3LYMA

Crystal structure of hen egg-white lysozyme at a hydrostatic pressure of 1000 atmospheres
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Crystal structure of hen egg-white lysozyme at a hydrostatic pressure of 1000 atmospheres.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1987-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3lymA00
2BPUA 1LMPA 1C43A 1WTNA 1UICA 3A91A 1HENA 1CJ9A 5KXXA 4B4IA 1JTTL 1EQ5A 3CSZA 6LYTA 5II3A 1IIZA 1LMTA 1LSAA 1OQMA 1HNLA 1OUCA 2W1LA 4WLTA 1IR7A 1DI4A 3MGWA 5FDJA 3A6CY 4WLDA 1LYYA 3A90A 3W6EA 4OWCA 132LA 1W6ZA 3WVYA 1XGQC 2C8PA 5J7CA 1A4VA 1B7NA 2HECA 1G7LC 1HELA 1WQQA 1G7HC 3W6FA 3WPJA 2MEDA 1IR8A 3QY4A 1LMOA 4GLAA 4H9EA 2LYZA 1IWVA 2EQLA 4HJYA 2YBHA 1B7RA 2Z2EA 4DD1A 4OW1A 4IASA 1V7SA 1BHZA 1EL1A 1UC0A 2FBDA 4H94A 1GE4A 4NIJA 1QIOA 2YBLA 4NG1A 1UBZA 1RFPA 4H9HA 4PJ2C 4WO6A 3HBHA 5APFA 1YKZX 1HSXA 1IP1A 3WU8A 1GF7A 1GF3A 1ZMYL 2DBTA 2XBRA 3VWOA 3LYOA 3WPKA 1IWYA 2F30A 4NWEA 3ULRA 3P4ZA 3QNGA 3LYTA 3ZVQB 4ZIXA 1I56A 1ALCA 2ZNWY 1O23A 1IR9A 5E4PA 2EPEA 2B5ZA 4WOAA 1LSCA 4ETBA 1IOQA 1GFTA 4LZTA 4L41A 3IWRA 4PRQA 1CKHA 1AZFA 2Z18A 1LSPA 1FKVA 4PHIA 1GB2A 1LZSA 3AW7A 1JEFA 2CGIA 3RT5X 3TXGA 1LZDA 4J1BA 1B5UA 1FKQA 5AMYA 2I6ZA 1GB6A 5LYMA 4UWNA 1YAOA 4NGWA 3A34A 3TMXA 3B0KA 5M1YA 4LT3A 1LHIA 1LSNA 4DDCA 3TMWA 1LSFA 4M4OA 1LJ4A 4NGKA 4G4HA 3OJPA 4A7DA 4ML7A 5LIOA 1T6VL 1UUZC 2HEAA 1HMKA 1FLUA 3T36A 1VDSA 1IOTA 4GLVA 1JKBA 2XTHA 2DQAA 4LT1A 5D5CA 2AUBA 4OWHA 2Z12A 5DN5A 5HMJA 1BGIA 2G4NA 1CJ6A 1T3PA 1AM7A 1IWUA 1XGUC 4GCDA 4H8XA 4HTQA 4YENA 1LJKA 1SQ2L 2YDGA 1QUSA 3WULA 4DD7A 4DYGA 4HJVA 1IP2A 1GE0A 1VFBC 133LA 5HNLA 1DPWA 4ETDA 4XENA 1PZYA 1DKKA 2ZWBA 3SP3A 1NBZC 3A92A 4PRUA 4QY9A 3RZ4A 1LZYA 4FJRA 3LYMA 2D4JA 3N9AA 4IJ4A 4QGZA 4XADA 2DQEY 1GB0A 3W6CA 4TTDA 4DDAA 4WG1A 5KXYA 5F81A 5I4YA 