3RZ4A

Hen egg-white lysozyme in hepes buffer at ph 7.5
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hen egg-white lysozyme in HEPES buffer at pH 7.5
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3rz4A00
2MECA 1CJ9A 1YKYX 3E3DA 1NKHA 4BS7A 154LA 1GDXA 1OUGA 3P64A 1GB0A 5FELA 2YVBA 3TXHA 1CJ8A 4EMNA 3WXUA 1CKGA 1LMAA 2YSSC 1LZRA 4C3WA 4B4IA 3WPLA 4LT0A 1BHZA 1E8LA 1UIDA 4HJVA 4N8ZA 4AXTA 1LJIA 1LKSA 1TBYA 1QIOA 4OWBA 4NHTA 2DBTA 3M3UA 2W1MA 3A93A 2YDGA 4LFPA 4WL6A 5APCA 1GB7A 3B0OA 5KXNA 3RU5A 4GN4A 4CJ2A 4OWEA 3RNXA 4CFOA 2AUBA 1BWJA 2BQFA 2DKVA 1JIYA 4O34A 1UBZA 2LYOA 4RDSA 3CSRA 5DN5A 1WQPA 3LZ2A 1IX0A 3AZ5A 4N9RA 4NFVA 2ZIKA 1FN5A 3TMVA 3TXFA 1BWIA 1GE4A 1LZ9A 4YEOA 1GBOA 1GBYA 3HBEX 5B59A 3W3EA 5LVHA 5E9RA 4W94A 3AJNA 1HEMA 3K3TA 1BB5A 1INUA 4BAFA 1LZ8A 4XYYA 1XGUC 1WQMA 4NGZA 5B05A 1NQIA 3RZ4A 1JPOA 3CT1A 3SP3A 1JTPL 1DXJA 3WUMA 5IELA 2ZWBA 5F81A 5IHGA 1BGIA 1IP4A 2CJLA 5KKIA 1GFVA 1FLUA 1GHLA 1JTOL 4I0CA 4IASA 1JKDA 4WO6A 1LTMA 3AYQA 1BVKC 3A91A 4KPMA 1FKQA 1NBYC 1IP6A 1OUHA 4NGJA 4NG1A 1HNLA 4OWCA 1HELA 4H8XA 1AKIA 2Q0MX 5LVIA 1C7PA 1GFHA 4YENA 4OWAA 1LJGA 153LA 1HHLA 5A3EA 5C6JA 1SLYA 2ZNXY 1F0WA 1GF7A 4DYGA 5LA5A 1XGQC 2LZTA 3KAMA 4NHIA 5KXRA 1GB3A 1VDPA 1WTMA 3ATOA 2ZQ3A 1LZGA 1XEIA 4B4JA 1GFUA 4LGKA 5A3ZA 4Z3MA 1B9OA 3MGWA 1EQEA 3TMUA 4QY9A 4NGLA 5KJ9A 4LZTA 1GF0A 1IOQA 1F6RA 1B5VA 2I26L 4DD7A 3IJVA 1RFPA 4WM3A 4PRUA 2HTXA 3AZ7A 2HECA 3LHMA 3WVXA 4B1AA 1BQLY 1VAUA 4LYTA 3W6CA 1B7OA 3D9AC 4J1BA 3WU8A 1LMNA 2EIZC 1GFGA 1QUTA 2DQFC 2YBIA 4DWXA 7LYZA 3IJUA 5L3IA 1IC5Y 4NY5A 1LHLA 4N5RA 1LSNA 2Z19A 2Z39A 6LYTA 1ZV5L 5HNLA 1C10A 4LYBA 1LZ4A 1UIHA 1NDGC 3P68A 4HPIA 3CB7A 3GXRA 5FSTA 1GF8A 1LJ4A 2YBMA 1LSPA 1ZVYB 4KT3A 5F16A 4ZFPA 4H9CA 1LMQA 5FHWA 2MEGA 1LPIA 1QUSA 2BPUA 1VDTA 3AZ6A 5LYMA 5APEA 2NWDX 4HJYA 1JKAA 1LSBA 3A94A 1CKFA 1BB7A 1WVUA 4H92A 4OWHA 4ZEEA 1REXA 2HEFA 3AW7A 1GB5A 9LYZA 4ETEA 5D5FA 2H9JA 4H94A 4XJHA 4XJIA 2XBSA 5T3FA 4CGEA 2YBNA 4HTKA 3CSQA 1GDWA 1FLQA 1HFXA 4FJRA 5IDDA 1D6QA 1AM7A 