3A6BY

Crystal structure of hyhel-10 fv mutant ln32d complexed with hen egg white lysozyme
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of asparagine residues to the stabilization of a proteinaceous antigen-antibody complex, HyHEL-10-hen egg white lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Mus musculus
molecule keywords Lysozyme binding ig kappa chain V23-J2 region
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Y PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3a6bY00
4TSCA 1IOSA 1LJIA 1LJFA 4I8SA 2A7DA 1LCNA 2D91A 1BQLY 4L41A 1B7PA 5B05A 1C43A 4WM6A 2LHMA 2D6BA 2LZTA 5ILCA 1HEMA 1J1XY 1NMMA 4DT3A 4NIJA 2ZQ3A 3A6CY 4HTNA 5LAFA 1IR8A 1UACY 1GFGA 1HC0A 1HMLA 4LYOA 4G4HA 1IP1A 3FI7A 1CKHA 3CT5A 4CHXA 2C8PA 1G7IC 2ZNXY 1GFTA 2BLXA 4GCCA 1LMCA 2Z37A 4QY9A 4LT1A 2MEFA 4UWNA 2DQCY 1IEEA 1CNSA 5I4YA 1LHJA 2ZQ4A 5DL9A 3A94A 5JENB 3AGIA 2Z2EA 4O34A 5LVIA 3WU7A 5KJ9A 3LN2A 3LHMA 4LYMA 5KXYA 1GB7A 132LA 1LZ9A 1FN5A 2A7FA 5LVKA 4J7VA 1EL1A 1GF0A 1UBZA 1LJ4A 1UC0A 2Z2FA 4AXTA 1WVVA 3CQLA 1B0DA 1REXA 5E4PA 4B4IA 5LVGA 4YEOA 3WYHA 1BGIA 3RW8A 3QNGA 1UIDA 1VDQA 4WM1A 1BB6A 1VEDA 5KXPA 4IASA 1BB3A 2HUBA 1GD6A 4NGLA 4DWXA 4LYBA 3RNXA 4PHIA 4IATA 4XADA 1UICA 1GFAA 207LA 4HJYA 2HEAA 5KXWA 2H5ZA 1DI5A 2EIZC 4ETBA 1ZVHL 1HMKA 1GF3A 2IFFY 1HEOA 1JPOA 1OUIA 1QUTA 2DQEY 4H8XA 1INUA 3WPKA 4ETCA 4WO6A 1LZ5A 1KXWA 2VB1A 5LYTA 1DPWA 4TTDA 4H92A 1SQ2L 4OOOA 1NKHA 1XEJA 2YSSC 3ATNA 1G7JC 3CT0A 2YBHA 1GWDA 1LJEA 2Z19A 4J0LA 5LVJA 2CJLA 4M6DA 1HSWA 1ALCA 4NSIA 1LJHA 2XBSA 4RLMA 3TXJA 2Z18A 4H90A 4N9RA 2I26L 4HV1A 2MEEA 5KY1A 1LZ1A 4ET9A 1XGRC 154LA 5KXLA 1YKZX 3IJUA 1CKGA 1CJ6A 2W1XA 4OW1A 2XBRA 3G3AB 4XJHA 3A67Y 5LA8A 1MELL 4Z3MA 1IORA 3G3BB 3HBEX 3P64A 1GE3A 1NDGC 1OUEA 1RI8B 2BQKA 4WLTA 3TMUA 5FDJA 3WL2A 4NGYA 2FBBA 4HPIA 4WG7A 3WUAA 2DQJY 1UIHA 1LZBA 4KT3A 2BQGA 4NEBA 2HU1A 3P66A 4NFVA 3EBAB 4OWCA 3IWRA 1WQOA 4Z41A 2DQIY 1IOQA 3W6CA 1T3PA 4U3XB 134LA 4TX7A 1IWUA 1LZSA 2BPUA 2I25L 4H9EA 5DN4A 1JJ1A 1YQVY 5DLAA 1IP5A 5I4WA 4DYGA 1GE0A 1IC5Y 2Z12A 2YDGA 4H9BA 4NY5A 4WLYA 5A3ZA 