3EBAB

Cabhul6 fglw mutant (humanized) in complex with human lysozyme
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title General Strategy to Humanize a Camelid Single-domain Antibody and Identification of a Universal Humanized Nanobody Scaffold
pubmed doi rcsb
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Camelus dromedarius
molecule keywords CAbHul6
total genus 39
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ebaB00
1G7JC 4CFPA 3A94A 1LZEA 1BWHA 4CGEA 1D9UA 3J4GA 4KT3A 4CFOA 4HJVA 1JKBA 5E4PA 4HPEA 3EBAB 2FYDA 2HEAA 3SP3A 2A7DA 5LVHA 1XGQC 4HSFA 3E3DA 2DQFC 1I20A 5HMJA 4UWUA 1BVXA 1QUSA 4R6CA 4RDSA 5LAGA 1HNLA 2F4AA 1IP4A 3WVYA 1GFKA 1WQOA 4WM5A 3ATNA 4NGVA 1CKCA 1JKCA 1JWRA 4Z41A 1LZ8A 4E3UA 2MEFA 1GF0A 5FCPA 5APFA 1LHMA 1B5ZA 4N1EI 1LZGA 1BB4A 2F4GA 4G4HA 5C6IA 153LA 2ZIJA 2BAAA 5C6JA 2HEEA 2MEGA 2X0AA 5B1GA 3TXGA 4NY5A 3W6FA 1NHEA 1OUHA 2AUBA 1LZNA 1LMOA 1OQMA 2BQIA 1E8LA 3WH1A 2Z19A 208LA 3F6ZA 4NGWA 1LMAA 2LHMA 3G3BB 3P66A 1SQ2L 1IOQA 3K3TA 3B72A 4WM2A 5DM9A 4LT2A 4H9FA 1GEZA 2Z2EA 4J7VA 1BB3A 1GDXA 1BHZA 5KJ9A 1F0WA 1WQRA 4H9HA 1B5UA 1IWZA 1LJHA 4XJFA 5LVIA 1IC7Y 1G7LC 1G7HC 4NHIA 1HMKA 2Z38A 1HC0A 1FLWA 1B7PA 3A3RX 3P64A 2YBNA 4WMGA 1I56A 1HEWA 4NGYA 4NHQA 4WM4A 1GF6A 1LZ9A 3EO5A 5A3ZA 2FBDA 3HFMY 4XJDA 1I1ZA 1LMCA 2LYOA 5L9JA 2MEHA 5KKJA 3BKVA 5B07A 1FLQA 1B7SA 2D6BA 1IVMA 1LAAA 1IX0A 1TCYA 4ZIXA 1BWJA 4XN6A 5L3HA 1VAUA 2YSSC 1B5YA 4LYBA 1XSFA 4WOAA 3B0IA 5B05A 5I4WA 1HEMA 4BAFA 3N9CA 4NG1A 1GE0A 1IWYA 2C8PA 133LA 4D9ZA 1GB8A 1JPOA 1JUGA 1GFGA 1LSEA 2Q0MX 1LJJA 1UA6Y 1FDLY 1GHLA 4TTDA 3AW6A 5F9UA 3LN2A 4YEMA 2BLXA 2NWDX 2DBTA 3AJNA 4HP0A 1GE2A 1QSWA 3WYHA 4HTNA 1GWDA 1LMNA 1B7MA 4I8SA 1B7QA 1BVKC 4GN4A 5I4XA 2H9JA 4IJ4A 1NDGC 3WUMA 2D4KA 5F16A 1DI4A 2HEBA 1YL0X 2HTXA 3CT1A 4WO9A 5DLAA 1JSEA 4RLNA 3WXUA 5I4YA 5L3IA 1VFBC 1RJCB 1XEKA 3M3UA 1HFZA 1RCMA 2XTHA 2YBMA 1C10A 1LHHA 3QNGA 5FELA 3TMWA 1HF4A 1NBYC 5KXOA 1REMA 1DQJC 2I26L 1WQMA 5KXLA 4J1BA 3N9AA 3IWRA 3W6BA 4B4JA 7LYZA 1ZV5L 4LYMA 3B6LA 4AGAA 4H1PA 1IWTA 3GXRA 1IR9A 2EPEA 1XGPC 