3P64A

Time-dependent and protein-directed in situ growth of gold nanoparticles in a single crystal of lysozyme
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Time-dependent, protein-directed growth of gold nanoparticles within a single crystal of lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3p64A00
5IELA 1ZMYL 3TMVA 5LVIA 4QGZA 1YAPA 1IR7A 3ULRA 1IR9A 2BQKA 4ET8A 5LAGA 1GE4A 3LZTA 2I26L 5LYTA 1JJ3A 1HNLA 1QIOA 4J1BA 1I1ZA 3CSRA 4N1CC 4RLNA 1LMNA 1CKFA 1RJCB 1GHLA 1VFBC 2BQGA 4N5RA 1FLYA 4YEOA 4N9RA 1UIFA 1D0MA 1NMMA 1DZBX 1EQEA 1FLUA 1LJHA 4R0FA 3WUNA 4ETAA 3AW7A 2CWIA 5FSTA 4C3WA 1LZBA 1UIDA 1EQ5A 1AT6A 3AGGG 1LKSA 1IO5A 3F6ZA 5KXYA 5LYZA 1IP6A 2HTXA 5E4PA 4B4EA 4WLDA 4WM3A 1B7QA 4ETDA 2F4AA 2BQFA 3AB6A 1HEWA 4RW2A 1QUSA 1IC4Y 1D0KA 1HFYA 2HU1A 1YAOA 1VDTA 1GFEA 3QNGA 1OP9B 1JWRA 3SP3A 4DDAA 4LYCA 5LA8A 1F6RA 4NGVA 4N1EI 1LZ8A 1REZA 5B59A 3TXIA 5B1FA 1XEKA 1GB8A 5B05A 1G7LC 1HFXA 4HV2A 4W94A 4WM6A 3TMWA 4DWXA 4XJBA 4PRQA 5APDA 1WQPA 1NHEA 1LZEA 2YDGA 4PPOA 3LZ2A 3EMSA 1CKDA 3A6BY 4OWAA 2G4NA 3WUAA 1LMCA 1LHHA 2BQEA 5I54A 1LSNA 1JEFA 2EQLA 1UIBA 4ETEA 3RW8A 4HJYA 3W6CA 1C7PA 4GCFA 1JHLA 1IC7Y 1V7TA 3J6KA 3M18B 4XJFA 1WQNA 4AXTA 5KXKA 2A7DA 4CFPA 1IY3A 1NBYC 1ZVYB 1BB7A 1FKQA 4PJ2C 4LT0A 1YANA 2HUBA 5I4YA 4TWSA 3A90A 1IP3A 1OUFA 2N5ZA 1QDTA 4OOTA 1N4FA 1BQLY 1D6PA 1OUJA 194LA 3W6BA 1LZAA 4UWVA 1PS5A 5KXMA 1LSGA 2MEAA 3HBEX 3OK0A 4GLAA 3RU5A 4BADA 1I56A 1XFPL 1YILA 2Z2FA 5FDJA 1LZNA 2EIZC 1GBWA 1G7IC 3CSQA 4EOFA 1GBZA 5KXSA 2Z18A 1NQIA 1LCNA 1LJ3A 4FJRA 1A4VA 1YKZX 1NDGC 4RW1A 1CJ9A 2DQEY 1LSZA 1WQMA 1AT5A 2BPUA 2LYZA 3B0KA 4G4BA 1TEWA 1NDMC 3BKVA 2ZYCA 4ET9A 2HEAA 4NSIA 1IP7A 1IOQA 1F0WA 4TUNA 1QDRA 2BQOA 1NKHA 2PC2A 1BWHA 4J1AA 4CJ2A 5LVJA 1O23A 2XBRA 1GFKA 1GF5A 4QY9A 1IWZA 5IHGA 1KIPC 1YROA 3AW6A 5K7OA 2BLYA 1OUHA 2I25L 2IHLA 5B1GA 4QEQA 1JKAA 1LSBA 3WH1A 5I4WA 4HPEA 1G7MC 1WQRA 4J7VA 4H90A 4OW1A 3GXRA 1GEZA 5APEA 1B5WA 1HF4A 3HBHA 4LFXA 2LZ2A 1LZ4A 1WTMA 1JUGA 5EBHA 4WM5A 4TSBA 1LSCA 4NHTA 2LZTA 1GBSA 4WO9A 132LA 1F10A 