3WPJA

Spatiotemporal development of soaked protein crystal; native
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Spatiotemporal development of soaked protein crystal
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wpjA00
4LT3A 1CKGA 1FLWA 1LOZA 1BWIA 1QSWA 5L9JA 1IP6A 1LHHA 2A7DA 2ZILA 2ZNWY 5LYZA 5I54A 1JKCA 4RLMA 4J1BA 5KXSA 1GFHA 1JJ0A 4E3UA 1IY3A 3P65A 5LVIA 1CJ7A 5LVGA 4DD0A 1LZ6A 2W1XA 4WM3A 4N1CC 1B5ZA 1GAYA 3A91A 4NHPA 2W1MA 3A34A 1XSFA 2BQFA 4LYTA 3B0KA 3J4GA 4QDNA 1UA6Y 4D9ZA 5KXNA 2DQGY 5KXWA 5HMJA 1QQYA 1REZA 1B7MA 1LSEA 1OUEA 2D91A 2W1LA 1BVKC 4RW2A 5B07A 3OK0A 2LYMA 1GD6A 1GBOA 1QUSA 1BB3A 2BQJA 3TXFA 4Z41A 4WG1A 4XN6A 3AGIA 4J1AA 1HEMA 5KXLA 4NHIA 3OJPA 1YKXX 1GXXA 3CT1A 1LKRA 1LZDA 4H91A 3WVYA 2LYOA 1RCMA 4ET8A 2VB1A 3B6LA 1FLQA 4B49A 1BHZA 4DD3A 4NWEA 1PZYA 4YENA 1LSGA 2F30A 4HV2A 4NGWA 4IATA 5LAGA 2NWDX 4R6CA 4H9CA 3GXKA 5DL9A 4ANRA 1A4VA 1VEDA 3EO5A 5KXMA 1IR7A 4ETEA 4LT0A 1T3PA 2ZNXY 1C46A 2H9KA 1LMTA 3LZTA 4NGLA 1LYSA 2ZQ4A 1FLYA 3LHMA 1NDMC 1YKZX 1GE0A 2EIZC 2LYZA 5HNCA 1FKQA 1H87A 3CSQA 3TXGA 3A93A 4EMNA 5F9XA 6LYZA 4CGEA 3WU8A 1IP4A 1D6PA 1GB2A 1HF4A 3P66A 5HLLA 1JKDA 1YKYX 4TUNA 3RNXA 2H5ZA 2YBMA 3E3DA 5KXRA 1LZYA 1B2KA 1IOQA 1BGIA 1BWHA 2BLXA 1IOTA 1LHKA 208LA 4H92A 1KIQC 1LSFA 2CWIA 3D3DA 3TXDA 4ET9A 1GBZA 4DD7A 1LYYA 4ETDA 1B0DA 133LA 1FN5A 5FELA 4CHXA 1GFGA 1LZNA 1WQRA 3M3UA 3WMKA 5LVJA 2LZ2A 3B0OA 5FSTA 3SP3A 2G4NA 2D4KA 3WYHA 4NSIA 3A3RX 3ZEKA 1JHLA 2F2NA 5IHGA 1GEZA 1D0LA 5DM9A 1UIBA 4X3BA 5LYMA 3CB7A 9LYZA 1FLUA 1B7OA 1WQNA 2BQNA 5LIOA 1ZVHL 1A2YC 2Z18A 1WVVA 3TXEA 6LYTA 5EBHA 1P2CC 1RFPA 4GLAA 4DC4A 1YL1X 8LYZA 4I0CA 1EQEA 3HBHA 1SLYA 4OWHA 1OUIA 1W08A 4LT1A 1DPWA 1TEWA 1EQ5A 1UIGA 1AT5A 1GFJA 4HV1A 2BQEA 4ZEEA 4N1EI 5KY1A 2DQEY 1HSXA 4H9IA 4KT3A 1IEEA 2WARA 5KXZA 4DDCA 4EOFA 5KKIA 4H8XA 3ULRA 4C5FA 1LJEA 1GHLA 3B0IA 3LZ2A 4PJ2C 5I5QA 1IWWA 1XEJA 4TWSA 4LYMA 3WU9A 1IWZA 1JEFA 4CJ2A 1E8LA 4FJRA 1IC7Y 4WLDA 4CFOA 1GDWA 1GF0A 1GB0A 4BAPA 5KJ9A 1VDQA 1YILA 1LHJA 3LYOA 4XJDA 