3T6UA

Crystal structure of lysozyme in 40% sucrose
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Lysozyme in 40% sucrose
rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3t6uA00
5LVGA 1JWRA 4LT0A 2ZYPA 4B4JA 1KXXA 1UBZA 5LXWA 4OWHA 4E3UA 1QIOA 2FYDA 3A90A 1QSAA 2FBDA 4HTKA 4ZEEA 2GV0A 1B7NA 4TX7A 5AMYA 2Z2EA 4XADA 4W96A 2BQBA 1HERA 1IWYA 2Z37A 1RE2A 4XJHA 2WARA 3TMUA 4MSTA 3TMVA 2MECA 5APDA 2I26L 3CQLA 1NDGC 1VDQA 5APEA 1VDSA 4WLTA 5LYTA 1NBYC 1HC0A 1LHKA 1P2CC 1D0LA 5C6LA 4ZFPA 1GB8A 4GCCA 2Z12A 1AM7A 3WUMA 1IP2A 3CSRA 4Z98A 5KXMA 1DPWA 1OUCA 3WPJA 1GXV2 1QQYA 1GWDA 3WXTA 1D0MA 1LHMA 4OOOA 1IOCA 3ATNA 1B9OA 4FJRA 4RDSA 1VDPA 2W1XA 4H8XA 4TSCA 4NGLA 4PGJB 4AGAA 1UC0A 1JKAA 4XJIA 1NDMC 4WLYA 4G9SA 4LT3A 5F16A 3AJNA 1IORA 1QTKA 3WU9A 1C46A 1XFPL 3WPKA 4WL6A 1GF8A 2DBTA 3CB7A 4QY9A 1GDWA 2H5ZA 2Z2FA 3A67Y 1B7LA 3A94A 1IY4A 2BQFA 3LZ2A 1REYA 2HEEA 3EBAB 5HMJA 2MEGA 4NWEA 1WTNA 1IR9A 1HNLA 4KPMA 1CNSA 2B5ZA 4O34A 1FBIX 4QEQA 3W6FA 3WUNA 3ZVQA 4LYBA 2DQEY 4YEMA 3A34A 4GCFA 1BWIA 1YILA 4PRUA 4RW2A 2EQLA 1BQLY 4NG1A 1CJ9A 1KXYA 2BQNA 2BQHA 2PC2A 2ZIKA 4HJVA 4WM2A 1QDTA 1VATA 5LYZA 3MGWA 3WULA 1GF0A 4WM6A 5L3IA 3IJUA 5KXYA 4XJFA 2DQAA 5I5QA 1GFHA 1AT5A 3G3BB 1GD6A 1LSGA 5KXRA 5I4WA 1WQMA 4GN5C 1KIPC 4N1CC 2I6ZA 5IELA 4HSFA 4H94A 2YBJA 1LOZA 5K7OA 1BB7A 2BQCA 2XBRA 4HPEA 4WL7A 4YOPA 5D5FA 5B1GA 1NBZC 1GE4A 5F14A 1HEPA 1B5XA 4NSGA 2A7DA 1DI5A 3A93A 3N9EA 1BVKC 1ALCA 4H92A 4HJZA 4TWSA 1G7MC 2HUBA 4LFXA 1GAYA 9LYZA 1HENA 5C6IA 1UIFA 5IHGA 4CFOA 1LKSA 1JJ0A 1GBOA 3LYOA 4NY5A 4HPIA 1LMCA 1HFZA 1DI4A 3CT1A 1IP1A 1JKDA 2ZYCA 2Y8PA 3T36A 5A3ZA 5I4XA 4GCBA 4DD1A 1YAOA 4P2EA 4DYGA 6LYTA 2X0AA 1LSCA 3B0IA 4NSHA 2DQGY 3CSZA 5I54A 4OWEA 1LSMA 1CKDA 4WO9A 1QDRA 1NHEA 2DKVA 1EL1A 4H9EA 1YKZX 1LZSA 1UIEA 3AW7A 2C8PA 2YBLA 4LZTA 4N5RA 5LA5A 2LZTA 1J1OY 4NHTA 2FBBA 4RLMA 3AB6A 1QSWA 3J4GA 1JPOA 1LZ5A 4J1BA 4NFVA 4WO6A 4GN4A 4XJGA 4EOFA 3A96A 1DXJA 2DQCY 3TXDA 2MEIA 1D9UA 3A8ZA 1AZFA 1BVXA 1LMAA 1LMNA 3LHMA 4CGEA 1LHHA 1BHZA 