3TMXA

X-ray radiation damage to hewl crystals soaked in 100mm sodium nitrate (dose=1.9mgy)
Total Genus 43

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TI'1 (36-39)3H4 (120-124)AH1 (5-15)TII4 (124-127)TII1 (17-20)O2 (6-127)3H1 (20-22)AH2 (25-36)AH4 (109-115)TI3 (54-57)TVIII1 (85-88)S1 (43-45)S2 (51-53)TI2 (46-49)S3 (58-59)TI4 (59-62)TI5 (60-63)TI6 (74-77)TIV1 (66-69)TII2 (69-72)3H2 (80-83)AH3 (88-100)TIV2 (101-104)3H3 (104-107)TII3 (115-118)O1 (118-120)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title Can radiation damage to protein crystals be reduced using small-molecule compounds?
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3tmxA00
1GF4A 5FCPA 5ILCA 1CNSA 1LZ9A 1QSAA 3FE0A 1HEMA 2I25L 4OWBA 5LAGA 4ET9A 1ALCA 1DPWA 1V7TA 1LMAA 2EQLA 2W1XA 1YQVY 1SLYA 2HEFA 5HMJA 4QGZA 1IY4A 3A93A 4BAPA 5I53A 9LYZA 1GEZA 3ATNA 2ZIKA 2YBMA 1GF8A 3A34A 1HEOA 4N9RA 1GAYA 2FYCA 5LA8A 5I4YA 2HEAA 1IR7A 1GF0A 1REZA 4ETCA 1VEDA 1ZVYB 1IWYA 5L9JA 1B7NA 1GBSA 2EPEA 4NSJA 1C08C 1BVXA 2DQDY 2LZTA 1AKIA 4GN3A 1NDMC 3AGIA 4NSIA 2ZNWY 3CT5A 4XJIA 1FKQA 1ZMYL 4NGKA 3TXKA 1LHJA 2ZYCA 4NGZA 1LKSA 1LMOA 4H92A 1LJGA 1XEJA 4OWCA 1LTMA 1IP6A 1KXYA 1YL1X 2D6BA 3LYTA 4IASA 4NGYA 1LJHA 2HECA 4IATA 4NGOA 4H9AA 1IC7Y 1ZV5L 1GB9A 3TXGA 4W94A 1NBYC 3WU8A 2LYOA 1GFGA 1B7MA 1B5UA 1AM7A 1HFXA 2BLYA 5LVIA 1IWZA 4B4EA 1DQJC 1IOQA 4R0FA 3A6CY 1LCNA 1D0KA 1HSXA 1IP7A 1HFZA 1ZVHL 4HV1A 1LKRA 4YOPA 4CGEA 4MCKA 3A94A 4XADA 4B4IA 4NGIA 1CJ6A 1GE4A 1CKGA 1CKFA 1LSAA 1GXV2 1RJCB 1VATA 4H9EA 1DI4A 1UIGA 4H8YA 1LYYA 1BVKC 1BWHA 2ZYPA 3WYHA 1PS5A 1XEIA 1FLQA 1YILA 2YSSC 4GN4A 3TXFA 1QTKA 1SQ2L 4NHIA 4TX7A 1FDLY 3M18B 4ZEEA 2ZILA 2D4KA 4G9SA 1HENA 1LSFA 3CB7A 5DLAA 1IIZA 5DL9A 5LYMA 3E3DA 4AXTA 1FBIX 1FLYA 207LA 2H5ZA 5FSTA 2F2NA 2YBNA 2XBRA 5K7OA 2D91A 3W3EA 1UIBA 2Z38A 1UIAA 4DD9A 3CQLA 2DQJY 1DZBX 1D0LA 1MELL 2MEDA 4RW1A 4WLDA 3G3BB 4B4JA 3LN2A 1NF5A 2Z2FA 5APEA 1GBYA 1CKHA 1LHIA 2CGIA 4LYBA 5E4PA 1AT6A 4G49A 2XTHA 4QEQA 1B5ZA 5LXWA 1LJKA 2ZQ4A 1BGIA 1B2KA 2BLXA 5DN5A 5FDJA 5ILFA 1JSEA 2MEIA 1JTOL 1BHZA 1P2CC 2CWIA 2HEDA 1IWWA 2YBHA 