3SBAA

Zn-mediated hexamer of t4 lysozyme r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 53
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sbaA00
170LA 1D3FA 155LA 242LA 4EPFA 1L28A 1PQOA 2QARC 1KS3A 1G1VA 245LA 176LA 182LA 1L23A 1L54A 2F2QA 1P37A 3HUAA 1L93A 172LA 3CDRA 1DYFA 1CUQA 1L42A 114LA 142LA 1L21A 1T6HA 2A4TA 1SWZA 1L19A 1QTVA 1OWZA 3HT6A 1L58A 1C66A 196LA 201LA 4E97A 1TLAA 1JQUA 1P56A 4EJ4A 1C61A 3GUIA 198LA 235LA 1LGUA 1XJTA 2B70A 3C7WA 125LA 4YX7C 3OE8A 4I7LA 1C6IA 1C6EA 3HDEA 1C6FA 1CV6A 3EMLA 168LA 1PQKA 1L35A 252LA 4OO9A 1L18A 145LA 4EXMA 102LA 186LA 216LA 1DYBA 1L14A 1LGWA 3F9LA 3C83A 206LA 3HT8A 4EKRA 2RBRA 1OYUA 3G3VA 123LA 1L30A 1LYIA 1L32A 4ARLA 1DYGA 4ARJA 1L07A 1L87A 3C82A 1P7SA 1L88A 219LA 2ANVA 167LA 1QSQA 1L89A 1L84A 2RBOA 185LA 1KW7A 212LA 4I7KA 122LA 3HUKA 4GRVA 2ANXA 1XEPA 243LA 3PDSA 2RBSA 1P36A 210LA 1KW5A 247LA 3D4SA 1L56A 1L71A 1L20A 156LA 3K2RA 3HT7A 4W58A 3DN8A 1L16A 1P5CA 3DMVA 226LA 2LCBA 1L26A 2OU8A 1C6HA 4LZMA 1L47A 1L73A 217LA 5I14A 1ZYTA 1G0QA 1L0KA 1L98A 3FI5A 109LA 4W54A 110LA 2LC9A 1L29A 4S0WA 4W59A 4EKSA 4DKLA 146LA 4I7JA 1I6SA 1L95A 2OTZX 1JTNA 1L68A 1P6YA 3RUNA 197LA 1OV5A 3V2WA 1OWYA 3HTBA 181LA 2OE7X 3C81A 2RBPA 1L66A 1L86A 4W57A 239LA 1LYGA 1QSBA 222LA 1L49A 4K5YA 1D2YA 1L72A 2O7AA 1LWGA 111LA 148LE 3SB5A 1QUOA 157LA 2NTGA 1LLHA 3V2YA 215LA 1L12A 1C6PA 1L03A 1C6NA 1L08A 2L78A 1K28A 3OE0A 1T8AA 1P2RA 3CDVA 3DN6A 1L43A 171LA 1L67A 2CUUA 1CV0A 230LA 221LA 2F47A 1ZURA 1CV1A 1L02A 1KNIA 4W55A 3DN4A 3GUNA 1CV4A 138LA 1L31A 1L38A 229LA 1L46A 1C6TA 1C6JA 1L01A 1NHBA 140LA 1CU5A 1G0JA 3OE6A 1P46A 2B6YA 1C6AA 1LYJA 162LA 158LA 139LA 3C7YA 1L11A 174LA 1JTMA 1G07A 1OVKA 3L64A 1L91A 3HTFA 213LA 4LDLA 1L34A 3SB8A 4I7PA 2HUMA 1QTBA 1L27A 1L33A 234LA 1C6LA 131LA 1CX7A 3JR6A 1L74A 4I7SA 1CV5A 3HWLA 224LA 1D2WA 1L15A 2B6ZA 1DYDA 3G3XA 4ZPUA 2RBQA 2OU0X 1L50A 2IGCA 1QUHA 178LA 246LA 169LA 1D3MA 1L24A 3PBLA 1C67A 3HT9A 1T8GA 2RAZX 3SB7A 3UONA 4ARMA 250LA 1L45A 214LA 1L63A 1C6KA 1L80A 1L52A 1QTCA 3HTGA 1L70A 3C8SA 103LA 2Z6BA 2RB0X 1L57A 