3TXFA

Hewl co-crystallization with cisplatin in dmso media with glycerol as the cryoprotectant
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Experience with exchange and archiving of raw data: comparison of data from two diffractometers and four software packages on a series of lysozyme crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3txfA00
1QDTA 1LSCA 3T36A 4WO6A 1LZ1A 1HMKA 4J1BA 1GB3A 2BAAA 2XBSA 1UIAA 1XGRC 2GV0A 4G4HA 1DXJA 1YKZX 1RJCB 4GN3A 3AW7A 1LKSA 1VATA 1UUZC 1B7LA 2LHMA 5A3ZA 4C3WA 1GE1A 1NHEA 2BQIA 2MEHA 2YVBA 4DD9A 1G7HC 5ILFA 2W1MA 1JIYA 4LT1A 1WTMA 1D6PA 1J1XY 2EIZC 3TXDA 1LMNA 5D5CA 4KL7A 4PHIA 4YF2A 2MEGA 1BB3A 1GBWA 1LYSA 3A34A 4NWEA 4WM1A 1IOTA 4NEBA 1REMA 5LVKA 5LAFA 1OQMA 1GE2A 2G4QA 1OUHA 3CB7A 2MEAA 5LAGA 4I8SA 3W6DA 4MR1A 4HJVA 5LVGA 1HEOA 1MLCE 2ZWBA 3EMSA 5KXRA 2ZNXY 1GD6A 6LYZA 1LZ9A 1IWUA 4WO9A 5KXNA 4LYCA 1ZVHL 1I56A 5T3FA 5F14A 4UWUA 2HTXA 2PC2A 4GCDA 1B9OA 1B7NA 4G4CA 5DM9A 3P68A 2D4JA 4ET9A 1FLWA 4DD3A 5B05A 4XJIA 1AT6A 3N9AA 2FYCA 2LYZA 3CSZA 3FI7A 1RCMA 3G3BB 3MGWA 5C6IA 4AGAA 5LVJA 4J1AA 2BQBA 2FYDA 1D6QA 1HFYA 1JPOA 1QQYA 2CGIA 1XGQC 4LFXA 4IJ4A 2ZILA 5FSTA 1W6ZA 2DQGY 3T6UA 3ZEKA 1GFGA 3AJNA 1GWDA 1LJEA 3W6EA 4RLMA 1LMTA 1GE4A 1GHLA 5DN5A 4BADA 1IP4A 3TXJA 1DQJC 4Z98A 1GEZA 1BWIA 4W96A 1GBZA 3WXUA 1IX0A 4ETEA 1HSXA 1B7SA 4TUNA 2I6ZA 1LTMA 4DD7A 1D0MA 2H9KA 4NHTA 3RW8A 1IP7A 1BQLY 1REYA 3J6KA 1VDTA 4TSCA 4TTDA 1GB7A 5LYZA 1LHIA 3AYQA 3B0KA 4ETDA 1CJ7A 2D4KA 3TMVA 1OUBA 1HNLA 1OUAA 1YILA 1JKAA 1V7TA 1KXXA 4II8A 2Z2FA 1LPIA 1JTOL 4WM5A 1GFRA 1GF5A 1LZYA 4NGJA 2BQFA 2BLYA 1IWZA 1F6SA 1SQ2L 2HU1A 3WUMA 4DWXA 5A3EA 3EO5A 4B4IA 3W6CA 1HENA 1IR7A 1FN5A 1LZ6A 2EQLA 4H9AA 2BQJA 4NGKA 1LSBA 1IWTA 4NSIA 1NDMC 1IP5A 3EBAB 1B7QA 1LOZA 5HNLA 3P64A 1GFTA 1KXWA 1B7RA 2H5ZA 4ETBA 1WQPA 4IASA 3ZVQA 