3N9CA

Mite-y lysozyme: marmite
Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title Mite-y Lysozyme Crystals and Structures
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3n9cA00
3WULA 1GDXA 3TMUA 1WVUA 1WTNA 3RNXA 5HNCA 1GHLA 1B5YA 1LMAA 4BAFA 1JJ1A 4KL7A 2EPEA 1BWJA 135LA 1QTKA 2G4QA 2NWDX 3AGIA 3P4ZA 1HERA 4R6CA 5ILFA 1BVXA 5E9RA 1LZ1A 1GB3A 1GBOA 4OWBA 4ET9A 2FYDA 1LZ5A 1FLUA 3AZ6A 4PPOA 4IATA 1GB2A 1UACY 1HEMA 2DQIY 3CSRA 3WUAA 1WVVA 1CJ6A 4UWVA 4NGZA 4OWHA 5LYTA 4N9RA 1C43A 1IY3A 5I5QA 4DD9A 1LZRA 1UA6Y 5KKJA 1IC7Y 208LA 4P2EA 3WMKA 2B5ZA 153LA 4XJHA 1B7RA 4D9ZA 3AZ4A 1JPOA 2BQHA 3A67Y 4J0LA 1JHLA 1JJ3A 1IWTA 2ZIKA 3D3DA 4NSIA 1IP4A 1XGRC 2C8PA 2MEGA 3WXTA 1HEWA 4R0FA 1VATA 1YQVY 4PGJB 3TXIA 3ZVQB 1GFUA 4WO6A 4NG1A 1SLYA 4WLYA 4B4IA 5M1YA 1GBYA 2BQJA 1GD6A 1YAQA 1LJKA 1KXYA 2FYCA 1IOQA 1KIQC 1GFRA 1GB7A 3ZVQA 3MGWA 2W1MA 1UICA 1C7PA 4Z3MA 4Z46A 4H8XA 5KXWA 1JKCA 2DQDY 3P68A 3LN2A 2CDSA 3HBHA 4OOOA 1LSNA 4X3BA 4XJIA 2FBDA 1G7HC 1OUAA 5DN4A 2A7FA 4BS7A 1B0DA 1O23A 3RU5A 4LT1A 4PRQA 4J1AA 2YBIA 1GF7A 1LJ4A 3CSQA 1IWUA 1ZVYB 5F9XA 4DDAA 1NWGA 5LA5A 1GBWA 2D4JA 4H9BA 3BKVA 1JKAA 5FHWA 1LZEA 1GB5A 3W6FA 1E8LA 1P2CC 1LMPA 1HNLA 1REYA 1AZFA 1LHJA 1XEJA 4U3XB 4NHIA 4WM4A 1GFJA 4G4BA 1DZBX 1JKDA 1JEFA 4TSCA 1BVKC 1XGUC 1NF5A 2Z2FA 3TXKA 1DPWA 6LYTA 1IIZA 2C8OA 1AKIA 2F2NA 1D0KA 3IWRA 1FBIX 1LJ3A 4YEOA 3WUMA 2Z39A 1BHZA 5KXZA 1LSCA 4CFOA 2BLYA 1G7IC 1QUTA 4XJBA 1UC0A 1LZ6A 1LSFA 1F6SA 2MEBA 1GFEA 5APDA 4GN3A 4H9CA 5LAGA 3CQLA 2CGIA 5DN5A 2BQOA 207LA 1GAYA 3ZEKA 4YENA 1H6MA 1LHHA 1LTMA 2BQCA 2BLXA 2XTHA 5I4YA 1XFPL 1IC5Y 4DT3A 1XGTC 1GXXA 1VDQA 5B59A 1LSPA 3A91A 1GE2A 1OUDA 1F6RA 3QE8A 1LHLA 3HBEX 1RFPA 1DQJC 1JITA 3CSZA 1B5UA 5KJ9A 2ZNWY 1LSBA 1IP1A 4WM2A 1GFTA 2H9JA 3EXDA 4N1EI 4OW1A 2EKSC 3CT1A 4QY9A 5APEA 4OWCA 5J7CA 1CJ8A 1LZBA 4NGIA 5FDJA 1H87A 2DQFC 2X0AA 5KXYA 2PC2A 1WQOA 2GV0A 3G3BB 1UCOA 4N5RA 1IWWA 3AJNA 5FELA 2ZIJA 1LMOA 1AT6A 4MSTA 4DDCA 5FCPA 5A3ZA 4GCFA 4NWHA 4WLXA 1HFXA 3F6ZA 3A95A 3B6LA 