3N9AA

Mite-y lysozyme: vegemite
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mite-y Lysozyme Crystals and Structures
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3n9aA00
1IC4Y 5LXWA 4WM5A 4HJYA 5B05A 1EL1A 1NBZC 4R0FA 3A92A 1KIQC 2DQJY 5KJ9A 4NSHA 2LYOA 1LHHA 5D5CA 1IWYA 5KXXA 3WULA 4U3XB 2Y8PA 1LZDA 5F9UA 1OUFA 4LYTA 3B0IA 1REZA 2ZYPA 2XBRA 4NGOA 4DC4A 1GD6A 1IOQA 4WLTA 1BWJA 3WVYA 1G7HC 3B6LA 3IJVA 3P65A 5APFA 4OWEA 208LA 1HMLA 1LSPA 4HPEA 1D9UA 4LYCA 3WH1A 4NGLA 1FKQA 1LYSA 1UA6Y 4YENA 1TAYA 1VDTA 3HBDA 4H8ZA 4CFOA 4XJDA 1HELA 4TSBA 3A95A 5FELA 1JKDA 1VATA 2DQFC 1LKSA 2W1LA 1GDXA 1IP6A 2DKVA 3P64A 1JKBA 1NBYC 1LZNA 1CKDA 4NEBA 2CWIA 3HBHA 1GE0A 2YBNA 4CJ2A 1QDTA 3FI7A 3A94A 1BB3A 4AGAA 4Z3MA 1YAOA 4TWSA 4TX7A 4OWHA 4HV2A 2CGIA 4H8YA 2YVBA 3TXGA 1Z55A 4DDBA 3D3DA 1LHJA 1FBIX 1FLYA 1HNLA 2Z38A 4WO6A 2DBTA 4J1AA 3CB7A 1D6QA 3P68A 3WW5A 4A7DA 7LYZA 3A3QA 1OUDA 2BQIA 2LHMA 1GFUA 4TTDA 1LZ5A 5DLAA 1JSEA 4LT0A 4WG1A 5C6IA 2I6ZA 1YL0X 1TBYA 4NSJA 1J1PY 1GB5A 4H9FA 5E9RA 1C10A 1GFGA 4BS7A 4WLXA 1BGIA 1REXA 4NFVA 1NMMA 3A91A 4WM6A 3WU8A 1J1XY 3AW7A 5KXWA 1IY3A 1HENA 4GN3A 1UICA 1B5XA 1UIBA 4HP0A 1IP3A 4LFXA 1IR7A 1GBYA 1OUCA 3E3DA 3M3UA 4GLAA 4PPOA 2BQGA 2MEFA 3AYQA 1JSFA 1W6ZA 4WM2A 2BQDA 1JUGA 1B5VA 1LKRA 1BB5A 1LSBA 2WARA 3W6DA 4WM4A 5I5QA 1HFYA 1B7LA 4H92A 3CT1A 4OW1A 1CJ8A 4LYZA 1IP5A 1GE2A 1WQOA 3AW6A 1B9OA 4XJBA 3W3EA 4DD7A 3CSRA 1QSWA 4NIJA 4N9RA 1OP9B 5T3FA 1GF0A 1LCNA 1HSXA 5EBHA 4NHPA 1KXXA 1NWGA 1QQYA 1I56A 5KXMA 2HU3A 1IWTA 2BQBA 5DL9A 5AMYA 3TXFA 1LYOA 3AGHA 3TXKA 4DYGA 1IOCA 1HF4A 1IC5Y 1IWUA 2HUBA 4NG1A 1LZCA 3TMXA 4EOFA 1FLWA 1QUTA 194LA 135LA 1IWVA 1BVKC 3HFMY 1XEJA 1LSGA 4RLNA 2BQJA 2I25L 1FDLY 1JWRA 1OUJA 5C6JA 1G7MC 1RJCB 1OUGA 1DI5A 5IHGA 5HNLA 1LZEA 1C08C 1F6SA 1LYZA 1LYYA 4LFPA 4WM3A 5I54A 3J4GA 4NHQA 2ZIKA 2HEAA 1JIYA 3IJUA 2MEAA 1FKVA 1DKKA 4LT3A 5F14A 5DN4A 1UACY 4WO9A 4E3UA 3WUNA 5LA5A 1BQLY 5KXSA 3LHMA 4KXIA 1HEWA 3LYZA 4I0CA 2HEEA 1JITA 4KT3A 4WM1A 4X3BA 1CNSA 3P66A 3B72A 