3CT5A 1HMLA 4OWAA 4R0FA 5LAFA 1DKKA 1UIHA 1LSAA 1LSFA 1IC5Y 2D91A 2Z38A 4N9RA 3WL2A 1OUDA 1GFEA 2RSCA 3AW6A 1B0DA 5I4YA 3ATOA 2YVBA 5J7CA 4ANRA 1XGUC 1LZEA 1GF4A 4CHXA 4QDNA 4GCEA 5A3EA 154LA 4GCDA 5HNLA 5KXNA 4M6DA 1CKGA 5F81A 5F9XA 2IHLA 1HSXA 3A6CY 3P65A 2MEHA 1LAAA 4B49A 4CJ2A 1GBSA 1G7JC 207LA 3RT5X 1GPQC 3BKHA 1O23A 1OUEA 4II8A 135LA 1HF4A 1I20A 3AGIA 3GXKA 5LINA 4NSIA 1LMPA 5LVJA 2YBHA 1GFGA 1D6PA 2LYMA 2HEAA 3TMXA 1NKHA 1LJGA 1GB0A 1GE1A 1GEVA 4B0DA 1XGTC 1IP6A 3AZ6A 4OWBA 1IP3A 1REZA 1LPIA 1NWGA 5F9UA 1GXXA 3LYZA 4NGIA 1LZNA 3A95A 1GFJA 4XN6A 1UA6Y 4FDYA 1XGQC 3N9AA 2BQJA 3HBDA 3AZ4A 1LSZA 1LZDA 1IWUA 193LA 1TAYA 4G49A 1HEOA 1RI8B 2ZILA 3TXHA 1GBXA 4TUNA 4Z41A 5B05A 1B7OA 2BQMA 4YENA 4WLXA 1GDXA 4NHSA 1IOQA 1MELL 4NGZA 4CFPA 4NGJA 5FELA 1B5ZA 5LVIA 3A91A 2LYZA 4TSBA 4IJ4A 1ZV5L 1VFBC 2DQIY 3IJVA 1REXA 1RFPA 3W6EA 5LA8A 4H8YA 1B5WA 5KXOA 2BQDA 1V7SA 1TCYA 1NQIA 1CKHA 1B7RA 1F10A 2EIZC 4WM5A 4W94A 4PHIA 4BS7A 1JTOL 1RJCB 4IATA 4NSJA 4BADA 4ZIXA 5KY1A 3WVYA 1LJ3A 5E4PA 1UIDA 1BB4A 2BPUA 1IWTA 2G4QA 3TMWA 3A6BY 1LMOA 2HEBA 4H9IA 1XGPC 3WMKA 5HMVA 1LZ6A 4ETCA 1PS5A 2F30A 4HTQA 4L41A 132LA 3GXRA 1LJ4A 1B7SA 1UIBA 3RU5A 1FLYA 1REMA 1I56A 4KXIA 1KIQC 1HELA 1XSFA 1LHIA 4H1PA 1H87A 1HMKA 1DKJA 1G7HC 2VB1A 3BKVA 4PPOA 5FSTA 1IVMA 3M18B 2F4GA 1BWHA 4BAPA 1LZ1A 1BWJA 5D5CA 2IFFY 3A92A 2F4AA 4MCKA 5LIOA 2HU3A 3P4ZA 4NGYA 3TXFA 2BQLA 2Z19A 1LZ8A 2BQIA 1QTEA 1OUIA 1Z55A 1OUAA 3W6AA 1PZYA 3WU7A 7LYZA 1C7PA 4DD3A 5LVKA 5L9JA 1YKXX 1XGRC 1NF5A 4G4HA 4B4EA 2D4KA 2G4PA 2YBMA 1GBZA 1RCMA 1NMMA 1UUZC 4XYYA 1GFRA 1JJ1A 1T3PA 1WTMA 4J7VA 4UWNA 1LYZA 4RLNA 3RZ4A 1F6SA 1JTTL 4ETAA 1QUSA 3WXUA 5FHWA 1FN5A 1GF3A 3HBHA 5I53A 3WVXA 1B5VA 5L3HA 5B07A 5LVHA 1LSYA 2BQAA 1GEZA 1TDYA 3WH1A 1JISA 5ILFA 2W1LA 4D9ZA 4NEBA 1A2YC 4ET9A 4QGZA 1OUBA 4X3BA 2YBIA 4LYCA 8LYZA 1YANA 4C5FA 3SP3A 1AKIA 1JSFA 4LT1A 4Z3MA 5DN5A 1LZRA 3W6DA 3LN2A 4Z46A 1C08C 4C3WA 3B0KA 1E8LA 2HECA 1LYOA 5KXTA 1LYSA 2DQFC 3EO5A 1YIKA 4H91A 2C8OA 1BGIA 1GHLA 3CT0A 4WMGA 