1GEZA 1NMMA 2MEFA 2LZ2A 1NHEA 1HERA 2HU3A 4HTQA 2EPEA 2DQIY 1OUCA 3WPKA 4HP0A 4DT3A 2BAAA 1LMTA 1QDRA 1YROA 2W1YA 3A92A 3N9CA 2BLXA 4XJDA 1BB6A 5KXKA 5KY1A 1CJ6A 2BQKA 3TXGA 1B5WA 1GBWA 1RJCB 4NGWA 3WW5A 1KXYA 1IY4A 1PS5A 1LZBA 2CWIA 3ATNA 3EXDA 3GXKA 5DN4A 4AGAA 2G4QA 2IFFY 4ETDA 1JITA 2BQBA 2MEDA 3M18B 4WM4A 4ZIXA 4X3BA 1GF4A 2B5ZA 2HEBA 2ZYPA 3B0KA 2C8OA 2DQEY 4IJ4A 3BKVA 1KXWA 1LSDA 1OUBA 1LSAA 4RW2A 1B7QA 4G4BA 1O23A 2CDSA 2HUBA 4NSHA 4WG1A 3WUNA 2H5ZA 5LINA 1I20A 1REYA 1YIKA 3RT5X 4ETCA 2YBLA 2XTHA 1XEKA 1GFRA 4LT3A 5FEKA 1OUFA 1QQYA 5LA8A 1GD6A 1YILA 5II3A 5ILFA 1HMKA 4Z41A 2I25L 1JISA 194LA 1UCOA 1FLWA 1LSGA 1REMA 4UWVA 2BQLA 1GPQC 4LFXA 1OQMA 4NSJA 4WM2A 3ZEKA 3P65A 1IWWA 1JWRA 3A34A 4GN3A 1LZEA 4NEBA 4WOAA 4XJGA 5HQ1A 1LKRA 1YQVY 1W08A 1JUGA 1HFZA 2Z18A 4HJZA 1KIRC 1GFJA 1IC4Y 1LJ3A 5C6IA 4PJ2C 2G4PA 3WW6A 5LVGA 1RE2A 1FDLY 1YAOA 1JJ3A 2MEIA 5B1GA 3W6BA 3A95A 1IP5A 4DD3A 2PC2A 4HSFA 1IP2A 1GWDA 5DLAA 2F2NA 4LYZA 1LSZA 2F4AA 2Z37A 4CFPA 1OUAA 5FCPA 4U3XB 5I5QA 2VB1A 1AT5A 1NWGA 3HBHA 1IORA 1UIBA 1B5YA 1CKHA 3LYMA 133LA 4WG7A 1HEPA 1OUJA 1NDMC 1VDQA 1WTNA 1TEWA 1IWTA 3G3BB 1HEWA 2D91A 1LZ5A 5KXLA 2Y8PA 4N1CC 4HV1A 1YAPA 4J1AA 1DI5A 1ZVHL 1LZTA 3OK0A 1TCYA 5KXXA 1OP9B 1DI3A 1YL0X 3LN2A 1CKCA 5L3HA 3WYHA 2MEHA 1FKVA 1LJHA 1PZYA 4R0FA 2BQGA 2CGIA 1Z55A 3QY4A 5B1FA 1J1OY 1H6MA 2Z2FA 2ZNWY 4GN5C 4QGZA 1LZNA 2BQMA 4MCKA 5KXWA 1QSAA 4TTDA 4WM1A 4H8ZA 4NGVA 2I6ZA 2IHLA 4WO9A 1YKZX 3J6KA 4XN6A 3WUAA 3A3QA 1RCMA 1KIQC 4YM8A 4GCBA 3WL2A 3TMXA 1LYOA 4NGYA 1UICA 5KXPA 1IVMA 4B0DA 4H9AA 3AGIA 1DZBX 4NGKA 3WH1A 4ANRA 1BVXA 1ALCA 1HEQA 1TAYA 2HEAA 2BQCA 3W6AA 1LJJA 4XJBA 3ZVQA 5I54A 5LXWA 2MEEA 1B5ZA 134LA 1GEVA 1LMCA 1MELL 3AW6A 1D6PA 4J7VA 2Z12A 5EBHA 2XJWA 4W96A 4NGIA 1G7HC 4WLTA 1BWHA 4H9HA 4R6CA 4B49A 1FLYA 1I1ZA 4GCDA 4A7DA 4DDCA 1IIZA 3HBDA 2DQCY 4CHXA 4HTNA 4GLVA 3WU9A 1J1XY 1GBZA 1LJFA 4M6DA 2LYZA 4PRQA 5LYTA 1LHMA 2ZYCA 3A67Y 2BQEA 4H93A 4RLMA 2BQNA 1UIEA 1LZ6A 1XFPL 4H9FA 1VFBC 4E3UA 4G9SA 1I56A 1G7LC 1GBSA 1GXXA 