1GE1A 4H91A 1JTPL 4ET8A 4CGEA 1GXV2 1GF4A 1BWHA 2F4AA 1LSGA 1IO5A 1LYZA 4DD9A 2BLYA 1CJ7A 4KPMA 1GF6A 3HFMY 1LOZA 1LJGA 4ANRA 4PGJB 3AW6A 5KXTA 1GF5A 3WPJA 1YAPA 5LXWA 1H87A 3TXDA 1LSAA 2DBTA 1KXYA 1GBXA 5L3HA 3T6UA 1W6ZA 1JSFA 1LSEA 1PS5A 4TUNA 1LKRA 1SLYA 3W6DA 4H1PA 5B07A 2DQAA 3ATOA 1C08C 1GAZA 2ZILA 5I54A 5C6LA 2CWIA 1DKKA 3BKHA 5C6JA 1B7QA 1IX0A 5FEKA 1HNLA 2ZNWY 1LSCA 1HENA 3J4GA 3D3DA 1GAYA 2MEGA 4XENA 1PZYA 2Q0MX 3AGHA 5F14A 1B5UA 1C45A 1JKDA 4FDYA 3W6AA 1GE2A 3A34A 4C5FA 4X3BA 6LYZA 1LZ8A 1FBIX 1B7MA 1GB5A 5F9XA 1OUDA 1UIAA 1HEWA 4KL7A 1LPIA 2GV0A 2FYDA 5AMYA 1GPQC 5FSTA 5D5FA 1IOCA 4HV2A 4LYCA 3WW5A 3WH1A 5HNCA 2LYZA 1P2CC 5II3A 4NWEA 1VDTA 4W96A 1LJKA 3WMKA 3AYQA 5DM9A 1JKCA 4OWBA 1GDXA 1FLWA 3P68A 3AB6A 1GFJA 4XJDA 5KXOA 1B2KA 1NBYC 2F4GA 4WL6A 1GDWA 1GB0A 1LAAA 5KXZA 4H8ZA 1F6SA 1HF4A 5B06A 5K7OA 4BAFA 2AUBA 1LHHA 5IDDA 4MR1A 1KIPC 3RT5X 3T36A 4LT3A 1GB9A 1NDMC 5B1GA 1BB4A 1GBYA 2YBJA 1OUJA 4R0FA 1RE2A 1GEVA 4YOPA 4GCFA 3TXEA 5B1FA 1REMA 2EPEA 1TEWA 5F81A 2G4NA 1GEZA 4XJGA 4XN6A 4DDCA 5LINA 2BQOA 3TMVA 4GN4A 3A6BY 4WM2A 1GFUA 2BQBA 4NHSA 1A4VA 1EQ4A 4OWHA 4P2EA 2LYMA 1LMOA 2ZIJA 1WQNA 5KXXA 1FLUA 4HTKA 1DPXA 4AGAA 3A8ZA 1D6PA 1UIGA 4BADA 4H94A 1IR7A 5FELA 4HJZA 5E9RA 4G49A 1FKQA 2YBLA 5KXMA 2DQGY 3WUNA 3B72A 1OUCA 3WXUA 2DQFC 4WM4A 1LZGA 3M18B 3OK0A 4J1AA 4LFXA 1HEQA 1GFEA 1GBWA 1OUHA 4QEQA 5LVHA 1GFHA 3A3RX 2FBDA 1IP6A 4G4BA 1GF7A 4WLDA 1A2YC 5I5QA 1VFBC 2F30A 4PRUA 1OUFA 1XGTC 3AGGG 4BS7A 1C46A 4YEMA 1OQMA 2LZ2A 4PRQA 3BKVA 4KXIA 1B5VA 1IWYA 3A95A 1GXXA 1JUGA 3RU5A 1XFPL 3EXDA 3W6EA 1AM7A 1QDTA 1GF9A 1JJ3A 4LT2A 1B5ZA 1IY4A 3A90A 2IHLA 1D6QA 3AZ7A 1LJ3A 4EMNA 4HTQA 5T3FA 1IWTA 5I4XA 1LYSA 2F2NA 4GCBA 3TXFA 4B1AA 1OUGA 4DD2A 1D9UA 1LZCA 2D4JA 3LYTA 3TXBA 1KIRC 4RW2A 4E3UA 6LYTA 1GFRA 5HMVA 2BAAA 4NGOA 4YENA 5KKJA 4NWHA 4YM8A 1B7SA 1UIFA 2N5ZA 1QSAA 2YBNA 3B0IA 1QTEA 2XJWA 3VWOA 2CGIA 1JIYA 1G7LC 1REYA 4NGZA 4NGKA 1JSEA 4H9HA 3D9AC 4HPEA 1B9OA 3AZ4A 4H8YA 4LZTA 4GLAA 1JKAA 4B4JA 5LYZA 3GXKA 1LJJA 4H9CA 1TCYA 4NGWA 4NGJA 2DQHY 1LSZA 5DN5A 1VDPA 4LGKA 5J7CA 