3WXU | Genus

Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	47
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9732638676747594__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9732638676747594__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3WXU/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9732638676747594__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9732638676747594","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3WXU/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9732638676747594__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d037163e302fe2ff4b85bc8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d037163e302fe2ff4b85bc8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d037163e302fe2ff4b85bc8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d037163e302fe2ff4b85bc8/pdb.gz): 512 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Grease matrix as a versatile carrier of proteins for serial crystallography pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	47
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2014-08-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	3wxuA00

1REYA 3ATNA 4LYCA 1JUGA 2I25L 3WPLA 4BAFA 1IP3A 4ETDA 5L9JA 1YANA 1LZTA 1LTMA 3B0KA 4LYBA 3SP3A 3T36A 3TMVA 1H6MA 5ILCA 3QY4A 4AGAA 1I56A 2Z39A 4NHSA 1UIAA 1JSFA 1G7MC 2ZNXY 4NSIA 1NQIA 1OUGA 2H5ZA 1GFHA 2BAAA 3CSRA 5T3FA 3WVYA 2PC2A 1LMAA 2DQAA 3WU8A 1GAYA 6LYTA 5F16A 4H1PA 1GFKA 3AGGG 2BQMA 1VDQA 2BQIA 1GAZA 3A6CY 5DN5A 5A3ZA 5I54A 2YBIA 4B4EA 1NWGA 1WTMA 2Z2FA 4W96A 2D91A 4N5RA 5FSTA 3TXEA 3EXDA 4WL7A 3TMWA 4LT1A 4WL6A 1B7MA 1VDTA 3LYOA 4GCCA 1TEWA 3D9AC 1RFPA 5LYTA 2MEBA 4XJFA 1GF8A 3AYQA 3LZ2A 5KXLA 2Z2EA 5APEA 1UIBA 3RU5A 2F4AA 4LFXA 4GCDA 4Z46A 4WLTA 1SQ2L 2DQGY 1IP4A 5LYZA 5B1GA 1C08C 1KIPC 1B7RA 1D6QA 4U3XB 1TBYA 1WTNA 1Z55A 4WMGA 2BLXA 3A96A 5C6LA 134LA 2HU3A 1IP6A 5HNCA 1GBWA 2BQFA 1IOCA 1HENA 3LHMA 2CDSA 1IOTA 4BS7A 3J4GA 1AT5A 2MEGA 1LCNA 2DQIY 3ZVQA 1WQMA 3A95A 132LA 1JISA 4NSJA 1JSEA 4R0FA 3TXKA 1LSBA 2Z18A 4PHIA 1CJ9A 1F6RA 1QDTA 1D0MA 4J7VA 1T6VL 4WLDA 9LYZA 5I5QA 1LZGA 2BQGA 5F81A 1QSAA 1NHEA 1JHLA 4HP0A 1GD6A 1XGQC 1WQPA 4NGWA 1HEQA 1GB9A 3A90A 1F10A 1LMNA 4J0LA 