3SB7A

Cu-mediated trimer of t4 lysozyme d61h/k65h/r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb7A00
1JTNA 1L12A 185LA 1JQUA 123LA 4EPFA 198LA 1C6QA 1LGXA 1G0JA 1QUHA 161LA 1DYAA 1CV3A 1OV7A 1P37A 2RBQA 3SN6R 1L31A 1KW5A 4PJZA 1C6CA 1QT6A 1C64A 173LA 1KY1A 3DN0A 261LA 226LA 2OE9X 2Q9EA 4I7MA 1L76A 3DMZA 3DNAA 4YX7C 115LA 2B6XA 1C6AA 251LA 104LA 3C8RA 4ARQA 1WTHA 1QT5A 3L64A 4ARMB 214LA 3C8SA 176LA 3HUKA 151LA 2OU9A 3VW7A 1QS9A 3OE9A 1L36A 156LA 4I7PA 3GUJA 3CDRA 3RZEA 4GRVA 4I7OA 4PK0A 4LZMA 1L89A 1LW9A 4W53A 1QTVA 1L05A 1PQIA 1XJTA 109LA 1L25A 192LA 3HU8A 246LA 1P6YA 1DYCA 1P64A 206LA 1P3NA 125LA 4K5YA 4EKQA 139LA 1T8FA 1T8AA 4IAPA 1T97A 113LA 1P56A 3PBLA 3SBAA 1L54A 3C81A 2F47A 236LA 3HT8A 1P5CA 211LA 2OE7X 1L0JA 1OVJA 1G0PA 221LA 1OVKA 4YXAC 3HTFA 1L39A 201LA 237LA 2IGCA 102LA 1L82A 1L48A 252LA 3HH5A 1G1WA 1CV0A 3SB6A 4W56A 3G3VA 1L61A 229LA 1C6TA 1TLAA 1QS5A 1L66A 3FI5A 1L02A 232LA 3DN3A 1K28A 1C66A 3GULA 1L91A 183LA 234LA 4S0WA 227LA 2O79A 3GUPA 1C67A 1CX7A 2HUMA 1L24A 1L30A 2B72A 1ZYTA 1L15A 1L13A 2RAYX 1G07A 1L28A 199LA 1QT4A 1L34A 2B7XA 3OE8A 1QTZA 1LGUA 152LA 1G0QA 1DYGA 159LA 120LA 1QUGA 244LA 1L01A 3HTBA 1DYEA 1OVHA 1L72A 3HU9A 155LA 3CDQA 2RBNA 1KW7A 2CUUA 3C8QA 1QSBA 1L00A 1L73A 1L93A 1C6DA 250LA 2RB2X 4YXCA 2B75A 1C63A 110LA 1L57A 1PQOA 3HT7A 174LA 2HUKA 3DN2A 210LA 4I7RA 1D2YA 3HDFA 2RB0X 1C6NA 1LYDA 247LA 1L62A 1G0GA 197LA 1L33A 189LA 1D3JA 3HT9A 5LZMA 1LGWA 191LA 2NTHA 231LA 147LA 1CUPA 1D2WA 1L43A 2OU8A 216LA 3G3XA 141LA 4LDOA 3NY9A 103LA 1L16A 1L64A 219LA 3SB7A 2B73A 4ARLA 1P2LA 1SWYA 1L99A 1CV4A 1C6MA 1L14A 1L37A 2B6YA 1C6IA 1JTMA 167LA 4DKLA 1CU3A 1L21A 1L84A 4LDEA 4EJ4A 1L68A 1L65A 2RBPA 122LA 3HT6A 1SX2A 1L44A 2B6TA 2LZMA 4I7QA 149LA 1LI2A 1DYDA 1CU6A 1LYJA 256LA 1L75A 4W54A 1L40A 1L56A 1L51A 1C60A 224LA 1T6HA 1LI3A 1KNIA 1QT7A 1G1VA 1CU5A 143LA 2O4WA 248LA 171LA 118LA 3HUAA 175LA 1C6KA 2F32A 129LA 3HH3A 1L85A 3DMVA 131LA 1L69A 3CDTA 146LA 6LZMA 1QUOA 1QSQA 144LA 2RH1A 1CV6A 3SB8A 3C82A 4W57A 1D9WA 4DJHA 1QTDA 1L07A 1XEPA 1SWZA 