4NSHA 3A91A 1HFZA 4CFPA 1LYOA 1V7SA 2I6ZA 3AW7A 1EQ5A 3EMSA 4HJVA 1WQQA 2W1YA 1HERA 1TDYA 3F6ZA 1NQIA 3HBDA 4QDNA 3WVYA 4BAPA 1I56A 3WU9A 3EO5A 7LYZA 4PPOA 3OJPA 1UUZC 5EBHA 4ZFPA 1GB6A 4B0DA 1GBOA 4ETEA 2H9JA 3FE0A 4GN5C 1F10A 1AT6A 1B5YA 4H9FA 4NHTA 1GB8A 3A93A 2ZYPA 4LYZA 1LMQA 2BQEA 4ZEEA 1FLYA 2YBIA 3P4ZA 4ETDA 5APCA 1O23A 3A3QA 4UWVA 3TXGA 1YAMA 3ULRA 4NHQA 2NWDX 3J6KA 3M3UA 3AZ6A 1D0MA 3ZVQA 1DI3A 1IOTA 1HFYA 1LSBA 1YROA 193LA 2DQDY 1LJNA 2XTHA 1F6RA 1BHZA 1WTMA 4N8ZA 1LTMA 1KIQC 4OWAA 3P65A 1CKDA 4M4OA 3B0OA 4WMGA 5IELA 1KXXA 5HLLA 2EKSC 1Z55A 1CJ9A 4LYTA 1IP2A 1B5WA 3LYMA 2HTXA 3HBHA 3WUMA 1JITA 3ZVQB 194LA 9LYZA 1VDSA 1HEPA 1CKFA 1DQJC 2DKVA 4D9ZA 2G4PA 1IC4Y 1LSDA 3CB7A 3N9AA 1XEIA 5F9UA 1LZNA 4IJ4A 1BB5A 2BQCA 1LZYA 1QTKA 1REZA 1GFKA 4NG1A 5LAGA 1JTTL 5LIOA 2BQHA 2BQIA 5KXKA 2MECA 1OUAA 4H9IA 4B4EA 4H9AA 5D5CA 1C7PA 1YIKA 4RLNA 1VATA 2ZWBA 5KXSA 1XGUC 5FHWA 2BQJA 4DD0A 5I53A 8LYZA 4W94A 4R6CA 3KAMA 4LT0A 5M1YA 1LHLA 2HEEA 1B7OA 5IHGA 1XGPC 1HSXA 1YANA 5APEA 4GCDA 1LKSA 1RJCB 1CKCA 1G7MC 1IVMA 1LSYA 1WQMA 1IWXA 2BQFA 4YF2A 1H6MA 1YAQA 4OOTA 2Z39A 3W3EA 1HHLA 2YVBA 4GN3A 1LZRA 1BVKC 1VAUA 5L3IA 2LYOA 3N9CA 3E3DA 1LZTA 4Z46A 1IIZA 1BWJA 1LSNA 5APFA 5C6IA 5L9JA 4EOFA 1ZV5L 4ETAA 2Z38A 4B49A 1DI4A 1JEFA 3B0KA 1NWGA 5HNLA 1YAOA 1YILA 3IJVA 5LA5A 4NSJA 4RW1A 1WTNA 4N1CC 3W6BA 3GXRA 4ML7A 2HECA 2MEHA 3QY4A 4HSFA 1B5XA 1DZBX 2G4QA 3A92A 4WOAA 1JTOL 1JJ0A 1I1ZA 3K3TA 4MCKA 4WG1A 5HQ1A 4NGIA 3A96A 1UIBA 1G7HC 1V7TA 1AKIA 1I20A 1YL1X 2MEIA 3TXIA 4DD1A 4Z98A 1GBZA 5A3EA 1CJ8A 1QIOA 5APDA 4QGZA 1GBSA 5FCPA 1DXJA 2Y8PA 3WXTA 1AZFA 2HEFA 2BQMA 3AZ5A 3SP3A 5ILFA 1ZMYL 1IP3A 4C3WA 1LZ4A 1AT5A 4G4CA 4NHPA 1GE4A 1IWWA 4UWUA 2H9KA 2W1MA 4RDSA 3LZTA 4TWSA 1BB7A 4TSBA 1WQPA 2HEDA 135LA 1QDRA 2BQLA 5KXNA 3LZ2A 3QE8A 3W6FA 1HELA 1QUSA 2C8OA 2MEDA 2X0AA 1LMAA 1LZ6A 3MGWA 4HP0A 4DDAA 4MSTA 5F16A 1LZDA 1LSPA 1LZAA 1LMTA 4NSGA 4CJ2A 1IWZA 1JISA 4CFOA 4N5RA 3CT1A 1FLQA 1B7RA 3CSRA 1GB2A 1LHMA 1ZVYB 1F0WA 4OWEA 3TXHA 1JWRA 1WQRA 1W08A 2BQAA 3TMWA 153LA 1HFXA 2B5ZA 2BQNA 4NG8A 1IP7A 1GB3A 1TAYA 