3A91A

Crystal structure of hen egg white lysozyme soaked with 5mm rhcl3
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Elucidation of Metal-Ion Accumulation Induced by Hydrogen Bonds on Protein Surfaces by Using Porous Lysozyme Crystals Containing Rh(III) Ions as the Model Surfaces
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3a91A00
2I25L 2X0AA 1CJ6A 193LA 1CJ9A 1ZVYB 4WOAA 2W1XA 1NBYC 3LYTA 3A93A 4LFXA 1LMQA 1BB4A 1NQIA 1VATA 4DWXA 2BQEA 2ZNWY 4XYYA 5B07A 4CGEA 1IY4A 1UIAA 3LZTA 133LA 1HEWA 1GE1A 1LMAA 3EBAB 4O34A 5B06A 5KXNA 5APCA 1GBXA 1NDMC 4NGKA 1AKIA 3A94A 4LT1A 4H9HA 2Z18A 3M3UA 1YAPA 4ETEA 5I54A 5KXOA 1T6VL 2G4NA 4C3WA 4NGIA 2YSSC 3W6EA 3W6DA 1NBZC 1A2YC 2HEFA 3ATNA 4GCEA 1GEZA 5LVHA 3HBEX 3TMVA 2LYZA 5FHWA 2BQJA 1YAQA 1J1XY 3IJVA 4GN4A 5HQ1A 1REMA 2HU1A 3WPLA 1IC7Y 3W6AA 1GFKA 1JTOL 1UC0A 4LT2A 1D6QA 1HNLA 1IP5A 1HEPA 3TMUA 4YENA 2BQGA 4H9AA 2BQAA 1UIEA 2A7FA 2MEGA 4LT0A 3WW5A 1GWDA 1JKDA 8LYZA 3B6LA 5F14A 5LAFA 5L3IA 5IELA 4B4JA 4NSJA 5LYMA 2XBRA 2YBLA 3W3EA 2XBSA 1GB6A 1HFZA 4J0LA 3AYQA 2EIZC 3IWRA 1MELL 1MLCE 4QEQA 3AZ5A 1LSBA 4H9IA 4H92A 3ZVQB 1LZ9A 2G4PA 1TDYA 1T3PA 2MEAA 3CSQA 4ETDA 5ILFA 3IJUA 1OUHA 4WM2A 1XSFA 2A7DA 3TXEA 3WULA 1OUJA 4N1EI 4OWBA 3AGIA 4G4BA 3LYZA 1GAYA 2F30A 1PZYA 3ATOA 3TXIA 3P66A 4M6DA 1JKBA 1VDQA 5LVIA 1DPXA 2BLXA 3TXBA 1JJ3A 3LHMA 3TMXA 5LINA 1B5VA 4WM3A 5KXRA 1LZEA 2C8PA 4UWVA 2AUBA 2DQHY 3EO5A 3AJNA 3WU9A 2YBMA 5I4WA 3WH1A 4ETBA 5L3HA 1WQRA 2MEBA 2Z38A 1YILA 207LA 2BQLA 1JITA 4DDCA 1LJJA 4YOPA 7LYZA 5KKIA 4NFVA 4H8YA 1IO5A 1EQEA 3AGGG 1LSZA 4IASA 1HF4A 1KXYA 2Z39A 1LTMA 1JHLA 4NIJA 1LJNA 4XJDA 1JISA 4CFPA 4MCKA 1LSMA 3B0KA 5T3FA 4WLTA 2DQGY 2LZTA 3A8ZA 3M18B 1B0DA 4NY5A 1LZAA 4ETAA 4NHTA 3A95A 4WLDA 2RSCA 1UBZA 1BQLY 1IP1A 1DI3A 4NHIA 4YEOA 5F9XA 1LAAA 1GF8A 4P2EA 4B0DA 1CKFA 2B5ZA 4NWEA 5FDJA 1XEKA 3A67Y 1IP4A 5B59A 5M1YA 1IWUA 1WQQA 2YBHA 4TWSA 1UICA 4WM4A 4XENA 1B7PA 1BVKC 1VDTA 5APFA 3P64A 1BB3A 3AZ6A 3A6BY 1LSPA 1UA6Y 1IIZA 4AXTA 4NEBA 3WVXA 1TCYA 2Z2EA 1A4VA 1G7MC 3RZ4A 4TSCA 4Z46A 