1DYFA 222LA 1L10A 3C80A 4AQNA 1D3NA 7LZMA 119LA 3HUQA 3JR6A 1L46A 2OU0X 4I7KA 1LYGA 4LDLA 1KS3A 1L38A 3GUMA 2OTZX 1L97A 3GUIA 1L60A 178LA 4ARQB 4ARJA 177LA 3PDSA 1CV5A 1L19A 1SSWA 1L74A 128LA 2OE4X 215LA 3DMXA 213LA 112LA 1LYIA 3SB9A 2B6ZA 2LCBA 5I14A 245LA 3GUNA 1L27A 2L78A 1L32A 3C7YA 4OO9A 3SBBC 1C6BA 1P2RA 2F2QA 4I7LA 1LYEA 130LA 108LA 1P36A 182LA 1L81A 233LA 3V2WA 1P7SA 180LA 1CX6A 200LA 1L11A 1L49A 1C6PA 2O7AA 111LA 3V2YA 241LA 1G0MA 1LYFA 3CDOA 2ANVA 1L35A 3SB5A 4ARMA 1PQDA 1L67A 2Q9DA 1DYBA 1ZURA 3HWLA 1C69A 138LA 1PQKA 1L52A 3K2RA 2B6WA 2B74A 218LA 162LA 1NHBA 3L2XA 1CTWA 260LA 1L09A 1G0LA 186LA 158LA 1C6LA 4EXMA 181LA 2RBSA 3HTGA 1L98A 1SSYA 262LA 1T8GA 1L08A 212LA 168LA 1PQMA 145LA 255LA 1LPYA 2RB1X 1CU0A 259LA 4E97A 1B6IA 2LC9A 1L50A 2QB0B 1C62A 2QARC 3FA0A 1L88A 3FADA 3OE6A 2NTGA 1L77A 1I6SA 4W59A 1PQJA 1L17A 3HH6A 3NY8A 1C6FA 190LA 3CDVA 188LA 3RUNA 3QAKA 220LA 1OWZA 230LA 1C68A 1SX7A 1G0KA 3NYAA 163LA 240LA 2HULA 258LA 157LA 1L95A 3D4SA 4I7JA 3HTDA 3F8VA 243LA 2RAZX 4I7NA 1C6HA 2B70A 3ODUA 1LYHA 1L20A 1D3FA 3DN8A 164LA 1LLHA 235LA 1L47A 187LA 1C65A 3F9LA 1QT3A 1QTBA 140LA 1L63A 253LA 4W52A 1CUQA 1ZWNA 3DN4A 1L59A 1L79A 196LA 1L92A 3GUKA 1L03A 217LA 1L55A 137LA 3DN6A 238LA 254LA 160LA 165LA 1C6GA 2OEAX 148LE 1L18A 1L90A 1L70A 3HH4A 1CU2A 1L04A 2ANXA 3EMLA 2OTYX 127LA 1L42A 184LA 1L87A 3DN1A 1L41A 3DKEX 195LA 3C7WA 126LA 4W51A 3G3WA 1LWGA 4W58A 3LZMA 169LA 205LA 223LA 225LA 1LWKA 249LA 1L0KA 1QT8A 1L29A 4EKPA 166LA 1OWYA 4EKSA 3HDEA 1C61A 242LA 4W55A 3UONA 1EPYA 3OE0A 1L45A 1P46A 1CVKA 2A4TA 1XJUA 1QUDA 1L58A 107LA 1CV1A 1OYUA 4ARPA 1D3MA 257LA 1OV5A 1L26A 239LA 150LA 3C83A 4EKRA 142LA 4DAJA 172LA 1L86A 209LA 2RBRA 1C6JA 1L80A 1L83A 1L06A 228LA 1L96A 170LA 1KY0A 1QTCA 1L23A 1L94A 4ZPUA 4I7TA 1L53A 1C6EA 1QTHA 1L71A 114LA 2RBOA 3GUOA 4GBRB 1L22A 3C7ZA 2Z6BA 4EPIA 1LI6A 1G06A 4I7SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
