3P68A

Time-dependent and protein-directed in situ growth of gold nanoparticles in a single crystal of lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Time-dependent, protein-directed growth of gold nanoparticles within a single crystal of lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2010-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3p68A00
2H9KA 4DDBA 1JIYA 2LZ2A 3A3RX 5LXWA 1C46A 4B4EA 3N9CA 1HSXA 4H8ZA 4NG1A 4M6DA 2BQIA 5KXSA 3WULA 1FKVA 4LFPA 2MEBA 3AZ7A 4XJDA 1CNSA 1UACY 207LA 1GF3A 1LSZA 1REMA 1GB8A 2ZQ4A 1LZDA 1B7LA 1GBOA 4G4BA 2DQGY 4HV1A 3A8ZA 1GB2A 4GN4A 2XJWA 1C7PA 4N1EI 9LYZA 1GFKA 1VAUA 4B1AA 1LJ4A 4WM5A 1PS5A 4Z98A 1AKIA 3MGWA 1LMNA 3WUAA 1NMMA 2Z2FA 4H9AA 4OOOA 3M18B 1IIZA 1XSFA 1G7LC 1IC4Y 1XGTC 153LA 4B4JA 1GB0A 1DKKA 4H8YA 3RU5A 5LVHA 4H93A 3TXFA 1LSGA 3T36A 5F16A 5KKJA 1LAAA 5J7CA 1FLWA 2W1MA 3OJPA 4HV2A 5KXPA 3WUNA 1DI5A 1B5ZA 1XEKA 134LA 4DT3A 1YKXX 1F10A 1ZVHL 2HEEA 1VDTA 1UIGA 1WQRA 1DZBX 1J1OY 2BQJA 1C45A 2BQEA 4G49A 5DLAA 3N9AA 1IP7A 2BQNA 5DN5A 4NGJA 2C8PA 4PHIA 1A4VA 1JKAA 2ZILA 5EBHA 4ET9A 2CJLA 1BWHA 1DI3A 4YOPA 3W6AA 1LZ9A 1IY4A 5ILFA 1TAYA 1GE2A 3A92A 4XYYA 1GF9A 1UICA 4CFPA 5LVGA 1XFPL 1YQVY 4G9SA 5KXKA 2EPEA 4H8XA 4UWVA 1XGRC 1LJJA 1FLUA 1YKZX 1ZVYB 5E9RA 1LSNA 5LAFA 2VB1A 1D9UA 1LJHA 1GE3A 3B72A 1JKBA 1P2CC 1TEWA 2I26L 1GD6A 4DD1A 5KKIA 4TWSA 5HLLA 3ULRA 1GE0A 5LA8A 1J1PY 4XJGA 4NY5A 4ETAA 4WM2A 1B7SA 2W1YA 4GCFA 3P65A 1VATA 1OQMA 3WH1A 2D4IA 1CJ7A 1LZRA 4LT0A 1YKYX 1D6PA 1B5UA 1C10A 3WU7A 1B7PA 1EQ4A 1F6RA 3EMSA 1UIDA 1HEMA 1BHZA 1AM7A 4RLMA 4OWAA 2XTHA 2RSCA 2BQMA 4PJ2C 5B06A 1JITA 3WVYA 2MEFA 3WPKA 4D9ZA 2Z12A 3ATOA 4U3XB 5II3A 2XBRA 1FDLY 4WOAA 5T3FA 4NHPA 4TUNA 4XJHA 1OUAA 1LKRA 1UUZC 1C08C 1WTNA 2DQIY 3EBAB 2MEAA 3F6ZA 3IJUA 4NGZA 5HNLA 2DQFC 5FELA 1PZYA 1IX0A 3WW6A 3WL2A 4DD7A 4BAFA 1GFUA 1OUDA 5KXZA 1JPOA 4N9RA 2W1XA 5A3EA 4LT2A 1CJ8A 1REYA 1REZA 4N0JA 1LCNA 5E4PA 1BGIA 4R0FA 4TTDA 1CKDA 1LSBA 1TBYA 5I5QA 1B5YA 1IWWA 1T3PA 3WXTA 1LHMA 2HEFA 2B5ZA 1EL1A 1TDYA 3QNGA 1SLYA 5LYTA 2IFFY 