3ULRA 153LA 1LSNA 3AZ5A 1J1XY 2NWDX 5B06A 3B72A 4H9HA 1OUJA 2W1MA 1A4VA 4NGKA 1KIRC 3EMSA 1N4FA 4J0LA 1GE2A 3IWRA 5FEKA 5KXZA 1WQRA 4UWVA 1LZTA 2DQDY 4LYZA 4ETDA 1FLUA 2EPEA 4DD7A 4U3XB 2CJLA 5DLAA 5KKIA 4DD0A 5KXKA 1HFYA 1AT6A 5II3A 4LT2A 4H9CA 1WQNA 3WPLA 1BB6A 2YSSC 3TXBA 2H9JA 1FLWA 2H9KA 1GAZA 3QY4A 4NHQA 3AZ7A 2YDGA 3TXEA 1VAUA 3N9CA 4ETBA 1CKFA 5B59A 4NIJA 1OUFA 2Z39A 1DI3A 1JITA 1MLCE 3TXJA 4NWHA 2BQKA 5HLLA 2G4NA 5JENB 1IR8A 1GB5A 3WYHA 1INUA 1LJHA 3P66A 4R6CA 2FYCA 1GF6A 1LTMA 1LZBA 4H9BA 1LJJA 2MEDA 5KXWA 1HEQA 1LSPA 3A3RX 1F0WA 1LSEA 2A7FA 2ZNXY 3W6BA 1GE3A 4XENA 4LGKA 1JKBA 3QNGA 4HP0A 1IIZA 2ZQ3A 3FI7A 1V7TA 4NGOA 2MEAA 1B5YA 1GB9A 2HU1A 1UIAA 3AGGG 1LYYA 1EQ5A 3WUAA 2LZ2A 3VWOA 4H9AA 2N5ZA 1LHLA 1GBWA 1B7MA 2DQJY 3KAMA 5KXSA 1FKVA 1BB3A 4LYTA 1OUGA 1LZGA 1W08A 3E3DA 1YROA 2D6BA 2XBSA 4DC4A 1C45A 1WVUA 2BQGA 3G3AB 4N0JA 1WQPA 4GN3A 4XJDA 2HTXA 1IWVA 2HEDA 1ZVYB 1GFAA 1GB7A 1HFXA 4GLAA 4WOAA 4RW1A 5DL9A 5HQ1A 1KXWA 2W1YA 2AUBA 1IC7Y 4PRQA 3P64A 5KJ9A 1LJKA 4XJBA 4G4BA 1BB5A 4G4CA 2ZNWY 4NHPA 3WW5A 4LYMA 1LSDA 1LZ9A 2CDSA 4NGWA 5IDDA 1GB3A 1HEWA 4UWUA 5DM9A 1FLQA 4GLVA 3WU8A 2LYOA 1LKRA 1LJIA 1LJEA 2I25L 133LA 1UICA 4HJYA 2MEEA 4LYOA 1GBYA 4H8ZA 4H93A 1UCOA 3TXGA 3CSQA 2CWIA 1F6RA 1SLYA 4ETEA 4ET8A 4ML7A 1WVVA 1YL0X 2ZQ4A 5DN4A 1T6VL 1B7PA 4PJ2C 5C6JA 3A3QA 4DD2A 1XEJA 4TTDA 4OW1A 1DQJC 4DDAA 1JHLA 1VDTA 2BAAA 1DZBX 1JUGA 1LZYA 1LJNA 1YL1X 5KXPA 1ZVHL 1IR7A 5B1FA 4YEOA 1LHJA 2BLXA 1LCNA 3FE0A 1WQOA 1YAQA 2XTHA 1TEWA 4B1AA 1FKQA 1OQMA 1CJ8A 4HV1A 1JTPL 4EMNA 2Z18A 3B0OA 1CJ6A 1GFUA 5E9RA 1UACY 1B7QA 1LZ4A 3AGHA 1IEEA 1LSBA 1I1ZA 5EBHA 1WQQA 2EKSC 1C43A 1HEMA 4OWCA 1SQ2L 4WG1A 4I8SA 2D4JA 4A7DA 4I0CA 3D9AC 1C10A 3TXKA 1GFTA 4BAFA 1JIYA 3ZVQB 3EXDA 4NGVA 4DDCA 2MEFA 4DT3A 4H90A 1EQ4A 2CGIA 1CKCA 2Q0MX 1LZCA 4B4IA 1LJFA 1B5UA 4YM8A 3AYQA 1YAMA 1QUTA 1HSWA 4H9FA 1FDLY 1OUHA 1W6ZA 4KL7A 4NHIA 2YBNA 1G7LC 5FCPA 3J6KA 1YAPA 4LFPA 4YF2A 1HHLA 1EQEA 1IX0A 3LZTA 2XJWA 3QE8A 4MR1A 1IO5A 1GFVA 1XEIA 5T3FA 1DPXA 4M4OA 