3SB7A

Cu-mediated trimer of t4 lysozyme d61h/k65h/r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb7A00
1L44A 4YX7C 1QTHA 1T8GA 3HU9A 1C6TA 127LA 138LA 1CU2A 197LA 1L27A 1LLHA 198LA 1L20A 3SB9A 1ZURA 4GRVA 2A4TA 1L29A 3QAKA 1L15A 4I7SA 4EPFA 3HH5A 2B6YA 1ZYTA 4DAJA 2B75A 142LA 3VW7A 1G07A 1C6IA 242LA 243LA 1G0QA 2RBRA 3DMXA 3C81A 4YXAC 1LI3A 4IAPA 2HUMA 256LA 158LA 1C6PA 4W55A 4AQNA 247LA 3GUOA 1PQOA 1QSBA 3D4SA 3OE6A 2QARC 1EPYA 233LA 4W51A 1DYCA 113LA 1LGUA 2B73A 228LA 3CDRA 148LE 1T8FA 139LA 1D9WA 1L46A 218LA 257LA 3SB5A 260LA 255LA 1LYJA 1QUHA 2O79A 235LA 1L43A 3CDTA 2F32A 1L73A 1L81A 1OV7A 3SB7A 1L03A 1L88A 191LA 114LA 195LA 1CU0A 1L61A 1WTHA 3HUKA 3V2YA 3HUQA 1C66A 3SB8A 1G06A 3HTDA 4EPIA 1L94A 1D2WA 163LA 172LA 4EXMA 4YXCA 1C65A 3GUJA 1C67A 3HTGA 161LA 1L72A 1L74A 173LA 2Q9DA 1L23A 150LA 1L24A 1DYAA 225LA 1LYFA 1L56A 1LPYA 1L97A 3DN3A 4PK0A 227LA 1D3NA 2OU8A 1L13A 1L42A 1C6HA 3F9LA 1QUDA 3C7ZA 2OE9X 2B74A 3G3VA 1PQMA 1T6HA 1CUPA 4I7OA 3SBAA 3C83A 4ARQB 3DN1A 212LA 1L68A 2HULA 1L16A 205LA 2B6WA 4LDOA 2Q9EA 185LA 1L17A 1P36A 160LA 4DJHA 1QT5A 244LA 2ANXA 4DKLA 1C6GA 1NHBA 1C61A 1C64A 1L37A 4I7PA 1LWKA 1LYHA 1CX6A 2B72A 4PJZA 167LA 3HT8A 3C7WA 1L05A 3LZMA 4ARMB 3DNAA 3HWLA 1L83A 1QTZA 104LA 234LA 108LA 4ARQA 1L69A 3RUNA 164LA 111LA 258LA 1LYGA 238LA 3NYAA 1C69A 3EMLA 129LA 1P56A 1LWGA 157LA 1C6BA 1L39A 199LA 3HDFA 1L22A 152LA 253LA 183LA 165LA 3HUAA 2RBQA 181LA 1L40A 1I6SA 4ARMA 128LA 3HH6A 3K2RA 1C68A 3FADA 1CVKA 3C8SA 2OE7X 180LA 4I7RA 1L30A 1P7SA 1L79A 3DN4A 2NTHA 4W53A 206LA 1C6FA 219LA 1L62A 1L01A 3ODUA 1KW7A 1L98A 3HTFA 1L14A 1LW9A 1LYDA 1QS9A 2RH1A 245LA 143LA 4I7TA 2LC9A 3HT7A 2OTYX 1CX7A 246LA 1KY0A 123LA 3C82A 151LA 1L50A 1L19A 1L63A 230LA 130LA 1P2LA 149LA 109LA 131LA 1LGWA 1QTDA 211LA 1PQJA 209LA 184LA 118LA 4EKPA 1L80A 1JQUA 1L59A 102LA 1CV4A 177LA 