3N9E | Genus

Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	47
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__973064793963613__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__973064793963613__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3N9E/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__973064793963613__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"973064793963613","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3N9E/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__973064793963613__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cffa20b9f6b6c65d6451569/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cffa20b9f6b6c65d6451569/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cffa20b9f6b6c65d6451569/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cffa20b9f6b6c65d6451569/pdb.gz): 1508 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 44 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Mite-y Lysozyme Crystals and Structures rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	47
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2010-05-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3n9eA00

1DKJA 1QDTA 1GFHA 3A93A 5I53A 4ETEA 3A3RX 2CDSA 4J1AA 5B05A 5KXWA 1GBOA 1NF5A 1I56A 1UA6Y 2PC2A 1UIGA 2Y8PA 3AZ7A 4CFPA 5FHWA 5HNCA 1CKCA 1GFEA 1CJ8A 1IP5A 1YANA 1REZA 1EL1A 1LSFA 1XSFA 1C08C 2MEIA 4LT3A 1IP1A 1B5UA 2ZQ4A 3N9CA 4WM5A 1GB6A 3IJUA 1PZYA 3P65A 3WPLA 4CJ2A 1IVMA 4WMGA 1VDTA 4NSIA 4LT1A 1V7TA 5KXXA 4DC4A 1JSEA 1LZ4A 1W6ZA 3W6DA 5LINA 1LMNA 3CT0A 1CJ7A 1GEVA 2BQNA 1LYZA 1ALCA 1A2YC 1FLUA 1FLYA 1H6MA 2XJWA 4G4HA 7LYZA 1D0KA 4PRUA 153LA 1VDQA 1WQOA 3A3QA 1HHLA 5B07A 1IX0A 4DD7A 1GB7A 4LT0A 4UWVA 4YENA 3ZVQB 5ILCA 4C3WA 5DN5A 2IFFY 1BVXA 1GPQC 4G49A 3WVXA 1HELA 1YAOA 1NKHA 1NQIA 1YQVY 1GF7A 4HJYA 4WLTA 4NGIA 3WPKA 1P2CC 2C8OA 4UWNA 1LSNA 2MEEA 1GDXA 2MEGA 4HJZA 1JUGA 4NGKA 1KIRC 4QEQA 6LYTA 1BWIA 1LMAA 2YBIA 1LZRA 1HC0A 4W96A 1GE4A 1G7HC 2N5ZA 4NG8A 5F14A 3W6AA 3RT5X 4H1PA 1QTEA 2BPUA 2BQIA 1GFVA 3LYOA 2I6ZA 2HEAA 4YEOA 2HTXA 4DD1A 1GB0A 1RI8B 4OOOA 4H8YA 4NHQA 3WUAA 1XGQC 1LMCA 5HMJA 1LJHA 4LGKA 2BQKA 4H8ZA 1B2KA 3J6KA 2Z19A 1BVKC 4H9AA 3WUNA 1LSGA 