3N9EA

Mite-y lysozyme: promite
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mite-y Lysozyme Crystals and Structures
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3n9eA00
1NMMA 1LSMA 5HMJA 2YBHA 1DZBX 1OUCA 1DI3A 1BQLY 2HEEA 2MEBA 2Z39A 1XFPL 1IWZA 1FN5A 1OUDA 4KPMA 1JPOA 1DPWA 3CSZA 1LHLA 1LZNA 1IP7A 2Z38A 1CJ7A 3WU8A 4EOFA 1C08C 208LA 1AT6A 1JJ3A 1HSWA 2MEAA 3LHMA 4QDNA 5LAFA 4CGEA 1GFTA 2F30A 4GN5C 4PRQA 4G49A 2YBIA 1LYSA 2FYCA 1GXXA 1B5VA 3HBDA 1AT5A 1GAYA 1GXV2 1KXYA 1LMCA 2N5ZA 3A3QA 3A67Y 4H94A 1OUEA 1CJ6A 3LZ2A 3A92A 4J7VA 2D4IA 1YILA 1LSEA 2XBRA 1N4FA 2DQGY 2D91A 3WMKA 4WG7A 4NWHA 5DL9A 1LAAA 5AMYA 1IC4Y 1JJ1A 1GF3A 4QY9A 1NHEA 2EPEA 2FBDA 1BB6A 4HTQA 4WLYA 1MLCE 4B0DA 3CT1A 4X3BA 2YBJA 4H1PA 4IATA 1IEEA 1NBZC 1LZ5A 1DXJA 1CKHA 2DQFC 4LZTA 4HP0A 4WLDA 4DT3A 3TXIA 2A7FA 1LSDA 4MCKA 2DQIY 3BKVA 1T6VL 4XJIA 2Y8PA 4XJGA 1HF4A 1LMQA 1REXA 1JISA 1UIFA 1GEVA 2BQHA 4B4EA 2CWIA 1GFHA 5HQ1A 1BWJA 2H9JA 5D5CA 1VDPA 3AW7A 1GFRA 2BQMA 1JSFA 1JHLA 1NF5A 1ZVHL 5LVJA 1BVKC 2YBNA 1H87A 1IC7Y 4NGWA 3W3EA 3WUNA 4GN3A 5HNLA 1G7HC 1LSCA 5FHWA 4H9FA 3CB7A 4N1CC 4E3UA 5KJ9A 4XN6A 4YEOA 2LYMA 2ZWBA 4NWEA 5APCA 5A3EA 2W1MA 1JITA 1LJJA 4OWBA 3WULA 3A90A 3WVYA 1NKHA 1FKVA 1HENA 4NY5A 3TMWA 5M1YA 4L41A 2XBSA 5LA5A 4EMNA 1B7OA 3P66A 1GWDA 1VDTA 1YQVY 3E3DA 4RW1A 1ZVYB 5FELA 4DWXA 5LINA 1LZAA 4G4BA 4NGOA 1LYZA 4C5FA 1QQYA 1OQMA 1F0WA 2W1LA 2H5ZA 1WQQA 4KXIA 4WM6A 4XJDA 5JENB 1C45A 1SQ2L 3AGIA 1GFKA 3FE0A 4NEBA 5FSTA 4DD2A 1B5XA 1LHMA 1T3PA 1XEIA 3G3AB 1IY3A 5LVIA 1GE1A 1HEPA 4LYZA 1G7IC 2BQKA 5LA8A 1PS5A 1IP2A 5T3FA 2W1XA 1LSNA 1GE2A 1LJIA 1OUIA 2DQJY 2F4GA 1HHLA 1HSXA 1GB5A 1F6SA 194LA 1IWUA 1G7LC 1TEWA 4MR1A 4OW1A 3TXEA 1LZSA 4N8ZA 4NHQA 153LA 1VFBC 1LZGA 2MEGA 3CSRA 4WM2A 4II8A 1LJ4A 3WVXA 2RSCA 2NWDX 1YIKA 4YOPA 4WL6A 2DBTA 1VEDA 3TXFA 1GPQC 2BQJA 4GLVA 1KXWA 1LJHA 1GHLA 3CSQA 3TMVA 3WXTA 3ZVQA 1QDRA 2FYDA 1RCMA 5APDA 3WPJA 1IP1A 2LYZA 4WO9A 4N9RA 1LHHA 5E4PA 5LYTA 4YM8A 4ML7A 1FLUA 3A94A 3CQLA 4LT0A 2ZIJA 2ZILA 