3WUAA 4ET8A 2ZNWY 4NGWA 2F30A 1IWWA 4BAFA 133LA 1GBSA 3WW5A 4NGVA 3FE0A 4NGYA 3W3EA 132LA 2BQKA 4HV2A 4IATA 4QGZA 1GAYA 4WL6A 4H91A 4WM2A 1FDLY 2LYMA 4DDBA 1DI5A 4NGZA 5KXWA 4LT3A 1LYOA 4H9EA 1XGUC 4DDAA 4EMNA 1QTEA 3J4GA 1LZAA 3WVXA 3IWRA 1B5WA 1AKIA 5APEA 3B6LA 1HF4A 4ZEEA 3RT5X 4HTNA 2MEIA 4O34A 1HEQA 1IC7Y 5KXKA 4ANRA 2BQLA 3WYHA 4H9BA 1F6RA 1UIEA 2NWDX 1HEPA 4NG8A 3E3DA 3LYZA 1BVKC 1UCOA 1HELA 1RFPA 4GLVA 1HFZA 1PS5A 2FBBA 4P2EA 4PRUA 1YL1X 5KXSA 1LZNA 5KXPA 4HTQA 4DDCA 4OWEA 3ATNA 1B5UA 1B5ZA 4H92A 5I53A 4M4OA 5F16A 4DYGA 3A3QA 3GXRA 1G7JC 1LJJA 1HHLA 1GE3A 4HPIA 3TXEA 1FKVA 1IOSA 1GF7A 3A90A 3AZ5A 2DQDY 154LA 1WQOA 1JJ3A 1KIPC 1XGTC 3A6CY 4TX7A 6LYTA 1RE2A 1LJGA 1DPXA 1GPQC 1H6MA 1TCYA 2F4GA 1IY4A 3WPLA 1DI4A 1GFHA 4WLXA 1XGPC 1E8LA 4NGOA 1B5YA 1LMQA 1WQNA 2ZYPA 1IOCA 3WXTA 1QTKA 4NY5A 1LZRA 5F81A 4PPOA 4H9IA 1IC5Y 4U3XB 1LSYA 3CT1A 3TXFA 1LSPA 4XYYA 2YBJA 4ETCA 2W1XA 1A2YC 2MECA 3N9EA 1B2KA 4XJHA 1IR8A 2BQCA 1ALCA 1GFKA 3A6BY 3CQLA 1YAOA 3K3TA 3M3UA 4KPMA 4X3BA 2WARA 5KKJA 3D3DA 3WVYA 1RI8B 4DD0A 4LYZA 4WM4A 4WMGA 5E4PA 4B4JA 2YSSC 4HSFA 2BQGA 2Q0MX 1GFJA 1C7PA 2D4IA 3RNXA 4CFOA 3LYOA 4OOTA 4CFPA 2HEEA 4DD1A 1FBIX 1OUIA 2DQAA 1GDXA 3CT5A 1INUA 3D9AC 2XBRA 3WPKA 4YENA 1EL1A 5HNCA 1GB8A 5B59A 2AUBA 1C46A 3B0OA 4WLTA 1GFAA 2LZTA 1OUJA 4N0JA 1IWXA 1DI3A 4W94A 2BQNA 2DQJY 1B7PA 4OWAA 5DLAA 4ETAA 3B72A 1IVMA 134LA 1GFUA 3A67Y 4B49A 1BHZA 4LYMA 4RW1A 4LYOA 3TXGA 2A7FA 3RZ4A 5JENB 1IP1A 1GF3A 5KXMA 1YAPA 2XJWA 5KKIA 1VDPA 2YBIA 4WOAA 4E3UA 5L9JA 1HSWA 3AZ4A 3QE8A 5LVHA 3TMUA 1GB9A 1BWJA 2ZQ4A 5LVIA 5HMVA 4UWNA 5HMJA 5I4WA 1IWYA 5IHGA 1LSZA 1AM7A 1IIZA 1OUEA 1LZGA 2DQFC 2HUBA 3A8ZA 1CKHA 1LZ8A 3KAMA 2N5ZA 5E9RA 1ZMYL 1DPWA 1JWRA 135LA 1LMAA 1LZTA 3WL2A 5LA8A 4KXIA 3WU9A 1C08C 208LA 1UACY 1GBYA 2DQEY 2YBHA 3AB6A 3LZ2A 2EKSC 1N4FA 3HBDA 3AGIA 