3ULR | Genus

Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	51
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__100782269810925__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__100782269810925__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ULR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__100782269810925__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"100782269810925","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ULR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__100782269810925__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d033594e2ceffa6962ff6b3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d033594e2ceffa6962ff6b3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d033594e2ceffa6962ff6b3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d033594e2ceffa6962ff6b3/pdb.gz): 1518 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase, protein binding
source organism	Gallus gallus
publication title	Lysozyme contamination facilitates crystallization of a heterotrimeric cortactin-Arg-lysozyme complex. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	51
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2011-11-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3ulrA00

1FKQA 4NHIA 3EXDA 1WVVA 4NWHA 1AT5A 1LYSA 5HLLA 5KXKA 1LAAA 3W6EA 1OUCA 1G7HC 1VFBC 1HSWA 4Z98A 4LFPA 1LHJA 1WQOA 4J7VA 2HECA 3AJNA 1REYA 1UIAA 1GB8A 1JSFA 2EQLA 1FDLY 5L3IA 4DD3A 5B1FA 3LYZA 4GCDA 1JJ3A 2I6ZA 1C08C 4WLTA 4WLXA 5DM9A 1TEWA 3RNXA 2BQJA 4GN3A 3TXEA 1KXXA 1JKBA 1LSYA 1XGUC 3G3BB 1TDYA 4HPEA 1IR7A 1IP1A 4DD7A 1O23A 1WTMA 4ZEEA 5B59A 2F4AA 3LZ2A 4LZTA 5LIOA 1D0KA 1KIRC 4H9EA 1BB3A 1T6VL 3AZ6A 1MELL 3EO5A 4HV1A 2YBIA 2H9KA 4QGZA 1LMAA 1QQYA 4M6DA 4LT3A 4LT1A 3B6LA 3WVYA 5LXWA 1HFZA 2HEFA 2W1LA 1YQVY 1HFYA 2MEEA 1B7QA 4HJZA 5LINA 4WM4A 4YENA 3P64A 1YAOA 3LYTA 1IOCA 1F10A 1JEFA 5HNLA 1LJHA 1GFGA 153LA 2Z38A 1G7MC 1AM7A 1FKVA 1GBYA 2MEDA 1JKCA 4H94A 4WM6A 3W6CA 2MEBA 1JTPL 5IHGA 3B72A 1XGRC 4B0DA 1JJ1A 1OUAA 2EIZC 5IELA 1XSFA 1IOTA 1GAYA 1GB5A 5KKIA 4XJHA 2BQIA 4UWNA 1YKYX 2Z18A 1LZGA 3P66A 1RE2A 5KY1A 2BQCA 133LA 1GB0A 2YVBA 4KL7A 3WMKA 1GXV2 1LSFA 1ZVHL 3AZ7A 1YL0X 1GAZA 4NIJA 4WM3A 1AKIA 3EMSA 3LHMA 