3TMVA

X-ray radiation damage to hewl crystals soaked in 100mm sodium nitrate (dose=0.12mgy)
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Can radiation damage to protein crystals be reduced using small-molecule compounds?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3tmvA00
5LYMA 1OUEA 2EQLA 3TXBA 1LSPA 4YF2A 1IP3A 1BB7A 2HUBA 2Z2EA 4G4HA 3WPLA 1KIQC 1JJ1A 1LJEA 1IIZA 4NGWA 5A3EA 2F30A 1H6MA 4HJZA 2DQIY 4J1AA 1GE2A 5B59A 2HEBA 4B4IA 3WUMA 1JWRA 1YL1X 1OUJA 4R0FA 1B7LA 1GF6A 3LYTA 1GE0A 4GN3A 5KXOA 2IFFY 4PHIA 1W6ZA 1GF9A 2XTHA 3WH1A 3AJNA 1IORA 1PS5A 1LZSA 2CJLA 2DKVA 4H9AA 4G4BA 3AZ7A 1IO5A 3W6AA 4H9IA 3W6EA 4HTQA 4H90A 1J1OY 2XBSA 4ANRA 1HMLA 5LYZA 4Z3MA 3A3QA 4ETCA 4H1PA 2NWDX 4YEMA 5HLLA 5KXXA 4N0JA 4UWVA 1JIYA 2BQNA 2Q0MX 1GBWA 2Z18A 1LSDA 2Z38A 2LYZA 2DQCY 2HEFA 1GFAA 3N9EA 3P65A 2I25L 4BS7A 1GBXA 3HBEX 4GCEA 4AGAA 3TXGA 3LYOA 1KXWA 4HP0A 4WM6A 2MEEA 4OWAA 3RW8A 3WUNA 4G49A 1HSWA 2FYCA 3LYZA 1D0KA 2D4KA 1GE1A 3IJUA 4NIJA 4DWXA 4UWNA 3B6LA 1BGIA 1LZ1A 4BAFA 5JENB 1SLYA 1IR8A 1OQMA 2BQIA 4NGZA 3LHMA 5KXSA 3A92A 1GB0A 3J4GA 1F0WA 1JISA 1RFPA 1WQRA 1LHKA 4H94A 2YVBA 5APFA 4N5RA 5LINA 1LHIA 3TXHA 3ZVQA 3B0OA 1OUCA 2Z12A 3G3AB 1LZTA 1TEWA 4BADA 1KXYA 3AZ5A 4B1AA 2FYDA 2A7DA 5KXZA 4PJ2C 1MELL 5I4WA 1LSGA 1OUIA 4G4CA 1DI4A 3TXIA 4TTDA 1UIHA 1YAOA 3MGWA 5M1YA 2F4AA 4NY5A 1EL1A 1TDYA 2AUBA 3CT5A 5LAGA 1LHJA 2BQEA 2MEHA 3WULA 1EQEA 3T36A 3EO5A 2IHLA 1LSZA 4ML7A 1IWWA 1OUFA 1RCMA 1WVVA 1EQ4A 1YKZX 4RW1A 3A91A 2Z39A 4M4OA 1DPXA 2BQOA 2FBBA 2W1YA 5L9JA 4DDBA 5LYTA 1IOSA 1IX0A 1GB5A 3B0IA 3D9AC 4WO9A 1IY3A 2BQAA 4DD9A 1SQ2L 1GF4A 1JITA 2ZQ4A 1LZEA 3AZ6A 3OK0A 4CFOA 4WL6A 2BQMA 4NSHA 4RDSA 1IC5Y 1LJJA 3BKHA 4B49A 1GXV2 3A96A 207LA 1QSAA 1NDMC 4YENA 2DQEY 1XEJA 3CT0A 3TMVA 2ZIJA 1VDSA 1JKAA 4HJYA 1LHLA 4ET9A 1LMNA 3IJVA 1IP2A 4NSGA 5E4PA 1OUGA 4DD3A 1TCYA 4WM3A 1XFPL 4NG1A 2HEEA 4GLAA 132LA 4B4JA 3WW6A 1UIFA 3WPKA 4EOFA 1RJCB 5IHGA 1D0MA 3A34A 1UACY 4GN4A 1GFKA 1HFXA 1LYZA 2MEDA 3J6KA 1LSEA 1FLQA 4LT0A 5HQ1A 1IOCA 1GPQC 1QTKA 