4PGJB 5HQ1A 5F81A 3KAMA 1VATA 1WTMA 1B7SA 1XGPC 1EQ4A 2Z39A 3HBEX 3A8ZA 1NDGC 5JENB 4G9SA 1B5YA 4NHQA 3AZ4A 4A7DA 1GBXA 3MGWA 1LZ5A 1AT6A 4HTQA 5F16A 1GFKA 1J1XY 3WPJA 3WXTA 3ZVQA 4ETAA 1LSBA 1GF9A 3CT5A 4N9RA 1G7JC 3TMUA 1DI3A 1GEVA 4NFVA 1OUHA 5LA5A 1BB6A 1IP5A 3LYMA 3RU5A 1NBZC 3AW7A 1JKAA 4WL7A 1I1ZA 2Z2EA 4GCDA 1C08C 1D0MA 4ZIXA 4G4HA 2CDSA 4NGOA 4HTNA 1J1OY 3QY4A 3QNGA 3W6FA 5LXWA 1LJIA 1C43A 1B7RA 1LJGA 5B1FA 5HNLA 1JPOA 2ZYCA 2B5ZA 1XFPL 4H9BA 4B1AA 3A90A 1B5WA 132LA 1XEKA 4LT2A 4LZTA 4OOOA 4WLYA 3W6DA 5E4PA 4M4OA 1LMQA 4M6DA 1ALCA 1OUDA 4Z3MA 1LJJA 5KXXA 4H9FA 2I26L 2BQOA 3AB6A 4GN4A 5KXYA 2BQHA 1DXJA 1GBWA 1LZEA 5F9UA 1GFRA 1TDYA 2I6ZA 2Z37A 3FI7A 1QUTA 1YAMA 3B72A 4XENA 5KKJA 1LPIA 1IY4A 3CSRA 1IR9A 4NGYA 1GDXA 2Z38A 4AXTA 3T36A 5I53A 1MELL 3IJVA 3W6CA 2MEGA 1ZV5L 4CFPA 4TTDA 1IX0A 2YBIA 1FDLY 1AM7A 2DQHY 1IP7A 2A7FA 1DPXA 4UWVA 4YF2A 2HUBA 3WPLA 4GCBA 4GCEA 1D6QA 1KIPC 2GV0A 4NSGA 3TMVA 4GCCA 4WLXA 5IELA 5J7CA 1LSNA 1UIAA 1C7PA 1I20A 4HSFA 4MCKA 2D6BA 3WXUA 3ZVQB 5B05A 1LJ3A 1UIHA 1B7NA 1HFZA 2C8PA 2MEDA 1LJKA 2YBHA 2HU1A 4IJ4A 4OWAA 1HMKA 2FYCA 1QTKA 3AGGG 1DZBX 2YVBA 4LGKA 5APDA 1LCNA 2BQAA 4B4EA 1REYA 4H90A 2YBJA 4NSHA 1LZCA 1OUCA 1LMNA 2LHMA 3WVXA 1KXXA 1REXA 5KXOA 4GLVA 5KXTA 1IIZA 5FEKA 2LZTA 1NF5A 5LVKA 2XTHA 4N8ZA 2ZIJA 1D9UA 1CJ8A 1UBZA 1GAZA 1GB9A 2XJWA 1HC0A 3A92A 1GB5A 2Y8PA 1CKCA 3WW5A 1LJNA 5D5CA 5M1YA 4PHIA 1B7LA 5B06A 1YANA 4NGKA 4QEQA 1LZ8A 2XBRA 3AZ6A 3WUNA 2MEHA 1V7SA 3HFMY 5T3FA 2DQAA 1LKSA 3TXIA 2CJLA 4FDYA 5LVHA 3WL2A 1H6MA 1BB5A 2F4AA 4WM1A 3WUMA 1JTOL 4H9AA 3ATOA 1MLCE 1REMA 5I4YA 2MEEA 3TXKA 4YM8A 2ZIKA 3A67Y 5DN4A 5FCPA 4I8SA 4OOTA 3IJUA 5KXPA 1OUJA 1YQVY 4ETBA 4LYZA 1QSAA 1LZGA 3F6ZA 1B5UA 1LJFA 1XGRC 4N5RA 3RW8A 1IOSA 1IWTA 3CQLA 2YSSC 4MR1A 5IDDA 1JITA 1GBYA 2Z2FA 5LA8A 1OQMA 2H9JA 2G4QA 3W6EA 1OUFA 4BADA 1XEIA 2YDGA 1HEOA 1VDTA 1LAAA 4R0FA 1IWVA 2BQIA 1AZFA 3VWOA 1IO5A 2DBTA 1DKKA 1LJ4A 4ZFPA 3IWRA 3CSZA 1B7PA 1UUZC 3FE0A 2DQFC 3TMWA 1HEPA 1UIFA 153LA 2DQCY 3G3BB 1JJ3A 4N0JA 4XYYA 