1GB3A 1IR8A 2DQDY 4C3WA 4PRUA 1KIQC 4H9IA 3B6LA 1IR9A 4OOTA 3W6DA 1UIHA 2XTHA 4ZIXA 1EQ4A 4HTNA 1QIOA 1WVUA 4H8XA 5DLAA 1LSGA 1NDGC 3LN2A 2BQEA 4TWSA 3WH1A 1BWIA 2PC2A 2BQNA 1B7QA 1B0DA 2LHMA 1QSWA 4HSFA 1DKJA 4QGZA 3LYZA 4HJYA 5FDJA 1REYA 3WPLA 1VDQA 4ANRA 2W1YA 1FLYA 1XGTC 3ZEKA 2BQAA 1RJCB 4OWCA 1BB5A 2I26L 3WW6A 5B05A 1GB9A 1V7SA 4M6DA 5LXWA 4H92A 4Z3MA 1GE0A 3WU7A 5F14A 1UIAA 4NGJA 1KXXA 1UA6Y 1AZFA 4WM1A 5C6IA 1MELL 1W08A 4NGVA 4H8YA 1GFEA 3IWRA 1LOZA 5KXRA 1LZ8A 1HFZA 5B07A 4GCFA 4H9EA 3RZ4A 4DC4A 5KXPA 1LZYA 4B49A 1XGUC 2Q0MX 4NHIA 4AXTA 1BVXA 2G4PA 3IJUA 1B5YA 1FLWA 3P68A 4Z98A 3BKHA 5E9RA 2MEIA 4NFVA 4WM4A 3MGWA 4NHPA 1GF9A 1WTMA 1GB8A 1LPIA 2MEEA 1LZ4A 1CJ9A 1LZBA 5L3IA 2DKVA 2ZQ3A 4H91A 5A3ZA 1XGQC 4H9CA 1P2CC 2HECA 3LZTA 1IOSA 1REMA 4HPEA 4XENA 4UWNA 3P64A 4J0LA 4CFPA 5LIOA 5KXZA 1I56A 3T6UA 5KXTA 3OK0A 2ZNXY 1C10A 2C8OA 3AZ6A 3J6KA 4WG1A 4O34A 1QDTA 1IP6A 1GE3A 2G4NA 1GBZA 2ZIKA 4GCEA 5K7OA 3ATOA 3QY4A 2FBBA 3TMXA 1F6RA 1JTTL 1J1OY 4HTKA 1QUSA 1C43A 1LSPA 1WVVA 3N9CA 1LZ6A 4NIJA 3A34A 1QUTA 1JWRA 5II3A 4RLMA 1Z55A 1OUFA 4WL7A 1IWXA 2YSSC 5KXLA 5HNCA 1LYYA 2MEFA 4DD0A 4HV1A 4ZFPA 4PPOA 1TDYA 1HFYA 2BAAA 1HEQA 2BQFA 3AW6A 1GFJA 3ZVQB 4CHXA 3RW8A 1IP3A 4H9AA 1UIEA 4B1AA 5FCPA 5IHGA 1DI4A 1JKBA 1A2YC 3HFMY 4J1BA 4U3XB 4NHSA 3AYQA 1KIPC 4IASA 1IWTA 1D0KA 3D3DA 2HEFA 4AGAA 2YVBA 5LAGA 3RNXA 4PGJB 2F2NA 3D9AC 5APFA 2BQBA 1IY4A 1UIDA 4YENA 1YANA 1JTPL 1LCNA 1LZCA 1WQRA 3EMSA 1UC0A 207LA 1DPXA 4NSHA 4GCCA 2Z2EA 5ILFA 2BLXA 3LYOA 4HPIA 1J1XY 4GN4A 1YROA 1YKXX 3TXKA 1CNSA 4TSCA 3W6BA 2MEDA 4WM3A 2CJLA 5HLLA 2IHLA 5I4WA 4TX7A 5LVHA 1LJ3A 2AUBA 4NSGA 4P2EA 1W6ZA 2I25L 4QEQA 1XSFA 1JIYA 2DQHY 3B0KA 2EKSC 5HMVA 2HUBA 3A96A 1LMTA 1JKAA 1GFVA 4FDYA 1IOQA 1GF6A 4WLTA 4WMGA 5F9XA 3W6EA 1IWVA 1IWYA 1LSYA 2WARA 1B7RA 3K3TA 3VWOA 1YL0X 1OUHA 3AZ5A 1CJ8A 4I8SA 4LT2A 1GEZA 1FBIX 1BB4A 1HMKA 1LJEA 1HEWA 4Z46A 3W6FA 3TXHA 1KIRC 4N1EI 4IJ4A 1HNLA 3P65A 1D6QA 2HU1A 1OUGA 1I20A 1EL1A 1BB3A 5I53A 5LVGA 1LJFA 2BQCA 3B72A 4PHIA 