4NHSA 3ZEKA 1LZ5A 1GFEA 3TXJA 4WM1A 5II3A 3QY4A 3OK0A 1YAQA 1CKDA 1JJ3A 1VATA 4BADA 1P2CC 4DD2A 2DQCY 1LZDA 2I25L 4M6DA 1FBIX 1N4FA 4CJ2A 1LSNA 2BQBA 1G7IC 1LMQA 2LYMA 1VDPA 1QTEA 1JITA 2EQLA 4WLDA 4WLXA 5KXXA 2D91A 4HJZA 1REYA 3A6CY 4NSHA 1F10A 5KXRA 2BLYA 3A93A 1A4VA 3WU8A 1BGIA 1IC4Y 1KIPC 1HMLA 2LZ2A 4H9EA 3GXKA 4GCDA 135LA 4H8ZA 4BAPA 1G7MC 1LHJA 1GEVA 1OP9B 2W1MA 1BWIA 3WUNA 2PC2A 1VDQA 4WM6A 1F6SA 3HBEX 1GE1A 5HMVA 1GB0A 2A7FA 5KXKA 1AKIA 1W08A 4MR1A 4WG1A 4DD1A 4YF2A 4ZEEA 5F14A 3B0KA 3P68A 3WMKA 1XEIA 2BQLA 4QGZA 1TBYA 1GFTA 4YENA 3CB7A 1QDTA 1JHLA 1GFJA 4HTKA 4BS7A 1TAYA 1UUZC 1C7PA 4GCBA 1UIHA 1UACY 4DDCA 2YBIA 5I54A 5IELA 3D9AC 5JENB 2HU1A 1UIEA 1IO5A 1LSPA 1GFAA 1UIAA 1YIKA 2DKVA 4G4BA 4II8A 5LAFA 2IFFY 1GB9A 5FDJA 3J6KA 1LTMA 4XJBA 4NHPA 4IASA 1IP7A 5AMYA 2YBHA 1QQYA 1DPXA 3LYZA 3RU5A 4MCKA 4B4EA 4OOTA 1LYZA 2BQJA 1IWUA 1C45A 1CJ9A 1OUJA 4H94A 3RW8A 4B1AA 1CNSA 4Z98A 1KXYA 1TEWA 5B59A 4NSIA 1IY3A 4HJYA 3LYTA 1LZ6A 2BQHA 1RI8B 5IHGA 4HV2A 4H9IA 1IC5Y 3W3EA 1NF5A 3WW5A 4A7DA 5KXTA 2Y8PA 2Z12A 3A8ZA 1GB6A 5APCA 3AGIA 4XJGA 2WARA 1XGTC 3LZ2A 1VEDA 3AZ6A 3RT5X 1A2YC 4GN3A 5KXYA 1IWXA 1YKZX 1GBXA 3LYOA 4UWVA 193LA 1HEQA 1UIFA 4ML7A 3TMXA 5FEKA 1VDTA 4N9RA 5D5CA 1OUAA 4NG8A 1IR7A 3TXFA 5LVJA 3AW7A 4NIJA 1IWWA 1QDRA 1MELL 1LJ3A 1IEEA 1WTMA 2H9KA 1RE2A 1EQEA 3MGWA 4C3WA 1LSGA 1GFRA 1WQQA 4HV1A 4DD9A 4PRUA 2HEFA 3A3QA 154LA 1QUTA 4H9BA 1YAPA 3QE8A 5M1YA 2XBSA 134LA 3CSRA 6LYTA 1HSWA 1GF7A 1NQIA 1Z55A 4OWEA 3WPKA 3CSZA 2BQEA 2IHLA 3KAMA 1LZYA 1KXXA 1HERA 2MECA 1LZRA 4ETAA 1LZ4A 1ZMYL 2HEDA 2XBRA 2YDGA 1DKJA 1WQPA 1IP6A 3A90A 1YKXX 1JKDA 5ILFA 4GLVA 1ALCA 4QDNA 5HNCA 1UC0A 4Z46A 1B7RA 4WM3A 2D4JA 4YEOA 1B7LA 1HELA 4NGIA 3AGHA 1GB3A 3EXDA 1LSBA 1PS5A 1REZA 1MLCE 4WL6A 1QTKA 4LYZA 1UIBA 4XYYA 1LJ4A 4FJRA 3CSQA 4RW1A 1EQ5A 1LSCA 4KXIA 5HLLA 1EQ4A 1NMMA 1AZFA 1T3PA 4NSGA 4OWCA 4DD0A 4NSJA 1JSFA 4LGKA 2BQGA 2Z2FA 1BB5A 4H9CA 4LT1A 4NGLA 1B7NA 2DQDY 3W6CA 1OUDA 4PPOA 1XGRC 2ZNWY 5F81A 3AYQA 1T6VL 1GPQC 1QIOA 4NWEA 1LJFA 5T3FA 1YANA 3W6EA 1HFXA 4LYCA 4B49A 2FBBA 