4H9HA 4XN6A 3A91A 3RNXA 2EPEA 4PRUA 5DN4A 1LZ5A 3W6AA 1J1XY 4FDYA 1ALCA 4KPMA 4ZEEA 1GWDA 2F2NA 4AGAA 4NGOA 3A93A 3T36A 1GXXA 3VWOA 4TSCA 1UCOA 4U3XB 1BVXA 5KXPA 1LSYA 2W1YA 4NGZA 4OWEA 1RE2A 5B06A 1YL0X 1UIEA 4YEMA 4YM8A 4HSFA 1WTNA 2HECA 3A34A 4GN4A 1REMA 4M6DA 1IVMA 3QY4A 4B0DA 1HSWA 2B5ZA 3A67Y 4CGEA 3WULA 1BB6A 2MEHA 1LSMA 1W08A 2DQAA 5HLLA 5KXOA 4I0CA 1QSWA 1GDXA 1HHLA 4NGYA 1GBOA 2BQDA 4GCCA 3AZ6A 3QE8A 5L3HA 4N8ZA 3EXDA 2FBBA 1IR8A 5APFA 2A7FA 2DQGY 1B7SA 1JKBA 1OUDA 2CDSA 2Z38A 1LHJA 5LINA 4H9FA 4DDBA 1GBXA 1OQMA 2LYMA 4RLMA 4G49A 3ZVQB 3K3TA 4IJ4A 1B5YA 1BB3A 2ZNWY 3WL2A 1E8LA 1LYOA 3HBDA 1VEDA 1LSAA 3TXKA 2ZQ4A 5F9XA 5LVGA 4GN3A 1JTPL 1CKGA 1B2KA 3AGIA 2MEEA 4H93A 1LHKA 1GBYA 208LA 2BQCA 4II8A 4NHPA 5F9UA 1IOCA 3M3UA 1OUIA 4DC4A 5L3IA 2DQJY 2ZILA 1GB9A 4NSJA 1LZDA 4P2EA 3TXBA 7LYZA 4H9BA 1H6MA 2F4GA 1GFJA 1IWVA 2MECA 5II3A 1OUEA 3LYMA 3ATOA 1KIRC 3ZVQA 5E9RA 1LHLA 2YBIA 2YBLA 4GCBA 1CKHA 2DBTA 1HEPA 5KXWA 133LA 1GD6A 5KXLA 4G9SA 4R6CA 1KXXA 3WUMA 1JIYA 1BHZA 4YOPA 1Z55A 3TXFA 1LZRA 2RSCA 4XADA 4NFVA 1LYSA 3CT0A 3WVYA 1GF9A 3AYQA 3LYOA 3CT5A 3P68A 1REXA 2BQBA 5D5CA 2DQDY 2Z39A 4ANRA 4LYBA 4LYZA 4WM1A 3A96A 5HNLA 1DKKA 2I6ZA 4DDCA 3WVXA 1SQ2L 3TMUA 1IWYA 1G7HC 1YKXX 4DD0A 4XJIA 1DI3A 3A3QA 1QSAA 2ZQ3A 3A8ZA 4NWEA 4ETBA 5HQ1A 3A92A 1INUA 4LYMA 1GFTA 2C8OA 1C46A 5F16A 3P66A 1DI5A 3WPKA 2DKVA 3E3DA 4QDNA 4UWNA 4Z98A 1GE0A 1DPXA 4KT3A 1C43A 1OUBA 2HU3A 2LHMA 4GLVA 4DD1A 4ZFPA 2W1XA 1B0DA 4YF2A 1LJKA 4WG7A 5D5FA 1GB2A 3HFMY 3WU9A 2MEFA 1B7MA 4DYGA 4L41A 1XGQC 4N0JA 3TXGA 2MEIA 1FN5A 1J1PY 4J0LA 3RZ4A 2HEBA 1OUAA 4WG1A 3A95A 1JKDA 1QTEA 3B0IA 5IDDA 1GE3A 3IJUA 4CHXA 4LGKA 3W6DA 1RI8B 1GB5A 2YVBA 4IATA 1HC0A 1JJ0A 135LA 2BQIA 2Z12A 2BAAA 1AM7A 1JPOA 1B7NA 1CJ6A 2ZIJA 4LYTA 4NGJA 4CFOA 5ILFA 134LA 1JKCA 2H9JA 4WLXA 4NHQA 3W6EA 4NGLA 4DD9A 1I20A 1VATA 3G3AB 1YAQA 1IWWA 1UBZA 1LJFA 3AGHA 3J4GA 1UIHA 3W3EA 5L9JA 1UC0A 4OWBA 4B4IA 3WYHA 1FBIX 4NHIA 3AZ7A 1HEOA 4C5FA 2ZYPA 2F30A 4H9AA 4X3BA 4LT1A 4IASA 3ZEKA 1IP2A 1DPWA 3FE0A 4G4HA 1IOTA 