3SB8A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h by synthetic symmetrization
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
GGPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb8A00
2B72A 2Q9EA 2RAZX 2F2QA 4W59A 2B7XA 184LA 2OE9X 1L66A 1PQDA 1L39A 1L14A 217LA 3HU8A 205LA 168LA 178LA 163LA 4YX7C 3ODUA 3HT9A 120LA 1D3FA 1CV1A 3HH4A 1L84A 4I7SA 3SB5A 2RB1X 1L59A 3DN0A 3HH6A 2HUMA 222LA 224LA 171LA 2L78A 1L44A 1CV0A 1D9WA 4I7QA 1P2RA 1L43A 2QARC 209LA 1D2WA 3DN1A 3DN8A 118LA 1JTNA 241LA 3DN4A 2RB2X 1CX7A 3G3XA 1K28A 4EXMA 2LC9A 2OE4X 1P64A 2OTZX 2OU8A 107LA 1C6DA 1L74A 1C63A 1C6JA 201LA 158LA 4IAPA 2RBNA 3SBAA 1L70A 1C6KA 1CU2A 1KS3A 1L27A 2RB0X 2NTHA 214LA 1XJTA 3RUNA 1QSQA 3SB8A 1G1VA 1C66A 220LA 1KNIA 4ARPA 147LA 1L53A 1L05A 1G0MA 1L89A 2B6TA 1L21A 4PK0A 244LA 3CDQA 4I7LA 1L55A 3HT7A 1P2LA 145LA 246LA 3SB6A 1P46A 238LA 1L30A 1C6BA 1C6HA 1L24A 1L54A 156LA 1CU5A 1L09A 1T97A 1L88A 1KW5A 1L50A 1L26A 1XJUA 1LGUA 1L22A 3EMLA 230LA 3L64A 1OWYA 3FA0A 1L35A 139LA 123LA 190LA 176LA 1KW7A 4W57A 1OV7A 1EPYA 256LA 1L45A 1L87A 1L25A 3CDRA 3HUQA 2IGCA 3SN6R 3C81A 3DMZA 3CDVA 2NTGA 1L81A 223LA 3HT6A 1OVKA 226LA 2B6WA 2B6XA 3SBBC 228LA 216LA 103LA 191LA 1D3NA 212LA 248LA 250LA 3GUNA 4EPFA 1QT5A 3HUAA 1L75A 1OV5A 4EKSA 1LGWA 2LCBA 4EPIA 161LA 1L69A 4W51A 3F8VA 125LA 4K5YA 4ARQB 2F47A 240LA 1QT7A 1QTCA 3L2XA 185LA 3C80A 2OU9A 131LA 3OE8A 2HUKA 3CDOA 1LYEA 1TLAA 1L73A 1QT8A 1L98A 4I7OA 3C8QA 1C68A 2B6YA 162LA 1WTHA 3HTFA 1L85A 1C65A 1CVKA 1SSYA 1L11A 149LA 1L46A 2RBSA 3JR6A 1L33A 4S0WA 1DYDA 1QT6A 1T8AA 129LA 3QAKA 1CU0A 4GRVA 4ARJA 1C60A 1OVJA 225LA 1L80A 258LA 199LA 234LA 1CV6A 255LA 1L90A 3HU9A 4DKLA 1DYEA 3F9LA 1L96A 1L77A 1QTBA 4LDLA 1C6TA 1L31A 3C82A 4ZPUA 1L51A 1B6IA 1LI2A 6LZMA 1L57A 1SSWA 227LA 2O79A 3GUIA 4ARMA 3HWLA 3DKEX 1LWKA 1QUGA 1L29A 215LA 114LA 1DYFA 175LA 172LA 2Z6BA 151LA 1L38A 159LA 2LZMA 3PDSA 1P5CA 4ARLA 1L13A 5I14A 1L08A 1L92A 1C6GA 1L40A 1NHBA 219LA 1L63A 2O4WA 3C7YA 127LA 1SWZA 180LA 252LA 1LLHA 2A4TA 2B6ZA 4ARMB 2OU0X 112LA 4E97A 1L15A 1C6FA 1QUDA 3K2RA 4W53A 3G3WA 