1QTZA 4I7TA 3GUKA 211LA 1L64A 1CU3A 180LA 1QTHA 3HU9A 4LDEA 2B72A 165LA 2B6TA 249LA 112LA 1CU2A 2B7XA 4W51A 3GUPA 143LA 1L83A 200LA 152LA 3RZEA 259LA 1DYEA 1L79A 1C6QA 1CV3A 1EPYA 195LA 254LA 1PQJA 199LA 1SX7A 2Q9EA 3C7ZA 173LA 1L05A 1L69A 4EKQA 1L51A 220LA 244LA 3SN6R 1P64A 1L39A 1C60A 1SSYA 1C64A 1L09A 205LA 161LA 1G0PA 2LZMA 1G0MA 3HH6A 191LA 137LA 2RB1X 1C65A 3SB9A 1OVJA 1OV7A 1T8FA 1SX2A 1LYDA 209LA 4ARPA 240LA 1L59A 4PJZA 3SBBC 1L85A 2OTYX 1SWYA 1LI3A 1LYEA 1L94A 4YXCA 163LA 1C6MA 1LI6A 2HULA 144LA 1L77A 1CX6A 192LA 4ARQA 2B6XA 1D9WA 2NTHA 256LA 2O4WA 113LA 3DKEX 2RBNA 1L22A 3HDFA 1L99A 3G3WA 258LA 3HH4A 4AQNA 188LA 4DJHA 3DN0A 231LA 3HU8A 108LA 261LA 1L37A 3NY8A 218LA 1G0GA 1L82A 7LZMA 1QT3A 147LA 190LA 1L60A 4W56A 3SB6A 119LA 1SSWA 1L36A 187LA 3HH3A 1L17A 3NY9A 1C6BA 3DN1A 248LA 1QTDA 3GUMA 3L2XA 160LA 3DMZA 126LA 1C6DA 128LA 1L44A 3DNAA 1QS9A 4EKPA 1L61A 3GUOA 3FA0A 1C69A 1L41A 4PK0A 1PQMA 3C8QA 1QUGA 241LA 2F32A 150LA 118LA 1G06A 166LA 236LA 2O79A 1L92A 1G1WA 1D3NA 1DYCA 1QT8A 3VW7A 225LA 3NYAA 141LA 189LA 255LA 4GBRB 2B74A 4I7NA 2QB0B 3HH5A 2RH1A 1L90A 107LA 1CTWA 2Q9DA 1L81A 5LZMA 115LA 1C62A 1L62A 2B75A 1L0JA 237LA 1C6GA 251LA 2B6WA 1D3JA 1L53A 1C68A 1ZWNA 3LZMA 4W52A 4DAJA 1L10A 127LA 104LA 4I7RA 129LA 1QS5A 4I7OA 4ARMB 4YXAC 3C80A 1KY0A 1XJUA 227LA 1LYFA 1QT4A 6LZMA 2B73A 2OE9X 183LA 1DYAA 4I7MA 1QT7A 262LA 1LI2A 159LA 2HUKA 1LYHA 3F8VA 4LDOA 2RB2X 1QT6A 3SBAA 3CDOA 3HTDA 1CU6A 1P2LA 120LA 2RAYX 184LA 1L13A 238LA 1LWKA 1P3NA 1L97A 1L76A 3DN2A 2OU9A 1G0KA 1C6CA 151LA 1OVHA 1C63A 3GUJA 1L96A 1WTHA 3ODUA 1CUPA 175LA 3GULA 3C8RA 4W53A 1KY1A 3OE9A 1L65A 3DMXA 164LA 1LGXA 260LA 1L04A 3HUQA 3CDTA 1LW9A 1L40A 2OE4X 1L55A 1L75A 1L25A 1LPYA 1PQDA 4EPIA 2OEAX 3QAKA 257LA 3CDQA 177LA 3DN3A 1T97A 4ARQB 228LA 1CVKA 1G0LA 1PQIA 1B6IA 232LA 1L00A 1L48A 233LA 253LA 1QT5A 1CU0A 130LA 1L06A 1QUDA 3FADA 4IAPA 4I7QA 149LA 223LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CJLA 2XJWA 1HEMA 242LA 2A7DA 5F9UA 1L28A 2BQNA 1KS3A 1XGQC 5KXPA 5KJ9A 4G4HA 1P37A 172LA 3G3AB 5KXRA 1UACY 2BQEA 