2LCBA 222LA 1CV0A 4LDEA 3V2WA 125LA 201LA 3DKEX 3GUIA 1QUOA 1D3JA 1L96A 240LA 5LZMA 254LA 1L07A 4W56A 261LA 4K5YA 1SSYA 4W52A 3HTBA 1CV1A 2RB2X 1L00A 1L09A 4W54A 1QT3A 1C6KA 1P6YA 189LA 4EKSA 3HT9A 226LA 3C8RA 1L02A 3JR6A 1QT8A 1C6MA 3OE9A 2OE4X 5I14A 214LA 1DYBA 1OV5A 3UONA 262LA 3DMZA 3DN6A 137LA 1T97A 1G1WA 4W57A 156LA 3CDVA 4I7MA 1D3FA 1L47A 2NTGA 3C7YA 1CU5A 3G3XA 3NY9A 1L26A 3RZEA 1JTNA 1L32A 1LI2A 176LA 1SWZA 3C80A 1PQIA 1G0GA 1G1VA 217LA 1L66A 4LDLA 3HH3A 1L12A 241LA 2O4WA 3L2XA 3HT6A 4ARPA 1KY1A 1L76A 4ARJA 3F8VA 4I7NA 1C6NA 3PBLA 3C8QA 1L11A 1L99A 4E97A 188LA 2RBPA 3DN2A 3SB6A 6LZMA 1T8AA 1OVHA 1XEPA 1XJUA 112LA 2B7XA 1DYEA 224LA 1L71A 3GULA 4ARLA 4EJ4A 186LA 2B6XA 171LA 2RAYX 1C6LA 1CTWA 1L52A 1P3NA 168LA 4GBRB 1LI6A 1SX7A 1SWYA 162LA 169LA 192LA 231LA 1L45A 252LA 3FI5A 1B6IA 1LYEA 141LA 1L60A 3OE8A 1QT6A 182LA 2ANVA 4OO9A 1LYIA 2B70A 216LA 1QTVA 4EKQA 1L0JA 4ZPUA 144LA 146LA 2O7AA 1TLAA 1C62A 1D3MA 187LA 1ZWNA 1L77A 1G0MA 1P5CA 2RBNA 1SSWA 1G0PA 1OVKA 1QT4A 3HDEA 1L34A 1L41A 1L04A 103LA 145LA 1L49A 120LA 1L95A 229LA 119LA 3SN6R 1K28A 1L75A 2B6ZA 3FA0A 221LA 3DN0A 1XJTA 4EKRA 1C60A 2OU9A 1CV5A 1C6AA 1C6EA 1L91A 236LA 1L54A 155LA 1L85A 1L65A 3L64A 1OYUA 3HU8A 1C6DA 174LA 2OTZX 1CU3A 1L86A 2RB0X 1L55A 4I7JA 4LZMA 1KS3A 239LA 175LA 1D2YA 1L0KA 1L33A 232LA 1L90A 122LA 3G3WA 2RBOA 1L06A 1L48A 1L70A 110LA 210LA 1C6QA 1L58A 2Z6BA 1QS5A 1G0LA 2HUKA 1OWZA 1L31A 2IGCA 170LA 249LA 196LA 3DMVA 2F47A 1P64A 200LA 1OVJA 4S0WA 1KW5A 1QTCA 1L21A 4I7LA 1JTMA 1L18A 3GUNA 3GUPA 2RB1X 1L08A 4I7QA 1CV6A 1L28A 3OE0A 4I7KA 1G0JA 1DYGA 259LA 3CDQA 1L53A 3PDSA 166LA 1CUQA 159LA 1QUGA 1QT7A 1L57A 1SX2A 2CUUA 190LA 2LZMA 1L64A 1C6JA 4W58A 1L10A 1L36A 1G0KA 1L67A 1PQDA 1CV3A 147LA 1DYFA 3DN8A 115LA 223LA 3SBBC 1L92A 1L87A 1L35A 1QTBA 1L25A 1C6CA 1DYDA 107LA 2L78A 215LA 1LGXA 1L84A 1CU6A 178LA 