3OJPA 1IVMA 1UIHA 2Z2FA 4NHTA 1GEVA 1GFKA 1UIAA 4DDCA 2H9JA 1V7SA 2Z12A 5F16A 5ILFA 1GBSA 1SLYA 3WPJA 4NG8A 1IP7A 5J7CA 1JTTL 2H5ZA 4KL7A 1XEIA 1YIKA 2LZTA 3LZTA 4G4CA 5L3IA 4GCBA 5LVJA 1HSWA 4NHSA 5B1GA 5KXLA 3RZ4A 1IY4A 1GE4A 1JTPL 1WVVA 2BQKA 1C43A 1GF5A 1DXJA 4J0LA 1DKJA 2DQHY 4DD9A 1CJ9A 1DQJC 1YAMA 1LMPA 1WQQA 4ETEA 4ZIXA 1GFTA 3WU9A 4B1AA 1ZV5L 3TXDA 1LSCA 4C5FA 4RLMA 4XJHA 4AXTA 1GAZA 1LJNA 3A67Y 2YDGA 1BB6A 2YBJA 4XENA 5KXNA 1O23A 4DDAA 1NF5A 1XSFA 1LZBA 2DQDY 1YAPA 1LJKA 1CKCA 2MEBA 1QDRA 1MLCE 1OUBA 1VDSA 1FLQA 2Z19A 1BB7A 4IASA 4NGWA 1EQEA 2BQOA 4DD2A 2EQLA 3TXIA 5A3ZA 2Z39A 1I1ZA 1GBZA 3IWRA 1GBOA 5L3HA 3TMWA 3N9CA 1LSFA 5ILCA 1LZ1A 3N9EA 1HERA 5FDJA 1INUA 4HJVA 5L9JA 6LYZA 5DN5A 4PRUA 3RU5A 1IR9A 2ZILA 2A7FA 1T3PA 1LZ6A 1CJ6A 1EQ5A 1UIDA 5FCPA 134LA 3BKHA 1LMAA 1GF3A 3SP3A 5KXPA 1IO5A 1IOSA 1B7RA 3G3AB 4TSCA 1IOTA 1RCMA 2BQFA 4OOOA 3A90A 3MGWA 4BAFA 5KXOA 1LSNA 4N1CC 1KIRC 4NGKA 1JKCA 3WYHA 4OWCA 5K7OA 1IWXA 1IIZA 1HMKA 2NWDX 1AT5A 1BWHA 1HEOA 2XTHA 3GXKA 1VDPA 2CJLA 1IC7Y 4H90A 1BWIA 4XJFA 1YAQA 1GB2A 133LA 1GPQC 1LHMA 1AKIA 1GFJA 1RE2A 1DPWA 2YSSC 207LA 1B2KA 2PC2A 1WQRA 4XJGA 4YM8A 1HC0A 1GXXA 2MEEA 3CSQA 5HLLA 4NGIA 5LYMA 2I26L 3AZ4A 3M18B 5FSTA 4NGZA 4OOTA 5LA8A 1C46A 4NGJA 2AUBA 3J6KA 1HFZA 3T36A 1GAYA 1DI4A 2BPUA 1F6RA 1LZSA 1XGPC 3TMVA 5KXZA 3WXUA 1CJ7A 1DZBX 1XGQC 2BQNA 1GFHA 3RT5X 1B5UA 8LYZA 2D6BA 2ZQ4A 4N5RA 1B5YA 1H6MA 1KXYA 1LPIA 2YBIA 2ZQ3A 1WTMA 3D9AC 1JEFA 4PHIA 1G7LC 4XADA 5HMJA 5LINA 1HFXA 4YEOA 1IX0A 1YKZX 4PRQA 2MEDA 153LA 5IELA 3TXBA 4GCFA 4MSTA 1UIGA 1AM7A 1IP1A 3QE8A 4HTQA 5KXTA 1C45A 4HTNA 1WQMA 132LA 2HEDA 4P2EA 2MEGA 3VWOA 4YF2A 1GFRA 1GWDA 1LZ8A 1BB4A 1N4FA 1LZAA 3A6CY 1YROA 3WPKA 2HEBA 4LYOA 3ZVQB 1LZTA 4NSGA 3K3TA 3QY4A 1LMTA 3B0OA 2BQEA 4RDSA 1DI3A 2W1MA 4WLYA 3KAMA 2G4PA 2HEFA 4W94A 1SQ2L 2BQCA 1KIPC 1GB7A 4XJIA 4W96A 3ULRA 154LA 1LJJA 1CKGA 1XEKA 1BVXA 3TXJA 1FN5A 4B4IA 1IWWA 1OUEA 4LYBA 2BQHA 4R6CA 4GN4A 2EIZC 5LYTA 4BADA 3LN2A 3ZVQA 1F0WA 2YBHA 3WPLA 2MEHA 4BAPA 