1LZ6A 5APFA 4L41A 1Z55A 5LINA 4H93A 1IWXA 1DPXA 1LZYA 2ZNXY 5B06A 4WLXA 1GXXA 4B0DA 4CJ2A 1IWUA 5EBHA 2IFFY 1J1OY 2MEBA 1GFKA 2ZIJA 3K3TA 4MSTA 4N1CC 1XGUC 1GB2A 3AB6A 3WL2A 1WQPA 2N5ZA 3AW7A 1GBOA 1NKHA 3TXBA 2D4JA 1T6VL 3B6LA 4H90A 1V7SA 4LYTA 4WG1A 1GWDA 1I20A 1CJ7A 4KPMA 1IOCA 1H6MA 1G7MC 3P4ZA 4ZFPA 1OUJA 2H9JA 4NSHA 4CFOA 1BWJA 1UIFA 4WM6A 2DQEY 2F4AA 5KXNA 3WW6A 4BAFA 5FEKA 4DD3A 4ETDA 1REMA 3P66A 2BQAA 1GF9A 3AW6A 4WM5A 1IVMA 1LYZA 1GB0A 1LJIA 1G7LC 3LHMA 4O34A 1N4FA 4H8XA 1LJEA 4WLYA 2DQFC 1W6ZA 4R6CA 4HP0A 4XJBA 3AYQA 1LZEA 1AT5A 4WMGA 4HTNA 4DD2A 3RZ4A 4GN5C 1LSYA 1IP4A 3MGWA 4GLAA 4H9IA 5A3EA 1IOTA 5KXWA 1HEPA 2BQDA 2ZWBA 5AMYA 1LMTA 2ZQ3A 4PRQA 1B9OA 1BB6A 2X0AA 1OUGA 1B7SA 1LPIA 4NFVA 3WVYA 1BB4A 4DWXA 8LYZA 1TEWA 3AJNA 3IJUA 1XFPL 2H9KA 4NGWA 2MEHA 4NHSA 2FYDA 4KT3A 1GFRA 3WPJA 1TBYA 1UBZA 1HMLA 1IO5A 1B7QA 3W6AA 5L3IA 3ZVQA 1UIDA 1EQ5A 4Z3MA 1CJ8A 1EL1A 3WUNA 2EKSC 1HELA 5A3ZA 1HF4A 1LOZA 1LZCA 3HFMY 4TWSA 1GF7A 1DKJA 1HFYA 5D5CA 5KJ9A 2YDGA 5LVHA 1GBWA 1OUCA 3OK0A 4H1PA 4WM1A 1F6RA 2I26L 1JHLA 4H9BA 2MECA 1E8LA 3WULA 1QUTA 2PC2A 1EQEA 1DXJA 3A3RX 1QIOA 1LHKA 1UA6Y 2XBSA 1F6SA 1T3PA 5DM9A 3TMVA 1GHLA 4QDNA 4WOAA 1LHHA 1WQQA 7LYZA 1KIRC 4H9CA 2BQCA 135LA 3A95A 4LT0A 4ETBA 2BQLA 2WARA 4ZIXA 2C8PA 1PZYA 1JJ0A 4WLTA 5F9XA 1IOSA 2BQMA 4GCEA 4U3XB 2FBBA 1WQNA 3TXJA 5HLLA 1LSCA 1JPOA 1LZNA 3T36A 3WVXA 4EOFA 4GCBA 4ANRA 1HEQA 1NMMA 1UACY 1VFBC 208LA 4NSGA 4DD1A 1F0WA 4DDBA 1C7PA 1HEWA 5IELA 1LJFA 5IDDA 3LYZA 5DN4A 3AZ5A 2CJLA 4RDSA 4DDAA 2HUBA 2YBIA 3G3AB 3A91A 1KIQC 1LYSA 4BS7A 2VB1A 1JTPL 3RU5A 1JKDA 3AGHA 3RT5X 2HTXA 1WVVA 3HBHA 134LA 5C6LA 1LMCA 2AUBA 4DYGA 3WXUA 1OUEA 2MEEA 4HJYA 3F6ZA 2W1YA 2Z12A 1B7PA 4GCFA 3W6EA 4D9ZA 1GB8A 2DQGY 4N8ZA 3TMUA 1LSZA 1JKAA 1GF5A 2I6ZA 1YAQA 3LYMA 1LZ8A 1YAPA 2LYZA 3QY4A 1LJJA 2BQKA 1OUIA 2F30A 4XJFA 4XN6A 1LZGA 1G7HC 2RSCA 4TUNA 4W96A 1LZDA 1GE2A 1LMNA 2DQHY 4B1AA 4B49A 4DD0A 1B7OA 3WPKA 1LMPA 4XJHA 1OUAA 4HTKA 5KXLA 1GB5A 1XGQC 2Y8PA 3W6FA 4NG8A 4OOTA 4G4HA 3A96A 1JISA 4YF2A 4CFPA 1NQIA 3TMWA 5LIOA 1KIPC 1LSPA 5B1FA 4N1EI 1G7JC 3CT1A 4J1AA 2G4PA 1EQ4A 1NDGC 1GBZA 