3WPKA 1BB4A 1LJFA 3OJPA 4BADA 5I54A 1GB0A 3FE0A 4PJ2C 1GE4A 1GWDA 1VEDA 1VDTA 2F30A 4ETCA 3A94A 4CFPA 3QY4A 1GBZA 3W6CA 3A6CY 4H92A 1B5VA 1Z55A 3M18B 1EQ4A 4NY5A 3LZ2A 3ULRA 4LT2A 4TTDA 2G4PA 3WW5A 5K7OA 2BQMA 1IOTA 2CJLA 4C5FA 2RSCA 2Z37A 1FKVA 1XEIA 4CJ2A 3W6EA 1JSEA 3A8ZA 4GN5C 6LYZA 3D9AC 4RLNA 1QSWA 1LHIA 1N4FA 4RW2A 4NIJA 5LVHA 5LA8A 8LYZA 1HMLA 2YBNA 4NGVA 2W1LA 4WG7A 3W6BA 2Z19A 4FJRA 4HP0A 1GXV2 4ANRA 2XBSA 5KXRA 4WG1A 1IWVA 3CB7A 4II8A 4N0JA 1NBYC 1LZDA 4XN6A 1IP6A 4NEBA 2AUBA 1JTTL 1GF0A 2LYZA 132LA 5II3A 1OUHA 3P65A 5I4WA 4HTNA 1LJHA 2BQKA 1IX0A 1IVMA 2I25L 1JTOL 3AB6A 4NSHA 4HJZA 154LA 3RT5X 1IP5A 1B7QA 3TXJA 5HNLA 1GF6A 5APCA 4UWNA 3LZTA 5B07A 2CWIA 4YEMA 4B4JA 2W1XA 4AGAA 1IR7A 1GF3A 1LZNA 2BQEA 2H5ZA 5LVKA 2ZYPA 4QDNA 1YIKA 4NSJA 5L9JA 3TXDA 1ZVHL 2BQFA 1T6VL 5KXTA 1LZ9A 2Q0MX 2H9KA 1PS5A 1GE1A 9LYZA 1C46A 3J6KA 4KXIA 1JSFA 1FKQA 1VDPA 4DD0A 1MELL 4H91A 1D0MA 2A7DA 2I26L 2N5ZA 1HELA 4DDBA 5KXXA 4GLVA 4XYYA 1OUEA 2FBBA 1IOCA 193LA 1A2YC 1V7TA 1GFHA 1REMA 2ZWBA 5I53A 7LYZA 2HEDA 4IJ4A 1OQMA 1FDLY 3LYTA 4HTKA 5C6LA 2MEDA 4GCCA 3AZ7A 4LYTA 4B49A 4XJGA 4YOPA 2ZQ3A 2YSSC 3FI7A 2ZQ4A 5KY1A 1B7LA 3LYMA 4W96A 1CKGA 5HQ1A 1JISA 1HFYA 1HSXA 1LSAA 3G3AB 4HV2A 5B05A 3A34A 2BQNA 3HBDA 4H9AA 1CJ9A 5KXNA 5LIOA 3WU8A 5KXKA 3LHMA 1LZ8A 2HU1A 1XEKA 4H94A 2DQJY 3CT0A 4XADA 4DD3A 4NGKA 2HEFA 1TAYA 1LSMA 1TEWA 1ZV5L 2Z2EA 3N9EA 1QSAA 4WOAA 1NHEA 133LA 1REXA 3WPLA 1LYZA 3RW8A 5LVJA 1LKRA 4LFXA 4LGKA 1G7MC 4WM5A 1LZGA 1QIOA 4N1CC 1GPQC 1C08C 4G49A 2MEIA 1UUZC 1J1OY 4WM1A 1KXWA 3VWOA 5B06A 5F81A 134LA 1B7MA 4G4CA 3AGGG 2HTXA 5LYMA 1TDYA 3E3DA 3N9AA 4H93A 5DM9A 1LSGA 1GFKA 4LT0A 1GEVA 1D9UA 1GF8A 1GF9A 3A96A 4GCEA 4NGOA 5C6IA 1D0LA 1YANA 5ILCA 1LZSA 1G7JC 4B0DA 1IR8A 1OUJA 2DQCY 5IHGA 1HEPA 2DQAA 2Z38A 4H90A 3A92A 1JKBA 1LHKA 3WXUA 3QNGA 5LVGA 3RZ4A 5KXPA 1RCMA 1XGQC 1FN5A 3GXKA 4ETDA 1UIDA 1BGIA 1BQLY 1F0WA 4IASA 3P66A 4YM8A 1GE0A 1YAOA 2MECA 1IWZA 1GFVA 1UIHA 1LJNA 1YROA 2LZ2A 2W1YA 4NWEA 5AMYA 3WU7A 1LAAA 1B7PA 1LJJA 