1LYZA 1GFGA 1LHMA 1J1OY 1LMTA 1LMQA 1VDSA 2G4QA 2MEDA 1QUTA 2HEEA 2HEDA 5F81A 1EL1A 193LA 2DQIY 4I8SA 1DQJC 1LSPA 4HTQA 207LA 1LOZA 4GCEA 2CJLA 1HENA 4NHSA 1IC5Y 1GAYA 1OUGA 4HV1A 4B1AA 1LJIA 2MEBA 1GE1A 4LZTA 1VAUA 1LJNA 2AUBA 2MEGA 4H8ZA 1GFUA 4H8XA 5LIOA 4EMNA 3D9AC 4HP0A 4WLYA 4G4CA 1LZ9A 3WMKA 4Z46A 5AMYA 1T3PA 1XGPC 3CT1A 5LXWA 5LVKA 4W96A 1YAMA 3AJNA 1LTMA 1WQQA 2W1LA 3RT5X 5KXXA 1P2CC 4BS7A 1QQYA 3LYZA 4WMGA 5C6LA 1B7PA 2DQHY 1UIGA 3WXUA 2D4IA 1GAZA 1EQ4A 1IP4A 3ATNA 5C6IA 4XJDA 1HSXA 4ZIXA 1GPQC 9LYZA 1GFHA 4O34A 4ML7A 4ETCA 2HEFA 2VB1A 4XJHA 4HTKA 4WLTA 4PGJB 1FLWA 1WVVA 4BAPA 5F14A 4TTDA 4WL7A 1UUZC 1FKVA 5FHWA 1B7LA 1TBYA 1GB3A 4NGWA 6LYZA 1NBZC 1HMLA 1RFPA 1H87A 4DD2A 154LA 5FELA 1GB6A 2WARA 5KKIA 1G7JC 5DN5A 4H9CA 5LYMA 3P4ZA 1KXYA 1GF0A 3TXDA 1IORA 2BQJA 2DQCY 4NGKA 1PZYA 5I53A 1QTKA 2BQMA 3B72A 1JSFA 4KL7A 1LMAA 3FI7A 1IWUA 2GV0A 4BAFA 3W6FA 4NWHA 1GF4A 2BQHA 2DQFC 1C45A 4LT2A 2ZNXY 5LA5A 5LVHA 2XTHA 4H92A 3A94A 1AKIA 4OWCA 1DI4A 1NF5A 2XJWA 2BQNA 4HJZA 1WQOA 2G4PA 3LN2A 5HNCA 5I4XA 1MELL 1KXWA 3P65A 5LAFA 1B5VA 1IWXA 2YBJA 1XSFA 2LYOA 2Z2EA 153LA 4Z3MA 5M1YA 1IIZA 1IOSA 3CQLA 3WW5A 1GDWA 2H9KA 4H8YA 5DL9A 1LZTA 1BGIA 1GB7A 1D9UA 1LZGA 1B7OA 3AZ5A 4NG8A 4MSTA 1GEVA 2BQAA 2CGIA 4UWUA 1YIKA 1GB0A 3P64A 3B0OA 5HMJA 4NIJA 1JJ1A 1HERA 1YKYX 3D3DA 2D6BA 3TXHA 1IWTA 1HFZA 5KKJA 1W6ZA 5DM9A 5DLAA 4TX7A 1XGUC 1CJ8A 5KXRA 4WO6A 4NSHA 1WVUA 2YSSC 3N9EA 1LKRA 4H1PA 4MR1A 4HPIA 3A3RX 2X0AA 5KY1A 1JISA 2FYCA 5J7CA 3CB7A 4B49A 4PHIA 1DKJA 4YENA 4DD3A 1LZCA 2IFFY 2Z37A 2ZWBA 2YBHA 4KXIA 1FDLY 4DT3A 1F6SA 1CKCA 1IP5A 3TXJA 1IEEA 3EO5A 5ILCA 1CJ7A 1YL1X 4OWHA 4XENA 3MGWA 4LFPA 4XJGA 1LAAA 2D91A 3IWRA 2FYDA 1HEQA 1BB5A 3N9CA 2NWDX 3N9AA 4WM4A 5C6JA 4H9EA 2W1MA 1C10A 2YBNA 1GF3A 3AZ4A 1TCYA 2ZIKA 4GCDA 4WL6A 1HEMA 3OJPA 1LSDA 4H91A 4HJVA 1IX0A 5I5QA 1XEIA 1SLYA 1GF8A 1REYA 3LHMA 3WPLA 3IJVA 4H94A 4NG1A 1ZV5L 3GXKA 1LSEA 3G3BB 1MLCE 1ZVHL 1GFAA 1DXJA 1LZSA 2Q0MX 1C08C 1D0LA 1D6QA 4LT3A 5FEKA 1LMOA 4NEBA 3TMXA 5B07A 1TAYA 1TDYA 3TXEA 1LMPA 