5I5QA 1GFUA 2MEAA 2FBBA 2F2NA 1LZ8A 1DI3A 3SP3A 2W1XA 3F6ZA 3CT5A 4LFXA 4B4EA 3KAMA 1GF9A 4PJ2C 4ETCA 1GF5A 4WOAA 4BS7A 5ILCA 4ZFPA 1LZBA 1QIOA 5KXZA 1KXYA 4XJDA 4II8A 1GFEA 4B1AA 1A2YC 5IDDA 1LZTA 2HTXA 1IEEA 2ZYCA 4OOOA 4GCCA 3IJVA 132LA 1SQ2L 4NSGA 3WH1A 1JIYA 1CJ6A 1GBSA 1JPOA 1JUGA 1REMA 1BGIA 1HEQA 3CQLA 7LYZA 1UUZC 1B5WA 3A34A 5APCA 4H9HA 3BKVA 5FSTA 5LYZA 3RW8A 4DDCA 1VDPA 1NDGC 4H9BA 1G7JC 3WU9A 1WQQA 1KXWA 4GN4A 4LYOA 1NKHA 2YDGA 1PZYA 4Z41A 1IC5Y 4G9SA 3AZ4A 3OK0A 4W94A 4RLMA 3TXHA 1UA6Y 1YILA 4WLDA 3ULRA 1FLWA 5JENB 3ZVQB 1ZV5L 1LMTA 4D9ZA 5KXRA 1DPWA 3BKHA 4HJVA 2XBRA 4CGEA 4G4BA 4WG1A 5B1GA 1LSPA 2Z39A 3A93A 1LJJA 3TMXA 3W6FA 1IOQA 5F9XA 9LYZA 2Z12A 1P2CC 2D4KA 1FN5A 1N4FA 2LZTA 1LSGA 2XBSA 1J1OY 3CSQA 2I26L 2DBTA 2GV0A 2BQLA 1ALCA 1CJ9A 4QY9A 1GDXA 2BQMA 2CWIA 3WW6A 4H92A 5DN4A 3HBHA 1IWWA 1GE1A 4P2EA 4WLYA 4ETDA 1GHLA 1NQIA 1XEIA 3HBDA 1LZ1A 1UICA 4NGIA 1ZMYL 2CJLA 2Z19A 4N5RA 1C46A 1YANA 2NWDX 4HV2A 3W3EA 1T3PA 4KPMA 4NWEA 1BB7A 2CDSA 4NSJA 3VWOA 2H5ZA 4Z46A 1GEVA 4HSFA 4OWHA 1HFXA 1TCYA 3AGHA 1LHHA 1GFKA 1LYOA 1YKZX 4Z3MA 2C8OA 2LYMA 1UIBA 1IOSA 1LMOA 4NG1A 4PPOA 3ZVQA 1GF0A 2D4IA 4LYTA 4HTKA 4LYCA 4WL7A 3GXRA 1IR8A 1AT6A 1FLYA 3RZ4A 4NGVA 1OUIA 4U3XB 5ILFA 1CNSA 1HERA 2VB1A 4H9FA 1RFPA 4DD0A 2AUBA 8LYZA 2YBNA 1GB9A 4X3BA 4FDYA 3ATNA 1UIHA 1LKRA 1IC7Y 2W1YA 2YBHA 4PRUA 3T6UA 3J4GA 3WULA 3AYQA 1GE3A 1IWVA 1GFHA 2C8PA 5KXSA 2BQEA 1BVXA 4HTQA 5KXTA 1F6SA 1C10A 2LYZA 4FJRA 2IFFY 1HMLA 2A7FA 1H6MA 3AGIA 4HTNA 1CJ8A 2Z2FA 2G4QA 2B5ZA 2ZYPA 2ZNWY 4W96A 3TXGA 3W6DA 2XTHA 5LA5A 1BQLY 1TBYA 4NHPA 1YL1X 1QDRA 1J1XY 1HELA 2BAAA 3AW7A 4H8YA 1DPXA 1MLCE 2EKSC 4RW1A 2CGIA 4B4IA 4TX7A 1HEWA 1I1ZA 4IATA 4DD1A 4I8SA 4LT0A 2X0AA 1GBXA 1B7RA 1BWHA 4J1BA 3WVXA 1JWRA 5A3ZA 2W1MA 4N8ZA 4DDBA 3TXKA 1IP2A 4WM2A 1LKSA 5LVKA 1E8LA 4GN5C 4H90A 2I25L 4H93A 2ZQ4A 4H91A 5APFA 4GCEA 3A67Y 1DQJC 4NGYA 4R6CA 1IP5A 1D0MA 1UC0A 1XEKA 4OWAA 1LJGA 1HSXA 1H87A 5HQ1A 2G4PA 3OJPA 1OP9B 5DN5A 4B49A 2DQJY 2BQGA 1GB7A 4L41A 4UWUA 1YKXX 1LSBA 1WQPA 2BLYA 2EPEA 3RU5A 3A92A 2ZIJA 4XADA 4GLAA 1C7PA 4YEMA 4XJIA 4BAFA 5KXOA 1EQ5A 1QUSA 5LAGA 1GD6A 1KIPC 4H1PA 1UCOA 3N9AA 3QE8A 4HJYA 4DC4A 2HEBA 4NHTA 1GFAA 3GXKA 1D9UA 1JISA 4NHQA 1LPIA 2DQCY 1YAPA 3CT0A 4I0CA 4OWBA 5LA8A 1WQMA 5A3EA 