1LHIA 1QSWA 2LYZA 1IR8A 4WMGA 4H1PA 3P64A 2HTXA 4BS7A 3AW6A 1V7TA 4WLTA 4HSFA 1IP2A 1F6SA 3A6CY 1IEEA 5KXYA 4A7DA 8LYZA 3IJVA 1JKDA 1GWDA 2EQLA 2Y8PA 3J4GA 2BQLA 1G7IC 1T6VL 2F2NA 4ETDA 1GFEA 4YF2A 3AYQA 1JTTL 1JWRA 3GXKA 4PGJB 1LYYA 2LYOA 3LZ2A 1GXV2 1BB6A 1YANA 3EXDA 4W96A 5LVIA 1GF6A 1JSEA 3OK0A 2ZQ3A 4H90A 1QTKA 1KXXA 4GCBA 4UWUA 2BQAA 4P2EA 1FBIX 4R6CA 1LZ4A 1WQMA 3B0OA 5IDDA 2Z37A 1NQIA 1DPWA 2DQJY 4Z3MA 1HFXA 4WLXA 1SQ2L 4LYZA 2Z38A 1YAMA 2GV0A 4WM4A 5APFA 4HJZA 2DKVA 4HP0A 1VEDA 4WLDA 3ATNA 1GFAA 3A3QA 3N9EA 1NKHA 1XEJA 4G4HA 1OUBA 2HUBA 135LA 1OUHA 1GF8A 2ZYCA 3FI7A 2BQBA 3TXEA 4EMNA 3BKHA 1YROA 1NF5A 2DQCY 4NGOA 5B05A 4HTQA 4PPOA 1LZEA 1GB5A 1LSYA 4GN3A 3D3DA 1OUCA 4XENA 3TXHA 1BVXA 4X3BA 1GAZA 1GE4A 2Z18A 1QUSA 2D4JA 5HQ1A 2YVBA 1MLCE 1WTMA 1LJIA 5APCA 2LYMA 132LA 6LYZA 4DD9A 4NHQA 4YEMA 1LPIA 4ML7A 2G4PA 4NGYA 4IJ4A 4H9FA 4W94A 2BQKA 1EQ5A 5I4XA 4DWXA 4NGVA 1UIFA 1NDMC 2Z19A 1LSEA 4ETCA 1GBXA 1HEWA 1B7RA 1I20A 4NHSA 1LZYA 3A6BY 4RDSA 1GFVA 1NBZC 2CDSA 3WUMA 3CSZA 4WG7A 1XGUC 3VWOA 4MSTA 2MEEA 1IP6A 4NHTA 2Q0MX 1B7OA 1B5XA 4H9CA 3TMXA 1BVKC 2DBTA 5LINA 2YBNA 2W1LA 1DPXA 4NGLA 4DC4A 1IWTA 4EOFA 3LYZA 1MELL 1LMAA 3CT1A 4WO9A 1E8LA 3WU9A 1HSWA 2HEBA 1DXJA 5FHWA 1YIKA 2ZIJA 1B0DA 5JENB 5KXRA 1IWVA 4Z41A 5LYMA 4XADA 2AUBA 2G4NA 1UC0A 2ZNXY 3HBEX 4B49A 4AGAA 4NSJA 2PC2A 1GF4A 2I25L 4HTKA 4WG1A 1BB5A 4BADA 5IHGA 1HMLA 1IY3A 5KXLA 2CWIA 1KXYA 4GCDA 2NWDX 4YEOA 2I6ZA 1GFHA 1KIRC 3LYOA 1IC5Y 4L41A 4GCCA 1WVVA 4WL7A 1QDTA 2ZNWY 4RW2A 5ILCA 3CSQA 1FN5A 1GHLA 1IOQA 3W6FA 1UBZA 5C6JA 1LJ3A 2FBDA 1HELA 1HERA 1ALCA 1FLQA 3HFMY 2BQFA 5I54A 2HU3A 3W6BA 5KXMA 1JISA 4NIJA 1JTOL 3B0KA 5HNCA 1D0LA 2CGIA 4O34A 1GB9A 2YBLA 3LN2A 4H9HA 4NG8A 4J1BA 5F14A 4FJRA 154LA 1A2YC 4XJBA 3AGGG 4GLVA 4B4IA 5KXNA 1LJEA 1IOTA 5B59A 4HTNA 4DDCA 1CKGA 4WLYA 3TXJA 3WU8A 4LT3A 5I4WA 4QY9A 2DQDY 1LSCA 1GAYA 1DI4A 1GFGA 4I0CA 5C6IA 1AT6A 3ZVQA 1V7SA 1QQYA 1F0WA 1LZGA 2Z2EA 3A90A 1IOCA 4XJFA 2YBJA 1GB6A 2MEIA 4I8SA 3AZ5A 4GN5C 3B6LA 1JHLA 1LZ8A 3IWRA 4DDAA 1BB4A 1OUEA 5I4YA 1IR9A 