3IJVA 4N5RA 4XJDA 5DN4A 3WH1A 1QDRA 9LYZA 2CJLA 7LYZA 4YM8A 3G3AB 5LA5A 1GB2A 1LHKA 1LJKA 1OUCA 153LA 2IFFY 1GB6A 2Z19A 3ATOA 5KXXA 1WQQA 4H8YA 1NBYC 4GCFA 4Z3MA 1JTPL 2H9JA 4HPEA 1BVXA 1YKYX 4RLNA 2BQHA 1IR9A 1TAYA 1UBZA 1IWVA 1GFVA 1LHMA 193LA 1B7OA 2LZ2A 3BKVA 4R0FA 5I5QA 5KXLA 4C5FA 1C43A 3A94A 4N1CC 5B07A 1NMMA 4GN5C 3CSRA 1LMCA 1LMPA 1LHJA 1FKQA 1F0WA 1REZA 4XJFA 1XSFA 4OWHA 4GCBA 4NHIA 1LZEA 4B1AA 1LYZA 3EXDA 5K7OA 4UWVA 4WL7A 4XADA 3TXIA 5KXOA 207LA 1IOQA 1UIDA 2Z2EA 1JKDA 2I25L 3LZTA 1JITA 1VEDA 1HC0A 1I1ZA 1REXA 3VWOA 1YIKA 1LZ5A 4B0DA 5D5FA 1YAQA 2Z12A 4Z41A 4G49A 1YQVY 3WPJA 2DBTA 4R6CA 4WG1A 1LSGA 1HEWA 1KIRC 1LSEA 4WG7A 4DC4A 1KXYA 1NKHA 1P2CC 2G4NA 4PGJB 5I4XA 1JUGA 3A95A 4WM3A 4XN6A 1T3PA 4YEMA 1XEJA 1LSAA 4DT3A 4NG1A 1OUGA 1XEIA 1QSAA 1GF8A 3WU8A 1GBXA 4DD2A 5LYTA 1GF0A 1HEMA 1GE0A 4B4EA 1G7LC 4H8XA 1LZCA 1GBOA 5F9XA 1YKXX 5IDDA 1HERA 1IC4Y 4L41A 4LZTA 3HFMY 4OW1A 4GCCA 1CNSA 1IEEA 1IY3A 2G4PA 4MSTA 4TWSA 1CJ6A 1JEFA 2BQOA 4GLAA 5APDA 1JKCA 3P66A 4OWBA 2HEAA 3OK0A 1EQEA 3A91A 1BB6A 2HEBA 4NHPA 194LA 3CSQA 4D9ZA 1GFEA 1V7SA 4YEOA 1NDGC 4H1PA 1BGIA 1C45A 1LSMA 3LYMA 4NHSA 2C8PA 1B7MA 4NHQA 4XJGA 3A92A 3AW6A 1C10A 3QY4A 1CKDA 1GF9A 1YAMA 1CKFA 4QY9A 4HJYA 1JKBA 2YBLA 1LHLA 1AZFA 5KXTA 4TSBA 1B5XA 3AGHA 3OJPA 1VAUA 4ZFPA 2X0AA 2W1LA 1TBYA 2MEEA 1QSWA 5B06A 1LJFA 1UC0A 3B0IA 4OOOA 1QIOA 4G4BA 1NF5A 3HBEX 4HV1A 3LHMA 2ZYCA 5AMYA 2YBMA 3BKHA 1JJ1A 3CT0A 3HBHA 4HTKA 3TMWA 2DQCY 2IHLA 4LYBA 1WQMA 3LYTA 2BQDA 4PRQA 4OWCA 5F9UA 5B1FA 1H87A 1PZYA 3QNGA 1QUTA 1LJIA 1WQRA 1GF6A 1T6VL 1FLQA 1SLYA 4XENA 2MEBA 1LSFA 1YROA 5IELA 4N1EI 2DQHY 1ZV5L 4HP0A 3W6BA 4BS7A 2BQAA 1GAZA 4NIJA 4CGEA 3WMKA 3WU7A 2VB1A 2YBNA 4N8ZA 4CJ2A 4ZIXA 5B1GA 2D91A 5LXWA 1OP9B 1F10A 3TXKA 5II3A 4N9RA 3ULRA 2Z38A 5LINA 1UIHA 1FLYA 1NBZC 5FEKA 4NWHA 1GF4A 1MELL 