1QDTA 4TWSA 3EMSA 1LHIA 4Z46A 4ET9A 3AZ4A 1LAAA 4BAPA 5LVKA 2DQAA 3HFMY 5F9XA 1G7JC 1VDSA 2LHMA 5HNCA 1B7LA 1IOTA 1JSFA 1UUZC 4I8SA 3LZTA 3T6UA 1UIGA 3EBAB 3ULRA 3BKHA 1MLCE 2W1LA 2EQLA 2ZIJA 4XADA 1GE0A 4YOPA 1BB4A 2A7FA 5KXYA 2D4IA 4H8YA 3TXDA 1VEDA 1LYZA 4Z98A 1GE3A 4G4HA 1V7SA 4UWNA 4NSGA 1OUIA 1GE1A 1IC7Y 3B72A 2ZQ4A 1YANA 4P2EA 3WVYA 4DC4A 4DD1A 4DD2A 1LYSA 1KIPC 4ET8A 3RW8A 2ZILA 208LA 1GF3A 1LJKA 4ML7A 4BADA 4H9IA 3F6ZA 1B2KA 1GXV2 1A2YC 1JKCA 2EKSC 4KXIA 1JJ0A 1WQNA 1IEEA 3W6EA 5F14A 2HU1A 2FYCA 4H90A 4LT2A 1QSWA 2MEAA 2HEDA 5LVJA 5DL9A 1HMLA 1REZA 3TXBA 4YEMA 1UIAA 4WLDA 3N9EA 5M1YA 2BLYA 3IWRA 1RI8B 2X0AA 5I4YA 5FDJA 1B5XA 1D0KA 3CSZA 1HFYA 4OOOA 2BQJA 5KXZA 1GB9A 1DQJC 5LYZA 4C5FA 1IO5A 1LSCA 5KXMA 3WMKA 4G4CA 1B7NA 2HEEA 2RSCA 1LSFA 3W6DA 1YAMA 4UWUA 1LMOA 4OW1A 1LSYA 1LZSA 2C8PA 2FYDA 4L41A 3B6LA 1WVVA 5HMJA 4PGJB 5KXSA 2D6BA 5KXOA 2DQHY 1B7MA 1GF5A 1GFEA 3TXJA 1D9UA 5LAFA 3TXKA 4YF2A 4HPEA 3FI7A 1LHHA 3A96A 3VWOA 1TDYA 4NSIA 1LSEA 2BQHA 1IWXA 1JSEA 1WQOA 5JENB 4DD0A 1GF9A 1HSXA 3TMWA 1GF6A 4B4EA 1BB3A 4WM5A 4N0JA 3CT5A 1CKDA 1W6ZA 5APFA 1UACY 3LYZA 4IATA 207LA 4H91A 1XSFA 2DQDY 5AMYA 1F6SA 1LZ1A 1HC0A 2DQGY 1IY3A 2MEBA 4GCEA 3AGGG 3N9AA 1GAYA 4ETAA 1OUEA 4MSTA 4LT1A 1CJ7A 1GB8A 4RLNA 8LYZA 5DM9A 1C45A 1P2CC 1UIFA 4WLXA 1GBXA 132LA 1G7IC 1A4VA 1QTKA 3G3AB 4G49A 4QDNA 1IWZA 1IWYA 193LA 1JEFA 4LYMA 3A8ZA 3WULA 5J7CA 3ZVQB 1LZCA 1IOSA 1C08C 1SQ2L 3CQLA 3P66A 1JHLA 1LZDA 1AZFA 2H9KA 1IR9A 1LJNA 1IWVA 1WQQA 5E4PA 5C6LA 1XGPC 3A6CY 4NWHA 4NWEA 1JKBA 4H9BA 3A3RX 5B06A 5HLLA 1OUDA 1GAZA 5ILCA 1GE2A 3TXIA 3T36A 1GB2A 3A90A 1LOZA 1EL1A 4TX7A 1H87A 1HF4A 1DPXA 4DDBA 1JJ1A 1D0MA 1NBZC 1DKKA 2DQJY 5B07A 4NG8A 1IWUA 1IR8A 4LYOA 4NHPA 3OJPA 4GCCA 1DKJA 1JTTL 4WM6A 1UA6Y 1G7MC 1LZAA 4RW1A 4TSBA 5KXTA 3AB6A 1T6VL 1DI4A 1LHJA 2XBRA 1C46A 1IP1A 2BQDA 1XGRC 1YL1X 2D4KA 4XJFA 5APDA 5I4WA 5K7OA 5I4XA 1F10A 2FBDA 2WARA 3A6BY 4H1PA 4NHQA 3WPJA 1LZYA 2GV0A 2FBBA 4N1EI 1WQRA 5D5CA 3W6FA 6LYZA 1VATA 1KXXA 135LA 2YBJA 1IOCA 1IP3A 