3FE0A 5K7OA 2LYZA 3P65A 4ET9A 4L41A 1BB6A 2C8OA 1FLYA 3RNXA 1GFUA 4DDAA 1CJ6A 1IP3A 1GBSA 2RSCA 4UWNA 1CKFA 1UICA 1KXWA 4G4CA 4XADA 1LSFA 2ZQ4A 1LJEA 4ETBA 3A6BY 4GCEA 4H8YA 3WXTA 1GF5A 2ZWBA 1J1XY 1LSYA 1INUA 2ZNXY 2DQJY 1IP5A 3HBHA 4EOFA 3W6AA 1LKSA 5LINA 1GF3A 1QSAA 1IOTA 3T6UA 3WULA 4DD7A 1UCOA 4LFPA 4WLTA 3WUAA 1UIGA 1C08C 1H6MA 1WTNA 1GB7A 4W94A 1AT6A 1XFPL 5D5FA 5DN4A 1NKHA 1BB7A 4H90A 4WO6A 5A3EA 3D3DA 5ILCA 1LSZA 2BQAA 1CJ7A 1JKAA 1HFYA 4LFXA 1LZSA 1F6RA 4AXTA 4I0CA 4NEBA 1H87A 1D0LA 2DQHY 1JJ1A 1GFVA 3WVXA 1JIYA 1YL1X 1KIQC 3G3AB 5APEA 3T36A 4DC4A 2HUBA 2BQFA 1D6PA 1OUCA 1JJ0A 4TSCA 1IWVA 1GF4A 3LHMA 4NFVA 1C46A 2YBJA 5LA8A 4DYGA 1LHLA 2VB1A 4DDBA 4DT3A 3TXDA 1IOCA 1J1PY 1GB5A 1AM7A 4FDYA 4HPIA 1GD6A 1LKRA 1IR8A 2MEEA 5E9RA 4QY9A 2Z39A 4G49A 5B06A 1HSXA 3W6DA 4OW1A 4LT3A 4LZTA 4B0DA 1GF9A 5HNLA 3RZ4A 4J1AA 1B5VA 3CT5A 1YQVY 4OWAA 1UIDA 2B5ZA 1CKHA 2BQMA 4N0JA 4OWHA 2MEAA 3WU7A 132LA 1GBZA 3WPLA 4QEQA 1D0KA 1GXV2 1IOSA 2ZYPA 3TXBA 2EIZC 4ETDA 5LYMA 4TWSA 3TXIA 1LSDA 1BQLY 4LT0A 4P2EA 4WL7A 1GBYA 1REXA 1WVVA 1LZBA 2G4NA 4R0FA 4ZFPA 4N8ZA 1HEOA 3LYMA 5LIOA 1B0DA 1AT5A 1DKKA 1OUGA 2W1YA 207LA 3AB6A 2H5ZA 1B5WA 1CJ8A 1YKYX 5LYZA 4NHTA 1LJKA 2Z18A 1LJIA 1SLYA 5DL9A 5LVGA 1GE3A 2N5ZA 1J1OY 3AZ7A 4RW2A 5LVKA 4CHXA 3CT0A 4GCFA 4H93A 2GV0A 4MSTA 1LYYA 4LYTA 3WW6A 4X3BA 1GF8A 1NBZC 5KXMA 2YBLA 5I5QA 1VDSA 4KL7A 4PRQA 1LSAA 1B2KA 5F9XA 1DZBX 1IY4A 4G9SA 1JEFA 1LCNA 1IORA 1LZCA 1PZYA 1OUBA 4W96A 2HU3A 4N5RA 8LYZA 6LYZA 4EMNA 1GBOA 1LJGA 2BQDA 2D4IA 4RLMA 4NGJA 4GN5C 9LYZA 3LZTA 1DI5A 1GE4A 4IATA 2ZQ3A 1DI3A 3TMUA 1C43A 1DPWA 4WLYA 4XJHA 5J7CA 1D6QA 2ZILA 1FLUA 1GXXA 3A95A 3TXKA 1GFHA 1NDMC 1B9OA 4KPMA 5EBHA 5APDA 2BQKA 2CJLA 5KXWA 2CWIA 4H9AA 1OUFA 5FSTA 3AGGG 5IDDA 4GCCA 5C6LA 4GLAA 4ETEA 1LOZA 4TX7A 2F2NA 5FHWA 2F30A 3AZ4A 1XGUC 2G4PA 4HTQA 1V7TA 4J0LA 5KXSA 1LZAA 1B5XA 1FKVA 4NGZA 5LXWA 1HENA 2CDSA 1NWGA 3B0OA 3CQLA 4YOPA 4TUNA 1JISA 1YAOA 2YVBA 2BQNA 4O34A 4ET8A 2LZTA 1KIRC 2HECA 3A34A 5LYTA 1B7OA 1IIZA 3IJUA 1DXJA 1LYOA 2G4QA 3TXEA 1ZVYB 3HBDA 4H91A 3P4ZA 