6LYTA 1CNSA 5FCPA 1HELA 1JTTL 1HMKA 1IP1A 1V7SA 4OOOA 1BB4A 1B9OA 1JITA 1GFVA 5KXZA 1LZ6A 1LJ4A 2D4JA 1VDQA 4WOAA 1LZYA 4NY5A 1UIAA 2EKSC 1NWGA 4MCKA 2FBDA 3A6CY 1RCMA 4GN5C 1KIQC 5APCA 1BVKC 2C8PA 3WU7A 4DD7A 1GXV2 1LSFA 2BLXA 5KXNA 4D9ZA 5HMVA 1YQVY 1JTOL 4A7DA 3T6UA 1GFRA 1BWJA 3EBAB 3BKHA 3WU8A 4NGIA 1B5ZA 1GE2A 2H5ZA 2Y8PA 5T3FA 1UACY 1LHIA 1B7RA 1LYYA 4Z41A 1BWIA 5A3ZA 1GF7A 1AZFA 1LJEA 2YBMA 2XBSA 3LYTA 4RDSA 3WXTA 4E3UA 4M4OA 1B5UA 1UA6Y 5JENB 3KAMA 1A2YC 1LPIA 1GF6A 2BQLA 1B5XA 1XGTC 4HTNA 1FLQA 1JSEA 5A3EA 1IY4A 1OUCA 8LYZA 1LZ1A 4NSGA 3CSZA 5KXTA 1XGRC 4H9IA 3WW6A 4B4JA 1LJJA 1XEJA 1LJGA 4LYOA 4XYYA 1UICA 4WM2A 1VDPA 5KJ9A 2Z19A 3B6LA 1T6VL 2D4KA 3WPJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E97A 5LVIA 4QGZA 1IR7A 3HUKA 1QUGA 1IR9A 4ET8A 2LZMA 4J1BA 1L26A 4N1CC 261LA 1FLYA 4YEOA 3DN1A 1DZBX 1EQEA 4C3WA 2O79A 4EPIA 1EQ5A 1AT6A 3GUOA 1L76A 1IO5A 5KXYA 2HTXA 2F4AA 2B6WA 4RW2A 1QUSA 1IC4Y 1LW9A 1D0KA 181LA 2HU1A 1VDTA 1KY0A 1JWRA 3SP3A 4NGVA 3HTFA 1LZ8A 4ARMB 4DQ5A 1GB8A 4W94A 1QSQA 2QARC 1C65A 4XJBA 5APDA 1NHEA 1L40A 4PPOA 212LA 2BQEA 4ARQA 2EQLA 4ARMA 102LA 3W6CA 1G07A 1QS9A 1L17A 1L71A 1NBYC 4PJ2C 1OUFA 4GBRB 1BQLY 1N4FA 4UWVA 1LSGA 2MEAA 3OK0A 4BADA 1XFPL 2EIZC 1GBZA 253LA 2DQEY 2BPUA 3B0KA 1TEWA 3LZMA 4NSIA 1F0WA 2BQOA 1JQUA 4LDOA 3C81A 1IWZA 5IHGA 1YROA 5K7OA 2BLYA 1G0QA 1L63A 3DKEX 1LSBA 4J7VA 1WQRA 4EKPA 4OW1A 1QUOA 3GXRA 1L83A 4LFXA 1L82A 5EBHA 1L53A 4WO9A 4XN6A 1GBSA 132LA 4H9HA 4LZMA 1LZ5A 2F2NA 226LA 3SB6A 3SB7A 4I7NA 1UCOA 1BVXA 3C80A 5B06A 4YM8A 4HSFA 1CV0A 4M6DA 2RBRA 3WULA 1D2WA 3DN3A 1BB6A 2B6ZA 1W08A 2OTZX 4GCCA 201LA 3EXDA 2Z38A 2CDSA 1LHJA 1GBXA 2LYMA 4G49A 3ZVQB 3K3TA 4IJ4A 4K5YA 1B5YA 1LLHA 1BB3A 2ZNWY 3WL2A 1LYOA 3HBDA 3TXKA 2ZQ4A 1C6KA 1L98A 4H93A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IEL A;  1ZMY L;  3TMV A;  5LVI A;  4QGZ A;  1YAP A;  1IR7 A;  3ULR A;  1IR9 A;  2BQK A;  4ET8 A;  5LAG A;  1GE4 A;  3LZT A;  2I26 L;  5LYT A;  1JJ3 A;  1HNL A;  1QIO A;  4J1B A;  1I1Z A;  3CSR A;  4N1C