3SB6A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h/r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
GPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb6A00
1L10A 1L81A 164LA 1QTDA 232LA 4I7OA 1L34A 237LA 157LA 3NY8A 1C64A 3GUMA 1C68A 3HU8A 1OYUA 155LA 4GRVA 249LA 4I7RA 4W58A 141LA 3SBAA 192LA 1QTVA 137LA 212LA 1KY1A 184LA 4S0WA 4ARMB 3GULA 4OO9A 1L03A 3G3WA 1CU0A 1P3NA 1QTBA 4I7MA 147LA 1L53A 3ODUA 1L83A 3FA0A 1L69A 1L85A 1CTWA 1L28A 213LA 1LGUA 3DNAA 174LA 1L63A 4YXCA 108LA 1L66A 3CDRA 241LA 229LA 258LA 2OTYX 3DN0A 4EKPA 3HUQA 3F9LA 3C7YA 246LA 2A4TA 4EXMA 1C69A 201LA 1D9WA 2OU0X 1L73A 3GUPA 4PK0A 3G3XA 1DYEA 150LA 218LA 3HU9A 2B73A 4DKLA 1QSBA 1G0KA 1L08A 1LYJA 4EJ4A 1CV3A 1L29A 2OTZX 1L56A 2O7AA 1D3MA 1L72A 3DN2A 3C80A 2Q9DA 243LA 3L64A 4W56A 148LE 255LA 2QARC 2LCBA 123LA 2B6ZA 2B6XA 1DYDA 3HTDA 1QUOA 163LA 2RBRA 1L91A 1CV1A 4I7KA 1C6LA 2CUUA 1LGXA 1SSYA 216LA 1L67A 1L21A 1C6IA 3HH6A 182LA 3HT9A 1ZYTA 2RAYX 1C6CA 191LA 3D4SA 1L31A 3C7ZA 3GUIA 1P2RA 165LA 1LYHA 1PQDA 215LA 214LA 4EPIA 111LA 1L01A 3DN6A 1G1VA 1L93A 227LA 1L26A 262LA 198LA 181LA 103LA 2OU9A 3DN1A 1QT3A 107LA 2RBQA 1LYGA 4W53A 1L90A 2OE9X 1LYFA 166LA 239LA 3PDSA 1G0GA 1L24A 1D3FA 1LLHA 1C6KA 4E97A 4W51A 188LA 1L58A 1EPYA 1DYCA 4ZPUA 4IAPA 3RZEA 1L92A 140LA 126LA 3NY9A 2NTHA 1L89A 1CUPA 1L71A 146LA 186LA 1LGWA 1PQJA 190LA 1L23A 2B6TA 1SX2A 1P37A 195LA 3HDFA 2F47A 114LA 251LA 1L76A 1L95A 1PQOA 196LA 1G0QA 1G0PA 129LA 1L04A 1L51A 1L39A 1P2LA 3CDVA 3C83A 156LA 183LA 1L30A 4LZMA 4PJZA 4ARJA 4W52A 1C61A 128LA 1XJUA 1L20A 4LDLA 2B6YA 1P7SA 1P64A 1C65A 2OU8A 3C7WA 1L82A 240LA 1ZWNA 1QTZA 1KY0A 1L11A 160LA 3FADA 1L62A 1L02A 1T8FA 199LA 142LA 1L59A 110LA 4ARQA 1DYAA 1QS5A 2OE4X 3HDEA 1P56A 2RB0X 3SB8A 158LA 1QS9A 1L94A 4AQNA 2LZMA 1L57A 1C6FA 1D2WA 3DMZA 3OE0A 102LA 3C8RA 7LZMA 1C6MA 2F2QA 3HWLA 2Q9EA 4I7SA 1L61A 1L45A 1C6QA 170LA 226LA 4DJHA 1L64A 1L87A 3DN3A 210LA 2B70A 3LZMA 1C6NA 3CDQA 1L65A 1CVKA 2NTGA 259LA 1CV6A 3UONA 151LA 118LA 112LA 1L43A 230LA 197LA 223LA 3HTFA 1L0KA 1L27A 1B6IA 1OWYA 1L40A 3DN8A 