOA 4LDOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5IHG A;  1L09 A;  5APD A;  125L A;  1C46 A;  1CJ6 A;  2ZIK A;  4GCE A;  1L55 A;  2HEE A;  1CJ9 A;  1L47 A;  127L A;  4W55 A;  1VDQ A;  1DYB A;  5C6J A;  3RZE A;  1OUE A;  1DYG A;  2MEA A;  3QY4 A;  4LFX A;  5KXK A;  1IOQ A;  1NKH A;  3W6A A;  3AW6 A;  4LZM A;  1C6L A;  3KAM A;  4ARM B;  2IGC A;  3BKH A;  1L90 A;  1L00 A;  2Z18 A;  2FYD A;  1G7J C;  1XGU C;  141L A;  5DL9 A;  1LJE A;  4WM4 A;  5FST A;  1D0K A;  1N4F A;  4Z98 A;  1GBO A;  255L A;  1T6H A;  1IC5 Y;  238L A;  1F10 A;  5K7O A;  1AKI A;  2EKS C;  3HWL A;  1FLQ A;  1WQP A;  1MEL L;  1OV7 A;  2B6X A;  2BQF A;  1LI6 A;  1LZT A;  2RAZ X;  4YXA C;  1CU2 A;  1QUG A;  163L A;  1B7O A;  1HEM A;  4I7O A;  225L A;  2DKV A;  4AXT A;  1SWZ A;  2MED A;  1QTH A;  4II8 A;  3GUN A;  1EPY A;  3EMS A;  1D3N A;  4DYG A;  3HTB A;  1JTN A;  2XBS A;  1L52 A;  1KXX A;  4LYO A;  2MEI A;  228L A;  1LTM A;  4WM2 A;  2XBR A;  4YEO A;  5KXS A;  205L A;  4CHX A;  1GAY A;  3L2X A;  4YOP A;  1BB4 A;  2VB1 A;  1IP5 A;  4DAJ A;  4EKP A;  2BQE A;  2MEE A;  3F9L A; 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