3RUNA

New strategy to analyze structures of glycopeptide antibiotic-target complexes
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
166
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNAK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TIV1 (27-30)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)S3 (31-32)AH3 (60-80)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/antibiotic
source organism Enterobacteria phage t4
publication title A carrier protein strategy yields the structure of dalbavancin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 60
structure length 165
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3runA00
114LA 227LA 3DN4A 112LA 1LYFA 2OTZX 1C61A 1DYGA 221LA 2B6XA 3C8SA 1L53A 3C83A 1L67A 238LA 4W57A 1L02A 1C60A 1C67A 1G1VA 219LA 4I7RA 4ARPA 3C8RA 3HWLA 1L20A 1KY0A 4I7TA 3HT6A 3SB5A 1L17A 3HUAA 1D3NA 1C6EA 1DYEA 1C6PA 1OV5A 3DN3A 212LA 1SWZA 231LA 1C6MA 235LA 1G1WA 1L18A 158LA 262LA 150LA 1JTNA 1OV7A 3LZMA 224LA 4EKQA 4EXMA 4ZPUA 3HDEA 137LA 1C6HA 1QTDA 1CVKA 143LA 170LA 222LA 214LA 4YXAC 138LA 1C6JA 4I7NA 1C6KA 4W53A 187LA 1L01A 1L56A 1L24A 3OE8A 1DYCA 131LA 4I7JA 1I6SA 2Q9DA 3C8QA 1L54A 246LA 1LYHA 251LA 3HT9A 3OE0A 190LA 1L14A 261LA 1L93A 3RUNA 2RBPA 1DYAA 2OTYX 3HT7A 241LA 140LA 1L32A 1L74A 200LA 1L76A 4I7MA 209LA 2RB2X 1L31A 2OE4X 3G3XA 125LA 259LA 2B74A 1C65A 249LA 228LA 2B7XA 1PQKA 1L27A 1L84A 1OVJA 3FI5A 174LA 1LYIA 3DN8A 4DJHA 1L60A 145LA 175LA 1LYDA 2F47A 2NTHA 4E97A 146LA 184LA 215LA 126LA 1P37A 3CDVA 3EMLA 1P46A 1L06A 1QS5A 2B72A 2A4TA 4EPFA 3C82A 256LA 2OEAX 4I7QA 1L69A 239LA 1C66A 1L37A 167LA 3FADA 1QUHA 1G0LA 1QT5A 240LA 3HH5A 1L64A 1C6AA 1L94A 248LA 1CV4A 104LA 1L96A 1CV5A 152LA 1T97A 5LZMA 2OE9X 4W56A 122LA 107LA 1CV6A 1D2YA 1LLHA 1L51A 3L2XA 3GUOA 1L00A 1D3MA 1L71A 1LYJA 232LA 3GUKA 3HDFA 1D3JA 4I7LA 1PQOA 2L78A 4OO9A 1C6LA 1CUQA 1QTZA 1L82A 3GUNA 1CV0A 1L85A 4GBRB 1DYBA 130LA 4LDLA 234LA 1L52A 1L41A 1QTHA 1KY1A 199LA 1OVKA 120LA 1C69A 4I7OA 1KS3A 1P2LA 3HU9A 3NY9A 1T8GA 2RBOA 177LA 1OWYA 2RAYX 1L13A 148LE 230LA 3HT8A 151LA 2O4WA 3HTDA 1L05A 1L40A 3V2YA 3DKEX 4W59A 2OE7X 1L65A 260LA 1JQUA 1C63A 1SX7A 1QT4A 3QAKA 1P2RA 197LA 1L58A 2B6WA 