2B6TA 126LA 140LA 1P2RA 1PQKA 3GUMA 2RAZX 2RBSA 251LA 2OEAX 2OU0X 2QB0B 220LA 2F2QA 1L82A 1P37A 1QSQA 3GUKA 3CDOA 1L89A 3HH4A 1OWYA 1KNIA 3NY8A 7LZMA 1P46A 1L51A 4W59A 1C63A 248LA 213LA 1L93A 250LA 1L38A 237LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AXTA 4MSTA 4HJVA 1T8GA 3W3EA 1LSZA 3HU9A 1JJ1A 4RW2A 5T3FA 2I26L 3A67Y 4NG8A 198LA 1L20A 1ZURA 4GRVA 2B6YA 4HTKA 2HTXA 1C6IA 4DD3A 1G0QA 3DMXA 1VFBC 1F6SA 3C81A 3EXDA 1LI3A 4XJFA 4AQNA 3OJPA 4ZEEA 233LA 4W94A 2LYMA 1LGUA 1D0KA 1GBSA 228LA 5APFA 4R0FA 3QNGA 1T8FA 4LYOA 4YM8A 1L46A 4NGWA 3W6DA 257LA 4HV1A 1REXA 1IP7A 3CDTA 4NHPA 1OV7A 2H9KA 3WW6A 1CU0A 1WTHA 3HUKA 3V2YA 1GB6A 1KIPC 5FSTA 5JENB 1HEQA 1IOSA 3W6EA 3GUJA 4WLTA 1C67A 4YOPA 4KPMA 4NGIA 4ZIXA 173LA 1VDPA 4ETDA 150LA 4ETCA 1JPOA 1LJEA 3TXJA 3DN3A 2F4AA 1L13A 1YQVY 4NSJA 3G3VA 1TDYA 4WM6A 4YEOA 5KXTA 3TMXA 1IP6A 4I7OA 1IOTA 3EMSA 4ARQB 1B2KA 4I0CA 3CT5A 212LA 1FDLY 1QSWA 2Q9EA 1L17A 1P36A 1ZV5L 3WXUA 160LA 2YSSC 1DI3A 1C6GA 207LA 5LYZA 4DKLA 1L37A 2DQEY 4I7PA 2B72A 4LYBA 3C7WA 2B5ZA 2CGIA 2HU1A 3HWLA 1L83A 1GPQC 4LT1A 1YROA 111LA 2FYDA 1NDMC 3TXHA 1REYA 1YKYX 129LA 5C6LA 1L39A 3HDFA 5KY1A 2W1XA 4B49A 2RBQA 2XBRA 4PRQA 1I6SA 4ARMA 128LA 3FADA 1CVKA 2ZYCA 153LA 1P7SA 4FJRA 2NTHA 4W53A 1C6FA 1C45A 3WPJA 1L98A 3HTFA 1LYDA 2BLXA 3WPKA 3P66A 2LYZA 1H6MA 1UIEA 2LC9A 5FEKA 1REMA 2OTYX 1CX7A 246LA 1KY0A 123LA 3HT7A 3SB8A 4B1AA 5HQ1A 2C8OA 149LA 5LVIA 4WL7A 3N9AA 4PGJB 2HU3A 6LYTA 5LVJA 118LA 1LJHA 102LA 1CV4A 1LZTA 1CV0A 4IATA 1D0MA 125LA 2MECA 201LA 2AUBA 1YILA 4O34A 3CSRA 240LA 1L07A 4W56A 1KXYA 1SSYA 1FBIX 4GCFA 1IOQA 4W54A 2LYOA 3TXGA 8LYZA 4EKSA 1LJJA 4H1PA 4WO9A 2OE4X 5I14A 1BGIA 5F9XA 2DQJY 1GE3A 2BQFA 4U3XB 3CDVA 2LHMA 4I7MA 1UCOA 2F30A 1UA6Y 3NY9A 3OK0A 4TSBA 1LI2A 176LA 4YF2A 4DT3A 1XGUC 2NWDX 1GF6A 3RU5A 1J1PY 1G1VA 3HH3A 2G4QA 1L12A 4ARJA 4I7NA 1B7SA 3ULRA 1HEWA 