1GFVA 1LHKA 1Z55A 1HEWA 2LYMA 1GWDA 1DZBX 1OUBA 1RCMA 1UIGA 1NDMC 4II8A 4CFOA 4DWXA 5I4WA 1UIFA 208LA 1BWHA 2HU3A 2N5ZA 5DLAA 4YF2A 1LZ8A 1LHLA 2FBBA 3K3TA 1NMMA 4KL7A 3WW6A 2D6BA 1A2YC 3N9CA 1B7OA 4PGJB 1GD6A 1OUEA 5KY1A 2Z2FA 5E9RA 3M3UA 1BWIA 2ZQ3A 1FBIX 3OK0A 4TWSA 3WYHA 4DT3A 4NG8A 3B0OA 4ANRA 1OUAA 1GE2A 2C8OA 4DD3A 1LSDA 5A3EA 3WUAA 5D5FA 1UIBA 1JISA 1BQLY 1HEQA 1KIPC 1D0LA 1WQPA 1REYA 5IHGA 4J7VA 1G7IC 1LMCA 1IY4A 1OUDA 1JITA 5FCPA 1B5ZA 2LZ2A 4XJHA 1LJJA 1D0KA 1OUFA 1XGRC 2ZYPA 1B9OA 4W94A 1JTPL 1ZV5L 4LYMA 1OUGA 1YIKA 1N4FA 4MR1A 5I5QA 4AXTA 4NHSA 1P2CC 4TUNA 5LA5A 4H93A 5I53A 2H9JA 2LHMA 4ET9A 1HMLA 4H91A 1JTOL 2BLYA 6LYZA 3EBAB 4WLYA 2LYOA 2G4QA 3EO5A 4LYBA 2BQOA 4OOTA 1LZEA 4OWEA 4Z3MA 1GFEA 2Q0MX 1LSYA 3AJNA 3FI7A 3A94A 1GFRA 4G9SA 4N5RA 2DQCY 1QTEA 1GF8A 4WO9A 4OWBA 1DI3A 1VDTA 3AZ4A 1BVKC 3TXDA 1LJHA 1AT6A 1RJCB 1HF4A 4H9BA 5KXPA 5LVKA 5HMVA 4NY5A 4H1PA 1UCOA 3TMUA 2BQDA 3QE8A 5HQ1A 3FE0A 1OP9B 3AGGG 2BQIA 9LYZA 4LT0A 5KXKA 1TEWA 2MECA 1B7LA 5ILCA 4EMNA 1F0WA 5C6IA 4G4CA 2D91A 4RW2A 4Z46A 1B5YA 1QDRA 1XSFA 4GN5C 4OWAA 4NSHA 1QUTA 1GPQC 1LZNA 1LAAA 4H92A 1GFHA 5F9UA 4LFPA 4HV1A 3G3AB 1IOCA 1HFZA 2DQDY 3EMSA 4NHTA 1LYOA 1OUJA 3LYZA 1AT5A 2G4PA 4B4EA 3D9AC 1LJNA 1WVUA 3F6ZA 5KXTA 1YL0X 4HTNA 2HEEA 1INUA 1IY3A 1GBZA 3WUMA 154LA 1XGTC 2BQMA 3BKVA 2D4IA 2YBMA 1KXWA 4G4BA 4LFXA 1IC5Y 2DQGY 4PPOA 1HHLA 1LYZA 4N1EI 4KPMA 3WL2A 4Z41A 1I1ZA 2ZNXY 5LINA 4ZFPA 1GAZA 1GF6A 2LZTA 5B1FA 4M6DA 3IJVA 1JHLA 1LZGA 1B5WA 5LXWA 3N9EA 2YBIA 1LSGA 3A67Y 2YVBA 3AW6A 1XEJA 3HBDA 3TMVA 3A8ZA 4NFVA 4WL6A 5LYTA 1YANA 1GF0A 3TXKA 1LKSA 3P66A 5KXLA 2I25L 1E8LA 4RW1A 1LZ9A 1LZ6A 4ZEEA 2BQLA 2MEEA 3J4GA 1HEOA 134LA 4H8ZA 2CDSA 4NSGA 2BQGA 5IDDA 2MEHA 1LZTA 2FYCA 1BWJA 4B0DA 1JIYA 1LSBA 1IP6A 1GAYA 2ZILA 1GEZA 3RW8A 4BAFA 1LJEA 1IP4A 5ILFA 4TSBA 2BAAA 1UIHA 