4FJRA 4RLNA 4AGAA 4YM8A 1BWIA 4E3UA 4MR1A 4J1BA 5I54A 4ML7A 1REYA 3BKHA 4LYZA 1JJ1A 4LT1A 2BQHA 4LYMA 5LYTA 3VWOA 1J1XY 1LJ4A 4N0JA 4FDYA 4XJDA 1QDTA 4LFXA 1FN5A 1BB7A 2BQJA 1IR8A 3QE8A 4DT3A 1C43A 4ET8A 1B7RA 3W6CA 2B5ZA 5KKJA 1WTMA 4XENA 1IP2A 1QDRA 1XGRC 1C45A 1GE3A 4DD7A 4LT2A 4G4CA 3D9AC 4J0LA 1D9UA 4NIJA 2BQOA 4WL7A 2BQNA 4NHTA 4UWUA 3WXTA 4YENA 4DDCA 2LYMA 1INUA 1TAYA 1JITA 3B0KA 132LA 1WVUA 4TTDA 5KXYA 3WUAA 5HNLA 4OWEA 1JEFA 4RW2A 2YVBA 2MEGA 1JSFA 1DI3A 3A8ZA 1HNLA 1TDYA 5KXTA 1LYOA 4HPEA 1WQOA 5LYZA 3B0OA 4H9HA 1NBZC 1LZ1A 3TXHA 1UCOA 4XYYA 1IC5Y 4A7DA 1LAAA 1IX0A 3AGGG 1REXA 1LHMA 4TSBA 3WUMA 5HNCA 1GDXA 1KXXA 3M3UA 4PHIA 4TSCA 1OP9B 2A7DA 2HU3A 4OWAA 2LZ2A 1GFUA 3WU9A 4XJGA 5FHWA 1I56A 5B07A 1LZSA 4OW1A 1D6QA 3P64A 5HMVA 3HBDA 3HBEX 3N9EA 1HSWA 1YAOA 1H87A 2GV0A 3EXDA 1RCMA 3J4GA 4LGKA 2W1LA 5LVJA 4I8SA 1GFAA 4GCDA 3KAMA 4I0CA 1VAUA 1YAMA 1AZFA 3SP3A 4LZTA 5LVGA 2HEBA 3B0IA 2MEFA 6LYZA 3RW8A 5D5FA 1B5YA 2IHLA 4NY5A 1YROA 5APDA 3A90A 5J7CA 1LSGA 1GPQC 1UIHA 1XGPC 1LSEA 3TXIA 1GE0A 2MEAA 5JENB 3EMSA 2DBTA 1JJ3A 1FKVA 4YEMA 1FLWA 5KXRA 1CKCA 1UUZC 2EIZC 4HTQA 4HJZA 4IJ4A 1BB3A 4LYCA 2DQCY 5LA5A 1IP1A 1XEKA 1YANA 2D4IA 3B72A 4WG7A 5KY1A 1QQYA 4EMNA 3AZ7A 3QNGA 1IWVA 5IHGA 3GXRA 2HU1A 3OJPA 1DKKA 1LJNA 4H94A 4WL6A 4NG1A 1O23A 2BQBA 1IY3A 4HPIA 3D3DA 1WTNA 3WPLA 1GB7A 3WU7A 1GD6A 1F10A 3IWRA 4H9FA 2A7FA 1LZRA 5KXMA 3RNXA 4HJVA 4Z41A 1XSFA 4P2EA 1RFPA 4NHQA 1LZ5A 1A4VA 1BB5A 1KXWA 5B59A 1CKDA 2Z37A 3W6DA 5II3A 3IJVA 4ETEA 1VDQA 4HSFA 5I4XA 1JIYA 153LA 3ATOA 1QTEA 1VDTA 4J7VA 1C46A 3A6BY 1D0MA 5F14A 6LYTA 1LSMA 5KXZA 4QY9A 2Z19A 2BQIA 1LSNA 1JWRA 1OUBA 3WMKA 4DC4A 2LHMA 1GAZA 1YIKA 1BQLY 3P68A 1GFEA 4RLMA 1LZ4A 2BQEA 4WM3A 133LA 1C10A 154LA 2DQIY 3LZTA 1B5VA 1LMQA 1XGTC 4KXIA 3LYOA 4N5RA 1NWGA 5KXKA 2HEEA 4GCCA 1IR9A 1CJ9A 1YKXX 2CDSA 4NEBA 1I1ZA 1IEEA 5L3HA 5M1YA 4WM4A 1YKZX 5F81A 1J1PY 4KL7A 1WQMA 2BQFA 1JTTL 1UIEA 1HERA 5KKIA 193LA 3CSZA 1JKBA 1QSWA 1TCYA 4Z98A 5C6IA 4C5FA 4PJ2C 3A92A 1GDWA 3CSRA 1OUDA 5F9UA 3ULRA 4OOOA 5APCA 4WO6A 4NHPA 4ETAA 3EO5A 1UICA 4Z46A 4UWVA 1WQRA 1IP5A 1UC0A 194LA 1VDPA 