3SB9A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 56
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb9A00
1CV1A 238LA 3DN0A 2A4TA 3DKEX 212LA 1CU3A 1B6IA 1L18A 1C6EA 1LYDA 1L38A 1C67A 239LA 1L32A 110LA 1L85A 1P5CA 1L30A 3SBAA 200LA 186LA 1L19A 1L14A 4YXAC 3VW7A 2OE9X 1LWKA 1DYEA 1OV5A 1C6QA 3HH3A 3DN6A 2B75A 102LA 3HDFA 2OU0X 1G1VA 3GUPA 1L47A 1QTCA 219LA 3DN2A 1LWGA 172LA 3C81A 3HU9A 3V2WA 1QSQA 1L56A 1L61A 190LA 147LA 3L64A 138LA 1P46A 3DN8A 1ZURA 251LA 3G3XA 3SBBC 1LYFA 1LYEA 2B6YA 229LA 185LA 4YXCA 1L70A 1C65A 258LA 4ARLA 3CDQA 1LI6A 1D3JA 111LA 1L42A 1L98A 161LA 2L78A 2Z6BA 2B6ZA 3SN6R 1L91A 144LA 1L48A 1L11A 1L37A 4I7KA 1L66A 3C80A 2RB0X 1L33A 1L13A 1KW7A 1L69A 1QT4A 1QT5A 1QS5A 1L39A 214LA 1L55A 180LA 1WTHA 1L99A 174LA 1L23A 1QTHA 3OE9A 189LA 1L10A 224LA 1C69A 1C6DA 1LGWA 5LZMA 1L76A 2O4WA 4ARMB 1L16A 1L81A 178LA 1C6HA 1PQJA 3GUNA 1DYFA 152LA 3C8RA 3GUMA 108LA 1G0QA 3C8QA 4W53A 1DYCA 4S0WA 1QTZA 173LA 1L07A 1P2RA 1K28A 1P2LA 259LA 1C6KA 1QUOA 3PDSA 4W55A 187LA 215LA 4IAPA 1LYJA 1L95A 3HT6A 4ZPUA 1D3MA 3PBLA 1G0GA 1P7SA 1L27A 2F32A 2OTZX 2Q9DA 3ODUA 1G0JA 4ARQB 1C63A 2CUUA 4I7MA 1CX7A 167LA 1P6YA 1L01A 145LA 3QAKA 1XJUA 4EXMA 1KW5A 4OO9A 4EPFA 1C66A 1CV0A 2OTYX 1CU0A 1LYHA 2O79A 2B70A 1G06A 1L72A 165LA 2Q9EA 103LA 1QS9A 148LE 2OU9A 4EJ4A 210LA 1QTVA 2B6TA 3DMZA 109LA 1D2WA 1L65A 1P3NA 3NY8A 1L34A 1D2YA 1L0JA 213LA 1OVJA 1OWYA 231LA 2HUKA 1C6GA 1PQKA 3LZMA 176LA 1PQOA 2OE7X 4I7JA 1C6JA 4K5YA 182LA 3HTFA 1L09A 220LA 230LA 237LA 233LA 209LA 4ARMA 3F9LA 255LA 1SSWA 234LA 2OU8A 191LA 262LA 4LDEA 4W56A 1L22A 149LA 1QT3A 3DMXA 1PQIA 3GUOA 3V2YA 1CUPA 1L64A 1L89A 1C6NA 1G07A 1I6SA 243LA 1QT7A 197LA 247LA 1OVHA 1L25A 1OYUA 164LA 3G3VA 1C68A 1QT8A 2RBNA 130LA 226LA 1L50A 1L82A 245LA 131LA 1CU2A 1C62A 3GUIA 4ARQA 1T8FA 107LA 201LA 3HTDA 1T6HA 4W54A 3HT7A 1L20A 114LA 1C6CA 2QARC 1C6AA 3C8SA 223LA 1L06A 159LA 1L03A 1DYGA 198LA 1P64A 4I7NA 3DNAA 181LA 2ANVA 1L63A 1XEPA 158LA 4LDLA 3C83A 3FI5A 4AQNA 1L24A 222LA 4I7RA 142LA 1L12A 140LA 227LA 1CTWA 1L88A 248LA 4I7SA 