1CV4A 221LA 2B74A 2RBSA 3OE8A 1L52A 4EKQA 1NHBA 1L84A 3SN6R 253LA 1L41A 4ARMA 3EMLA 1JQUA 1L14A 1L86A 1L46A 1XJTA 1T8AA 2F32A 1LI6A 3HH4A 1C6AA 1L37A 2B7XA 1L98A 1C6EA 1QT4A 2IGCA 1LPYA 205LA 1SWYA 6LZMA 3SB5A 1DYGA 2QB0B 2HUKA 5I14A 1LW9A 1CV5A 4I7TA 3NYAA 224LA 1PQKA 1L18A 234LA 252LA 1D3JA 4YXAC 1G0JA 1CV0A 1LI2A 1C6PA 3OE9A 2HULA 1L99A 3SB9A 1QTCA 3HH3A 1L97A 1SSWA 1L33A 1CU5A 209LA 1QTHA 4EPFA 1T97A 1C62A 1L36A 2ANXA 206LA 1C6JA 4I7NA 248LA 144LA 3JR6A 1JTMA 250LA 1CX7A 1QSQA 1TLAA 1KS3A 3DMVA 3G3VA 1KNIA 125LA 4ARQB 3RUNA 222LA 1T8GA 109LA 4ARLA 233LA 247LA 1QUGA 4ARPA 180LA 1L54A 2HUMA 3QAKA 3FI5A 161LA 4I7QA 1QUDA 1ZURA 1WTHA 3V2WA 1QT8A 3HTBA 2RAZX 3GUKA 3K2RA 152LA 139LA 260LA 1QUHA 3CDTA 127LA 2LC9A 3HTGA 3SBBC 2RBOA 4DAJA 1D2YA 4EKSA 1DYBA 1OV5A 1QT7A 1P36A 3OE6A 178LA 4I7JA 185LA 3C8QA 171LA 1L77A 1QT5A 1L44A 1C6GA 219LA 4W59A 3HT6A 149LA 1LWGA 3DN4A 3GUNA 1C67A 1XEPA 4W55A 2RBPA 1OWZA 1QT6A 256LA 1CU3A 3C82A 187LA 2RB1X 1CX6A 1L50A 1L09A 1L17A 1OV7A 244LA 1L75A 1G0MA 3HH5A 1C6HA 4W54A 3V2YA 1L25A 1L55A 3C81A 1L0JA 1P6YA 2B72A 1L13A 1CU6A 211LA 1C6BA 4EKRA 115LA 3HT8A 104LA 1L68A 1L06A 1L15A 1P46A 1D3NA 120LA 3SB6A 2ANVA 1CU2A 1G07A 1L16A 1L22A 4GBRB 4I7LA 2O4WA 175LA 1LYEA 2Z6BA 1C66A 1PQMA 3L2XA 4I7PA 3C8SA 225LA 168LA 3F8VA 1L07A 1DYFA 235LA 3HT7A 1L12A 1C6DA 3PBLA 1LYDA 217LA 1L79A 3DKEX 113LA 2RH1A 1L70A 4LDEA 245LA 3HUKA 2O79A 173LA 4YX7C 1JTNA 131LA 1L42A 231LA 2OEAX 169LA 1L74A 1P5CA 138LA 1I6SA 1OVKA 122LA 1G0LA 4W57A 3HUAA 1G06A 119LA 3VW7A 1LI3A 1L49A 1PQIA 1KW7A 1SWZA 1C60A 189LA 257LA 177LA 167LA 1G1WA 1OVHA 1L38A 1L32A 1KW5A 236LA 1CUQA 1SX7A 2L78A 1LYIA 143LA 1T6HA 220LA 1C63A 2RB2X 3GUJA 4K5YA 145LA 242LA 2RBNA 200LA 261LA 5LZMA 1C6TA 3DMXA 3GUOA 1L88A 2B6WA 1L80A 172LA 1L35A 1L96A 1L60A 2B75A 1L19A 3SB7A 162LA 1L00A 1LWKA 1K28A 2OE7X 159LA 1L05A 254LA 228LA 1L47A 130LA 1OVJA 1L48A 3CDOA 4LDOA 176LA 238LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FYCA 1HFZA 4N1CC 4N1EI 3TXHA 2IHLA 232LA 3HFMY 1TBYA 157LA 5DN5A 4LFXA 4LYTA 141LA 2W1YA 3IJVA 5APCA 4Z41A 