3SB8A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h by synthetic symmetrization
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GGPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb8A00
258LA 1I6SA 3F8VA 2A4TA 170LA 1C60A 1C6MA 1L07A 160LA 177LA 1DYDA 173LA 167LA 1D3JA 4W56A 3DN1A 2B70A 1L88A 1L99A 2RAYX 1C6PA 4I7JA 1LLHA 1QTDA 2Q9DA 3C82A 1DYAA 1L31A 3OE0A 1LPYA 1L89A 1L59A 3C80A 1QSBA 1QTHA 3NY9A 1PQDA 1L62A 174LA 4YXCA 1L0KA 4EKRA 1L16A 1L92A 1L0JA 161LA 3ODUA 1L68A 4YXAC 1L87A 4E97A 238LA 1C6JA 1SWYA 1L49A 1L41A 1ZURA 3DMVA 1P37A 222LA 1EPYA 3DKEX 1OVJA 1D2WA 4ARQA 252LA 3L64A 3G3XA 4EXMA 188LA 195LA 262LA 1LYGA 6LZMA 1SWZA 128LA 1L58A 245LA 1QUHA 1L00A 1KS3A 1PQKA 3HT8A 3DMZA 2B7XA 1QT6A 1CUQA 1L46A 1L54A 3C8QA 1L98A 3DMXA 1L86A 104LA 2RAZX 2OE4X 1L61A 143LA 1L84A 4EKPA 1L70A 3DNAA 1K28A 1CV0A 1L97A 1L12A 1C63A 1L83A 3SB8A 127LA 4YX7C 1L56A 146LA 3SN6R 239LA 1L15A 1L37A 261LA 2F2QA 3CDTA 1L93A 1CUPA 2B75A 1CVKA 1G0LA 1L27A 231LA 166LA 206LA 1G0PA 3CDOA 1XJTA 1L04A 3VW7A 107LA 200LA 2LC9A 1CU5A 3G3WA 1L25A 219LA 2RB2X 2ANVA 260LA 1P46A 3GUJA 1L03A 251LA 1G0JA 2RB1X 1L52A 1PQIA 3DN6A 1KW5A 1OVHA 2OU0X 3HTBA 4ARQB 1QS5A 1D2YA 3HTFA 148LE 1L63A 1B6IA 4W52A 140LA 1L94A 1P64A 3GUMA 2HUMA 223LA 3PDSA 4DAJA 2O4WA 2B72A 3JR6A 2NTHA 196LA 2OE7X 1SX2A 237LA 1C6QA 4I7TA 1DYEA 1LYHA 1L60A 123LA 1CV6A 4W53A 253LA 2Q9EA 3HH3A 1C6GA 1L06A 2CUUA 1D3FA 210LA 5LZMA 164LA 1CU6A 2OTYX 1QUGA 1L24A 216LA 1T8AA 1L19A 3HH6A 1C6KA 1L95A 1P56A 3HH4A 254LA 103LA 215LA 248LA 3C8SA 2RBPA 4W54A 145LA 3GUNA 1L81A 3SBAA 1C6TA 197LA 2LCBA 1LWKA 2RBQA 183LA 1KY1A 152LA 1CU3A 1L11A 1ZWNA 1L44A 3C7YA 1L08A 4PK0A 1WTHA 1L76A 192LA 243LA 2RBRA 4W58A 1L20A 1G1WA 220LA 1XEPA 4IAPA 1QUOA 4W59A 139LA 1LI6A 1G06A 1KY0A 1L40A 1L48A 1QTZA 1T8GA 3HU9A 3L2XA 1LWGA 131LA 1C66A 108LA 2HULA 4ARPA 2B6WA 1T8FA 1L55A 1JTMA 3DN3A 119LA 3CDVA 1L66A 3RZEA 1C6CA 1L18A 1L77A 1QUDA 201LA 1L73A 1L64A 232LA 1OVKA 1L51A 4I7RA 3SBBC 1P7SA 1LGWA 1PQMA 111LA 1C62A 175LA 205LA 1G0MA 1D3MA 149LA 1QTCA 109LA 2B74A 235LA 4I7MA 1LYIA 4I7PA 