2O7AA 2RH1A 4DKLA 185LA 4W51A 1CU0A 166LA 1L91A 5I14A 1L08A 1QT7A 220LA 115LA 1LPYA 3DNAA 1T8FA 210LA 1QUOA 3PBLA 196LA 1PQDA 1L47A 1LGXA 1L15A 1CV1A 103LA 157LA 1L98A 1P7SA 2LC9A 1C64A 4EPIA 1QT3A 3HUQA 108LA 2RBRA 233LA 1G0KA 4W58A 1B6IA 1L88A 1QS9A 1L66A 1L30A 1QTVA 144LA 4W52A 2QB0B 2B6TA 3SB7A 160LA 3GUPA 1L07A 3HU8A 4I7SA 1L28A 110LA 1L25A 1L19A 1C6DA 1D2WA 1QT6A 161LA 2RB0X 4DAJA 4YX7C 1LWGA 198LA 1L61A 4EKPA 1SSYA 4EJ4A 1L11A 2F2QA 2OU9A 3GUMA 3PDSA 3C7YA 178LA 1L42A 3UONA 4IAPA 118LA 1QSQA 1LYEA 1P5CA 2Q9EA 3GUJA 1WTHA 1G06A 1QUGA 2B6YA 1QTBA 1CX6A 1C6CA 237LA 1L23A 1SWYA 1XEPA 1OYUA 217LA 1L62A 2HULA 2RBNA 4I7KA 176LA 2RAZX 3DMZA 3L64A 173LA 3DN6A 3F8VA 1QUDA 1ZYTA 1QTCA 4ARLA 3HH4A 4S0WA 102LA 3C80A 2QARC 1D9WA 192LA 1LYGA 3JR6A 1PQJA 1LI3A 3DN2A 4W54A 258LA 2NTGA 1L0JA 213LA 4GRVA 4ARQB 3SB6A 3CDQA 1L87A 3SB9A 1KW7A 1CU6A 3K2RA 1L34A 163LA 2LCBA 1K28A 109LA 1LWKA 128LA 127LA 1TLAA 1L49A 1L29A 1QT8A 2Z6BA 242LA 3FA0A 211LA 2RBSA 4I7PA 3DN0A 2F32A 1L10A 1CV3A 255LA 3NY8A 225LA 3HH3A 1L99A 229LA 182LA 2B73A 1CTWA 1CUPA 1L89A 253LA 3ODUA 1L46A 1L12A 1C62A 3HUKA 1SX2A 247LA 3C81A 250LA 1ZWNA 2O79A 3C7WA 4ARJA 141LA 1L83A 1G0JA 2OU8A 1EPYA 1L77A 3G3VA 1L55A 1C6QA 1L90A 236LA 4LDOA 4EKRA 1LI2A 226LA 1NHBA 2IGCA 1DYFA 1L43A 1L59A 244LA 3NYAA 2B70A 1L50A 216LA 123LA 3D4SA 186LA 156LA 223LA 119LA 1G0PA 1XJTA 1C6FA 2B75A 1L39A 1JTMA 183LA 1C6BA 1CX7A 1L79A 1L86A 180LA 1L97A 1P56A 1G0GA 1L92A 4PK0A 1G07A 1L72A 3G3WA 1L04A 1L45A 3OE6A 3SB8A 4ARMB 169LA 1L35A 159LA 1D3FA 1L63A 1L36A 3HTGA 4ARMA 2HUKA 1P64A 171LA 188LA 1OWZA 2B6ZA 1C6GA 3RZEA 155LA 168LA 1CU2A 257LA 1DYDA 1L68A 2HUMA 181LA 1C6IA 149LA 3HTBA 201LA 2RB1X 1LGWA 1L80A 1LW9A 2ANXA 189LA 2OU0X 3CDRA 1G0QA 2ANVA 218LA 1CU3A 162LA 1L16A 3SBAA 195LA 165LA 1LGUA 3VW7A 7LZMA 1L09A 1P6YA 1QSBA 147LA 1L44A 1C6TA 254LA 3GUIA 4AQNA 6LZMA 1L38A 3C7ZA 245LA 1L95A 3F9LA 1KNIA 1L81A 4K5YA 1PQMA 1SSWA 3HH6A 1LI6A 2CUUA 1L22A 252LA 3CDTA 111LA 1P36A 1P3NA 3DN1A 3HTFA 4LDEA 1XJUA 1G0MA 3SBBC 172LA 206LA 1L0KA 1T8AA 3OE9A 129LA 3GULA 1L73A 191LA 3DMXA 4ARQA 4YXCA 1L26A 164LA 4EKSA 1C68A 1L75A 1CU5A 1L21A 113LA 205LA 139LA 1L57A 243LA 4PJZA 3DMVA 2RBQA 2LZMA 1L03A 