4NGZA 3K3TA 1SWZA 1OWZA 1TDYA 4XENA 1L58A 2HEEA 4BS7A 1RCMA 198LA 3WXUA 1LZNA 1XJTA 1TAYA 1N4FA 1GE1A 1C6EA 4TX7A 5A3ZA 1PQKA 3P68A 1L18A 145LA 4EXMA 1DYBA 2BPUA 1LGWA 1INUA 4NHPA 1JISA 1IOCA 123LA 5APEA 1L32A 4ARLA 4H9BA 4ARJA 1L07A 3C82A 1L88A 2ANVA 1GBWA 1L89A 1GB6A 1GBXA 1GF0A 4I7KA 4GRVA 208LA 3WPJA 3A94A 3P66A 1YILA 4Z98A 3D4SA 4RW2A 5LVIA 4DWXA 3K2RA 4RDSA 4W58A 1ZVYB 3DN8A 1L16A 4WG1A 226LA 4NGIA 1KXXA 1FN5A 3AYQA 1AM7A 4W54A 3FE0A 1C45A 4DKLA 1I6SA 1B7NA 4B1AA 1IWXA 3RUNA 3HTBA 1CKHA 2OE7X 2RBPA 2CDSA 1QSBA 1GB3A 1IP5A 5KXOA 1JKCA 1LWGA 2D4IA 1C43A 2H9JA 4GCDA 1GHLA 1LLHA 1HSXA 2HEAA 1REXA 2ZQ4A 2VB1A 1K28A 3OE0A 1HENA 1P2RA 3DN6A 1C46A 171LA 221LA 1UIGA 4C5FA 1CV4A 5LVKA 3AGIA 1L01A 140LA 1CU5A 3LHMA 5L9JA 1P46A 1QUSA 1QSAA 2HU1A 158LA 2FBDA 1GF5A 1JTMA 3L64A 1L91A 1WQMA 213LA 2DQJY 4LDLA 4I7PA 1L33A 234LA 1C6LA 2ZYCA 1CX7A 2F2NA 3JR6A 4I7SA 4A7DA 1D2WA 1L15A 2YBIA 2B6ZA 1DYDA 1C10A 2RBQA 1NMMA 1HHLA 1DI3A 2IGCA 1HSWA 1QUHA 1NQIA 1CNSA 1LMNA 4HV2A 2W1MA 3LYOA 4RW1A 4XYYA 5C6LA 3WYHA 1CKCA 1NKHA 3W6BA 4WM4A 4ARMA 250LA 1BWIA 3WUNA 4NHSA 1LJKA 3HTGA 3C8SA 1XEJA 2RB0X 1L57A 3GUKA 3LYMA 1CU3A 3HU9A 4W96A 1GE4A 165LA 2B7XA 143LA 1L83A 3RZEA 4G4BA 4GCEA 4E3UA 3GXRA 1EPYA 1DPWA 2Z2FA 254LA 2HUBA 3P64A 173LA 1L69A 1L51A 2BQKA 3QY4A 4I8SA 4HP0A 1KIQC 2G4QA 1P64A 3WULA 4LT0A 5A3EA 1C64A 3RNXA 1UBZA 1QQYA 205LA 161LA 1B7RA 2BQJA 2LZMA 3HH6A 2RB1X 4ARPA 2Z37A 1SLYA 4PJZA 2MEIA 4AXTA 1LI3A 5ILCA 1CX6A 4ARQA 4PPOA 3WU7A 4N1EI 1LMPA 2O4WA 5DL9A 3WMKA 3DKEX 1JKAA 4BAFA 3HH4A 258LA 3ULRA 4DJHA 3DN0A 4H9IA 4HTKA 5LYMA 4WG7A 147LA 1L60A 1LMQA 3HH3A 1C6BA 248LA 3GUMA 160LA 3DMZA 3TXDA 1REMA 3G3BB 3CT0A 1L61A 1GEVA 1IR7A 4LZTA 1DI4A 1C69A 4TWSA 1J1XY 1CJ7A 1PQMA 3RU5A 4NGKA 4H92A 241LA 4LT2A 3IJVA 3TXHA 2O79A 4H94A 4KPMA 4HTQA 1LJGA 1QTEA 3VW7A 255LA 189LA 4I7NA 3A67Y 2B74A 1HC0A 4WM6A 4GN5C 2Q9DA 1L81A 1LJIA 1C62A 2B75A 2YDGA 251LA 2Z38A 4DQJA 4DD1A 1ZWNA 3LZMA 4W52A 4DAJA 5F16A 4I7OA 2FBBA 1LSAA 1XSFA 1XJUA 3B0IA 3WVXA 1W6ZA 1DYAA 4LFPA 262LA 4LYOA 4NHQA 1GXXA 1GFAA 2HUKA 1LYHA 4ETBA 2RB2X 