1LJKA 5KXYA 2GV0A 5KXWA 1OP9B 1IC5Y 1J1PY 1IR7A 1GF4A 4G4CA 5KXXA 1CKGA 1EQEA 5EBHA 1UIBA 1GB6A 3WUMA 2EIZC 4W94A 4NGZA 4WM5A 4YEMA 1UICA 133LA 2BLYA 2IFFY 5DN5A 4LYMA 3A3RX 1GFGA 1IP4A 4LYCA 1BGIA 1B7SA 1G7JC 1WQNA 3TXGA 4DDAA 2DQEY 3EXDA 1UBZA 2HEDA 9LYZA 1LHKA 1B7MA 1D0LA 1FLQA 2Z37A 2BQGA 4MSTA 1WQPA 1HEOA 4GLAA 4HV2A 1OUAA 2BQOA 1IOTA 1LSAA 1IOCA 4NGIA 1GFAA 3OJPA 6LYTA 1TBYA 1JKCA 3HBEX 3AZ4A 4LYBA 4CJ2A 5I5QA 1DKKA 2DQAA 3WYHA 4XJFA 1HEMA 1GE4A 1YAMA 5DN4A 1GB7A 1IORA 3J4GA 1FKQA 4DDCA 1TCYA 3A95A 2BQLA 3AGGG 1WTNA 4BS7A 6LYZA 4ETDA 3B0IA 1LMOA 2ZQ4A 1DI5A 4ETEA 3GXKA 2Z2FA 3F6ZA 1JTOL 1IP5A 1LZTA 3GXRA 3M3UA 4OWAA 3LYTA 3KAMA 2LZTA 1C46A 4LFXA 4LGKA 3W6AA 193LA 4WO6A 1QTEA 4XJHA 1XEJA 5KY1A 5L9JA 4FJRA 5LYZA 4GCBA 3TMUA 3A6BY 3QE8A 1JUGA 5LVKA 1IX0A 1OUJA 4UWUA 2HTXA 3WL2A 1JSEA 5D5FA 1GB2A 2BPUA 2LYOA 1LMAA 1NDMC 2MEHA 2YBLA 5IDDA 1DQJC 4RW2A 2ZYCA 1GF8A 2F4AA 1PZYA 2YDGA 4H8ZA 1IWWA 1LTMA 1VDSA 3WU9A 4BAFA 3WW5A 2DQCY 5I4XA 2LZ2A 3WPKA 1EQ5A 1LMPA 1XGPC 4R0FA 1ZMYL 2CDSA 1H6MA 2B5ZA 1RFPA 4KL7A 3T36A 4DD9A 4UWVA 1LHIA 3TXJA 1GB0A 4KT3A 3IJVA 1BB7A 3RT5X 1ZV5L 132LA 4LT3A 5B1FA 1B9OA 5B59A 1XEKA 2X0AA 2YBMA 4J1AA 1GBYA 1D0MA 2H9KA 1LYOA 3M18B 2D4KA 5DM9A 3ULRA 1D9UA 1UACY 2EQLA 1FDLY 4TSBA 1LHJA 1WQOA 5F81A 5KKIA 3AZ7A 5B06A 1F10A 1GFUA 1LZEA 4G4HA 4DD3A 1YKZX 4ETCA 5F9UA 4N5RA 2BQDA 3TXBA 4A7DA 1QTKA 2CGIA 1REZA 3HBHA 4BAPA 5IELA 4RLNA 1INUA 4WLXA 4NG1A 5I54A 1LJGA 1GDXA 4DD1A 4DYGA 1LZDA 1LSBA 2ZYPA 1YL1X 4ETAA 1LJNA 1GD6A 1GBSA 1YAPA 2Z18A 3CT5A 4HJVA 1GF5A 4NGYA 4NGLA 4XYYA 4D9ZA 3ATNA 5ILCA 5KXKA 4W96A 4RDSA 1D6PA 2Z19A 3A93A 4OOOA 3FI7A 2HEAA 3LYMA 1LKSA 1LSFA 1GBWA 3AJNA 3P4ZA 2A7DA 1CKCA 3TXDA 1SLYA 1GBOA 1IIZA 1B5UA 3A8ZA 5B1GA 4OWEA 5J7CA 4LYOA 1XGRC 4H93A 1GF7A 4XADA 4I0CA 2BQIA 3RU5A 4NSJA 1AKIA 1VATA 1HC0A 1BHZA 4DDBA 1LZRA 134LA 1C7PA 4ET8A 5APEA 4NSIA 4HJZA 1LZ1A 3AGHA 3CT0A 2D6BA 2ZNWY 5KKJA 4OWHA 7LYZA 1GAZA 4H90A 4LYTA 1BWHA 1ALCA 1B7PA 1OUBA 4GCDA 5F16A 5C6JA 1UIGA 1YAQA 4XJBA 