3TXKA

Hewl co-crystallization with cisplatin in dmso media with paratone as the cryoprotectant at ph 6.5
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Experience with exchange and archiving of raw data: comparison of data from two diffractometers and four software packages on a series of lysozyme crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 34
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3txkA00
1WQQA 1XEIA 1GBZA 4BAFA 3J4GA 3OK0A 5A3EA 1INUA 1NBZC 2C8PA 2Z12A 2HEFA 1GFUA 1V7SA 1HEMA 1WQNA 4IJ4A 1B7NA 1LZDA 4ZEEA 1OUFA 1VATA 4U3XB 1HEWA 1XGTC 1YAPA 3LZ2A 5APFA 1GBWA 1XEKA 3WW6A 4N5RA 4NSJA 4WL7A 2BPUA 1JTTL 2F4AA 1NDMC 2BLYA 1GF4A 1OUJA 3AZ7A 3HBDA 3EBAB 1IP7A 5DL9A 1IR9A 2H9JA 4UWVA 4H9EA 5K7OA 1GDWA 3QY4A 1QTKA 1HEOA 4GLVA 1LZ1A 2I6ZA 2MEDA 4I0CA 4W96A 1LYYA 4H91A 5HNCA 2G4NA 4II8A 1IP4A 2MEAA 4Z3MA 1J1OY 4UWNA 1LTMA 4OWBA 3A34A 4B4EA 4NGIA 1IX0A 2BQKA 4B1AA 3GXKA 1DPWA 4WLDA 4E3UA 3QE8A 3E3DA 1J1XY 4XYYA 1GEZA 208LA 2DQFC 2ZYCA 1JIYA 3ATOA 3K3TA 4KXIA 4HPIA 3TMXA 4ETAA 5KXYA 3SP3A 2XTHA 1YAMA 1CJ6A 4MSTA 1I20A 5LINA 1C45A 1LJ4A 4HV2A 4LT2A 4NHTA 3LYTA 2Z38A 4WM1A 5C6LA 4NG8A 5LVJA 4H9HA 1UA6Y 1FDLY 1YANA 1NWGA 1KIRC 5II3A 1GBYA 4WM4A 5KKJA 4PRUA 4J1AA 133LA 1GBOA 1Z55A 4Z46A 4DD7A 1IP1A 5E4PA 1YROA 3LYZA 1DI3A 5AMYA 2BQDA 3A96A 4L41A 1B7OA 2BQBA 1BB5A 1OUAA 1PZYA 2N5ZA 4CJ2A 1VDPA 1JJ1A 5LIOA 1GB6A 3AZ6A 5LVGA 1LJNA 2F30A 5F9UA 2F4GA 1EQEA 1KXYA 1DKKA 2BQIA 1G7JC 3B0IA 2HU3A 2IFFY 3OJPA 1FLWA 1CKGA 1T6VL 1RE2A 1YL1X 1UIHA 4H93A 4ZFPA 3WPJA 1C7PA 1NHEA 1XSFA 4GCBA 1LSBA 1I56A 2ZYPA 3WMKA 2BQJA 1JUGA 3A92A 4XJGA 4YOPA 4AXTA 3RW8A 5E9RA 3AW7A 1RI8B 3G3BB 5D5CA 4ET9A 4ETCA 1LJKA 1JISA 1IWTA 2BQHA 1NQIA 2Z19A 1IOSA 1LZ4A 4NSGA 1LHMA 2ZQ3A 3GXRA 4NHSA 1D9UA 1MELL 1JTPL 4NHIA 4DD1A 5DN5A 1CKCA 1D0MA 1B5VA 5KJ9A 2Z18A 1LOZA 4OWHA 3WU9A 4RW1A 1A2YC 1SLYA 1LHJA 1B5ZA 1MLCE 4DD9A 2BQGA 2IHLA 1UIFA 1LZEA 4TTDA 5FEKA 3W6EA 1LSCA 1JTOL 132LA 1H87A 1LZNA 2Z2EA 4C5FA 1IOTA 1LHLA 1DQJC 3TXIA 5DLAA 2YBLA 3WUAA 3HBHA 1LSMA 2MEGA 3AZ5A 1WQPA 5KXWA 