3TMUA

X-ray radiation damage to hewl crystals soaked in 100mm sodium nitrate (undosed)
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Can radiation damage to protein crystals be reduced using small-molecule compounds?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3tmuA00
2HTXA 5L9JA 1C7PA 1XGRC 2C8OA 1CKCA 4H9IA 1V7SA 4NHSA 2D6BA 4WO9A 4XADA 4N9RA 2I26L 1F6RA 1HEQA 1GF8A 4CHXA 4EOFA 2YVBA 1LHHA 1FLWA 3B0KA 5KJ9A 1B7SA 133LA 4H1PA 5KXNA 4WM2A 3IWRA 1XGQC 4E3UA 4OW1A 5LA5A 3AGHA 2Q0MX 1WQQA 3EXDA 4H9CA 3F6ZA 1FDLY 2BQAA 4LYCA 1IC5Y 2NWDX 1LYYA 3FE0A 4C3WA 154LA 1GB2A 5ILFA 1ZVYB 1HNLA 4U3XB 1BGIA 1GB8A 3HBHA 2YBIA 4EMNA 4DD1A 3LYMA 1UIAA 1IO5A 4H9HA 1LSYA 3A3RX 1FKVA 3WL2A 1HEWA 1HMLA 2C8PA 4TUNA 5F9XA 4BAFA 2H9KA 1LSAA 5KXMA 1HSXA 1B7PA 4WM5A 4HPIA 1IOSA 1GB7A 1GB3A 1LYSA 4WLXA 4Z41A 1LJFA 4MR1A 1TDYA 1YQVY 1C43A 3TXHA 1AKIA 1C46A 1BWIA 1D0KA 3QE8A 2BQBA 1E8LA 1LSNA 1ZMYL 4QY9A 1BVKC 2LYMA 5F81A 1JSFA 1KIRC 2YBLA 4DWXA 1LJKA 5HLLA 1B5ZA 1QSAA 4IATA 1NMMA 3GXKA 1JTOL 2DQAA 4W96A 3CSRA 5ILCA 4NGKA 1LZ5A 1IP3A 1QSWA 2DQGY 5FHWA 3T6UA 1FBIX 3A96A 4GCDA 4OOTA 2BQIA 3TXDA 5M1YA 1DPXA 4Z3MA 1WQMA 1HEPA 1LZDA 1LSEA 2DQJY 3AYQA 3J6KA 1YL1X 1VDPA 4XJHA 2Z19A 4P2EA 2VB1A 3W6AA 3LYTA 5DL9A 5KXKA 5DM9A 1QDRA 1LMPA 4II8A 1UIBA 1GWDA 1QUTA 3RT5X 5II3A 1YAMA 1JJ1A 1F6SA 4ZIXA 1IWXA 1DI4A 1JEFA 5KY1A 3LHMA 2D4IA 1WTNA 2YBMA 5K7OA 7LYZA 4HJYA 6LYTA 1GF0A 2CJLA 3A34A 4TSCA 1LZTA 1QTKA 2H5ZA 5IHGA 2HEFA 5KXXA 2BQEA 2H9JA 1B5XA 1LJEA 4LT3A 2BQCA 3GXRA 3EO5A 4YOPA 4UWUA 1UCOA 4YEMA 1D6QA 5IELA 5HMVA 3TXEA 1UUZC 4XN6A 5LXWA 3FI7A 4XJDA 2BQDA 1GFKA 5T3FA 5AMYA 1NWGA 4B4EA 3A3QA 4XYYA 1IWZA 3TMUA 4NGYA 1IY3A 1J1PY 1LSFA 1IWTA 1I56A 3G3AB 1W6ZA 3D3DA 4XJBA 1IP2A 1HMKA 4LFXA 5B07A 4LT2A 1XFPL 2F2NA 5KXSA 1DPWA 3ZVQB 1JKDA 1GXV2 2DKVA 4C5FA 4B4JA 1UC0A 2HU1A 4NEBA 3TMXA 1DQJC 1GE4A 4CFOA 1I20A 1CKGA 2ZNXY 4DDCA 4N1EI 2A7DA 3N9AA 1QUSA 3W6CA 1NHEA 2LYOA 2MEEA 4FJRA 2XJWA 1EQEA 2YDGA 2Z2EA 4GCFA 5F16A 4OWAA 4M6DA 4YF2A 3SP3A 1GHLA 2MEGA 2DQCY 4HV2A 