190LA 118LA 1C6NA 1CV4A 1L67A 1LW9A 212LA 4ARMA 2OU8A 198LA 2RH1A 1SSWA 141LA 1KNIA 2B6TA 3DN2A 1L74A 1D3NA 259LA 1QTVA 228LA 2LZMA 4I7NA 1TLAA 1L71A 1QSQA 3EMLA 1PQOA 178LA 2OE9X 241LA 1P2LA 1P6YA 1LGXA 226LA 3CDRA 5I14A 1L09A 157LA 1C67A 2B6YA 1JQUA 1LYEA 4W57A 3UONA 1C68A 3OE6A 113LA 3GUIA 3NY8A 3HUKA 3V2WA 1L79A 2B6ZA 1L39A 3HT9A 4EPIA 1C6IA 1G0QA 1XJUA 233LA 2O7AA 156LA 224LA 130LA 3HT7A 1L57A 227LA 4W51A 125LA 2Z6BA 1L43A 144LA 4ARLA 191LA 236LA 4PJZA 1QT8A 1L23A 3HUAA 1LYDA 4LDLA 1L69A 4ARMB 1L91A 3FA0A 1C6AA 213LA 3HTGA 4AQNA 3V2YA 1OV5A 3K2RA 4GRVA 3HT6A 1D9WA 1P5CA 1QT5A 1L29A 1L53A 185LA 158LA 211LA 2RBOA 3GULA 1L42A 1T97A 180LA 1L35A 1KW7A 2OEAX 1PQJA 172LA 3GUKA 1C6FA 3QAKA 4EJ4A 169LA 3HDEA 2RB0X 1L28A 4I7QA 4S0WA 1QTBA 1CX6A 229LA 3DN8A 163LA 3C81A 4W55A 2B6XA 4K5YA 182LA 1L05A 1L10A 162LA 218LA 4I7LA 4EKSA 1DYGA 2NTGA 1L30A 110LA 184LA 1C69A 1L75A 155LA 1G0KA 214LA 1C6BA 3C7WA 2B73A 3C7ZA 4DJHA 3OE8A 171LA 112LA 3CDQA 1P36A 246LA 3C83A 3HUQA 3NYAA 1T6HA 4LDEA 1L72A 1JTNA 3PBLA 1CV5A 1LYFA 1ZYTA 3SB9A 1CU0A 2RBSA 1C6LA 1CX7A 1L26A 1L14A 189LA 1L22A 159LA 1L45A 1C65A 1L85A 240LA 1L01A 249LA 247LA 1CV1A 2QB0B 7LZMA 138LA 3HWLA 3RUNA 3SB6A 1DYCA 176LA 186LA 1L65A 1CV3A 225LA 1LI2A 3HH5A 3GUOA 3DN4A 126LA 1LGUA 1OWZA 1L36A 3SB7A 1DYBA 1CU2A 244LA 1L38A 1OWYA 1QT4A 1G1VA 1L33A 1LYJA 3F9LA 181LA 1LI3A 187LA 2OU9A 115LA 3LZMA 168LA 256LA 1P3NA 1L82A 1L17A 4OO9A 230LA 217LA 2RBNA 3C8RA 147LA 1L50A 3GUPA 1OYUA 2F47A 234LA 1QT7A 2O79A 4GBRB 3FADA 3HU8A 1C6EA 209LA 165LA 1L32A 3DN0A 1C64A 255LA 2ANXA 257LA 1OV7A 1G0GA 2OTZX 1NHBA 1QT3A 2HUKA 129LA 1C61A 3HDFA 151LA 1L80A 3HTDA 114LA 242LA 4I7KA 4ZPUA 199LA 1P2RA 2QARC 3D4SA 1L13A 3G3VA 4LZMA 4EPFA 142LA 1L90A 1G07A 221LA 4LDOA 1L21A 1L96A 2F32A 3OE9A 1CTWA 137LA 4ARJA 1C6HA 1C6DA 120LA 1L47A 3SB5A 4DKLA 1DYFA 2IGCA 3FI5A 150LA 102LA 250LA 4EKQA 1QS9A 1L34A 122LA 2L78A 4I7SA 4I7OA 1L02A 1SX7A 1SSYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