4LFPA 5APCA 4H8ZA 3TXBA 4H9CA 1BB5A 2HEFA 2MEDA 4NSGA 1IORA 3AZ6A 1KIQC 5KXZA 1UA6Y 1GXXA 2HECA 2XTHA 1Z55A 2ZQ3A 1LCNA 4G9SA 2EPEA 1LHHA 3P4ZA 1JSFA 1O23A 5FELA 3N9CA 4FJRA 4J7VA 1B0DA 1LSNA 1BB7A 4RDSA 8LYZA 1GB0A 5KY1A 1VFBC 4NSJA 1A4VA 3SP3A 1LZBA 1YL0X 1GEVA 2HU3A 2RSCA 1LZSA 4H94A 1AT5A 4XJBA 1IO5A 5FDJA 5HQ1A 1J1PY 4H9HA 3A93A 1EQ4A 1JHLA 2Z18A 4GCEA 1CKCA 4WLDA 5HLLA 5L3IA 5LYMA 1DZBX 3W6FA 1I20A 1LJ3A 4LGKA 3AGGG 3M18B 2MEFA 3IJUA 2LYOA 1WVUA 4ML7A 4PJ2C 1BB4A 2DKVA 4Z46A 1NQIA 1TDYA 3TMXA 2I26L 4A7DA 4EOFA 5FCPA 1WVVA 1LKRA 2A7DA 2BPUA 3W6AA 1JTTL 1LJNA 5APFA 3TXHA 2W1YA 3AZ7A 2BQEA 1IP6A 4H90A 5I4YA 5LIOA 1OUFA 2F2NA 1LZDA 5KJ9A 4H9FA 5ILCA 1D0KA 5J7CA 1JJ0A 1G7MC 1DKKA 4WM6A 4QDNA 1IP2A 5DL9A 5C6JA 1LZ4A 1D0LA 1IP3A 4H93A 1XEKA 1TEWA 1BWHA 1JISA 1J1OY 4GN4A 4LT0A 2DQIY 1CJ8A 1LAAA 1UIFA 1XFPL 1VDSA 1GB5A 1VDQA 2FBDA 4KT3A 4NGLA 3P65A 3WUNA 4CHXA 1DKJA 1W08A 1LSDA 2CDSA 5C6LA 1LJ4A 1OUDA 4YOPA 2ZIJA 3A96A 1G7IC 2HEDA 1HMLA 5FHWA 1UIGA 4NFVA 3GXKA 4BAPA 5M1YA 1UIBA 2CWIA 4M6DA 1EQ5A 3WW6A 1UICA 2F4AA 1FLUA 1ZVYB 2Z39A 1CKGA 5KXYA 4RW2A 1QUSA 4LYTA 1D9UA 1HFXA 3LN2A 2B5ZA 5I54A 4QEQA 2BLXA 4I0CA 3WULA 2Z37A 4AXTA 1LJHA 5EBHA 1LMOA 2Y8PA 3F6ZA 2D6BA 1GDWA 5L3HA 2C8OA 1GXV2 2ZIKA 3A3RX 1LYYA 4J0LA 4LT2A 2BQMA 4WLYA 3RU5A 1NWGA 4NSHA 1WTNA 4NGIA 4HJZA 1CJ9A 3ZVQB 2YDGA 4FDYA 1JSEA 1YANA 4MCKA 1B5VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QDTA 1LSCA 1LZ1A 1HMKA 1C6LA 2BAAA 3OE8A 1XGRC 1RJCB 259LA 5A3ZA 1NHEA 2BQIA 2MEHA 241LA 1C6EA 1D6PA 1J1XY 4E97A 5D5CA 225LA 4YF2A 2MEGA 1BB3A 1LYSA 4NWEA 5LAFA 2G4QA 1B6IA 1C6TA 177LA 2ZNXY 4UWUA 4ARQA 1B7NA 3P68A 2B70A 4DD3A 2RBRA 1L71A 3G3BB 4AGAA 5LVJA 232LA 1D6QA 1SSYA 1QQYA 2CGIA 1I6SA 102LA 1W6ZA 1C66A 1GFGA 1LJEA 1LYEA 2OU0X 165LA 1DQJC 1GEZA 1L93A 1IX0A 1L98A 4DD7A 1IP7A 1QUDA 