4J1BA 1BWIA 1GF8A 2BQDA 2CDSA 3LYOA 2D4KA 2MEAA 3CSZA 1JKBA 4WLXA 1DKJA 1FKVA 4NGVA 4DC4A 4DD3A 2YBMA 4NHIA 4FJRA 4XYYA 3ZEKA 4DDBA 4ZIXA 1XGQC 1UCOA 1LHIA 1T6VL 4DD7A 3RZ4A 1LMNA 1RFPA 1UA6Y 4N0JA 4GLVA 4A7DA 1QQYA 4WM5A 3TMXA 3B6LA 3WW6A 3CSQA 4XJFA 5HMJA 4WL7A 1N4FA 1EQEA 1UIEA 1LSMA 1J1OY 2W1LA 5B59A 1NBZC 1D0LA 1OP9B 4H93A 4N1EI 1LHKA 3TXKA 5LYMA 1YKXX 1OUBA 1JHLA 4LFPA 1LYYA 1LSFA 1B7LA 1IY3A 2RSCA 4WO9A 2EQLA 5KKIA 4G9SA 4I0CA 1LZEA 2PC2A 1GHLA 3N9EA 1IP4A 1XEKA 1IWVA 1LMPA 1RCMA 5KXRA 1IR9A 3WU8A 1WVUA 4XJBA 1J1PY 3AJNA 1E8LA 2HEBA 1NHEA 4II8A 1QSWA 4WM3A 3WPLA 3WULA 2HU3A 1YL0X 4XJIA 3WVXA 2FYCA 3LYZA 4PJ2C 1BVXA 2MEBA 208LA 1C10A 1YKYX 1TBYA 2D4IA 2ZYCA 4GCEA 1B7NA 1MLCE 133LA 2ZIKA 2WARA 1XSFA 1NF5A 1GFVA 1D0KA 1FDLY 1IC7Y
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1K28A 1LJFA 148LE 1LCNA 1L69A 1QTBA 4WM6A 2D6BA 2LZTA 1HEMA 1LLHA 1QTVA 5LAFA 229LA 108LA 1HC0A 131LA 190LA 1IP1A 3CDTA 1G7IC 5KXLA 4QY9A 1LMCA 2Z37A 3CDOA 103LA 2MEFA 4W52A 1L44A 3A94A 5LVIA 2RAZX 1LYDA 3LN2A 5KXYA 2A7FA 3CQLA 1B0DA 2B6TA 4AQNA 1D2WA 1L22A 1L38A 4YEOA 3QNGA 1UIDA 4IASA 2OTYX 3HT9A 4I7JA 5KXWA 4ETBA 2IFFY 1QUTA 1OUIA 1T8FA 4WO6A 1KXWA 2VB1A 4TTDA 1NKHA 2YBHA 1L47A 1ALCA 1LJHA 1T8GA 2XBSA 1OVKA 2Z18A 4H90A 4N9RA 4HV1A 1YKZX 166LA 4YXCA 1MELL 3G3BB 1GE3A 1NDGC 1RI8B 2BQKA 3GULA 4WLTA 3TMUA 3WL2A 4WG7A 2DQJY 195LA 3GUOA 2RBRA 4I7RA 3EBAB 1L94A 4Z41A 2DQIY 4U3XB 1IWUA 1L00A 5I4WA 2Z12A 2O4WA 2Q9DA 4NY5A 1GE1A 1CV1A 4ET8A 4EPFA 1LPYA 4CGEA 1GXV2 1LYZA 4DD9A 137LA 2RAYX 5KXTA 1GF5A 1L35A 3G3WA 1H87A 3TXDA 1LSAA 2DBTA 161LA 5B07A 4I7LA 2DQAA 3ATOA 1L14A 5I54A 5C6LA 1XJUA 188LA 3BKHA 4W54A 4XENA 4DJHA 1JKDA 4FDYA 3W6AA 3A34A 5I14A 6LYZA 1LZ8A 1B7MA 5F9XA 1LPIA 1GPQC 4DQ7A 3WW5A 1VDTA 3WMKA 2B6XA 1C6DA 3AYQA 1JKCA 3AB6A 4XJDA 1B2KA 1L39A 1L81A 140LA 1NBYC 3DMXA 5LZMA 2AUBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TSC A;  1IOS A;  1LJI A;  1LJF A;  4I8S A;  2A7D A;  1LCN A;  2D91 A;  1BQL Y;  4L41 A;  1B7P A;  5B05 A;  1C43 A;  4WM6 A;  2LHM A;  2D6B A;  2LZT A;  5ILC A;  