258LA 1I1ZA 1F6RA 2A4TA 3N9AA 1GFVA 3TXGA 7LYZA 4WM4A 4HTNA 1GBYA 1TAYA 1B5VA 2CWIA 3ZEKA 1L99A 1C6PA 1UIDA 1L59A 3HFMY 4WM3A 1GF0A 1PQDA 1L62A 174LA 2HEFA 1LJGA 3LZTA 3ODUA 1L87A 1C6JA 1SWYA 222LA 3DKEX 1OVJA 5FELA 1N4FA 4WL7A 5B07A 188LA 262LA 128LA 4OWEA 1OP9B 3K3TA 3HBEX 1PQKA 1GF7A 1H87A 1J1PY 2XBRA 2FBBA 104LA 5LVKA 4R0FA 3TXEA 1K28A 1CV0A 3CT0A 3IJUA 4UWNA 4YX7C 1L56A 1V7TA 3G3BB 1B7SA 3CDTA 1CUPA 4TX7A 1CVKA 1CKGA 1GAYA 5DLAA 4LYBA 4NGYA 5E4PA 3GXKA 1G0PA 1NMMA 1L04A 5KXKA 1CU5A 219LA 4HV1A 1IC5Y 4XJFA 3J4GA 5KXZA 1L03A 4HJYA 1G0JA 1KW5A 2DQCY 1QDRA 1D2YA 4KPMA 2CGIA 3B72A 3WUNA 3KAMA 1P64A 3GUMA 5KXXA 4NWEA 1UIGA 1WQPA 2OE7X 1SX2A 2Z2FA 3W3EA 3WYHA 1DYEA 1LYHA 1PS5A 1CV6A 1B7RA 1B2KA 3WW6A 1L06A 1D3FA 1YAMA 210LA 2BQJA 1ZV5L 1LZEA 3HH4A 1GF4A 1LHKA 4H9FA 4RLMA 2BQFA 1GHLA 1L81A 1B5XA 2Z39A 197LA 2LCBA 4HV2A 2CJLA 2YBIA 1KY1A 152LA 1L44A 3EXDA 192LA 4QEQA 2RBRA 2ZNXY 1G1WA 4GCCA 1XEPA 9LYZA 5KXMA 1LJ4A 3N9CA 4NGIA 139LA 1C45A 1KY0A 4J7VA 1LWGA 5D5FA 4DDBA 4ARPA 1T8FA 1IC4Y 3DN3A 1QUDA 4EMNA 1WVVA 4GN4A 5F81A 4H90A 1LGWA 175LA 2W1XA 109LA 235LA 4NGLA 1GF3A 1DPWA 4G49A 4D9ZA 1LSPA 118LA 4TTDA 1HSWA 1CKCA 1CV4A 2MEAA 1L67A 5APFA 3A6BY 3AZ6A 1IOTA 3W6AA 4DQJA 1I56A 4NSIA 4BAPA 1XGTC 1DQJC 1HELA 3TMVA 1JTPL 1JIYA 1UIAA 3A90A 2BLYA 1VEDA 1JISA 2EPEA 1LGXA 5C6LA 1LYOA 1JQUA 2XTHA 4W57A 4RW1A 1HFXA 2Z37A 1HEWA 3WH1A 1GFGA 3NY8A 3HUKA 5KXWA 3CT1A 1L79A 2B6ZA 4XJHA 3HT9A 1LZ5A 1IP3A 1XJUA 1NDGC 4NHTA 1RCMA 1C43A 4WLTA 125LA 4B4IA 4BS7A 3T6UA 3LYOA 4H8XA 1L23A 1GB3A 2LYMA 3HUAA 4O34A 4TUNA 3HTGA 4AQNA 3V2YA 3K2RA 4TWSA 1C46A 4HTQA 5JENB 5LYMA 1LSNA 1P5CA 1L29A 1KXYA 1NKHA 180LA 2OEAX 3GUKA 3QAKA 4H94A 1F0WA 1XGUC 1DPXA 1IP5A 2BQLA 4S0WA 1QTBA 5DN5A 1CX6A 1LYZA 1WTMA 4PRQA 1RFPA 163LA 3C81A 4K5YA 1GE0A 8LYZA 1IP4A 4H9AA 218LA 4EKSA 2NTGA 1G7MC 2MEBA 1OUBA 184LA 214LA 1C6BA 4NGWA 4HPIA 1LKRA 2BQEA 3AJNA 3CDQA 1P36A 246LA 1GAZA 3HUQA 4WLDA 2BQKA 3TMXA 2A7FA 1CV5A 3AZ4A 1HEMA 1C6LA 1L26A 1BGIA 1L22A 249LA 247LA 3ATNA 3RUNA 1WQRA 4DT3A 1BHZA 3AZ7A 4B49A 3RZ4A 1LJ3A 2HEBA 5HNLA 3DN4A 1LGUA 4Z98A 1L36A 5A3ZA 3CSZA 3F9LA 1UC0A 4HJVA 3RNXA 2DQHY 3CSQA 168LA 1LAAA 4ETAA 1L17A 4OO9A 4PPOA 5FSTA 