3EXDA 3W6DA 5LYMA 1CKFA 2DQHY 4RLNA 1GDXA 1QSWA 2HEEA 4GLAA 1IWVA 4LZTA 3AYQA 4NHQA 4TSCA 1UIEA 3TXDA 4ETBA 1GB2A 2BQCA 4QEQA 1LZ5A 1YIKA 4M4OA 4ETEA 1XFPL 2XBRA 4NY5A 1DPXA 1J1PY 2B5ZA 1HFZA 1GB3A 3WH1A 1GE0A 1UIDA 3HFMY 1LHHA 2A7FA 4MR1A 1C43A 1XEJA 3RT5X 4G9SA 1GBXA 4WM5A 1GFHA 3CSZA 1IP3A 4WG7A 1ZVYB 2ZWBA 1CKHA 4XJDA 3A91A 1ZVHL 5APCA 4KPMA 1AKIA 1WTMA 4G4CA 7LYZA 5T3FA 1GXV2 2MECA 1VDSA 5C6IA 1H6MA 1LCNA 1VEDA 3LYOA 1EQ4A 3LN2A 1OUHA 1BWHA 1RJCB 2XJWA 3AJNA 3AGGG 6LYZA 1GF5A 5KXTA 1LZTA 3T6UA 8LYZA 1HMKA 1GB8A 4YEMA 3A95A 4WM6A 4LYOA 1LHKA 4UWUA 1DZBX 4LT1A 1HERA 5KXMA 1OUIA 3MGWA 1C08C 1IO5A 1REMA 3N9EA 4OOOA 5HNLA 1IP2A 4PHIA 5IHGA 4HP0A 5LVIA 1C10A 2F2NA 4LFPA 3TXFA 4X3BA 1UUZC 5I4WA 4B4JA 4DD2A 1FLYA 1RFPA 4NFVA 5I5QA 4XJBA 1B7QA 5D5FA 4XJFA 3TMVA 4XJHA 4WM3A 1IC4Y 3RU5A 4MCKA 1HENA 3P68A 134LA 3N9CA 4HJZA 2ZNWY 1G7MC 5LVKA 1AT6A 1QIOA 1VAUA 2W1LA 1TDYA 2AUBA 4AGAA 4HSFA 4KT3A 193LA 1HSWA 4NEBA 5C6JA 3IWRA 1WQRA 4B49A 5F9XA 6LYTA 4Z41A 3A6BY 2LHMA 2FYCA 153LA 3TXKA 1WVVA 4OWEA 3W6CA 4DDCA 3A94A 3WVYA 1TBYA 4LYMA 1JHLA 1XGUC 2MEBA 2YVBA 4WM2A 1GF3A 2LZTA 3W3EA 1REYA 1B0DA 1LZ6A 1GD6A 2HU1A 3M3UA 5M1YA 5KXZA 1QQYA 1KIQC 4J7VA 1GFGA 4LYCA 4H1PA 1OP9B 3W6AA 1GFKA 1UBZA 1C46A 1LZCA 4CGEA 1B9OA 2W1YA 3EMSA 3CT1A 4GN4A 4WLTA 1IWYA 5HMVA 4B4IA 1ZV5L 3TXJA 1BVXA 2G4PA 4YENA 3WUMA 3ZEKA 4DDBA 4ET8A 1BB3A 1GFJA 1LKSA 4N1EI 3TXHA 3A93A 3WUNA 2I25L 2LYZA 1DKJA 1HEQA 5F81A 5KXXA 3B0OA 1JJ3A 1IP5A 4NGOA 2EIZC 4RW2A 5IELA 2CWIA 2Q0MX 5L9JA 1IC5Y 5IDDA 1F10A 1LMOA 1FLQA 1GEVA 1LJEA 2A7DA 2H9KA 3D3DA 1B5YA 2D6BA 2DQEY 1GE2A 4TX7A 1JJ0A 2BQNA 1GPQC 5DN4A 1LMCA 3CT0A 4EMNA 1O23A 3RNXA 1QSAA 1YKYX 2FYDA 1IR8A 1GE1A 1GHLA 1TCYA 3WW5A 154LA 5KXRA 1IY3A 1BGIA 1GF0A 1CNSA 1LSNA 1B7RA 2BAAA 2YBIA 3A3RX 1HC0A 4I8SA 4Z98A 1VFBC 1LZBA 3G3AB 5L3HA 4NHPA 1JSFA 1B5XA 4HTNA 3ULRA 1BWJA 1GF6A 3CB7A 5FELA 1B7PA 5FSTA 4RLMA 2DQCY 4OW1A 2BQOA 5B05A 5F16A 1IWZA 2Z37A 3FE0A 1HFXA 1LZ9A 4FDYA 4PPOA 1HEPA 1LSPA 1LSGA 3AB6A 1CJ9A 2YDGA 3AW6A 4H8XA 4OOTA 3WXTA 1LMTA 2BQMA 1YAQA 1LJJA 1AM7A 