1LJIA 1ZVYB 4GN5C 1AZFA 4G9SA 5D5FA 3TMUA 1FLUA 1GF4A 3W6AA 4M4OA 4NGVA 1LMQA 4HV1A 5KY1A 1TDYA 1LSEA 1LTMA 1UBZA 1DPXA 2X0AA 1W08A 1GBWA 1GDWA 1GE1A 4G4BA 9LYZA 1YKXX 1JJ0A 4PGJB 2Q0MX 1UC0A 2RSCA 1GF8A 2ZIJA 2F30A 4DD1A 1OUAA 1VAUA 3F6ZA 4MR1A 5IDDA 1JKAA 1LZ4A 4QGZA 2MEIA 4B4JA 3RW8A 1IWZA 1XGUC 3W6BA 5A3EA 4GCCA 2EPEA 1YKYX 4H9HA 1RFPA 5F9XA 4H91A 1B7MA 4ET9A 1QUSA 4O34A 1BHZA 5B59A 1T6VL 1IEEA 5KXRA 4ZEEA 3AJNA 1OUHA 4H1PA 4ML7A 4NY5A 1OQMA 1EQ4A 1REMA 5B06A 3ZEKA 1YANA 3A3RX 5KXYA 3ATNA 1IORA 2BLXA 1LJHA 1WQPA 3AB6A 3W6EA 1LJFA 3AZ6A 4MCKA 3WXTA 2XBSA 4Z41A 1H87A 3CT0A 1HHLA 4N8ZA 1UUZC 1YL1X 3OK0A 1A4VA 2Z18A 4CFPA 1ALCA 1PZYA 3EMSA 193LA 1D6PA 1LJGA 1A2YC 4CHXA 3WVXA 1GF9A 1B7QA 5FHWA 4J7VA 4CGEA 1P2CC 2ZNXY 1PS5A 2D91A 4HJZA 4UWNA 4OWBA 4GLVA 4QEQA 4UWVA 4LT2A 5LAFA 2YBLA 4WLDA 4NHIA 1NDMC 1XGRC 5F81A 5HQ1A 1TCYA 1VDQA 4WL7A 2W1XA 2D4IA 3B0KA 5FEKA 2Z37A 1B7SA 3N9AA 1HEQA 3TXEA 5LVGA 4OWAA 2Z2EA 1IP4A 3EBAB 1GFEA 4QDNA 3FE0A 4FJRA 4G49A 1UIFA 1LJEA 1B5WA 2BAAA 4H9IA 4WG7A 5APCA 1G7IC 1JHLA 2XJWA 2W1YA 4ZFPA 1NHEA 2C8PA 1MELL 4GCEA 3ATOA 3AGGG 3GXRA 4LZTA 4NWHA 4UWUA 1I20A 1LJ4A 4I8SA 4HSFA 2A7DA 4YEMA 2IHLA 1LMCA 4B49A 2G4QA 1GFAA 2FBBA 2B5ZA 4H9AA 1CKFA 1LSAA 4DWXA 4Z98A 3WL2A 1LOZA 4FDYA 4LYMA 1VFBC 2N5ZA 4H9CA 5I4YA 5KKIA 1QIOA 6LYTA 4D9ZA 1GE3A 1GHLA 1NDGC 3A6BY 1GB9A 1HEMA 3LYTA 3AGIA 1QTEA 4RW2A 5B07A 5E4PA 5APEA 2FBDA 3W6CA 5LVIA 4B0DA 1LZ9A 3BKVA 1G7JC 2ZNWY 3CSZA 2ZWBA 4H94A 3T6UA 2YBMA 3WUMA 2DQCY 1GBXA 1ZMYL 4HPIA 1GB0A 3LYOA 2FYCA 2HU1A 3WUAA 1C7PA 1KXWA 1UIEA 4H9BA 2H9KA 1GF7A 1E8LA 4YOPA 1LSYA 3EXDA 5DM9A 2F4GA 1LZYA 3A93A 4ANRA 3A96A 1GB8A 4IJ4A 2DQGY 1WVUA 1QTKA 1RI8B 1VEDA 2BQLA 2FYDA 4LT1A 4ET8A 5KKJA 5LIOA 3A34A 1OUIA 1TEWA 3CT5A 4ETCA 1B0DA 1B7OA 5II3A 5APDA 1LHIA 1LZRA 1LSDA 1YQVY 1XFPL 1B7NA 1D0KA 3AZ5A 2F2NA 4M6DA 4DT3A 4ETBA 1LMNA 4H8XA 5LVKA 2C8OA 5I4WA 1HEPA 1ZVHL 2BLYA 1NKHA 2EKSC 2HTXA 1XGTC 2ZYCA 2IFFY 4C3WA 2BQAA 3G3BB 1GFVA 1QSAA 4GCDA 1V7TA 4NGYA 2CDSA 3RNXA 4DD0A 1JJ1A 