2G4NA 2ZILA 1LSAA 3HBHA 4H9BA 4HV2A 1WQMA 1IWWA 1GAZA 1DPWA 1YL1X 2XBRA 4NHIA 1IP3A 1IOCA 4TSBA 4B4IA 1IWTA 1CKFA 1TBYA 3LZTA 5D5CA 3TXKA 3A6BY 3TXDA 5B1FA 1T6VL 1CJ9A 1GFRA 2Q0MX 5KXZA 1HSWA 1LZYA 3A90A 3WVYA 4CGEA 1HEQA 1HMLA 1B7PA 4DYGA 1RFPA 3A92A 4WLXA 1IC4Y 1LHJA 1B9OA 1LSCA 4NGOA 4H90A 2Z2FA 5F9XA 5C6IA 1H87A 1UICA 5B1GA 3RZ4A 1F6RA 1LYOA 4H9CA 4NHTA 5LYZA 5IHGA 1OUGA 2EKSC 1TDYA 4H92A 1NDGC 1LCNA 4WM2A 1D9UA 1E8LA 1BWJA 1GF4A 1HMKA 1FLWA 2XBSA 4HPIA 4OWBA 3W6EA 1HEOA 1D0MA 5I54A 2YDGA 3G3AB 1BB4A 2IHLA 1REMA 3CSRA 3WXUA 4B1AA 3B0KA 4RW1A 5KY1A 3F6ZA 4DDAA 1AT5A 1DI5A 3WU9A 1QUSA 2DQCY 3WXTA 4RLNA 1GWDA 1LSMA 3LYTA 1YKXX 2MEHA 4ANRA 4OOTA 1UIHA 2EQLA 1BB3A 2DQIY 3VWOA 1LHHA 4KPMA 1DXJA 1LSYA 2CJLA 3TMUA 5L3IA 1B0DA 1GF8A 2DQDY 4B4JA 4DDCA 1F6SA 1NHEA 1ZV5L 2ZYCA 1JJ1A 4AXTA 1B5YA 1KXXA 1LZ1A 1LZ8A 1VDSA 2FBDA 3CT5A 4DWXA 3AZ5A 1FBIX 3WULA 2CGIA 2BQMA 3E3DA 3B72A 4ET9A 4WO6A 4WL7A 1J1PY 9LYZA 1NBZC 1WTMA 1BHZA 4MSTA 1IY4A 1B7LA 1LKSA 5C6JA 2DQJY 1GDWA 1LYSA 1UIDA 4GCDA 1QDRA 1LMPA 5J7CA 1IR8A 1DPXA 5LA5A 2ZNXY 2Z2EA 1WVVA 2BLYA 1LZAA 1LZSA 1CKHA 4OWEA 4YOPA 1IOTA 3CSZA 5KXOA 4MCKA 4O34A 4QY9A 4CHXA 4PJ2C 1AZFA 4N1EI 4M6DA 4OWHA 3TMVA 3TXFA 2HU3A 1REXA 4GLVA 2I25L 4B4EA 2RSCA 1XEJA 1WTNA 2BQCA 1GB2A 2YVBA 2W1YA 1C10A 1D6QA 2WARA 3EO5A 5KXNA 5HQ1A 1HFZA 4J1BA 5F81A 3AGGG 2HEEA 5T3FA 4Z41A 1RJCB 3HFMY 4XENA 4WLYA 5FDJA 1XGRC 1IP2A 4NFVA 1G7IC 2BQHA 3N9AA 3TMXA 5A3ZA 5DM9A 4BAPA 3WH1A 4ET8A 1OUHA 2D91A 3ATOA 4NY5A 3TXHA 1LHKA 2BQEA 1OP9B 1IR9A 3WL2A 5KKJA 1UIBA 2CWIA 3TXIA 2GV0A 1BB5A 1W08A 4B49A 1I20A 1KIPC 3P68A 5I4WA 1LSDA 5APCA 1JISA 4NHPA 1G7MC 1GE2A 1DZBX 4FJRA 1OUDA 1GFTA 133LA 1LJFA 1UIAA 3LYZA 4H94A 4HPEA 8LYZA 5E4PA 3CSQA 2MECA 1B5VA 5HLLA 132LA 1LSPA 5B06A 1IP7A 1JEFA 1WQPA 1XEIA 1QSAA 4NWEA 2HECA 1NDMC 1GF5A 5KXLA 5A3EA 1IEEA 3G3BB 2LYMA 1RCMA 2BQGA 2AUBA 1ZVHL 5I5QA 5C6LA 3BKVA 3RNXA 1JPOA 1INUA 1LSZA 4TTDA 2ZWBA 3FE0A 2C8PA 2F4GA 5KXPA 1UACY 1HF4A 4YEMA 1FN5A 1HERA 1EQEA 4N1CC 1VEDA 4PHIA 1XGTC 3OJPA 4U3XB 5FCPA 3AW6A 4HTNA 1GBYA 2DKVA 3A94A 1D6PA 1YAQA 1IWXA 2HEFA 4N9RA 1GXV2 3WW5A 3LZ2A 4LT2A 1YL0X 3IWRA 4ZEEA 5E9RA 5LA8A 1UC0A 1G7LC 5DLAA 1GBSA 4CFOA 1XFPL 1WVUA 4LYBA 4WO9A 1BB6A 1HEMA 2FYCA 1A4VA 1GBXA 1GE3A 