4DC4A 4D9ZA 3B72A 1IWTA 1V7TA 1HFYA 5I4XA 1VEDA 2IHLA 4MCKA 1GB7A 2W1YA 3E3DA 4NGYA 4XJDA 3W3EA 3WPLA 5C6LA 3HFMY 3LZTA 4NHIA 5KJ9A 4WM3A 2EKSC 3WXUA 4RLNA 4OOOA 1LZCA 2MEGA 1IX0A 2Z39A 1KXXA 4HJZA 4XJGA 1D6QA 1LHHA 2A7FA 3W6DA 5KKJA 2HTXA 4N9RA 1D6PA 1G7MC 1GF9A 1IORA 1GB3A 1IEEA 5KXOA 3M18B 1GB8A 1MLCE 1QDTA 4WLXA 5L9JA 4WM1A 3WVXA 1IC4Y 1XFPL 1CKFA 1IVMA 1C7PA 4NGVA 5EBHA 1LHMA 1WQOA 3A93A 4NWHA 1QQYA 2CJLA 5B06A 4BAPA 5T3FA 8LYZA 1J1PY 2BQKA 5F16A 3AYQA 2RSCA 2I26L 2MEIA 5LVIA 1YAPA 2HEDA 4J1AA 1CKCA 2BLXA 1C08C 1XEKA 2DQJY 1JKAA 4LGKA 1B7MA 1NDGC 2WARA 3LN2A 4DD0A 1J1XY 4WL7A 4BADA 1LPIA 3A3RX 4H9AA 2BQCA 194LA 1LMNA 1CJ8A 2Z37A 4YEMA 1JWRA 1VATA 4B1AA 1UIAA 4CJ2A 1BB4A 1LJIA 4B49A 4DD9A 3HBEX 2A7DA 5C6JA 4WMGA 1J1OY 1JPOA 4YEOA 5FSTA 1YL1X 1B7QA 1FDLY 1HEMA 2CWIA 4GCCA 1LMQA 4C3WA 2FYDA 1AKIA 3AZ7A 4LYOA 1H6MA 5LA8A 4H90A 3CT0A 1GBXA 4NSJA 2BQNA 3ZVQA 1WQMA 4XJIA 4ETCA 3A3QA 1GBSA 2BQBA 1NWGA 5L3IA 1LHJA 1GE1A 4R6CA 2H5ZA 4N0JA 1GXXA 4NEBA 4NHPA 4N1CC 1LZRA 3A96A 1DPXA 1LOZA 1F6RA 4NGJA 4YOPA 2BQHA 1LZAA 4CHXA 2HEBA 3P65A 4O34A 2Y8PA 2ZIJA 5I54A 4FDYA 5F14A 1IWZA 193LA 1OUHA 1HEPA 3WMKA 3WXTA 1CKGA 7LYZA 1NKHA 1IP7A 1JJ3A 4QEQA 5L3HA 1LJGA 4LT2A 4MSTA 2XBSA 4H8YA 1IC7Y 1HERA 1HSWA 3AGHA 1JSFA 1FLYA 2H9KA 1LZ4A 4H9IA 4BS7A 5LVJA 1WVVA 1C10A 4H9CA 5KXWA 4WM5A 2F2NA 1I20A 1LSMA 1GE3A 1UA6Y 3P68A 1KXYA 4AGAA 1HFXA 2MEAA 3WU7A 1B7SA 1LKRA 1YROA 5LAGA 1KIRC 1NF5A 3CSRA 3J6KA 1XGPC 1B0DA 5KXZA 2DKVA 1LSEA 5HLLA 1RE2A 1YILA 1TCYA 4GCBA 1GDXA 4NSIA 3TXEA 1FLWA 4GN3A 1GXV2 4HPEA 1YQVY 2Z19A 1JKCA 1GFKA 1UIEA 1RI8B 4NHQA 3G3BB 5KXNA 2BQFA 1CNSA 2PC2A 5F9XA 1MELL 1VDPA 4C5FA 1TBYA 1B5VA 4KT3A 5KXSA 2BQAA 4Z98A 5FELA 2GV0A 4XYYA 1LTMA 4TX7A 1GFJA 4XN6A 1D9UA 5APCA 2IFFY 5K7OA 4TSCA 1QTKA 1NBYC 1REMA 1GBOA 1ZVHL 2NWDX 2ZIKA 5LVGA 1YKYX 4WM4A 