1IX0A 3DN2A 4P2EA 3SB6A 1LHJA 2MEAA 4WMGA 5APDA 1OVHA 112LA 4NGYA 4H9HA 3GULA 4H8XA 4B0DA 1HERA 4X3BA 1LI6A 1GHLA 192LA 1GFEA 4HP0A 1QDTA 3HFMY 1B6IA 1LYEA 1L60A 3OE8A 5HNLA 182LA 3LZTA 3D3DA 4ZPUA 146LA 1C62A 1YKZX 3TMVA 1L77A 4G4CA 5B1FA 1HHLA 1YANA 1VDQA 4YEMA 1XFPL 103LA 1LJ4A 1TCYA 4ET8A 1D6PA 4ET9A 3SN6R 221LA 3DN0A 1XJTA 4KXIA 4NGLA 1L91A 2BQGA 5LAFA 1LHIA 1JKDA 1SLYA 1C6DA 1CJ8A 1UIAA 174LA 1IP3A 4WG7A 1J1XY 1MLCE 4M6DA 1L86A 4TTDA 1L55A 4I7JA 2DQFC 175LA 1LZNA 1IWWA 122LA 1L06A 4NEBA 4FDYA 5AMYA 1L70A 210LA 1HENA 2Z6BA 1G0LA 2N5ZA 5KXSA 1OWZA 2ZQ3A 3RNXA 170LA 4M4OA 2BPUA 3W6CA 1OVJA 3A3RX 3WUNA 4AGAA 2D4KA 1QTCA 4Z46A 1RI8B 1JTMA 3GUPA 1L08A 2I25L 1CV6A 259LA 4GCCA 1J1OY 1QT7A 1T3PA 2LZMA 1D9UA 4WM4A 2VB1A 1GE1A 5APCA 2I6ZA 1L87A 1GWDA 1QTBA 3HBEX 5D5FA 1DYDA 2L78A 3QE8A 4NGKA 215LA 4WG1A 1GB8A 3WUMA 5FHWA 2B6TA 1LHMA 4TUNA 1PZYA 4DYGA 1PQKA 4R6CA 2RAZX 5LA5A 4Z98A 2RSCA 1L82A 3MGWA 5LVHA 4N0JA 4CJ2A 5KXNA 3GUKA 1KXWA 1GBWA 1KNIA 4WLYA 1L51A 1HELA 4W59A 248LA 1L93A 250LA 1GFJA 237LA 5B07A 4DQ7A 4LYMA 5C6IA 1IP5A 1IWZA 4DQ5A 127LA 3LYOA 197LA 1L27A 1HSXA 4HV2A 5ILCA 2YBJA 3QAKA 2YBNA 1L15A 4EPFA 3HH5A 1GAYA 1ZYTA 2B75A 142LA 3AZ4A 1RJCB 4G4HA 4H91A 1YKXX 4IAPA 256LA 1C6PA 1QSBA 3D4SA 3OE6A 3ATNA 4H9AA 2CDSA 1DYCA 154LA 5IDDA 2B73A 3AW6A 1GF9A 1JKBA 134LA 4GN5C 1DPXA 1IP4A 4BAPA 3SB5A 1WVVA 2EQLA 1HSWA 4GN4A 1L81A 3WW5A 4QY9A 2XQOA 1L03A 1LJKA 1L88A 3AB6A 195LA 1LZCA 1C66A 1GFHA 2BQIA 1G06A 3HTDA 4EPIA 1D2WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4AXT A;  4MST A;  4HJV A;  1T8G A;  3W3E A;  1LSZ A;  3HU9 A;  1JJ1 A;  4RW2 A;  5T3F A;  2I26 L;  3A67 Y;  4NG8 A;  198L A;  1L20 A;  1ZUR A;  4GRV A;  2B6Y A;  4HTK A;  2HTX A;  1C6I A;  4DD3 A;  1G0Q A;  3DMX A;  1VFB C;  1F6S A;  3C81 A;  3EXD A;  1LI3 A;  4XJF A;  4AQN A;  3OJP A;  4ZEE A;  233L A;  4W94 A;  