1B7RA 3LYOA 4M4OA 1UC0A 1NF5A 3WXTA 2YBHA 4GLAA 2BQIA 5F9UA 4PHIA 1XGTC 1IR7A 1XEJA 1GFAA 1B7SA 1LYYA 4LYCA 1HEOA 3TXEA 4NIJA 4TSCA 1B5UA 1J1PY 4DDAA 1LSMA 1HENA 4WL7A 4DD9A 3P4ZA 1T3PA 2G4NA 2Z38A 1LCNA 3AGHA 4FDYA 1HSWA 4II8A 4WLYA 3D3DA 1GB6A 4D9ZA 5HMVA 1AT6A 3QE8A 4NHSA 2Z2EA 4KL7A 2F4GA 1B0DA 1QTEA 1GFKA 1EQ5A 4XENA 2A7DA 3EO5A 5LAGA 1LMPA 1EQ4A 1N4FA 1YKXX 5LIOA 1LJEA 2F30A 4TUNA 1FBIX 4WMGA 1DPWA 4NGOA 1ZMYL 2BQAA 1CNSA 1B7PA 4EOFA 2LYMA 3LYTA 4OOTA 1LHKA 3FE0A 5KKJA 1V7TA 2D4JA 1GFTA 1C43A 1D0LA 5L9JA 2BQOA 3QNGA 5I53A 4PPOA 2W1XA 4H9EA 4J0LA 4HV2A 1YAQA 3J4GA 2N5ZA 3B0IA 4GCFA 3WU7A 4ETBA 1IP7A 4MR1A 3CT0A 4QEQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
154LA 130LA 5FELA 3WXUA 1BHZA 1UIDA 4AXTA 1P7SA 1TBYA 1QIOA 2DBTA 3M3UA 3A93A 1GB7A 3RU5A 3HDEA 155LA 3HT6A 2AUBA 1BWJA 1SWYA 3CSRA 5DN5A 1IX0A 3AZ5A 4N9RA 1BWIA 1GE4A 2OU8A 3HT9A 3W3EA 5E9RA 4W94A 1D2YA 1BB5A 4BAFA 1LZ8A 4XYYA 1XGUC 4NGZA 1L0KA 1DXJA 3V2YA 1L57A 5KKIA 1GHLA 3VW7A 4WO6A 3F9LA 3A91A 1NBYC 4NGJA 1HNLA 4H8XA 1AKIA 1C7PA 5LA5A 1DYFA 182LA 5KXRA 1WTMA 3ATOA 2B6ZA 1LZGA 1L12A 4Z3MA 4QY9A 5KJ9A 1L76A 127LA 1IOQA 1CU2A 2Q9EA 175LA 3IJVA 4PRUA 3AZ7A 3WVXA 126LA 4LDLA 1VAUA 1B7OA 219LA 7LYZA 3RZEA 1IC5Y 4NY5A 230LA 1LSNA 5HNLA 1L92A 112LA 4HPIA 3CB7A 1LJ4A 1L47A 1LSPA 3HTFA 5FHWA 161LA 3GUNA 4HJYA 2OTYX 1GB5A 1C65A 2H9JA 2QB0B 5T3FA 1GDWA 1NMMA 4PJZA 129LA 4HP0A 1KW7A 2BAAA 1YROA 240LA 2BQKA 1L06A 3EXDA 5DN4A 1PS5A 1QUHA 189LA 2G4QA 1L04A 1JITA 2MEDA 1GF4A 4IJ4A 2DQEY 4RW2A 1LSAA 3G3WA 3OE6A 3WUNA 1L81A 5LINA 1I20A 1REYA 3RT5X 110LA 2XTHA 4LT3A 5LA8A 1PQOA 1LSGA 1REMA 4UWVA 1GPQC 1P2RA 1IWWA 1JWRA 3A34A 4NEBA 4XJGA 4WOAA 1L31A 231LA 1LKRA 1YQVY 1T8AA 1KIRC 5LVGA 4PJ2C 2G4PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MEC A;  1CJ9 A;  1YKY X;  3E3D A;  1NKH A;  4BS7 A;  154L A;  1GDX A;  1OUG A;  3P64 A;  1GB0 A;  5FEL A;  2YVB A;  3TXH A;  1CJ8 A;  4EMN A;  3WXU A;  1CKG A;  1LMA A;  2YSS C;  1LZR A;  4C3W A;  4B4I A;  3WPL A;  4LT0 