123LA 1G0JA 1QUHA 1P37A 2RBQA 4XYYA 1GWDA 1KW5A 4PJZA 4DDBA 4R6CA 1QT6A 1C64A 1DKJA 1KY1A 1XGTC 1GXV2 1HEPA 2FYDA 2BQAA 4YX7C 1GFAA 251LA 4DQ5A 1NWGA 2CWIA 1B7RA 4H9EA 4ARMB 214LA 5HLLA 151LA 2OU9A 4H1PA 3OE9A 3K3TA 1L36A 2G4NA 2BQJA 3GUJA 4GRVA 5ILCA 2HU1A 4I7OA 1J1XY 1LW9A 1QTVA 3ZVQB 3N9EA 3W6FA 4N0JA 4KL7A 4EKQA 139LA 1TDYA 4GCEA 2MEAA 4IAPA 1LYZA 1IEEA 113LA 3W6DA 3PBLA 1LJKA 1N4FA 2F47A 4FJRA 3HT8A 2OE7X 1L0JA 3VWOA 1IX0A 1OVJA 4KT3A 3IJVA 2YBLA 1GB8A 2IGCA 3W3EA 1L48A 1G1WA 1CV0A 4W56A 5F9XA 229LA 1QS5A 1KXYA 1IR8A 1L02A 4C5FA 3GULA 1GB9A 4S0WA 2Z2FA 1GB0A 3WU7A 1HMKA 3QNGA 1ZYTA 1UIEA 1L15A 1L13A 1XEIA 1G07A 199LA 5LAGA 1UIBA 2DQGY 1B5VA 5I4YA 5B06A 1GBYA 4H8XA 2BPUA 1OUEA 1IOSA 1NBYC 244LA 4N1CC 1L01A 3HU9A 155LA 2CUUA 3C8QA 5I54A 1L00A 1LMCA 1FLQA 2RB2X 2VB1A 3LYMA 3B0IA 110LA 2DBTA 3CQLA 3LYZA 1LSPA 3DN2A 210LA 1UACY 1D2YA 4ZIXA 1QIOA 5C6JA 1L62A 1G0GA 5I5QA 3WL2A 1JEFA 4N1EI 1GFTA 4LYOA 103LA 3SB7A 4ARLA 1CV4A 1C6MA 1BB3A 4DKLA 1L84A 4EJ4A 3AJNA 2C8PA 1LYOA 2HEDA 1B5WA 3HT6A 1SX2A 1LZ5A 2BLYA 3WU8A 256LA 5L3IA 1L75A 3AYQA 4W54A 4O34A 1QUTA 1L51A 3QY4A 3WVXA 1IY3A 1LI3A 1KNIA 2Z38A 248LA 175LA 4NHSA 4BADA 3A6BY 4HP0A 4BAPA 1QUOA 5AMYA 4LYZA 1D9WA 5KXPA 1OUJA 1QTDA 1SLYA 3CSQA 2LYZA 4AQNA 207LA 3TMWA 2OU0X 2BQNA 2G4QA 1B9OA 2W1YA 2HEEA 1QUSA 177LA 1SSWA 4PJ2C 215LA 1LSZA 112LA 1VDQA 3SB9A 4NHTA 2B6ZA 4H94A 5I14A 3WMKA 1B7QA 3A3QA 245LA 3GUNA 1L27A 2FBBA 4CGEA 4WLYA 4H90A 2MEHA 5I4WA 1KXXA 3J6KA 233LA 1JJ1A 1C6PA 1JKDA 2O7AA 2MEIA 4ETBA 3M3UA 1LMPA 1LJ4A 3AGGG 2BQKA 1WQNA 1IC4Y 1NF5A 4ARMA 1JISA 1NBZC 3ULRA 2Q9DA 138LA 4ZEEA 3RT5X 1V7SA 218LA 1GB3A 1BVXA 2BAAA 1G0LA 186LA 4E3UA 3HTGA 1HSXA 2NWDX 4H9CA 1T8GA 1L08A 1JSFA 2A7DA 3CT1A 4B0DA 3E3DA 1ZVHL 2D4KA 2Z37A 2QB0B 4NGYA 1C62A 3FA0A 3FADA 1B5ZA 1XGPC 4LYBA 4WLXA 1B7NA 2YBNA 1GAZA 2ZNXY 1HEOA 1YL0X 2BQFA 4NGIA 1OUAA 3QAKA 1IWYA 1LJNA 1C68A 3A3RX 5LVHA 3NYAA 1LHLA 1WVVA 5LVIA 4ETAA 4PHIA 1AKIA 2HUBA 258LA 3D4SA 5KXXA 2ZIKA 3F8VA 3ODUA 2I6ZA 4LGKA 5FSTA 1L20A 1D3FA 4ET9A 1C65A 3F9LA 4GN5C 1IIZA 5APFA 1LZ1A 4W52A 217LA 4QDNA 2MEEA 1GBOA 4PGJB 5M1YA 165LA 4BAFA 4DD7A 1UICA 184LA 5IELA 3DN1A 1L41A 126LA 4W51A 5KXSA 