1LSDA 2ZIKA 1LSPA 1GDXA 5F9UA 4H9EA 3WMKA 4XN6A 1BWIA 2D91A 4LFXA 5LVJA 4LYTA 4GLAA 3SP3A 4QGZA 5A3ZA 3TXBA 3LHMA 1YL0X 3D9AC 1LMOA 4Z46A 1YL1X 1INUA 1YAQA 2YBHA 2YBIA 1GXXA 2FBBA 4H9BA 1KIPC 5APDA 5APEA 4E3UA 1UIAA 4HJVA 3W6DA 5KXWA 2HECA 4WM1A 4WL6A 5I53A 1TCYA 1Z55A 4KPMA 1AT5A 1LZCA 2ZYPA 1D0MA 2HU1A 3A91A 1B7NA 4KT3A 3AGIA 2MEHA 3TMWA 1UA6Y 3W6CA 2BQHA 2F4GA 5LAGA 5HMJA 5AMYA 1GFRA 2MEGA 5F9XA 5C6LA 4B0DA 1JJ1A 1CKHA 1GBZA 4LYBA 1HC0A 4NGWA 1HFZA 1IP1A 2IHLA 1IP3A 1GBSA 2DQHY 1JSFA 3A96A 1RE2A 1UCOA 2LZTA 1CKCA 4KL7A 3A94A 4HPEA 4G4CA 4NHIA 3FE0A 4RW1A 3RZ4A 3E3DA 4QDNA 3W3EA 3W6EA 3AGHA 3M3UA 2MEDA 4LYOA 1GDWA 3TMVA 1GPQC 1C43A 3LZTA 3A34A 3TXDA 1GBWA 4DD3A 3P66A 4LT1A 4TX7A 2YBMA 4NSHA 1JEFA 3BKVA 1HEPA 3CSRA 1GF0A 1BB3A 1DKJA 1HNLA 1RCMA 1HF4A 2A7FA 5FDJA 4NWEA 4C5FA 2HEAA 4YENA 1GE1A 4NGKA 3J6KA 4RLNA 2FYCA 5LYZA 1NBYC 1LSFA 5KXTA 3ZVQB 1VFBC 2H9JA 1IWUA 1LOZA 1UIHA 1B9OA 4IATA 4N8ZA 3WXUA 3TXIA 3GXRA 4NWHA 2LHMA 4WM6A 1BWJA 1LSAA 3G3BB 1GBYA 1LZBA 1JTPL 4GCEA 4N1CC 4TSCA 3ZEKA 1GB3A 2ZWBA 3CB7A 1VDSA 1WQOA 5D5FA 1H6MA 5L9JA 1I1ZA 1GF7A 1D0KA 1GFTA 1LMTA 1G7HC 1LZSA 1O23A 2F4AA 1IP4A 2A7DA 1I56A 3G3AB 5DN4A 4II8A 2N5ZA 3AW7A 1WVUA 1W08A 1CKFA 1JKCA 2WARA 2XBSA 1JUGA 1B5VA 1YAPA 3LYMA 4IASA 4OOTA 4OWCA 1QDRA 3WYHA 1RJCB 1XEIA 3WW5A 1B7QA 1LZAA 1QIOA 1UIBA 4C3WA 2YSSC 2X0AA 5DL9A 5LVKA 3AB6A 1ZMYL 4OW1A 4QEQA 3WVXA 4J0LA 1HEQA 1BQLY 1WQQA 3T6UA 1OUGA 1AZFA 5LIOA 5D5CA 1QSAA 2Z39A 4ETBA 5KXXA 4BAPA 1RI8B 4DD2A 4CJ2A 1B7MA 4XJIA 1HMKA 1LZ5A 1LZ1A 1HFYA 1HEOA 1W6ZA 4NGIA 4DYGA 1IO5A 1JJ3A 1OUJA 1WQPA 4FDYA 2BQGA 4J1AA 1RFPA 4PRUA 3RNXA 3TXKA 1ZV5L 1NDGC 4ET8A 3TXGA 1LYSA 1LJKA 4HJYA 4NFVA 1IR7A 4MCKA 1QUTA 1WQNA 5IELA 1LJNA 1LKSA 3CT5A 1G7MC 1OP9B 3TMUA 4H94A 1LZNA 5F81A 3RW8A 2G4QA 3A93A 2C8OA 1VDQA 3EO5A 2DQEY 4HPIA 4OWHA 3RT5X 1LHKA 1CJ9A 1LMCA 5FEKA 4LYCA 1GEZA 1UIEA 4OWBA 2HEDA 4H92A 5M1YA 1IWXA 4LYMA 5KJ9A 5HMVA 1GB7A 1QTEA 3P4ZA 1LYOA 5KY1A 5B1GA 3AJNA 4NSGA 5FCPA 1XGQC 1IWZA 1EQEA 4UWNA 4H91A 3A67Y 5B1FA 1IWYA 5DM9A 1IOSA 1LTMA 3AZ4A 