5KXKA 1GB8A 3ATNA 1XGUC 3W6CA 4OWCA 1EQ5A 1DI4A 4G4BA 5KJ9A 3RU5A 3LYMA 4R6CA 3AGHA 1GB3A 1LJ4A 3WPJA 4GCEA 1GFAA 4G9SA 4LYOA 4EOFA 1GFGA 3A91A 1OUJA 1LPIA 3LN2A 1IIZA 5LXWA 2YBHA 1TCYA 2H5ZA 2YBLA 1GFKA 4WOAA 1CNSA 4WM3A 1LZ6A 1VATA 1C43A 4NWHA 1KXYA 4B0DA 1TEWA 1OQMA 1VDPA 5LYTA 1LYYA 4PPOA 4Z3MA 5F9UA 1HSXA 3TXJA 4TUNA 4RW2A 4G4CA 4XYYA 3AZ4A 1OUIA 5KKIA 3P4ZA 3A96A 3A67Y 1B7QA 1LZEA 1B5ZA 4GCCA 5KXTA 1YILA 1YAMA 207LA 2D6BA 5APEA 4N0JA 1QTKA 5LVKA 3WU8A 1JKDA 4LYMA 135LA 1UIEA 2ZYPA 3WUMA 1C45A 2LYZA 4PGJB 3K3TA 4BAFA 3QNGA 1YROA 208LA 4DD2A 4DT3A 1GF9A 2EIZC 1WQQA 4BADA 4ZIXA 4XJBA 2LZTA 1JIYA 4ETAA 3D9AC 1QSWA 3AYQA 4DD9A 1JJ0A 4WG7A 3W6BA 4NGYA 1ZVYB 4NGVA 1HNLA 3WW6A 1JKCA 1IOQA 3WYHA 5LVIA 1YKZX 1GB9A 1IORA 1SLYA 4WG1A 4IJ4A 3KAMA 1HENA 1GHLA 5APFA 1V7SA 4XADA 5LVHA 4GLAA 3CQLA 4HTQA 1EQ4A 1GD6A 4M4OA 3QE8A 4KT3A 3N9EA 4TX7A 3M18B 4LYZA 1PS5A 3B0IA 5LIOA 4RDSA 3AW7A 1DI3A 4NEBA 4HTKA 3WU7A 1JTTL 1XGPC 2BQOA 1REYA 4H8XA 4H9HA 3AZ6A 5DL9A 2D4KA 4MR1A 2XTHA 5FSTA 3ZEKA 2VB1A 5I4YA 6LYZA 2BQFA 2DQGY 1WQRA 4TWSA 1IWUA 1T3PA 4LYTA 3W3EA 4DD3A 5K7OA 134LA 4ML7A 3SP3A 4HJVA 1F0WA 5IELA 2A7FA 4BS7A 4XJIA 4N5RA 1NBYC 1IWVA 3BKHA 4WM4A 4II8A 5KXRA 1C7PA 1LJNA 4H93A 1IP4A 1JITA 1B5WA 1N4FA 1OUEA 2Z12A 1LJEA 3CB7A 2Z39A 5L9JA 3HBEX 1YIKA 1GF6A 1GXXA 1VFBC 1CJ6A 1C46A 3ZVQA 1LHMA 1LSBA 4HP0A 1LZBA 3A95A 3M3UA 1LHIA 2BLXA 5KXSA 5HMVA 5LYMA 2BQJA 2YBJA 2HUBA 4Z98A 4L41A 2FYDA 4NGLA 4H9FA 1GFJA 1OUAA 1GEZA 4XN6A 5KXYA 5L3HA 4KXIA 1B7MA 1HFXA 1GBZA 1LJ3A 1B5XA 5KXMA 4WL6A 1IO5A 1YKYX 3LHMA 4OW1A 1JSFA 1IY3A 1LAAA 3AGIA 3T6UA 1LJGA 4LYCA 4WM1A 1AM7A 5F16A 1GFUA 1LHLA 4ZFPA 1IWZA 4AGAA 2Z18A 5AMYA 4D9ZA 3TXBA 1J1OY 1NWGA 1JJ3A 4PRQA 2DQEY 4GN5C 3A34A 3P66A 4RLMA 5ILFA 3B6LA 2DQFC 2H9KA 4W94A 3P64A 1G7JC 4WLDA 2DQAA 4IATA 2I26L 4EMNA 1B7OA 1GE1A 1JTPL 193LA 1WQNA 2FBBA 4XJGA 3EBAB 1UUZC 4R0FA 1QUTA 5LVGA 4A7DA 1LMQA 1GBWA 2G4PA 2W1MA 1VAUA 1LMOA 4NGZA 4Z46A 5II3A 1LTMA 1IC7Y 2W1XA 5HNLA 4YF2A 1GF0A 1LZGA 1CKGA 1O23A 4HV1A 4NSHA 1JKAA 2MEAA 194LA 1AKIA 1KIQC 1B7RA 2DBTA 4GN4A 4ETDA 4P2EA 4H9IA 5JENB 2D4JA 1LMTA 1LJJA 5FEKA 1GF3A 1IP6A 5APDA 2G4QA 4GCBA 4N8ZA 1KXWA 1B7SA 4NIJA 1AT6A 3CT1A 4NSGA 1FLQA 2F4AA 2LHMA 2YBNA 1LZTA 4J7VA 1JTOL 4I0CA 1GB5A 