2BQJA 2MEDA 2ZQ4A 2ZWBA 3FI7A 1IWYA 4HSFA 4LT3A 1IVMA 1GFTA 4GN3A 1HEWA 2EKSC 3AGHA 1YQVY 3AZ4A 1IOQA 1LZ4A 4HPIA 1LJIA 1UIDA 1GE0A 4WO6A 5F14A 1P2CC 3CT5A 4CFPA 5KKIA 5B05A 1FKVA 1XSFA 1GE4A 2LYOA 5C6IA 1GPQC 1LYSA 1GBZA 4TWSA 4J1AA 4NIJA 1CJ6A 4H9BA 1JPOA 5FCPA 5M1YA 1LMTA 5APDA 5KY1A 2ZIKA 4NHQA 2LYZA 2MEEA 4PGJB 2HEDA 1YIKA 2BQCA 4NSGA 3W6CA 1KXYA 4FDYA 4MR1A 5KXRA 3TXGA 3BKVA 3HBHA 1IX0A 1C10A 2EPEA 3CSZA 4LFPA 4YEMA 2X0AA 4H8XA 4N1CC 1LSDA 3WL2A 1HFYA 1BB6A 4OW1A 2W1MA 2H9JA 2Q0MX 5JENB 1RCMA 1GWDA 2N5ZA 4NG8A 1IIZA 4ZEEA 5J7CA 3LZTA 3W6BA 1XGUC 4XN6A 5I4XA 3A8ZA 1GHLA 1AT6A 2HUBA 3IJUA 2HEEA 4GCEA 4N0JA 1HELA 4X3BA 4B4IA 5B06A 1GFGA 4XJIA 1UCOA 2ZQ3A 5FDJA 1UA6Y 2G4PA 2YBMA 3GXRA 5LA8A 1OUIA 4PJ2C 3RNXA 4ZIXA 3WPKA 1F6SA 5KKJA 4LYTA 4DD0A 1IO5A 5KXMA 135LA 1BWHA 1B5XA 2MEHA 4DD3A 4DD1A 4WM2A 1FLYA 2FYCA 1CKDA 1QUTA 3WU7A 3WUMA 1FLQA 5AMYA 2DBTA 1TAYA 1LJGA 4KXIA 3TXJA 4H9CA 3WXUA 4ANRA 1B7NA 5LXWA 4PRUA 2MECA 5LINA 1G7LC 3P4ZA 1KIQC 1LHLA 1YKYX 1YAOA 1DKJA 2B5ZA 3A67Y 4B49A 153LA 4OWCA 1GF7A 1IWVA 4ET9A 1WVVA 1IWWA 1DI4A 1B5VA 1LJNA 3F6ZA 3W6EA 4BAPA 1YAPA 1B7LA 1LZ6A 1V7TA 1O23A 3AJNA 1F0WA 1LSYA 1CNSA 4DYGA 1LJHA 4N1EI 2BLYA 3GXKA 1OUBA 3BKHA 1AZFA 1UACY 3W3EA 1GFAA 2CJLA 1PS5A 1GFUA 4H94A 1XFPL 2HTXA 4KPMA 2W1YA 5LVHA 1RJCB 1QDRA 1IWTA 1ZMYL 1B7PA 2XBRA 3AGIA 1BB7A 4NGZA 5EBHA 1LZYA 1IR8A 2YVBA 2MEAA 1JKCA 4OWBA 2ZYPA 3EO5A 4IJ4A 5D5CA 1ZVYB 3OJPA 1B7QA 1CJ7A 1LHKA 4W94A 5HLLA 2F2NA 5KXZA 1IP5A 7LYZA 1GDWA 1KXXA 2LZTA 3T6UA 1LYOA 3A92A 2LZ2A 1BHZA 4H91A 4NY5A 5C6JA 2G4NA 5DN4A 4M4OA 4E3UA 4NGIA 1HSXA 4OOTA 1WVUA 3M18B 4LYOA 1JTPL 4ETCA 1XEJA 2A7DA 4PPOA 1NDGC 1TDYA 3B6LA 4ZFPA 2EIZC 4NGVA 1BGIA 3A91A 1BB3A 5E4PA 2BQEA 1LSNA 3CT1A 1LMQA 3KAMA 4XYYA 1GBSA 1GXV2 1QTEA 4NGJA 4WG1A 1DPWA 1VDPA 1C43A 2YBLA 1KIRC 1YILA 3A93A 1EL1A 3LN2A 3LYMA 1QUSA 1LZBA 4H9AA 1XGTC 1LSPA 1SLYA 4DT3A 1FDLY 2D4KA 4ETAA 2Y8PA 1JJ0A 3RT5X 4LGKA 1ALCA 2BQBA 4BADA 4DWXA 1LZEA 2W1XA 1REZA 4TSCA 4J1BA 5FELA 1NF5A 3A34A 3EBAB 4RLMA 1W6ZA 5LVIA 3P68A 4IASA 1XEKA 4GLVA 4HTNA 4WOAA 1LZDA 1HFXA 194LA 1GF5A 1J1XY 3K3TA 1GEZA 1JJ1A 2GV0A 3AZ7A 3ULRA 1HNLA 3WW6A 4NGKA 2YBJA 1FBIX 2H9KA 4HTQA 1LSZA 5KXYA 1AM7A 1GB8A 4YEOA 4C3WA 3G3AB 1VEDA 4QDNA 4CFOA 1DPXA 