3SN6R 1PQIA 4LZMA 1C6NA 4W55A 142LA 1L33A 1L70A 1KW5A 1ZURA 1T6HA 3CDOA 1OVHA 3V2WA 1L48A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYFA 1CJ8A 3C8SA 1L53A 3C83A 3HBDA 1YKZX 5I4YA 3B0OA 4YENA 2HEAA 4H8YA 1G1VA 219LA 3A3QA 1L20A 1LAAA 3HT6A 1LZ6A 1D3NA 1DYEA 1OV5A 212LA 231LA 4ET9A 1HHLA 1G1WA 3RU5A 1KIPC 4EXMA 1LSYA 3CSZA 1B7MA 4ZPUA 1C6HA 1QTDA 3TMUA 1JITA 3A34A 1B9OA 4YXAC 2D6BA 5KXOA 1XGPC 3OE8A 4W53A 1LYYA 4LT3A 4I7JA 4HJYA 135LA 1IWTA 3C8QA 1LYHA 4NGZA 1EQ4A 1QTEA 1OUBA 4OWBA 1IY4A 4B4EA 2Z2FA 4NHIA 1NWGA 209LA 1IWVA 3G3AB 3ZVQA 2OE4X 1OUEA 5HNCA 1RJCB 5KXNA 1CKDA 1C7PA 1LPIA 1L27A 174LA 1LYIA 4DJHA 145LA 1LYDA 215LA 1AT6A 3EMLA 4LT2A 4UWUA 2OEAX 2H9JA 3FADA 167LA 1QSAA 1QUSA 1GF4A 1LMOA 1WQRA 248LA 1UC0A 3AGGG 1BB3A 5I4WA 3TXJA 4W56A 1JJ0A 2CGIA 1D2YA 1L51A 1L71A 3GXRA 1LYZA 1VEDA 2G4PA 3GUKA 1IOSA 2A7DA 1KIRC 2L78A 1CUQA 1LSEA 4LDLA 234LA 1D0LA 1SQ2L 1L52A 1L41A 2D4KA 1IP2A 120LA 2DQEY 5APCA 2BQIA 1GFJA 2RBOA 2Z2EA 230LA 5HMVA 1JJ3A 4KL7A 1LHJA 3HTDA 1LYSA 2X0AA 3V2YA 3CB7A 2OE7X 1JQUA 1DZBX 1QT4A 4B1AA 1HEOA 1QDRA 5APDA 1D6QA 1L58A 4II8A 2RH1A 4DKLA 185LA 1B7SA 3WUAA 4RW1A 3WU9A 166LA 1LMPA 4H8XA 1L08A 220LA 4QEQA 115LA 1LPYA 4I8SA 3DNAA 1OUDA 4XJGA 1LGXA 1IC4Y 1ZVHL 1XGUC 3AB6A 1L98A 1LZBA 1HEWA 3QNGA 1OUCA 1LZRA 1G0KA 1L88A 3WUNA 1C08C 3GUPA 1L07A 3HU8A 1L25A 1L19A 2C8PA 1C6DA 1WVVA 4DAJA 1UBZA 4YX7C 1L61A 3WVYA 4EKPA 1B5VA 1O23A 1L11A 2F2QA 1BWJA 2Q0MX 1CKHA 1GHLA 4IAPA 5LYZA 1LYEA 1BGIA 1LZNA 1YANA 1LZ9A 1C6CA 2C8OA 1SWYA 4GCFA 2ZWBA 2YBIA 3OK0A 5DM9A 3DMZA 2HECA 208LA 5IDDA 173LA 1D0MA 2DQIY 1ZYTA 4H9HA 5LYMA 4XJFA 2EPEA 1PS5A 1BB7A 3CSQA 1LCNA 4PJ2C 3GXKA 1L87A 3K3TA 1TAYA 1GB5A 1L34A 1YAMA 3IJVA 1K28A 1TBYA 5IHGA 1LWKA 1NDGC 1C10A 4GN4A 1GBSA 5F14A 1GE0A 2EKSC 1L10A 1LMCA 4DD7A 3HH3A 4XJBA 2MECA 2CDSA 1IWZA 3P66A 7LYZA 1C62A 4N1EI 1SX2A 247LA 2Z19A 5D5FA 1WQQA 4PHIA 1A2YC 3W6FA 1IR8A 1DYFA 1L59A 2LZTA 1XEJA 1L50A 1TDYA 4Z46A 5I4XA 1AM7A 1F0WA 1AKIA 1CJ6A 2YBNA 1C6BA 1PZYA 1L92A 2BQAA 3RW8A 4DD3A 3OE6A 1L04A 3SB8A 5KXXA 4M4OA 1L63A 1LZSA 4DDAA 171LA 1C6GA 1D9UA 1DI5A 1CU2A 257LA 1IOQA 1UIDA 4DQ5A 1T3PA 4OWAA 3A95A 181LA 4YM8A 1CKCA 1LZEA 198LA 1ALCA 2ANXA 2OU0X 2ANVA 1GAZA 218LA 5HLLA 