2DQIY 5I4XA 2D4JA 2F4AA 1NQIA 5HMVA 1F10A 4Z46A 4EMNA 1LAAA 2DQAA 5LYZA 2VB1A 1LJ3A 1REYA 4WOAA 4XN6A 5M1YA 4XYYA 1LZGA 4ETDA 1LSMA 1D0MA 4WMGA 5HNCA 4QY9A 2BQMA 2LYMA 2D4KA 1AT6A 1GEZA 3WMKA 1CKHA 1LHKA 4DD3A 2HECA 3WU7A 1IR8A 3WW6A 4G4HA 3CQLA 2DQEY 3P4ZA 3LZ2A 5C6LA 4N1EI 1JTOL 4H93A 3QNGA 1WTNA 4B4EA 3TXHA 4N0JA 2LZ2A 2GV0A 4II8A 1JJ3A 5B1FA 5LAGA 4NWEA 5I53A 1GXV2 1D0LA 1B5ZA 1B7PA 1LHLA 1J1OY 4J1BA 1GB6A 5LVHA 3LYMA 4KPMA 1GF6A 3HBEX 4RW1A 1WQNA 1UCOA 3AZ7A 5JENB 4TUNA 1GB3A 4PJ2C 4H9EA 5KXKA 4WL6A 1LSZA 1JPOA 1IP2A 4IATA 4LGKA 3A8ZA 1YILA 4L41A 1JISA 3W6FA 1LMOA 2G4NA 4NSIA 3EO5A 4ETAA 2MECA 2LYZA 4HTKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NHBA 1NBZC 149LA 3JR6A 2B70A 4NSHA 2LYOA 5D5CA 1L64A 5F9UA 3G3VA 148LE 249LA 4NGOA 4WLTA 1LYIA 3B6LA 3P65A 208LA 1LSPA 196LA 4HPEA 3WH1A 4CFOA 3A95A 1JKDA 1QTBA 1NBYC 2YBNA 4I7SA 3F9LA 1OVJA 187LA 4Z3MA 2O4WA 4OWHA 4HV2A 1CVKA 3HTFA 3TXGA 1L83A 2Q9EA 1HNLA 1FLYA 244LA 4J1AA 4A7DA 7LYZA 3WW5A 3HTDA 147LA 4TTDA 1JQUA 1SWZA 1JSEA 4LT0A 2I6ZA 1YL0X 1L03A 1L70A 1C10A 205LA 1D3MA 1PQOA 1BGIA 1REXA 4NFVA 1NMMA 1L29A 258LA 2RBPA 1J1XY 3AW7A 4GN3A 1D3JA 1UICA 1L61A 4LFXA 1IP3A 1QTVA 2BQGA 1JSFA 2BQDA 1QTDA 1LKRA 2WARA 3W6DA 1L92A 1HFYA 1CJ8A 1B9OA 1QSWA 127LA 1L06A 4N9RA 239LA 1I56A 5KXMA 1IWTA 1C6CA 1LYOA 4DYGA 1IOCA 1IWUA 1QTHA 3TMXA 200LA 1FLWA 1C67A 183LA 1CX6A 1I6SA 1OUJA 4EKSA 2CUUA 5HNLA 4WM3A 5I54A 4NHQA 3DMZA 2HEAA 3IJUA 2MEAA 3DN1A 5F14A 4LT3A 166LA 3WUNA 186LA 5LA5A 254LA 158LA 4I0CA 4KT3A 1JITA 4WM1A 4X3BA 3B72A 1UIHA 2Z2FA 1GFKA 1UIAA 2H9JA 1QT6A 1SLYA 5J7CA 3HT8A 2H5ZA 4KL7A 5L3IA 1YIKA 1L62A 5LVJA 4NHSA 1CV3A 1L58A 5B1GA 1IY4A 2BQKA 228LA 1GF5A 120LA 1YAMA 1DQJC 4ZIXA 1KS3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IC4 Y;  5LXW A;  4WM5 A;  4HJY A;  5B05 A;  1EL1 A;  1NBZ C;  4R0F A;  3A92 A;  1KIQ C;  2DQJ Y;  5KJ9 A;  4NSH A;  2LYO A;  1LHH A;  5D5C A;  1IWY A;  5KXX A;  3WUL A;  4U3X B;  2Y8P A;  1LZD A;  5F9U A;  1OUF A;  4LYT A;  