2ZIKA 4H9IA 1DI5A 4PJ2C 1GE4A 4N9RA 5A3ZA 1IOQA 2MEFA 4LGKA 1BB7A 2LYMA 1JKDA 4DWXA 3A90A 4NGZA 1GXXA 2EQLA 4G4HA 1XGPC 1JKBA 1LMAA 3HBEX 1IC7Y 5B07A 1B7LA 1CKDA 1LMNA 3CSRA 5LAFA 1LJGA 1BB4A 2BQEA 1OUCA 3P64A 4ANRA 1GFAA 2HEAA 4CHXA 4LT3A 4H9BA 5B1FA 3A67Y 2Y8PA 1I1ZA 4DDAA 5HQ1A 2HEBA 4IATA 1D0KA 1HNLA 1YQVY 2HECA 2LYOA 1GB9A 1JPOA 4B0DA 3A6CY 1NDGC 3B72A 3EO5A 1LAAA 1LSZA 2MEEA 4H8ZA 4NGLA 4DT3A 5FCPA 1F6RA 2BQLA 1RCMA 2ZILA 2DQAA 1QTEA 4RDSA 1FLUA 5FDJA 5LA8A 3T36A 1TEWA 1DI4A 4OWCA 1ZMYL 194LA 1QUTA 1SQ2L 2H5ZA 1B5WA 2HEDA 2G4QA 2I26L 3IJUA 5KXPA 4CFOA 4FJRA 5APEA 135LA 4CFPA 4TSBA 5DM9A 2HUBA 3WPLA 3D9AC 1V7TA 2BQFA 1OUDA 2XBSA 4J1BA 4LYZA 1LYOA 1XGQC 2D4IA 1KXWA 2DQGY 2RSCA 3M18B 1HF4A 1T3PA 4HTQA 4NGJA 4WLXA 1GWDA 1GF9A 1CJ8A 2DKVA 2YSSC 1EQ5A 1AZFA 1JWRA 4DD3A 2D91A 1GFVA 1QUSA 4D9ZA 4NSIA 1IWWA 1LJFA 4NG1A 1KIPC 3AGIA 4TUNA 1P2CC 4IASA 4YF2A 1WTNA 3FI7A 4NGVA 3CT5A 1IORA 3WPKA 4HPEA 2FBBA 1BB6A 3WYHA 3A8ZA 1LZRA 3TMWA 3LYMA 1UICA 5LAGA 1FN5A 1FKVA 1WQOA 4O34A 4H8YA 1LSFA 4QGZA 1YAOA 4M6DA 3ATNA 3WULA 2FBDA 1XGRC 1HSXA 4P2EA 1FBIX 4WMGA 2MEIA 1UIGA 1JKCA 4ETDA 1E8LA 2DQJY 1F6SA 3CQLA 1B2KA 3P4ZA 4W94A 4WO6A 1GE3A 4GCDA 1W08A 5I53A 2W1MA 1NF5A 1LSDA 1VDQA 1WQMA 2D4JA 207LA 1JKAA 2X0AA 3B6LA 3BKHA 4GN3A 1YKZX 2VB1A 2DBTA 2CDSA 2ZIJA 4R0FA 3ZVQA 5B59A 4NWHA 4HTKA 1WVUA 1CJ7A 1LSYA 5LYZA 3TXBA 1LYSA 4DC4A 5KKIA 4XN6A 1LPIA 3AZ4A 2YBNA 3LZTA 4PRQA 2YBMA 4HJYA 4EOFA 4NGKA 4J0LA 5LXWA 1NBYC 5EBHA 3W6BA 5HLLA 1AT5A 1GBSA 1B7MA 4WG1A 1REXA 2DQIY 1HHLA 2GV0A 4G49A 2LZ2A 1BQLY 1YKXX 4QDNA 5APDA 4NGWA 5KXKA 3WXUA 5I4YA 5B1GA 2NWDX 1EL1A 1LJHA 1JITA 1GAZA 5F14A 4QY9A 1LZGA 1LYZA 1N4FA 4C3WA 1GFRA 4XJIA 4HJVA 1GF8A 4ML7A 1JSEA 2BLXA 2Z39A 1BVKC 4GN5C 4BAPA 3QNGA 3P66A 1QDRA 1GB5A 1LZSA 1JEFA 4HV1A 3A3QA 5L3IA 4DD0A 4N8ZA 4BADA 1IP6A 2MEHA 4YEOA 1GAYA 1LHIA 5LVHA 1VDTA 1PS5A 1YL0X 1IEEA 3WU7A 1LZYA 2W1XA 3CSQA 2DQDY 1IWXA 1UC0A 1GFEA 1UIBA 4OWAA 4G4BA 4LYTA 4WL6A 4DYGA 5KY1A 1GFTA 1IY4A 3B0KA 4GCCA 4H9FA 1OUBA 1BWIA 2HTXA 1TAYA 3F6ZA 5LYTA 3J6KA 5KXSA 4PGJB 2CGIA 