1LMQA 4OWEA 3A3QA 4BAPA 5EBHA 1ZMYL 2BAAA 1RJCB 4GLAA 2DQGY 2MEFA 4DD7A 5F14A 4M4OA 1GAZA 1DKKA 1INUA 1J1PY 1C10A 1BB3A 1GDWA 3EMSA 1V7SA 2WARA 5JENB 1CKCA 4LFPA 4YF2A 5IDDA 4ET8A 1FLQA 1YAMA 3TXHA 5KXMA 1XSFA 5D5FA 3TMXA 1B7SA 1I20A 1NMMA 1OUFA 1UBZA 1OUBA 4Z41A 2DQEY 4HPIA 4EMNA 2VB1A 1LZTA 4NGLA 1WQNA 3AYQA 5HMJA 1QDTA 1JUGA 5D5CA 2XJWA 1LYOA 1CNSA 1KXXA 4WLDA 5DL9A 1B5XA 2BQIA 1WQMA 1YKYX 1GB6A 1QTEA 1IEEA 4WM6A 1YKXX 2EQLA 4NHTA 1ALCA 3TXFA 3CT5A 1DXJA 2BQLA 3WL2A 4CGEA 3B0IA 4XJDA 3B0KA 1GE3A 1IY4A 1DKJA 1LZCA 1OUIA 4LYZA 2BQBA 1AM7A 1IR9A 1A4VA 4ZEEA 1WQRA 5F16A 5KKIA 4FDYA 1LYSA 3SP3A 1LPIA 3BKHA 2Z18A 4RLMA 4HSFA 1GF4A 1B7OA 4PRUA 1FLWA 1KIRC 1YILA 4HTQA 4J7VA 1GB8A 4A7DA 1SQ2L 3IJUA 4NHPA 3WW6A 4NGWA 5DLAA 1IOSA 1UIGA 4LYOA 1B2KA 2DKVA 4OOTA 4MR1A 1LSYA 1W6ZA 4NSGA 1GBXA 1CKFA 1FLYA 2IFFY 4LYCA 1IWYA 4DYGA 5KXLA 1B7NA 3B0OA 1OP9B 4L41A 4NFVA 1IP7A 1DPXA 4XENA 2YBJA 1BWIA 4WLTA 1VDSA 4ETBA 2HECA 1EL1A 4LYBA 1UIAA 5B1GA 1HHLA 3AW6A 5LINA 1HMKA 1IP2A 1D6QA 4H9FA 194LA 3ATOA 1EQ5A 2EIZC 3A90A 4O34A 2YDGA 2LYOA 4WMGA 4XJFA 4DD2A 3WVXA 5LYZA 1JWRA 4DWXA 4WM3A 5IELA 1J1XY 2HU3A 2IHLA 1DI4A 2HEBA 4WO9A 2Y8PA 3WVYA 1HEQA 2YBHA 1AT5A 1UIEA 1DI5A 4NHSA 1BB5A 1LHMA 1W08A 2I6ZA 2F4GA 1LJEA 1GB9A 1LOZA 1LMNA 1NBZC 3B72A 1XGPC 4NG8A 4TSBA 1REZA 1G7LC 1HF4A 4H9IA 4OWAA 3WH1A 4LT3A 1B5WA 1UIBA 1QQYA 2D4KA 4LYMA 4NHQA 1LMCA 3IJVA 5T3FA 1JIYA 2DQHY 1F10A 1YL1X 5KXSA 4ZIXA 3AGHA 2D4IA 3T6UA 2MEAA 5L3HA 1EQEA 1LZ4A 1UIFA 5A3EA 1HC0A 4E3UA 2G4NA 4ZFPA 1VFBC 1WTMA 2D6BA 4J1BA 1JTPL 1TBYA 5LXWA 4MCKA 5APFA 1HSWA 1NQIA 2ZYCA 1LJGA 3TMWA 3KAMA 3A93A 1BWHA 4TWSA 4Z98A 4PHIA 4TX7A 5F9UA 5HLLA 4WL6A 2HUBA 3TMVA 1LKSA 1LSDA 1OUCA 2F4AA 1YL0X 3N9CA 4HJYA 1LCNA 2BQDA 1NDGC 2YBMA 3A3RX 4I0CA 3WYHA 1LSEA 5C6JA 4HJVA 1YAPA 2YVBA 1NKHA 3AZ5A 4RW1A 1LZYA 1MLCE 5LVIA 4ML7A 1GFGA 5HMVA 3WUNA 1GBSA 4UWUA 5KXOA 2LHMA 1C45A 5E4PA 3ATNA 1IO5A 1JJ0A 2HEEA 1WQPA 1NDMC 2MEEA 3EBAB 1WQQA 3LYOA 4W94A 4TUNA 5FSTA 3TXBA 2HEAA 3LYZA 4H8YA 1PZYA 4ETEA 