2I6ZA 5KXPA 4N1CC 1D0MA 4H8XA 1GAYA 1YROA 3A67Y 1FN5A 3ZVQB 4ANRA 3EMSA 1OUEA 3N9EA 4U3XB 4ETCA 1LYSA 4PJ2C 1YAMA 194LA 5KKIA 1LJNA 1O23A 4DWXA 2DQGY 1EL1A 1JTTL 4NGKA 3BKHA 3ATOA 1HHLA 3ZVQA 4WG7A 1FKQA 2DQAA 4PGJB 2MEDA 4C5FA 4TSBA 5DN5A 2FYCA 4M4OA 2ZIKA 3A96A 3TMVA 1GDWA 4YM8A 2EKSC 1LHIA 5KXNA 1JTOL 3OJPA 1GAZA 3AZ5A 2MEIA 3WL2A 1HEPA 1IP2A 2DQIY 2W1XA 3WPJA 4DD3A 3IJVA 1V7SA 1RFPA 2W1LA 1LHKA 1TDYA 4PHIA 1LZ1A 2BQCA 2DQEY 1ZVHL 4NGOA 1XEJA 5KXZA 4OWBA 3TXHA 1LMTA 3M18B 1UBZA 1IP1A 2BQOA 5HQ1A 3A91A 3ULRA 1LSMA 3WU9A 4OOOA 4B4IA 1CKGA 4NWHA 4H92A 5I53A 3FI7A 2BPUA 5B1FA 5KY1A 3A92A 3VWOA 4Z3MA 5LA5A 1LMPA 1WQNA 2CGIA 1JTPL 1YILA 1OUIA 1LPIA 4LYOA 4XENA 1GBWA 2XJWA 2MEBA 2Z37A 1GB2A 1W6ZA 4XJIA 1LZTA 1WVUA 2ZYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGEA 4I7MA 1D9UA 4HPEA 3EBAB 3FA0A 2HEAA 151LA 1L41A 225LA 2HULA 1I20A 5LAGA 1HNLA 1IP4A 2Q9DA 1CKCA 1JWRA 1L0KA 1LZ8A 122LA 2MEFA 3SB6A 4N1EI 1LZGA 2BAAA 2HEEA 2B6TA 1L18A 237LA 1LZNA 241LA 3L2XA 2Z19A 4NGWA 3G3BB 3K3TA 4WM2A 5DM9A 181LA 250LA 1ZURA 1WQRA 7LZMA 1LJHA 1IC7Y 3HDEA 126LA 4EKRA 4NHQA 182LA 4NGYA 1GF6A 2MEHA 5B07A 1B7SA 1IX0A 4ZIXA 1BWJA 3GUPA 3B0IA 3N9CA 1L66A 1GB8A 1JPOA 1JUGA 2Q0MX 1LJJA 1UA6Y 1FDLY 3LN2A 3AJNA 2DBTA 1GE2A 1DYGA 1L63A 4ARMB 1L29A 1L56A 1CV3A 191LA 1L34A 2H9JA 5F16A 2HEBA 4ARMA 5I4YA 1C6FA 1XEKA 1HFZA 2XTHA 1C10A 130LA 3TMWA 1HF4A 2O7AA 5KXOA 3CDOA 1REMA 253LA 1DQJC 2I26L 3N9AA 4ARJA 3FADA 3GXRA 2RBQA 1IR9A 4NHSA 3OK0A 4BADA 3VW7A 2DQCY 1G7IC 2Z6BA 144LA 123LA 1L17A 4HJZA 1REYA 3A6CY 2CUUA 3WU8A 1HMLA 4H9EA 1OV7A 2RB2X 4GCDA 1LWGA 1LHJA 2W1MA 2PC2A 1P36A 1VDQA 1L13A 1F6SA 1GE1A 1L14A 5KXKA 3B0KA 4QGZA 1QT4A 3CB7A 230LA 185LA 1L94A 4PK0A 2YBIA 5IELA 1YIKA 2DKVA 5LAFA 1C62A 4IASA 4MCKA 1LYZA 1CJ9A 1OUJA 1LYIA 3SB7A 2BQHA 3W3EA 1NF5A 1C6IA 3AGIA 149LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G7J C;  4CFP A;  3A94 A;  1LZE A;  1BWH A;  4CGE A;  1D9U A;  3J4G A;  4KT3 A;  4CFO A;  4HJV A;  1JKB A;  5E4P A;  4HPE A;  3EBA B;  2FYD A;  2HEA A;  3SP3 A;  2A7D A;  5LVH