5DL9A 5KXSA 1CKDA 1FLQA 5KXZA 5FCPA 1LZYA 1XEJA 4B4EA 1TBYA 4B49A 4HJVA 4I8SA 5ILCA 4QGZA 1HERA 2YBJA 2F4AA 3EXDA 3D9AC 1IX0A 4N9RA 5LVKA 3TXFA 1W6ZA 4R6CA 1GF5A 1GF4A 1QSAA 4WM6A 4NHQA 1GFJA 2BQMA 1GD6A 1IWTA 4DDBA 5HNCA 1RJCB 3KAMA 4G4CA 2ZQ4A 1B7MA 1QIOA 2HEDA 4DD3A 2LHMA 3T36A 3WUMA 1IOTA 2HUBA 154LA 4GCCA 1RE2A 2ZIJA 5II3A 1HSXA 4XADA 1LMNA 4X3BA 4AGAA 1IY3A 5FSTA 3CSZA 4N5RA 2DQIY 3T6UA 1KXWA 4WO6A 3AW7A 4H8ZA 1HHLA 1LHHA 1C08C 4GLVA 1JTPL 2EPEA 4NHSA 2HEEA 1GDWA 1SLYA 1TEWA 5FEKA 3WU7A 3FE0A 4GN5C 2BLYA 4LYOA 3CB7A 4NSHA 3CT5A 1XGUC 4ZEEA 2FBDA 3WL2A 1LKRA 2CWIA 4DD9A 1F6SA 4HTQA 1IOCA 2ZQ3A 4QY9A 2BQHA 1YL1X 4WM1A 4FJRA 4NHPA 1AT5A 1DI5A 4J1AA 1HELA 4ZIXA 1J1OY 2XJWA 4OWHA 1B7OA 2I6ZA 3A90A 1DPWA 2ZYCA 1W08A 1LJKA 1WVUA 4HJYA 5C6JA 1O23A 3WPKA 4NGVA 1HEQA 4YM8A 2I26L 3CQLA 3WPJA 1LHMA 4KXIA 1REZA 5AMYA 4C5FA 1ALCA 1H87A 4J1BA 3EMSA 2MEIA 1GXV2 2DQJY 2Z12A 3WUNA 3G3BB 1IWYA 4M4OA 1TAYA 2CGIA 1HFXA 4ML7A 4RLNA 4RW1A 4WMGA 4I0CA 1QDTA 3ZVQA 1JIYA 1HEMA 1YIKA 4LYZA 6LYZA 1IP7A 1B7SA 3RU5A 1HC0A 5E4PA 1LSYA 1WTNA 1HEOA 1D0KA 2FYDA 3AB6A 1BVXA 1KIRC 2ZNXY 1GAZA 1LZRA 2Q0MX 4J7VA 4KL7A 1XEIA 4HV1A 1LSGA 2HEAA 1JJ1A 1F0WA 1YAOA 1DZBX 3OJPA 4H94A 1GFHA 3W6FA 1P2CC 1BGIA 1YKXX 3WMKA 3TMWA 1AM7A 1DKJA 3F6ZA 3HFMY 2F4GA 1E8LA 1GBZA 1WQOA 2DQDY 2HU3A 1LJHA 1G7IC 5A3ZA 1IP6A 4YEMA 4PPOA 1B2KA 2FBBA 2BQDA 1GBYA 4U3XB 1OP9B 3GXKA 5KXWA 1BB6A 1OUGA 4LYBA 1FBIX 1GBOA 1LZCA 1FLUA 4G49A 1GE2A 4BADA 6LYTA 3TXJA 4PRQA 5I4XA 1LSDA 1WQPA 1LSAA 1INUA 3CSRA 5E9RA 4CJ2A 3J4GA 5L9JA 1LSEA 1OQMA 1NKHA 1WTMA 4UWNA 1GB5A 1LYSA 1LZSA 4NGOA 1D9UA 5KXXA 1GF7A 2D4KA 1C45A 1JSFA 1C7PA 2YBIA 3D3DA 4UWUA 1XGPC 1CKHA 1BB5A 1QTKA 1FKVA 1WVVA 4PGJB 3B0OA 3B72A 1GF0A 1B5YA 4HTNA 1LZBA 4R0FA 4WM5A 5LAGA 2ZIKA 1IR8A 2IHLA 4II8A 5FELA 4KT3A 4DD7A 3P68A 4HP0A 2WARA 1IP3A 2BQOA 3AGHA 5LVJA 1EL1A 4H9CA 2G4QA 2H9KA 5I5QA 4CHXA 3A92A 1N4FA 1UUZC 1D0MA 4XJIA 4BAFA 5J7CA 3CT0A 3K3TA 4EOFA 9LYZA 1CKGA 1LJ4A 1WQMA 1CJ8A 1QSWA 1JKCA 1FLYA 3A6CY 1CKCA 1LJGA 4NWHA 1V7SA 1NMMA 1HMKA 1YKYX 