1LHHA 3LYTA 1DQJC 1LYZA 5KXOA 2YDGA 4KXIA 4ZFPA 1B2KA 1GFJA 1NHEA 3QE8A 1LZTA 4N5RA 4NSIA 4ANRA 193LA 4ZIXA 2BQDA 4YM8A 2EKSC 1LMPA 2BQCA 4LGKA 1FKQA 5L3HA 1IORA 4CGEA 5K7OA 3WPJA 2EIZC 3HBDA 4H9IA 1LJGA 3CT0A 3K3TA 1KXWA 3KAMA 2FYDA 194LA 1D6QA 1NWGA 1N4FA 4LZTA 1CJ6A 1FLYA 1H87A 1LZ6A 2DQAA 208LA 4OWEA 5FSTA 4AXTA 4CHXA 1HHLA 1XGPC 4ZEEA 4MR1A 4DD0A 1IVMA 1LMQA 4WM3A 4J7VA 2D6BA 3B0IA 6LYTA 4ETEA 2MECA 3CQLA 2F30A 5B07A 1BB7A 1JJ0A 1VDPA 3QY4A 5L3IA 1B5WA 1IP5A 1HENA 1OUFA 2BAAA 1G7JC 1GF5A 1IC7Y 2BLXA 3AZ6A 4NEBA 1KIQC 133LA 1LHLA 2H5ZA 2BPUA 3HBHA 1GEVA 1J1XY 2BLYA 7LYZA 4M4OA 1REXA 1YILA 5LA5A 4WO6A 3A95A 4PRQA 3P68A 1YAOA 2BQOA 1OUIA 2D4KA 1LHJA 3WPLA 1LSMA 4TSBA 1LJFA 4CFOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DDBA 1JIYA 2LZ2A 5LXWA 4B4EA 4H8ZA 1CV1A 3WULA 4XJDA 1CNSA 1LLHA 1GF3A 1GB8A 4G4BA 4N1EI 1GB2A 176LA 1G0LA 1D3FA 1PS5A 4Z98A 3MGWA 3WUAA 4I7OA 1G7LC 216LA 1GB0A 5J7CA 3SBBC 5KXPA 1QS9A 1DI5A 1XEKA 1L96A 1CV5A 1C45A 2BQEA 140LA 1JKAA 1P5CA 2CJLA 1DI3A 102LA 1TAYA 1L64A 4PK0A 1GE2A 1GF9A 1UICA 5LVGA 5KXKA 4LDLA 1ZVYB 4TWSA 3ULRA 3FADA 5LA8A 1D6PA 1L07A 1B5UA 1C10A 1EQ4A 1UIDA 1ZWNA 1BHZA 3CDQA 1KW7A 4RLMA 4OWAA 2XTHA 5B06A 189LA 262LA 1DYGA 2MEFA 1L19A 2Z12A 2XBRA 4NHPA 4XJHA 1OUAA 1L42A 3EBAB 4NGZA 1GFUA 4W56A 5KXZA 225LA 4N9RA 1L52A 4LT2A 1CJ8A 1REYA 5E4PA 1BGIA 4R0FA 5I5QA 1L87A 1T3PA 2HEFA 1EL1A 1TDYA 3QNGA 1SLYA 5LYTA 1L50A 1L16A 1IR8A 1G1WA 1G07A 2HTXA 1L0KA 4HSFA 1L24A 4A7DA 3CDOA 2B6WA 1JKDA 1GWDA 3J4GA 2F2NA 1GFEA 3AYQA 1L59A 2O7AA 3LZ2A 3EXDA 1GF6A 1JSEA 3OK0A 4H90A 236LA 1NQIA 1DPWA 2DQJY 2Z37A 4WLXA 1SQ2L 5APFA 1YAMA 2O4WA 1GFAA 1QTBA 1OUBA 1OUHA 1GF8A 3TXEA 3BKHA 4GBRB 1NF5A 4EPIA 1L35A 1GB5A 1CX7A 3D3DA 1T8FA 1GE4A 1L65A 257LA 2D4JA 1MLCE 1WTMA 1LJIA 2LYMA 2XQOA 4NGVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2H9K A;  4DDB A;  1JIY A;  2LZ2 A;  3A3R X;  5LXW A;  1C46 A;  4B4E A;  3N9C A;  1HSX A;  4H8Z A;  4NG1 A;  4M6D A;  2BQI A;  5KXS A;  3WUL A;  1FKV A;  4LFP A;  2MEB A;  3AZ7 A;  4XJD A;  