2HEFA 4DD9A 2ZWBA 1LMTA 1IOTA 1IWZA 1H6MA 4WM4A 1IP7A 4KT3A 3W3EA 5ILCA 1JEFA 1YQVY 1IWXA 4N1EI 1IC4Y 4OOTA 3W6CA 2LHMA 1GFKA 134LA 1IWWA 1GE0A 3RW8A 1D6QA 4HV2A 1UIGA 1XEKA 5KKJA 2BQEA 5LYMA 1LMQA 3OJPA 4WG7A 5APCA 1GB6A 1TBYA 5KXLA 5M1YA 3F6ZA 3HFMY 4IASA 1IP4A 1JKCA 5LAGA 5APFA 4AXTA 2DQHY 1GF5A 1J1PY 3ZEKA 4DWXA 3OK0A 1CJ7A 2ZIJA 3P68A 4DDBA 1B2KA 3WW6A 3K3TA 3LYMA 3M3UA 4J1AA 1IY3A 3T6UA 4HTNA 1YKYX 2D4IA 4WLDA 5FDJA 5KXXA 2BQOA 1JSEA 1LZAA 3B6LA 3TXIA 2F2NA 1OP9B 4NG8A 1IP5A 1GB2A 4N8ZA 1GF9A 4WM3A 1VEDA 1D0KA 208LA 1G7IC 2MEBA 1GF7A 3D3DA 1JJ3A 1ZMYL 6LYZA 3HBEX 3RNXA 3LYTA 4WM1A 5HNCA 2BLYA 1IOSA 194LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
230LA 4K5YA 4PJZA 172LA 2GV0A 4TX7A 2NTHA 1L94A 2BQBA 2Z37A 4OO9A 1L02A 1L28A 3TMUA 245LA 1NDGC 5LYTA 1HC0A 1LYIA 1D0LA 4LDEA 5C6LA 3CSRA 3WPJA 1OWYA 2L78A 4RDSA 4NGLA 3L64A 4PGJB 4AGAA 183LA 1UC0A 3C8RA 4G9SA 1C6KA 5F16A 145LA 1D3MA 3WPKA 1GF8A 3CB7A 4QY9A 174LA 2BQFA 1L60A 5HMJA 2MEGA 164LA 4QEQA 3WUNA 2DQEY 3A34A 3FADA 1YILA 1CX7A 4RW2A 4NG1A 2BQNA 123LA 2ZIKA 1QDTA 2OU9A 3IJUA 1CV1A 2DQAA 4LZMA 5I4WA 4N1CC 128LA 2YBJA 2XBRA 1NBZC 221LA 1L96A 1T97A 1LKSA 3LYOA 3T36A 1DI4A 1JKDA 210LA 2Y8PA 4GCBA 1YAOA 1LSCA 3B0IA 5I54A 4WO9A 1NHEA 185LA 1EL1A 2YBLA 4W52A 237LA 3V2WA 1QSWA 3J4GA 1LZ5A 4GN4A 2DQCY 1D9UA 3HDFA 1L15A 1BHZA 3CT5A 1DKKA 1LSAA 4ARMA 2D91A 3WL2A 1OUDA 1GFEA 3C81A 2B6ZA 1L30A 5A3EA 4GCDA 5KXNA 5F81A 5F9XA 4EPIA 3DN0A 3P65A 1LAAA 1GBSA 3RT5X 1CU6A 1GPQC 3DMZA 3BKHA 1OUEA 4II8A 5LINA 3AGIA 4NSIA 2HEAA 1LJGA 244LA 1XGTC 5F9UA 4NGIA 3A95A 1UA6Y 1LYEA 4FDYA 2BQJA 236LA 4G49A 4LDOA 1GBXA 1L87A 3CDTA 1GDXA 1L20A 4NGZA 2LYZA 4TSBA 4IJ4A 1ZV5L 1VFBC 1L09A 3IJVA 1REXA 3W6EA 1C6EA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LVG A;  1JWR A;  4LT0 A;  2ZYP A;  4B4J A;  1KXX A;  1UBZ A;  5LXW A;  4OWH A;  4E3U A;  1QIO A;  2FYD A;  3A90 A;  1QSA A;  2FBD A;  4HTK A;  4ZEE A;  2GV0 A;  1B7N A;  4TX7 A;  5AMY A;  2Z2E A;  4XAD A;  4W96 A;  2BQB A;  