1JUGA 2BQKA 4GLAA 3QNGA 153LA 2BQIA 4TTDA 3A96A 5KXLA 1LJEA 1IORA 2C8OA 2H5ZA 4GCFA 4LZTA 1LHKA 3WXUA 4NGLA 4TSBA 1GE3A 2W1MA 1IWXA 4XJHA 1G7JC 3QY4A 1IC4Y 2LZ2A 3FI7A 4LYCA 4WO9A 1JPOA 1CJ7A 1LHJA 5IDDA 1UIFA 3N9EA 5KXPA 1GB2A 1B5WA 1C46A 1UIGA 1C10A 1YROA 2CDSA 1ZMYL 2YVBA 3GXRA 4HSFA 3WYHA 5KXMA 2MEEA 4HTKA 5DN5A 1IVMA 1LHLA 4DC4A 1LPIA 1KIQC 2DBTA 1LSFA 1HENA 1YQVY 1OUFA 1JKAA 1LMCA 5HMJA 5LXWA 1GE4A 4OW1A 4NG8A 1PS5A 4FDYA 1H6MA 3ULRA 1BB7A 1OUIA 2PC2A 5JENB 4WLXA 4LGKA 1DQJC 4PHIA 4YF2A 1YAMA 1GFTA 1LZTA 4H93A 3AZ7A 4LT3A 4CFOA 4HPIA 1RCMA 3OK0A 4ET9A 4LFPA 2BQBA 2ZYPA 2Z37A 4W94A 4DD2A 1G7HC 3P65A 194LA 1LJFA 134LA 1B7QA 4LYTA 4Z98A 1LMOA 1IR7A 1IC5Y 1LZ8A 3CT1A 1D0LA 5KY1A 1GF3A 1GB0A 1AT6A 5F81A 1JWRA 1GFEA 3TXDA 1XFPL 2D6BA 5HMVA 1GBSA 3WUAA 4GN3A 5APDA 2GV0A 4B4IA 1GB9A 4IATA 4DD0A 1FDLY 1B5UA 1B9OA 2FYCA 1AZFA 2MEHA 1LKSA 2BAAA 1HFYA 3AZ4A 5F9UA 1ZV5L 1IEEA 3VWOA 1FLWA 1OUBA 1QUSA 1IP2A 3BKVA 4WL7A 3WXTA 3WW6A 4DT3A 3AW6A 1I20A 3A3QA 3WVYA 5KXTA 2Y8PA 1IWZA 5KXKA 4DDAA 4B1AA 2YDGA 4NGJA 1GE0A 2BQCA 5D5CA 3LYOA 5LYZA 1GF9A 4EMNA 4E3UA 1GFRA 5C6LA 2XTHA 1OUEA 4W96A 3TXGA 4A7DA 1LCNA 1F10A 1B5ZA 4ETCA 4BS7A 1YL0X 2CJLA 1GFAA 4GCDA 1HSWA 1SQ2L 3RNXA 2MEFA 4ZFPA 1LYZA 1LSNA 1LZNA 4WLYA 2EQLA 4WL6A 1LZ6A 2BQFA 5KJ9A 5C6IA 1FN5A 4OOTA 4H8XA 3HBHA 1UIDA 2HTXA 4HPEA 1LSCA 1GEVA 2ZILA 1GF6A 2F2NA 3LYMA 4N0JA 1GB3A 1XGQC 3P4ZA 5KKJA 4NSIA 1BWJA 5KXYA 4OWAA 1IOQA 1VEDA 1GFUA 1IOSA 4RDSA 4N1CC 2DQAA 1FKQA 3TXHA 1REXA 1GB8A 1YKZX 4G9SA 3W6CA 3LN2A 4NGZA 3HBDA 4ET8A 1EQ5A 2BQNA 1XGTC 2MECA 4NG1A 1G7LC 2Z19A 1VDSA 1GBWA 1GFGA 3J6KA 2D91A 5I4YA 3A34A 1XGRC 3LZ2A 1D6PA 2N5ZA 2YBNA 4ANRA 3W6BA 3E3DA 2D4JA 1LHIA 4NGYA 4OWEA 2EKSC 5B05A 4TX7A 5DN4A 4XJFA 1GFVA 1QUTA 2HECA 2MEDA 4N8ZA 4BAPA 4OOOA 1F6RA 1LZGA 1LJIA 2LYMA 4PJ2C 4XN6A 4MR1A 3ZEKA 5LYTA 4H9EA 2VB1A 1KXXA 1UCOA 1OUCA 1GPQC 1IR9A 3QE8A 1NHEA 3B0IA 4XJGA 5K7OA 5DLAA 5B1FA 4NSGA 4H91A 4H9BA 4WG1A 4OWCA 1C43A 2Z2FA 4WG7A 1JEFA 1LJ3A 4NGWA 1LYYA 1REYA 1RFPA 5LA5A 4IJ4A 1B7RA 1GB7A 2H9JA 4Z41A 