3KAMA 1QDTA 3BKVA 4H92A 1F0WA 4N0JA 2EPEA 2EKSC 1HELA 2ZQ4A 5I54A 5KXLA 4H9AA 5HMJA 5LA5A 2Z2FA 1GB0A 1KXXA 1ALCA 2BQAA 5FHWA 5KXOA 1IWUA 4YM8A 4XADA 1LKRA 1B5UA 1A4VA 4NSHA 4NGYA 3LHMA 4NIJA 3TXGA 1LZAA 3WU8A 4A7DA 1G7IC 4TWSA 2D4KA 1D6PA 1UIAA 1HFYA 5I4XA 1YILA 4H90A 1LJIA 1NKHA 3VWOA 5ILCA 1DXJA 4KL7A 3RZ4A 3IJVA 1D0LA 1BHZA 9LYZA 4GCEA 2WARA 4N1CC 1UCOA 4H94A 3TXEA 4XENA 3N9AA 1GF7A 1LMQA 1UACY 4ZIXA 3AGHA 4GCFA 1LSAA 1LSEA 5KXNA 2YBHA 2CJLA 1OUEA 1OUGA 4WOAA 3W6FA 1B7SA 1OQMA 2PC2A 4WLYA 5ILFA 1HMLA 3ZVQB 1IIZA 1D6QA 1NMMA 1LMPA 5B06A 5JENB 4LYBA 1LJ3A 1REZA 4BS7A 1IOCA 3P65A 1IR7A 1G7LC 1IVMA 4LFXA 1LZ8A 1G7HC 2C8OA 4R6CA 1W6ZA 3TMUA 1FKQA 1GB7A 4WO9A 5J7CA 4NWEA 2YBJA 4LT0A 4H9CA 2ZNXY 3WL2A 3WVXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SB9A 4BAFA 2C8PA 3UONA 4ZEEA 1HEMA 1L31A 4IJ4A 1PQOA 1VATA 3LZ2A 1XEKA 3WW6A 1JTTL 1NDMC 2BLYA 1GF4A 3AZ7A 1L89A 4UWVA 4H9EA 5K7OA 1HEOA 1L32A 1G0MA 2G4NA 4UWNA 4OWBA 2BQKA 1L52A 3GXKA 4WLDA 210LA 3QE8A 229LA 1GEZA 2ZYCA 2O79A 4ETAA 160LA 3DKEX 4PK0A 3V2WA 2XTHA 1CJ6A 2Z38A 4WM1A 1P36A 5LVJA 1UA6Y 4DAJA 1NWGA 5II3A 4WM4A 5E4PA 251LA 3A96A 1B7OA 1LGXA 3HH3A 5LIOA 2F30A 5F9UA 1T6VL 1YL1X 156LA 1C7PA 4W57A 1NHEA 1QUGA 4AXTA 4YOPA 4DQ5A 3AW7A 3G3BB 5D5CA 3HTDA 2Z19A 1LZ4A 1L97A 1LHMA 2ZQ3A 1D9UA 3OE9A 1JTPL 4DD1A 1L48A 2F2QA 5KJ9A 3CDQA 1LHJA 4YXAC 5FEKA 4ARJA 1LZNA 1DYGA 3ODUA 2YBLA 1CV6A 2O7AA 2MEGA 3AZ5A 3HBHA 1WQPA 3EXDA 3HTFA 2HEEA 4ETBA 3G3VA 3AYQA 4I7TA 4TSCA 3TXDA 1LZ5A 1XFPL 1DPXA 1J1PY 3WH1A 1L70A 118LA 4MR1A 2A7FA 1GBXA 3CSZA 1AKIA 4G4CA 1GXV2 2MECA 1H6MA 1VEDA 1C6TA 2XJWA 3T6UA 8LYZA 4ARQB 4YEMA 1LHKA 125LA 144LA 4OOOA 4DKLA 4PHIA 3TXFA 4LFPA 1L47A 5I4WA 4DD2A 219LA 2RB2X 1RFPA 5I5QA 3GUMA 5D5FA 4WM3A 1IC4Y 5LZMA 1HENA 3P68A 134LA 5LVKA 1VAUA 4I7SA 4HSFA 5C6JA 5F9XA 237LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WQQ A;  1XEI A;  1GBZ A;  4BAF A;  3J4G A;  3OK0 A;  5A3E A;  1INU A;  1NBZ C;  2C8P A;  2Z12 A;  2HEF A;  1GFU A;  1V7S A;  1HEM A;  1WQN A;  4IJ4 A;  1B7N A;  1LZD A;  4ZEE A;  