1YIKA 1IIZA 1LZ5A 1QTEA 4G49A 5HMVA 1D6QA 1IP7A 1DI5A 1GXXA 2MECA 3A3QA 1CKDA 3IJUA 2HEDA 5APEA 1FBIX 1VDTA 1IY4A 1GBOA 5LVIA 5HNCA 1GFVA 2ZQ3A 1LYYA 1J1PY 1LMCA 2WARA 3CSRA 2DQFC 1XEJA 3FE0A 4OOTA 3WUMA 5KXPA 154LA 1NF5A 4MSTA 5C6LA 1HEPA 1XGTC 1LHLA 2HEAA 1RI8B 2BQOA 4H9AA 4TWSA 4GCFA 6LYZA 2XJWA 2H9JA 5B07A 5LAFA 1KIQC 1LJ3A 1ZVYB 3LYMA 1GF8A 5T3FA 3CSZA 1LMQA 3A6BY 1B7NA 1NWGA 4DYGA 3M3UA 1LHIA 5KXWA 1NBZC 4LGKA 1IVMA 5I4XA 1LSNA 1JKAA 1C43A 1F0WA 3TMVA 4DD9A 2D4JA 1LZYA 1LJ4A 1DKKA 4O34A 4DD2A 1LZEA 4NGJA 3J6KA 1BB6A 1BVKC 5D5CA 1LMNA 2F4GA 5KXYA 1IO5A 1GF3A 1CKCA 3HBEX 1V7TA 4NGOA 4OWCA 1OUBA 1UIEA 4DDAA 4TSBA 1LSEA 4G4CA 4CJ2A 2Z37A 3HFMY 1REZA 2HU1A 4XENA 4E3UA 1GWDA 5KXLA 2FYDA 5LYMA 1GB3A 1JKDA 1VATA 2YBMA 3A94A 3TXDA 3WYHA 2YBJA 4XJGA 2BPUA 1LJKA 1RCMA 3B0KA 1LHKA 2ZWBA 4KT3A 3W6BA 1I20A 3CB7A 4CHXA 4LYMA 5EBHA 1LZSA 3LZTA 1B0DA 4NSIA 1IWYA 4DT3A 6LYTA 1LJEA 5K7OA 1IP6A 1LHMA 1NBYC 1A4VA 5L3HA 4ET8A 1JITA 1GB6A 1LJNA 4B4JA 5B05A 1JJ0A 4GLVA 3P4ZA 1GF7A 1GB2A 3EBAB 1HC0A 1GBWA 1CJ7A 2DQHY 4ZIXA 4XN6A 1HENA 3A3RX 4OWEA 1IWTA 2MEGA 4TUNA 2D6BA 1LCNA 4NY5A 4EOFA 1HEOA 4N9RA 4AGAA 5B06A 1GE4A 1FLUA 1UACY 3TXBA 1NMMA 1LZDA 4ANRA 4EMNA 2DQGY 1LSAA 3K3TA 3AB6A 3E3DA 1LZAA 2DQIY 5DLAA 1AZFA 3WUNA 1IP3A 1B5ZA 1OUFA 4BADA 2YBLA 4QEQA 1RJCB 207LA 4WM5A 4H8ZA 1OQMA 4IJ4A 1BHZA 5C6IA 5LVGA 1B2KA 1XFPL 3P65A 4H8XA 1F6RA 1OUJA 3TXJA 2HEEA 1GFRA 3QY4A 5J7CA 3B0IA 3FI7A 1W6ZA 1DXJA 3CT1A 1GPQC 1XGPC 1EQ4A 1SLYA 2D91A 1IWZA 1REXA 4A7DA 5FCPA 4N0JA 3AGGG 5KXXA 1QTKA 4LT2A 4YM8A 5L9JA 2BQDA 2ZNXY 3RT5X 2MEIA 1JSEA 1BB4A 4LYZA 3TXIA 1GFJA 5D5FA 3TXFA 2BQNA 2YSSC 1VAUA 134LA 5KXNA 1TAYA 3A91A 3ZEKA 3ATOA 4NG8A 4RW2A 193LA 1Z55A 5KJ9A 5F81A 1DZBX 1QDTA 4BAPA 1OUEA 5AMYA 3WXUA 1CKGA 1V7SA 3A90A 1WQNA 1B7PA 1GEZA 3TMWA 1IX0A 3B0OA 1GDWA 3M18B 2DKVA 2DQAA 1FLQA 4NGZA 4RLNA 5KXMA 1LSMA 2BQKA 3G3AB 1GFTA 3AZ5A 1EL1A 3AW6A 1INUA 3D3DA 3N9CA 2MEFA 1IWUA 2BQFA 2FBDA 1UBZA 1JTTL 2FYCA 1LJFA 2HUBA 1HHLA 3A96A 4NSHA 3WXTA 4ETEA 4H9IA 4G4HA 4AXTA 1B5VA 2Q0MX 1LZ9A 1WVUA 2N5ZA 1B5UA 3WU7A 4PHIA 4YF2A 3LN2A 2LHMA 4NGWA 4MR1A 4ML7A 1PS5A 1CKFA 2BQHA 1LYZA 4XJFA 1HNLA 1JHLA 135LA 1GE2A 1B9OA 1IWXA 1GF4A 1EQEA 4PGJB 1B7OA 1IR9A 4J1AA 5LYTA 2Z2EA 4N1EI 1LSZA 1IY3A 1OUHA 2F30A 4R0FA 