2LYM A;  1LGU A;  1D0K A;  1GBS A;  228L A;  5APF A;  4R0F A;  3QNG A;  1T8F A;  4LYO A;  4YM8 A;  1L46 A;  4NGW A;  3W6D A;  257L A;  4HV1 A;  1REX A;  1IP7 A;  3CDT A;  4NHP A;  1OV7 A;  2H9K A;  3WW6 A;  1CU0 A;  1WTH A;  3HUK A;  3V2Y A;  1GB6 A;  1KIP C;  5FST A;  5JEN B;  1HEQ A;  1IOS A;  3W6E A;  3GUJ A;  4WLT A;  1C67 A;  4YOP A;  4KPM A;  4NGI A;  4ZIX A;  173L A;  1VDP A;  4ETD A;  150L A;  4ETC A;  1JPO A;  1LJE A;  3TXJ A;  3DN3 A;  2F4A A;  1L13 A;  1YQV Y;  4NSJ A;  3G3V A;  1TDY A;  4WM6 A;  4YEO A;  5KXT A;  3TMX A;  1IP6 A;  4I7O A;  1IOT A;  3EMS A;  4ARQ B;  1B2K A;  4I0C A;  3CT5 A;  212L A;  1FDL Y;  1QSW A;  2Q9E A;  1L17 A;  1P36 A;  1ZV5 L;  3WXU A;  160L A;  2YSS C;  1DI3 A;  1C6G A;  207L A;  5LYZ A;  4DKL A;  1L37 A;  2DQE Y;  4I7P A;  2B72 A;  4LYB A;  3C7W A;  2B5Z A;  2CGI A;  2HU1 A;  3HWL A;  1L83 A;  1GPQ C;  4LT1 A;  1YRO A;  111L A;  2FYD A;  1NDM C;  3TXH A;  1REY A;  1YKY X;  129L A;  5C6L A;  1L39 A;  3HDF A;  5KY1 A;  2W1X A;  4B49 A;  2RBQ A;  2XBR A;  4PRQ A;  1I6S A;  4ARM A;  128L A;  3FAD A;  1CVK A;  2ZYC A;  153L A;  1P7S A;  4FJR A;  2NTH A;  4W53 A;  1C6F A;  1C45 A;  3WPJ A;  1L98 A;  3HTF A;  1LYD A;  2BLX A;  3WPK A;  3P66 A;  2LYZ A;  1H6M A;  1UIE A;  2LC9 A;  5FEK A;  1REM A;  2OTY X;  1CX7 A;  246L A;  1KY0 A;  123L A;  3HT7 A;  3SB8 A;  4B1A A;  5HQ1 A;  2C8O A;  149L A;  5LVI A;  4WL7 A;  3N9A A;  4PGJ B;  2HU3 A;  6LYT A;  5LVJ A;  118L A;  1LJH A;  102L A;  1CV4 A;  1LZT A;  1CV0 A;  4IAT A;  1D0M A;  125L A;  2MEC A;  201L A;  2AUB A;  1YIL A;  4O34 A;  3CSR A;  240L A;  1L07 A;  4W56 A;  1KXY A;  1SSY A;  1FBI X;  4GCF A;  1IOQ A;  4W54 A;  2LYO A;  3TXG A;  8LYZ A;  4EKS A;  1LJJ A;  4H1P A;  4WO9 A;  2OE4 X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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