1LZ6A 1LZCA 194LA 1BB6A 1JTTL 1LPIA 4ET8A 4I8SA 4CFPA 3P4ZA 5A3ZA 3CB7A 5HMJA 1HELA 1LCNA 3CQLA 1GF7A 1QDTA 4LYZA 1DI3A 3T6UA 4H8ZA 1NWGA 1REYA 1LJHA 1Z55A 1GF3A 5KXWA 4EMNA 1CKCA 4IJ4A 3TXJA 134LA 3TMXA 5B1FA 2HU3A 4CGEA 5DN4A 1LJNA 4E3UA 4LFXA 1G7HC 4WLYA 1D0LA 3AW7A 1UA6Y 4PGJB 4H9HA 5FDJA 1B7SA 4MR1A 3TXKA 3WU9A 1J1XY 3WVXA 3OJPA 1BQLY 1UIEA 4FDYA 5II3A 1LMTA 1LZ4A 3A6BY 4LYBA 4NWHA 1LJGA 2EPEA 1GD6A 2HEDA 4TWSA 3WU8A 1FN5A 3RU5A 1UBZA 3AYQA 4TSBA 4NHSA 4LYMA 4NSJA 5LA8A 4GCCA 1RE2A 4I0CA 3AZ4A 4FJRA 4LGKA 4LT3A 4KL7A 1CKFA 1IWYA 5EBHA 4ZEEA 1GEZA 4J7VA 5APCA 3TMWA 3WYHA 1DI5A 1JJ0A 1LYYA 2I26L 4H8YA 1HHLA 2Z2FA 3LZ2A 4NGOA 3HBDA 4TX7A 2HU1A 1FKVA 1DZBX 4HPEA 2HECA 4IATA 1B2KA 5KXNA 3CT1A 1VDTA 193LA 3W6DA 2BQGA 3A94A 1UUZC 4HTNA 3SP3A 4QDNA 1OP9B 1B9OA 1C10A 4W94A 5LAFA 1HNLA 1B5ZA 1YL0X 4WG1A 2H9KA 3EMSA 4NGVA 3A3RX 1D6QA 4R6CA 4YOPA 1I56A 1CKDA 4WL7A 1IP7A 3W3EA 5LVHA 2BQDA 4GCBA 5L3HA 4OW1A 4J1BA 4DD0A 3K3TA 4NWEA 4XADA 5DM9A 5APDA 5B05A 9LYZA 1GB2A 4NFVA 1B7MA 4XN6A 4Z98A 1JTOL 1GE4A 5I5QA 1GFHA 1LKSA 3W6FA 5IDDA 1GAZA 1YIKA 3EBAB 3GXKA 1NKHA 1LSCA 2YBIA 3AB6A 133LA 4WOAA 1LJKA 2BAAA 1GDWA 1GF0A 4XYYA 1IEEA 4B4EA 3EXDA 5C6LA 1XSFA 4H9EA 1PZYA 1IC4Y 1WQNA 1IOTA 5E9RA 4UWUA 4DD2A 3TMUA 1XGRC 1LMQA 2EIZC 1LSMA 5C6JA 1YANA 4DDCA 2CWIA 3M18B 5KXTA 1HENA 1LHMA 2MEGA 4WLTA 1OUHA 3WMKA 1GF8A 2YDGA 5HNCA 5I4XA 2ZIKA 3FI7A 1REZA 4CJ2A 4W96A 1HEQA 4NEBA 1IP6A 2Z37A 4XJFA 6LYTA 1MLCE 3ULRA 2LZTA 3WXUA 1JKDA 4J0LA 3P66A 4H9CA 1IR7A 1JEFA 3AGHA 1LZNA 3AW6A 1A4VA 1INUA 3RZ4A 1LTMA 2GV0A 1LZDA 5KJ9A 1TBYA 3A67Y 5KY1A 1LYOA 1VEDA 5T3FA 1GFVA 4WM2A 5D5FA 4WG7A 3E3DA 8LYZA 5FSTA 1AZFA 7LYZA 1DPWA 1I20A 1IY4A 1CJ6A 1ZMYL 2BLXA 3M3UA 4QEQA 1DXJA 1GBZA 2G4QA 1XGQC 1BWIA 1B0DA 1KIRC 1F6SA 1G7MC 1XGTC 5B1GA 4DDAA 3VWOA 4OWBA 5D5CA 1VATA 1IP1A 6LYZA 1KXXA 1WTNA 4HTKA 5FEKA 1FLUA 1C7PA 4QY9A 5KXMA 153LA 1UIGA 1WQMA 2MEFA 4Z46A 1GHLA 1RI8B 2LHMA 3WU7A 1GB7A 1IR9A 3FE0A 1D9UA 4DC4A 2ZILA 1QIOA 4GN5C 3WL2A 2VB1A 1UIDA 5I54A 1GFEA 2G4PA 1QUTA 2HEAA 