4WM6A 1FDLY 3W6FA 4ETCA 2YSSC 1LZ5A 3TXEA 1HFYA 1IC5Y 3B0OA 4KL7A 2HEDA 4J0LA 1RE2A 1LOZA 4ETBA 5D5FA 2D4IA 3A6CY 4GN3A 1CKDA 1BB7A 3J4GA 5B59A 1MELL 1JHLA 2BAAA 3TXGA 3AJNA 5EBHA 1J1XY 1DQJC 1YAPA 4QGZA 3GXRA 2W1LA 1HEWA 5FELA 1JKBA 4DD0A 4YM8A 5LAFA 2BQBA 1IWYA 2HEBA 1LJIA 3EXDA 1D0LA 3T36A 4X3BA 3AB6A 5LVJA 2BQDA 4NG1A 2ZQ3A 1BGIA 3HBDA 1HEPA 4QDNA 1OUBA 3WMKA 1DKKA 2F2NA 2MEFA 1LZ9A 2BQAA 3MGWA 4H91A 1LJKA 2B5ZA 4LZTA 4XJFA 1LSEA 5IDDA 2BQLA 2HU1A 1FKVA 1LZCA 1UBZA 1UIFA 3QY4A 2LYOA 1LKRA 1QIOA 1TAYA 1LZDA 5DN4A 2MEBA 1OUCA 4LFXA 4C5FA 154LA 4XJHA 1MLCE 1Z55A 5LAGA 4GCFA 1LZNA 1OUFA 2YBMA 3A8ZA 2F30A 2Z38A 1NMMA 4HSFA 4E3UA 4NGJA 1GE0A 3D3DA 4NHSA 2NWDX 5M1YA 3GXKA 4OWAA 4XJDA 4UWUA 1GAYA 2H9JA 1IOSA 1B7NA 1UCOA 4IASA 4FDYA 3TMWA 2EPEA 4NGWA 1XEKA 4H9EA 1BWHA 1QQYA 2MEDA 2Z37A 2LZ2A 2ZNWY 1IR7A 2ZIJA 1FKQA 4NSJA 1F10A 1BQLY 3EMSA 3ULRA 4LFPA 2X0AA 3FI7A 4DDBA 2DQHY 3IJVA 4TSCA 1ZMYL 4I8SA 3RW8A 1JWRA 2A7DA 5I4XA 1I1ZA 2ZIKA 1SQ2L 3OK0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DKJ A;  1QDT A;  1GFH A;  3A93 A;  5I53 A;  4ETE A;  3A3R X;  2CDS A;  4J1A A;  5B05 A;  5KXW A;  1GBO A;  1NF5 A;  1I56 A;  1UA6 Y;  2PC2 A;  1UIG A;  2Y8P A;  3AZ7 A;  4CFP A;  5FHW A;  5HNC A;  1CKC A;  1GFE A;  1CJ8 A;  1IP5 A;  1YAN A;  1REZ A;  1EL1 A;  1LSF A;  1XSF A;  1C08 C;  2MEI A;  4LT3 A;  1IP1 A;  1B5U A;  2ZQ4 A;  3N9C A;  4WM5 A;  1GB6 A;  3IJU A;  1PZY A;  3P65 A;  3WPL A;  4CJ2 A;  1IVM A;  4WMG A;  1VDT A;  4NSI A;  4LT1 A;  1V7T A;  5KXX A;  4DC4 A;  1JSE A;  1LZ4 A;  1W6Z A;  3W6D A;  5LIN A;  1LMN A;  3CT0 A;  1CJ7 A;  1GEV A;  2BQN A;  1LYZ A;  1ALC A;  1A2Y C;  1FLU A;  1FLY A;  1H6M A;  2XJW A;  4G4H A;  7LYZ A;  1D0K A;  4PRU A;  153L A;  1VDQ A;  1WQO A;  3A3Q A;  1HHL A;  5B07 A;  1IX0 A;  4DD7 A;  1GB7 A;  4LT0 A;  4UWV A;  4YEN A;  3ZVQ B;  5ILC A;  4C3W A;  5DN5 A;  2IFF Y;  1BVX A;  1GPQ C;  4G49 A;  3WVX A;  1HEL A;  1YAO A;  1NKH A;  1NQI A;  1YQV Y;  1GF7 A;  4HJY A;  4WLT A;  4NGI A;  3WPK A;  1P2C C;  2C8O A;  4UWN A;  1LSN A;  2MEE A;  1GDX A;  2MEG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3N9EA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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