3SB9A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 56
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb9A00
177LA 4LDOA 2F47A 138LA 4W57A 1L10A 220LA 2HUKA 144LA 3DMXA 2CUUA 195LA 1L25A 4I7JA 169LA 1OVHA 2RB2X 216LA 2IGCA 1L34A 3NY8A 1G07A 1LYGA 1QS9A 115LA 1C6NA 185LA 1L18A 1DYFA 170LA 1L58A 107LA 1XEPA 255LA 1CV1A 1D3MA 3RUNA 1WTHA 3F9LA 176LA 1L01A 3DN0A 1LGUA 4ARJA 1C6BA 1L27A 1C67A 1QTCA 1SWYA 3CDRA 4PJZA 3VW7A 3HDEA 211LA 1D2WA 1KS3A 4W54A 3NYAA 1L61A 1L16A 140LA 1L36A 3HT7A 173LA 247LA 174LA 1QT3A 3UONA 1L90A 224LA 1L23A 1QTDA 1L06A 1QT7A 1C64A 1CVKA 147LA 253LA 2F2QA 260LA 1OV5A 2RBNA 221LA 1L82A 180LA 217LA 4W55A 123LA 1L81A 1G1WA 1C6PA 1NHBA 1L55A 226LA 205LA 3DMZA 4EPFA 1L46A 171LA 1LPYA 1L79A 196LA 2LZMA 3HT6A 2A4TA 1QTZA 3GUNA 3NY9A 1L73A 2NTHA 1P46A 139LA 128LA 4S0WA 3HDFA 4PK0A 1L0JA 1QT4A 191LA 198LA 129LA 145LA 2B7XA 114LA 1L62A 1QUDA 2RBRA 4OO9A 1LYDA 1L43A 1DYBA 1QTVA 4ZPUA 1L85A 2ANVA 2HUMA 1EPYA 3HT9A 1P2RA 1L53A 2OE7X 4DAJA 158LA 2LC9A 3DKEX 3OE9A 2RBSA 1LGXA 4ARQB 130LA 1QT8A 222LA 1CV3A 183LA 103LA 167LA 4I7KA 3HH4A 126LA 1JTMA 1L51A 1L42A 248LA 4W52A 3L2XA 3SBAA 1OWZA 3HTGA 1PQMA 172LA 4ARQA 1L89A 4LZMA 259LA 189LA 1QT6A 1L54A 3C81A 1SX7A 1L97A 111LA 1L72A 2O4WA 1L33A 3DN1A 131LA 252LA 1CUQA 166LA 257LA 2OTZX 244LA 3DNAA 3HUKA 229LA 237LA 218LA 232LA 3SB9A 3FI5A 168LA 3HTFA 3HT8A 2Z6BA 1C61A 3DN6A 163LA 3DN8A 1DYGA 1C6LA 1SX2A 1CU5A 3C7ZA 1L05A 1L09A 1L40A 188LA 155LA 110LA 2B6XA 1OYUA 1LYFA 3G3WA 3SB5A 1LYHA 1OVJA 3CDVA 1C6FA 2OU8A 238LA 1L13A 143LA 1C68A 3HU9A 3C8RA 206LA 146LA 3OE8A 1PQOA 246LA 1L70A 231LA 225LA 1P64A 1C6EA 161LA 3C7YA 1L76A 1L92A 3ODUA 254LA 1L60A 3RZEA 1CU6A 1CU2A 3OE0A 251LA 1SSYA 4E97A 148LE 1D3NA 1KW7A 1L35A 1QSQA 160LA 212LA 262LA 4EPIA 4DJHA 1LYEA 2O79A 4GBRB 4I7MA 3GUMA 3SB6A 3FADA 186LA 1LGWA 1DYAA 3K2RA 1C65A 