4R0FA 135LA 1ZVYB 3CSQA 1H87A 4XJBA 3TXFA 5LVHA 1G7JC 1JJ1A 1GFAA 4YM8A 1GFUA 1QSAA 1XEIA 3TXHA 4ETEA 4WM2A 2MEFA 1FN5A 1LYSA 3W6AA 1LZ1A 1IWXA 5HNCA 1GDWA 1NHEA 1GB9A 1GHLA 5IELA 1LJFA 3LHMA 1PS5A 5B1GA 1VDQA 2BQJA 1F10A 1QSWA 1GF4A 2ZQ4A 2YSSC 5B05A 2MEBA 153LA 1LJ3A 1WQRA 1LZBA 1SLYA 1EQ4A 3TXJA 2Z38A 4EOFA 5KXMA 2EIZC 4LYZA 2HUBA 1IP5A 3CQLA 1JSEA 1W08A 4WM6A 3T6UA 1NQIA 2F4AA 2XJWA 3LZ2A 4P2EA 1IO5A 1JKDA 4E3UA 3WU9A 1UIDA 1DKJA 5JENB 1WQNA 4HV2A 4NGOA 4B4JA 4HTKA 5APDA 1YAMA 4LYTA 2YBNA 1KIQC 5FEKA 1VAUA 1REXA 3A6BY 4HP0A 4W96A 4UWVA 1IOSA 3B6LA 2D4KA 4NGZA 4DD2A 4ETAA 1C45A 3RU5A 3GXRA 3P64A 3WH1A 1C46A 1BB5A 4RDSA 1BB7A 4X3BA 4G49A 5B59A 2X0AA 4GCFA 4N8ZA 4J0LA 1DXJA 4H9FA 5B07A 1GBWA 3ZEKA 2BQEA 3CB7A 4CGEA 1GFGA 2VB1A 4GCEA 1LZ5A 5DN4A 1TDYA 4DDBA 5FHWA 5DL9A 2W1MA 5KKIA 2DQFC 1IP3A 2HU1A 3AZ5A 3IJUA 5A3ZA 3BKHA 1DI5A 4HSFA 4IATA 4NGLA 4XJFA 2W1XA 3RNXA 3AGIA 3ATOA 1F6SA 4GN4A 1LCNA 3EXDA 5DM9A 4HPIA 207LA 4U3XB 3GXKA 1B2KA 1GBYA 1IWWA 5LYZA 1GF5A 1GB5A 3CT1A 3WUNA 1UACY 3W6BA 1FLQA 1CKDA 1REZA 1OUIA 3TXBA 1YAQA 2DQHY 2HEFA 1B7PA 1CJ7A 1JUGA 1TAYA 2ZYCA 3AB6A 2YBJA 4I8SA 2F4GA 3D3DA 4RLMA 3WW5A 1JJ0A 3A95A 5KXRA 1D0MA 5LAFA 4I0CA 1LSZA 4QDNA 1BB3A 3TXIA 3KAMA 2DQIY 4NGIA 4UWUA 1HC0A 1WTMA 5APEA 1DQJC 4KXIA 3CT5A 1B5XA 1BVXA 3AZ6A 4WG7A 4CFPA 1LMAA 1YKXX 3ATNA 1EQEA 1GEVA 4LYCA 1BB6A 3B0IA 4ET8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMPA 1WTNA 3CDOA 1CJ9A 5KXXA 159LA 1EQ5A 214LA 3CSZA 1L06A 1LSAA 225LA 1HNLA 1OUCA 2W1LA 4WLTA 1C6DA 1DI4A 4WLDA 4OWCA 220LA 132LA 3F8VA 2C8PA 1G7LC 4EJ4A 1WQQA 1L27A 4GLAA 1B7RA 2QARC 4IASA 1EL1A 1UC0A 2FBDA 192LA 145LA 4NG1A 4WO6A 1HSXA 1CU0A 2DBTA 1L12A 1IWYA 4NWEA 3ZVQB 3QNGA 1I56A 5E4PA 4ETBA 4WOAA 1GFTA 1L08A 1P36A 1LWKA 1LZSA 1JEFA 4J1BA 2I6ZA 4UWNA 3A34A 3GUIA 3TMXA 5M1YA 178LA 