A;  1BHZ A;  1E8L A;  1UID A;  4HJV A;  4N8Z A;  4AXT A;  1LJI A;  1LKS A;  1TBY A;  1QIO A;  4OWB A;  4NHT A;  2DBT A;  3M3U A;  2W1M A;  3A93 A;  2YDG A;  4LFP A;  4WL6 A;  5APC A;  1GB7 A;  3B0O A;  5KXN A;  3RU5 A;  4GN4 A;  4CJ2 A;  4OWE A;  3RNX A;  4CFO A;  2AUB A;  1BWJ A;  2BQF A;  2DKV A;  1JIY A;  4O34 A;  1UBZ A;  2LYO A;  4RDS A;  3CSR A;  5DN5 A;  1WQP A;  3LZ2 A;  1IX0 A;  3AZ5 A;  4N9R A;  4NFV A;  2ZIK A;  1FN5 A;  3TMV A;  3TXF A;  1BWI A;  1GE4 A;  1LZ9 A;  4YEO A;  1GBO A;  1GBY A;  3HBE X;  5B59 A;  3W3E A;  5LVH A;  5E9R A;  4W94 A;  3AJN A;  1HEM A;  3K3T A;  1BB5 A;  1INU A;  4BAF A;  1LZ8 A;  4XYY A;  1XGU C;  1WQM A;  4NGZ A;  5B05 A;  1NQI A;  3RZ4 A;  1JPO A;  3CT1 A;  3SP3 A;  1JTP L;  1DXJ A;  3WUM A;  5IEL A;  2ZWB A;  5F81 A;  5IHG A;  1BGI A; 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 1UA6 Y;  1G7M C;  1LZA A;  4RW1 A;  4TSB A;  5KXT A;  3AB6 A;  1T6V L;  1DI4 A;  1LHJ A;  2XBR A;  1C46 A;  1IP1 A;  2BQD A;  1XGR C;  1YL1 X;  2D4K A;  4XJF A;  5APD A;  5I4W A;  5K7O A;  5I4X A;  1F10 A;  2FBD A;  2WAR A;  3A6B Y;  4H1P A;  4NHQ A;  3WPJ A;  1LZY A;  2GV0 A;  2FBB A;  4N1E I;  1WQR A;  5D5C A;  3W6F A;  6LYZ A;  1VAT A;  1KXX A;  135L A;  2YBJ A;  1IOC A;  1IP3 A;  1B7R A;  3LYO A;  4M4O A;  1UC0 A;  1NF5 A;  3WXT A;  2YBH A;  4GLA A;  2BQI A;  5F9U A;  4PHI A;  1XGT C;  1IR7 A;  1XEJ A;  1GFA A;  1B7S A;  1LYY A;  4LYC A;  1HEO A;  3TXE A;  4NIJ A;  4TSC A;  1B5U A;  1J1P Y;  4DDA A;  1LSM A;  1HEN A;  4WL7 A;  4DD9 A;  3P4Z A;  1T3P A;  2G4N A;  2Z38 A;  1LCN A;  3AGH A;  4FDY A;  1HSW A;  4II8 A;  4WLY A;  3D3D A;  1GB6 A;  4D9Z A;  5HMV A;  1AT6 A;  3QE8 A;  4NHS A;  2Z2E A;  4KL7 A;  2F4G A;  1B0D A;  1QTE A;  1GFK A;  1EQ5 A;  4XEN A;  2A7D A;  3EO5 A;  5LAG A;  1LMP A;  1EQ4 A;  1N4F A;  1YKX X;  5LIO A;  1LJE A;  2F30 A;  4TUN A;  1FBI X;  4WMG A;  1DPW A;  4NGO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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