1AM7A 3W6BA 1JPOA 2MEAA 4IASA 1BHZA 2G4NA 3IWRA 3LZTA 4HV2A 1LHHA 4NGJA 1NDGC 3WVYA 208LA 1LSFA 3TXEA 4YM8A 3CSZA 1GFUA 4HJVA 1CJ8A 4XJHA 1HFYA 1LSYA 1BB3A 1A2YC 4B0DA 5K7OA 1JSEA 3CSRA 4N8ZA 1GF5A 3B0KA 1GBOA 1WQQA 1FLYA 1NF5A 1B5WA 4N1CC 2C8OA 4KT3A 4WM4A 2ZWBA 1HMKA 2LZ2A 4GLVA 5KXPA 5KXLA 1REXA 1UIAA 2CGIA 1BVKC 1F6RA 3D3DA 4H93A 4OWCA 3WUAA 4ETEA 1HC0A 4BAPA 1B5XA 1VAUA 2CDSA 2XJWA 2N5ZA 1HSXA 3WXTA 4KPMA 2DQHY 1E8LA 3WW5A 5APEA 4NG8A 2MEBA 4NGIA 1ZV5L 2BQFA 3ZVQB 3CSQA 1HERA 3HBHA 1QSWA 4Z41A 1YAQA 2BQJA 2LYOA 3BKVA 4II8A 5DLAA 4ETAA 5F9UA 4WLXA 3TXFA 1UC0A 2W1XA 1YKXX 2BQHA 3A93A 5AMYA 2BLYA 1BWJA 1C46A 2BQKA 3KAMA 4DYGA 4LT2A 4XJDA 1FLWA 1HEMA 1CJ7A 1DQJC 4GCFA 5F14A 1GB8A 4NHQA 1LAAA 5KKIA 1LMCA 3RNXA 1LOZA 4RLMA 4XJIA 4HSFA 5LVGA 4NHTA 1V7TA 1GB6A 1OUAA 3A90A 1LJIA 4WM1A 2PC2A 2DQJY 2YBJA 4ZFPA 5KXYA 5ILCA 1GDXA 1LMPA 1GB9A 1HF4A 4RLNA 1GXXA 1HEOA 4N9RA 1XEKA 1HFZA 1BB4A 1C45A 1IWXA 4ETDA 1OUBA 1IWTA 3A8ZA 3TXDA 1AT6A 1T6VL 3P68A 3RT5X 4OOOA 1GAYA 4LT1A 2ZYPA 135LA 3ATNA 1JUGA 2F2NA 5LXWA 4WM5A 1BVXA 1C43A 1LZBA 4C5FA 4NHIA 1GB3A 2W1LA 1YAPA 1GWDA 2X0AA 2YBMA 4LYCA 4MCKA 4MSTA 4P2EA 4XJGA 3LYMA 4N1EI 4KXIA 1EQ5A 4NGLA 4D9ZA 1LZ9A 5FELA 5ILFA 1KIPC 3G3BB 2HTXA 1TAYA 2MEIA 1O23A 2C8PA 4XJBA 3QE8A 5FCPA 1CKGA 1NQIA 1YAMA 4H91A 1LMAA 1LZYA 4OOTA 5DL9A 1DKJA 1IC7Y 2RSCA 1IP4A 1JHLA 1IOQA 1JTPL 3N9AA 2DQAA 4RW2A 4PRQA 4A7DA 1C08C 1CNSA 1ALCA 1I1ZA 1G7IC 1QDRA 1IP5A 3GXRA 4TUNA 1LZ8A 4LYOA 1DKKA 3AGGG 2W1MA 3ZEKA 1IWUA 4H9BA 1NMMA 1B7RA 1J1PY 3WPJA 1HEPA 2BQCA 1WQOA 1GE3A 5HMVA 4QGZA 2Y8PA 4OWHA 1XEIA 1YKYX 2BQLA 1FDLY 1LJFA 1REMA 2DQDY 2ZNXY 1IVMA 4LYTA 4X3BA 5C6IA 5LA5A 1CJ9A 1YILA 5L3IA 1B7PA 3QNGA 4ETBA 1LZGA 4NSIA 3QY4A 2DBTA 5KXRA 1VDPA 2YBHA 4H9FA 2YSSC 1G7LC 1JSFA 1VDQA 1P2CC 1YQVY 3A6CY 4PPOA 5F81A 5KKJA 4G9SA 5J7CA 4DT3A 1GFGA 1LSBA 1YROA 2D6BA 4NGKA 3P64A 2F4GA 2YBNA 1B5UA 2MECA 3ATOA 1AT5A 5FHWA 2DQFC 1B5YA 2BPUA 4U3XB 1FKQA 1LZAA 1IWZA 2LYMA 4L41A 4WO6A 5F9XA 1V7SA 1F10A 1XGUC 1N4FA 2FBDA 3HFMY 5LVJA 5F16A 2ZYCA 1CKHA 