4TTDA 2Y8PA 3WU8A 1G7LC 2HU3A 2XTHA 4GN4A 4ET9A 2BQFA 3WW5A 4N8ZA 1GE0A 1LOZA 3A6BY 4LT1A 4N5RA 3QNGA 4CFPA 1IC4Y 2W1XA 5FDJA 1WVUA 3AZ4A 1JKAA 1LMTA 2ZNWY 3CB7A 3TXKA 4ZEEA 1IP5A 1GAYA 1CNSA 1HSWA 1QTEA 5L3HA 1YIKA 1HFYA 1B5UA 1GBWA 1D9UA 4B49A 1LZBA 1GF7A 2MEBA 1GBZA 4NGZA 1B5WA 4NGVA 3W6BA 3WVYA 4H8YA 4O34A 1LJJA 3QY4A 4LYOA 3EMSA 2BQJA 1YAPA 1NF5A 132LA 2Z37A 5KXZA 2WARA 1GE3A 1GBXA 3AW7A 1JIYA 4ET8A 5APDA 1SQ2L 4ETDA 1O23A 5C6JA 3A90A 2Z18A 1UA6Y 3CSZA 1IP7A 3AGIA 4DT3A 5LVGA 2G4PA 2EIZC 5JENB 1IOQA 3A92A 1LPIA 4W94A 5KXOA 1LJNA 1DI5A 4OWHA 1VDTA 4LGKA 1JHLA 2BQKA 4HTQA 4NSIA 207LA 4GN3A 1JITA 1C10A 1AT5A 4ETAA 4HJVA 4HTKA 2A7FA 3IJVA 1GPQC 4NGJA 3AB6A 5LINA 1JJ0A 1LHMA 5F9UA 4H8XA 3B0IA 2ZIKA 1HERA 1NBZC 3AGGG 1KXYA 3CT0A 4CGEA 3TXGA 3AZ6A 3OK0A 2W1YA 3W6DA 5FSTA 4LFPA 2HEEA 2BQHA 3TMVA 2BLYA 4HV1A 3VWOA 1PZYA 1ZV5L 3AJNA 4DD9A 5B59A 1DKJA 1UACY 5LVIA 3TXBA 5LYZA 4NFVA 1DKKA 3B72A 8LYZA 1CKDA 1GAZA 1FLYA 2YBJA 1OUFA 4ETCA 4I8SA 1REMA 1RI8B 4QDNA 3IJUA 1J1XY 1IWVA 5APCA 4UWVA 2IFFY 1RCMA 5FCPA 1RFPA 5F14A 1J1OY 1LZ8A 5C6LA 1QDTA 3WYHA 1G7MC 4H94A 1IC7Y 1CJ9A 1YROA 4NSGA 5C6IA 3WUAA 4B4IA 4DD3A 1IP1A 1LJHA 3ZEKA 2BQNA 4DD7A 4H92A 4CJ2A 3A6CY 4LZTA 1MLCE 4DDAA 4NGIA 1TEWA 2IHLA 2Z2FA 5HNLA 4OWEA 3WPJA 1NKHA 1LJ3A 4ZFPA 2DBTA 1IVMA 1VDSA 4NHQA 1XEIA 1GDWA 1FN5A 1KXWA 1H6MA 5LVKA 3WPKA 1IOCA 1REXA 5DN5A 4KT3A 3WVXA 4KPMA 1WVVA 2N5ZA 4PRQA 1IP6A 1I1ZA 4PGJB 5LYMA 1LYOA 4WM6A 1GFRA 1LZEA 2CDSA 1LZSA 2LZTA 1OUCA 4H91A 3RU5A 1DXJA 3AZ7A 1YAQA 5HQ1A 2I6ZA 3P65A 4NG1A 2D4KA 4NHTA 1GFJA 1LZ9A 1LZ4A 1LHLA 1LMAA 1LSBA 1RE2A 4GN5C 3AW6A 2DQIY 4L41A 4PRUA 1KIQC 4QGZA 1B7MA 3LZTA 3W6EA 153LA 1GEZA 4ETEA 4OOOA 1T6VL 5KXPA 1UIFA 2BAAA 1GB0A 3RW8A 3BKHA 1AM7A 1H87A 2Z38A 1GDXA 135LA 1LAAA 3P66A 4HJZA 3ULRA 4XENA 3KAMA 1N4FA 1B9OA 1EQ5A 1ALCA 1VFBC 4NSJA 5LAGA 3A94A 1W08A 3ATOA 3HBEX 2W1LA 5D5FA 1OUAA 2F4AA 1G7JC 4J1BA 5APFA 4ML7A 1GD6A 1UICA 1LCNA 4OWCA 5I4WA 2HUBA 2BLXA 4G4HA 5LVHA 1B0DA 1IR7A 3P64A 1JISA 5KXWA 5B1GA 1VATA 4NG8A 4NIJA 1A2YC 