1Z55A 5HLLA 1V7TA 2D4IA 1GHLA 1J1PY 1QTEA 208LA 2DQEY 2HEBA 1BHZA 4D9ZA 2W1LA 1UIBA 1JTTL 1GXXA 132LA 2IFFY 4LYMA 1IWWA 2DQFC 4XJBA 3N9AA 4HV2A 5LIOA 1I56A 1DXJA 2DQCY 3MGWA 5I53A 5F16A 1QQYA 1LZ4A 1LMPA 4Z3MA 4TUNA 1B7NA 5EBHA 1LZ5A 1LMTA 2BPUA 1DKKA 1KIPC 2NWDX 4RW2A 1NDGC 5B1GA 5HNLA 3WU8A 2DKVA 135LA 4H90A 1IWVA 1ZVHL 4H1PA 4HJZA 3TXKA 2W1YA 1NF5A 4RLMA 1EQ4A 1GDXA 1LOZA 4GCBA 1RI8B 5LA8A 1NWGA 5LVGA 1UACY 1LZDA 4QDNA 3A91A 5DM9A 1LZ1A 5D5FA 5IHGA 3BKHA 1DI4A 1OUDA 4DYGA 3RT5X 3N9CA 1JJ0A 4MSTA 1B7LA 2LYOA 1YANA 1VDPA 1BWIA 1JSEA 1QDRA 1VFBC 4G4HA 4H9FA 1VAUA 5A3EA 4PRUA 1HMLA 4KPMA 3SP3A 4DD1A 1I1ZA 1BWHA 2ZWBA 3A3RX 5APEA 3G3AB 1OUAA 3RW8A 1B5XA 1CNSA 1LYOA 1WQNA 4L41A 1UIHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYIA 1C6FA 1CJ6A 4WOAA 2OU8A 1BB4A 2ZNWY 4CGEA 4O34A 3LZTA 3EMLA 3DN6A 3NY8A 255LA 2RBOA 4NGKA 1AKIA 4H9HA 155LA 2B6ZA 2G4NA 4C3WA 2YSSC 1A2YC 3ATNA 3FI5A 5LVHA 3HBEX 1L66A 4GN4A 1L87A 1REMA 1L16A 3WPLA 1GFKA 250LA 7LZMA 1D6QA 4YENA 1UIEA 3DMZA 2NTHA 3B6LA 4I7PA 5LAFA 4B4JA 4W56A 2XBRA 1HFZA 4EPIA 2OTZX 5ILFA 3HUKA 1L75A 200LA 4N1EI 4OWBA 3ATOA 1VDQA 1DPXA 3GUIA 2C8PA 3EO5A 3SN6R 2YBMA 5L3HA 2BQLA 1LJJA 5KKIA 4NFVA 4H8YA 3AGGG 1HF4A 1LTMA 1T8AA 4NIJA 4XJDA 4CFPA 4MCKA 3A8ZA 1B0DA 1LZAA 2OE9X 4NHTA 3A95A 2RSCA 1UBZA 1BQLY 1L25A 1LGUA 5B59A 2YBHA 4ZPUA 4TWSA 1VDTA 5I14A 2LC9A 1BB3A 4W54A 3RUNA 1D3FA 1CKDA 1FLQA 1QTHA 1LZYA 1XEJA 1HERA 3CDQA 5LVKA 1W6ZA 1QSAA 3K2RA 1GD6A 2XQOA 1K28A 4DDBA 4W57A 1RJCB 163LA 1L45A 2ZQ4A 1QIOA 1IOTA 5II3A 1HSXA 125LA 1CV1A 3DN4A 3V2YA 1L41A 5FSTA 4WO6A 4H8ZA 1L64A 4EKSA 4GLVA 1JTPL 2EPEA 4NHSA 2HEEA 1GDWA 4GN5C 1L68A 230LA 4ZEEA 3WL2A 162LA 2CWIA 1L35A 4DD9A 4HTQA 1IOCA 3HT6A 1YL1X 4FJRA 4NHPA 1HELA 1J1OY 4OWHA 1OVHA 1LJKA 3SB5A 3WPKA 182LA 3WPJA 166LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I25 L;  2X0A A;  1CJ6 A;  193L A;  1CJ9 A;  1ZVY B;  4WOA A;  2W1X A;  1NBY C;  3LYT A;  3A93 A;  4LFX A;  1LMQ A;  1BB4 A;  1NQI A;  1VAT A;  4DWX A;  2BQE A;  2ZNW Y;  4XYY A;  5B07 A;  4CGE