1CTWA 1L82A 2RAYX 1C6QA 1L42A 1C6NA 1LYJA 3FADA 1C69A 142LA 3UONA 247LA 249LA 239LA 188LA 206LA 1L10A 2CUUA 197LA 1L20A 1L01A 1SWYA 198LA 2B74A 1C6EA 1L56A 1OWZA 2RBPA 150LA 1QS5A 1DYBA 1L34A 4PJZA 4ARQA 137LA 1L71A 1G0LA 1QTZA 1DYCA 2ANVA 130LA 3HTBA 165LA 1C6PA 1QUOA 181LA 1G0QA 1L97A 3LZMA 4I7JA 1QTDA 213LA 4YXAC 3C8SA 1LYFA 1G0GA 157LA 1G0KA 2F32A 195LA 3C8RA 3PBLA 1QUHA 148LE 2OTYX 182LA 4I7MA 1C6AA 3GULA 160LA 1L67A 1L32A 1L79A 262LA 1CV4A 1CV3A 1G0JA 3C7ZA 4W52A 110LA 155LA 1LGXA 1L86A 1LYIA 3HTDA 1L23A 200LA 1C6MA 1L04A 152LA 1D3JA 3C7WA 3C83A 1L17A 104LA 166LA 236LA 1L58A 1C61A 1T8GA 2OEAX 251LA 3HDEA 1OVHA 2B73A 4I7PA 1DYGA 3GUPA 3RZEA 1L94A 1SX7A 4GBRB 1LWGA 5LZMA 231LA 1C6IA 257LA 1OYUA 1JQUA 1QS9A 1CUPA 235LA 1P6YA 3CDTA 3D4SA 3VW7A 144LA 1G06A 1L60A 113LA 1L52A 1G0PA 1P7SA 2B70A 1CU6A 1C64A 1L06A 187LA 140LA 221LA 1L48A 189LA 1L19A 3DN3A 1L93A 170LA 1LYDA 1ZYTA 1LI3A 1P56A 173LA 3GUKA 4I7NA 3DMXA 146LA 1P3NA 1CU3A 1C67A 174LA 183LA 1L37A 1L18A 108LA 1XEPA 4W56A 3HDFA 1D3MA 3SB9A 126LA 229LA 4I7KA 1L00A 1C6CA 4W54A 138LA 1L02A 1I6SA 1L91A 3NY8A 4LDEA 1LW9A 211LA 141LA 1L83A 3HH5A 1LI6A 1QTHA 237LA 2B75A 3FI5A 4OO9A 233LA 164LA 1CX6A 2OE7X 192LA 3DN6A 1SX2A 128LA 1L64A 1QT3A 3OE0A 4EKPA 167LA 1QT4A 186LA 1L99A 1G07A 1P36A 4I7TA 210LA 122LA 3SB7A 109LA 259LA 1L28A 232LA 1L72A 253LA 4DJHA 4W58A 3DMVA 4LDOA 1PQOA 245LA 2QB0B 1T8FA 1L12A 242LA 1L68A 1L36A 3NYAA 3G3VA 7LZMA 1DYAA 1PQIA 3HH3A 2RH1A 2RBOA 2Q9DA 1PQJA 1KY0A 2RBRA 1PQKA 1QSBA 1L95A 4EKRA 3HTGA 1L07A 1L65A 2HULA 4AQNA 1JTMA 3HT8A 1L0KA 196LA 1D2YA 4EKQA 169LA 2ANXA 1ZWNA 1L47A 1LPYA 218LA 3NY9A 1C6LA 1PQMA 1L76A 4DAJA 3DNAA 119LA 1P37A 3OE6A 254LA 143LA 177LA 1L0JA 1L41A 1CUQA 1QTVA 2RBQA 1L62A 1L03A 1T6HA 1LYGA 1ZURA 261LA 3GUJA 115LA 1KY1A 3OE9A 1L49A 2O7AA 1L16A 1LYHA 4YXCA 4LZMA 243LA 102LA 3HUKA 4I7RA 3GUOA 1C62A 3DN2A 111LA 260LA 4W55A 3V2WA 3V2YA 1L61A 4EJ4A 1CV5A 3GUMA 1G1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B72A 1RCMA 5APFA 4A7DA 2ZWBA 3D3DA 4I8SA 2B7XA 1PQDA 1L39A 3HU8A 168LA 4AGAA 2N5ZA 3CQLA 3SB5A 1B7LA 1CV1A 1L84A 1GFKA 4ET9A 4WO6A 2HUMA 2BQDA 3ULRA 3TXIA 9LYZA 171LA 1IOQA 2L78A 1D0LA 1QIOA 2BQEA 5KXXA 1D2WA 3DN1A 4QEQA 6LYZA 241LA 2YBJA 2Z18A 1GF7A 3EBAB 1CX7A 4WM4A 4LFPA 2LC9A 107LA 1L74A 201LA 4IAPA 1LJKA 1GB8A 1HSXA 3A8ZA 4LGKA 3SBAA 1L27A 2HEAA 4DD2A 3B0KA 1B5ZA 1GBYA 1QSQA 220LA 1V7TA 2MEAA 147LA 5KXTA 1QUTA 4DQJA 4PK0A 1LZ5A 3A34A 4H9CA 1GEZA 1L55A 1IC5Y 246LA 1LMOA 4DD9A 1GB9A 1C6BA 1HHLA 1CU5A 5F14A 1KW5A 5B1GA 1WQPA 3QE8A 3A67Y 4NWHA 4U3XB 1UIFA 4UWNA 1KIPC 1OWYA 1BVKC 1L35A 1GDXA 139LA 123LA 190LA 1FKQA 1JEFA 1KW7A 5I4WA 1OV7A 3CDRA 2IGCA 4UWVA 2A7DA 1CKGA 4G4HA 2NTGA 3D9AC 226LA 1ZVYB 1JSFA 228LA 4CHXA 1BGIA 250LA 1OV5A 1JISA 2LCBA 1CKCA 2F47A 240LA 1QTCA 1B9OA 131LA 3LYTA 1GDWA 1GFGA 2YBLA 4LYOA 3HBEX 2B6YA 1WTHA 5LAGA 4P2EA 1L85A 1CVKA 1SSYA 1L11A 1GF6A 2RBSA 1C46A 4GN4A 1L33A 1YROA 4S0WA 1T8AA 3QAKA 1CU0A 5APCA 4GRVA 1B0DA 1LZTA 1OVJA 199LA 234LA 255LA 3HU9A 4BAFA 3HFMY 1DQJC 3F9LA 1WQNA 1P2CC 4ZFPA 5KY1A 1B6IA 6LZMA 1LSFA 3WVYA 1LWKA 208LA 1GHLA 4PGJB 4G4BA 2Z6BA 3AZ4A 159LA 2LZMA 1DZBX 3CSRA 1C6GA 4NGYA 1NHBA 1UIDA 3C7YA 4DQ7A 1LZ1A 2HEEA 1JJ1A 1GE3A 112LA 1C6FA 1XGTC 5AMYA 3G3WA 1L82A 3IJUA 1BB4A 2RAYX 1PS5A 4RLNA 1YANA 2ZNWY 1LYJA 1AZFA 4IJ4A 1REMA 3W6CA 4LYZA 1DKJA 4WM1A 1L10A 2CUUA 4YF2A 1LJNA 4LYBA 5KXLA 1L34A 137LA 2G4QA 1C6PA 4WG7A 4DQ5A 181LA 3LZMA 4I7JA 213LA 2F30A 2BQFA 2DQCY 1LYFA 157LA 4PJ2C 3TXEA 4LT1A 1IY3A 1LHMA 1NBYC 1QUHA 1LZYA 1QQYA 3FE0A 5B07A 1H87A 1IP1A 1IP2A 4B4EA 110LA 3WXTA 3B6LA 4CGEA 3C83A 1GD6A 1L58A 3W3EA 4XJDA 3RZEA 1OUBA 4B4IA 5ILFA 4YEMA 4XJIA 1SQ2L 2B5ZA 5JENB 1JTPL 2IFFY 235LA 113LA 1L52A 3OJPA 4H1PA 1P7SA 5I54A 1HFYA 2BQMA 3RU5A 1C64A 1W6ZA 5LYZA 146LA 1LJFA 1P3NA 1CU3A 1C67A 1DI5A 1C43A 1L18A 108LA 4XJGA 229LA 1DKKA 2DQAA 1LMPA 2BQOA 2YBHA 3EO5A 4I7KA 5T3FA 4KT3A 2BAAA 3NY8A 2BQJA 1GE4A 4LDEA 3HH5A 1L83A 3FI5A 233LA 4NG8A 5LVHA 192LA 3GXRA 1SX2A 4WOAA 167LA 2I6ZA 4I7TA 3RT5X 210LA 4HJYA 122LA 109LA 1JSEA 5FELA 232LA 1L72A 1FLUA 253LA 1XGUC 4DJHA 1PQOA 1SLYA 1WQOA 2QB0B 1ZV5L 3NYAA 1C7PA 2XBRA 1CKFA 4HPEA 2RBOA 4NGVA 1PQJA 3WL2A 