3B0OA 4H9EA 1ZV5L 1GXXA 2WARA 1RI8B 5L3HA 1UIHA 2HEAA 1C7PA 1HERA 3IWRA 2DQCY 4TX7A 1JKDA 4CGEA 1HSWA 4NEBA 1JTOL 4OWHA 1LSMA 2MEIA 4DDAA 4RW2A 1JKBA 2HU1A 4DC4A 1YL1X 1HFZA 2Z12A 2F30A 1GF0A 2D4JA 4NGYA 5KXOA 2ZILA 1GF3A 4QGZA 1G7HC 1VDSA 3N9EA 1IWXA 4YM8A 2DQDY 4RW1A 1FLUA 1H87A 1MLCE 4H9FA 3N9AA 4KT3A 5I53A 4NG1A 3AW7A 1HEOA 2ZIJA 4XJBA 2Z19A 1B5UA 2RSCA 4H8ZA 5LVKA 1ZVHL 6LYZA 5FHWA 5LAFA 3A3QA 4LT2A 5DL9A 3TMUA 5LIOA 1HMLA 2C8OA 3WULA 5KJ9A 4QEQA 2IFFY 1YKXX 4XJDA 3WMKA 1LZ5A 4LYMA 1MELL 5B59A 4OWAA 5DLAA 5ILFA 5IDDA 1DI5A 2EQLA 1GE1A 2BQOA 1RE2A 4AXTA 1YROA 1IORA 5B07A 4YF2A 4LT0A 5HNLA 4XENA 1LJJA 1DI3A 3A3RX 1LJFA 4NFVA 3WUNA 1LZ8A 2BQAA 3B0IA 1LZ1A 1CKCA 5F9XA 3HBEX 1QSWA 3P65A 3QE8A 208LA 2BQLA 3TXHA 4D9ZA 1W08A 3WW5A 1BVKC 1DXJA 1QQYA 1V7SA 1INUA 2FYDA 2Z38A 1D6PA 3OK0A 4OWEA 3RZ4A 1D0KA 3RW8A 2BQDA 4NGOA 1YKZX 1LZAA 1REMA 3LYZA 4GCFA 4H93A 1T3PA 1HMKA 5II3A 5D5FA 2D6BA 5APCA 4Z41A 3AB6A 4H8YA 2FBDA 3WVXA 4WM5A 4DD9A 1LMCA 1NDMC 1CKFA 1IC5Y 1YAMA 4UWUA 1BB4A 1BWJA 1OUDA 2DQFC 1LHHA 2HECA 3G3BB 3IJVA 1IP2A 5I4WA 5LVGA 3EMSA 1NBZC 4DDCA 3TXBA 3TXDA 1HEMA 4A7DA 1GB5A 1LZ9A 3WYHA 1UUZC 4LZTA 1GFVA 4G4BA 4ML7A 3W6AA 1B9OA 3AZ5A 1GB0A 3AZ6A 1IWZA 1EQ4A 1JJ3A 1B7OA 4NSHA 1LSAA 4WLXA 2ZYCA 4P2EA 2YBHA 1LJEA 2DQEY 4HJZA 1FKQA 4HPEA 4HTKA 1HC0A 1LMOA 4RLNA 4MSTA 3TXIA 1DKKA 4XADA 5DM9A 1GFEA 2G4QA 2XTHA 1B5WA 4NHPA 4WG7A 3ZVQB 1E8LA 4H9HA 1LJKA 1CKHA 1JEFA 1LZNA 2YBNA 1CJ8A 2DKVA 1EQ5A 2DQHY 4ET8A 1VATA 5FEKA 5HMVA 3AW6A 1GBXA 2XBSA 1OUJA 1LSCA 2YDGA 2DQJY 3MGWA 4NGLA 1IP1A 1GFRA 4RDSA 4B1AA 1IY4A 4PRQA 1GE2A 1NBYC 3D3DA 4R6CA 4QY9A 3W6DA 1FLWA 1LHIA 1WQQA 2FBBA 1D0LA 1B5YA 3M3UA 1OQMA 5KXTA 1LZSA 5E9RA 4ETEA 4B4JA 5LAGA 1OUCA 1HF4A 1XGPC 1GDXA 1GF6A 4TTDA 5LVJA 2HEBA 1IC4Y 1LJ4A 4DD2A 1J1PY 1LKSA 4CJ2A 2BQNA 1LSGA 2LHMA 3TMXA 133LA 3HBDA 1GEVA 4YENA 1QTKA 5A3EA 1TCYA 1JITA 3CB7A 1UC0A 1BB5A 4G9SA 4WM4A 4WLYA 4TUNA 1C46A 5LYMA 1IY3A 4H9IA 2A7FA 1B0DA 4WM3A 5LA5A 1FN5A 207LA 1VAUA 1GBYA 1B2KA 3FE0A 5HMJA 1BVXA 3LYTA 4MCKA 3WPJA 1BWIA 2C8PA 4N9RA 1LZRA 4I0CA 1D9UA 1YAQA 3QNGA 1JIYA 8LYZA 1UIFA 3ATOA 4GN5C 3WU9A 1IR9A 5HQ1A 4CHXA 4NHIA 1HHLA 4M6DA 1LJ3A 1GE3A 2MEFA 4DD7A 1HEPA 2XJWA 1B5ZA 1AKIA 1GB6A 1LZCA 2LYMA 1GB2A 3HFMY 1LHMA 1LHJA 