A;  1IY4 A;  1UIA A;  3LZT A;  133L A;  1HEW A;  1GE1 A;  1LMA A;  3EBA B;  4O34 A;  5B06 A;  5KXN A;  5APC A;  1GBX A;  1NDM C;  4NGK A;  1AKI A;  3A94 A;  4LT1 A;  4H9H A;  2Z18 A;  3M3U A;  1YAP A;  4ETE A;  5I54 A;  5KXO A;  1T6V L;  2G4N A;  4C3W A;  4NGI A;  2YSS C;  3W6E A;  3W6D A;  1NBZ C;  1A2Y C;  2HEF A;  3ATN A;  4GCE A;  1GEZ A;  5LVH A;  3HBE X;  3TMV A;  2LYZ A;  5FHW A;  2BQJ A;  1YAQ A;  1J1X Y;  3IJV A;  4GN4 A;  5HQ1 A;  1REM A;  2HU1 A;  3WPL A;  1IC7 Y;  3W6A A;  1GFK A;  1JTO L;  1UC0 A;  4LT2 A;  1D6Q A;  1HNL A;  1IP5 A;  1HEP A;  3TMU A;  4YEN A;  2BQG A;  4H9A A;  2BQA A;  1UIE A;  2A7F A;  2MEG A;  4LT0 A;  3WW5 A;  1GWD A;  1JKD A;  8LYZ A;  3B6L A;  5F14 A;  5LAF A;  5L3I A;  5IEL A;  4B4J A;  4NSJ A;  5LYM A;  2XBR A;  2YBL A;  3W3E A;  2XBS A;  1GB6 A;  1HFZ A;  4J0L A; 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 2VB1 A;  1KXX A;  1UCO A;  1OUC A;  1GPQ C;  1IR9 A;  3QE8 A;  1NHE A;  3B0I A;  4XJG A;  5K7O A;  5DLA A;  5B1F A;  4NSG A;  4H91 A;  4H9B A;  4WG1 A;  4OWC A;  1C43 A;  2Z2F A;  4WG7 A;  1JEF A;  1LJ3 A;  4NGW A;  1LYY A;  1REY A;  1RFP A;  5LA5 A;  4IJ4 A;  1B7R A;  1GB7 A;  2H9J A;  4Z41 A;  1Z55 A;  5HLL A;  1V7T A;  2D4I A;  1GHL A;  1J1P Y;  1QTE A;  208L A;  2DQE Y;  2HEB A;  1BHZ A;  4D9Z A;  2W1L A;  1UIB A;  1JTT L;  1GXX A;  132L A;  2IFF Y;  4LYM A;  1IWW A;  2DQF C;  4XJB A;  3N9A A;  4HV2 A;  5LIO A;  1I56 A;  1DXJ A;  2DQC Y;  3MGW A;  5I53 A;  5F16 A;  1QQY A;  1LZ4 A;  1LMP A;  4Z3M A;  4TUN A;  1B7N A;  5EBH A;  1LZ5 A;  1LMT A;  2BPU A;  1DKK A;  1KIP C;  2NWD X;  4RW2 A;  1NDG C;  5B1G A;  5HNL A;  3WU8 A;  2DKV A;  135L A;  4H90 A;  1IWV A;  1ZVH L;  4H1P A;  4HJZ A;  3TXK A;  2W1Y A;  1NF5 A;  4RLM A;  1EQ4 A;  1GDX A;  1LOZ A;  4GCB A;  1RI8 B;  5LA8 A;  1NWG A;  5LVG A;  1UAC Y;  1LZD A;  4QDN A;  3A91 A;  5DM9 A;  1LZ1 A;  5D5F A;  5IHG A;  3BKH A;  1DI4 A;  1OUD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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