5KXOA 3W6CA 1LMNA 1LKRA 4WOAA 1WQMA 4R6CA 4YF2A 4LFPA 1HERA 2G4QA 5FEKA 1A4VA 1YAOA 4ETBA 1NQIA 1NWGA 1QSAA 5LYMA 4H9BA 1RI8B 4N0JA 3WXUA 4DD7A 1O23A 1HELA 1B2KA 1GBXA 4Z41A 3WUAA 3A6CY 4NHTA 1YKYX 1NBYC 4TUNA 1GF0A 1CKDA 1G7MC 1JEFA 3EBAB 3QNGA 1VAUA 5KXNA 5KXMA 1CKFA 4TTDA 5L3HA 4BADA 3A91A 4B4IA 4CFOA 3SP3A 3N9EA 1TAYA 4B4JA 4NGKA 135LA 1HFXA 1B5ZA 3EO5A 1RE2A 1IVMA 1AM7A 2MECA 2VB1A 5I4YA 1LSZA 1I1ZA 1JJ0A 1LZ9A 1UCOA 3B0OA 3G3BB 4H9HA 4ET9A 8LYZA 1B5WA 154LA 1E8LA 4PJ2C 3N9AA 2C8PA 3AB6A 2D4JA 2HEBA 1V7TA 2XJWA 4ZEEA 4M4OA 1IO5A 2I6ZA 5C6LA 1B7LA 4LT1A 1GDWA 1HMLA 1UUZC 5KXSA 4G9SA 4NG8A 2HU3A 2Z12A 1JKDA 1B7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NMMA 2RAYX 1DZBX 1L05A 1OUDA 3C80A 1LHLA 2Z38A 4EOFA 1C08C 208LA 1SSWA 2MEAA 3LHMA 4GN5C 4G49A 4EKSA 1AT5A 1LMCA 2N5ZA 4H94A 113LA 246LA 1CV0A 2NTHA 217LA 1LAAA 4QY9A 1D3FA 1MLCE 4PJZA 4X3BA 4IATA 1IEEA 1LZ5A 1DXJA 4MCKA 3BKVA 3GULA 4XJIA 1C69A 4B4EA 1GEVA 3CDRA 1GFHA 195LA 221LA 2BQMA 2ANXA 1P64A 1H87A 4NGWA 5FHWA 3C81A 5KJ9A 4XN6A 3NY8A 4NWEA 3WULA 3A90A 3TMWA 2XBSA 1OVKA 244LA 4RW1A 4NGOA 4C5FA 3C7WA 4KXIA 4XJDA 1GFKA 5FSTA 4NEBA 3G3AB 1IY3A 227LA 5LVIA 4LYZA 1G7IC 1LPYA 178LA 4AQNA 1IWUA 4N8ZA 2MEGA 4II8A 2LCBA 248LA 1KW5A 4WL6A 2DBTA 4S0WA 1LJHA 3CSQA 3ZVQA 1LYGA 3WPJA 1L74A 5LYTA 4YM8A 1FLUA 3DN2A 1IR8A 2DQDY 2RB1X 1C6IA 3WH1A 1BWIA 2PC2A 236LA 1B7QA 4QGZA 3C8RA 4ANRA 1L55A 4ARQB 2BQAA 3FA0A 5B05A 1GE0A 5F14A 119LA 162LA 1KXXA 1P3NA 4I7JA 4NGVA 3IWRA 3RZ4A 4DC4A 3PDSA 1CU3A 1XGUC 2Q0MX 4NHIA 2G4PA 3P68A 2MEIA 1GF9A 4IAPA 2MEEA 219LA 1XGQC 4H9CA 1L20A 4XENA 3P64A 206LA 4CFPA 5KXZA 2ZNXY 3J6KA 2B73A 1QDTA 1GE3A 2ZIKA 2OU0X 3TMXA 2OE9X 1LZ6A 3A34A 3G3WA 3GUJA 1OUFA 1G0JA 4WL7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NMM A;  1LSM A;  5HMJ A;  2YBH A;  1DZB X;  1OUC A;  1DI3 A;  1BQL Y;  2HEE A;  2MEB A;  2Z39 A;  1XFP L;  1IWZ A;  1FN5 A;  1OUD A;  4KPM A;  1JPO A;  1DPW A;  3CSZ A;  1LHL A;  1LZN A;  1IP7 A;  2Z38 A;  1CJ7 A;  3WU8 A;  