1HEM A;  1J1X Y;  1NMM A;  4DT3 A;  4NIJ A;  2ZQ3 A;  3A6C Y;  4HTN A;  5LAF A;  1IR8 A;  1UAC Y;  1GFG A;  1HC0 A;  1HML A;  4LYO A;  4G4H A;  1IP1 A;  3FI7 A;  1CKH A;  3CT5 A;  4CHX A;  2C8P A;  1G7I C;  2ZNX Y;  1GFT A;  2BLX A;  4GCC A;  1LMC A;  2Z37 A;  4QY9 A;  4LT1 A;  2MEF A;  4UWN A;  2DQC Y;  1IEE A;  1CNS A;  5I4Y A;  1LHJ A;  2ZQ4 A;  5DL9 A;  3A94 A;  5JEN B;  3AGI A;  2Z2E A;  4O34 A;  5LVI A;  3WU7 A;  5KJ9 A;  3LN2 A;  3LHM A;  4LYM A;  5KXY A;  1GB7 A;  132L A;  1LZ9 A;  1FN5 A;  2A7F A;  5LVK A;  4J7V A;  1EL1 A;  1GF0 A;  1UBZ A;  1LJ4 A;  1UC0 A;  2Z2F A;  4AXT A;  1WVV A;  3CQL A;  1B0D A;  1REX A;  5E4P A;  4B4I A;  5LVG A;  4YEO A;  3WYH A;  1BGI A;  3RW8 A;  3QNG A;  1UID A;  1VDQ A;  4WM1 A;  1BB6 A;  1VED A;  5KXP A;  4IAS A;  1BB3 A;  2HUB A;  1GD6 A;  4NGL A;  4DWX A;  4LYB A;  3RNX A;  4PHI A;  4IAT A; 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 4N5R A;  3CT1 A;  1FLQ A;  1B7R A;  3CSR A;  1GB2 A;  1LHM A;  1ZVY B;  1F0W A;  4OWE A;  3TXH A;  1JWR A;  1WQR A;  1W08 A;  2BQA A;  3TMW A;  153L A;  1HFX A;  2B5Z A;  2BQN A;  4NG8 A;  1IP7 A;  1GB3 A;  1TAY A;  4J1B A;  1BWI A;  1GF8 A;  2BQD A;  2CDS A;  3LYO A;  2D4K A;  2MEA A;  3CSZ A;  1JKB A;  4WLX A;  1DKJ A;  1FKV A;  4NGV A;  4DC4 A;  4DD3 A;  2YBM A;  4NHI A;  4FJR A;  4XYY A;  3ZEK A;  4DDB A;  4ZIX A;  1XGQ C;  1UCO A;  1LHI A;  1T6V L;  4DD7 A;  3RZ4 A;  1LMN A;  1RFP A;  1UA6 Y;  4N0J A;  4GLV A;  4A7D A;  1QQY A;  4WM5 A;  3TMX A;  3B6L A;  3WW6 A;  3CSQ A;  4XJF A;  5HMJ A;  4WL7 A;  1N4F A;  1EQE A;  1UIE A;  1LSM A;  1J1O Y;  2W1L A;  5B59 A;  1NBZ C;  1D0L A;  1OP9 B;  4H93 A;  4N1E I;  1LHK A;  3TXK A;  5LYM A;  1YKX X;  1OUB A;  1JHL A;  4LFP A;  1LYY A;  1LSF A;  1B7L A;  1IY3 A;  2RSC A;  4WO9 A;  2EQL A;  5KKI A;  4G9S A;  4I0C A;  1LZE A;  2PC2 A;  1GHL A;  3N9E A;  1IP4 A;  1XEK A;  1IWV A;  1LMP A;  1RCM A;  5KXR A;  1IR9 A;  3WU8 A;  1WVU A;  4XJB A;  1J1P Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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