1LSZA 1WQPA 4MSTA 4XJFA 2B5ZA 2BQMA 1FLQA 4D9ZA 1LZYA 2XBRA 1OQMA 1WQOA 1LTMA 1LZAA 1GBYA 2CWIA 2EQLA 5J7CA 3A8ZA 1LKRA 1G7HC 4J7VA 1D0MA 2BPUA 1JWRA 2PC2A 1IX0A 4WL7A 3RZ4A 4WMGA 4AXTA 1BWHA 4HTNA 1BHZA 1IWUA 1YANA 4UWNA 1GEVA 1AT6A 1LZCA 1REZA 3P68A 4IJ4A 4N1CC 4NGOA 5A3ZA 3ZVQA 2FBDA 1LMCA 3CT5A 1EQ4A 4J0LA 5LIOA 1GF5A 2MECA 2ZIJA 1GFHA 1VAUA 2ZYCA 5I4XA 1BQLY 1JSEA 2Z39A 5D5CA 1TBYA 1GBOA 1LJIA 2EPEA 5LVJA 1GXXA 1GF6A 2GV0A 1GE2A 1LZRA 1HC0A 5KXTA 2YSSC 3A93A 1JTPL 3MGWA 1QIOA 1GF9A 1OUIA 4NWEA 3WPLA 4M4OA 4XJIA 1GFGA 1BB4A 1LSGA 1MELL 4H90A 1D0LA 4J1AA 193LA 1GFAA 1UIDA 1AZFA 4G4CA 2DQEY 3TXFA 1BB6A 1PS5A 4WLYA 1YL0X 3W3EA 4NHPA 1HHLA 2YBNA 2MEHA 4WG1A 1HEOA 1LSDA 3M3UA 4WG7A 5KXLA 4GCCA 4GLVA 1UIHA 2F30A 4NHIA 1LHKA 1XEKA 4G49A 4XJGA 5KKJA 2MEIA 2LZ2A 2W1MA 4HP0A 1BB7A 1YKZX 134LA 4YEOA 1REYA 1GFVA 1LZNA 2BQOA 2EKSC 4IASA 3WXUA 1NBYC 1V7TA 1HENA 1HFZA 1GFUA 2ZWBA 1IP4A 1XGUC 4GCEA 5I5QA 4A7DA 5E9RA 1GE1A 2BQLA 1QQYA 1LHIA 3HFMY 1B7QA 4HPEA 4RW2A 1LMOA 4PPOA 5HMJA 1YKYX 3A95A 1UBZA 5L3IA 1WTMA 2DQDY 3J4GA 4LYMA 1OUDA 5FELA 1XSFA 3E3DA 1INUA 4PHIA 1B5YA 1T3PA 3WU7A 1B7NA 1G7IC 1VEDA 4G9SA 4YENA 1BWJA 1LZ6A 4B0DA 2LHMA 1GB5A 2ZILA 3EBAB 4DD2A 4PJ2C 3ATNA 194LA 1F0WA 1P2CC 5DN4A 4Z98A 5A3EA 1LHJA 1TCYA 1IEEA 1WQNA 1YILA 1IORA 1LYZA 3WUMA 1B7OA 4ANRA 1GFEA 4BAPA 2XBSA 5KXRA 1LJ4A 2ZQ4A 3TMWA 1LKSA 4H9FA 1JJ3A 2BQGA 5KKIA 1JKBA 6LYZA 4HSFA 4H93A 3WH1A 1WQRA 5EBHA 1XGPC 4KXIA 4X3BA 5LA8A 1XEJA 1YAOA 4H9AA 2HEBA 4WLDA 1LSMA 1OUGA 1XGTC 4AGAA 4ETBA 2HEDA 1NDGC 1F10A 3LYZA 3CSQA 2Z12A 4RLNA 1DI3A 1OUBA 1IWYA 1VDQA 1GFTA 1LSCA 1BB5A 5E4PA 1IR9A 4BS7A 1JTTL 1OUEA 1YKXX 1NQIA 5APEA 1A4VA 1EL1A 1JUGA 2ZYPA 5HNCA 3A67Y 1HF4A 4GCBA 5DLAA 1FKQA 1CKFA 4LYTA 4NSHA 4WOAA 2FYCA 5B1FA 3T36A 2D91A 4H8ZA 1GB6A 4R6CA 1IOTA 4Z46A 4B1AA 4TWSA 4GLAA 4WM1A 4WM3A 1HELA 4FDYA 4NGLA 4I0CA 1OP9B 1UIEA 4KL7A 1CJ8A 1B7RA 4DYGA 4RDSA 1SLYA 5LYTA 1D6PA 4BADA 4DD0A 1B5VA 3G3BB 3BKVA 4R0FA 1LSPA 3WW6A 1LZ1A 1LMQA 4H9BA 3WU9A 3WXTA 2RSCA 3P4ZA 4OWBA 4YM8A 4QEQA 