1CV5A 1LWKA 1KW5A 156LA 1L48A 1LI2A 1PQDA 1DYEA 1L88A 4EKPA 4EXMA 108LA 178LA 1L02A 1L67A 1C69A 3C8QA 1L77A 1L63A 3DN3A 3GUKA 1L17A 118LA 3L64A 1JTNA 102LA 1K28A 1L80A 245LA 213LA 1PQJA 1QUOA 3HH5A 1G1VA 3G3VA 1L07A 200LA 1L04A 2L78A 4W53A 1P5CA 1D9WA 4I7QA 2LCBA 1G0JA 2B74A 1L00A 3DN4A 1XJTA 1KNIA 1L93A 1C6JA 1L47A 1L28A 3SB8A 1L45A 3V2YA 1OV7A 1L95A 1KY0A 4ARLA 6LZMA 1L52A 1T6HA 2RAYX 190LA 1D2YA 1QT5A 152LA 1P36A 1P2LA 1C6CA 1L31A 1PQKA 4LDEA 187LA 1L64A 2QB0B 4W51A 1CV0A 3D4SA 234LA 2O7AA 165LA 1L20A 3LZMA 239LA 119LA 1QTBA 243LA 1C60A 1P7SA 184LA 3SN6R 1L03A 1ZYTA 3F8VA 235LA 2NTGA 3C8SA 3PBLA 2B6ZA 2RBPA 1L96A 228LA 3CDQA 1B6IA 127LA 1LI3A 4I7SA 4AQNA 233LA 1L74A 1L87A 1L08A 1QS5A 241LA 1LI6A 181LA 120LA 1L14A 240LA 3PDSA 1C62A 1L37A 1ZURA 1L99A 3C80A 3OE6A 1L11A 2Q9EA 4EKQA 1L69A 1P37A 4K5YA 2B6WA 3HU8A 1CV6A 1DYDA 2B73A 4YXCA 109LA 1L0KA 1T8FA 4GRVA 192LA 214LA 2QARC 3GUIA 4YXAC 1L12A 1G0LA 210LA 141LA 3CDOA 3EMLA 1C63A 2B72A 3C7WA 1P6YA 2OU0X 4YX7C 151LA 159LA 4IAPA 219LA 1I6SA 1L22A 4LDLA 1PQIA 2RBOA 137LA 4DKLA 162LA 3HTDA 199LA 1L98A 2F32A 3DN2A 5I14A 1L39A 1L71A 1JQUA 242LA 1C6QA 3HH3A 2OE4X 3JR6A 250LA 157LA 1L41A 1G0KA 1L24A 1L57A 1LW9A 1G06A 1L75A 1C6DA 1C6AA 197LA 1L59A 1C6MA 104LA 1CU0A 4EJ4A 182LA 1G0MA 1L21A 2OTYX 3SBBC 3HH6A 4I7OA 4I7RA 1L49A 236LA 1TLAA 3GUOA 3CDTA 1C6GA 1KY1A 1CX7A 256LA 209LA 2B70A 1LLHA 1OVKA 2RB0X 2RAZX 1L83A 1L84A 3SB7A 142LA 1ZWNA 4ARMB 1DYCA 7LZMA 4W56A 5LZMA 4W58A 1CTWA 3HUAA 1L26A 1G0QA 1L29A 3QAKA 1LYIA 1L19A 1QUGA 4W59A 4EKSA 3GULA 112LA 2RH1A 1L32A 2OU9A 4I7NA 2HULA 1L50A 4ARMA 3V2WA 3GUJA 1P3NA 4I7LA 1T8GA 1OWYA 1SWZA 3G3XA 1CUPA 1LWGA 1QSBA 258LA 3FA0A 2B6YA 3HWLA 125LA 1G0PA 1P56A 1T8AA 1L56A 4I7PA 2OEAX 1L94A 1CX6A 1L65A 1C6HA 1L44A 261LA 1LYJA 201LA 1L91A 1QTHA 113LA 2RBQA 150LA 1XJUA 2ANXA 3HTBA 2Q9DA 1L38A 1L30A 4ARPA 