3ZVQA 4DD3A 1L95A 4L41A 2Z19A 1LSGA 1IWWA 4N1CC 4HV2A 4R6CA 3HT8A 1L0KA 1IR8A 2ANXA 1WQMA 4XN6A 1G7JC 5A3EA 3WPLA 1L76A 4DAJA 1LAAA 3DNAA 4H94A 119LA 1OP9B 3OE6A 1NHEA 254LA 1L62A 115LA 2W1XA 4N1EI 1YAMA 1BWJA 1LYHA 243LA 2W1YA 2BQGA 2HEBA 3GXKA 3DN2A 111LA 4TWSA 4W55A 1LOZA 3V2YA 1L61A 4EJ4A 1CV5A 1G1WA 5IELA 4EOFA 1D0MA 2BLXA 2F2QA 1I20A 2ZYPA 184LA 2OE9X 3OK0A 1L66A 1L14A 4OWEA 5DL9A 3HT9A 120LA 1YKZX 3W6FA 1OUIA 3AYQA 2RB1X 4NGLA 224LA 1CV0A 1D9WA 1P2RA 4TSBA 4OWBA 1IP4A 1F10A 3W6BA 1JTNA 3WU7A 4HTQA 3DN4A 2DKVA 4XJFA 1K28A 5F9XA 4EXMA 3BKVA 2OTZX 5HQ1A 2LZTA 3CB7A 1C6JA 2RBNA 4WM5A 1C6KA 1CU2A 1KS3A 4DDCA 5KXRA 1YL1X 3RUNA 4NSHA 2MEEA 3SB8A 4G9SA 3N9AA 3LHMA 1AT5A 1B5XA 4WLTA 4DDBA 4ARPA 1L53A 1LZ9A 1L89A 244LA 4O34A 2ZYCA 1VAUA 1IVMA 1IC7Y 2HEDA 1A2YC 1L30A 1LPIA 1L24A 1KIRC 1IOCA 1T97A 156LA 4H8YA 1L50A 3CT1A 3WPKA 1L22A 2YBMA 1LSZA 1WVVA 1YKYX 4D9ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B72 A;  1RCM A;  5APF A;  4A7D A;  2ZWB A;  3D3D A;  4I8S A;  2B7X A;  1PQD A;  1L39 A;  3HU8 A;  168L A;  4AGA A;  2N5Z A;  3CQL A;  3SB5 A;  1B7L A;  1CV1 A;  1L84 A;  1GFK A;  4ET9 A;  4WO6 A;  2HUM A;  2BQD A;  3ULR A;  3TXI A;  9LYZ A;  171L A;  1IOQ A;  2L78 A;  1D0L A;  1QIO A;  2BQE A;  5KXX A;  1D2W A;  3DN1 A;  4QEQ A;  6LYZ A;  241L A;  2YBJ A;  2Z18 A;  1GF7 A;  3EBA B;  1CX7 A;  4WM4 A;  4LFP A;  2LC9 A;  107L A;  1L74 A;  201L A;  4IAP A;  1LJK A;  1GB8 A;  1HSX A;  3A8Z A;  4LGK A;  3SBA A;  1L27 A;  2HEA A;  4DD2 A;  3B0K A;  1B5Z A;  1GBY A;  1QSQ A;  220L A;  1V7T A;  2MEA A;  147L A;  5KXT A;  1QUT A;  4DQJ A;  4PK0 A;  1LZ5 A;  3A34 A;  4H9C A;  1GEZ A;  1L55 A;  1IC5 Y;  246L A;  1LMO A;  4DD9 A;  1GB9 A;  1C6B A;  1HHL A;  1CU5 A;  5F14 A;  1KW5 A;  5B1G A;  1WQP A;  3QE8 A;  3A67 Y;  4NWH A;  4U3X B;  1UIF A;  4UWN A;  1KIP C;  1OWY A;  1BVK C;  1L35 A;  1GDX A;  139L A;  123L A;  190L A;  1FKQ A;  1JEF A;  1KW7 A;  5I4W A;  1OV7 A;  3CDR A;  2IGC A;  4UWV A;  2A7D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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