3TXGA 3A6BY 1D6PA 4EOFA 4GN4A 1QDRA 4HV1A 1IWXA 3OK0A 4GCBA 4N8ZA 4B4EA 1B9OA 1IC4Y 1B5ZA 1LMTA 4NGJA 3W6DA 2D91A 4H9EA 2YBLA 4C3WA 4ETAA 1RE2A 1LSZA 1LZAA 4G9SA 4WL7A 4H8ZA 3K3TA 2XBRA 3EO5A 1I56A 5FEKA 1RI8B 4DD1A 2Z12A 2ZILA 4M6DA 1DI3A 2ZNXY 4B1AA 1GEZA 4G4HA 3TXEA 5LAFA 2DBTA 5I4XA 1YKZX 1OUGA 2LZTA 4AXTA 3AW7A 3WU9A 1KIPC 3M3UA 4HPEA 4H9HA 1CKHA 1LYYA 3P64A 3WPJA 1BB7A 4CHXA 4DC4A 5L3IA 3GXRA 1LJIA 4NGYA 1IP3A 2MEHA 4GCDA 1GF5A 1GFAA 4KPMA 4LZTA 1HENA 1T3PA 1CKDA 1TCYA 4KT3A 1VAUA 1CJ7A 4H1PA 3HFMY 1IORA 2LYMA 4I8SA 1QUSA 4QEQA 3W6AA 2BPUA 1HEOA 1I1ZA 2BQAA 3T36A 3J4GA 1HFZA 2BQGA 1BB6A 4RDSA 5B1FA 4QGZA 3W3EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WULA 1L52A 5HNCA 1B5YA 4BAFA 2EPEA 1QTKA 3P4ZA 3HWLA 4R6CA 1HERA 4ET9A 2FYDA 1UACY 1HEMA 2DQIY 4UWVA 1C43A 5I5QA 1QT5A 5KKJA 1D2YA 3WMKA 3AZ4A 1JPOA 104LA 2BQHA 3A67Y 1JJ3A 3WXTA 1IP4A 1C65A 2MEGA 1HEWA 4R0FA 1VATA 1CX7A 3ZVQB 1DYBA 206LA 2BQJA 1KIQC 3OE9A 1L42A 2W1MA 1UICA 5KXWA 4OOOA 1B0DA 1O23A 3RU5A 1C6AA 1ZVYB 1DYAA 1L09A 127LA 1GBWA 1ZWNA 2NTGA 1E8LA 1HNLA 1REYA 142LA 1B6IA 1JKDA 1BVKC 2Z2FA 1QSQA 1AKIA 1LJ3A 3WUMA 1BHZA 4CFOA 4DQJA 1UC0A 1F6SA 1LYHA 1GFEA 140LA 5LAGA 2BQOA 3FADA 3C8QA 1L08A 1LTMA 2BQCA 2BLXA 240LA 2XQOA 1KW5A 224LA 2OU0X 3A91A 1L73A 1G1WA 1DQJC 218LA 1LSBA 1IP1A 3NY9A 5APEA 4OWCA 1CJ8A 1LZBA 1H87A 1PQOA 3G3BB 1L27A 3F9LA 5A3ZA 186LA 3A95A 1PQKA 5I54A 1GB0A 4W56A 1C6KA 1OYUA 1VDTA 1VEDA 2OEAX 4CFPA 3SBAA 4DDAA 3ULRA 1EQ4A 4NY5A 2CJLA 2Z37A 1D2WA 1FKVA 3W6EA 1LHIA 1SSWA 5LA8A 4NGVA 4WG7A 1P46A 164LA 1NBYC 1CU0A 4NEBA 2AUBA 1JTTL 132LA 5II3A 1LJHA 211LA 1IVMA 3AB6A 4HJZA 3TXJA 5HNLA 1L17A 4EKRA 1L65A 1L72A 2W1XA 1GF3A 1LZNA 2BQEA 1YIKA 1ZURA 5L9JA 3TXDA 5KXTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WUL A;  1GDX A;  3TMU A;  1WVU A;  1WTN A;  3RNX A;  5HNC A;  1GHL A;  1B5Y A;  1LMA A;  4BAF A;  1JJ1 A;  4KL7 A;  2EPE A;  1BWJ A;  135L A;  1QTK A;  2G4Q A;  2NWD X;  3AGI A;  3P4Z A;  1HER A;  4R6C A;  5ILF A;  1BVX A;  