4EOF A;  1C08 C;  208L A;  1AT6 A;  1JJ3 A;  1HSW A;  2MEA A;  3LHM A;  4QDN A;  5LAF A;  4CGE A;  1GFT A;  2F30 A;  4GN5 C;  4PRQ A;  4G49 A;  2YBI A;  1LYS A;  2FYC A;  1GXX A;  1B5V A;  3HBD A;  1AT5 A;  1GAY A;  1GXV 2;  1KXY A;  1LMC A;  2N5Z A;  3A3Q A;  3A67 Y;  4H94 A;  1OUE A;  1CJ6 A;  3LZ2 A;  3A92 A;  4J7V A;  2D4I A;  1YIL A;  1LSE A;  2XBR A;  1N4F A;  2DQG Y;  2D91 A;  3WMK A;  4WG7 A;  4NWH A;  5DL9 A;  1LAA A;  5AMY A;  1IC4 Y;  1JJ1 A;  1GF3 A;  4QY9 A;  1NHE A;  2EPE A;  2FBD A;  1BB6 A;  4HTQ A;  4WLY A;  1MLC E;  4B0D A;  3CT1 A;  4X3B A;  2YBJ A;  4H1P A;  4IAT A;  1IEE A;  1NBZ C;  1LZ5 A;  1DXJ A;  1CKH A;  2DQF C;  4LZT A;  4HP0 A;  4WLD A;  4DT3 A;  3TXI A;  2A7F A;  1LSD A;  4MCK A;  2DQI Y;  3BKV A;  1T6V L;  4XJI A;  2Y8P A;  4XJG A;  1HF4 A; 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 4OWE A;  5J7C A;  4LYO A;  1XGR C;  4H93 A;  1GF7 A;  4XAD A;  4I0C A;  2BQI A;  3RU5 A;  4NSJ A;  1AKI A;  1VAT A;  1HC0 A;  1BHZ A;  4DDB A;  1LZR A;  134L A;  1C7P A;  4ET8 A;  5APE A;  4NSI A;  4HJZ A;  1LZ1 A;  3AGH A;  3CT0 A;  2D6B A;  2ZNW Y;  5KKJ A;  4OWH A;  7LYZ A;  1GAZ A;  4H90 A;  4LYT A;  1BWH A;  1ALC A;  1B7P A;  1OUB A;  4GCD A;  5F16 A;  5C6J A;  1UIG A;  1YAQ A;  4XJB A;  5KXO A;  3W6C A;  1LMN A;  1LKR A;  4WOA A;  1WQM A;  4R6C A;  4YF2 A;  4LFP A;  1HER A;  2G4Q A;  5FEK A;  1A4V A;  1YAO A;  4ETB A;  1NQI A;  1NWG A;  1QSA A;  5LYM A;  4H9B A;  1RI8 B;  4N0J A;  3WXU A;  4DD7 A;  1O23 A;  1HEL A;  1B2K A;  1GBX A;  4Z41 A;  3WUA A;  3A6C Y;  4NHT A;  1YKY X;  1NBY C;  4TUN A;  1GF0 A;  1CKD A;  1G7M C;  1JEF A;  3EBA B;  3QNG A;  1VAU A;  5KXN A;  5KXM A;  1CKF A;  4TTD A;  5L3H A;  4BAD A;  3A91 A;  4B4I A;  4CFO A;  3SP3 A;  3N9E A;  1TAY A;  4B4J A;  4NGK A;  135L A;  1HFX A;  1B5Z A;  3EO5 A;  1RE2 A;  1IVM A;  1AM7 A;  2MEC A;  2VB1 A;  5I4Y A;  1LSZ A;  1I1Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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