225LA 223LA 2MECA 4NHIA 1QT8A 1LZ8A 2ZWBA 166LA 3HDEA 2Q0MX 3UONA 4WL6A 2ZYPA 2A4TA 1IP1A 1CV1A 1C08C 5F81A 1D3MA 2BQHA 5FHWA 1QDRA 4RDSA 1CKCA 257LA 1OV5A 3N9AA 142LA 3W6BA 1UIHA 1QTCA 1L94A 5HNCA 4EOFA 2Z2EA 1C6EA 4TTDA 3TXJA 5F14A 3LHMA 4XJHA 2Z6BA 1XSFA 1JTNA 2YBJA 1JQUA 1H87A 1VAUA 1LGXA 1CV3A 4IJ4A 4DT3A 4WM4A 1A2YC 4NWHA 261LA 226LA 3ZEKA 2OE9X 5FCPA 1L76A 3DNAA 115LA 1C6AA 4OW1A 104LA 4DQJA 1IC7Y 2LYOA 1WTHA 1QT5A 3L64A 3C8SA 1GE1A 4I0CA 3WPLA 134LA 1QS9A 5LINA 1G7JC 156LA 4I7PA 2BQIA 4WL7A 4LT2A 3CDRA 3TXIA 1LMAA 1GF0A 1YKZX 2CJLA 2GV0A 2Z18A 4PK0A 2AUBA 1L89A 1L05A 1J1PY 3HU8A 4TWSA 1P6YA 1YAQA 1P64A 1P3NA 1BWJA 4K5YA 1OUDA 1T8FA 1P56A 3SBAA 3CT5A 236LA 1BHZA 1YAMA 4HTKA 1UUZC 1G0PA 1B5YA 4YXAC 4WO9A 3HTFA 4H9IA 1L39A 102LA 1LJJA 252LA 3HH5A 3SB6A 3G3VA 3WXTA 1YKXX 4PRQA 2D4IA 5KXTA 1GDWA 232LA 4HV2A 2D4JA 1C66A 1F0WA 1ZV5L 1L91A 3AZ5A 4NSIA 3WW6A 3GUPA 1CX7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 123L A;  1G0J A;  1QUH A;  1P37 A;  2RBQ A;  4XYY A;  1GWD A;  1KW5 A;  4PJZ A;  4DDB A;  4R6C A;  1QT6 A;  1C64 A;  1DKJ A;  1KY1 A;  1XGT C;  1GXV 2;  1HEP A;  2FYD A;  2BQA A;  4YX7 C;  1GFA A;  251L A;  4DQ5 A;  1NWG A;  2CWI A;  1B7R A;  4H9E A;  4ARM B;  214L A;  5HLL A;  151L A;  2OU9 A;  4H1P A;  3OE9 A;  3K3T A;  1L36 A;  2G4N A;  2BQJ A;  3GUJ A;  4GRV A;  5ILC A;  2HU1 A;  4I7O A;  1J1X Y;  1LW9 A;  1QTV A;  3ZVQ B;  3N9E A;  3W6F A;  4N0J A;  4KL7 A;  4EKQ A;  139L A;  1TDY A;  4GCE A;  2MEA A;  4IAP A;  1LYZ A;  1IEE A;  113L A;  3W6D A;  3PBL A;  1LJK A;  1N4F A;  2F47 A;  4FJR A;  3HT8 A;  2OE7 X;  1L0J A;  3VWO A;  1IX0 A;  1OVJ A;  4KT3 A;  3IJV A;  2YBL A;  1GB8 A;  2IGC A;  3W3E A;  1L48 A;  1G1W A;  1CV0 A;  4W56 A;  5F9X A;  229L A;  1QS5 A;  1KXY A;  1IR8 A;  1L02 A;  4C5F A;  3GUL A;  1GB9 A;  4S0W A;  2Z2F A;  1GB0 A;  3WU7 A;  1HMK A;  3QNG A;  1ZYT A;  1UIE A;  1L15 A;  1L13 A;  1XEI A;  1G07 A;  199L A;  5LAG A;  1UIB A;  2DQG Y;  1B5V A;  5I4Y A;  5B06 A;  1GBY A; 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