5E9R A;  1LZ1 A;  1GB3 A;  1GBO A;  4OWB A;  4ET9 A;  2FYD A;  1LZ5 A;  1FLU A;  3AZ6 A;  4PPO A;  4IAT A;  1GB2 A;  1UAC Y;  1HEM A;  2DQI Y;  3CSR A;  3WUA A;  1WVV A;  1CJ6 A;  4UWV A;  4NGZ A;  4OWH A;  5LYT A;  4N9R A;  1C43 A;  1IY3 A;  5I5Q A;  4DD9 A;  1LZR A;  1UA6 Y;  5KKJ A;  1IC7 Y;  208L A;  4P2E A;  3WMK A;  2B5Z A;  153L A;  4XJH A;  1B7R A;  4D9Z A;  3AZ4 A;  1JPO A;  2BQH A;  3A67 Y;  4J0L A;  1JHL A;  1JJ3 A;  1IWT A;  2ZIK A;  3D3D A;  4NSI A;  1IP4 A;  1XGR C;  2C8P A;  2MEG A;  3WXT A;  1HEW A;  4R0F A;  1VAT A;  1YQV Y;  4PGJ B;  3TXI A;  3ZVQ B;  1GFU A;  4WO6 A;  4NG1 A;  1SLY A;  4WLY A;  4B4I A;  5M1Y A;  1GBY A;  2BQJ A;  1GD6 A;  1YAQ A;  1LJK A;  1KXY A;  2FYC A;  1IOQ A;  1KIQ C;  1GFR A;  1GB7 A;  3ZVQ A;  3MGW A;  2W1M A;  1UIC A;  1C7P A; 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 2YBM A;  3A3R X;  4I0C A;  3WYH A;  1LSE A;  5C6J A;  4HJV A;  1YAP A;  2YVB A;  1NKH A;  3AZ5 A;  4RW1 A;  1LZY A;  1MLC E;  5LVI A;  4ML7 A;  1GFG A;  5HMV A;  3WUN A;  1GBS A;  4UWU A;  5KXO A;  2LHM A;  1C45 A;  5E4P A;  3ATN A;  1IO5 A;  1JJ0 A;  2HEE A;  1WQP A;  1NDM C;  2MEE A;  3EBA B;  1WQQ A;  3LYO A;  4W94 A;  4TUN A;  5FST A;  3TXB A;  2HEA A;  3LYZ A;  4H8Y A;  1PZY A;  4ETE A;  3TXG A;  3A6B Y;  1D6P A;  4EOF A;  4GN4 A;  1QDR A;  4HV1 A;  1IWX A;  3OK0 A;  4GCB A;  4N8Z A;  4B4E A;  1B9O A;  1IC4 Y;  1B5Z A;  1LMT A;  4NGJ A;  3W6D A;  2D91 A;  4H9E A;  2YBL A;  4C3W A;  4ETA A;  1RE2 A;  1LSZ A;  1LZA A;  4G9S A;  4WL7 A;  4H8Z A;  3K3T A;  2XBR A;  3EO5 A;  1I56 A;  5FEK A;  1RI8 B;  4DD1 A;  2Z12 A;  2ZIL A;  4M6D A;  1DI3 A;  2ZNX Y;  4B1A A;  1GEZ A;  4G4H A;  3TXE A;  5LAF A;  2DBT A;  5I4X A;  1YKZ X;  1OUG A;  2LZT A;  4AXT A;  3AW7 A;  3WU9 A;  1KIP C;  3M3U A;  4HPE A;  4H9H A;  1CKH A;  1LYY A;  3P64 A;  3WPJ A;  1BB7 A;  4CHX A;  4DC4 A;  5L3I A;  3GXR A;  1LJI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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