1T97A 1SSWA 249LA 2OE9X 1L68A 1CU3A 1L66A 227LA 230LA 1D3JA 3C82A 3C83A 1L15A 1QUHA 149LA 1C6KA 164LA 2RB1X 4I7TA 223LA 1D3FA 3GUPA 175LA 1C6IA 122LA 3DMVA 215LA 1C66A 1G0GA 2B75A 4EKRA 2B6TA 1L86A 3HUQA 1C6TA 1CV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JITA 2F47A 4LFXA 4N8ZA 3W6EA 4NHPA 3QY4A 2CUUA 1L25A 4I7JA 2W1XA 2FBDA 2RB2X 2IGCA 1LSBA 5C6IA 4NHSA 1QUTA 1C6NA 1L18A 3G3AB 3P66A 107LA 1XEPA 255LA 1FKQA 2BQJA 1IP4A 1BB6A 1LGUA 5AMYA 1OUCA 5F9UA 1C67A 4PJZA 1LZDA 5LVHA 3EMSA 4H9HA 4H91A 4UWVA 3VW7A 3CB7A 1L61A 1L16A 2X0AA 1IWVA 3HT7A 4LYMA 174LA 1QT3A 4XYYA 5IHGA 2FBBA 1JKDA 224LA 1QTDA 1C64A 3GXRA 253LA 2D4KA 1IP7A 2BQBA 1LKSA 1LJIA 260LA 3ULRA 1OV5A 2IFFY 4ANRA 3CT5A 123LA 4OOOA 3N9AA 2I6ZA 4R6CA 2BAAA 5KXTA 1GB8A 3DMZA 1OUEA 1VATA 1DI4A 1L46A 1OUJA 1RI8B 3LZTA 1QTZA 3GUNA 3NY9A 4OWHA 1P46A 2Z19A 4DDCA 4S0WA 1HF4A 1JPOA 1L0JA 4LT1A 3WVXA 4PHIA 1DKKA 1QT4A 191LA 129LA 2B7XA 1QUDA 2RBRA 5B1GA 1QTVA 1LZSA 3A6BY 1WQRA 3HT9A 1OUDA 1P2RA 4LYCA 1HFXA 1GWDA 3WULA 2YBJA 1YAOA 1DI3A 1YL1X 3OE9A 1LSMA 3AB6A 4BS7A 4HPEA 222LA 1FLQA 103LA 167LA 4N9RA 2C8PA 4DD3A 1OWZA 1IWUA 1PQMA 3A96A 5KXSA 4LFPA 4LZMA 5APEA 189LA 2D4JA 1L97A 1L72A 4WO9A 3IJVA 1OQMA 1WQPA 1LZYA 1GBYA 3WW6A 5LVGA 252LA 4NG8A 1CUQA 3DNAA 5D5CA 3TMXA 3SB9A 2PC2A 1MELL 168LA 3HTFA 3DN6A 163LA 5KXOA 1C6LA 1SX2A 1CU5A 3C7ZA 2Z37A 1L40A 5LVJA 155LA 4TSBA 1LYFA 2MEAA 3QE8A 1L13A 4HTNA 4N0JA 1DKJA 3OE8A 4KPMA 1PQOA 2FYDA 1IC4Y 4KL7A 2LZ2A 1IR8A 3CQLA 2MEHA 1HFZA 1N4FA 1UIAA 1IIZA 3TXGA 1IP5A 4NY5A 2W1YA 4WL6A 4HJZA 1UBZA 5B59A 1CU6A 5FSTA 5C6LA 4EMNA 2BPUA 4E97A 1KW7A 160LA 4I7MA 4DDAA 1IWWA 3W3EA 5B06A 1NBYC 1CJ9A 5LAFA 5T3FA 186LA 1XEIA 5DN4A 2Z2FA 1LGWA 1DYAA 1YKYX 4CFPA 1IC5Y 1LWKA 1OUBA 1LI2A 4PGJB 4EXMA 1A2YC 3ZVQB 2ZNWY 1GF4A 1L17A 1JTNA 3WYHA 213LA 1PQJA 3WMKA 1XGTC 4DD0A 1QTKA 135LA 1G1VA 4PPOA 1DZBX 3ZVQA 