137LA 4S0WA 3GULA 1VATA 1QTBA 1CKGA 1CU0A 1GB7A 1HFYA 4BS7A 2HECA 3WMKA 1T6VL 4HTQA 2YBNA 2LYMA 1CTWA 1YANA 1ZVHL 1DPXA 1E8LA 4LGKA 1IR8A 4OWBA 5T3FA 1F10A 258LA 5II3A 5E4PA 3HUQA 3C7YA 2A7DA 3MGWA 246LA 5LAFA 1C69A 4NHIA 3TXBA 2OU0X 3GUPA 3G3XA 4XADA 1QSBA 1EL1A 1L08A 1FKVA 4EJ4A 5APEA 4H92A 2OTZX 4G4BA 1D3MA 1CKDA 3AGGG 1O23A 1GEZA 6LYTA 1AT6A 2ZYPA 2NWDX 1BB4A 2RSCA 4NHSA 2I26L 163LA 2RBRA 1LJ4A 4WM6A 1CV1A 4I7KA 4NFVA 1C6LA 1IEEA 2CUUA 216LA 1L67A 1IP1A 1B5ZA 1GFTA 3HT9A 3D4SA 4U3XB 1P2RA 1LYHA 214LA 1BGIA 4CFPA 111LA 3A8ZA 1L93A 1L26A 3A92A 1HFXA 181LA 1J1PY 1YAMA 3DN1A 2RBQA 2D91A 2MEAA 239LA 1D3FA 1IVMA 4W51A 4XENA 188LA 1EPYA 4O34A 1LJ3A 126LA 4GN3A 1L89A 186LA 1PQJA 1SX2A 3HDFA 4NGOA 1LZGA 1JKDA 5KXOA 1G0QA 1G0PA 1L04A 1LZNA 1L39A 4LZMA 1FLYA 4YENA 1LCNA 4DD2A 4H91A 208LA 5IELA 2F4AA 1P64A 2YBMA 2LHMA 1C65A 1LYOA 4AGAA 1WQQA 4ZEEA 1L82A 1ZWNA 3WXUA 5B1FA 1GF7A 1L11A 1IP4A 3FADA 1L02A 2HTXA 4PHIA 2OE4X 3SB8A 1QS9A 4WLYA 4EOFA 1XGUC 1D0KA 6LYZA 1CKCA 1IOTA 1BB3A 3M18B 1L61A 1L45A 170LA 3QNGA 4DJHA 1JSFA 4B4EA 2B70A 4NEBA 2LZTA 3P68A 1L43A 1FLUA 2DQDY 4Z3MA 1OWYA 1L40A 4ET8A 3F6ZA 1CV4A 5APFA 3OE8A 3CQLA 1L52A 2XJWA 4EKQA 1P2CC 1L84A 1AM7A 4PRQA 4ARMA 4B4IA 4XJDA 3EMLA 4NGWA 4WLDA 1L86A 1LI6A 4XJFA 153LA 4NWEA 3AW7A 2LZ2A 4TX7A 5C6LA 1C6EA 1B7MA 1LJGA 1J1OY 1LPYA 1KIPC 1SWYA 1H87A 1OUFA 1RJCB 4DQ5A 4ZIXA 1IC7Y 4H8YA 1RCMA 1CV5A 3AYQA 224LA 234LA 252LA 1D3JA 4GN4A 4YXAC 1G0JA 1LI2A 3CSRA 1GDXA 1QDTA 4QEQA 1LHIA 4L41A 1L33A 1OUCA 209LA 4NG1A 3IJUA 135LA 1NBYC 3WVYA 5KXWA 4IJ4A 4I7NA 1JTMA 1LHJA 250LA 3EXDA 3G3VA 1YL0X 1REXA 4HJVA 125LA 222LA 233LA 7LYZA 1HSXA 1GAZA 1QUGA 1LJFA 2ZWBA 3QAKA 3LHMA 2CGIA 1IWYA 1YKYX 3GXKA 1WTHA 1QT8A 4GLAA 2F30A 3TXIA 3K2RA 152LA 1GE0A 4UWNA 2RBOA 3CT0A 4EKSA 4XYYA 4I7JA 2F4GA 4WO9A 171LA 1QT5A 149LA 3DN4A 2HEBA 1HMKA 1LKSA 1QTKA 1OWZA 1QT6A 1GFRA 2Z39A 3TXFA 4W54A 1L55A 4WLXA 4OOOA 1L13A 1WQNA 1CU6A 211LA 1C6BA 2Y8PA 1WTMA 5IDDA 1YKZX 4BADA 1G07A 1GHLA 1D0MA 175LA 3B72A 1B5YA 1LOZA 168LA 1LSGA 235LA 1L12A 2G4QA 1LSEA 2BAAA 3OK0A 1PS5A 4KXIA 1LSBA 5B59A 