3B0I A;  1REZ A;  2ZYP A;  2XBR A;  4NGO A;  4DC4 A;  1GD6 A;  1IOQ A;  4WLT A;  1BWJ A;  3WVY A;  1G7H C;  3B6L A;  3IJV A;  3P65 A;  5APF A;  4OWE A;  208L A;  1HML A;  1LSP A;  4HPE A;  1D9U A;  4LYC A;  3WH1 A;  4NGL A;  1FKQ A;  1LYS A;  1UA6 Y;  4YEN A;  1TAY A;  1VDT A;  3HBD A;  4H8Z A;  4CFO A;  4XJD A;  1HEL A;  4TSB A;  3A95 A;  5FEL A;  1JKD A;  1VAT A;  2DQF C;  1LKS A;  2W1L A;  1GDX A;  1IP6 A;  2DKV A;  3P64 A;  1JKB A;  1NBY C;  1LZN A;  1CKD A;  4NEB A;  2CWI A;  3HBH A;  1GE0 A;  2YBN A;  4CJ2 A;  1QDT A;  3FI7 A;  3A94 A;  1BB3 A;  4AGA A;  4Z3M A;  1YAO A;  4TWS A;  4TX7 A;  4OWH A;  4HV2 A;  2CGI A;  4H8Y A;  2YVB A;  3TXG A;  1Z55 A;  4DDB A;  3D3D A;  1LHJ A;  1FBI X;  1FLY A;  1HNL A;  2Z38 A;  4WO6 A;  2DBT A;  4J1A A;  3CB7 A;  1D6Q A;  3P68 A; 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 1TEW A;  3CT5 A;  4ETC A;  1B0D A;  1B7O A;  5II3 A;  5APD A;  1LHI A;  1LZR A;  1LSD A;  1YQV Y;  1XFP L;  1B7N A;  1D0K A;  3AZ5 A;  2F2N A;  4M6D A;  4DT3 A;  4ETB A;  1LMN A;  4H8X A;  5LVK A;  2C8O A;  5I4W A;  1HEP A;  1ZVH L;  2BLY A;  1NKH A;  2EKS C;  2HTX A;  1XGT C;  2ZYC A;  2IFF Y;  4C3W A;  2BQA A;  3G3B B;  1GFV A;  1QSA A;  4GCD A;  1V7T A;  4NGY A;  2CDS A;  3RNX A;  4DD0 A;  1JJ1 A;  2DQI Y;  5I4X A;  2D4J A;  2F4A A;  1NQI A;  5HMV A;  1F10 A;  4Z46 A;  4EMN A;  1LAA A;  2DQA A;  5LYZ A;  2VB1 A;  1LJ3 A;  1REY A;  4WOA A;  4XN6 A;  5M1Y A;  4XYY A;  1LZG A;  4ETD A;  1LSM A;  1D0M A;  4WMG A;  5HNC A;  4QY9 A;  2BQM A;  2LYM A;  2D4K A;  1AT6 A;  1GEZ A;  3WMK A;  1CKH A;  1LHK A;  4DD3 A;  2HEC A;  3WU7 A;  1IR8 A;  3WW6 A;  4G4H A;  3CQL A;  2DQE Y;  3P4Z A;  3LZ2 A;  5C6L A;  4N1E I;  1JTO L;  4H93 A;  3QNG A;  1WTN A;  4B4E A;  3TXH A;  4N0J A;  2LZ2 A;  2GV0 A;  4II8 A;  1JJ3 A;  5B1F A;  5LAG A;  4NWE A;  5I53 A;  1GXV 2;  1D0L A;  1B5Z A;  1B7P A;  1LHL A;  1J1O Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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