1OUF A;  1VAT A;  4U3X B;  1HEW A;  1XGT C;  1YAP A;  3LZ2 A;  5APF A;  1GBW A;  1XEK A;  3WW6 A;  4N5R A;  4NSJ A;  4WL7 A;  2BPU A;  1JTT L;  2F4A A;  1NDM C;  2BLY A;  1GF4 A;  1OUJ A;  3AZ7 A;  3HBD A;  3EBA B;  1IP7 A;  5DL9 A;  1IR9 A;  2H9J A;  4UWV A;  4H9E A;  5K7O A;  1GDW A;  3QY4 A;  1QTK A;  1HEO A;  4GLV A;  1LZ1 A;  2I6Z A;  2MED A;  4I0C A;  4W96 A;  1LYY A;  4H91 A;  5HNC A;  2G4N A;  4II8 A;  1IP4 A;  2MEA A;  4Z3M A;  1J1O Y;  4UWN A;  1LTM A;  4OWB A;  3A34 A;  4B4E A;  4NGI A;  1IX0 A;  2BQK A;  4B1A A;  3GXK A;  1DPW A;  4WLD A;  4E3U A;  3QE8 A;  3E3D A;  1J1X Y;  4XYY A;  1GEZ A;  208L A;  2DQF C;  2ZYC A;  1JIY A;  3ATO A;  3K3T A;  4KXI A;  4HPI A;  3TMX A;  4ETA A;  5KXY A;  3SP3 A;  2XTH A;  1YAM A;  1CJ6 A;  4MST A;  1I20 A;  5LIN A;  1C45 A;  1LJ4 A;  4HV2 A;  4LT2 A;  4NHT A;  3LYT A; 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 1LZY A;  2W1X A;  3CSQ A;  2DQD Y;  1IWX A;  1UC0 A;  1GFE A;  1UIB A;  4OWA A;  4G4B A;  4LYT A;  4WL6 A;  4DYG A;  5KY1 A;  1GFT A;  1IY4 A;  3B0K A;  4GCC A;  4H9F A;  1OUB A;  1BWI A;  2HTX A;  1TAY A;  3F6Z A;  5LYT A;  3J6K A;  5KXS A;  4PGJ B;  2CGI A;  3KAM A;  1QDT A;  3BKV A;  4H92 A;  1F0W A;  4N0J A;  2EPE A;  2EKS C;  1HEL A;  2ZQ4 A;  5I54 A;  5KXL A;  4H9A A;  5HMJ A;  5LA5 A;  2Z2F A;  1GB0 A;  1KXX A;  1ALC A;  2BQA A;  5FHW A;  5KXO A;  1IWU A;  4YM8 A;  4XAD A;  1LKR A;  1B5U A;  1A4V A;  4NSH A;  4NGY A;  3LHM A;  4NIJ A;  3TXG A;  1LZA A;  3WU8 A;  4A7D A;  1G7I C;  4TWS A;  2D4K A;  1D6P A;  1UIA A;  1HFY A;  5I4X A;  1YIL A;  4H90 A;  1LJI A;  1NKH A;  3VWO A;  5ILC A;  1DXJ A;  4KL7 A;  3RZ4 A;  3IJV A;  1D0L A;  1BHZ A;  9LYZ A;  4GCE A;  2WAR A;  4N1C C;  1UCO A;  4H94 A;  3TXE A;  4XEN A;  3N9A A;  1GF7 A;  1LMQ A;  1UAC Y;  4ZIX A;  3AGH A;  4GCF A;  1LSA A;  1LSE A;  5KXN A;  2YBH A;  2CJL A;  1OUE A;  1OUG A;  4WOA A;  3W6F A;  1B7S A;  1OQM A;  2PC2 A;  4WLY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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