4W58A 122LA 141LA 1CV5A 1L05A 1C6MA 2LCBA 196LA 1C6TA 1QTDA 5I14A 1KY0A 2RBOA 2RB2X 1KS3A 3GUKA 126LA 3EMLA 1P37A 254LA 211LA 1QUDA 1L73A 183LA 246LA 1L53A 1G1WA 4ARPA 2OEAX 1L92A 4W57A 1T8GA 1L59A 123LA 1QT6A 3CDOA 1ZYTA 3HTGA 2RAZX 1L15A 3C7WA 1L46A 1L60A 1L36A 3D4SA 3OE8A 1OVKA 1LYGA 1QUGA 241LA 3OE6A 1CU6A 143LA 1L49A 4DAJA 1L35A 1TLAA 170LA 3C82A 3HT8A 175LA 261LA 3DN1A 1L75A 160LA 1L45A 2HUMA 206LA 4PK0A 4PJZA 3L2XA 1L0KA 192LA 3RZEA 2NTHA 2O7AA 1D3NA 1C6PA 2QB0B 1SX2A 2RBQA 1L68A 1L80A 2F47A 3HDEA 1NHBA 1L43A 1L93A 4YX7C 242LA 2B7XA 1LGXA 244LA 2HULA 125LA 249LA 1L84A 1L83A 1L17A 3DMVA 4LZMA 3CDTA 1L67A 1L96A 2B72A 1EPYA 1ZWNA 1L26A 1G0PA 221LA 1L28A 184LA 2B6WA 177LA 3K2RA 1L51A 3HTBA 1DYBA 1L62A 4EKPA 1CV6A 3DN3A 1LI3A 1D9WA 1JQUA 3GULA 2RH1A 228LA 1L02A 1C6LA 1T8AA 118LA 1CV3A 218LA 4I7LA 1OWZA 150LA 2IGCA 1SX7A 1L40A 119LA 1SWZA 2RBSA 169LA 4I7QA 3CDRA 195LA 171LA 1LPYA 4EKQA 115LA 1L44A 1XJTA 1LI2A 1DYDA 1LLHA 1DYAA 1P36A 4W51A 1CUQA 1L00A 1C6IA 1QSBA 3OE0A 3C7ZA 1G0MA 1L52A 4E97A 139LA 1CVKA 1L41A 1T97A 3UONA 256LA 3FA0A 3HH6A 188LA 3NYAA 1KY1A 1L29A 1C64A 205LA 156LA 1G0KA 1KNIA 3HUQA 1L94A 3HT9A 2RAYX 3CDVA 225LA 1C6BA 3HWLA 146LA 232LA 4LDOA 250LA 4EKSA 3HH4A 1LYIA 217LA 2LC9A 1PQMA 3RUNA 1C60A 1P56A 240LA 4I7TA 4DKLA 3SB8A 1L58A 137LA 1L21A 104LA 1CX6A 128LA 1C6FA 1QUHA 168LA 236LA 3HH5A 216LA 163LA 1L97A 3JR6A 4EPIA 1D3FA 2B73A 157LA 3SB6A 2RBRA 1L54A 2ANXA 2B74A 3SB9A 129LA 1L77A 1L79A 4W59A 1OV7A 4I7OA 1L08A 3FADA 1L87A 2F2QA 2OE4X 1CV4A 1G0LA 2LZMA 3C7YA 3HUKA 1SWYA 3SB5A 1LGUA 162LA 3SB7A 260LA 1C61A 1LW9A 1JTMA 1JTNA 3NY9A 4W52A 6LZMA 4DJHA 1PQDA 3GUJA 7LZMA 253LA 4GRVA 151LA 1SSYA 1L86A 3F8VA 3G3WA 2B6XA 1CU5A 1QTBA 1L90A 3DN4A 1L04A 2NTGA 252LA 112LA 127LA 2RBPA 3HU8A 120LA 3HUAA 166LA 155LA 4EKRA 4I7PA 4ARJA 199LA 2RB1X 1L57A 1L71A 1L74A 4GBRB 235LA 1L31A 113LA 257LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CV1A 1CKFA 4J7VA 2A4TA 1NWGA 1CNSA 4AXTA 1F6RA 1L38A 4HV2A 1C67A 1LYSA 4ZFPA 1L32A 1P5CA 1REZA 5KY1A 3IJUA 4WG7A 2LYMA 1LJ3A 1YKYX 