1CNS A;  1UAC Y;  207L A;  1GF3 A;  1LSZ A;  1REM A;  1GB8 A;  2ZQ4 A;  1LZD A;  1B7L A;  1GBO A;  4G4B A;  2DQG Y;  4HV1 A;  3A8Z A;  1GB2 A;  4GN4 A;  2XJW A;  1C7P A;  4N1E I;  9LYZ A;  1GFK A;  1VAU A;  4B1A A;  1LJ4 A;  4WM5 A;  1PS5 A;  4Z98 A;  1AKI A;  3MGW A;  1LMN A;  3WUA A;  1NMM A;  2Z2F A;  4H9A A;  4OOO A;  3M18 B;  1IIZ A;  1XSF A;  1G7L C;  1IC4 Y;  1XGT C;  153L A;  4B4J A;  1GB0 A;  1DKK A;  4H8Y A;  3RU5 A;  5LVH A;  4H93 A;  3TXF A;  1LSG A;  3T36 A;  5F16 A;  5KKJ A;  1LAA A;  5J7C A;  1FLW A;  2W1M A;  3OJP A;  4HV2 A;  5KXP A;  3WUN A;  1DI5 A;  1B5Z A;  1XEK A;  134L A;  4DT3 A;  1YKX X;  1F10 A;  1ZVH L;  2HEE A;  1VDT A;  1UIG A;  1WQR A;  1DZB X;  1J1O Y;  2BQJ A;  1C45 A;  2BQE A;  4G49 A;  5DLA A;  3N9A A;  1IP7 A;  2BQN A;  5DN5 A;  4NGJ A;  2C8P A;  4PHI A;  1A4V A;  1JKA A; 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 5FEK A;  4LYC A;  1GEZ A;  1UIE A;  4OWB A;  2HED A;  4H92 A;  5M1Y A;  1IWX A;  4LYM A;  5KJ9 A;  5HMV A;  1GB7 A;  1QTE A;  3P4Z A;  1LYO A;  5KY1 A;  5B1G A;  3AJN A;  4NSG A;  5FCP A;  1XGQ C;  1IWZ A;  1EQE A;  4UWN A;  4H91 A;  3A67 Y;  5B1F A;  1IWY A;  5DM9 A;  1IOS A;  1LTM A;  3AZ4 A;  1LHH A;  3LYT A;  1DQJ C;  1LYZ A;  5KXO A;  2YDG A;  4KXI A;  4ZFP A;  1B2K A;  1GFJ A;  1NHE A;  3QE8 A;  1LZT A;  4N5R A;  4NSI A;  4ANR A;  193L A;  4ZIX A;  2BQD A;  4YM8 A;  2EKS C;  1LMP A;  2BQC A;  4LGK A;  1FKQ A;  5L3H A;  1IOR A;  4CGE A;  5K7O A;  3WPJ A;  2EIZ C;  3HBD A;  4H9I A;  1LJG A;  3CT0 A;  3K3T A;  1KXW A;  3KAM A;  2FYD A;  194L A;  1D6Q A;  1NWG A;  1N4F A;  4LZT A;  1CJ6 A;  1FLY A;  1H87 A;  1LZ6 A;  2DQA A;  208L A;  4OWE A;  5FST A;  4AXT A;  4CHX A;  1HHL A;  1XGP C;  4ZEE A;  4MR1 A;  4DD0 A;  1IVM A;  1LMQ A;  4WM3 A;  4J7V A;  2D6B A;  3B0I A;  6LYT A;  4ETE A;  2MEC A;  3CQL A;  2F30 A;  5B07 A;  1BB7 A;  1JJ0 A;  1VDP A;  3QY4 A;  5L3I A;  1B5W A;  1IP5 A;  1HEN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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