C;  4RLN A;  1LMN A;  1CKF A;  1RJC B;  1GHL A;  1VFB C;  2BQG A;  4N5R A;  1FLY A;  4YEO A;  4N9R A;  1UIF A;  1D0M A;  1NMM A;  1DZB X;  1EQE A;  1FLU A;  1LJH A;  4R0F A;  3WUN A;  4ETA A;  3AW7 A;  2CWI A;  5FST A;  4C3W A;  1LZB A;  1UID A;  1EQ5 A;  1AT6 A;  3AGG G;  1LKS A;  1IO5 A;  3F6Z A;  5KXY A;  5LYZ A;  1IP6 A;  2HTX A;  5E4P A;  4B4E A;  4WLD A;  4WM3 A;  1B7Q A;  4ETD A;  2F4A A;  2BQF A;  3AB6 A;  1HEW A;  4RW2 A;  1QUS A;  1IC4 Y;  1D0K A;  1HFY A;  2HU1 A;  1YAO A;  1VDT A;  1GFE A;  3QNG A;  1OP9 B;  1JWR A;  3SP3 A;  4DDA A;  4LYC A;  5LA8 A;  1F6R A;  4NGV A;  4N1E I;  1LZ8 A;  1REZ A;  5B59 A;  3TXI A;  5B1F A;  1XEK A;  1GB8 A;  5B05 A;  1G7L C;  1HFX A;  4HV2 A;  4W94 A;  4WM6 A;  3TMW A;  4DWX A;  4XJB A;  4PRQ A;  5APD A;  1WQP A;  1NHE A;  1LZE A;  2YDG A;  4PPO A; 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 4H91 A;  4HJV A;  1IX0 A;  5I5Q A;  1XEI A;  1SLY A;  1GF8 A;  1REY A;  3LHM A;  3WPL A;  3IJV A;  4H94 A;  4NG1 A;  1ZV5 L;  3GXK A;  1LSE A;  3G3B B;  1MLC E;  1ZVH L;  1GFA A;  1DXJ A;  1LZS A;  2Q0M X;  1C08 C;  1D0L A;  1D6Q A;  4LT3 A;  5FEK A;  1LMO A;  4NEB A;  3TMX A;  5B07 A;  1TAY A;  1TDY A;  3TXE A;  1LMP A;  6LYT A;  1CNS A;  5FCP A;  1HEL A;  1JTT L;  1HMK A;  1IP1 A;  1V7S A;  4OOO A;  1BB4 A;  1B9O A;  1JIT A;  1GFV A;  5KXZ A;  1LZ6 A;  1LJ4 A;  2D4J A;  1VDQ A;  4WOA A;  1LZY A;  4NY5 A;  1UIA A;  2EKS C;  1NWG A;  4MCK A;  2FBD A;  3A6C Y;  1RCM A;  4GN5 C;  1KIQ C;  5APC A;  1BVK C;  2C8P A;  3WU7 A;  4DD7 A;  1GXV 2;  1LSF A;  2BLX A;  5KXN A;  4D9Z A;  5HMV A;  1YQV Y;  1JTO L;  4A7D A;  3T6U A;  1GFR A;  1BWJ A;  3EBA B;  3BKH A;  3WU8 A;  4NGI A;  1B5Z A;  1GE2 A;  2H5Z A;  2Y8P A;  5T3F A;  1UAC Y;  1LHI A;  1B7R A;  1LYY A;  4Z41 A;  1BWI A;  5A3Z A;  1GF7 A;  1AZF A;  1LJE A;  2YBM A;  2XBS A;  3LYT A;  4RDS A;  3WXT A;  4E3U A;  4M4O A;  1B5U A;  1UA6 Y;  5JEN B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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