1LSMA 2MEAA 1T6VL 5APEA 2G4PA 4YEOA 1LMPA 4W94A 4OW1A 1GF7A 1CKDA 1DQJC 2HEEA 3WU7A 5B59A 1VAUA 1IORA 2CGIA 2IFFY 2HTXA 1LZSA 2BQDA 1IP3A 2PC2A 1VDPA 3AZ5A 4DDBA 1YAQA 4XJIA 1LYZA 1GFUA 1UC0A 2YBNA 1WQMA 3A6BY 2XBSA 2Q0MX 5KXKA 5LINA 1XGQC 2HEBA 1GF5A 1LHLA 1KXYA 1HELA 1LZRA 1UCOA 4Z46A 1YL0X 3M18B 1CNSA 4G49A 3QE8A 3TXJA 4DD9A 1QDRA 1NWGA 1HENA 1INUA 2DQIY 1JSFA 1PS5A 1LMCA 1LTMA 3ATNA 1JTTL 3P4ZA 1IC5Y 1HERA 4NGZA 4YOPA 4DT3A 5A3ZA 4NWHA 1FBIX 1VDSA 1LSCA 2BQCA 4DYGA 1IWYA 1OUAA 2D4IA 1LZ4A 1GE4A 4XJHA 2Z19A 4DD2A 1GXV2 2D4JA 2C8OA 5FDJA 4OWCA 1C10A 3WH1A 1TAYA 1GPQC 1GWDA 1NKHA 1YAOA 3W6AA 3RT5X 1DI5A 4GN5C 4RDSA 1BB7A 2MEBA 4HPEA 4PPOA 4WO6A 1WQQA 3P64A 4DWXA 3EBAB 4NG8A 4B0DA 1KIRC 2RSCA 1RJCB 4WM4A 1NQIA 2BQGA 2Z12A 3A94A 2BQKA 2HECA 1TCYA 2HEFA 3HBDA 4H1PA 1BB4A 1GB8A 4XJFA 3TXBA 1IVMA 1GB6A 1QTEA 1F6RA 4OWEA 3BKVA 4NY5A 5LAFA 4O34A 4OWBA 2AUBA 4W96A 4WMGA 1IP1A 4L41A 4WM6A 135LA 1NBYC 4PRUA 4XJGA 4KL7A 1LSZA 2W1YA 1O23A 3LN2A 2HEDA 5A3EA 1EL1A 2YBLA 4WLTA 1LZAA 1HEWA 1N4FA 1LZ9A 3EMSA 1GE3A 1VFBC 4LYCA 5AMYA 5B1GA 1CJ9A 4TSCA 4XJBA 3TXHA 1NMMA 4NG1A 1LZTA 1LSDA 4GCFA 3P68A 4H8ZA 5LYTA 4NHSA 3W3EA 1GF4A 4IASA 1D0KA 2BQLA 1CKFA 4LFPA 2MECA 1TBYA 4WM5A 1SQ2L 1WVUA 1OUGA 1G7HC 1BVXA 2EQLA 1JTPL 1UIDA 207LA 5FHWA 1UACY 3A96A 3EXDA 5K7OA 2BAAA 1LZ1A 1GB3A 1RE2A 3CT0A 1OP9B 2DQDY 5C6JA 4B4IA 1LSAA 5ILFA 1HMLA 1B5XA 4NIJA 1LHIA 1LYOA 1XGUC 1UICA 2ZWBA 3WW6A 1GF3A 1KXWA 3N9EA 1YIKA 3K3TA 1BWJA 3J6KA 4J7VA 4HJZA 5II3A 1GF6A 1ZVYB 1UIEA 5F14A 3N9CA 5I4WA 2MEFA 5APFA 1WTNA 4NEBA 1LSYA 4MSTA 3BKHA 1Z55A 5ILCA 3LYZA 194LA 1JSEA 1HNLA 4H9HA 4HP0A 3W6BA 1GFVA 1ZMYL 4NGJA 1GFAA 4H9EA 4B4JA 1IR8A 3AYQA 2HEAA 4LYBA 1HHLA 1LJHA 4RW1A 1G7LC 3AZ7A 1GFEA 4UWNA 3RZ4A 2FBBA 4ETCA 1LZBA 4C3WA 1GF8A 3D9AC 1F0WA 3G3AB 1WQOA 4H8YA 1GE2A 5DN5A 1JISA 2BQMA 4U3XB 5HMVA 5L3HA 1LSPA 7LYZA 1HEQA 2EKSC 4XADA 1WQPA 2DQJY 3N9AA 1GB7A 1LHMA 1NHEA 3AW6A 1GBSA 4WO9A 1OUBA 1IWXA 2F4GA 4LYOA 4TX7A 1HFYA 3WULA 1I56A 5APCA 1G7MC 1LMAA 193LA 4PRQA 1JJ1A 