230LA 234LA 1IY3A 3AZ5A 1LZ4A 2HTXA 4M6DA 257LA 2YBNA 1G0GA 1CJ6A 1GE2A 1NHBA 1QT3A 1LSZA 2HUKA 1WQNA 3FI7A 4AXTA 3WW5A 2DBTA 3A34A 1LJEA 3D4SA 4LZMA 1YAQA 1DZBX 2AUBA 1CKHA 1L90A 4XJDA 1C7PA 4WO9A 1L21A 4WMGA 1CTWA 1LHHA 1L47A 3SB5A 3FI5A 150LA 122LA 2L78A 1GBZA 1L02A 1QTKA 1SX7A 4NY5A 3W6CA 3F8VA 2D91A 1C60A 1C6MA 4EOFA 160LA 5B1GA 3B0IA 2PC2A 2MEDA 4CJ2A 1DYDA 173LA 4NG1A 5KY1A 2B70A 4B4JA 1VDPA 1LZ8A 5B1FA 1NF5A 4I7JA 1LLHA 1QTDA 1LZSA 1B7OA 3C82A 1L89A 3C80A 1QTHA 1IIZA 4N1EI 1IOQA 1L0KA 2Q0MX 2DQDY 1L68A 4YXAC 1BB4A 4LFXA 4E97A 207LA 5KXLA 4J1AA 2D4KA 2EKSC 3DMVA 2BQOA 1EPYA 2CDSA 252LA 1IEEA 1LMCA 6LZMA 3CB7A 1GB8A 1ZVYB 1QUHA 1GF5A 1LJFA 1L00A 4HSFA 3DMZA 1CUQA 3DMXA 1HFYA 2OE4X 143LA 4EKPA 4ET9A 1G7HC 1L97A 1C63A 3SB8A 2F30A 1LJKA 1GXV2 5LIOA 4WG7A 1L15A 1L93A 4U3XB 3ZVQB 4I8SA 231LA 166LA 1D0LA 3SP3A 3CDOA 3IWRA 3IJVA 1IOCA 3VW7A 107LA 1MLCE 3TXKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 258L A;  1I1Z A;  1F6R A;  2A4T A;  3N9A A;  1GFV A;  3TXG A;  7LYZ A;  4WM4 A;  4HTN A;  1GBY A;  1TAY A;  1B5V A;  2CWI A;  3ZEK A;  1L99 A;  1C6P A;  1UID A;  1L59 A;  3HFM Y;  4WM3 A;  1GF0 A;  1PQD A;  1L62 A;  174L A;  2HEF A;  1LJG A;  3LZT A;  3ODU A;  1L87 A;  1C6J A;  1SWY A;  222L A;  3DKE X;  1OVJ A;  5FEL A;  1N4F A;  4WL7 A;  5B07 A;  188L A;  262L A;  128L A;  4OWE A;  1OP9 B;  3K3T A;  3HBE X;  1PQK A;  1GF7 A;  1H87 A;  1J1P Y;  2XBR A;  2FBB A;  104L A;  5LVK A;  4R0F A;  3TXE A;  1K28 A;  1CV0 A;  3CT0 A;  3IJU A;  4UWN A;  4YX7 C;  1L56 A;  1V7T A;  3G3B B;  1B7S A;  3CDT A;  1CUP A;  4TX7 A;  1CVK A;  1CKG A;  1GAY A;  5DLA A;  4LYB A;  4NGY A;  5E4P A;  3GXK A;  1G0P A;  1NMM A;  1L04 A;  5KXK A;  1CU5 A;  219L A;  4HV1 A;  1IC5 Y;  4XJF A;  3J4G A;  5KXZ A;  1L03 A;  4HJY A;  1G0J A;  1KW5 A;  2DQC Y;  1QDR A;  1D2Y A;  4KPM A;  2CGI A;  3B72 A;  3WUN A;  3KAM A;  1P64 A;  3GUM A;  5KXX A;  4NWE A;  1UIG A;  1WQP A;  2OE7 X;  1SX2 A;  2Z2F A;  3W3E A;  3WYH A;  1DYE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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