5I53A 4LT0A 2D4JA 3LZ2A 2YBHA 1IY4A 1KXXA 1IR8A 1BB3A 5LAFA 3RNXA 1OUJA 3LN2A 2LYZA 2MEAA 1CJ7A 3CT1A 1GF3A 1CJ6A 4NWHA 1LZGA 1HFXA 4RLMA 2MEFA 1UIGA 3K3TA 3LYOA 3M18B 1LMNA 2CGIA 1GF4A 1Z55A 2DQHY 2X0AA 2DQFC 4H9EA 3TXJA 5B05A 1RJCB 3W6FA 1B7LA 1IWWA 3TXIA 3N9CA 1JPOA 3A91A 5I54A 1FLUA 2I25L 2AUBA 5B06A 4WLTA 5IDDA 5KXYA 4N0JA 9LYZA 2G4QA 3CQLA 4DDBA 4G4BA 4NGWA 4WL6A 1C08C 208LA 4WM4A 5FEKA 3WMKA 3WUNA 1IIZA 1JKCA 4TX7A 1BVXA 2F4GA 2MEDA 4WO6A 1ZVHL 1DZBX 3OJPA 1KIPC 4TSBA 4DC4A 4LYZA 1C45A 3B0OA 2ZQ3A 1GB9A 3B6LA 4RW1A 1GBSA 5I4YA 2HECA 2FBBA 4NY5A 1CKHA 4LYBA 2HEAA 3HBDA 1OUHA 1HEMA 1TAYA 3D9AC 1LJGA 2FYDA 3N9EA 2G4NA 4MCKA 1B2KA 3AZ5A 1NDMC 3WULA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L9JA 185LA 1XGRC 2Z6BA 1FLWA 245LA 5KJ9A 133LA 1XGQC 4E3UA 1L11A 4OW1A 177LA 1WQQA 2BQAA 2NWDX 4W58A 1LYYA 3FE0A 4C3WA 1QTVA 1GB2A 2L78A 1P7SA 4EKRA 1L77A 4EMNA 1UIAA 171LA 3A3RX 1FKVA 3WL2A 1HSXA 1GB7A 1C6NA 1E8LA 1D0KA 5F81A 4DWXA 3CDTA 5HLLA 1TLAA 1LYEA 1QSWA 2BQIA 1L23A 2LZMA 1G0GA 1HEPA 1LSEA 1LZDA 1P36A 172LA 223LA 4P2EA 3LYTA 1QUTA 243LA 1YAMA 1C60A 3SBAA 198LA 199LA 1IWXA 2D4IA 1WTNA 3PBLA 5K7OA 1QT4A 4HJYA 1P56A 2CJLA 3A34A 4I7OA 4W52A 150LA 230LA 1CU5A 2HEFA 1CU0A 120LA 4K5YA 1D6QA 1P6YA 3JR6A 4PJZA 5LXWA 2HUKA 3SB8A 1L31A 2BQDA 1KS3A 1IWZA 1XJTA 1IP2A 4LFXA 2OEAX 1XFPL 2DKVA 4C5FA 1GE4A 2ZNXY 4N1EI 3HUQA 3W6CA 4FJRA 2XJWA 2YDGA 5F16A 1QUHA 4YF2A 3SP3A 1L22A 2Y8PA 1PQDA 1L50A 222LA 3HUKA 4GN4A 4ARPA 3A6BY 2W1XA 3AZ4A 205LA 1JKAA 1L93A 1T97A 3CB7A 1L82A 1B5UA 1D9UA 4B49A 4H8YA 4LYOA 2BQJA 1YAPA 132LA 2WARA 1GE3A 1O23A 1QT5A 3FADA 1L34A 2NTGA 1C6TA 4I7KA 237LA 1CX6A 1C65A 3HT8A 4GN3A 1L62A 4PK0A 4ETAA 1JJ0A 1HERA 1NBZC 1OWZA 3OK0A 3W6DA 2BLYA 1C6CA 1P2RA 3VWOA 1ZV5L 5LVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HTX A;  5L9J A;  1C7P A;  1XGR C;  2C8O A;  1CKC A;  4H9I A;  1V7S A;  4NHS A;  2D6B A;  4WO9 A;  4XAD A;  4N9R A;  2I26 L;  1F6R A;  1HEQ A;  1GF8 A;  4CHX A;  4EOF A;  2YVB A;  1LHH A;  1FLW A;  3B0K A;  