1P2LA 4U3XB 5KKIA 4LYZA 2RAYX 4HPEA 1F6SA 4DD9A 1LWKA 1WQOA 1L97A 1L76A 3A34A 1LZBA 2OU9A 4NGYA 151LA 1OVHA 3J6KA 1WTHA 3CSRA 5JENB 3ODUA 4W53A 4EOFA 1LJFA 5HQ1A 4MSTA 1YKXX 1LGXA 3HUQA 3CDTA 4Z46A 1L40A 2OE4X 5KKJA 1LHMA 4PHIA 5LVHA 1F0WA 3BKVA 4EPIA 3QAKA 3ZVQA 1KIRC 1HEOA 2BQAA 3W6DA 1G0LA 1PQIA 1VDSA 1L00A 1L48A 4GLAA 3WU8A 1QT5A 130LA 1QUDA 5KXXA 5LVJA 1GFTA 1LJJA 4IAPA 1B7LA 149LA 2IFFY 223LA 1JITA 170LA 1UIHA 1D3FA 4WM2A 4LFXA 4WO6A 1WQPA 2QARC 1UIBA 176LA 2F2QA 3HUAA 1DYFA 1H6MA 1L42A 3AZ5A 4HJYA 5B06A 4HPIA 3CSQA 3J4GA 3A6BY 3W6AA 196LA 5KXZA 1P56A 1YAMA 1B7QA 235LA 5KXLA 1OUHA 1LGUA 3C7WA 1B5UA 3WPKA 3N9CA 4I7LA 3HDEA 2BQLA 3EMLA 1HFZA 168LA 4OO9A 252LA 1LHJA 186LA 3CSZA 216LA 4I0CA 1REYA 4ETCA 4GCFA 3HT8A 4EKRA 1OYUA 1L30A 1LYIA 1WQRA 1I1ZA 2Q0MX 1JPOA 219LA 167LA 1OUCA 1QSQA 4NGOA 1NHEA 4WLXA 4N5RA 1MLCE 4PJ2C 2LZ2A 212LA 1IC4Y 1P36A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2CJL A;  2XJW A;  1HEM A;  242L A;  2A7D A;  5F9U A;  1L28 A;  2BQN A;  1KS3 A;  1XGQ C;  5KXP A;  5KJ9 A;  4G4H A;  1P37 A;  172L A;  3G3A B;  5KXR A;  1UAC Y;  2BQE A;  4NGZ A;  3K3T A;  1SWZ A;  1OWZ A;  1TDY A;  4XEN A;  1L58 A;  2HEE A;  4BS7 A;  1RCM A;  198L A;  3WXU A;  1LZN A;  1XJT A;  1TAY A;  1N4F A;  1GE1 A;  1C6E A;  4TX7 A;  5A3Z A;  1PQK A;  3P68 A;  1L18 A;  145L A;  4EXM A;  1DYB A;  2BPU A;  1LGW A;  1INU A;  4NHP A;  1JIS A;  1IOC A;  123L A;  5APE A;  1L32 A;  4ARL A;  4H9B A;  4ARJ A;  1L07 A;  3C82 A;  1L88 A;  2ANV A;  1GBW A;  1L89 A;  1GB6 A;  1GBX A;  1GF0 A;  4I7K A;  4GRV A;  208L A;  3WPJ A;  3A94 A;  3P66 A;  1YIL A;  4Z98 A;  3D4S A;  4RW2 A;  5LVI A;  4DWX A;  3K2R A;  4RDS A;  4W58 A;  1ZVY B;  3DN8 A;  1L16 A;  4WG1 A;  226L A;  4NGI A;  1KXX A;  1FN5 A;  3AYQ A;  1AM7 A;  4W54 A;  3FE0 A;  1C45 A;  4DKL A;  1I6S A;  1B7N A;  4B1A A;  1IWX A;  3RUN A;  3HTB A;  1CKH A;  2OE7 X;  2RBP A;  2CDS A;  1QSB A;  1GB3 A;  1IP5 A;  5KXO A;  1JKC A;  1LWG A;  2D4I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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