A;  1XGQ C;  4HSF A;  3E3D A;  2DQF C;  1I20 A;  5HMJ A;  4UWU A;  1BVX A;  1QUS A;  4R6C A;  4RDS A;  5LAG A;  1HNL A;  2F4A A;  1IP4 A;  3WVY A;  1GFK A;  1WQO A;  4WM5 A;  3ATN A;  4NGV A;  1CKC A;  1JKC A;  1JWR A;  4Z41 A;  1LZ8 A;  4E3U A;  2MEF A;  1GF0 A;  5FCP A;  5APF A;  1LHM A;  1B5Z A;  4N1E I;  1LZG A;  1BB4 A;  2F4G A;  4G4H A;  5C6I A;  153L A;  2ZIJ A;  2BAA A;  5C6J A;  2HEE A;  2MEG A;  2X0A A;  5B1G A;  3TXG A;  4NY5 A;  3W6F A;  1NHE A;  1OUH A;  2AUB A;  1LZN A;  1LMO A;  1OQM A;  2BQI A;  1E8L A;  3WH1 A;  2Z19 A;  208L A;  3F6Z A;  4NGW A;  1LMA A;  2LHM A;  3G3B B;  3P66 A;  1SQ2 L;  1IOQ A;  3K3T A;  3B72 A;  4WM2 A;  5DM9 A;  4LT2 A;  4H9F A;  1GEZ A;  2Z2E A;  4J7V A;  1BB3 A;  1GDX A;  1BHZ A;  5KJ9 A;  1F0W A;  1WQR A;  4H9H A;  1B5U A;  1IWZ A;  1LJH A;  4XJF A;  5LVI A;  1IC7 Y;  1G7L C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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 2DQC Y;  1G7I C;  2Z6B A;  144L A;  123L A;  1L17 A;  4HJZ A;  1REY A;  3A6C Y;  2CUU A;  3WU8 A;  1HML A;  4H9E A;  1OV7 A;  2RB2 X;  4GCD A;  1LWG A;  1LHJ A;  2W1M A;  2PC2 A;  1P36 A;  1VDQ A;  1L13 A;  1F6S A;  1GE1 A;  1L14 A;  5KXK A;  3B0K A;  4QGZ A;  1QT4 A;  3CB7 A;  230L A;  185L A;  1L94 A;  4PK0 A;  2YBI A;  5IEL A;  1YIK A;  2DKV A;  5LAF A;  1C62 A;  4IAS A;  4MCK A;  1LYZ A;  1CJ9 A;  1OUJ A;  1LYI A;  3SB7 A;  2BQH A;  3W3E A;  1NF5 A;  1C6I A;  3AGI A;  149L A;  1L47 A;  3AZ6 A;  5KXY A;  1L60 A;  1YKZ X;  4UWV A;  4DQ5 A;  1L69 A;  2HUM A;  3TMX A;  1OUA A;  256L A;  4NIJ A;  1MEL L;  1LSG A;  4DD9 A;  1QUT A;  4ARP A;  3SB8 A;  171L A;  129L A;  1KXX A;  1T8A A;  1LZR A;  2XBR A;  1YKX X;  5HNC A;  1UC0 A;  4YEO A;  1L31 A;  142L A;  4NGI A;  3EXD A;  1L04 A;  1UIB A;  195L A;  1L95 A;  4RW1 A;  4KXI A;  3SB5 A;  1NMM A;  1TLA A;  4NSG A;  4OWC A;  2ANX A;  1P64 A;  2BQG A;  2Z2F A;  1B7N A;  2ZNW Y;  1T6V L;  5T3F A;  4B49 A;  2C8O A;  4DDA A;  3F8V A;  1CKF A;  1UIC A; 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