1GFUA 3HDFA 1G1VA 1B2KA 3ZVQB 2DKVA 172LA 4TX7A 1YQVY 1L56A 190LA 3P68A 1LYZA 4GN5C 1LKSA 1ZURA 4LYZA 5AMYA 2MEBA 185LA 1C65A 1LSMA 1IY4A 4MSTA 1FDLY 1LJIA 1VEDA 3SN6R 1JKAA 1WQRA 144LA 1LCNA 1GB8A 3WW5A 4NFVA 4EOFA 2HEDA 1L39A 1QDTA 180LA 1JJ0A 1GB0A 4J1BA 1L23A 2WARA 1QTHA 3OE9A 1GBWA 224LA 2YDGA 3N9AA 1L76A 2DQDY 4H92A 2BQAA 1DKKA 4XN6A 1LZBA 2G4NA 3AGIA 3GXKA 1NDMC 108LA 1L07A 133LA 5B05A 1P2RA 1K28A 259LA 1OUFA 1LMTA 2D4IA 3PDSA 4W55A 4DDCA 1GEZA 1QSAA 1L95A 3HT6A 1GF5A 3AZ5A 2YBMA 1L27A 4GN3A 4PJ2C 3TMUA 4I7MA 4XJDA 1P6YA 1XJUA 2Q0MX 1LHIA 1CV0A 2OTYX 1C10A 1LZ4A 1CU0A 2Z37A 1TCYA 4LFXA 2Q9EA 1LSYA 4NGJA 2OU9A 4EJ4A 4FJRA 1P3NA 4GCFA 2MEEA 1RFPA 1JWRA 3NY8A 1D2YA 4DD9A 1C6GA 3LZMA 4I7JA 182LA 1L09A 1JHLA 3TXKA 255LA 1IEEA 2OU8A 1LMCA 7LYZA 4W56A 1L22A 3V2YA 4H9CA 1L64A 1HHLA 1GE0A 4PGJB 1QT7A 1KIRC 2CDSA 1B5WA 1CJ8A 1IP6A 1MLCE 1L50A 1L82A 3RW8A 5C6LA 2RSCA 5F9XA 131LA 3WPKA 4TUNA 1WTNA 3KAMA 2QARC 1HFXA 1DYGA 1CKHA 4I7NA 1XEPA 1LZ5A 1YIKA 1NKHA 1LJGA 2YBIA 1IWWA 3C83A 1LMAA 3FI5A 222LA 3A95A 1QTEA 1L88A 1OUBA 248LA 1GB9A 4I7SA 4OW1A 4XJGA 4C3WA 1B7QA 1LZ6A 1ZVYB 1IWUA 1LMQA 4WLDA 1RCMA 3GUKA 3EMLA 211LA 2VB1A 1XEKA 246LA 5J7CA 2MEGA 1XFPL 3W6BA 3LZ2A 1LZNA 3C7WA 1L46A 4KT3A 5KXSA 3EO5A 3OE8A 2W1MA 4XJHA 1QUGA 4DC4A 1LTMA 4CGEA 1PZYA 1L49A 5KKJA 3WU8A 3HT8A 175LA 261LA 1AKIA 1L75A 1L45A 2HUMA 1SQ2L 3L2XA 5IDDA 1LYOA 1YKXX 192LA 3AZ4A 3WPJA 2NTHA 2O7AA 4WM1A 2QB0B 1L68A 1GHLA 2HU1A 3HDEA 1NHBA 4NGOA 4HPEA 242LA 3A91A 3LYMA 244LA 2HULA 249LA 1L83A 3DMVA 1L96A 4DD0A 1AM7A 2B72A 1L26A 4DWXA 1WQPA 3W6FA 5HNCA 2DQFC 1L62A 3DN3A 4CJ2A 1D9WA 3A92A 1F6SA 4LYTA 228LA 1UICA 1T8AA 118LA 3K3TA 4DDBA 1LHHA 3QE8A 1SX7A 1B7PA 3IWRA 1ZV5L 5F14A 169LA 5ILCA 1JKDA 1OUHA 1YANA 4EKQA 2F4AA 1DPWA 3CSRA 5L3IA 1DYDA 3OE0A 4WL6A 3P64A 3C7ZA 139LA 1CVKA 1L41A 4H91A 4RW1A 5II3A 188LA 3NYAA 1KY1A 5KKIA 1LZ8A 1LSFA 1LJJA 2C8PA 1GE3A 2HEBA 1PQMA 240LA 4DKLA 3SB8A 1L58A 2DQGY 1C6FA 2EQLA 3WXTA 3T6UA 2BQGA 2BQOA 2B74A 3G3BB 1DI4A 2BQHA 4WLXA 4H9EA 1HF4A 5LVIA 4I7OA 5A3ZA 3B0KA 2F2QA 3WUMA 2A7DA 3N9EA 