2DQGY 1QQYA 4R6CA 3WW6A 3DKEX 1YROA 3EMSA 1OQMA 245LA 3HUKA 2O79A 173LA 4YX7C 1JTNA 231LA 3A91A 1P5CA 138LA 1I6SA 4HPEA 1G7HC 1JJ0A 1PQIA 2XTHA 1IP5A 4DC4A 1C60A 2Z38A 177LA 1F6RA 1IY3A 1OVHA 3A3QA 1LMAA 4G4HA 3RW8A 5LYMA 1CUQA 2BQIA 1BB6A 2L78A 2D4JA 1T6HA 1C63A 1KXYA 1LMCA 1F6SA 1LJIA 200LA 3GUOA 2DQFC 172LA 4WG7A 3ZEKA 3EO5A 1IOQA 1L00A 4NGIA 1C46A 5HMVA 5HLLA 5ILCA 1L47A 1SQ2L 4LDOA 3E3DA 5I54A 2FYDA 1L81A 1B7LA 3AB6A 164LA 5LVIA 1B7SA 1IWTA 237LA 4OOTA 2W1MA 5DM9A 1C68A 2BQKA 3RU5A 155LA 1UIBA 4GRVA 1HMLA 3SBAA 2EQLA 212LA 1CKHA 1UACY 5LINA 4NIJA 5D5CA 4RLNA 3G3WA 1I20A 4LYZA 3ODUA 3W6AA 1BB5A 1L83A 1HF4A 3FA0A 3DNAA 4DD9A 1HNLA 4DDAA 1L66A 1ZV5L 241LA 1FKQA 4DDCA 3DN0A 3ZVQB 1B7QA 1KXWA 4NHTA 1YQVY 5DL9A 1D9WA 8LYZA 150LA 4WM1A 1JJ3A 3HU9A 2BQFA 1G0KA 1GEVA 1LYJA 4CHXA 1CJ9A 1L56A 3DN2A 2D6BA 1BVKC 3KAMA 1INUA 4LFPA 2BQLA 2Q9DA 243LA 4W56A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FYC A;  1HFZ A;  4N1C C;  4N1E I;  3TXH A;  2IHL A;  232L A;  3HFM Y;  1TBY A;  157L A;  5DN5 A;  4LFX A;  4LYT A;  141L A;  2W1Y A;  3IJV A;  5APC A;  4Z41 A;  137L A;  4S0W A;  3GUL A;  1VAT A;  1QTB A;  1CKG A;  1CU0 A;  1GB7 A;  1HFY A;  4BS7 A;  2HEC A;  3WMK A;  1T6V L;  4HTQ A;  2YBN A;  2LYM A;  1CTW A;  1YAN A;  1ZVH L;  1DPX A;  1E8L A;  4LGK A;  1IR8 A;  4OWB A;  5T3F A;  1F10 A;  258L A;  5II3 A;  5E4P A;  3HUQ A;  3C7Y A;  2A7D A;  3MGW A;  246L A;  5LAF A;  1C69 A;  4NHI A;  3TXB A;  2OU0 X;  3GUP A;  3G3X A;  4XAD A;  1QSB A;  1EL1 A;  1L08 A;  1FKV A;  4EJ4 A;  5APE A;  4H92 A;  2OTZ X;  4G4B A;  1D3M A;  1CKD A;  3AGG G;  1O23 A;  1GEZ A;  6LYT A;  1AT6 A;  2ZYP A;  2NWD X;  1BB4 A;  2RSC A;  4NHS A;  2I26 L;  163L A;  2RBR A;  1LJ4 A;  4WM6 A;  1CV1 A;  4I7K A;  4NFV A;  1C6L A;  1IEE A;  2CUU A;  216L A;  1L67 A;  1IP1 A;  1B5Z A;  1GFT A;  3HT9 A;  3D4S A;  4U3X B;  1P2R A;  1LYH A;  214L A;  1BGI A;  4CFP A;  111L A;  3A8Z A;  1L93 A;  1L26 A;  3A92 A;  1HFX A;  181L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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