4II8A 1GF3A 2Q0MX 3BKVA 3WH1A 1HC0A 1IP3A 5FELA 1DI5A 5KXSA 4M6DA 1YKYX 4HV2A 3AZ4A 3AZ6A 3A3QA 5B05A 2C8OA 4NWEA 1NHEA 4PGJB 3ZVQB 1GE1A 4C3WA 1GFHA 1LSDA 2BPUA 5B1GA 3W6BA 5KXPA 3P65A 2F4GA 2G4QA 5LVKA 2BQGA 4WO9A 1LHLA 3WW5A 1GFVA 4H8ZA 1QUSA 1JKCA 5KXXA 1GFTA 4OWHA 1LSBA 4NGLA 4NGJA 4PRUA 2DKVA 4GLVA 3TMXA 1GBXA 1B5XA 1VDSA 2Z2EA 4NGVA 1LZTA 4LFPA 3J6KA 5HQ1A 3CSQA 4G4BA 2YBLA 3GXKA 2W1MA 5I5QA 1LZAA 2Z18A 5I4WA 3N9AA 1A2YC 1B0DA 4LYOA 2XJWA 4M4OA 4H91A 1FLUA 1RI8B 3N9CA 1MLCE 1W08A 2FBDA 2Z39A 4LT3A 1B7LA 4BADA 1LZBA 1LJ3A 1B5WA 4NWHA 4YEOA 5F16A 1D6PA 1YL0X 5LAFA 1IWTA 3TXDA 2NWDX 1GB6A 5E9RA 1JUGA 4WM2A 1GFJA 3EBAB 2G4NA 1OQMA 4X3BA 3TXEA 5T3FA 1OUFA 3FI7A 3T6UA 3A67Y 1GEVA 1G7IC 1IC4Y 2YBJA 3LZ2A 1HHLA 1HMKA 1OUHA 1RE2A 3CT0A 1GF6A 5C6JA 4CHXA 4PPOA 2BAAA 1GB3A 5KXOA 3ZEKA 2DQAA 1IORA 4UWNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P64A 1GF4A 1KY0A 1LZ9A 4ET9A 140LA 1HEMA 1YQVY 3QAKA 1L57A 2ZIKA 5I4YA 3GUKA 115LA 1GF0A 1VEDA 4NSJA 1AKIA 3CT5A 4NGZA 1LKSA 1LMOA 4H92A 1C6LA 1XEJA 1KXYA 4ARPA 225LA 1DYBA 2HECA 2RB0X 4NGOA 3TXGA 226LA 215LA 1GB9A 1NBYC 2RBQA 1LYHA 3FA0A 1IOQA 1D0KA 4HV1A 4MCKA 4XADA 1CKFA 1VATA 1DI4A 4H8YA 149LA 3WYHA 1PS5A 4GN4A 2YSSC 3TXFA 2B72A 4TX7A 4ZEEA 1FDLY 2ZILA 1L81A 2RBOA 3NY9A 3CB7A 1IIZA 5DL9A 228LA 207LA 3HH5A 1CV6A 1L04A 2XBRA 1TLAA 1UIBA 2QB0B 3CQLA 1CU3A 2DQJY 1DZBX 1D0LA 1MELL 1L79A 2OE7X 1CKHA 1B5ZA 5FDJA 1L0JA 2CWIA 2HEDA 5LINA 1L80A 3SB6A 1C6DA 180LA 1GXXA 1L74A 1LPYA 1GFKA 2ZIJA 1PQKA 4N1CC 1XGUC 1WQPA 1GBOA 3V2YA 1CJ7A 4KPMA 1KW5A 4ZFPA 1BWJA 2DQEY 3WW6A 4DD3A 3HT7A 137LA 1IVMA 3ODUA 1LYZA 1G0LA 2B6WA 1L60A 1N4FA 1L69A 4R6CA 2ANXA 1L11A 4GN5C 169LA 5A3EA 1IOTA 1CX6A 1LMTA 1B9OA 1BB6A 1CTWA 1OUGA 1B7SA 2X0AA 3GULA 3AJNA 3IJUA 1L70A 4I7TA 4NHSA 1OWZA 1UBZA 210LA 1HMLA 1B7QA 3ZVQA 1EQ5A 4Z3MA 3WUNA 2EKSC 1LOZA 4TWSA 1GF7A 1DKJA 1GBWA 3C8RA 4H1PA 1L23A 1L13A 1JTMA 1QIOA 2XBSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GF4 A;  5FCP A;  5ILC A;  1CNS A;  1LZ9 A;  1QSA A;  3FE0 A;  1HEM A;  2I25 L;  4OWB A;  5LAG A;  4ET9 A;  1ALC A;  1DPW A;  1V7T