4I7QA 2B74A 1LSGA 4XN6A 3DN4A 1T6VL 1L47A 4ZFPA 4DDBA 2LYOA 2ZILA 1KIPC 1LMOA 3OJPA 4ARLA 1L52A 1D2YA 1VEDA 1IR9A 152LA 2MEBA 5FDJA 3W6BA 2Z38A 3W6FA 1IC7Y 4W51A 1RFPA 1RCMA 1TEWA 2FYCA 1QUSA 1UIBA 165LA 1GF5A 1QTBA 1C60A 1P7SA 1B7NA 184LA 4C3WA 5I4WA 5F81A 4H94A 4ETCA 1TCYA 2B6ZA 4DD1A 2ZIKA 3TXJA 1B9OA 1T3PA 4I7SA 5L3IA 1QS5A 3WUNA 1ZURA 1L99A 5FHWA 2ZYCA 1BWIA 4N1EI 3OE6A 4NGLA 1L69A 4LT2A 3WU9A 3RT5X 3GXKA 2HEBA 132LA 3HU8A 1CV6A 1DYDA 5APDA 4ET8A 1C45A 4UWNA 1SQ2L 210LA 1B7MA 3C7WA 1LJGA 1LHMA 4YX7C 1DPWA 4H90A 4AXTA 4RLMA 4GCDA 5KXXA 1PQIA 4W96A 1L98A 2F32A 1UA6Y 5APFA 1L39A 1JQUA 3JR6A 250LA 1G0KA 2CWIA 2ZWBA 1FLWA 1L57A 1C6DA 1BWJA 104LA 1GF9A 3WXUA 1GFHA 1G0MA 2EIZC 1L21A 2NWDX 4WM3A 4I7OA 5KY1A 2DQAA 3CDTA 3GUOA 1CX7A 1YAQA 2BLXA 4WM1A 1G7HC 1HELA 1OUHA 7LZMA 3HUAA 1L29A 3CT1A 1REMA 2ZQ4A 4WLXA 5KXMA 2OU9A 5DLAA 3T6UA 4ET9A 1JJ0A 1LSYA 258LA 1UCOA 1J1PY 1YIKA 1GFGA 1L56A 2DBTA 1CX6A 2MEGA 4H9AA 1L44A 1LYJA 1L91A 113LA 4MR1A 3HTBA 1B7LA 4RDSA 1J1XY 5LYMA 1T97A 1SSWA 3G3BB 2BQCA 1CU3A 2YBMA 3C82A 4H9FA 3A67Y 4LYOA 3AZ7A 1C6KA 1GB5A 1FLUA 2RB1X 4TTDA 223LA 3DMVA 1C6TA 1CV4A 4LDOA 138LA 1HEOA 4W57A 4B1AA 3QNGA 3A8ZA 4CFOA 2H9JA 3CSZA 1LMCA 216LA 3NY8A 185LA 3KAMA 1L58A 4XJHA 1WTHA 2YBHA 1IEEA 4L41A 3A6CY 1L01A 4R0FA 2W1MA 5LVKA 1SLYA 5B1FA 1SWYA 2YVBA 4G9SA 3HDEA 5JENB 4TSCA 4UWUA 1KS3A 140LA 3LN2A 1LMPA 1QQYA 2N5ZA 3UONA 1GF3A 1L90A 4LZTA 1QT7A 3ATNA 2BQLA 3LYZA 5DL9A 3WXTA 1VDPA 1PS5A 1B5ZA 4FJRA 1G1WA 5KXPA 1LMNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JIT A;  2F47 A;  4LFX A;  4N8Z A;  3W6E A;  4NHP A;  3QY4 A;  2CUU A;  1L25 A;  4I7J A;  2W1X A;  2FBD A;  2RB2 X;  2IGC A;  1LSB A;  5C6I A;  4NHS A;  1QUT A;  1C6N A;  1L18 A;  3G3A B;  3P66 A;  107L A;  1XEP A;  255L A;  1FKQ A;  2BQJ A;  1IP4 A;  1BB6 A;  1LGU A;  5AMY A;  1OUC A;  5F9U A;  1C67 A;  4PJZ A;  1LZD A;  5LVH A;  3EMS A;  4H9H A;  4H91 A;  4UWV A;  3VW7 A;  3CB7 A;  1L61 A;  1L16 A;  2X0A A;  1IWV A;  3HT7 A;  4LYM A;  174L A;  1QT3 A;  4XYY A;  5IHG A;  2FBB A;  1JKD A;  224L A;  1QTD A;  1C64 A;  3GXR A;  253L A;  2D4K A;  1IP7 A;  2BQB A;  1LKS A;  1LJI A;  260L A;  3ULR A;  1OV5 A;  2IFF Y;  4ANR A;  3CT5 A;  123L A;  4OOO A;  3N9A A;  2I6Z A;  4R6C A;  2BAA A;  5KXT A;  1GB8 A;  3DMZ A;  1OUE A;  1VAT A;  1DI4 A;  1L46 A;  1OUJ A;  1RI8 B;  3LZT A;  1QTZ A;  3GUN A;  3NY9 A;  4OWH A;  1P46 A;  2Z19 A;  4DDC A;  4S0W A;  1HF4 A;  1JPO A;  1L0J A;  4LT1 A;  3WVX A;  4PHI A;  1DKK A;  1QT4 A;  191L A;  129L A;  2B7X A;  1QUD A;  2RBR A;  5B1G A;  1QTV A;  1LZS A;  3A6B Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1JIT A;  2F47 A;  4LFX A;  4N8Z A;  3W6E A;  4NHP A;  3QY4 A;  2CUU A;  1L25 A;  4I7J A;  2W1X A;  2FBD A;  2RB2 X;  2IGC A;  1LSB A;  5C6I A;  4NHS A;  1QUT A;  1C6N A;  1L18 A;  3G3A B;  3P66 A;  107L A;  1XEP A;  255L A;  1FKQ A;  2BQJ A;  1IP4 A;  1BB6 A;  1LGU A;  5AMY A;  1OUC A;  5F9U A;  1C67 A;  4PJZ A;  1LZD A;  5LVH A;  3EMS A;  4H9H A;  4H91 A;  4UWV A;  3VW7 A;  3CB7 A;  1L61 A;  1L16 A;  2X0A A;  1IWV A;  3HT7 A;  4LYM A;  174L A;  1QT3 A;  4XYY A;  5IHG A;  2FBB A;  1JKD A;  224L A;  1QTD A;  1C64 A;  3GXR A;  253L A;  2D4K A;  1IP7 A;  2BQB A;  1LKS A;  1LJI A;  260L A;  3ULR A;  1OV5 A;  2IFF Y;  4ANR A;  3CT5 A;  123L A;  4OOO A;  3N9A A;  2I6Z A;  4R6C A;  2BAA A;  5KXT A;  1GB8 A;  3DMZ A;  1OUE A;  1VAT A;  1DI4 A;  1L46 A;  1OUJ A;  1RI8 B;  3LZT A;  1QTZ A;  3GUN A;  3NY9 A;  4OWH A;  1P46 A;  2Z19 A;  4DDC A;  4S0W A;  1HF4 A;  1JPO A;  1L0J A;  4LT1 A;  3WVX A;  4PHI A;  1DKK A;  1QT4 A;  191L A;  129L A;  2B7X A;  1QUD A;  2RBR A;  5B1G A;  1QTV A;  1LZS A;  3A6B Y; 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