4C3WA 4LFPA 4H8XA 1LZ5A 1B5VA 5LVKA 1GBSA 1H87A 1BWHA 2I6ZA 1LZRA 1ZVHL 2A7FA 4GCDA 4WLDA 1BB5A 1VFBC 1W08A 2H5ZA 2D4IA 2B5ZA 1GFTA 4OWEA 5I4YA 154LA 1LYSA 1GFJA 1NHEA 4XENA 2H9JA 1LJ3A 2BQBA 1B7QA 1UCOA 1GBYA 1T3PA 4PRUA 1AKIA 2WARA 4HV1A 5HNLA 1QQYA 5LIOA 2DQGY 3B72A 3N9CA 1LSNA 2ZNWY 4NHPA 4LZTA 2ZQ3A 4DD1A 4DD7A 1GEVA 3A95A 4WMGA 1LJ4A 3W6CA 1HEWA 4AXTA 1LSAA 1XGPC 1QUSA 1WVUA 1D6PA 1JKBA 2XBRA 1GFRA 3AGIA 2Z19A 4TSCA 1LMOA 5KXKA 1QTEA 5I53A 4M6DA 1UIBA 1G7JC 1OUDA 5IELA 2EKSC 1B7NA 5B07A 5LVIA 1IWVA 2D91A 2D4JA 5DN5A 3F6ZA 1JJ3A 1NBYC 1ZVYB 4O34A 4ZIXA 1B7OA 3LN2A 1NBZC 4NGYA 1LKRA 5B06A 1WQPA 4HPIA 1UICA 4YEOA 1JKCA 1WTMA 1FBIX 4CHXA 4H92A 2YBLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LC9A 4YF2A 1BB7A 3WPLA 3ODUA 5A3EA 1QS5A 1H6MA 2DQIY 4J1AA 4B4IA 3WUMA 1JWRA 1B7LA 1CU5A 5KXOA 3AJNA 4H9AA 2DKVA 3W6EA 4HTQA 4H90A 2OU0X 5LYZA 5HLLA 4ETCA 4UWVA 2Z18A 1LSDA 2HEFA 1GFAA 3P65A 1L94A 4AGAA 4WM6A 3EMLA 2MEEA 3WUNA 1HSWA 2FYCA 1L15A 4NIJA 172LA 1CVKA 1QUHA 5JENB 1LYEA 1RFPA 5APFA 4N5RA 142LA 3ZVQA 3B0OA 2Z12A 1TEWA 2RBQA 4BADA 1KXYA 1SSWA 3AZ5A 4B1AA 3SB6A 4PJ2C 1KNIA 1L34A 1DI4A 3TXIA 4NY5A 1EL1A 1KY0A 3WULA 4ML7A 1RCMA 1YKZX 244LA 2W1YA 3D9AC 2Q9DA 4DD9A 2BQMA 4NSHA 4LDOA 210LA 1XEJA 3HDFA 5E4PA 129LA 1OUGA 1TCYA 1XFPL 1L74A 132LA 3WPKA 1RJCB 3A34A 1LYZA 3J6KA 4DQ5A 3HU9A 1LZ6A 1QUGA 1L99A 1BB6A 1JTTL 1LPIA 4EKRA 1LCNA 3C8RA 3CQLA 3HTBA 249LA 4H8ZA 1L73A 177LA 1CKCA 3TXJA 134LA 1LI3A 3TMXA 1L76A 1L61A 2HU3A 5DN4A 2RBNA 1G7HC 4WLYA 1UA6Y 2IGCA 3WVXA 1BQLY 5II3A 3WU8A 1GD6A 3F9LA 3RU5A 1UBZA 241LA 1RE2A 4I0CA 1C6CA 2L78A 5APCA 3WYHA 2I26L 3DN6A 1HHLA 4NGOA 3LZ2A 1DZBX 4S0WA 5KXNA 1VDTA 4W94A 4WG1A 3EMSA 199LA 1D6QA 4YOPA 4WL7A 2O7AA 4GCBA 163LA 219LA 3CDQA 9LYZA 4NFVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LYM A;  1OUE A;  2EQL A;  3TXB A;  1LSP A;  4YF2 A;  1IP3 A;  1BB7 A;  2HUB A;  2Z2E A;  4G4H A;  3WPL A;  1KIQ C;  1JJ1 A;  1LJE A;  1IIZ A;  4NGW A;  5A3E A;  2F30 A;  1H6M A;  4HJZ A;  2DQI Y;  4J1A A;  