A;  1LMA A;  2EQL A;  2W1X A;  1YQV Y;  1SLY A;  2HEF A;  5HMJ A;  4QGZ A;  1IY4 A;  3A93 A;  4BAP A;  5I53 A;  9LYZ A;  1GEZ A;  3ATN A;  2ZIK A;  2YBM A;  1GF8 A;  3A34 A;  1HEO A;  4N9R A;  1GAY A;  2FYC A;  5LA8 A;  5I4Y A;  2HEA A;  1IR7 A;  1GF0 A;  1REZ A;  4ETC A;  1VED A;  1ZVY B;  1IWY A;  5L9J A;  1B7N A;  1GBS A;  2EPE A;  4NSJ A;  1C08 C;  1BVX A;  2DQD Y;  2LZT A;  1AKI A;  4GN3 A;  1NDM C;  3AGI A;  4NSI A;  2ZNW Y;  3CT5 A;  4XJI A;  1FKQ A;  1ZMY L;  4NGK A;  3TXK A;  1LHJ A;  2ZYC A;  4NGZ A;  1LKS A;  1LMO A;  4H92 A;  1LJG A;  1XEJ A;  4OWC A;  1LTM A;  1IP6 A;  1KXY A;  1YL1 X;  2D6B A;  3LYT A;  4IAS A;  4NGY A;  1LJH A;  2HEC A;  4IAT A;  4NGO A;  4H9A A;  1IC7 Y;  1ZV5 L;  1GB9 A;  3TXG A;  4W94 A;  1NBY C;  3WU8 A;  2LYO A;  1GFG A;  1B7M A;  1B5U A;  1AM7 A;  1HFX A;  2BLY A;  5LVI A;  1IWZ A;  4B4E A;  1DQJ C;  1IOQ A;  4R0F A;  3A6C Y; 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 5APC A;  4WO6 A;  4NHP A;  4ETA A;  3EO5 A;  1UIC A;  4Z46 A;  4UWV A;  1WQR A;  1IP5 A;  1UC0 A;  194L A;  1VDP A;  4II8 A;  1GF3 A;  2Q0M X;  3BKV A;  3WH1 A;  1HC0 A;  1IP3 A;  5FEL A;  1DI5 A;  5KXS A;  4M6D A;  1YKY X;  4HV2 A;  3AZ4 A;  3AZ6 A;  3A3Q A;  5B05 A;  2C8O A;  4NWE A;  1NHE A;  4PGJ B;  3ZVQ B;  1GE1 A;  4C3W A;  1GFH A;  1LSD A;  2BPU A;  5B1G A;  3W6B A;  5KXP A;  3P65 A;  2F4G A;  2G4Q A;  5LVK A;  2BQG A;  4WO9 A;  1LHL A;  3WW5 A;  1GFV A;  4H8Z A;  1QUS A;  1JKC A;  5KXX A;  1GFT A;  4OWH A;  1LSB A;  4NGL A;  4NGJ A;  4PRU A;  2DKV A;  4GLV A;  3TMX A;  1GBX A;  1B5X A;  1VDS A;  2Z2E A;  4NGV A;  1LZT A;  4LFP A;  3J6K A;  5HQ1 A;  3CSQ A;  4G4B A;  2YBL A;  3GXK A;  2W1M A;  5I5Q A;  1LZA A;  2Z18 A;  5I4W A;  3N9A A;  1A2Y C;  1B0D A;  4LYO A;  2XJW A;  4M4O A;  4H91 A;  1FLU A;  1RI8 B;  3N9C A;  1MLC E;  1W08 A;  2FBD A;  2Z39 A;  4LT3 A;  1B7L A;  4BAD A;  1LZB A;  1LJ3 A;  1B5W A;  4NWH A;  4YEO A;  5F16 A;  1D6P A;  1YL0 X;  5LAF A;  1IWT A;  3TXD A;  2NWD X; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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