1IC7Y 1UBZA 193LA 1GFJA 1N4FA 4H90A 4GLAA 3WUAA 4NWEA 1A2YC 1GBOA 2NWDX 1WQNA 2I26L 4DDBA 4WO9A 4YOPA 5KXXA 3ZEKA 4IATA 4XJHA 5IELA 3WH1A 154LA 4KL7A 2CGIA 4WM1A 1OUFA 3J6KA 1LOZA 2CWIA 2BQKA 2I6ZA 4LYZA 1IR7A 1GF9A 1JTTL 1NKHA 4HJVA 1KXWA 3CQLA 1UIGA 4G4CA 3N9CA 4NHTA 1CKGA 1C45A 1LMPA 1B7SA 4HV1A 2AUBA 3WXTA 5APFA 3TXFA 1LYZA 3CT0A 1YL0X 4HJYA 4II8A 2BQHA 4GCBA 1OUHA 2VB1A 5F9UA 1G7JC 5IHGA 2HEFA 1LPIA 1IWUA 1GF4A 1LSEA 1OP9B 4L41A 4UWNA 1QIOA 1I20A 1OUEA 3E3DA 3P66A 4Z98A 1OUAA 1XEIA 5KXNA 1I1ZA 1BQLY 1JKAA 1IOSA 1IEEA 5KXPA 1WQOA 4NWHA 4B0DA 2IHLA 1NMMA 4XJGA 4N8ZA 1G7IC 3P64A 1J1OY 3CSQA 4GN4A 4UWVA 1DZBX 4Z3MA 2ZNWY 2Z37A 4FJRA 4OOOA 1LKRA 1LAAA 1GB3A 1A4VA 1LYYA 1XGRC 4I8SA 2D4IA 4G4HA 3VWOA 3B72A 4G49A 1VFBC 4H92A 4ETBA 3A94A 1UICA 5KXKA 2F4GA 4WM6A 4EOFA 1REXA 2YSSC 2BPUA 3W6FA 1DQJC 1EQEA 5I4YA 4HV2A 5KXWA 1GB7A 1LSFA 5K7OA 5L3IA 4EMNA 3A6BY 1WQRA 5KXSA 1UIEA 2W1LA 4O34A 5B1FA 1PZYA 1JWRA 4C5FA 1IP7A 4TSBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1REY A;  3ATN A;  4LYC A;  1JUG A;  2I25 L;  3WPL A;  4BAF A;  1IP3 A;  4ETD A;  5L9J A;  1YAN A;  1LZT A;  1LTM A;  3B0K A;  4LYB A;  3SP3 A;  3T36 A;  3TMV A;  1H6M A;  5ILC A;  3QY4 A;  4AGA A;  1I56 A;  2Z39 A;  4NHS A;  1UIA A;  1JSF A;  1G7M C;  2ZNX Y;  4NSI A;  1NQI A;  1OUG A;  2H5Z A;  1GFH A;  2BAA A;  3CSR A;  5T3F A;  3WVY A;  2PC2 A;  1LMA A;  2DQA A;  3WU8 A;  1GAY A;  6LYT A;  5F16 A;  4H1P A;  1GFK A;  3AGG G;  2BQM A;  1VDQ A;  2BQI A;  1GAZ A;  3A6C Y;  5DN5 A;  5A3Z A;  5I54 A;  2YBI A;  4B4E A;  1NWG A;  1WTM A;  2Z2F A;  4W96 A;  2D91 A;  4N5R A;  5FST A;  3TXE A;  3EXD A;  4WL7 A;  3TMW A;  4LT1 A;  4WL6 A;  1B7M A;  1VDT A;  3LYO A;  4GCC A;  1TEW A;  3D9A C;  1RFP A;  5LYT A;  2MEB A;  4XJF A;  1GF8 A;  3AYQ A;  3LZ2 A;  5KXL A;  2Z2E A;  5APE A;  1UIB A;  3RU5 A;  2F4A A;  4LFX A;  4GCD A;  4Z46 A;  4WLT A;  1SQ2 L;  2DQG Y;  1IP4 A;  5LYZ A;  5B1G A;  1C08 C;  1KIP C;  1B7R A;  1D6Q A;  4U3X B;  1TBY A;  1WTN A;  1Z55 A;  4WMG A;  2BLX A;  3A96 A;  5C6L A;  134L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3WXUA

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Chain Sequence

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