1GE2 A;  5B59 A;  2HEB A;  4B4I A;  3WUM A;  1JWR A;  1YL1 X;  1OUJ A;  4R0F A;  1B7L A;  1GF6 A;  3LYT A;  1GE0 A;  4GN3 A;  5KXO A;  2IFF Y;  4PHI A;  1W6Z A;  1GF9 A;  2XTH A;  3WH1 A;  3AJN A;  1IOR A;  1PS5 A;  1LZS A;  2CJL A;  2DKV A;  4H9A A;  4G4B A;  3AZ7 A;  1IO5 A;  3W6A A;  4H9I A;  3W6E A;  4HTQ A;  4H90 A;  1J1O Y;  2XBS A;  4ANR A;  1HML A;  5LYZ A;  4Z3M A;  3A3Q A;  4ETC A;  4H1P A;  2NWD X;  4YEM A;  5HLL A;  5KXX A;  4N0J A;  4UWV A;  1JIY A;  2BQN A;  2Q0M X;  1GBW A;  2Z18 A;  1LSD A;  2Z38 A;  2LYZ A;  2DQC Y;  2HEF A;  1GFA A;  3N9E A;  3P65 A;  2I25 L;  4BS7 A;  1GBX A;  3HBE X;  4GCE A;  4AGA A;  3TXG A;  3LYO A;  1KXW A;  4HP0 A;  4WM6 A;  2MEE A;  4OWA A;  3RW8 A;  3WUN A;  4G49 A;  1HSW A;  2FYC A;  3LYZ A;  1D0K A;  2D4K A;  1GE1 A;  3IJU A;  4NIJ A;  4DWX A; 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 1GWD A;  2X0A A;  2YBM A;  4LYC A;  4MCK A;  4MST A;  4P2E A;  4XJG A;  3LYM A;  4N1E I;  4KXI A;  1EQ5 A;  4NGL A;  4D9Z A;  1LZ9 A;  5FEL A;  5ILF A;  1KIP C;  3G3B B;  2HTX A;  1TAY A;  2MEI A;  1O23 A;  2C8P A;  4XJB A;  3QE8 A;  5FCP A;  1CKG A;  1NQI A;  1YAM A;  4H91 A;  1LMA A;  1LZY A;  4OOT A;  5DL9 A;  1DKJ A;  1IC7 Y;  2RSC A;  1IP4 A;  1JHL A;  1IOQ A;  1JTP L;  3N9A A;  2DQA A;  4RW2 A;  4PRQ A;  4A7D A;  1C08 C;  1CNS A;  1ALC A;  1I1Z A;  1G7I C;  1QDR A;  1IP5 A;  3GXR A;  4TUN A;  1LZ8 A;  4LYO A;  1DKK A;  3AGG G;  2W1M A;  3ZEK A;  1IWU A;  4H9B A;  1NMM A;  1B7R A;  1J1P Y;  3WPJ A;  1HEP A;  2BQC A;  1WQO A;  1GE3 A;  5HMV A;  4QGZ A;  2Y8P A;  4OWH A;  1XEI A;  1YKY X;  2BQL A;  1FDL Y;  1LJF A;  1REM A;  2DQD Y;  2ZNX Y;  1IVM A;  4LYT A;  4X3B A;  5C6I A;  5LA5 A;  1CJ9 A;  1YIL A;  5L3I A;  1B7P A;  3QNG A;  4ETB A;  1LZG A;  4NSI A;  3QY4 A;  2DBT A;  5KXR A;  1VDP A;  2YBH A;  4H9F A;  2YSS C;  1G7L C;  1JSF A;  1VDQ A;  1P2C C;  1YQV Y;  3A6C Y;  4PPO A;  5F81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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