5APDA 1GF6A 4J0LA 1NHEA 1YROA 5FEKA 2DQEY 2BQBA 2DQDY 4CFPA 4NEBA 4WO9A 4CFOA 1IC4Y 3TMUA 4GCBA 3P68A 1G7IC 3WPJA 1LSDA 1BWJA 4YOPA 5FELA 4TTDA 1DI4A 3N9EA 1LSCA 2LZ2A 4XYYA 5II3A 4NGLA 2HU3A 1B5XA 5C6JA 4H9CA 3QNGA 1XGQC 2PC2A 2Y8PA 5I4WA 1QSAA 3LYOA 2ZILA 4PRQA 5HMJA 5I54A 5DL9A 1QSWA 4C3WA 1D0LA 4WL6A 1HMKA 1JTOL 1LTMA 4XJBA 5FHWA 1UIDA 1W08A 2A7DA 4WO6A 194LA 4QDNA 3WPLA 4C5FA 5I4YA 4WG7A 4IASA 4DWXA 1VDQA 2BLXA 4KXIA 1IORA 2G4NA 2BQAA 1UIFA 5KKJA 3A95A 4HP0A 1B5YA 1LZNA 4UWVA 5I53A 1LZCA 4N1CC 1LZRA 1CKHA 1VDSA 1LOZA 208LA 1HF4A 1B7SA 1C45A 2LYOA 1G7LC 3T36A 1B7LA 2RSCA 3MGWA 4NGKA 1BB5A 1BWIA 1I56A 1LZ4A 1VEDA 4LYBA 1YAQA 4HPIA 4NFVA 5E4PA 5FDJA 4NHSA 4RDSA 1NDMC 4TSCA 1LMPA 1QUTA 4WMGA 1YAMA 5LVHA 1IP4A 1HEMA 1DKJA 1OUGA 1LZ6A 4ET9A 3A6CY 4OW1A 3A8ZA 3WL2A 5F14A 3WW5A 2IHLA 4WM1A 4MCKA 5M1YA 2MEHA 2ZIKA 1WQRA 1UIGA 3D9AC 3WUAA 4ETAA 4M4OA 5F16A 1D6PA 1GBZA 4ETBA 3IWRA 5E9RA 3WPKA 5LVJA 4YEOA 1OUDA 1GE0A 3W6AA 1B7MA 5F9UA 3WU8A 1LJIA 1WTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FKQ A;  4NHI A;  3EXD A;  1WVV A;  4NWH A;  1AT5 A;  1LYS A;  5HLL A;  5KXK A;  1LAA A;  3W6E A;  1OUC A;  1G7H C;  1VFB C;  1HSW A;  4Z98 A;  4LFP A;  1LHJ A;  1WQO A;  4J7V A;  2HEC A;  3AJN A;  1REY A;  1UIA A;  1GB8 A;  1JSF A;  2EQL A;  1FDL Y;  5L3I A;  4DD3 A;  5B1F A;  3LYZ A;  4GCD A;  1JJ3 A;  2I6Z A;  1C08 C;  4WLT A;  4WLX A;  5DM9 A;  1TEW A;  3RNX A;  2BQJ A;  4GN3 A;  3TXE A;  1KXX A;  1JKB A;  1LSY A;  1XGU C;  3G3B B;  1TDY A;  4HPE A;  1IR7 A;  1IP1 A;  4DD7 A;  1O23 A;  1WTM A;  4ZEE A;  5B59 A;  2F4A A;  3LZ2 A;  4LZT A;  5LIO A;  1D0K A;  1KIR C;  4H9E A;  1BB3 A;  1T6V L;  3AZ6 A;  1MEL L;  3EO5 A;  4HV1 A;  2YBI A;  2H9K A;  4QGZ A;  1LMA A;  1QQY A;  4M6D A;  4LT3 A;  4LT1 A;  3B6L A;  3WVY A;  5LXW A;  1HFZ A;  2HEF A;  2W1L A;  1YQV Y;  1HFY A;  2MEE A;  1B7Q A;  4HJZ A;  5LIN A;  4WM4 A;  4YEN A;  3P64 A;  1YAO A;  3LYT A;  1IOC A;  1F10 A;  1JEF A;  5HNL A;  1LJH A;  1GFG A;  153L A;  2Z38 A;  1G7M C;  1AM7 A;  1FKV A;  1GBY A;  2MED A;  1JKC A;  4H94 A;  4WM6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3ULRA

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Chain Sequence

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