1LHIA 3TMWA 1LJ4A 149LA 4G4HA 1T6VL 1UUZC 2HEAA 160LA 1JKBA 2DQAA 4LT1A 5HMJA 1XJUA 1T3PA 4DD7A 4YENA 200LA 1DPWA 4ETDA 1PQDA 2OEAX 3SP3A 1C6IA 1LZYA 3LYMA 2D4JA 1GB0A 5F81A 1DYAA 1QTBA 1Z55A 1HEWA 1G0GA 4GBRB 1C6BA 1L70A 4YF2A 2F2QA 1LZ8A 4I7JA 4EPFA 3K3TA 4KL7A 3C7YA 3N9CA 4PGJB 2Z2FA 2L78A 2ZQ3A 4TWSA 2C8OA 3FADA 1HEQA 1G7IC 5FCPA 1LJJA 2ZYPA 2B6TA 3SB9A 1JQUA 4H93A 2H9JA 1L35A 2LHMA 3QAKA 1L20A 143LA 2OU0X 2Q0MX 1LSYA 140LA 1L38A 1GFRA 2DQCY 1VDTA 1L09A 3HDFA 1HF4A 2B72A 3TMUA 2BQDA 1C67A 123LA 234LA 4DQJA 5C6IA 195LA 4Z46A 2D91A 1QUTA 1GPQC 4YXCA 1OVKA 3DN2A 1L39A 5F9UA 4B4EA 3LYZA 1AT5A 2G4PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BPU A;  1LMP A;  1C43 A;  1WTN A;  1UIC A;  3A91 A;  1HEN A;  1CJ9 A;  5KXX A;  4B4I A;  1JTT L;  1EQ5 A;  3CSZ A;  6LYT A;  5II3 A;  1IIZ A;  1LMT A;  1LSA A;  1OQM A;  1HNL A;  1OUC A;  2W1L A;  4WLT A;  1IR7 A;  1DI4 A;  3MGW A;  5FDJ A;  3A6C Y;  4WLD A;  1LYY A;  3A90 A;  3W6E A;  4OWC A;  132L A;  1W6Z A;  3WVY A;  1XGQ C;  2C8P A;  5J7C A;  1A4V A;  1B7N A;  2HEC A;  1G7L C;  1HEL A;  1WQQ A;  1G7H C;  3W6F A;  3WPJ A;  2MED A;  1IR8 A;  3QY4 A;  1LMO A;  4GLA A;  4H9E A;  2LYZ A;  1IWV A;  2EQL A;  4HJY A;  2YBH A;  1B7R A;  2Z2E A;  4DD1 A;  4OW1 A;  4IAS A;  1V7S A;  1BHZ A;  1EL1 A;  1UC0 A;  2FBD A;  4H94 A;  1GE4 A;  4NIJ A;  1QIO A;  2YBL A;  4NG1 A;  1UBZ A;  1RFP A;  4H9H A;  4PJ2 C;  4WO6 A;  3HBH A;  5APF A;  1YKZ X;  1HSX A;  1IP1 A;  3WU8 A;  1GF7 A;  1GF3 A;  1ZMY L;  2DBT A;  2XBR A;  3VWO A;  3LYO A;  3WPK A;  1IWY A;  2F30 A;  4NWE A;  3ULR A;  3P4Z A;  3QNG A;  3LYT A;  3ZVQ B;  4ZIX A;  1I56 A;  1ALC A;  2ZNW Y;  1O23 A;  1IR9 A;  5E4P A;  2EPE A;  2B5Z A;  4WOA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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