2EPEA 1V7TA 1BQLY 1C45A 1J1PY 3A3QA 4H94A 1HFXA 4Z98A 3WPKA 1DKJA 4RLNA 4QY9A 1QDTA 4YEMA 2BQBA 2I25L 1F10A 4BAFA 4BS7A 2BPUA 1JUGA 1LMOA 1IWUA 4ML7A 1B5VA 4DD1A 134LA 1GFTA 3A6CY 2FYDA 5I4XA 1CJ6A 1RI8B 3GXRA 4HTKA 1IC4Y 5D5FA 1G7IC 5DLAA 5L3IA 1FKVA 4II8A 4G4CA 3LYTA 4TSBA 2ZQ3A 2MEIA 3AGHA 1W6ZA 4J0LA 1F6SA 1B9OA 1XGTC 1JWRA 2FBDA 4P2EA 2X0AA 1DI4A 1QIOA 3TMXA 3AJNA 4H93A 4NGVA 2N5ZA 4KXIA 3T6UA 4HPIA 4NGIA 1JIYA 4DDAA 4NHTA 4WL6A 3WUAA 4QGZA 1YAPA 4WG7A 2IHLA 1JKBA 2ZYPA 4NSJA 4GN3A 1IOCA 4HJVA 4LFXA 4AGAA 5C6IA 1YROA 1HSWA 1GE1A 1IP2A 4KPMA 2HU3A 2DKVA 4UWUA 1B7QA 1CKHA 5C6LA 4WOAA 154LA 4G4BA 2BLYA 1AKIA 3A95A 4WM2A 4HJYA 5E9RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KNIA 1LHHA 3HT6A 3GUPA 147LA 5LYZA 1JKCA 4J1BA 4E3UA 1IY3A 1QT7A 5LVIA 1CJ7A 5LVGA 4DD0A 1LZ6A 1GAYA 3A91A 3B0KA 4D9ZA 5KXNA 1QQYA 1REZA 3OK0A 2LYMA 1QUSA 1BB3A 2BQJA 4Z41A 4WG1A 4XN6A 3AGIA 5KXLA 197LA 1LKRA 3L64A 5DL9A 3EO5A 4ETEA 4LT0A 149LA 2ZNXY 2H9KA 1CVKA 4NGLA 3HH5A 1FLYA 1YKZX 1C69A 1OWYA 3TXGA 6LYZA 104LA 5HLLA 189LA 1YKYX 3E3DA 3SB7A 1B2KA 1BGIA 1IOTA 1DYAA 4H92A 2F47A 1QS5A 3D3DA 4DD7A 247LA 166LA 5LVJA 2G4NA 4NSIA 1JHLA 2F2NA 1GEZA 103LA 1D0LA 5DM9A 2QARC 1L20A 2O4WA 2B6XA 9LYZA 1FLUA 1B7OA 1WQNA 1ZVHL 3DN6A 1P2RA 5EBHA 4GLAA 4OWHA 1EQ5A 1GFJA 2B7XA 5KKIA 4H8XA 1DYBA 1L61A 3JR6A 4CJ2A 1GDWA 2RBPA 1GB0A 1LHJA 4AQNA 4XJDA 1L68A 2LZMA 4PGJB 164LA 1L12A 5F81A 1T8FA 1L34A 2Z39A 171LA 4G9SA 1B5YA 4A7DA 1GBXA 1CU2A 198LA 1CUPA 1LW9A 246LA 102LA 1CX6A 177LA 3TMUA 1GEVA 1OUHA 1BB6A 3RU5A 4GCDA 161LA 1D0MA 4G4HA 4HTNA 3QNGA 1C43A 4M4OA 4B1AA 4WLYA 252LA 241LA 4Z3MA 1L62A 4GN4A 231LA 1C64A 1DXJA 5F9UA 2Z37A 1QUTA 172LA 5KKJA 3GUMA 3CSRA 1G0MA 258LA 1IR9A 1SSWA 2Z38A 3T36A 5I14A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LT3 A;  1CKG A;  1FLW A;  1LOZ A;  1BWI A;  1QSW A;  5L9J A;  1IP6 A;  1LHH A;  2A7D A;  2ZIL A;  2ZNW Y;  5LYZ A;  5I54 A;  1JKC A;  4RLM A;  4J1B A;  5KXS A;  1GFH A;  1JJ0 A;  4E3U A;  1IY3 A;  3P65 A;  5LVI A;  