1HER A;  1IWY A;  2Z37 A;  1RE2 A;  4XJH A;  2WAR A;  3TMU A;  4MST A;  3TMV A;  2MEC A;  5APD A;  2I26 L;  3CQL A;  1NDG C;  1VDQ A;  5APE A;  1VDS A;  4WLT A;  5LYT A;  1NBY C;  1HC0 A;  1LHK A;  1P2C C;  1D0L A;  5C6L A;  4ZFP A;  1GB8 A;  4GCC A;  2Z12 A;  1AM7 A;  3WUM A;  1IP2 A;  3CSR A;  4Z98 A;  5KXM A;  1DPW A;  1OUC A;  3WPJ A;  1GXV 2;  1QQY A;  1GWD A;  3WXT A;  1D0M A;  1LHM A;  4OOO A;  1IOC A;  3ATN A;  1B9O A;  4FJR A;  4RDS A;  1VDP A;  2W1X A;  4H8X A;  4TSC A;  4NGL A;  4PGJ B;  4AGA A;  1UC0 A;  1JKA A;  4XJI A;  1NDM C;  4WLY A;  4G9S A;  4LT3 A;  5F16 A;  3AJN A;  1IOR A;  1QTK A;  3WU9 A;  1C46 A;  1XFP L;  3WPK A;  4WL6 A;  1GF8 A;  2DBT A;  3CB7 A;  4QY9 A;  1GDW A;  2H5Z A;  2Z2F A;  3A67 Y;  1B7L A;  3A94 A;  1IY4 A;  2BQF A;  3LZ2 A;  1REY A; 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 3EXD A;  4NGV A;  4DDC A;  2MEF A;  4DT3 A;  4H90 A;  1EQ4 A;  2CGI A;  1CKC A;  2Q0M X;  1LZC A;  4B4I A;  1LJF A;  1B5U A;  4YM8 A;  3AYQ A;  1YAM A;  1QUT A;  1HSW A;  4H9F A;  1FDL Y;  1OUH A;  1W6Z A;  4KL7 A;  4NHI A;  2YBN A;  1G7L C;  5FCP A;  3J6K A;  1YAP A;  4LFP A;  4YF2 A;  1HHL A;  1EQE A;  1IX0 A;  3LZT A;  2XJW A;  3QE8 A;  4MR1 A;  1IO5 A;  1GFV A;  1XEI A;  5T3F A;  1DPX A;  4M4O A;  2HEF A;  4DD9 A;  2ZWB A;  1LMT A;  1IOT A;  1IWZ A;  1H6M A;  4WM4 A;  1IP7 A;  4KT3 A;  3W3E A;  5ILC A;  1JEF A;  1YQV Y;  1IWX A;  4N1E I;  1IC4 Y;  4OOT A;  3W6C A;  2LHM A;  1GFK A;  134L A;  1IWW A;  1GE0 A;  3RW8 A;  1D6Q A;  4HV2 A;  1UIG A;  1XEK A;  5KKJ A;  2BQE A;  5LYM A;  1LMQ A;  3OJP A;  4WG7 A;  5APC A;  1GB6 A;  1TBY A;  5KXL A;  5M1Y A;  3F6Z A;  3HFM Y;  4IAS A;  1IP4 A;  1JKC A;  5LAG A;  5APF A;  4AXT A;  2DQH Y;  1GF5 A;  1J1P Y;  3ZEK A;  4DWX A;  3OK0 A;  1CJ7 A;  2ZIJ A;  3P68 A;  4DDB A;  1B2K A;  3WW6 A;  3K3T A;  3LYM A;  3M3U A;  4J1A A;  1IY3 A;  3T6U A;  4HTN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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