5KJ9 A;  1B7S A;  133L A;  4H1P A;  5KXN A;  4WM2 A;  3IWR A;  1XGQ C;  4E3U A;  4OW1 A;  5LA5 A;  3AGH A;  2Q0M X;  1WQQ A;  3EXD A;  4H9C A;  3F6Z A;  1FDL Y;  2BQA A;  4LYC A;  1IC5 Y;  2NWD X;  1LYY A;  3FE0 A;  4C3W A;  154L A;  1GB2 A;  5ILF A;  1ZVY B;  1HNL A;  4U3X B;  1BGI A;  1GB8 A;  3HBH A;  2YBI A;  4EMN A;  4DD1 A;  3LYM A;  1UIA A;  1IO5 A;  4H9H A;  1LSY A;  3A3R X;  1FKV A;  3WL2 A;  1HEW A;  1HML A;  2C8P A;  4TUN A;  5F9X A;  4BAF A;  2H9K A;  1LSA A;  5KXM A;  1HSX A;  1B7P A;  4WM5 A;  4HPI A;  1IOS A;  1GB7 A;  1GB3 A;  1LYS A;  4WLX A;  4Z41 A;  1LJF A;  4MR1 A;  1TDY A;  1YQV Y;  1C43 A;  3TXH A;  1AKI A;  1C46 A;  1BWI A;  1D0K A;  3QE8 A;  2BQB A;  1E8L A;  1LSN A;  1ZMY L;  4QY9 A;  1BVK C;  2LYM A;  5F81 A;  1JSF A;  1KIR C;  2YBL A;  4DWX A;  1LJK A;  5HLL A; 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 4Z46 A;  4B1A A;  4TWS A;  4GLA A;  4WM1 A;  4WM3 A;  1HEL A;  4FDY A;  4NGL A;  4I0C A;  1OP9 B;  1UIE A;  4KL7 A;  1CJ8 A;  1B7R A;  4DYG A;  4RDS A;  1SLY A;  5LYT A;  1D6P A;  4BAD A;  4DD0 A;  1B5V A;  3G3B B;  3BKV A;  4R0F A;  1LSP A;  3WW6 A;  1LZ1 A;  1LMQ A;  4H9B A;  3WU9 A;  3WXT A;  2RSC A;  3P4Z A;  4OWB A;  4YM8 A;  4QEQ A;  5I53 A;  4LT0 A;  2D4J A;  3LZ2 A;  2YBH A;  1IY4 A;  1KXX A;  1IR8 A;  1BB3 A;  5LAF A;  3RNX A;  1OUJ A;  3LN2 A;  2LYZ A;  2MEA A;  1CJ7 A;  3CT1 A;  1GF3 A;  1CJ6 A;  4NWH A;  1LZG A;  1HFX A;  4RLM A;  2MEF A;  1UIG A;  3K3T A;  3LYO A;  3M18 B;  1LMN A;  2CGI A;  1GF4 A;  1Z55 A;  2DQH Y;  2X0A A;  2DQF C;  4H9E A;  3TXJ A;  5B05 A;  1RJC B;  3W6F A;  1B7L A;  1IWW A;  3TXI A;  3N9C A;  1JPO A;  3A91 A;  5I54 A;  1FLU A;  2I25 L;  2AUB A;  5B06 A;  4WLT A;  5IDD A;  5KXY A;  4N0J A;  9LYZ A;  2G4Q A;  3CQL A;  4DDB A;  4G4B A;  4NGW A;  4WL6 A;  1C08 C;  208L A;  4WM4 A;  5FEK A;  3WMK A;  3WUN A;  1IIZ A;  1JKC A;  4TX7 A;  1BVX A;  2F4G A;  2MED A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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