195LA 1BHZA 165LA 5LVHA 4L41A 4KPMA 4AQNA 3BKVA 245LA 1EQEA 1G7JC 4TUNA 1FLYA 1PQMA 3G3BB 1SSWA 1YAQA 3HH6A 1P3NA 1IP4A 1IP5A 3DN1A 1NF5A 4YF2A 1VDTA 4WLDA 1LJFA 1F6RA 1JPOA 3WL2A 4LFPA 1GB7A 1LSDA 1C45A 4ZIXA 1KXXA 191LA 3DMXA 4BAFA 3SP3A 4YXCA 1DKKA 1QUTA 4C5FA 1B5WA 4G4BA 2YBLA 113LA 4E3UA 4J0LA 3TXIA 1XGQC 2LZMA 4DD0A 2BQEA 1HFYA 1GBWA 4I0CA 1UIEA 1L33A 1LJGA 1L70A 2W1LA 5FCPA 1IVMA 4NSHA 112LA 1C61A 1DYGA 3A94A 1UICA 2B6XA 1GBZA 4O34A 1IWXA 4YEOA 4W57A 3A90A 1L02A 5A3EA 1JSEA 4ARPA 1J1OY 4GCDA 1D6PA 3FE0A 5FDJA 3VWOA 1LZ1A 1JHLA 235LA 1L18A 1GB8A 1SLYA 158LA 150LA 2XBSA 4TTDA 4AXTA 5KJ9A 2HEEA 1NQIA 4DD1A 1H87A 3HDEA 2B5ZA 4DDBA 5ILFA 1HENA 1RE2A 4QDNA 3RZ4A 1C6KA 1L56A 5J7CA 5B05A 131LA 2F4AA 2Q9DA 1L54A 2ZNXY 251LA 4WM2A 3HT9A 1V7TA 1DPXA 1LZCA 1L93A 3HT7A 2BQMA 241LA 140LA 1L32A 4H9BA 5APEA 3ZEKA 1L74A 1G7MC 3AZ5A 3LYZA 4I7MA 1FLQA 125LA 4W96A 1OUFA 5B1GA 1WQMA 3OJPA 1LZ4A 2B7XA 1PQKA 1JKAA 1OVJA 3AGHA 1RCMA 2F2NA 4J7VA 1GWDA 3J6KA 184LA 3CDVA 1P46A 1L06A 2BLYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LYF A;  1CJ8 A;  3C8S A;  1L53 A;  3C83 A;  3HBD A;  1YKZ X;  5I4Y A;  3B0O A;  4YEN A;  2HEA A;  4H8Y A;  1G1V A;  219L A;  3A3Q A;  1L20 A;  1LAA A;  3HT6 A;  1LZ6 A;  1D3N A;  1DYE A;  1OV5 A;  212L A;  231L A;  4ET9 A;  1HHL A;  1G1W A;  3RU5 A;  1KIP C;  4EXM A;  1LSY A;  3CSZ A;  1B7M A;  4ZPU A;  1C6H A;  1QTD A;  3TMU A;  1JIT A;  3A34 A;  1B9O A;  4YXA C;  2D6B A;  5KXO A;  1XGP C;  3OE8 A;  4W53 A;  1LYY A;  4LT3 A;  4I7J A;  4HJY A;  135L A;  1IWT A;  3C8Q A;  1LYH A;  4NGZ A;  1EQ4 A;  1QTE A;  1OUB A;  4OWB A;  1IY4 A;  4B4E A;  2Z2F A;  4NHI A;  1NWG A;  209L A;  1IWV A;  3G3A B;  3ZVQ A;  2OE4 X;  1OUE A;  5HNC A;  1RJC B;  5KXN A;  1CKD A;  1C7P A;  1LPI A;  1L27 A;  174L A;  1LYI A;  4DJH A;  145L A;  1LYD A;  215L A;  1AT6 A;  3EML A;  4LT2 A;  4UWU A;  2OEA X;  2H9J A;  3FAD A;  167L A;  1QSA A;  1QUS A;  1GF4 A;  1LMO A;  1WQR A;  248L A;  1UC0 A;  3AGG G;  1BB3 A;  5I4W A;  3TXJ A;  4W56 A;  1JJ0 A;  2CGI A;  1D2Y A;  1L51 A;  1L71 A;  3GXR A;  1LYZ A;  1VED A;  2G4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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