1GB7A 253LA 5LYZA 1LHIA 3B0KA 173LA 1CJ7A 1OUBA 3HUKA 1L99A 1KY1A 1EPYA 1IWZA 176LA 2RAYX 4B4IA 1FN5A 1LZ6A 4NSIA 1IP5A 131LA 1B7RA 239LA 1WQPA 1C64A 3HDFA 191LA 252LA 1L54A 1P2RA 1G07A 3FE0A 132LA 1GAYA 2LYMA 1DYFA 4DDAA 163LA 1LZAA 3WVXA 1B5WA 1AKIA 3G3VA 3B6LA 4HTNA 4O34A 1HEQA 233LA 3WYHA 4H9BA 1UIEA 230LA 4EKPA 1HEPA 4NG8A 2HUMA 3FA0A 3DKEX 1RFPA 4P2EA 5KXSA 1WTHA 1P7SA 1OVJA 1L08A 4H92A 5I53A 1QUHA 3HT7A 1HHLA 4DQ5A 3AZ5A 154LA 1KS3A 3DMZA 1L35A 1XGTC 1T8AA 1L36A 1G0GA 2F4GA 1H6MA 3WPLA 4WLXA 3CDTA 1C6BA 1WQNA 1QTKA 1P3NA 5F81A 1G0KA 4YXCA 3A6BY 4X3BA 1YAOA 3WVYA 255LA 4LYZA 2D4IA 4DD1A 2LCBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QDT A;  1LSC A;  3T36 A;  4WO6 A;  1LZ1 A;  1HMK A;  4J1B A;  1GB3 A;  2BAA A;  2XBS A;  1UIA A;  1XGR C;  2GV0 A;  4G4H A;  1DXJ A;  1YKZ X;  1RJC B;  4GN3 A;  3AW7 A;  1LKS A;  1VAT A;  1UUZ C;  1B7L A;  2LHM A;  5A3Z A;  4C3W A;  1GE1 A;  1NHE A;  2BQI A;  2MEH A;  2YVB A;  4DD9 A;  1G7H C;  5ILF A;  2W1M A;  1JIY A;  4LT1 A;  1WTM A;  1D6P A;  1J1X Y;  2EIZ C;  3TXD A;  1LMN A;  5D5C A;  4KL7 A;  4PHI A;  4YF2 A;  2MEG A;  1BB3 A;  1GBW A;  1LYS A;  3A34 A;  4NWE A;  4WM1 A;  1IOT A;  4NEB A;  1REM A;  5LVK A;  5LAF A;  1OQM A;  1GE2 A;  2G4Q A;  1OUH A;  3CB7 A;  2MEA A;  5LAG A;  4I8S A;  3W6D A;  4MR1 A;  4HJV A;  5LVG A;  1HEO A;  1MLC E;  2ZWB A;  3EMS A;  5KXR A;  2ZNX Y;  1GD6 A;  6LYZ A;  1LZ9 A;  1IWU A;  4WO9 A;  5KXN A;  4LYC A;  1ZVH L;  1I56 A;  5T3F A;  5F14 A;  4UWU A;  2HTX A;  2PC2 A;  4GCD A;  1B9O A;  1B7N A;  4G4C A;  5DM9 A;  3P68 A;  2D4J A;  4ET9 A;  1FLW A;  4DD3 A;  5B05 A;  4XJI A;  1AT6 A;  3N9A A;  2FYC A;  2LYZ A;  3CSZ A;  3FI7 A;  1RCM A;  3G3B B;  3MGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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