1CJ7 A;  5LVG A;  4DD0 A;  1LZ6 A;  2W1X A;  4WM3 A;  4N1C C;  1B5Z A;  1GAY A;  3A91 A;  4NHP A;  2W1M A;  3A34 A;  1XSF A;  2BQF A;  4LYT A;  3B0K A;  3J4G A;  4QDN A;  1UA6 Y;  4D9Z A;  5KXN A;  2DQG Y;  5KXW A;  5HMJ A;  1QQY A;  1REZ A;  1B7M A;  1LSE A;  1OUE A;  2D91 A;  2W1L A;  1BVK C;  4RW2 A;  5B07 A;  3OK0 A;  2LYM A;  1GD6 A;  1GBO A;  1QUS A;  1BB3 A;  2BQJ A;  3TXF A;  4Z41 A;  4WG1 A;  4XN6 A;  3AGI A;  4J1A A;  1HEM A;  5KXL A;  4NHI A;  3OJP A;  1YKX X;  1GXX A;  3CT1 A;  1LKR A;  1LZD A;  4H91 A;  3WVY A;  2LYO A;  1RCM A;  4ET8 A;  2VB1 A;  3B6L A;  1FLQ A;  4B49 A;  1BHZ A;  4DD3 A;  4NWE A;  1PZY A;  4YEN A;  1LSG A;  2F30 A;  4HV2 A;  4NGW A;  4IAT A;  5LAG A;  2NWD X;  4R6C A;  4H9C A;  3GXK A;  5DL9 A;  4ANR A;  1A4V A;  1VED A;  3EO5 A;  5KXM A;  1IR7 A; 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 1GF8 A;  3D9A C;  1F0W A;  3G3A B;  1WQO A;  4H8Y A;  1GE2 A;  5DN5 A;  1JIS A;  2BQM A;  4U3X B;  5HMV A;  5L3H A;  1LSP A;  7LYZ A;  1HEQ A;  2EKS C;  4XAD A;  1WQP A;  2DQJ Y;  3N9A A;  1GB7 A;  1LHM A;  1NHE A;  3AW6 A;  1GBS A;  4WO9 A;  1OUB A;  1IWX A;  2F4G A;  4LYO A;  4TX7 A;  1HFY A;  3WUL A;  1I56 A;  5APC A;  1G7M C;  1LMA A;  193L A;  4PRQ A;  1JJ1 A;  2EPE A;  1V7T A;  1BQL Y;  1C45 A;  1J1P Y;  3A3Q A;  4H94 A;  1HFX A;  4Z98 A;  3WPK A;  1DKJ A;  4RLN A;  4QY9 A;  1QDT A;  4YEM A;  2BQB A;  2I25 L;  1F10 A;  4BAF A;  4BS7 A;  2BPU A;  1JUG A;  1LMO A;  1IWU A;  4ML7 A;  1B5V A;  4DD1 A;  134L A;  1GFT A;  3A6C Y;  2FYD A;  5I4X A;  1CJ6 A;  1RI8 B;  3GXR A;  4HTK A;  1IC4 Y;  5D5F A;  1G7I C;  5DLA A;  5L3I A;  1FKV A;  4II8 A;  4G4C A;  3LYT A;  4TSB A;  2ZQ3 A;  2MEI A;  3AGH A;  1W6Z A;  4J0L A;  1F6S A;  1B9O A;  1XGT C;  1JWR A;  2FBD A;  4P2E A;  2X0A A;  1DI4 A;  1QIO A;  3TMX A;  3AJN A;  4H93 A;  4NGV A;  2N5Z A;  4KXI A;  3T6U A;  4HPI A;  4NGI A;  1JIY A;  4DDA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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