3RNXA 1CKCA 1GDWA 4BADA 4OWAA 5FELA 1B7LA 1UC0A 1LW9A 1JTMA 3GUJA 253LA 1L86A 3G3WA 1CU5A 1B7MA 1LZCA 4WM4A 5A3EA 1GB5A 127LA 166LA 155LA 4ARJA 5LAFA 199LA 2RB1X 194LA 1L57A 1B5YA 4GBRB 3OJPA 113LA 4G4HA 1LJ4A 5KXKA 1CKDA 2BQMA 3FE0A 1L18A 1HEOA 1LYDA 1QUSA 110LA 2W1XA 1I20A 1LSPA 1REXA 1LSZA 4YXAC 4WMGA 5C6IA 2BQKA 1LWKA 1DYEA 1OV5A 3HH3A 3B0IA 2B75A 4XJFA 5LIOA 1ZMYL 1TBYA 3DN2A 2GV0A 3V2WA 5KXPA 1LSEA 4H8ZA 1GF9A 4ZIXA 1WVVA 1QQYA 138LA 1P46A 251LA 3SBBC 4DYGA 229LA 1CJ9A 4YXCA 2BQJA 4ARLA 2I25L 3A93A 2BQFA 1LZEA 1D3JA 4U3XB 161LA 2L78A 1LZAA 3AJNA 3CSZA 1L48A 5JENB 1Z55A 4I7KA 3ZEKA 1KW7A 1QT4A 1QT5A 1O23A 1LSNA 214LA 4G9SA 1UA6Y 5LVGA 4OOOA 1JPOA 5APCA 5LZMA 2O4WA 4ARMB 2ZNXY 4AGAA 2DBTA 1DYFA 152LA 3C8RA 4TTDA 3GUMA 1G0QA 1GF6A 4O34A 1IOQA 4L41A 3W6AA 1QUOA 2EPEA 215LA 4IAPA 4W96A 3PBLA 4G4CA 4NEBA 1V7TA 1YAMA 2CUUA 2ZNWY 1HERA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CV1 A;  1CKF A;  4J7V A;  2A4T A;  1NWG A;  1CNS A;  4AXT A;  1F6R A;  1L38 A;  4HV2 A;  1C67 A;  1LYS A;  4ZFP A;  1L32 A;  1P5C A;  1REZ A;  5KY1 A;  3IJU A;  4WG7 A;  2LYM A;  1LJ3 A;  1YKY X;  1GFU A;  3HDF A;  1G1V A;  1B2K A;  3ZVQ B;  2DKV A;  172L A;  4TX7 A;  1YQV Y;  1L56 A;  190L A;  3P68 A;  1LYZ A;  4GN5 C;  1LKS A;  1ZUR A;  4LYZ A;  5AMY A;  2MEB A;  185L A;  1C65 A;  1LSM A;  1IY4 A;  4MST A;  1FDL Y;  1LJI A;  1VED A;  3SN6 R;  1JKA A;  1WQR A;  144L A;  1LCN A;  1GB8 A;  3WW5 A;  4NFV A;  4EOF A;  2HED A;  1L39 A;  1QDT A;  180L A;  1JJ0 A;  1GB0 A;  4J1B A;  1L23 A;  2WAR A;  1QTH A;  3OE9 A;  1GBW A;  224L A;  2YDG A;  3N9A A;  1L76 A;  2DQD Y;  4H92 A;  2BQA A;  1DKK A;  4XN6 A;  1LZB A;  2G4N A;  3AGI A;  3GXK A;  1NDM C;  108L A;  1L07 A;  133L A;  5B05 A;  1P2R A;  1K28 A;  259L A;  1OUF A;  1LMT A;  2D4I A;  3PDS A;  4W55 A;  4DDC A;  1GEZ A;  1QSA A;  1L95 A;  3HT6 A;  1GF5 A;  3AZ5 A;  2YBM A;  1L27 A;  4GN3 A;  4PJ2 C;  3TMU A;  4I7M A;  4XJD A;  1P6Y A;  1XJU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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